####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS369_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS369_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 117 181 - 298 0.99 1.10 LCS_AVERAGE: 84.21 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 96 135 135 47 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 96 135 135 59 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 96 135 135 68 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 96 135 135 57 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 96 135 135 11 72 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 96 135 135 68 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 96 135 135 66 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 96 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 96 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 96 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 96 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 96 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 96 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 96 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 96 135 135 49 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 96 135 135 3 3 4 60 108 123 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 117 135 135 35 107 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 117 135 135 68 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 117 135 135 38 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 117 135 135 24 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 117 135 135 68 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 117 135 135 72 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 117 135 135 71 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 117 135 135 68 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 117 135 135 52 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 117 135 135 32 107 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 117 135 135 7 104 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 117 135 135 7 104 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 117 135 135 11 87 119 125 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 117 135 135 3 18 43 122 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 117 135 135 3 8 16 60 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 117 135 135 49 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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280 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 117 135 135 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 117 135 135 64 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 117 135 135 65 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 117 135 135 49 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 117 135 135 11 88 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 117 135 135 4 90 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 85 135 135 4 7 19 100 115 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 37 135 135 0 3 93 124 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 94.74 ( 84.21 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 73 108 120 126 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.07 80.00 88.89 93.33 95.56 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.51 0.65 0.78 0.84 0.99 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 GDT RMS_ALL_AT 1.16 1.12 1.12 1.11 1.11 1.10 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.773 0 0.023 0.023 0.913 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.892 0 0.058 0.187 1.835 81.818 72.929 1.835 LGA W 167 W 167 0.653 0 0.050 0.105 0.920 81.818 85.714 0.507 LGA I 168 I 168 1.069 0 0.075 0.762 2.952 65.909 55.455 2.952 LGA S 169 S 169 1.525 0 0.127 0.204 4.146 63.182 46.061 4.146 LGA G 170 G 170 0.986 0 0.236 0.236 1.244 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.936 0 0.012 1.336 4.224 86.364 66.591 1.147 LGA A 172 A 172 0.493 0 0.047 0.056 0.643 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.333 0 0.012 0.070 0.715 100.000 92.208 0.715 LGA Y 174 Y 174 0.411 0 0.030 0.170 1.045 95.455 85.000 1.045 LGA G 175 G 175 0.233 0 0.060 0.060 0.233 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.158 0 0.030 0.146 0.340 100.000 100.000 0.092 LGA Q 177 Q 177 0.447 0 0.058 0.251 0.960 100.000 93.939 0.784 LGA L 178 L 178 0.438 0 0.076 0.100 0.862 95.455 93.182 0.862 LGA N 179 N 179 0.929 0 0.174 0.645 4.423 67.727 43.864 4.423 LGA K 180 K 180 4.150 0 0.289 0.969 13.774 15.909 7.071 13.774 LGA K 181 K 181 1.009 0 0.372 1.166 9.014 82.273 40.808 9.014 LGA T 182 T 182 0.587 0 0.057 1.109 3.459 82.273 68.312 3.459 LGA S 183 S 183 1.175 0 0.132 0.120 1.554 69.545 65.758 1.462 LGA K 184 K 184 1.176 0 0.063 0.824 2.463 69.545 64.444 2.463 LGA L 185 L 185 0.577 0 0.058 0.070 0.607 86.364 84.091 0.549 LGA D 186 D 186 0.096 0 0.060 0.097 0.684 100.000 93.182 0.607 LGA P 187 P 187 0.470 0 0.012 0.059 1.010 86.818 87.273 0.710 LGA V 188 V 188 0.691 0 0.000 0.019 0.791 81.818 81.818 0.791 LGA E 189 E 189 0.807 0 0.009 0.299 1.883 81.818 76.566 1.883 LGA D 190 D 190 0.826 0 0.030 0.057 1.061 81.818 75.682 1.061 LGA E 191 E 191 0.565 0 0.033 0.062 0.802 90.909 85.859 0.802 LGA A 192 A 192 0.376 0 0.000 0.000 0.458 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.441 0 0.023 0.655 3.007 100.000 76.768 2.773 LGA V 194 V 194 0.458 0 0.034 0.049 0.537 100.000 94.805 0.537 LGA V 195 V 195 0.191 0 0.000 0.000 0.265 100.000 100.000 0.203 LGA Q 196 Q 196 0.280 0 0.028 0.265 1.441 100.000 88.485 1.276 LGA L 197 L 197 0.304 0 0.017 0.046 0.547 100.000 95.455 0.530 LGA I 198 I 198 0.387 0 0.088 0.097 0.532 100.000 97.727 0.433 LGA F 199 F 199 0.330 0 0.048 0.075 0.391 100.000 100.000 0.204 LGA N 200 N 200 0.381 0 0.045 0.992 3.438 100.000 77.500 3.438 LGA I 201 I 201 0.253 0 0.027 0.045 0.308 100.000 100.000 0.251 LGA F 202 F 202 0.295 0 0.000 0.051 0.562 100.000 96.694 0.562 LGA L 203 L 203 0.445 0 0.000 0.069 0.822 95.455 90.909 0.788 LGA N 204 N 204 0.375 0 0.026 0.110 1.188 100.000 88.864 0.776 LGA G 205 G 205 0.519 0 0.044 0.044 0.601 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.679 0 0.000 0.159 1.083 77.727 86.591 0.177 LGA N 207 N 207 1.327 0 0.059 0.264 2.069 61.818 56.591 1.559 LGA G 208 G 208 1.535 0 0.000 0.000 1.804 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.657 0 0.054 0.251 2.506 54.545 45.657 2.506 LGA D 210 D 210 1.542 0 0.068 0.754 1.603 54.545 56.591 1.580 LGA Y 211 Y 211 1.964 0 0.129 0.413 2.172 50.909 48.788 1.700 LGA S 212 S 212 2.514 0 0.689 0.762 6.178 28.636 20.000 6.178 LGA Y 213 Y 213 2.845 0 0.162 1.629 14.723 41.818 14.091 14.723 LGA A 215 A 215 1.146 0 0.205 0.221 2.026 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.467 0 0.021 0.179 0.604 95.455 95.455 0.337 LGA A 217 A 217 0.386 0 0.034 0.046 0.449 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.626 0 0.050 0.081 1.304 90.909 85.152 1.304 LGA H 219 H 219 0.438 0 0.013 0.036 0.586 100.000 90.909 0.586 LGA L 220 L 220 0.300 0 0.008 0.080 0.483 100.000 100.000 0.483 LGA T 221 T 221 0.180 0 0.002 0.042 0.263 100.000 100.000 0.263 LGA N 222 N 222 0.232 0 0.035 0.049 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA L 223 L 223 0.488 0 0.045 0.054 0.862 100.000 90.909 0.842 LGA Q 224 Q 224 0.450 0 0.027 0.811 4.367 95.455 66.465 4.367 LGA I 225 I 225 0.507 0 0.054 0.137 0.577 86.364 93.182 0.163 LGA P 226 P 226 0.668 0 0.066 0.071 0.814 81.818 81.818 0.802 LGA T 227 T 227 0.127 0 0.032 0.152 0.394 100.000 100.000 0.161 LGA P 228 P 228 0.713 0 0.088 0.090 0.899 86.364 84.416 0.899 LGA S 229 S 229 0.623 0 0.131 0.122 1.066 86.364 82.121 1.066 LGA G 230 G 230 0.468 0 0.080 0.080 0.985 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.677 0 0.097 0.680 3.420 82.273 74.949 3.420 LGA K 232 K 232 0.662 0 0.146 0.871 4.049 86.364 62.222 4.049 LGA R 233 R 233 0.320 0 0.036 1.364 7.991 100.000 51.901 7.991 LGA W 234 W 234 0.407 0 0.068 0.108 0.711 100.000 97.403 0.433 LGA N 235 N 235 0.922 0 0.030 0.840 2.708 81.818 70.909 2.708 LGA Q 236 Q 236 0.645 0 0.037 0.938 3.231 90.909 80.808 0.939 LGA Y 237 Y 237 0.503 0 0.035 0.373 1.870 90.909 78.182 1.870 LGA T 238 T 238 0.482 0 0.023 0.291 1.193 100.000 89.870 1.193 LGA I 239 I 239 0.314 0 0.005 0.085 0.560 100.000 97.727 0.560 LGA K 240 K 240 0.374 0 0.062 0.641 4.007 100.000 77.172 4.007 LGA A 241 A 241 0.483 0 0.062 0.063 0.596 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.337 0 0.043 0.064 1.003 100.000 88.864 1.003 LGA L 243 L 243 0.167 0 0.023 0.134 0.518 95.455 97.727 0.178 LGA Q 244 Q 244 0.302 0 0.000 0.328 1.248 95.455 88.283 1.248 LGA N 245 N 245 0.411 0 0.000 0.096 0.745 100.000 93.182 0.745 LGA E 246 E 246 0.450 0 0.000 0.599 1.773 100.000 88.687 1.339 LGA V 247 V 247 0.305 0 0.000 0.058 0.354 100.000 100.000 0.165 LGA Y 248 Y 248 0.363 0 0.011 0.111 1.146 100.000 88.030 1.146 LGA I 249 I 249 0.331 0 0.071 0.097 0.499 100.000 100.000 0.475 LGA G 250 G 250 0.255 0 0.046 0.046 0.322 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.297 0 0.046 0.053 0.481 100.000 100.000 0.426 LGA V 252 V 252 0.351 0 0.057 0.120 0.718 95.455 94.805 0.718 LGA K 253 K 253 0.398 0 0.016 0.154 0.579 95.455 95.960 0.413 LGA Y 254 Y 254 0.591 0 0.050 0.375 2.623 90.909 73.788 2.623 LGA K 255 K 255 0.917 0 0.073 0.131 1.131 81.818 80.000 1.131 LGA V 256 V 256 0.937 0 0.086 0.096 1.069 77.727 74.805 1.069 LGA R 257 R 257 1.326 0 0.088 1.084 5.522 61.818 46.612 2.760 LGA E 258 E 258 1.436 0 0.045 0.951 4.960 58.182 40.404 4.960 LGA K 259 K 259 2.189 0 0.000 0.672 2.808 41.364 37.172 2.395 LGA T 260 T 260 2.267 0 0.017 0.117 2.852 32.727 35.065 2.169 LGA K 261 K 261 3.260 0 0.020 0.842 9.178 18.636 10.909 9.178 LGA D 262 D 262 3.018 0 0.075 0.768 4.155 25.000 19.318 4.155 LGA G 263 G 263 2.962 0 0.121 0.121 3.111 25.000 25.000 - LGA K 264 K 264 2.139 0 0.016 0.482 2.342 41.364 52.121 0.368 LGA R 265 R 265 1.904 0 0.101 1.007 3.559 47.727 48.264 3.559 LGA T 266 T 266 1.464 0 0.002 0.115 1.641 61.818 63.377 1.423 LGA I 267 I 267 1.100 0 0.037 0.089 1.278 65.455 67.500 1.278 LGA R 268 R 268 0.665 0 0.000 0.976 2.600 81.818 68.430 2.600 LGA P 269 P 269 0.355 0 0.000 0.015 0.514 100.000 94.805 0.502 LGA E 270 E 270 0.387 0 0.000 0.834 2.896 100.000 78.586 1.934 LGA K 271 K 271 0.371 0 0.037 0.676 3.888 100.000 67.879 3.619 LGA E 272 E 272 0.345 0 0.043 0.070 1.608 100.000 81.212 1.608 LGA Q 273 Q 273 0.431 0 0.030 0.078 0.778 100.000 91.919 0.758 LGA I 274 I 274 0.371 0 0.054 0.072 0.547 100.000 97.727 0.547 LGA V 275 V 275 0.154 0 0.018 0.020 0.361 100.000 100.000 0.361 LGA V 276 V 276 0.401 0 0.000 0.039 0.637 100.000 92.208 0.608 LGA Q 277 Q 277 0.340 0 0.043 0.644 3.198 100.000 73.939 3.198 LGA D 278 D 278 0.292 0 0.031 0.158 0.576 100.000 97.727 0.576 LGA A 279 A 279 0.392 0 0.026 0.050 0.434 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.185 0 0.041 0.252 0.696 100.000 92.727 0.696 LGA A 281 A 281 0.203 0 0.000 0.000 0.299 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.344 0 0.000 0.024 0.563 95.455 94.805 0.563 LGA I 283 I 283 0.511 0 0.044 0.076 0.804 86.364 86.364 0.556 LGA I 284 I 284 0.487 0 0.004 0.067 0.524 95.455 97.727 0.340 LGA D 285 D 285 0.690 0 0.024 0.557 1.525 81.818 75.909 1.525 LGA K 286 K 286 0.684 0 0.016 0.287 1.206 81.818 80.000 1.206 LGA E 287 E 287 0.753 0 0.034 0.182 0.987 81.818 83.838 0.455 LGA Q 288 Q 288 0.546 0 0.000 0.223 1.704 90.909 78.788 1.135 LGA F 289 F 289 0.480 0 0.038 0.113 0.720 90.909 85.124 0.694 LGA Q 290 Q 290 0.716 0 0.000 1.152 3.314 81.818 71.111 3.314 LGA Q 291 Q 291 0.467 0 0.000 0.220 0.991 95.455 89.899 0.991 LGA S 292 S 292 0.248 0 0.059 0.064 0.489 100.000 100.000 0.202 LGA Q 293 Q 293 0.664 0 0.033 0.239 1.025 82.273 82.020 0.958 LGA V 294 V 294 0.944 0 0.018 0.051 1.062 77.727 77.143 0.984 LGA K 295 K 295 0.667 0 0.047 0.163 1.172 77.727 82.020 0.837 LGA I 296 I 296 1.080 0 0.033 0.077 1.667 65.909 71.818 0.600 LGA A 297 A 297 1.774 0 0.096 0.122 2.670 45.455 46.545 - LGA N 298 N 298 1.696 0 0.047 0.573 2.867 41.818 55.909 1.564 LGA K 299 K 299 3.638 0 0.388 1.179 14.664 31.818 14.141 14.664 LGA V 300 V 300 2.447 0 0.165 0.192 4.412 32.727 21.818 4.412 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.095 1.069 1.960 83.508 77.314 62.108 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.09 93.333 96.741 11.298 LGA_LOCAL RMSD: 1.095 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.095 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.095 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.162774 * X + 0.976343 * Y + 0.142337 * Z + 155.486725 Y_new = 0.452200 * X + 0.202038 * Y + -0.868732 * Z + 149.880600 Z_new = -0.876938 * X + -0.077042 * Y + -0.474389 * Z + 143.409348 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.916316 1.069453 -2.980596 [DEG: 109.7968 61.2751 -170.7755 ] ZXZ: 0.162401 2.065066 -1.658425 [DEG: 9.3049 118.3196 -95.0207 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS369_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS369_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.09 96.741 1.09 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS369_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.967 186.725 153.669 1.00 87.10 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.256 187.486 154.706 1.00 87.17 C ATOM 1347 C GLY 165 150.737 187.308 154.702 1.00 88.56 C ATOM 1348 O GLY 165 150.024 188.075 155.350 1.00 86.11 O ATOM 1349 N LYS 166 150.208 186.308 153.991 1.00 88.29 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.776 185.999 153.967 1.00 88.22 C ATOM 1351 C LYS 166 148.372 185.251 155.243 1.00 88.99 C ATOM 1352 O LYS 166 149.098 184.386 155.734 1.00 87.14 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.398 185.218 152.690 1.00 86.84 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.645 186.026 151.393 1.00 84.10 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.239 185.284 150.110 1.00 80.72 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.500 186.175 148.886 1.00 75.71 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.134 185.573 147.578 1.00 68.64 N ATOM 1358 N TRP 167 147.189 185.556 155.763 1.00 90.01 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.619 184.862 156.921 1.00 90.82 C ATOM 1360 C TRP 167 145.880 183.600 156.471 1.00 90.36 C ATOM 1361 O TRP 167 144.876 183.677 155.764 1.00 87.41 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.704 185.805 157.693 1.00 90.10 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.230 185.232 158.986 1.00 90.34 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.082 184.548 159.180 1.00 87.50 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.920 185.255 160.273 1.00 89.03 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.007 184.151 160.513 1.00 87.28 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.112 184.562 161.208 1.00 88.42 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.139 185.801 160.721 1.00 88.28 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.508 184.406 162.554 1.00 87.83 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.528 185.649 162.059 1.00 86.44 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.719 184.953 162.964 1.00 85.89 C ATOM 1372 N ILE 168 146.365 182.444 156.888 1.00 87.23 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.883 181.126 156.439 1.00 85.47 C ATOM 1374 C ILE 168 145.288 180.306 157.596 1.00 84.14 C ATOM 1375 O ILE 168 144.610 179.304 157.389 1.00 77.74 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.029 180.375 155.717 1.00 82.16 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.671 181.265 154.623 1.00 77.41 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.541 179.068 155.074 1.00 74.87 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.954 180.679 154.054 1.00 70.94 C ATOM 1380 N SER 169 145.514 180.745 158.821 1.00 84.51 N ATOM 1381 CA SER 169 144.939 180.137 160.020 1.00 82.89 C ATOM 1382 C SER 169 143.439 180.445 160.152 1.00 82.06 C ATOM 1383 O SER 169 142.856 181.093 159.291 1.00 75.85 O ATOM 1384 CB SER 169 145.739 180.579 161.241 1.00 79.33 C ATOM 1385 OG SER 169 147.055 180.082 161.155 1.00 74.71 O ATOM 1386 N GLY 170 142.811 179.948 161.213 1.00 80.37 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.364 180.062 161.422 1.00 80.02 C ATOM 1388 C GLY 170 140.863 181.491 161.657 1.00 82.66 C ATOM 1389 O GLY 170 140.952 182.349 160.788 1.00 79.44 O ATOM 1390 N LEU 171 140.321 181.744 162.849 1.00 83.39 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.806 183.065 163.224 1.00 83.25 C ATOM 1392 C LEU 171 140.925 184.110 163.199 1.00 84.32 C ATOM 1393 O LEU 171 142.023 183.861 163.699 1.00 82.24 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.161 182.989 164.617 1.00 80.47 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.822 182.228 164.639 1.00 76.56 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.471 181.806 166.061 1.00 70.17 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.675 183.098 164.104 1.00 69.19 C ATOM 1398 N ALA 172 140.604 185.284 162.646 1.00 86.63 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.485 186.437 162.729 1.00 87.01 C ATOM 1400 C ALA 172 141.691 186.857 164.202 1.00 88.07 C ATOM 1401 O ALA 172 140.780 186.670 165.019 1.00 86.01 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.893 187.572 161.886 1.00 84.94 C ATOM 1403 N PRO 173 142.849 187.411 164.563 1.00 88.76 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.073 187.982 165.887 1.00 89.01 C ATOM 1405 C PRO 173 142.095 189.124 166.168 1.00 89.64 C ATOM 1406 O PRO 173 141.649 189.814 165.250 1.00 88.05 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.519 188.484 165.887 1.00 87.49 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.167 187.758 164.716 1.00 84.20 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.027 187.565 163.731 1.00 87.20 C ATOM 1410 N TYR 174 141.784 189.348 167.437 1.00 91.16 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.985 190.501 167.849 1.00 91.50 C ATOM 1412 C TYR 174 141.655 191.807 167.414 1.00 91.50 C ATOM 1413 O TYR 174 142.868 191.933 167.525 1.00 89.55 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.786 190.449 169.360 1.00 91.24 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.850 191.514 169.879 1.00 91.80 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.344 192.607 170.615 1.00 85.97 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.469 191.427 169.607 1.00 86.38 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.465 193.595 171.090 1.00 85.26 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.586 192.412 170.072 1.00 85.62 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.088 193.495 170.818 1.00 89.41 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.226 194.454 171.272 1.00 88.34 O ATOM 1422 N GLY 175 140.881 192.733 166.894 1.00 89.98 N ATOM 1423 CA GLY 175 141.380 193.965 166.281 1.00 90.04 C ATOM 1424 C GLY 175 141.600 193.880 164.775 1.00 91.28 C ATOM 1425 O GLY 175 141.766 194.911 164.126 1.00 88.82 O ATOM 1426 N TYR 176 141.578 192.675 164.204 1.00 92.29 N ATOM 1427 CA TYR 176 141.738 192.451 162.773 1.00 92.72 C ATOM 1428 C TYR 176 140.593 191.620 162.189 1.00 92.63 C ATOM 1429 O TYR 176 140.011 190.759 162.848 1.00 90.91 O ATOM 1430 CB TYR 176 143.076 191.765 162.497 1.00 92.66 C ATOM 1431 CG TYR 176 144.294 192.614 162.770 1.00 93.18 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.716 193.567 161.826 1.00 87.98 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 145.037 192.445 163.952 1.00 88.16 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.867 194.335 162.048 1.00 86.91 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 146.187 193.210 164.188 1.00 87.37 C ATOM 1436 CZ TYR 176 146.603 194.151 163.229 1.00 91.40 C ATOM 1437 OH TYR 176 147.734 194.894 163.446 1.00 90.41 O ATOM 1438 N GLN 177 140.324 191.832 160.900 1.00 91.01 N ATOM 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