####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS369_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS369_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 1.00 1.02 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 57 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 57 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 66 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 52 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 5 56 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 57 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 52 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 54 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 4 67 99 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 57 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 66 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 33 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 26 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 64 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 71 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 64 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 60 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 35 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 31 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 9 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 9 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 12 82 119 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 3 21 84 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 7 15 41 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 59 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 66 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 58 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 51 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 50 103 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 10 64 117 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 4 72 117 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 4 5 10 95 111 122 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 78 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 107 122 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 79.26 90.37 95.56 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.50 0.66 0.79 0.86 0.89 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.07 1.05 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.768 0 0.023 0.023 0.806 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.811 0 0.051 0.172 1.869 81.818 72.929 1.869 LGA W 167 W 167 0.573 0 0.045 0.117 0.875 81.818 85.714 0.727 LGA I 168 I 168 1.037 0 0.098 0.760 3.173 65.909 57.955 3.173 LGA S 169 S 169 1.656 0 0.107 0.181 4.268 55.000 40.606 4.268 LGA G 170 G 170 1.236 0 0.285 0.285 1.393 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.034 0 0.030 1.310 4.123 82.273 66.591 0.995 LGA A 172 A 172 0.519 0 0.044 0.057 0.685 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.501 0 0.000 0.067 0.838 95.455 89.610 0.838 LGA Y 174 Y 174 0.512 0 0.039 0.160 0.847 86.364 83.333 0.847 LGA G 175 G 175 0.291 0 0.053 0.053 0.322 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.279 0 0.033 0.148 0.375 100.000 100.000 0.169 LGA Q 177 Q 177 0.559 0 0.053 0.247 0.848 86.364 87.879 0.761 LGA L 178 L 178 0.561 0 0.076 0.098 0.958 90.909 86.364 0.958 LGA N 179 N 179 0.825 0 0.169 0.627 4.279 66.364 43.182 4.279 LGA K 180 K 180 3.958 0 0.290 0.971 13.774 20.455 9.091 13.774 LGA K 181 K 181 1.194 0 0.371 0.998 7.779 86.818 43.636 7.779 LGA T 182 T 182 0.522 0 0.056 1.110 3.405 82.273 68.312 3.405 LGA S 183 S 183 1.148 0 0.136 0.122 1.524 69.545 65.758 1.492 LGA K 184 K 184 1.108 0 0.055 0.827 2.498 69.545 64.444 2.498 LGA L 185 L 185 0.606 0 0.059 0.072 0.632 81.818 86.364 0.491 LGA D 186 D 186 0.148 0 0.061 0.101 0.509 100.000 97.727 0.482 LGA P 187 P 187 0.542 0 0.028 0.059 1.141 82.273 84.675 0.694 LGA V 188 V 188 0.702 0 0.000 0.024 0.782 81.818 81.818 0.768 LGA E 189 E 189 0.753 0 0.025 0.329 1.668 81.818 78.384 1.668 LGA D 190 D 190 0.699 0 0.031 0.055 0.888 86.364 84.091 0.888 LGA E 191 E 191 0.492 0 0.028 0.069 0.770 95.455 89.899 0.770 LGA A 192 A 192 0.314 0 0.006 0.000 0.400 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.354 0 0.030 0.654 2.898 100.000 81.818 2.654 LGA V 194 V 194 0.331 0 0.028 0.042 0.393 100.000 100.000 0.378 LGA V 195 V 195 0.100 0 0.000 0.000 0.196 100.000 100.000 0.119 LGA Q 196 Q 196 0.237 0 0.031 0.267 1.431 100.000 90.303 1.130 LGA L 197 L 197 0.237 0 0.018 0.042 0.409 100.000 100.000 0.401 LGA I 198 I 198 0.247 0 0.084 0.093 0.411 100.000 100.000 0.317 LGA F 199 F 199 0.257 0 0.040 0.078 0.347 100.000 100.000 0.115 LGA N 200 N 200 0.268 0 0.047 0.712 2.094 100.000 87.727 2.094 LGA I 201 I 201 0.122 0 0.028 0.051 0.186 100.000 100.000 0.125 LGA F 202 F 202 0.172 0 0.000 0.039 0.564 100.000 96.694 0.564 LGA L 203 L 203 0.349 0 0.000 0.057 0.716 100.000 95.455 0.709 LGA N 204 N 204 0.252 0 0.025 0.089 1.144 100.000 91.136 0.799 LGA G 205 G 205 0.507 0 0.037 0.037 0.560 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.657 0 0.002 0.035 1.013 77.727 88.864 0.152 LGA N 207 N 207 1.300 0 0.059 0.274 2.036 65.455 58.409 1.529 LGA G 208 G 208 1.430 0 0.000 0.000 1.644 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.447 0 0.050 0.150 2.105 65.455 54.545 2.105 LGA D 210 D 210 1.310 0 0.089 0.852 2.433 69.545 62.273 2.433 LGA Y 211 Y 211 1.858 0 0.129 0.409 2.115 50.909 48.788 1.608 LGA S 212 S 212 2.290 0 0.691 0.767 5.967 34.545 24.848 5.967 LGA Y 213 Y 213 2.966 0 0.155 1.617 14.837 41.818 14.091 14.837 LGA A 215 A 215 1.015 0 0.207 0.223 2.015 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.391 0 0.028 0.179 0.501 100.000 97.727 0.432 LGA A 217 A 217 0.236 0 0.034 0.050 0.344 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.464 0 0.046 0.091 1.251 100.000 91.212 1.251 LGA H 219 H 219 0.196 0 0.031 0.032 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA L 220 L 220 0.145 0 0.019 0.084 0.392 100.000 100.000 0.392 LGA T 221 T 221 0.227 0 0.015 0.039 0.387 100.000 100.000 0.301 LGA N 222 N 222 0.261 0 0.018 0.039 0.488 100.000 100.000 0.292 LGA L 223 L 223 0.462 0 0.046 0.054 0.747 100.000 93.182 0.634 LGA Q 224 Q 224 0.557 0 0.031 0.815 4.196 86.364 63.434 4.196 LGA I 225 I 225 0.632 0 0.056 0.141 0.684 81.818 88.636 0.327 LGA P 226 P 226 0.750 0 0.069 0.074 0.897 81.818 81.818 0.865 LGA T 227 T 227 0.159 0 0.036 0.156 0.567 100.000 97.403 0.294 LGA P 228 P 228 0.643 0 0.084 0.086 0.858 90.909 87.013 0.858 LGA S 229 S 229 0.583 0 0.130 0.122 1.246 86.364 79.394 1.246 LGA G 230 G 230 0.420 0 0.070 0.070 1.118 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.879 0 0.110 0.683 3.478 73.636 65.657 3.478 LGA K 232 K 232 0.831 0 0.141 0.876 4.296 77.727 56.566 4.296 LGA R 233 R 233 0.443 0 0.031 1.353 7.954 95.455 50.248 7.954 LGA W 234 W 234 0.237 0 0.057 0.107 0.566 100.000 97.403 0.365 LGA N 235 N 235 0.686 0 0.017 0.811 2.320 81.818 76.364 2.320 LGA Q 236 Q 236 0.546 0 0.034 0.737 3.100 86.364 76.970 0.737 LGA Y 237 Y 237 0.448 0 0.043 0.379 1.779 95.455 81.061 1.779 LGA T 238 T 238 0.322 0 0.018 0.277 0.899 100.000 94.805 0.899 LGA I 239 I 239 0.264 0 0.010 0.085 0.371 100.000 100.000 0.371 LGA K 240 K 240 0.345 0 0.061 0.628 4.034 100.000 75.758 4.034 LGA A 241 A 241 0.365 0 0.056 0.060 0.482 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.367 0 0.049 0.064 0.898 95.455 88.636 0.898 LGA L 243 L 243 0.226 0 0.019 0.128 0.569 95.455 97.727 0.139 LGA Q 244 Q 244 0.291 0 0.000 0.317 1.354 95.455 88.283 1.354 LGA N 245 N 245 0.416 0 0.000 0.105 0.773 100.000 93.182 0.773 LGA E 246 E 246 0.443 0 0.000 0.598 1.881 100.000 88.687 1.367 LGA V 247 V 247 0.311 0 0.019 0.055 0.339 100.000 100.000 0.151 LGA Y 248 Y 248 0.377 0 0.000 0.100 1.057 100.000 88.030 1.057 LGA I 249 I 249 0.349 0 0.071 0.099 0.475 100.000 100.000 0.429 LGA G 250 G 250 0.294 0 0.043 0.043 0.358 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.223 0 0.043 0.048 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA V 252 V 252 0.267 0 0.055 0.127 0.639 100.000 97.403 0.639 LGA K 253 K 253 0.482 0 0.018 0.141 0.638 95.455 89.899 0.587 LGA Y 254 Y 254 0.565 0 0.048 0.368 2.597 90.909 73.788 2.597 LGA K 255 K 255 0.872 0 0.068 0.116 0.965 81.818 81.818 0.716 LGA V 256 V 256 0.859 0 0.085 0.096 0.916 81.818 81.818 0.868 LGA R 257 R 257 1.091 0 0.086 1.082 5.577 65.455 46.281 3.647 LGA E 258 E 258 1.211 0 0.053 0.966 4.742 61.818 44.848 4.742 LGA K 259 K 259 1.689 0 0.014 0.130 2.501 50.909 42.626 2.501 LGA T 260 T 260 1.629 0 0.023 0.192 2.003 50.909 49.091 1.676 LGA K 261 K 261 2.153 0 0.011 0.967 7.897 41.364 25.657 7.897 LGA D 262 D 262 2.082 0 0.075 0.211 2.082 41.364 46.364 1.643 LGA G 263 G 263 2.062 0 0.109 0.109 2.271 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.556 0 0.000 0.343 1.664 50.909 62.828 0.473 LGA R 265 R 265 1.466 0 0.097 1.017 3.433 61.818 57.521 3.433 LGA T 266 T 266 1.240 0 0.000 0.100 1.345 65.455 65.455 1.255 LGA I 267 I 267 1.045 0 0.033 0.086 1.316 65.455 69.545 1.058 LGA R 268 R 268 0.920 0 0.000 0.968 2.796 81.818 66.942 2.796 LGA P 269 P 269 0.916 0 0.006 0.021 1.132 81.818 77.143 1.132 LGA E 270 E 270 0.594 0 0.000 1.068 4.053 90.909 64.242 4.053 LGA K 271 K 271 0.446 0 0.049 0.645 2.722 100.000 77.172 2.245 LGA E 272 E 272 0.554 0 0.051 0.073 1.499 81.818 74.545 1.499 LGA Q 273 Q 273 0.597 0 0.029 0.080 0.736 81.818 81.818 0.631 LGA I 274 I 274 0.436 0 0.059 0.075 0.564 100.000 95.455 0.564 LGA V 275 V 275 0.191 0 0.015 0.018 0.313 100.000 100.000 0.313 LGA V 276 V 276 0.367 0 0.000 0.045 0.599 100.000 94.805 0.558 LGA Q 277 Q 277 0.369 0 0.049 0.638 3.280 100.000 73.939 3.280 LGA D 278 D 278 0.337 0 0.031 0.149 0.638 100.000 97.727 0.638 LGA A 279 A 279 0.382 0 0.013 0.044 0.422 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.183 0 0.037 0.245 0.724 100.000 94.545 0.724 LGA A 281 A 281 0.230 0 0.000 0.000 0.333 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.335 0 0.000 0.020 0.531 100.000 97.403 0.531 LGA I 283 I 283 0.517 0 0.023 0.072 0.772 86.364 86.364 0.602 LGA I 284 I 284 0.523 0 0.020 0.068 0.572 86.364 93.182 0.380 LGA D 285 D 285 0.762 0 0.020 0.949 2.945 81.818 69.091 2.945 LGA K 286 K 286 0.721 0 0.000 0.286 1.259 81.818 80.000 1.259 LGA E 287 E 287 0.691 0 0.034 0.246 1.022 81.818 84.040 0.428 LGA Q 288 Q 288 0.486 0 0.000 0.316 2.269 95.455 79.394 1.296 LGA F 289 F 289 0.452 0 0.033 0.102 0.721 100.000 88.430 0.714 LGA Q 290 Q 290 0.650 0 0.000 1.176 3.466 81.818 69.293 3.466 LGA Q 291 Q 291 0.374 0 0.000 0.227 1.017 100.000 92.121 1.017 LGA S 292 S 292 0.237 0 0.062 0.065 0.460 100.000 100.000 0.189 LGA Q 293 Q 293 0.661 0 0.041 0.221 1.025 82.273 82.020 0.907 LGA V 294 V 294 0.888 0 0.015 0.056 1.038 77.727 79.481 0.842 LGA K 295 K 295 0.736 0 0.043 0.199 1.290 77.727 80.000 0.873 LGA I 296 I 296 1.150 0 0.019 0.070 1.806 62.273 70.000 0.603 LGA A 297 A 297 1.919 0 0.098 0.122 2.845 41.818 43.636 - LGA N 298 N 298 2.000 0 0.032 0.566 3.175 33.636 49.773 1.040 LGA K 299 K 299 4.189 0 0.396 1.072 15.158 22.273 9.899 15.158 LGA V 300 V 300 2.584 0 0.173 0.976 4.973 30.000 20.519 3.772 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.019 0.986 1.908 83.754 78.221 63.988 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.704 97.096 12.060 LGA_LOCAL RMSD: 1.019 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.019 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.019 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.472389 * X + -0.003769 * Y + -0.881382 * Z + 155.786484 Y_new = -0.878547 * X + 0.078250 * Y + -0.471203 * Z + 151.548492 Z_new = 0.070744 * X + 0.996927 * Y + 0.033653 * Z + 140.470322 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.077451 -0.070804 1.537052 [DEG: -61.7334 -4.0567 88.0666 ] ZXZ: -1.079839 1.537137 0.070844 [DEG: -61.8702 88.0714 4.0590 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS369_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS369_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.096 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS369_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.925 186.832 153.648 1.00 86.43 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.243 187.621 154.687 1.00 86.58 C ATOM 1347 C GLY 165 150.718 187.489 154.688 1.00 87.97 C ATOM 1348 O GLY 165 150.029 188.300 155.307 1.00 85.34 O ATOM 1349 N LYS 166 150.163 186.486 153.999 1.00 87.35 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.727 186.207 153.990 1.00 87.31 C ATOM 1351 C LYS 166 148.324 185.461 155.267 1.00 88.07 C ATOM 1352 O LYS 166 149.051 184.594 155.752 1.00 86.11 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.316 185.441 152.712 1.00 85.89 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.562 186.256 151.419 1.00 83.07 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.148 185.523 150.130 1.00 79.73 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.410 186.427 148.910 1.00 74.48 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.090 185.813 147.591 1.00 67.58 N ATOM 1358 N TRP 167 147.147 185.777 155.797 1.00 88.50 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.586 185.085 156.961 1.00 89.10 C ATOM 1360 C TRP 167 145.848 183.821 156.522 1.00 88.77 C ATOM 1361 O TRP 167 144.858 183.888 155.795 1.00 85.89 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.677 186.025 157.735 1.00 88.50 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.232 185.457 159.047 1.00 88.78 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.093 184.771 159.275 1.00 85.71 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.962 185.477 160.317 1.00 87.36 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.055 184.373 160.605 1.00 85.61 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.177 184.782 161.273 1.00 86.78 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.195 186.018 160.731 1.00 86.45 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.617 184.616 162.608 1.00 86.03 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.623 185.857 162.058 1.00 84.39 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.840 185.159 162.981 1.00 83.88 C ATOM 1372 N ILE 168 146.318 182.669 156.974 1.00 86.54 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.852 181.349 156.527 1.00 84.77 C ATOM 1374 C ILE 168 145.170 180.563 157.656 1.00 83.62 C ATOM 1375 O ILE 168 144.431 179.610 157.415 1.00 77.75 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.046 180.563 155.938 1.00 81.64 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.743 181.383 154.829 1.00 77.04 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.613 179.204 155.361 1.00 74.93 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.115 180.818 154.483 1.00 71.01 C ATOM 1380 N SER 169 145.409 180.963 158.892 1.00 83.40 N ATOM 1381 CA SER 169 144.783 180.364 160.066 1.00 82.16 C ATOM 1382 C SER 169 143.292 180.721 160.158 1.00 81.45 C ATOM 1383 O SER 169 142.777 181.482 159.348 1.00 75.18 O ATOM 1384 CB SER 169 145.560 180.767 161.312 1.00 78.45 C ATOM 1385 OG SER 169 146.864 180.234 161.254 1.00 73.44 O ATOM 1386 N GLY 170 142.594 180.137 161.130 1.00 78.78 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.144 180.281 161.263 1.00 77.90 C ATOM 1388 C GLY 170 140.674 181.696 161.592 1.00 80.69 C ATOM 1389 O GLY 170 140.638 182.570 160.736 1.00 77.09 O ATOM 1390 N LEU 171 140.297 181.924 162.856 1.00 81.45 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.836 183.238 163.304 1.00 81.38 C ATOM 1392 C LEU 171 140.974 184.255 163.230 1.00 82.63 C ATOM 1393 O LEU 171 142.085 183.983 163.693 1.00 80.48 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.278 183.135 164.733 1.00 78.30 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.949 182.363 164.829 1.00 74.08 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.655 182.002 166.281 1.00 68.17 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.775 183.189 164.292 1.00 67.31 C ATOM 1398 N ALA 172 140.660 185.430 162.687 1.00 85.20 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.558 186.569 162.757 1.00 85.64 C ATOM 1400 C ALA 172 141.798 186.973 164.230 1.00 86.58 C ATOM 1401 O ALA 172 140.907 186.786 165.065 1.00 84.55 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.964 187.719 161.936 1.00 83.58 C ATOM 1403 N PRO 173 142.970 187.516 164.569 1.00 88.05 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.215 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1.00 86.37 O ATOM 1422 N GLY 175 140.950 192.777 166.940 1.00 88.38 N ATOM 1423 CA GLY 175 141.436 194.023 166.346 1.00 88.42 C ATOM 1424 C GLY 175 141.655 193.963 164.839 1.00 89.85 C ATOM 1425 O GLY 175 141.804 195.006 164.203 1.00 87.06 O ATOM 1426 N TYR 176 141.646 192.772 164.252 1.00 90.36 N ATOM 1427 CA TYR 176 141.791 192.573 162.818 1.00 90.90 C ATOM 1428 C TYR 176 140.634 191.764 162.232 1.00 90.93 C ATOM 1429 O TYR 176 140.056 190.892 162.877 1.00 89.08 O ATOM 1430 CB TYR 176 143.119 191.883 162.511 1.00 90.81 C ATOM 1431 CG TYR 176 144.348 192.719 162.783 1.00 91.56 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.772 193.681 161.850 1.00 85.92 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 145.097 192.526 163.957 1.00 86.25 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.930 194.431 162.071 1.00 84.81 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 146.258 193.274 164.190 1.00 85.20 C ATOM 1436 CZ TYR 176 146.678 194.224 163.242 1.00 89.53 C ATOM 1437 OH TYR 176 147.823 194.947 163.459 1.00 88.46 O ATOM 1438 N GLN 177 140.348 192.004 160.954 1.00 89.82 N ATOM 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