####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS369_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS369_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 63 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 69 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 73 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 56 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 40 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 69 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 51 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 48 104 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 47 110 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 72 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 41 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 25 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 72 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 63 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 70 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 63 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 24 101 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 102 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 66 91 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 111 121 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 82.22 89.63 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.51 0.63 0.77 0.83 0.91 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.664 0 0.015 0.015 0.707 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.677 0 0.049 0.173 1.654 81.818 74.747 1.654 LGA W 167 W 167 0.496 0 0.043 0.113 0.817 86.364 89.610 0.732 LGA I 168 I 168 0.988 0 0.083 0.720 2.876 70.000 61.136 2.876 LGA S 169 S 169 1.705 0 0.117 0.199 4.506 62.273 44.848 4.506 LGA G 170 G 170 0.893 0 0.261 0.261 1.297 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.942 0 0.031 1.332 3.940 90.909 69.545 1.123 LGA A 172 A 172 0.472 0 0.039 0.045 0.646 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.338 0 0.036 0.334 1.483 100.000 92.468 1.483 LGA Y 174 Y 174 0.428 0 0.043 0.178 0.948 95.455 87.879 0.948 LGA G 175 G 175 0.241 0 0.057 0.057 0.241 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.199 0 0.023 0.157 0.386 100.000 100.000 0.157 LGA Q 177 Q 177 0.469 0 0.054 0.236 0.828 100.000 95.960 0.773 LGA L 178 L 178 0.446 0 0.078 0.098 0.897 95.455 93.182 0.897 LGA N 179 N 179 0.903 0 0.167 0.625 4.375 70.909 45.455 4.375 LGA K 180 K 180 4.030 0 0.291 0.970 13.843 19.091 8.485 13.843 LGA K 181 K 181 1.205 0 0.373 1.017 7.921 82.273 41.616 7.921 LGA T 182 T 182 0.535 0 0.055 1.108 3.376 82.273 68.312 3.376 LGA S 183 S 183 1.044 0 0.136 0.121 1.410 69.545 68.182 1.368 LGA K 184 K 184 1.047 0 0.059 0.819 2.444 69.545 67.879 2.444 LGA L 185 L 185 0.545 0 0.063 0.071 0.609 86.364 90.909 0.481 LGA D 186 D 186 0.090 0 0.061 0.100 0.545 100.000 97.727 0.545 LGA P 187 P 187 0.482 0 0.000 0.357 1.205 86.818 87.273 0.544 LGA V 188 V 188 0.703 0 0.000 0.026 0.813 81.818 81.818 0.813 LGA E 189 E 189 0.771 0 0.019 0.306 1.686 81.818 76.566 1.686 LGA D 190 D 190 0.763 0 0.029 0.050 1.038 86.364 82.045 1.038 LGA E 191 E 191 0.518 0 0.032 0.076 0.812 90.909 87.879 0.812 LGA A 192 A 192 0.321 0 0.000 0.000 0.408 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.361 0 0.029 0.652 2.908 100.000 81.818 2.661 LGA V 194 V 194 0.352 0 0.034 0.048 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA V 195 V 195 0.106 0 0.000 0.000 0.184 100.000 100.000 0.115 LGA Q 196 Q 196 0.212 0 0.029 0.266 1.395 100.000 90.303 1.162 LGA L 197 L 197 0.236 0 0.011 0.044 0.486 100.000 100.000 0.457 LGA I 198 I 198 0.281 0 0.085 0.094 0.472 100.000 100.000 0.393 LGA F 199 F 199 0.251 0 0.043 0.077 0.350 100.000 100.000 0.139 LGA N 200 N 200 0.268 0 0.035 0.754 1.937 100.000 89.545 1.937 LGA I 201 I 201 0.138 0 0.025 0.052 0.203 100.000 100.000 0.153 LGA F 202 F 202 0.186 0 0.000 0.033 0.564 100.000 95.041 0.564 LGA L 203 L 203 0.394 0 0.000 0.064 0.847 100.000 93.182 0.809 LGA N 204 N 204 0.247 0 0.035 0.086 1.119 100.000 91.136 0.807 LGA G 205 G 205 0.520 0 0.047 0.047 0.578 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.703 0 0.000 0.032 1.170 73.636 84.545 0.298 LGA N 207 N 207 1.539 0 0.062 0.276 2.325 54.545 51.136 1.812 LGA G 208 G 208 1.618 0 0.016 0.016 1.729 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.668 0 0.040 0.523 1.987 58.182 64.242 1.259 LGA D 210 D 210 1.464 0 0.079 0.591 1.582 65.455 65.682 1.150 LGA Y 211 Y 211 1.860 0 0.113 0.419 2.028 50.909 49.848 1.561 LGA S 212 S 212 2.302 0 0.690 0.756 5.944 34.545 24.848 5.944 LGA Y 213 Y 213 2.921 0 0.157 1.623 14.772 41.818 14.091 14.772 LGA A 215 A 215 0.951 0 0.209 0.224 1.936 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.337 0 0.031 0.179 0.464 100.000 100.000 0.375 LGA A 217 A 217 0.168 0 0.024 0.043 0.267 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.430 0 0.050 0.099 1.201 100.000 91.212 1.201 LGA H 219 H 219 0.255 0 0.027 0.042 0.444 100.000 100.000 0.444 LGA L 220 L 220 0.261 0 0.021 0.082 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA T 221 T 221 0.231 0 0.027 0.043 0.402 100.000 100.000 0.251 LGA N 222 N 222 0.322 0 0.033 0.049 0.515 95.455 97.727 0.386 LGA L 223 L 223 0.528 0 0.047 0.053 0.837 90.909 86.364 0.727 LGA Q 224 Q 224 0.589 0 0.026 0.819 4.329 81.818 60.404 4.329 LGA I 225 I 225 0.642 0 0.056 0.140 0.706 81.818 86.364 0.281 LGA P 226 P 226 0.803 0 0.064 0.071 0.971 81.818 81.818 0.946 LGA T 227 T 227 0.216 0 0.034 0.147 0.523 95.455 97.403 0.279 LGA P 228 P 228 0.710 0 0.086 0.089 0.915 86.364 84.416 0.915 LGA S 229 S 229 0.580 0 0.128 0.120 1.100 86.364 82.121 1.100 LGA G 230 G 230 0.463 0 0.062 0.062 1.077 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.812 0 0.106 0.688 3.347 78.182 69.495 3.347 LGA K 232 K 232 0.800 0 0.149 0.873 4.296 77.727 56.566 4.296 LGA R 233 R 233 0.372 0 0.035 1.411 8.561 95.455 48.595 8.561 LGA W 234 W 234 0.212 0 0.048 0.103 0.590 100.000 97.403 0.328 LGA N 235 N 235 0.565 0 0.019 0.870 2.297 86.364 76.591 2.297 LGA Q 236 Q 236 0.381 0 0.036 0.881 3.505 95.455 80.202 0.523 LGA Y 237 Y 237 0.648 0 0.032 0.390 2.032 86.364 71.667 2.032 LGA T 238 T 238 0.513 0 0.018 0.282 1.056 95.455 87.273 1.056 LGA I 239 I 239 0.323 0 0.023 0.085 0.438 100.000 100.000 0.426 LGA K 240 K 240 0.467 0 0.062 0.620 4.168 100.000 73.737 4.168 LGA A 241 A 241 0.496 0 0.055 0.057 0.598 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.308 0 0.047 0.063 0.932 100.000 90.909 0.932 LGA L 243 L 243 0.169 0 0.033 0.133 0.611 95.455 97.727 0.217 LGA Q 244 Q 244 0.312 0 0.000 0.311 1.262 95.455 88.283 1.262 LGA N 245 N 245 0.393 0 0.000 0.101 0.698 100.000 95.455 0.698 LGA E 246 E 246 0.420 0 0.000 0.616 1.861 100.000 88.687 1.323 LGA V 247 V 247 0.278 0 0.011 0.061 0.316 100.000 100.000 0.177 LGA Y 248 Y 248 0.346 0 0.000 0.097 1.064 100.000 88.030 1.064 LGA I 249 I 249 0.327 0 0.068 0.096 0.477 100.000 100.000 0.426 LGA G 250 G 250 0.243 0 0.038 0.038 0.305 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.188 0 0.045 0.052 0.371 100.000 100.000 0.332 LGA V 252 V 252 0.235 0 0.054 0.117 0.566 100.000 97.403 0.566 LGA K 253 K 253 0.426 0 0.019 0.137 0.543 95.455 91.919 0.520 LGA Y 254 Y 254 0.602 0 0.048 0.379 2.684 86.364 70.909 2.684 LGA K 255 K 255 0.853 0 0.058 0.121 0.914 81.818 81.818 0.914 LGA V 256 V 256 0.841 0 0.087 0.097 0.920 81.818 81.818 0.915 LGA R 257 R 257 1.137 0 0.084 1.102 5.787 65.455 44.793 3.507 LGA E 258 E 258 1.214 0 0.052 0.974 4.811 61.818 44.848 4.811 LGA K 259 K 259 1.713 0 0.000 0.155 2.355 50.909 43.838 2.355 LGA T 260 T 260 1.629 0 0.025 0.119 1.968 50.909 50.909 1.595 LGA K 261 K 261 2.193 0 0.022 1.003 7.874 41.364 25.657 7.874 LGA D 262 D 262 2.158 0 0.072 0.325 2.728 38.182 35.455 2.667 LGA G 263 G 263 2.135 0 0.108 0.108 2.315 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.634 0 0.000 0.449 1.742 50.909 57.576 0.533 LGA R 265 R 265 1.477 0 0.084 0.993 3.131 61.818 56.033 3.131 LGA T 266 T 266 1.241 0 0.000 0.105 1.347 65.455 65.455 1.269 LGA I 267 I 267 0.975 0 0.035 0.086 1.147 73.636 75.682 1.080 LGA R 268 R 268 0.695 0 0.005 0.975 2.716 81.818 69.917 2.716 LGA P 269 P 269 0.484 0 0.000 0.011 0.696 95.455 89.610 0.696 LGA E 270 E 270 0.262 0 0.000 0.858 3.251 100.000 78.586 2.320 LGA K 271 K 271 0.187 0 0.040 0.658 3.436 100.000 72.525 3.035 LGA E 272 E 272 0.348 0 0.044 0.069 1.358 100.000 84.444 1.358 LGA Q 273 Q 273 0.447 0 0.022 0.081 0.772 95.455 89.899 0.657 LGA I 274 I 274 0.331 0 0.047 0.070 0.520 100.000 97.727 0.520 LGA V 275 V 275 0.027 0 0.013 0.020 0.286 100.000 100.000 0.286 LGA V 276 V 276 0.239 0 0.000 0.052 0.480 100.000 100.000 0.415 LGA Q 277 Q 277 0.234 0 0.041 0.638 3.163 100.000 75.960 3.163 LGA D 278 D 278 0.173 0 0.035 0.155 0.464 100.000 100.000 0.464 LGA A 279 A 279 0.282 0 0.015 0.046 0.320 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.213 0 0.038 0.269 0.689 100.000 92.727 0.689 LGA A 281 A 281 0.265 0 0.000 0.000 0.350 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.285 0 0.011 0.029 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA I 283 I 283 0.476 0 0.045 0.082 0.794 90.909 88.636 0.602 LGA I 284 I 284 0.495 0 0.000 0.084 0.536 95.455 97.727 0.425 LGA D 285 D 285 0.847 0 0.074 0.965 3.355 81.818 67.727 1.288 LGA K 286 K 286 0.740 0 0.028 0.280 1.235 81.818 80.000 1.235 LGA E 287 E 287 0.774 0 0.036 0.236 1.115 81.818 80.000 0.508 LGA Q 288 Q 288 0.532 0 0.000 0.369 0.940 90.909 85.859 0.881 LGA F 289 F 289 0.364 0 0.040 0.124 0.709 100.000 93.388 0.691 LGA Q 290 Q 290 0.651 0 0.012 0.612 1.964 81.818 69.697 1.755 LGA Q 291 Q 291 0.383 0 0.000 0.247 1.059 100.000 92.121 1.059 LGA S 292 S 292 0.224 0 0.060 0.055 0.437 100.000 100.000 0.160 LGA Q 293 Q 293 0.599 0 0.039 0.231 0.927 86.364 83.838 0.927 LGA V 294 V 294 0.766 0 0.017 0.048 0.852 81.818 81.818 0.730 LGA K 295 K 295 0.580 0 0.054 0.183 1.099 77.727 82.020 0.662 LGA I 296 I 296 0.931 0 0.027 0.071 1.456 73.636 75.682 0.646 LGA A 297 A 297 1.511 0 0.117 0.141 2.336 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.419 0 0.036 0.571 2.608 49.091 63.636 0.940 LGA K 299 K 299 3.328 0 0.337 0.978 13.838 43.182 19.192 13.838 LGA V 300 V 300 2.290 0 0.119 0.125 4.976 44.545 26.753 4.976 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.974 0.934 1.870 84.896 79.146 64.874 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.444 97.320 12.567 LGA_LOCAL RMSD: 0.974 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.974 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.974 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.769950 * X + 0.437966 * Y + -0.464071 * Z + 153.598251 Y_new = -0.270459 * X + 0.434723 * Y + 0.858992 * Z + 152.573532 Z_new = 0.577952 * X + 0.786893 * Y + -0.216264 * Z + 139.167999 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.803789 -0.616217 1.839007 [DEG: -160.6453 -35.3066 105.3673 ] ZXZ: -2.646265 1.788782 0.633490 [DEG: -151.6198 102.4897 36.2963 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS369_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS369_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.320 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS369_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.041 186.971 153.667 1.00 86.34 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.345 187.736 154.710 1.00 86.39 C ATOM 1347 C GLY 165 150.822 187.567 154.719 1.00 87.87 C ATOM 1348 O GLY 165 150.118 188.353 155.352 1.00 85.21 O ATOM 1349 N LYS 166 150.293 186.549 154.028 1.00 87.56 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.861 186.246 154.011 1.00 87.41 C ATOM 1351 C LYS 166 148.460 185.488 155.283 1.00 88.17 C ATOM 1352 O LYS 166 149.200 184.639 155.778 1.00 86.27 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.473 185.482 152.728 1.00 86.00 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.721 186.312 151.447 1.00 83.16 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.330 185.594 150.145 1.00 79.83 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.613 186.522 148.950 1.00 74.63 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.313 185.941 147.613 1.00 67.75 N ATOM 1358 N TRP 167 147.263 185.767 155.794 1.00 88.83 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.709 185.067 156.958 1.00 89.43 C ATOM 1360 C TRP 167 145.988 183.795 156.524 1.00 89.07 C ATOM 1361 O TRP 167 145.002 183.850 155.792 1.00 86.23 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.781 185.999 157.725 1.00 88.78 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.324 185.423 159.028 1.00 89.02 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.184 184.738 159.234 1.00 85.95 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.030 185.447 160.309 1.00 87.58 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.123 184.341 160.565 1.00 85.85 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.231 184.755 161.252 1.00 87.02 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.253 185.993 160.742 1.00 86.67 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.641 184.602 162.595 1.00 86.24 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.656 185.843 162.079 1.00 84.63 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.855 185.151 162.992 1.00 84.13 C ATOM 1372 N ILE 168 146.475 182.652 156.988 1.00 86.61 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.020 181.322 156.549 1.00 84.97 C ATOM 1374 C ILE 168 145.422 180.509 157.705 1.00 83.84 C ATOM 1375 O ILE 168 144.741 179.508 157.498 1.00 78.02 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.199 180.591 155.864 1.00 81.82 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.779 181.479 154.735 1.00 77.13 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.783 179.229 155.292 1.00 75.02 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.028 180.912 154.103 1.00 71.10 C ATOM 1380 N SER 169 145.653 180.942 158.931 1.00 83.62 N ATOM 1381 CA SER 169 145.080 180.336 160.130 1.00 82.25 C ATOM 1382 C SER 169 143.568 180.594 160.231 1.00 81.47 C ATOM 1383 O SER 169 142.985 181.254 159.377 1.00 75.27 O ATOM 1384 CB SER 169 145.836 180.844 161.355 1.00 78.55 C ATOM 1385 OG SER 169 147.197 180.489 161.261 1.00 73.51 O ATOM 1386 N GLY 170 142.923 180.041 161.257 1.00 78.87 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.470 180.111 161.422 1.00 78.01 C ATOM 1388 C GLY 170 140.933 181.518 161.694 1.00 80.78 C ATOM 1389 O GLY 170 140.925 182.375 160.821 1.00 77.20 O ATOM 1390 N LEU 171 140.470 181.750 162.932 1.00 81.79 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.945 183.056 163.336 1.00 81.77 C ATOM 1392 C LEU 171 141.038 184.125 163.254 1.00 82.94 C ATOM 1393 O LEU 171 142.153 183.911 163.737 1.00 80.81 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.376 182.966 164.764 1.00 78.70 C ATOM 1395 CG LEU 171 138.062 182.170 164.854 1.00 74.49 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.800 181.734 166.289 1.00 68.49 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.869 183.005 164.379 1.00 67.68 C ATOM 1398 N ALA 172 140.683 185.270 162.682 1.00 85.44 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.530 186.450 162.748 1.00 85.70 C ATOM 1400 C ALA 172 141.727 186.876 164.219 1.00 86.69 C ATOM 1401 O ALA 172 140.811 186.702 165.030 1.00 84.66 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.896 187.561 161.904 1.00 83.64 C ATOM 1403 N PRO 173 142.898 187.411 164.589 1.00 87.96 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.112 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