####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS345_6-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS345_6-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.07 1.07 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.07 1.07 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 131 165 - 296 1.00 1.08 LCS_AVERAGE: 96.69 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 131 135 135 54 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 131 135 135 38 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 131 135 135 49 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 131 135 135 7 92 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 131 135 135 3 7 25 119 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 131 135 135 38 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 131 135 135 3 3 67 80 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 131 135 135 43 98 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 131 135 135 53 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 131 135 135 25 103 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 131 135 135 25 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 131 135 135 47 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 131 135 135 64 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 131 135 135 64 107 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 131 135 135 66 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 131 135 135 63 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 131 135 135 35 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 131 135 135 33 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 131 135 135 8 107 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 131 135 135 9 107 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 131 135 135 13 92 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 131 135 135 3 20 58 121 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 131 135 135 3 16 50 104 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 131 135 135 38 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 131 135 135 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 131 135 135 52 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 131 135 135 52 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 131 135 135 53 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 131 135 135 48 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 128 135 135 21 91 119 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 128 135 135 24 104 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 118 135 135 3 3 58 109 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 86 135 135 3 3 25 111 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.90 ( 96.69 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 108 120 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 80.00 88.89 93.33 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.54 0.66 0.79 0.92 1.03 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 GDT RMS_ALL_AT 1.32 1.15 1.12 1.09 1.08 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.014 0 0.000 0.000 1.074 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 1.137 0 0.051 0.111 2.288 65.455 56.162 2.288 LGA W 167 W 167 0.906 0 0.069 0.172 1.387 73.636 78.571 0.747 LGA I 168 I 168 1.550 0 0.030 1.525 4.882 55.455 42.955 4.882 LGA S 169 S 169 2.576 0 0.621 0.548 5.211 39.091 26.970 5.211 LGA G 170 G 170 0.875 0 0.156 0.156 1.170 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.952 0 0.000 0.860 4.200 81.818 57.500 3.431 LGA A 172 A 172 0.986 0 0.040 0.051 1.133 82.273 78.909 - LGA P 173 P 173 0.554 0 0.027 0.091 1.059 81.818 77.143 1.059 LGA Y 174 Y 174 0.602 0 0.061 0.195 0.990 81.818 81.818 0.922 LGA G 175 G 175 0.703 0 0.069 0.069 0.703 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.616 0 0.055 0.113 0.706 81.818 89.394 0.263 LGA Q 177 Q 177 0.925 0 0.052 0.428 1.651 81.818 76.566 1.127 LGA L 178 L 178 0.789 0 0.076 0.102 1.018 77.727 79.773 0.951 LGA N 179 N 179 0.977 0 0.177 0.663 4.551 73.636 44.545 4.551 LGA K 180 K 180 3.254 0 0.309 0.973 13.029 29.545 13.131 13.029 LGA K 181 K 181 1.740 0 0.338 0.970 8.636 70.000 34.343 8.636 LGA T 182 T 182 0.537 0 0.071 1.102 3.255 77.727 68.052 3.255 LGA S 183 S 183 1.303 0 0.144 0.129 1.797 69.545 63.333 1.787 LGA K 184 K 184 1.063 0 0.049 0.873 2.975 69.545 66.667 2.975 LGA L 185 L 185 0.697 0 0.063 0.070 0.729 81.818 84.091 0.416 LGA D 186 D 186 0.376 0 0.061 0.098 0.837 90.909 95.455 0.078 LGA P 187 P 187 0.681 0 0.018 0.053 1.479 73.636 77.143 0.672 LGA V 188 V 188 1.116 0 0.027 0.047 1.322 69.545 67.792 1.322 LGA E 189 E 189 1.247 0 0.018 0.932 3.544 65.455 51.111 3.270 LGA D 190 D 190 1.304 0 0.015 0.039 1.729 69.545 62.045 1.729 LGA E 191 E 191 0.960 0 0.054 0.120 1.505 82.273 71.313 1.505 LGA A 192 A 192 0.465 0 0.000 0.000 0.632 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.637 0 0.044 0.681 3.607 81.818 65.051 3.491 LGA V 194 V 194 0.553 0 0.031 0.045 0.736 90.909 87.013 0.643 LGA V 195 V 195 0.166 0 0.000 0.000 0.311 100.000 100.000 0.144 LGA Q 196 Q 196 0.287 0 0.020 0.248 1.453 100.000 88.485 1.453 LGA L 197 L 197 0.322 0 0.022 0.038 0.587 100.000 95.455 0.543 LGA I 198 I 198 0.146 0 0.089 0.096 0.335 100.000 100.000 0.255 LGA F 199 F 199 0.240 0 0.051 0.089 0.372 100.000 100.000 0.135 LGA N 200 N 200 0.320 0 0.027 0.708 1.547 100.000 89.545 1.459 LGA I 201 I 201 0.140 0 0.038 0.044 0.297 100.000 100.000 0.028 LGA F 202 F 202 0.205 0 0.000 0.063 0.615 100.000 96.694 0.607 LGA L 203 L 203 0.444 0 0.000 0.111 1.128 100.000 88.864 0.925 LGA N 204 N 204 0.292 0 0.037 0.061 1.191 100.000 88.864 0.987 LGA G 205 G 205 0.145 0 0.050 0.050 0.279 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.326 0 0.029 0.280 0.988 90.909 93.182 0.415 LGA N 207 N 207 0.921 0 0.068 0.215 1.224 77.727 73.636 1.171 LGA G 208 G 208 1.070 0 0.000 0.000 1.328 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.168 0 0.043 0.219 2.223 69.545 57.980 2.223 LGA D 210 D 210 1.086 0 0.100 0.303 1.124 69.545 80.455 0.174 LGA Y 211 Y 211 1.694 0 0.109 0.487 2.108 58.182 54.848 1.499 LGA S 212 S 212 2.371 0 0.691 0.759 6.220 34.545 23.939 6.220 LGA Y 213 Y 213 2.774 0 0.171 1.641 14.575 45.455 15.303 14.575 LGA A 215 A 215 1.035 0 0.206 0.219 1.973 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.461 0 0.037 0.198 0.540 95.455 93.182 0.540 LGA A 217 A 217 0.319 0 0.031 0.042 0.388 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.473 0 0.049 0.052 0.994 100.000 93.939 0.994 LGA H 219 H 219 0.382 0 0.020 0.045 0.511 100.000 98.182 0.511 LGA L 220 L 220 0.312 0 0.014 0.082 0.376 100.000 100.000 0.376 LGA T 221 T 221 0.099 0 0.030 0.034 0.239 100.000 100.000 0.076 LGA N 222 N 222 0.240 0 0.032 0.050 0.432 100.000 100.000 0.339 LGA L 223 L 223 0.522 0 0.039 0.060 0.928 95.455 88.636 0.927 LGA Q 224 Q 224 0.396 0 0.025 0.853 4.522 95.455 66.061 4.522 LGA I 225 I 225 0.266 0 0.052 0.112 0.352 100.000 100.000 0.155 LGA P 226 P 226 0.411 0 0.046 0.052 0.646 100.000 92.208 0.646 LGA T 227 T 227 0.512 0 0.028 0.223 0.709 86.364 87.013 0.476 LGA P 228 P 228 0.918 0 0.143 0.159 1.073 81.818 77.143 1.073 LGA S 229 S 229 0.737 0 0.107 0.104 0.839 90.909 87.879 0.811 LGA G 230 G 230 0.473 0 0.000 0.000 0.530 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.401 0 0.149 0.689 2.989 86.818 80.000 2.989 LGA K 232 K 232 0.259 0 0.227 0.869 3.675 90.909 71.111 3.675 LGA R 233 R 233 0.322 0 0.043 1.411 8.504 95.455 50.248 8.504 LGA W 234 W 234 0.490 0 0.048 0.093 0.682 100.000 93.506 0.499 LGA N 235 N 235 0.652 0 0.019 0.852 2.300 81.818 74.318 2.300 LGA Q 236 Q 236 0.413 0 0.039 0.921 3.384 95.455 81.010 0.869 LGA Y 237 Y 237 0.755 0 0.045 0.403 2.001 86.364 72.879 2.001 LGA T 238 T 238 0.654 0 0.025 0.245 1.011 81.818 79.481 1.011 LGA I 239 I 239 0.475 0 0.012 0.081 0.593 95.455 97.727 0.378 LGA K 240 K 240 0.677 0 0.054 0.624 4.542 81.818 62.020 4.542 LGA A 241 A 241 0.756 0 0.073 0.077 0.891 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.239 0 0.045 0.051 0.865 100.000 93.182 0.865 LGA L 243 L 243 0.224 0 0.033 0.142 0.562 95.455 97.727 0.152 LGA Q 244 Q 244 0.495 0 0.029 0.317 1.087 90.909 86.263 1.087 LGA N 245 N 245 0.568 0 0.000 0.083 0.725 86.364 84.091 0.725 LGA E 246 E 246 0.393 0 0.000 0.691 2.008 100.000 85.657 1.594 LGA V 247 V 247 0.247 0 0.032 0.107 0.366 100.000 100.000 0.366 LGA Y 248 Y 248 0.349 0 0.000 0.146 0.996 100.000 93.939 0.996 LGA I 249 I 249 0.313 0 0.063 0.072 0.660 100.000 95.455 0.597 LGA G 250 G 250 0.177 0 0.031 0.031 0.333 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.418 0 0.046 0.051 0.510 100.000 97.403 0.408 LGA V 252 V 252 0.536 0 0.045 0.118 1.068 90.909 84.675 1.068 LGA K 253 K 253 0.330 0 0.034 0.226 0.640 95.455 93.939 0.367 LGA Y 254 Y 254 0.441 0 0.052 0.360 2.220 100.000 83.333 2.220 LGA K 255 K 255 0.693 0 0.080 0.263 1.098 77.727 80.000 0.599 LGA V 256 V 256 0.769 0 0.121 0.135 0.857 86.364 84.416 0.756 LGA R 257 R 257 0.936 0 0.078 1.178 5.911 73.636 52.066 3.932 LGA E 258 E 258 1.207 0 0.044 0.930 4.977 58.182 42.424 4.977 LGA K 259 K 259 1.791 0 0.024 0.096 2.800 50.909 41.414 2.800 LGA T 260 T 260 2.194 0 0.016 0.062 2.505 35.455 36.623 2.366 LGA K 261 K 261 2.927 0 0.038 0.886 8.562 25.000 14.343 8.562 LGA D 262 D 262 2.942 0 0.040 0.918 4.521 27.273 19.318 4.521 LGA G 263 G 263 2.401 0 0.084 0.084 2.504 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.915 0 0.013 0.493 2.573 47.727 45.455 2.573 LGA R 265 R 265 1.288 0 0.102 1.019 4.101 65.909 50.248 4.101 LGA T 266 T 266 1.121 0 0.045 0.173 1.429 69.545 67.792 1.084 LGA I 267 I 267 0.664 0 0.041 0.083 0.838 81.818 81.818 0.830 LGA R 268 R 268 0.649 0 0.000 0.967 2.981 81.818 67.107 2.124 LGA P 269 P 269 0.699 0 0.000 0.014 0.874 81.818 81.818 0.874 LGA E 270 E 270 0.641 0 0.004 0.852 3.254 81.818 65.253 2.573 LGA K 271 K 271 0.872 0 0.043 0.662 2.547 81.818 68.687 1.959 LGA E 272 E 272 0.627 0 0.078 0.195 1.584 81.818 74.747 1.247 LGA Q 273 Q 273 0.685 0 0.016 0.040 0.713 81.818 81.818 0.713 LGA I 274 I 274 0.674 0 0.078 0.102 0.846 81.818 81.818 0.846 LGA V 275 V 275 0.342 0 0.051 0.069 0.517 100.000 94.805 0.506 LGA V 276 V 276 0.612 0 0.000 0.036 0.782 90.909 87.013 0.782 LGA Q 277 Q 277 0.430 0 0.048 0.654 3.102 100.000 73.939 3.102 LGA D 278 D 278 0.340 0 0.045 0.145 0.737 100.000 97.727 0.737 LGA A 279 A 279 0.548 0 0.030 0.049 0.630 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.232 0 0.038 0.145 0.434 100.000 100.000 0.122 LGA A 281 A 281 0.216 0 0.000 0.000 0.349 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.212 0 0.015 0.021 0.514 95.455 97.403 0.455 LGA I 283 I 283 0.339 0 0.009 0.070 0.592 95.455 93.182 0.569 LGA I 284 I 284 0.438 0 0.000 0.069 0.559 90.909 95.455 0.363 LGA D 285 D 285 0.978 0 0.028 0.967 2.600 81.818 67.045 2.600 LGA K 286 K 286 1.076 0 0.020 0.283 1.222 65.455 70.909 0.944 LGA E 287 E 287 1.105 0 0.031 0.395 1.336 73.636 72.727 1.279 LGA Q 288 Q 288 0.776 0 0.000 0.250 1.851 81.818 71.313 1.602 LGA F 289 F 289 0.809 0 0.043 0.121 1.141 81.818 75.868 1.122 LGA Q 290 Q 290 1.066 0 0.000 1.199 2.924 73.636 63.232 2.924 LGA Q 291 Q 291 0.790 0 0.000 0.191 0.965 81.818 81.818 0.965 LGA S 292 S 292 0.712 0 0.049 0.680 2.830 81.818 72.727 2.830 LGA Q 293 Q 293 1.090 0 0.039 0.276 1.703 69.545 62.424 1.703 LGA V 294 V 294 1.158 0 0.018 0.053 1.274 65.455 65.455 1.077 LGA K 295 K 295 0.772 0 0.070 0.147 1.227 77.727 80.000 0.523 LGA I 296 I 296 1.116 0 0.029 0.086 1.613 65.909 67.727 1.033 LGA A 297 A 297 1.799 0 0.131 0.155 2.562 45.000 46.182 - LGA N 298 N 298 1.194 0 0.119 0.552 2.719 49.091 63.864 1.671 LGA K 299 K 299 3.435 0 0.276 0.978 13.787 36.364 16.364 13.787 LGA V 300 V 300 2.575 0 0.154 0.192 4.456 30.000 20.260 4.417 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.072 1.039 1.949 80.906 75.001 60.000 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.07 93.333 96.836 11.522 LGA_LOCAL RMSD: 1.072 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.072 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.072 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.407442 * X + 0.913213 * Y + 0.005780 * Z + 140.666580 Y_new = -0.887581 * X + -0.394501 * Y + -0.237842 * Z + 171.540237 Z_new = -0.214920 * X + -0.102037 * Y + 0.971287 * Z + 176.434402 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.001149 0.216610 -0.104670 [DEG: -114.6574 12.4108 -5.9971 ] ZXZ: 0.024298 0.240216 -2.014056 [DEG: 1.3922 13.7633 -115.3969 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS345_6-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS345_6-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.07 96.836 1.07 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS345_6-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 6 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.606 186.796 153.698 1.00 94.01 N ATOM 2719 CA GLY 165 151.984 187.521 154.809 1.00 94.01 C ATOM 2722 C GLY 165 150.456 187.408 154.852 1.00 94.01 C ATOM 2723 O GLY 165 149.799 188.223 155.495 1.00 94.01 O ATOM 2724 N LYS 166 149.860 186.426 154.160 1.00 94.66 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.410 186.184 154.215 1.00 94.66 C ATOM 2728 C LYS 166 148.032 185.457 155.502 1.00 94.66 C ATOM 2729 CB LYS 166 147.918 185.403 152.993 1.00 94.66 C ATOM 2732 O LYS 166 148.755 184.584 155.987 1.00 94.66 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.066 186.205 151.695 1.00 94.66 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.745 185.322 150.485 1.00 94.66 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.640 186.186 149.227 1.00 94.66 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.715 185.361 148.001 1.00 94.66 N ATOM 2746 N TRP 167 146.850 185.760 156.026 1.00 95.09 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.340 185.117 157.227 1.00 95.09 C ATOM 2750 C TRP 167 145.665 183.782 156.902 1.00 95.09 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.407 186.067 157.964 1.00 95.09 C ATOM 2754 O TRP 167 144.601 183.728 156.290 1.00 95.09 O ATOM 2755 CG TRP 167 144.909 185.517 159.259 1.00 95.09 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.708 184.936 159.479 1.00 95.09 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.620 185.467 160.529 1.00 95.09 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.773 184.847 161.495 1.00 95.09 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 146.896 185.888 160.958 1.00 95.09 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.622 184.546 160.802 1.00 95.09 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.444 185.101 163.225 1.00 95.09 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.169 184.663 162.826 1.00 95.09 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.304 185.712 162.294 1.00 95.09 C ATOM 2770 N ILE 168 146.285 182.688 157.346 1.00 92.18 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.822 181.305 157.112 1.00 92.18 C ATOM 2774 C ILE 168 145.541 180.527 158.408 1.00 92.18 C ATOM 2775 CB ILE 168 146.822 180.555 156.212 1.00 92.18 C ATOM 2777 O ILE 168 145.245 179.331 158.373 1.00 92.18 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.237 180.606 156.819 1.00 92.18 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.789 181.097 154.774 1.00 92.18 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.166 179.647 156.092 1.00 92.18 C ATOM 2789 N SER 169 145.641 181.188 159.563 1.00 85.51 N ATOM 2791 CA SER 169 145.588 180.559 160.892 1.00 85.51 C ATOM 2793 C SER 169 144.168 180.428 161.471 1.00 85.51 C ATOM 2794 CB SER 169 146.549 181.281 161.846 1.00 85.51 C ATOM 2797 O SER 169 144.019 180.115 162.652 1.00 85.51 O ATOM 2798 OG SER 169 147.886 181.098 161.402 1.00 85.51 O ATOM 2800 N GLY 170 143.123 180.618 160.657 1.00 87.68 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 139.243 191.531 159.810 1.00 95.01 C ATOM 2903 C GLN 177 140.057 190.990 158.635 1.00 95.01 C ATOM 2904 CB GLN 177 138.026 192.349 159.361 1.00 95.01 C ATOM 2907 O GLN 177 141.044 191.584 158.207 1.00 95.01 O ATOM 2908 CG GLN 177 138.391 193.601 158.545 1.00 95.01 C ATOM 2911 CD GLN 177 137.163 194.367 158.071 1.00 95.01 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 137.315 195.247 157.109 1.00 95.01 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 136.045 194.174 158.519 1.00 95.01 O ATOM 2916 N LEU 178 139.644 189.845 158.088 1.00 95.47 N ATOM 2918 CA LEU 178 140.283 189.281 156.902 1.00 95.47 C ATOM 2920 C LEU 178 139.763 189.975 155.640 1.00 95.47 C ATOM 2921 CB LEU 178 140.047 187.762 156.858 1.00 95.47 C ATOM 2924 O LEU 178 138.591 189.829 155.280 1.00 95.47 O ATOM 2925 CG LEU 178 140.811 187.063 155.717 1.00 95.47 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 142.312 187.061 155.986 1.00 95.47 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 140.356 185.610 155.602 1.00 95.47 C ATOM 2935 N ASN 179 140.645 190.653 154.913 1.00 93.95 N ATOM 2937 CA ASN 179 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