####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS345_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS345_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 60 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 60 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 51 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 103 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 53 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 67 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 49 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 35 46 106 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 81 115 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 29 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 26 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 41 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 60 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 35 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 84 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 3 85 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 75 96 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 9 53 124 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 119 128 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 88.15 94.81 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.51 0.65 0.70 0.74 0.78 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.92 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.762 0 0.020 0.020 0.784 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.754 0 0.057 0.140 1.767 81.818 72.929 1.767 LGA W 167 W 167 0.533 0 0.043 0.108 0.822 81.818 85.714 0.699 LGA I 168 I 168 0.906 0 0.084 0.760 3.025 70.000 60.000 3.025 LGA S 169 S 169 1.328 0 0.104 0.830 4.660 69.545 55.152 4.660 LGA G 170 G 170 0.855 0 0.077 0.077 0.929 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.800 0 0.000 1.310 4.414 86.364 68.636 0.993 LGA A 172 A 172 0.533 0 0.028 0.028 0.698 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.326 0 0.031 0.325 1.493 100.000 89.870 1.493 LGA Y 174 Y 174 0.454 0 0.028 0.166 0.877 95.455 86.364 0.877 LGA G 175 G 175 0.222 0 0.058 0.058 0.248 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.222 0 0.029 0.143 0.328 100.000 100.000 0.093 LGA Q 177 Q 177 0.508 0 0.049 0.244 0.933 90.909 89.899 0.632 LGA L 178 L 178 0.443 0 0.080 0.098 0.975 90.909 88.636 0.975 LGA N 179 N 179 0.929 0 0.184 0.614 4.367 70.909 45.455 4.367 LGA K 180 K 180 4.074 0 0.296 0.971 13.912 19.091 8.485 13.912 LGA K 181 K 181 1.186 0 0.346 0.985 7.595 82.273 41.616 7.595 LGA T 182 T 182 0.504 0 0.051 1.105 3.340 82.273 68.312 3.340 LGA S 183 S 183 1.058 0 0.132 0.119 1.409 69.545 68.182 1.317 LGA K 184 K 184 1.020 0 0.053 0.840 2.505 69.545 66.667 2.505 LGA L 185 L 185 0.483 0 0.062 0.071 0.525 95.455 97.727 0.434 LGA D 186 D 186 0.063 0 0.062 0.100 0.516 100.000 97.727 0.516 LGA P 187 P 187 0.501 0 0.000 0.361 1.196 82.273 84.675 0.613 LGA V 188 V 188 0.711 0 0.000 0.028 0.781 81.818 81.818 0.781 LGA E 189 E 189 0.742 0 0.011 0.311 1.654 81.818 78.384 1.654 LGA D 190 D 190 0.705 0 0.029 0.063 0.906 86.364 84.091 0.906 LGA E 191 E 191 0.472 0 0.037 0.088 0.804 95.455 91.919 0.804 LGA A 192 A 192 0.309 0 0.000 0.000 0.407 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.323 0 0.028 0.653 2.848 100.000 83.838 2.591 LGA V 194 V 194 0.280 0 0.027 0.047 0.336 100.000 100.000 0.313 LGA V 195 V 195 0.100 0 0.000 0.000 0.177 100.000 100.000 0.128 LGA Q 196 Q 196 0.249 0 0.025 0.263 1.338 100.000 90.303 1.155 LGA L 197 L 197 0.233 0 0.017 0.053 0.369 100.000 100.000 0.369 LGA I 198 I 198 0.170 0 0.081 0.092 0.337 100.000 100.000 0.225 LGA F 199 F 199 0.278 0 0.043 0.083 0.371 100.000 100.000 0.129 LGA N 200 N 200 0.282 0 0.042 0.702 1.757 100.000 89.545 1.757 LGA I 201 I 201 0.070 0 0.032 0.046 0.192 100.000 100.000 0.079 LGA F 202 F 202 0.148 0 0.000 0.060 0.518 100.000 98.347 0.518 LGA L 203 L 203 0.445 0 0.000 0.072 0.997 95.455 88.636 0.934 LGA N 204 N 204 0.167 0 0.000 0.098 1.167 100.000 91.136 0.874 LGA G 205 G 205 0.529 0 0.056 0.056 0.574 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.770 0 0.000 0.044 1.176 73.636 82.273 0.266 LGA N 207 N 207 1.599 0 0.072 0.290 2.286 54.545 51.136 1.930 LGA G 208 G 208 1.616 0 0.000 0.000 1.793 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.667 0 0.038 0.697 1.893 58.182 64.646 1.466 LGA D 210 D 210 1.477 0 0.061 0.814 2.223 61.818 56.591 2.223 LGA Y 211 Y 211 1.790 0 0.132 0.400 2.015 54.545 51.061 1.590 LGA S 212 S 212 2.214 0 0.693 0.763 5.819 36.364 26.061 5.819 LGA Y 213 Y 213 3.021 0 0.155 1.619 14.922 36.364 12.273 14.922 LGA A 215 A 215 0.947 0 0.207 0.222 2.000 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.353 0 0.024 0.175 0.521 100.000 95.455 0.513 LGA A 217 A 217 0.270 0 0.033 0.050 0.363 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.510 0 0.054 0.107 1.353 95.455 88.182 1.353 LGA H 219 H 219 0.127 0 0.000 0.037 0.311 100.000 100.000 0.311 LGA L 220 L 220 0.223 0 0.000 0.084 0.460 100.000 100.000 0.460 LGA T 221 T 221 0.418 0 0.017 0.036 0.582 95.455 94.805 0.485 LGA N 222 N 222 0.463 0 0.030 0.040 0.660 90.909 95.455 0.458 LGA L 223 L 223 0.536 0 0.042 0.050 0.844 90.909 88.636 0.636 LGA Q 224 Q 224 0.673 0 0.027 0.802 3.887 77.727 58.990 3.887 LGA I 225 I 225 0.738 0 0.058 0.140 0.761 81.818 86.364 0.382 LGA P 226 P 226 0.771 0 0.064 0.071 0.916 81.818 81.818 0.858 LGA T 227 T 227 0.197 0 0.037 0.157 0.652 95.455 94.805 0.338 LGA P 228 P 228 0.569 0 0.080 0.083 0.808 95.455 89.610 0.808 LGA S 229 S 229 0.538 0 0.129 0.122 1.265 90.909 82.424 1.265 LGA G 230 G 230 0.491 0 0.064 0.064 1.148 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.962 0 0.113 0.678 3.432 73.636 65.657 3.432 LGA K 232 K 232 0.913 0 0.165 0.871 4.294 77.727 54.747 4.294 LGA R 233 R 233 0.599 0 0.037 1.391 8.149 81.818 45.289 8.149 LGA W 234 W 234 0.307 0 0.049 0.098 0.630 100.000 97.403 0.436 LGA N 235 N 235 0.663 0 0.028 0.800 2.205 81.818 74.318 2.205 LGA Q 236 Q 236 0.599 0 0.033 0.840 3.327 86.364 74.949 0.522 LGA Y 237 Y 237 0.447 0 0.041 0.381 1.977 95.455 79.697 1.977 LGA T 238 T 238 0.270 0 0.021 0.281 0.858 100.000 94.805 0.858 LGA I 239 I 239 0.243 0 0.019 0.084 0.312 100.000 100.000 0.219 LGA K 240 K 240 0.388 0 0.058 0.613 4.141 100.000 73.737 4.141 LGA A 241 A 241 0.422 0 0.062 0.065 0.601 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.361 0 0.047 0.062 0.829 95.455 88.636 0.829 LGA L 243 L 243 0.250 0 0.041 0.132 0.554 95.455 97.727 0.155 LGA Q 244 Q 244 0.265 0 0.013 0.334 1.497 95.455 86.465 1.384 LGA N 245 N 245 0.375 0 0.000 0.097 0.679 100.000 93.182 0.679 LGA E 246 E 246 0.332 0 0.000 0.570 1.779 100.000 88.687 1.472 LGA V 247 V 247 0.181 0 0.023 0.065 0.216 100.000 100.000 0.088 LGA Y 248 Y 248 0.293 0 0.000 0.104 0.930 100.000 92.424 0.930 LGA I 249 I 249 0.256 0 0.068 0.095 0.428 100.000 100.000 0.372 LGA G 250 G 250 0.196 0 0.050 0.050 0.262 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.137 0 0.044 0.054 0.346 100.000 100.000 0.346 LGA V 252 V 252 0.113 0 0.057 0.121 0.513 95.455 97.403 0.465 LGA K 253 K 253 0.493 0 0.027 0.118 0.792 90.909 85.859 0.792 LGA Y 254 Y 254 0.668 0 0.040 0.357 2.610 86.364 69.545 2.610 LGA K 255 K 255 0.720 0 0.068 0.139 0.827 81.818 83.838 0.653 LGA V 256 V 256 0.576 0 0.077 0.086 0.654 81.818 81.818 0.600 LGA R 257 R 257 0.845 0 0.108 1.114 7.217 77.727 45.620 5.503 LGA E 258 E 258 0.459 0 0.116 1.124 4.758 86.364 57.172 4.758 LGA K 259 K 259 0.791 0 0.032 0.186 0.908 81.818 85.859 0.246 LGA T 260 T 260 0.942 0 0.015 0.139 1.422 81.818 74.805 1.157 LGA K 261 K 261 1.062 0 0.017 0.696 4.841 69.545 48.889 4.841 LGA D 262 D 262 1.278 0 0.076 0.064 1.660 65.455 61.818 1.660 LGA G 263 G 263 0.870 0 0.097 0.097 1.051 77.727 77.727 - LGA K 264 K 264 0.732 0 0.011 0.326 1.136 81.818 76.364 1.085 LGA R 265 R 265 0.576 0 0.129 0.966 3.284 81.818 56.694 2.260 LGA T 266 T 266 0.692 0 0.009 0.097 0.906 81.818 81.818 0.906 LGA I 267 I 267 0.639 0 0.035 0.085 0.795 81.818 84.091 0.481 LGA R 268 R 268 0.507 0 0.000 0.968 2.597 90.909 75.868 2.597 LGA P 269 P 269 0.408 0 0.000 0.013 0.536 100.000 97.403 0.536 LGA E 270 E 270 0.326 0 0.000 0.845 3.359 100.000 77.374 2.556 LGA K 271 K 271 0.320 0 0.041 0.647 3.022 100.000 73.535 2.602 LGA E 272 E 272 0.296 0 0.045 0.093 1.025 100.000 90.101 0.928 LGA Q 273 Q 273 0.476 0 0.012 0.071 0.631 90.909 89.899 0.573 LGA I 274 I 274 0.426 0 0.054 0.069 0.535 95.455 95.455 0.535 LGA V 275 V 275 0.159 0 0.025 0.025 0.260 100.000 100.000 0.210 LGA V 276 V 276 0.313 0 0.000 0.041 0.498 100.000 100.000 0.477 LGA Q 277 Q 277 0.331 0 0.048 0.635 3.148 100.000 73.939 3.148 LGA D 278 D 278 0.289 0 0.036 0.184 0.489 100.000 100.000 0.450 LGA A 279 A 279 0.314 0 0.019 0.047 0.351 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.233 0 0.034 0.253 0.684 100.000 92.727 0.684 LGA A 281 A 281 0.250 0 0.000 0.000 0.305 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.321 0 0.000 0.025 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA I 283 I 283 0.470 0 0.044 0.075 0.758 90.909 90.909 0.504 LGA I 284 I 284 0.447 0 0.000 0.058 0.486 100.000 100.000 0.317 LGA D 285 D 285 0.602 0 0.026 0.067 0.903 81.818 81.818 0.903 LGA K 286 K 286 0.601 0 0.000 0.275 1.378 81.818 80.000 1.378 LGA E 287 E 287 0.859 0 0.029 0.236 1.340 81.818 78.182 0.759 LGA Q 288 Q 288 0.604 0 0.000 0.505 1.384 90.909 82.222 0.991 LGA F 289 F 289 0.432 0 0.035 0.122 0.661 95.455 90.083 0.626 LGA Q 290 Q 290 0.680 0 0.000 1.066 3.216 81.818 71.111 3.216 LGA Q 291 Q 291 0.512 0 0.000 0.249 1.180 90.909 84.040 1.180 LGA S 292 S 292 0.282 0 0.057 0.061 0.533 95.455 96.970 0.194 LGA Q 293 Q 293 0.631 0 0.037 0.224 0.983 86.364 83.838 0.983 LGA V 294 V 294 0.945 0 0.000 0.055 1.051 77.727 74.805 1.036 LGA K 295 K 295 0.691 0 0.045 0.195 1.143 77.727 82.020 0.535 LGA I 296 I 296 0.978 0 0.028 0.073 1.511 70.000 73.864 0.655 LGA A 297 A 297 1.647 0 0.086 0.112 2.485 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.653 0 0.046 0.634 2.402 44.545 53.182 1.676 LGA K 299 K 299 3.175 0 0.400 1.095 14.474 43.182 19.192 14.474 LGA V 300 V 300 2.802 0 0.132 0.181 5.708 35.455 21.299 5.708 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.897 0.853 1.846 86.350 80.491 65.974 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 96.296 98.233 13.545 LGA_LOCAL RMSD: 0.897 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.897 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.897 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.550395 * X + 0.414524 * Y + 0.724732 * Z + 156.189194 Y_new = 0.766480 * X + 0.595029 * Y + 0.241762 * Z + 151.884277 Z_new = -0.331020 * X + 0.688557 * Y + -0.645225 * Z + 137.776123 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.193554 0.337385 2.323718 [DEG: 125.6814 19.3307 133.1392 ] ZXZ: 1.892777 2.272114 -0.448125 [DEG: 108.4481 130.1825 -25.6757 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS345_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS345_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 98.233 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS345_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.950 186.982 153.622 1.00 87.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.255 187.743 154.669 1.00 87.57 C ATOM 1347 C GLY 165 150.734 187.574 154.676 1.00 88.86 C ATOM 1348 O GLY 165 150.029 188.378 155.285 1.00 86.25 O ATOM 1349 N LYS 166 150.208 186.544 154.010 1.00 89.29 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.778 186.234 154.010 1.00 89.12 C ATOM 1351 C LYS 166 148.391 185.498 155.297 1.00 89.79 C ATOM 1352 O LYS 166 149.126 184.638 155.779 1.00 87.71 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.388 185.427 152.758 1.00 87.71 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.599 186.211 151.447 1.00 84.71 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.228 185.385 150.210 1.00 81.57 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.434 186.215 148.934 1.00 76.35 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.216 185.433 147.687 1.00 69.03 N ATOM 1358 N TRP 167 147.214 185.805 155.825 1.00 90.21 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.651 185.089 156.974 1.00 90.62 C ATOM 1360 C TRP 167 145.908 183.842 156.501 1.00 90.16 C ATOM 1361 O TRP 167 144.934 183.935 155.760 1.00 87.16 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.740 186.015 157.768 1.00 89.66 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.297 185.418 159.062 1.00 89.61 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.170 184.704 159.261 1.00 86.39 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.010 185.433 160.338 1.00 88.12 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.127 184.280 160.584 1.00 86.29 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.232 184.706 161.272 1.00 87.35 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.224 185.994 160.775 1.00 87.10 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.659 184.527 162.607 1.00 86.82 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.644 185.823 162.101 1.00 85.12 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.869 185.092 163.002 1.00 84.80 C ATOM 1372 N ILE 168 146.366 182.683 156.942 1.00 88.53 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.914 181.386 156.416 1.00 86.87 C ATOM 1374 C ILE 168 145.241 180.523 157.489 1.00 85.64 C ATOM 1375 O ILE 168 144.551 179.556 157.181 1.00 79.42 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.118 180.654 155.776 1.00 83.78 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.811 181.555 154.724 1.00 78.31 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.699 179.338 155.099 1.00 76.00 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.183 181.032 154.336 1.00 72.11 C ATOM 1380 N SER 169 145.429 180.860 158.755 1.00 84.81 N ATOM 1381 CA SER 169 145.014 179.997 159.852 1.00 83.19 C ATOM 1382 C SER 169 143.931 180.617 160.724 1.00 82.16 C ATOM 1383 O SER 169 144.104 181.699 161.273 1.00 75.11 O ATOM 1384 CB SER 169 146.261 179.561 160.633 1.00 79.49 C ATOM 1385 OG SER 169 146.333 180.079 161.921 1.00 74.17 O ATOM 1386 N GLY 170 142.847 179.877 160.908 1.00 81.27 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.823 180.152 161.905 1.00 80.82 C ATOM 1388 C GLY 170 141.103 181.492 161.769 1.00 83.16 C ATOM 1389 O GLY 170 141.046 182.102 160.705 1.00 79.65 O ATOM 1390 N LEU 171 140.527 181.922 162.904 1.00 84.69 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.913 183.240 163.018 1.00 84.25 C ATOM 1392 C LEU 171 141.001 184.313 162.997 1.00 85.42 C ATOM 1393 O LEU 171 142.089 184.107 163.539 1.00 83.10 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.091 183.315 164.315 1.00 81.27 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.833 182.427 164.303 1.00 77.17 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.295 182.238 165.715 1.00 70.73 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.714 183.035 163.444 1.00 69.97 C ATOM 1398 N ALA 172 140.670 185.458 162.410 1.00 86.93 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.515 186.635 162.524 1.00 87.51 C ATOM 1400 C ALA 172 141.705 187.003 164.010 1.00 88.57 C ATOM 1401 O ALA 172 140.763 186.849 164.798 1.00 86.56 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.876 187.780 161.731 1.00 85.38 C ATOM 1403 N PRO 173 142.890 187.458 164.418 1.00 89.66 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.108 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