####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS345_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS345_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.96 1.02 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 64 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 71 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 69 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 16 107 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 69 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 69 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 32 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 3 14 106 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 22 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 70 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 31 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 29 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 74 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 74 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 73 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 73 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 63 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 47 101 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 43 108 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 3 3 32 110 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 3 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 109 120 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 80.74 88.89 94.07 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.49 0.63 0.75 0.87 0.91 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.06 1.03 1.04 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.639 0 0.020 0.020 0.724 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.665 0 0.056 0.148 1.383 81.818 76.364 1.383 LGA W 167 W 167 0.506 0 0.042 0.108 0.754 81.818 87.013 0.686 LGA I 168 I 168 0.866 0 0.073 0.807 3.282 74.545 62.273 3.282 LGA S 169 S 169 1.371 0 0.019 0.561 4.580 73.636 55.758 4.580 LGA G 170 G 170 0.821 0 0.149 0.149 1.133 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.782 0 0.000 1.327 4.373 90.909 68.864 1.089 LGA A 172 A 172 0.483 0 0.033 0.039 0.648 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.215 0 0.035 0.337 1.485 100.000 92.468 1.485 LGA Y 174 Y 174 0.365 0 0.028 0.175 0.903 100.000 89.394 0.903 LGA G 175 G 175 0.226 0 0.066 0.066 0.226 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.192 0 0.035 0.133 0.328 100.000 100.000 0.135 LGA Q 177 Q 177 0.548 0 0.000 1.126 4.568 95.455 69.293 0.741 LGA L 178 L 178 0.416 0 0.082 0.108 0.873 95.455 90.909 0.873 LGA N 179 N 179 0.976 0 0.171 0.618 4.456 67.727 42.955 4.456 LGA K 180 K 180 4.267 0 0.287 0.970 14.049 13.182 5.859 14.049 LGA K 181 K 181 1.033 0 0.367 1.002 7.521 82.273 43.838 7.521 LGA T 182 T 182 0.569 0 0.058 1.106 3.341 82.273 68.312 3.341 LGA S 183 S 183 1.026 0 0.137 0.123 1.369 69.545 68.182 1.274 LGA K 184 K 184 1.069 0 0.058 0.830 2.512 69.545 64.848 2.512 LGA L 185 L 185 0.534 0 0.064 0.071 0.608 86.364 93.182 0.467 LGA D 186 D 186 0.035 0 0.059 0.099 0.655 100.000 95.455 0.655 LGA P 187 P 187 0.467 0 0.019 0.068 1.092 86.818 87.273 0.674 LGA V 188 V 188 0.676 0 0.000 0.031 0.754 81.818 81.818 0.754 LGA E 189 E 189 0.733 0 0.015 0.306 1.747 81.818 76.566 1.747 LGA D 190 D 190 0.718 0 0.031 0.057 0.997 86.364 84.091 0.997 LGA E 191 E 191 0.486 0 0.032 0.062 0.826 95.455 87.879 0.826 LGA A 192 A 192 0.300 0 0.000 0.000 0.388 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.332 0 0.024 0.659 2.859 100.000 83.838 2.611 LGA V 194 V 194 0.339 0 0.027 0.048 0.437 100.000 100.000 0.437 LGA V 195 V 195 0.101 0 0.000 0.000 0.166 100.000 100.000 0.095 LGA Q 196 Q 196 0.191 0 0.025 0.263 1.336 100.000 90.303 1.110 LGA L 197 L 197 0.221 0 0.023 0.056 0.481 100.000 100.000 0.461 LGA I 198 I 198 0.300 0 0.086 0.094 0.492 100.000 100.000 0.410 LGA F 199 F 199 0.264 0 0.047 0.084 0.376 100.000 100.000 0.167 LGA N 200 N 200 0.268 0 0.041 0.727 1.842 100.000 89.545 1.842 LGA I 201 I 201 0.168 0 0.031 0.049 0.235 100.000 100.000 0.191 LGA F 202 F 202 0.216 0 0.000 0.054 0.498 100.000 100.000 0.498 LGA L 203 L 203 0.393 0 0.000 0.061 0.812 100.000 93.182 0.758 LGA N 204 N 204 0.267 0 0.032 0.089 1.184 100.000 88.864 0.845 LGA G 205 G 205 0.632 0 0.050 0.050 0.710 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.886 0 0.013 0.098 1.365 73.636 82.273 0.231 LGA N 207 N 207 1.763 0 0.067 0.315 2.691 54.545 46.591 2.069 LGA G 208 G 208 1.775 0 0.000 0.000 1.853 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.790 0 0.029 0.646 2.086 54.545 64.848 0.950 LGA D 210 D 210 1.546 0 0.076 0.766 1.645 54.545 56.591 1.645 LGA Y 211 Y 211 1.949 0 0.126 0.416 2.123 50.909 48.788 1.655 LGA S 212 S 212 2.428 0 0.690 0.758 6.047 31.364 21.818 6.047 LGA Y 213 Y 213 2.915 0 0.154 1.631 14.815 41.818 14.091 14.815 LGA A 215 A 215 1.093 0 0.209 0.225 2.045 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.392 0 0.040 0.185 0.540 100.000 97.727 0.360 LGA A 217 A 217 0.291 0 0.038 0.050 0.370 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.568 0 0.047 0.106 1.371 90.909 85.152 1.371 LGA H 219 H 219 0.341 0 0.012 0.039 0.487 100.000 100.000 0.487 LGA L 220 L 220 0.317 0 0.014 0.086 0.478 100.000 100.000 0.478 LGA T 221 T 221 0.304 0 0.030 0.046 0.470 100.000 100.000 0.344 LGA N 222 N 222 0.362 0 0.037 0.048 0.556 95.455 95.455 0.505 LGA L 223 L 223 0.579 0 0.046 0.052 0.926 86.364 84.091 0.831 LGA Q 224 Q 224 0.635 0 0.021 0.804 4.163 81.818 62.222 4.163 LGA I 225 I 225 0.683 0 0.050 0.138 0.738 81.818 86.364 0.229 LGA P 226 P 226 0.808 0 0.068 0.073 0.994 81.818 81.818 0.961 LGA T 227 T 227 0.192 0 0.030 0.140 0.493 100.000 100.000 0.230 LGA P 228 P 228 0.726 0 0.079 0.083 0.909 81.818 81.818 0.909 LGA S 229 S 229 0.629 0 0.132 0.127 1.041 86.364 82.121 1.041 LGA G 230 G 230 0.440 0 0.065 0.065 0.989 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.745 0 0.108 0.679 3.212 78.182 73.131 3.212 LGA K 232 K 232 0.714 0 0.169 0.870 4.088 77.727 58.384 4.088 LGA R 233 R 233 0.345 0 0.032 1.354 8.210 100.000 51.570 8.210 LGA W 234 W 234 0.284 0 0.055 0.102 0.652 100.000 97.403 0.396 LGA N 235 N 235 0.711 0 0.022 0.846 2.502 81.818 75.000 2.502 LGA Q 236 Q 236 0.521 0 0.040 0.801 3.173 90.909 81.010 0.511 LGA Y 237 Y 237 0.480 0 0.041 0.379 1.810 95.455 81.061 1.810 LGA T 238 T 238 0.426 0 0.017 0.280 1.059 100.000 92.468 1.059 LGA I 239 I 239 0.267 0 0.016 0.085 0.466 100.000 100.000 0.466 LGA K 240 K 240 0.380 0 0.060 0.620 3.990 100.000 76.364 3.990 LGA A 241 A 241 0.442 0 0.053 0.056 0.537 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.313 0 0.047 0.067 0.905 100.000 90.909 0.905 LGA L 243 L 243 0.179 0 0.030 0.132 0.561 95.455 97.727 0.184 LGA Q 244 Q 244 0.302 0 0.014 0.315 1.294 95.455 88.283 1.294 LGA N 245 N 245 0.407 0 0.000 0.094 0.697 100.000 93.182 0.697 LGA E 246 E 246 0.394 0 0.000 0.642 1.934 100.000 88.687 1.357 LGA V 247 V 247 0.264 0 0.023 0.069 0.309 100.000 100.000 0.157 LGA Y 248 Y 248 0.325 0 0.000 0.105 1.057 100.000 91.061 1.057 LGA I 249 I 249 0.303 0 0.072 0.100 0.444 100.000 100.000 0.394 LGA G 250 G 250 0.241 0 0.045 0.045 0.290 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.239 0 0.042 0.045 0.415 100.000 100.000 0.336 LGA V 252 V 252 0.305 0 0.048 0.121 0.658 100.000 97.403 0.658 LGA K 253 K 253 0.435 0 0.015 0.151 0.570 95.455 93.939 0.500 LGA Y 254 Y 254 0.673 0 0.047 0.368 2.706 81.818 66.818 2.706 LGA K 255 K 255 0.927 0 0.059 0.132 1.110 81.818 80.000 1.110 LGA V 256 V 256 0.854 0 0.094 0.106 0.973 81.818 81.818 0.973 LGA R 257 R 257 1.262 0 0.079 1.073 5.698 65.455 44.793 3.538 LGA E 258 E 258 1.371 0 0.048 0.975 4.828 58.182 42.424 4.828 LGA K 259 K 259 1.994 0 0.000 0.144 2.964 50.909 38.990 2.964 LGA T 260 T 260 1.862 0 0.024 0.120 2.309 44.545 47.273 1.753 LGA K 261 K 261 2.491 0 0.030 0.740 7.084 32.727 19.596 7.084 LGA D 262 D 262 2.390 0 0.073 0.370 3.071 38.182 32.955 2.954 LGA G 263 G 263 2.496 0 0.103 0.103 2.706 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.942 0 0.000 0.459 2.071 47.727 54.949 0.433 LGA R 265 R 265 1.767 0 0.091 0.983 3.351 50.909 51.074 3.351 LGA T 266 T 266 1.384 0 0.000 0.101 1.530 61.818 63.377 1.362 LGA I 267 I 267 1.031 0 0.034 0.086 1.190 69.545 69.545 1.190 LGA R 268 R 268 0.635 0 0.000 0.969 2.506 90.909 71.736 2.506 LGA P 269 P 269 0.323 0 0.000 0.010 0.462 100.000 100.000 0.448 LGA E 270 E 270 0.266 0 0.000 0.845 3.229 100.000 76.566 2.201 LGA K 271 K 271 0.289 0 0.045 0.653 3.780 100.000 68.687 3.339 LGA E 272 E 272 0.278 0 0.038 0.064 1.227 100.000 86.465 1.227 LGA Q 273 Q 273 0.284 0 0.021 0.076 0.702 100.000 93.939 0.661 LGA I 274 I 274 0.252 0 0.058 0.072 0.504 100.000 97.727 0.504 LGA V 275 V 275 0.129 0 0.016 0.017 0.390 100.000 100.000 0.390 LGA V 276 V 276 0.189 0 0.000 0.036 0.435 100.000 100.000 0.394 LGA Q 277 Q 277 0.133 0 0.051 0.632 2.947 100.000 79.596 2.947 LGA D 278 D 278 0.134 0 0.029 0.135 0.368 100.000 100.000 0.368 LGA A 279 A 279 0.268 0 0.028 0.050 0.305 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.172 0 0.041 0.262 0.681 100.000 92.727 0.681 LGA A 281 A 281 0.217 0 0.000 0.000 0.308 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.247 0 0.010 0.025 0.433 100.000 100.000 0.433 LGA I 283 I 283 0.392 0 0.050 0.079 0.677 95.455 93.182 0.543 LGA I 284 I 284 0.387 0 0.000 0.076 0.430 100.000 100.000 0.279 LGA D 285 D 285 0.715 0 0.076 0.884 3.261 81.818 65.909 1.520 LGA K 286 K 286 0.668 0 0.035 0.269 1.201 81.818 80.000 1.201 LGA E 287 E 287 0.659 0 0.036 0.250 0.920 81.818 83.838 0.537 LGA Q 288 Q 288 0.460 0 0.000 0.196 1.259 95.455 88.081 0.836 LGA F 289 F 289 0.471 0 0.037 0.105 0.712 90.909 85.124 0.690 LGA Q 290 Q 290 0.683 0 0.000 1.146 3.348 81.818 71.111 3.348 LGA Q 291 Q 291 0.442 0 0.000 0.256 1.083 95.455 90.101 1.083 LGA S 292 S 292 0.296 0 0.058 0.058 0.472 100.000 100.000 0.239 LGA Q 293 Q 293 0.637 0 0.037 0.228 0.949 81.818 81.818 0.949 LGA V 294 V 294 0.799 0 0.000 0.042 0.921 81.818 81.818 0.790 LGA K 295 K 295 0.511 0 0.048 0.161 0.982 81.818 89.899 0.551 LGA I 296 I 296 0.923 0 0.024 0.069 1.437 73.636 75.682 0.675 LGA A 297 A 297 1.512 0 0.105 0.131 2.269 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.216 0 0.031 0.605 2.397 55.000 68.636 1.363 LGA K 299 K 299 3.394 0 0.354 0.980 14.214 43.182 19.192 14.214 LGA V 300 V 300 2.237 0 0.135 0.165 4.753 41.364 25.714 4.753 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.018 0.982 1.897 84.609 78.905 64.706 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.704 96.998 12.075 LGA_LOCAL RMSD: 1.018 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.018 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.018 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.594650 * X + -0.602836 * Y + 0.531959 * Z + 161.996628 Y_new = -0.768768 * X + -0.620026 * Y + 0.156729 * Z + 157.913788 Z_new = 0.235347 * X + -0.502152 * Y + -0.832139 * Z + 144.893890 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.912418 -0.237575 -2.598642 [DEG: -52.2777 -13.6121 -148.8912 ] ZXZ: 1.857316 2.553750 2.703317 [DEG: 106.4163 146.3191 154.8886 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS345_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS345_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 96.998 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS345_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.088 187.000 153.733 1.00 87.30 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.358 187.747 154.770 1.00 87.35 C ATOM 1347 C GLY 165 150.839 187.553 154.749 1.00 88.77 C ATOM 1348 O GLY 165 150.111 188.327 155.371 1.00 86.38 O ATOM 1349 N LYS 166 150.330 186.532 154.052 1.00 88.58 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.901 186.209 154.013 1.00 88.42 C ATOM 1351 C LYS 166 148.489 185.448 155.279 1.00 89.16 C ATOM 1352 O LYS 166 149.216 184.586 155.769 1.00 87.37 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.545 185.436 152.725 1.00 86.93 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.793 186.263 151.443 1.00 84.00 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.471 185.509 150.145 1.00 80.84 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.739 186.424 148.936 1.00 76.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.575 185.774 147.609 1.00 68.85 N ATOM 1358 N TRP 167 147.288 185.734 155.788 1.00 89.93 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.709 185.018 156.931 1.00 90.44 C ATOM 1360 C TRP 167 145.987 183.759 156.456 1.00 90.05 C ATOM 1361 O TRP 167 144.999 183.836 155.730 1.00 87.14 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.776 185.939 157.701 1.00 89.69 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.315 185.356 158.994 1.00 89.80 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.184 184.639 159.184 1.00 86.69 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.997 185.402 160.288 1.00 88.35 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.108 184.247 160.518 1.00 86.41 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.200 184.693 161.221 1.00 87.61 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.198 185.979 160.742 1.00 87.29 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.590 184.554 162.573 1.00 87.15 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.580 185.843 162.084 1.00 85.15 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.784 185.134 162.989 1.00 84.79 C ATOM 1372 N ILE 168 146.470 182.600 156.880 1.00 87.50 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.018 181.297 156.375 1.00 85.96 C ATOM 1374 C ILE 168 145.354 180.450 157.466 1.00 85.12 C ATOM 1375 O ILE 168 144.699 179.447 157.188 1.00 79.42 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.209 180.542 155.740 1.00 82.70 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.034 181.462 154.809 1.00 77.96 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.729 179.323 154.938 1.00 75.28 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.356 180.823 154.389 1.00 71.65 C ATOM 1380 N SER 169 145.511 180.848 158.717 1.00 85.44 N ATOM 1381 CA SER 169 145.007 180.102 159.866 1.00 83.75 C ATOM 1382 C SER 169 143.684 180.679 160.371 1.00 82.37 C ATOM 1383 O SER 169 143.505 181.880 160.401 1.00 75.79 O ATOM 1384 CB SER 169 146.051 180.030 160.974 1.00 80.43 C ATOM 1385 OG SER 169 147.055 181.008 160.920 1.00 75.38 O ATOM 1386 N GLY 170 142.785 179.797 160.794 1.00 80.55 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.601 180.013 161.630 1.00 79.74 C ATOM 1388 C GLY 170 140.918 181.387 161.606 1.00 82.08 C ATOM 1389 O GLY 170 140.805 182.040 160.574 1.00 78.41 O ATOM 1390 N LEU 171 140.434 181.790 162.793 1.00 83.65 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.852 183.112 163.016 1.00 83.39 C ATOM 1392 C LEU 171 140.952 184.176 163.006 1.00 84.50 C ATOM 1393 O LEU 171 142.045 183.944 163.527 1.00 82.40 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.091 183.116 164.352 1.00 80.32 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.805 182.270 164.331 1.00 75.95 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.361 181.939 165.745 1.00 69.54 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.656 183.005 163.627 1.00 68.50 C ATOM 1398 N ALA 172 140.630 185.333 162.454 1.00 85.94 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.481 186.507 162.582 1.00 86.31 C ATOM 1400 C ALA 172 141.652 186.885 164.071 1.00 87.48 C ATOM 1401 O ALA 172 140.714 186.700 164.856 1.00 85.30 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.867 187.647 161.766 1.00 84.31 C ATOM 1403 N PRO 173 142.817 187.391 164.479 1.00 88.68 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.010 187.881 165.840 1.00 88.84 C ATOM 1405 C PRO 173 142.105 189.092 166.113 1.00 89.31 C ATOM 1406 O PRO 173 141.721 189.815 165.191 1.00 87.59 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.496 188.226 165.934 1.00 87.31 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.867 188.571 164.496 1.00 84.12 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.994 187.633 163.665 1.00 87.01 C ATOM 1410 N TYR 174 141.776 189.308 167.382 1.00 90.37 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.965 190.455 167.796 1.00 90.52 C ATOM 1412 C TYR 174 141.618 191.774 167.370 1.00 90.63 C ATOM 1413 O TYR 174 142.829 191.920 167.495 1.00 88.61 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.768 190.395 169.309 1.00 90.01 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.822 191.447 169.841 1.00 90.78 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.303 192.522 170.608 1.00 84.39 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.444 191.357 169.562 1.00 84.90 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.416 193.491 171.104 1.00 83.89 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.551 192.322 170.047 1.00 83.80 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.038 193.386 170.824 1.00 88.05 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.164 194.326 171.298 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