####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS331_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS331_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 62 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 67 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 73 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 57 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 85 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 62 111 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 43 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 39 48 106 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 23 111 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 73 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 23 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 71 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 73 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 70 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 53 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 12 91 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 76 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 7 9 64 118 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 24 69 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 112 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 82.96 91.11 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.52 0.63 0.75 0.80 0.84 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.683 0 0.022 0.022 0.802 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.729 0 0.063 0.179 1.471 81.818 78.182 1.471 LGA W 167 W 167 0.517 0 0.062 0.090 0.795 81.818 90.909 0.444 LGA I 168 I 168 0.880 0 0.061 1.568 4.620 78.182 56.136 4.620 LGA S 169 S 169 1.409 0 0.158 0.241 4.232 66.818 48.485 4.232 LGA G 170 G 170 1.027 0 0.230 0.230 1.159 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.916 0 0.021 1.312 4.194 86.364 66.591 1.081 LGA A 172 A 172 0.461 0 0.044 0.054 0.611 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.361 0 0.013 0.064 0.818 100.000 92.208 0.818 LGA Y 174 Y 174 0.396 0 0.032 0.170 0.861 100.000 89.394 0.861 LGA G 175 G 175 0.164 0 0.058 0.058 0.187 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.181 0 0.031 0.152 0.334 100.000 100.000 0.108 LGA Q 177 Q 177 0.485 0 0.052 0.295 1.121 100.000 92.121 0.741 LGA L 178 L 178 0.440 0 0.082 0.103 0.900 95.455 90.909 0.900 LGA N 179 N 179 0.941 0 0.181 0.623 4.417 70.909 45.455 4.417 LGA K 180 K 180 4.175 0 0.287 0.970 13.939 15.909 7.071 13.939 LGA K 181 K 181 1.078 0 0.367 0.998 7.568 82.273 41.616 7.568 LGA T 182 T 182 0.559 0 0.056 1.105 3.368 82.273 68.312 3.368 LGA S 183 S 183 1.039 0 0.141 0.127 1.388 69.545 68.182 1.307 LGA K 184 K 184 1.081 0 0.057 0.828 2.502 69.545 63.232 2.502 LGA L 185 L 185 0.547 0 0.063 0.075 0.610 86.364 90.909 0.490 LGA D 186 D 186 0.056 0 0.054 0.094 0.582 100.000 95.455 0.582 LGA P 187 P 187 0.465 0 0.000 0.366 1.144 86.818 87.273 0.612 LGA V 188 V 188 0.671 0 0.000 0.021 0.745 81.818 81.818 0.745 LGA E 189 E 189 0.684 0 0.011 0.316 1.538 81.818 78.384 1.538 LGA D 190 D 190 0.629 0 0.031 0.054 0.866 86.364 84.091 0.866 LGA E 191 E 191 0.430 0 0.035 0.067 0.730 95.455 91.919 0.730 LGA A 192 A 192 0.278 0 0.000 0.000 0.378 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.274 0 0.021 0.651 2.739 100.000 85.051 2.465 LGA V 194 V 194 0.243 0 0.036 0.048 0.283 100.000 100.000 0.282 LGA V 195 V 195 0.073 0 0.000 0.000 0.162 100.000 100.000 0.115 LGA Q 196 Q 196 0.206 0 0.013 0.266 1.335 100.000 90.303 1.119 LGA L 197 L 197 0.203 0 0.018 0.045 0.334 100.000 100.000 0.332 LGA I 198 I 198 0.187 0 0.088 0.095 0.338 100.000 100.000 0.251 LGA F 199 F 199 0.245 0 0.045 0.081 0.330 100.000 100.000 0.108 LGA N 200 N 200 0.229 0 0.037 0.773 1.776 100.000 89.545 1.776 LGA I 201 I 201 0.071 0 0.034 0.051 0.152 100.000 100.000 0.043 LGA F 202 F 202 0.119 0 0.000 0.044 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA L 203 L 203 0.337 0 0.000 0.066 0.815 100.000 93.182 0.772 LGA N 204 N 204 0.197 0 0.034 0.103 1.091 100.000 91.136 0.749 LGA G 205 G 205 0.437 0 0.051 0.051 0.481 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.554 0 0.027 0.207 0.935 81.818 88.636 0.192 LGA N 207 N 207 1.283 0 0.064 0.298 2.106 65.455 58.409 1.594 LGA G 208 G 208 1.315 0 0.000 0.000 1.425 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.322 0 0.040 0.233 1.593 65.455 60.606 1.593 LGA D 210 D 210 1.194 0 0.096 0.778 1.863 69.545 67.727 1.863 LGA Y 211 Y 211 1.669 0 0.127 0.412 1.900 54.545 56.970 1.319 LGA S 212 S 212 2.114 0 0.691 0.759 5.681 39.545 28.182 5.681 LGA Y 213 Y 213 3.096 0 0.157 1.618 15.014 36.364 12.273 15.014 LGA A 215 A 215 1.022 0 0.211 0.227 2.111 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.407 0 0.031 0.179 0.570 100.000 95.455 0.570 LGA A 217 A 217 0.307 0 0.033 0.048 0.409 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.567 0 0.047 0.110 1.456 90.909 85.152 1.456 LGA H 219 H 219 0.160 0 0.026 0.035 0.310 100.000 100.000 0.310 LGA L 220 L 220 0.213 0 0.022 0.087 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA T 221 T 221 0.381 0 0.022 0.036 0.541 95.455 97.403 0.447 LGA N 222 N 222 0.410 0 0.032 0.043 0.591 95.455 97.727 0.438 LGA L 223 L 223 0.475 0 0.041 0.051 0.783 100.000 93.182 0.601 LGA Q 224 Q 224 0.608 0 0.034 0.833 4.105 82.273 64.444 4.105 LGA I 225 I 225 0.698 0 0.050 0.137 0.726 81.818 86.364 0.369 LGA P 226 P 226 0.747 0 0.067 0.072 0.901 81.818 81.818 0.859 LGA T 227 T 227 0.165 0 0.022 0.161 0.613 100.000 97.403 0.299 LGA P 228 P 228 0.642 0 0.084 0.086 0.808 86.364 87.013 0.808 LGA S 229 S 229 0.617 0 0.129 0.122 1.172 86.364 79.394 1.172 LGA G 230 G 230 0.430 0 0.070 0.070 1.045 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.869 0 0.108 0.682 3.371 73.636 65.657 3.371 LGA K 232 K 232 0.911 0 0.144 0.872 4.248 77.727 54.747 4.248 LGA R 233 R 233 0.605 0 0.030 1.321 7.510 86.364 48.264 7.510 LGA W 234 W 234 0.261 0 0.054 0.106 0.589 100.000 97.403 0.424 LGA N 235 N 235 0.690 0 0.010 0.847 2.346 81.818 74.318 2.346 LGA Q 236 Q 236 0.629 0 0.037 0.872 3.381 86.364 74.949 0.664 LGA Y 237 Y 237 0.599 0 0.037 0.362 2.200 86.364 71.818 2.200 LGA T 238 T 238 0.355 0 0.020 0.287 0.872 100.000 94.805 0.872 LGA I 239 I 239 0.243 0 0.011 0.080 0.341 100.000 100.000 0.288 LGA K 240 K 240 0.402 0 0.060 0.610 4.102 100.000 73.737 4.102 LGA A 241 A 241 0.431 0 0.057 0.060 0.551 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.374 0 0.048 0.064 0.869 95.455 88.636 0.869 LGA L 243 L 243 0.242 0 0.022 0.122 0.557 95.455 97.727 0.169 LGA Q 244 Q 244 0.260 0 0.020 0.313 1.376 95.455 88.283 1.376 LGA N 245 N 245 0.358 0 0.000 0.099 0.671 100.000 93.182 0.671 LGA E 246 E 246 0.341 0 0.000 0.610 1.899 100.000 88.687 1.385 LGA V 247 V 247 0.237 0 0.022 0.063 0.262 100.000 100.000 0.136 LGA Y 248 Y 248 0.320 0 0.000 0.094 1.030 100.000 88.030 1.030 LGA I 249 I 249 0.286 0 0.068 0.095 0.411 100.000 100.000 0.355 LGA G 250 G 250 0.228 0 0.038 0.038 0.286 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.183 0 0.041 0.049 0.366 100.000 100.000 0.310 LGA V 252 V 252 0.286 0 0.060 0.127 0.674 100.000 97.403 0.674 LGA K 253 K 253 0.477 0 0.017 0.125 0.602 95.455 91.919 0.599 LGA Y 254 Y 254 0.598 0 0.046 0.348 2.403 86.364 74.394 2.403 LGA K 255 K 255 0.704 0 0.068 0.136 1.134 81.818 80.000 1.134 LGA V 256 V 256 0.717 0 0.082 0.095 0.914 81.818 81.818 0.914 LGA R 257 R 257 1.122 0 0.085 1.086 6.040 65.455 43.471 3.731 LGA E 258 E 258 1.081 0 0.044 0.962 4.428 65.455 47.475 4.428 LGA K 259 K 259 1.653 0 0.000 0.225 2.125 54.545 48.283 2.002 LGA T 260 T 260 1.482 0 0.017 0.146 1.948 58.182 61.299 1.368 LGA K 261 K 261 2.136 0 0.025 0.846 7.631 41.364 25.859 7.631 LGA D 262 D 262 2.013 0 0.074 0.082 2.013 47.727 49.318 1.794 LGA G 263 G 263 2.210 0 0.105 0.105 2.495 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.775 0 0.000 0.393 2.128 50.909 52.929 0.643 LGA R 265 R 265 1.584 0 0.085 0.960 2.964 58.182 52.893 2.964 LGA T 266 T 266 1.231 0 0.014 0.106 1.347 65.455 65.455 1.200 LGA I 267 I 267 0.938 0 0.033 0.086 1.175 73.636 73.636 1.175 LGA R 268 R 268 0.436 0 0.000 0.972 2.522 90.909 77.851 2.522 LGA P 269 P 269 0.432 0 0.000 0.002 0.443 100.000 100.000 0.319 LGA E 270 E 270 0.545 0 0.021 0.852 3.156 90.909 70.505 2.245 LGA K 271 K 271 0.631 0 0.052 0.729 5.230 81.818 51.515 5.230 LGA E 272 E 272 0.347 0 0.048 0.119 1.223 100.000 88.283 1.223 LGA Q 273 Q 273 0.153 0 0.031 0.085 0.825 100.000 93.939 0.696 LGA I 274 I 274 0.160 0 0.051 0.069 0.384 100.000 100.000 0.384 LGA V 275 V 275 0.145 0 0.020 0.019 0.348 100.000 100.000 0.346 LGA V 276 V 276 0.239 0 0.000 0.037 0.522 100.000 97.403 0.474 LGA Q 277 Q 277 0.203 0 0.048 0.636 3.034 100.000 75.960 3.034 LGA D 278 D 278 0.192 0 0.031 0.152 0.443 100.000 100.000 0.443 LGA A 279 A 279 0.292 0 0.023 0.049 0.327 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.202 0 0.034 0.264 0.648 100.000 92.727 0.648 LGA A 281 A 281 0.250 0 0.000 0.000 0.329 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.286 0 0.026 0.030 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA I 283 I 283 0.433 0 0.044 0.075 0.715 90.909 90.909 0.521 LGA I 284 I 284 0.418 0 0.005 0.073 0.446 100.000 100.000 0.290 LGA D 285 D 285 0.568 0 0.020 0.186 0.971 81.818 81.818 0.971 LGA K 286 K 286 0.552 0 0.000 0.263 1.319 81.818 80.000 1.319 LGA E 287 E 287 0.724 0 0.022 0.322 0.868 81.818 83.838 0.868 LGA Q 288 Q 288 0.534 0 0.000 0.458 1.182 90.909 82.222 1.039 LGA F 289 F 289 0.380 0 0.031 0.127 0.764 100.000 90.083 0.743 LGA Q 290 Q 290 0.544 0 0.000 1.173 3.474 90.909 73.333 3.474 LGA Q 291 Q 291 0.311 0 0.000 0.244 0.987 100.000 93.939 0.987 LGA S 292 S 292 0.163 0 0.064 0.689 2.348 100.000 89.697 2.348 LGA Q 293 Q 293 0.562 0 0.037 0.240 0.937 86.364 83.838 0.937 LGA V 294 V 294 0.688 0 0.022 0.058 0.822 81.818 81.818 0.611 LGA K 295 K 295 0.570 0 0.051 0.176 1.110 82.273 84.040 0.709 LGA I 296 I 296 0.917 0 0.026 0.073 1.529 70.000 76.136 0.547 LGA A 297 A 297 1.604 0 0.094 0.119 2.482 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.749 0 0.050 0.571 3.152 40.455 55.000 1.131 LGA K 299 K 299 3.940 0 0.322 1.197 14.779 25.909 11.515 14.779 LGA V 300 V 300 2.212 0 0.149 0.234 4.059 35.455 24.156 3.938 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.971 0.941 1.886 85.101 79.441 65.073 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.815 97.495 12.602 LGA_LOCAL RMSD: 0.971 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.971 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.971 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.241843 * X + 0.774526 * Y + 0.584484 * Z + 162.942673 Y_new = 0.210050 * X + 0.546292 * Y + -0.810829 * Z + 155.613602 Z_new = -0.947307 * X + 0.318864 * Y + -0.030572 * Z + 143.770233 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.715158 1.244722 1.666382 [DEG: 40.9755 71.3173 95.4767 ] ZXZ: 0.624581 1.601373 -1.246108 [DEG: 35.7858 91.7519 -71.3967 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS331_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS331_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.495 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS331_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.047 186.896 153.778 1.00 84.73 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.306 187.656 154.795 1.00 84.68 C ATOM 1347 C GLY 165 150.786 187.477 154.744 1.00 86.17 C ATOM 1348 O GLY 165 150.055 188.253 155.358 1.00 83.67 O ATOM 1349 N LYS 166 150.286 186.471 154.020 1.00 85.35 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.855 186.159 153.949 1.00 85.11 C ATOM 1351 C LYS 166 148.423 185.393 155.206 1.00 86.07 C ATOM 1352 O LYS 166 149.126 184.503 155.682 1.00 84.25 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.516 185.395 152.650 1.00 83.45 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.809 186.214 151.367 1.00 80.43 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.457 185.487 150.055 1.00 77.48 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.786 186.390 148.847 1.00 72.25 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.500 185.799 147.508 1.00 66.08 N ATOM 1358 N TRP 167 147.244 185.714 155.726 1.00 86.70 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.650 185.004 156.861 1.00 87.30 C ATOM 1360 C TRP 167 145.885 183.776 156.378 1.00 86.77 C ATOM 1361 O TRP 167 144.845 183.892 155.735 1.00 84.00 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.758 185.944 157.659 1.00 86.74 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.258 185.337 158.928 1.00 87.18 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.105 184.650 159.082 1.00 83.89 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.924 185.317 160.231 1.00 85.69 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.003 184.210 160.401 1.00 83.74 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.100 184.598 161.129 1.00 85.02 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.137 185.842 160.715 1.00 84.58 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.474 184.393 162.476 1.00 84.28 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.505 185.644 162.052 1.00 82.20 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.680 184.921 162.920 1.00 81.75 C ATOM 1372 N ILE 168 146.385 182.607 156.705 1.00 84.24 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.840 181.315 156.262 1.00 82.47 C ATOM 1374 C ILE 168 145.384 180.424 157.422 1.00 81.42 C ATOM 1375 O ILE 168 145.109 179.235 157.241 1.00 75.93 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.854 180.592 155.362 1.00 79.37 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.184 180.347 156.106 1.00 75.10 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.084 181.385 154.062 1.00 72.25 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.064 179.327 155.396 1.00 68.55 C ATOM 1380 N SER 169 145.323 180.986 158.611 1.00 81.80 N ATOM 1381 CA SER 169 144.839 180.318 159.818 1.00 80.26 C ATOM 1382 C SER 169 143.314 180.455 159.947 1.00 79.45 C ATOM 1383 O SER 169 142.640 180.892 159.015 1.00 73.62 O ATOM 1384 CB SER 169 145.596 180.859 161.030 1.00 76.77 C ATOM 1385 OG SER 169 146.957 180.513 160.944 1.00 72.23 O ATOM 1386 N GLY 170 142.761 180.056 161.074 1.00 77.78 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.321 180.117 161.328 1.00 77.20 C ATOM 1388 C GLY 170 140.801 181.539 161.567 1.00 79.79 C ATOM 1389 O GLY 170 140.855 182.392 160.691 1.00 76.86 O ATOM 1390 N LEU 171 140.296 181.785 162.775 1.00 80.85 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.789 183.102 163.165 1.00 80.68 C ATOM 1392 C LEU 171 140.913 184.145 163.121 1.00 81.83 C ATOM 1393 O LEU 171 142.011 183.892 163.622 1.00 79.79 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.174 183.021 164.571 1.00 77.65 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.864 182.214 164.632 1.00 73.44 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.530 181.851 166.072 1.00 68.02 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.686 183.001 164.045 1.00 66.76 C ATOM 1398 N ALA 172 140.601 185.309 162.562 1.00 84.20 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.490 186.455 162.634 1.00 84.64 C ATOM 1400 C ALA 172 141.711 186.872 164.106 1.00 85.58 C ATOM 1401 O ALA 172 140.804 186.695 164.926 1.00 83.77 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.899 187.596 161.799 1.00 82.61 C ATOM 1403 N PRO 173 142.883 187.408 164.452 1.00 86.75 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.126 187.961 165.780 1.00 86.91 C ATOM 1405 C PRO 173 142.146 189.097 166.091 1.00 87.50 C ATOM 1406 O PRO 173 141.699 189.808 165.190 1.00 86.12 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.567 188.469 165.768 1.00 85.28 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.206 187.747 164.592 1.00 82.03 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.058 187.553 163.619 1.00 85.09 C ATOM 1410 N TYR 174 141.839 189.283 167.361 1.00 89.09 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.030 190.415 167.797 1.00 89.30 C ATOM 1412 C TYR 174 141.691 191.737 167.395 1.00 89.31 C ATOM 1413 O TYR 174 142.898 191.877 167.534 1.00 87.42 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.830 190.326 169.309 1.00 88.97 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.879 191.368 169.844 1.00 89.99 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.354 192.446 170.610 1.00 83.42 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.503 191.272 169.557 1.00 83.91 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.460 193.409 171.104 1.00 82.97 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.606 192.230 170.042 1.00 83.02 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.086 193.297 170.819 1.00 87.58 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.203 194.233 171.291 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