####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS319_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS319_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 63 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 62 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 76 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 62 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 62 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 22 112 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 37 57 109 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 109 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 69 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 29 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 24 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 75 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 47 112 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 22 112 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 112 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 112 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 93 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 18 52 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 37 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 56 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 54 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 12 97 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 10 106 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 8 86 122 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 120 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 113 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 83.70 91.85 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.63 0.76 0.79 0.83 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.738 0 0.027 0.027 0.865 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.803 0 0.057 0.154 1.557 81.818 74.747 1.557 LGA W 167 W 167 0.612 0 0.049 0.091 0.876 81.818 85.714 0.556 LGA I 168 I 168 1.004 0 0.018 1.076 3.607 65.909 55.227 3.607 LGA S 169 S 169 1.466 0 0.163 0.253 4.021 66.818 50.000 4.021 LGA G 170 G 170 1.074 0 0.201 0.201 1.302 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.998 0 0.000 1.337 4.556 82.273 64.091 1.137 LGA A 172 A 172 0.532 0 0.037 0.045 0.664 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.275 0 0.033 0.332 1.510 100.000 90.390 1.510 LGA Y 174 Y 174 0.441 0 0.041 0.175 0.929 90.909 84.848 0.929 LGA G 175 G 175 0.259 0 0.064 0.064 0.266 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.273 0 0.021 0.151 0.395 100.000 100.000 0.132 LGA Q 177 Q 177 0.539 0 0.057 0.265 1.162 90.909 84.040 0.610 LGA L 178 L 178 0.449 0 0.074 0.091 0.918 90.909 88.636 0.918 LGA N 179 N 179 0.970 0 0.164 0.632 4.520 70.909 44.091 4.520 LGA K 180 K 180 3.976 0 0.300 0.970 13.653 20.455 9.091 13.653 LGA K 181 K 181 1.215 0 0.367 1.010 7.959 77.727 39.596 7.959 LGA T 182 T 182 0.589 0 0.061 1.109 3.353 82.273 70.649 3.353 LGA S 183 S 183 1.038 0 0.132 0.119 1.434 69.545 68.182 1.375 LGA K 184 K 184 1.017 0 0.057 0.833 2.558 69.545 66.667 2.558 LGA L 185 L 185 0.512 0 0.060 0.069 0.589 90.909 95.455 0.447 LGA D 186 D 186 0.058 0 0.061 0.102 0.554 100.000 95.455 0.512 LGA P 187 P 187 0.511 0 0.000 0.362 1.228 82.273 84.675 0.666 LGA V 188 V 188 0.794 0 0.006 0.032 0.895 81.818 81.818 0.895 LGA E 189 E 189 0.782 0 0.016 0.312 1.515 81.818 78.384 1.515 LGA D 190 D 190 0.671 0 0.032 0.048 0.856 86.364 84.091 0.856 LGA E 191 E 191 0.492 0 0.033 0.059 0.797 95.455 89.899 0.797 LGA A 192 A 192 0.332 0 0.000 0.000 0.426 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.349 0 0.028 0.659 2.870 100.000 83.838 2.646 LGA V 194 V 194 0.319 0 0.035 0.050 0.383 100.000 100.000 0.383 LGA V 195 V 195 0.090 0 0.000 0.000 0.200 100.000 100.000 0.113 LGA Q 196 Q 196 0.239 0 0.021 0.269 1.453 100.000 88.485 1.229 LGA L 197 L 197 0.246 0 0.007 0.046 0.411 100.000 100.000 0.385 LGA I 198 I 198 0.213 0 0.084 0.095 0.391 100.000 100.000 0.287 LGA F 199 F 199 0.292 0 0.043 0.078 0.374 100.000 100.000 0.119 LGA N 200 N 200 0.306 0 0.042 0.679 2.027 100.000 87.727 2.027 LGA I 201 I 201 0.131 0 0.034 0.046 0.199 100.000 100.000 0.029 LGA F 202 F 202 0.162 0 0.000 0.045 0.439 100.000 100.000 0.439 LGA L 203 L 203 0.426 0 0.023 0.071 0.906 95.455 88.636 0.835 LGA N 204 N 204 0.264 0 0.032 0.081 1.135 100.000 88.864 0.892 LGA G 205 G 205 0.330 0 0.045 0.045 0.392 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.465 0 0.000 0.069 0.830 90.909 95.455 0.195 LGA N 207 N 207 1.106 0 0.063 0.274 1.780 69.545 65.682 1.318 LGA G 208 G 208 1.320 0 0.000 0.000 1.573 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.348 0 0.049 0.261 2.547 65.455 53.333 2.547 LGA D 210 D 210 1.202 0 0.095 0.458 1.248 69.545 75.909 0.810 LGA Y 211 Y 211 1.743 0 0.121 0.413 1.956 54.545 54.545 1.443 LGA S 212 S 212 2.230 0 0.691 0.763 5.877 36.364 26.061 5.877 LGA Y 213 Y 213 2.989 0 0.154 1.617 14.873 38.636 13.030 14.873 LGA A 215 A 215 0.947 0 0.208 0.224 1.985 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.345 0 0.024 0.181 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA A 217 A 217 0.209 0 0.039 0.052 0.316 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.466 0 0.048 0.099 1.286 100.000 91.212 1.286 LGA H 219 H 219 0.184 0 0.020 0.037 0.391 100.000 100.000 0.391 LGA L 220 L 220 0.212 0 0.012 0.084 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA T 221 T 221 0.272 0 0.023 0.046 0.455 100.000 100.000 0.319 LGA N 222 N 222 0.353 0 0.037 0.039 0.565 95.455 97.727 0.357 LGA L 223 L 223 0.533 0 0.047 0.055 0.871 90.909 86.364 0.733 LGA Q 224 Q 224 0.616 0 0.029 0.814 4.206 81.818 61.414 4.206 LGA I 225 I 225 0.676 0 0.053 0.141 0.728 81.818 86.364 0.309 LGA P 226 P 226 0.792 0 0.069 0.078 0.958 81.818 81.818 0.934 LGA T 227 T 227 0.169 0 0.040 0.159 0.535 100.000 97.403 0.284 LGA P 228 P 228 0.712 0 0.077 0.080 0.910 81.818 81.818 0.910 LGA S 229 S 229 0.642 0 0.134 0.127 1.255 86.364 79.394 1.255 LGA G 230 G 230 0.398 0 0.075 0.075 1.089 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.830 0 0.111 0.682 3.393 78.182 67.677 3.393 LGA K 232 K 232 0.825 0 0.163 0.879 4.498 77.727 56.566 4.498 LGA R 233 R 233 0.405 0 0.041 1.379 8.230 95.455 50.248 8.230 LGA W 234 W 234 0.204 0 0.052 0.101 0.589 100.000 97.403 0.366 LGA N 235 N 235 0.622 0 0.023 0.863 2.447 86.364 78.636 2.447 LGA Q 236 Q 236 0.496 0 0.034 0.837 3.363 90.909 76.970 0.510 LGA Y 237 Y 237 0.636 0 0.035 0.394 2.044 86.364 73.030 2.044 LGA T 238 T 238 0.439 0 0.017 0.291 0.992 100.000 94.805 0.992 LGA I 239 I 239 0.302 0 0.003 0.082 0.400 100.000 100.000 0.311 LGA K 240 K 240 0.504 0 0.061 0.603 4.138 86.364 67.677 4.138 LGA A 241 A 241 0.540 0 0.059 0.061 0.655 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.286 0 0.043 0.061 0.828 100.000 90.909 0.828 LGA L 243 L 243 0.206 0 0.032 0.125 0.546 95.455 97.727 0.209 LGA Q 244 Q 244 0.317 0 0.000 0.306 1.319 95.455 88.283 1.319 LGA N 245 N 245 0.403 0 0.005 0.101 0.705 100.000 93.182 0.705 LGA E 246 E 246 0.353 0 0.000 0.617 1.912 100.000 88.687 1.377 LGA V 247 V 247 0.208 0 0.014 0.059 0.237 100.000 100.000 0.119 LGA Y 248 Y 248 0.296 0 0.000 0.101 1.007 100.000 91.061 1.007 LGA I 249 I 249 0.264 0 0.070 0.100 0.422 100.000 100.000 0.347 LGA G 250 G 250 0.218 0 0.039 0.039 0.270 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.161 0 0.039 0.042 0.291 100.000 100.000 0.271 LGA V 252 V 252 0.263 0 0.055 0.126 0.666 100.000 97.403 0.666 LGA K 253 K 253 0.472 0 0.015 0.119 0.609 95.455 91.919 0.609 LGA Y 254 Y 254 0.568 0 0.047 0.353 2.418 86.364 74.394 2.418 LGA K 255 K 255 0.635 0 0.067 0.121 0.904 81.818 83.838 0.904 LGA V 256 V 256 0.665 0 0.094 0.105 0.817 81.818 81.818 0.817 LGA R 257 R 257 1.015 0 0.091 1.071 5.830 65.455 46.942 3.462 LGA E 258 E 258 1.000 0 0.089 1.171 5.272 65.909 45.051 5.272 LGA K 259 K 259 1.627 0 0.015 0.141 2.692 54.545 44.242 2.692 LGA T 260 T 260 1.525 0 0.013 0.093 1.963 54.545 59.221 1.419 LGA K 261 K 261 2.205 0 0.020 0.696 6.688 41.364 25.859 6.688 LGA D 262 D 262 2.061 0 0.076 0.738 3.362 38.182 33.409 3.362 LGA G 263 G 263 2.170 0 0.117 0.117 2.434 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.657 0 0.000 0.473 1.829 54.545 57.576 0.548 LGA R 265 R 265 1.496 0 0.089 0.952 2.931 61.818 56.860 2.931 LGA T 266 T 266 1.080 0 0.000 0.111 1.234 69.545 72.468 1.023 LGA I 267 I 267 0.807 0 0.040 0.089 1.046 77.727 77.727 1.046 LGA R 268 R 268 0.406 0 0.000 0.963 2.416 95.455 80.496 2.416 LGA P 269 P 269 0.290 0 0.000 0.000 0.298 100.000 100.000 0.277 LGA E 270 E 270 0.345 0 0.018 0.851 3.259 100.000 76.566 2.328 LGA K 271 K 271 0.345 0 0.047 0.636 3.745 100.000 68.687 3.288 LGA E 272 E 272 0.159 0 0.042 0.069 1.010 100.000 90.101 1.010 LGA Q 273 Q 273 0.208 0 0.023 0.079 0.706 100.000 93.939 0.612 LGA I 274 I 274 0.190 0 0.055 0.071 0.376 100.000 100.000 0.376 LGA V 275 V 275 0.096 0 0.015 0.017 0.325 100.000 100.000 0.325 LGA V 276 V 276 0.242 0 0.000 0.040 0.530 100.000 97.403 0.473 LGA Q 277 Q 277 0.253 0 0.046 0.622 3.037 100.000 75.960 3.037 LGA D 278 D 278 0.276 0 0.026 0.179 0.570 100.000 97.727 0.386 LGA A 279 A 279 0.332 0 0.019 0.047 0.371 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.238 0 0.036 0.261 0.627 100.000 92.727 0.627 LGA A 281 A 281 0.284 0 0.000 0.000 0.366 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.306 0 0.000 0.024 0.513 95.455 97.403 0.495 LGA I 283 I 283 0.487 0 0.038 0.075 0.792 90.909 88.636 0.543 LGA I 284 I 284 0.468 0 0.000 0.075 0.498 100.000 100.000 0.336 LGA D 285 D 285 0.647 0 0.014 0.459 1.464 81.818 79.773 1.464 LGA K 286 K 286 0.638 0 0.000 0.265 1.366 81.818 80.000 1.366 LGA E 287 E 287 0.774 0 0.027 0.208 1.076 81.818 82.020 0.386 LGA Q 288 Q 288 0.595 0 0.000 0.475 1.335 90.909 80.404 1.020 LGA F 289 F 289 0.347 0 0.035 0.133 0.727 100.000 93.388 0.694 LGA Q 290 Q 290 0.517 0 0.000 0.326 2.092 95.455 81.212 0.783 LGA Q 291 Q 291 0.394 0 0.000 0.245 1.080 100.000 90.101 1.080 LGA S 292 S 292 0.179 0 0.064 0.687 2.338 100.000 89.697 2.338 LGA Q 293 Q 293 0.529 0 0.038 0.261 0.972 86.364 83.838 0.972 LGA V 294 V 294 0.664 0 0.020 0.058 0.814 81.818 81.818 0.663 LGA K 295 K 295 0.420 0 0.042 0.190 0.913 90.909 93.939 0.669 LGA I 296 I 296 0.867 0 0.024 0.072 1.460 73.636 77.955 0.568 LGA A 297 A 297 1.517 0 0.106 0.131 2.359 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.390 0 0.027 0.515 2.711 49.091 65.682 1.223 LGA K 299 K 299 3.916 0 0.351 0.986 14.784 31.818 14.141 14.784 LGA V 300 V 300 2.064 0 0.137 0.221 4.257 38.636 25.195 4.241 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.954 0.922 1.875 85.347 79.660 65.118 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 95.185 97.661 12.810 LGA_LOCAL RMSD: 0.954 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.954 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.954 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.820591 * X + -0.564169 * Y + -0.091342 * Z + 162.511780 Y_new = 0.514510 * X + -0.798827 * Y + 0.311696 * Z + 157.852448 Z_new = -0.248816 * X + 0.208779 * Y + 0.945781 * Z + 144.959579 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.581557 0.251458 0.217263 [DEG: 147.9123 14.4075 12.4483 ] ZXZ: -2.856525 0.330805 -0.872671 [DEG: -163.6668 18.9537 -50.0004 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS319_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS319_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.661 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS319_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.976 186.861 153.770 1.00 85.70 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.252 187.624 154.798 1.00 85.78 C ATOM 1347 C GLY 165 150.729 187.447 154.775 1.00 87.27 C ATOM 1348 O GLY 165 150.010 188.214 155.413 1.00 84.65 O ATOM 1349 N LYS 166 150.212 186.446 154.050 1.00 86.75 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.779 186.140 154.002 1.00 86.52 C ATOM 1351 C LYS 166 148.356 185.375 155.265 1.00 87.37 C ATOM 1352 O LYS 166 149.071 184.498 155.743 1.00 85.29 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.419 185.372 152.712 1.00 84.84 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.679 186.188 151.421 1.00 81.84 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.344 185.425 150.128 1.00 78.76 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.620 186.305 148.897 1.00 73.54 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.408 185.634 147.583 1.00 67.04 N ATOM 1358 N TRP 167 147.168 185.675 155.790 1.00 87.91 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.595 184.964 156.938 1.00 88.32 C ATOM 1360 C TRP 167 145.839 183.719 156.476 1.00 87.77 C ATOM 1361 O TRP 167 144.825 183.820 155.788 1.00 84.85 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.699 185.900 157.736 1.00 87.62 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.224 185.305 159.020 1.00 88.05 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.086 184.597 159.199 1.00 84.55 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.904 185.324 160.316 1.00 86.48 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.009 184.181 160.523 1.00 84.49 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.100 184.604 161.235 1.00 85.86 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.108 185.884 160.781 1.00 85.32 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.491 184.437 162.583 1.00 84.90 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.489 185.722 162.119 1.00 82.83 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.687 185.000 163.011 1.00 82.43 C ATOM 1372 N ILE 168 146.314 182.561 156.864 1.00 85.63 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.837 181.248 156.406 1.00 83.67 C ATOM 1374 C ILE 168 145.331 180.362 157.548 1.00 82.54 C ATOM 1375 O ILE 168 144.950 179.208 157.335 1.00 76.15 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.933 180.499 155.625 1.00 80.28 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.137 181.355 155.195 1.00 75.75 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.282 179.859 154.363 1.00 72.79 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.293 180.489 154.733 1.00 69.15 C ATOM 1380 N SER 169 145.335 180.871 158.754 1.00 82.71 N ATOM 1381 CA SER 169 144.817 180.185 159.937 1.00 80.86 C ATOM 1382 C SER 169 143.309 180.424 160.102 1.00 79.75 C ATOM 1383 O SER 169 142.659 180.926 159.188 1.00 73.46 O ATOM 1384 CB SER 169 145.644 180.589 161.151 1.00 77.34 C ATOM 1385 OG SER 169 146.952 180.088 161.021 1.00 72.59 O ATOM 1386 N GLY 170 142.739 180.032 161.233 1.00 77.68 N ATOM 1387 CA 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