####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS314_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS314_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 73 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 69 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 72 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 4 112 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 12 43 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 73 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 46 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 27 46 62 122 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 21 113 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 72 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 41 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 41 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 64 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 73 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 73 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 61 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 45 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 12 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 15 97 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 22 51 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 34 89 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 55 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 74 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 65 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 54 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 54 118 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 65 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 49 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 31 95 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 24 109 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 8 118 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 51 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 119 127 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 88.15 94.07 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.54 0.63 0.74 0.77 0.87 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 1.04 0.95 0.93 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.792 0 0.000 0.000 0.901 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.688 0 0.038 0.113 1.788 81.818 74.747 1.788 LGA W 167 W 167 0.409 0 0.042 0.191 0.736 90.909 88.312 0.732 LGA I 168 I 168 1.093 0 0.056 0.759 3.005 63.636 56.818 3.005 LGA S 169 S 169 2.403 0 0.572 0.519 5.179 48.182 33.939 5.179 LGA G 170 G 170 0.925 0 0.170 0.170 1.055 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.711 0 0.000 1.278 4.763 81.818 64.773 1.596 LGA A 172 A 172 0.837 0 0.030 0.032 0.957 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.423 0 0.016 0.066 0.885 95.455 89.610 0.885 LGA Y 174 Y 174 0.332 0 0.026 0.143 0.660 100.000 93.939 0.639 LGA G 175 G 175 0.433 0 0.080 0.080 0.433 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.499 0 0.035 0.138 0.582 95.455 95.455 0.256 LGA Q 177 Q 177 0.795 0 0.052 0.258 1.187 86.364 82.020 0.852 LGA L 178 L 178 0.640 0 0.085 0.121 0.883 86.364 84.091 0.777 LGA N 179 N 179 0.803 0 0.174 0.668 4.395 74.545 47.273 4.395 LGA K 180 K 180 3.698 0 0.309 0.968 13.543 20.455 9.091 13.543 LGA K 181 K 181 1.546 0 0.350 0.973 7.961 74.545 36.364 7.961 LGA T 182 T 182 0.377 0 0.064 1.104 3.101 90.909 75.584 3.101 LGA S 183 S 183 1.077 0 0.149 0.133 1.384 69.545 68.182 1.352 LGA K 184 K 184 1.015 0 0.054 0.858 2.739 69.545 66.667 2.739 LGA L 185 L 185 0.568 0 0.078 0.082 0.716 81.818 90.909 0.243 LGA D 186 D 186 0.295 0 0.065 0.098 0.715 95.455 97.727 0.270 LGA P 187 P 187 0.522 0 0.026 0.056 1.259 82.273 84.675 0.504 LGA V 188 V 188 0.823 0 0.000 0.033 0.913 81.818 81.818 0.913 LGA E 189 E 189 0.921 0 0.014 0.306 1.993 81.818 76.566 1.993 LGA D 190 D 190 0.930 0 0.021 0.040 1.236 81.818 73.636 1.236 LGA E 191 E 191 0.667 0 0.052 0.130 1.112 90.909 84.040 1.112 LGA A 192 A 192 0.349 0 0.000 0.000 0.447 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.445 0 0.027 0.645 2.958 100.000 77.778 2.717 LGA V 194 V 194 0.374 0 0.038 0.047 0.493 100.000 100.000 0.418 LGA V 195 V 195 0.084 0 0.000 0.000 0.228 100.000 100.000 0.118 LGA Q 196 Q 196 0.264 0 0.023 0.266 1.466 100.000 88.485 1.246 LGA L 197 L 197 0.253 0 0.021 0.039 0.405 100.000 100.000 0.381 LGA I 198 I 198 0.112 0 0.088 0.094 0.342 100.000 100.000 0.166 LGA F 199 F 199 0.281 0 0.048 0.086 0.420 100.000 100.000 0.158 LGA N 200 N 200 0.306 0 0.024 0.549 1.256 100.000 93.409 1.256 LGA I 201 I 201 0.170 0 0.034 0.056 0.315 100.000 100.000 0.088 LGA F 202 F 202 0.207 0 0.000 0.056 0.559 100.000 96.694 0.559 LGA L 203 L 203 0.410 0 0.000 0.102 1.025 100.000 88.864 0.882 LGA N 204 N 204 0.248 0 0.029 0.077 0.924 100.000 93.182 0.816 LGA G 205 G 205 0.111 0 0.045 0.045 0.128 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.121 0 0.000 0.000 0.419 100.000 100.000 0.405 LGA N 207 N 207 0.532 0 0.051 0.224 0.895 86.364 86.364 0.610 LGA G 208 G 208 0.886 0 0.034 0.034 1.305 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 0.994 0 0.041 0.156 2.002 81.818 66.465 2.002 LGA D 210 D 210 0.946 0 0.111 0.339 0.963 81.818 84.091 0.536 LGA Y 211 Y 211 1.497 0 0.108 0.418 1.718 65.455 63.030 1.237 LGA S 212 S 212 2.086 0 0.687 0.755 5.879 39.545 28.182 5.879 LGA Y 213 Y 213 2.960 0 0.179 1.653 14.930 38.636 13.030 14.930 LGA A 215 A 215 0.709 0 0.207 0.223 1.767 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.340 0 0.026 0.182 0.529 100.000 95.455 0.529 LGA A 217 A 217 0.198 0 0.037 0.049 0.322 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.252 0 0.054 0.069 0.880 100.000 93.939 0.880 LGA H 219 H 219 0.137 0 0.021 0.037 0.315 100.000 100.000 0.315 LGA L 220 L 220 0.188 0 0.020 0.088 0.354 100.000 100.000 0.354 LGA T 221 T 221 0.118 0 0.011 0.037 0.318 100.000 100.000 0.167 LGA N 222 N 222 0.307 0 0.037 0.040 0.548 95.455 97.727 0.258 LGA L 223 L 223 0.528 0 0.051 0.069 0.956 95.455 88.636 0.833 LGA Q 224 Q 224 0.500 0 0.038 0.843 4.460 81.818 60.404 4.460 LGA I 225 I 225 0.450 0 0.049 0.130 0.459 100.000 100.000 0.093 LGA P 226 P 226 0.454 0 0.050 0.058 0.624 100.000 92.208 0.617 LGA T 227 T 227 0.345 0 0.033 0.191 0.454 100.000 100.000 0.440 LGA P 228 P 228 0.686 0 0.113 0.118 0.779 86.364 84.416 0.779 LGA S 229 S 229 0.647 0 0.116 0.111 0.694 86.364 84.848 0.668 LGA G 230 G 230 0.507 0 0.024 0.024 0.589 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.479 0 0.139 0.692 2.502 86.818 84.040 2.502 LGA K 232 K 232 0.388 0 0.164 0.886 3.509 95.455 73.131 3.509 LGA R 233 R 233 0.436 0 0.027 0.913 5.707 95.455 50.744 5.017 LGA W 234 W 234 0.228 0 0.057 0.120 0.522 100.000 98.701 0.380 LGA N 235 N 235 0.541 0 0.015 0.823 1.875 86.364 80.455 1.875 LGA Q 236 Q 236 0.541 0 0.036 0.947 3.600 81.818 70.303 1.055 LGA Y 237 Y 237 0.907 0 0.043 0.414 2.414 77.727 64.848 2.414 LGA T 238 T 238 0.642 0 0.036 0.264 0.790 81.818 81.818 0.772 LGA I 239 I 239 0.467 0 0.009 0.077 0.597 95.455 97.727 0.204 LGA K 240 K 240 0.739 0 0.061 0.610 4.844 81.818 59.798 4.844 LGA A 241 A 241 0.760 0 0.049 0.054 0.860 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.374 0 0.054 0.063 0.891 95.455 88.636 0.891 LGA L 243 L 243 0.323 0 0.044 0.132 0.651 95.455 97.727 0.234 LGA Q 244 Q 244 0.437 0 0.040 0.298 1.240 90.909 86.263 1.240 LGA N 245 N 245 0.512 0 0.000 0.130 0.848 90.909 86.364 0.848 LGA E 246 E 246 0.355 0 0.000 0.651 1.908 100.000 87.071 1.684 LGA V 247 V 247 0.163 0 0.017 0.079 0.238 100.000 100.000 0.155 LGA Y 248 Y 248 0.336 0 0.000 0.137 0.850 100.000 93.939 0.850 LGA I 249 I 249 0.258 0 0.059 0.077 0.562 100.000 95.455 0.544 LGA G 250 G 250 0.122 0 0.031 0.031 0.298 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.334 0 0.046 0.067 0.461 100.000 100.000 0.377 LGA V 252 V 252 0.325 0 0.055 0.107 0.803 95.455 94.805 0.512 LGA K 253 K 253 0.512 0 0.026 0.162 0.722 86.364 87.879 0.501 LGA Y 254 Y 254 0.880 0 0.047 0.325 3.096 81.818 60.000 3.096 LGA K 255 K 255 0.661 0 0.069 0.179 2.224 77.727 66.667 2.092 LGA V 256 V 256 0.648 0 0.117 0.134 0.796 86.364 84.416 0.623 LGA R 257 R 257 0.625 0 0.086 1.127 5.501 77.727 57.851 4.283 LGA E 258 E 258 0.628 0 0.048 0.951 4.369 77.727 56.566 4.369 LGA K 259 K 259 0.778 0 0.023 0.109 1.453 81.818 72.727 1.453 LGA T 260 T 260 1.144 0 0.012 0.113 1.391 69.545 67.792 1.344 LGA K 261 K 261 1.978 0 0.035 0.892 7.873 44.545 27.071 7.873 LGA D 262 D 262 2.091 0 0.080 0.900 3.189 44.545 36.364 3.189 LGA G 263 G 263 1.164 0 0.107 0.107 1.311 73.636 73.636 - LGA K 264 K 264 0.692 0 0.000 0.488 2.454 81.818 76.970 2.454 LGA R 265 R 265 0.369 0 0.105 1.020 3.483 90.909 67.769 3.483 LGA T 266 T 266 0.554 0 0.050 0.163 0.782 81.818 84.416 0.497 LGA I 267 I 267 0.463 0 0.033 0.083 0.696 90.909 90.909 0.653 LGA R 268 R 268 0.580 0 0.000 0.950 2.601 81.818 68.430 2.346 LGA P 269 P 269 0.811 0 0.000 0.007 0.907 81.818 81.818 0.873 LGA E 270 E 270 0.902 0 0.000 0.837 3.598 81.818 63.030 2.886 LGA K 271 K 271 1.035 0 0.041 0.686 2.258 73.636 68.081 1.962 LGA E 272 E 272 0.826 0 0.084 0.133 1.237 81.818 76.364 1.008 LGA Q 273 Q 273 0.852 0 0.011 0.090 0.884 81.818 81.818 0.868 LGA I 274 I 274 0.742 0 0.046 0.080 1.332 81.818 77.727 1.332 LGA V 275 V 275 0.223 0 0.040 0.056 0.393 100.000 100.000 0.216 LGA V 276 V 276 0.357 0 0.000 0.031 0.457 100.000 100.000 0.457 LGA Q 277 Q 277 0.259 0 0.046 0.639 2.977 100.000 76.970 2.977 LGA D 278 D 278 0.163 0 0.041 0.228 0.750 100.000 97.727 0.750 LGA A 279 A 279 0.312 0 0.022 0.047 0.333 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.257 0 0.036 0.144 0.354 100.000 100.000 0.227 LGA A 281 A 281 0.259 0 0.000 0.000 0.352 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.208 0 0.000 0.021 0.500 100.000 100.000 0.461 LGA I 283 I 283 0.349 0 0.013 0.094 0.607 95.455 93.182 0.506 LGA I 284 I 284 0.469 0 0.021 0.052 0.639 90.909 95.455 0.338 LGA D 285 D 285 0.918 0 0.030 0.988 2.926 81.818 67.045 2.926 LGA K 286 K 286 0.971 0 0.010 0.289 1.094 81.818 76.364 1.094 LGA E 287 E 287 0.978 0 0.028 0.712 2.972 77.727 62.424 2.972 LGA Q 288 Q 288 0.720 0 0.000 0.283 2.040 81.818 71.515 1.478 LGA F 289 F 289 0.753 0 0.034 0.109 1.124 81.818 75.868 1.121 LGA Q 290 Q 290 0.954 0 0.000 1.194 3.179 81.818 67.475 3.179 LGA Q 291 Q 291 0.699 0 0.000 0.189 0.985 81.818 81.818 0.985 LGA S 292 S 292 0.596 0 0.068 0.692 2.751 81.818 72.727 2.751 LGA Q 293 Q 293 0.932 0 0.035 0.260 1.437 73.636 69.091 1.415 LGA V 294 V 294 0.991 0 0.010 0.055 1.100 81.818 79.481 0.938 LGA K 295 K 295 0.574 0 0.066 0.154 1.010 77.727 90.101 0.407 LGA I 296 I 296 0.903 0 0.025 0.081 1.388 73.636 75.682 0.885 LGA A 297 A 297 1.578 0 0.136 0.163 2.408 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.233 0 0.098 0.589 2.724 49.091 65.682 1.368 LGA K 299 K 299 3.335 0 0.291 0.965 13.598 36.364 16.364 13.598 LGA V 300 V 300 2.325 0 0.132 0.148 4.437 38.636 25.974 3.957 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.912 0.874 1.837 85.438 79.583 63.560 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 96.296 98.223 13.335 LGA_LOCAL RMSD: 0.912 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.912 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.912 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.849156 * X + 0.361241 * Y + 0.385278 * Z + 149.507660 Y_new = -0.154044 * X + 0.528372 * Y + -0.834921 * Z + 176.890869 Z_new = -0.505178 * X + -0.768328 * Y + -0.393023 * Z + 176.909775 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.962136 0.529588 -2.043626 [DEG: -169.7179 30.3432 -117.0911 ] ZXZ: 0.432338 1.974714 -2.559961 [DEG: 24.7712 113.1428 -146.6750 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS314_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS314_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.223 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS314_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.931 187.174 153.446 1.00 92.04 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.286 187.862 154.561 1.00 91.49 C ATOM 1347 C GLY 165 150.757 187.747 154.573 1.00 93.09 C ATOM 1348 O GLY 165 150.080 188.563 155.189 1.00 91.02 O ATOM 1349 N LYS 166 150.202 186.750 153.873 1.00 92.68 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.764 186.480 153.874 1.00 93.00 C ATOM 1351 C LYS 166 148.361 185.694 155.121 1.00 93.48 C ATOM 1352 O LYS 166 149.111 184.851 155.618 1.00 92.00 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.341 185.757 152.590 1.00 93.11 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.522 186.644 151.347 1.00 92.67 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.127 185.882 150.074 1.00 89.65 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.271 186.804 148.860 1.00 86.28 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.193 186.052 147.596 1.00 77.18 N ATOM 1358 N TRP 167 147.149 185.931 155.605 1.00 94.10 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.629 185.241 156.783 1.00 94.12 C ATOM 1360 C TRP 167 146.038 183.875 156.423 1.00 93.76 C ATOM 1361 O TRP 167 145.100 183.769 155.644 1.00 90.73 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.602 186.125 157.474 1.00 93.51 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.164 185.574 158.786 1.00 93.59 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.010 184.909 159.037 1.00 91.05 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.898 185.577 160.051 1.00 92.83 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.976 184.521 160.356 1.00 91.26 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.116 184.899 161.033 1.00 92.47 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.150 186.087 160.452 1.00 92.21 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.560 184.731 162.347 1.00 91.52 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.599 185.925 161.775 1.00 90.26 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.813 185.245 162.715 1.00 89.68 C ATOM 1372 N ILE 168 146.600 182.810 157.032 1.00 92.40 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.217 181.406 156.766 1.00 90.49 C ATOM 1374 C ILE 168 145.795 180.683 158.055 1.00 88.63 C ATOM 1375 O ILE 168 145.269 179.571 158.023 1.00 78.23 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.389 180.683 156.062 1.00 87.45 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.823 181.447 154.792 1.00 77.21 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.039 179.241 155.660 1.00 74.66 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.159 180.969 154.260 1.00 69.57 C ATOM 1380 N SER 169 146.000 181.312 159.205 1.00 87.00 N ATOM 1381 CA SER 169 145.881 180.686 160.524 1.00 82.98 C ATOM 1382 C SER 169 144.446 180.612 161.079 1.00 81.85 C ATOM 1383 O SER 169 144.258 180.520 162.280 1.00 73.04 O ATOM 1384 CB SER 169 146.855 181.356 161.497 1.00 78.90 C ATOM 1385 OG SER 169 148.176 181.267 160.994 1.00 70.17 O ATOM 1386 N GLY 170 143.431 180.597 160.202 1.00 85.96 N ATOM 1387 CA 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