####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS314_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS314_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.98 1.01 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 61 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 61 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 70 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 61 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 6 82 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 61 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 55 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 34 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 25 46 66 114 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 45 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 71 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 42 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 24 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 70 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 71 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 70 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 52 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 19 95 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 37 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 3 5 93 110 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 25 88 122 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 82.22 90.37 94.81 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.51 0.62 0.74 0.84 0.87 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.02 1.02 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.789 0 0.024 0.024 0.942 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.907 0 0.054 0.219 2.139 81.818 71.515 2.139 LGA W 167 W 167 0.688 0 0.058 0.105 0.980 81.818 87.013 0.468 LGA I 168 I 168 1.034 0 0.048 0.867 3.377 65.909 54.318 3.377 LGA S 169 S 169 1.441 0 0.138 0.212 4.025 66.818 50.000 4.025 LGA G 170 G 170 1.021 0 0.238 0.238 1.186 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.914 0 0.022 1.325 4.150 90.909 68.864 1.098 LGA A 172 A 172 0.426 0 0.041 0.049 0.577 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.325 0 0.032 0.330 1.371 100.000 95.065 1.371 LGA Y 174 Y 174 0.445 0 0.043 0.178 0.967 95.455 86.364 0.967 LGA G 175 G 175 0.149 0 0.055 0.055 0.211 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.086 0 0.031 0.145 0.286 100.000 100.000 0.070 LGA Q 177 Q 177 0.424 0 0.058 0.262 0.899 100.000 95.960 0.808 LGA L 178 L 178 0.434 0 0.076 0.100 0.898 95.455 93.182 0.898 LGA N 179 N 179 0.923 0 0.179 0.608 4.285 70.909 45.455 4.285 LGA K 180 K 180 4.195 0 0.293 0.967 13.963 13.182 5.859 13.963 LGA K 181 K 181 1.056 0 0.353 0.997 7.596 86.818 43.636 7.596 LGA T 182 T 182 0.619 0 0.055 1.103 3.499 82.273 68.312 3.499 LGA S 183 S 183 1.158 0 0.132 0.121 1.502 69.545 65.758 1.368 LGA K 184 K 184 1.198 0 0.058 0.811 2.363 65.455 62.626 2.363 LGA L 185 L 185 0.607 0 0.057 0.066 0.644 81.818 81.818 0.622 LGA D 186 D 186 0.196 0 0.059 0.096 0.726 100.000 93.182 0.673 LGA P 187 P 187 0.468 0 0.000 0.361 1.055 86.818 87.273 0.517 LGA V 188 V 188 0.613 0 0.000 0.027 0.692 81.818 81.818 0.683 LGA E 189 E 189 0.695 0 0.009 0.324 1.869 81.818 76.566 1.869 LGA D 190 D 190 0.727 0 0.032 0.058 0.958 86.364 84.091 0.958 LGA E 191 E 191 0.465 0 0.039 0.075 0.733 95.455 91.919 0.733 LGA A 192 A 192 0.312 0 0.000 0.000 0.400 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.361 0 0.031 0.652 2.896 100.000 81.818 2.642 LGA V 194 V 194 0.339 0 0.031 0.048 0.391 100.000 100.000 0.389 LGA V 195 V 195 0.125 0 0.000 0.000 0.190 100.000 100.000 0.154 LGA Q 196 Q 196 0.272 0 0.018 0.270 1.454 100.000 88.485 1.163 LGA L 197 L 197 0.273 0 0.021 0.047 0.444 100.000 100.000 0.434 LGA I 198 I 198 0.255 0 0.088 0.097 0.421 100.000 100.000 0.323 LGA F 199 F 199 0.295 0 0.043 0.079 0.406 100.000 100.000 0.178 LGA N 200 N 200 0.310 0 0.041 0.785 2.085 100.000 85.682 2.085 LGA I 201 I 201 0.132 0 0.029 0.058 0.211 100.000 100.000 0.132 LGA F 202 F 202 0.207 0 0.000 0.048 0.540 100.000 96.694 0.540 LGA L 203 L 203 0.428 0 0.000 0.053 0.771 95.455 90.909 0.743 LGA N 204 N 204 0.310 0 0.031 0.092 1.140 100.000 91.136 0.875 LGA G 205 G 205 0.398 0 0.055 0.055 0.435 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.499 0 0.017 0.129 0.852 86.364 90.909 0.054 LGA N 207 N 207 1.067 0 0.060 0.264 1.885 69.545 65.682 1.325 LGA G 208 G 208 1.262 0 0.000 0.000 1.710 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.434 0 0.043 0.291 1.785 65.455 57.374 1.785 LGA D 210 D 210 1.412 0 0.100 0.579 1.519 65.455 67.727 1.094 LGA Y 211 Y 211 1.870 0 0.126 0.430 2.060 50.909 48.788 1.659 LGA S 212 S 212 2.444 0 0.690 0.753 6.131 34.545 23.939 6.131 LGA Y 213 Y 213 2.813 0 0.159 1.627 14.701 41.818 14.091 14.701 LGA A 215 A 215 0.892 0 0.204 0.218 1.825 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.321 0 0.035 0.177 0.470 100.000 100.000 0.392 LGA A 217 A 217 0.212 0 0.030 0.045 0.288 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.444 0 0.053 0.086 1.132 100.000 91.212 1.132 LGA H 219 H 219 0.266 0 0.025 0.033 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA L 220 L 220 0.191 0 0.025 0.090 0.431 100.000 100.000 0.431 LGA T 221 T 221 0.119 0 0.015 0.039 0.239 100.000 100.000 0.189 LGA N 222 N 222 0.212 0 0.036 0.040 0.393 100.000 100.000 0.244 LGA L 223 L 223 0.426 0 0.049 0.056 0.761 100.000 93.182 0.704 LGA Q 224 Q 224 0.432 0 0.032 0.796 4.347 95.455 66.465 4.347 LGA I 225 I 225 0.499 0 0.051 0.138 0.564 90.909 95.455 0.194 LGA P 226 P 226 0.653 0 0.065 0.072 0.782 81.818 81.818 0.764 LGA T 227 T 227 0.157 0 0.031 0.165 0.407 100.000 100.000 0.235 LGA P 228 P 228 0.709 0 0.085 0.086 0.870 86.364 84.416 0.870 LGA S 229 S 229 0.624 0 0.129 0.121 0.962 86.364 84.848 0.962 LGA G 230 G 230 0.465 0 0.074 0.074 0.896 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.621 0 0.100 0.683 3.173 82.273 74.949 3.173 LGA K 232 K 232 0.636 0 0.140 0.869 3.781 81.818 61.818 3.781 LGA R 233 R 233 0.408 0 0.030 1.289 7.380 100.000 53.223 7.380 LGA W 234 W 234 0.245 0 0.058 0.111 0.641 100.000 97.403 0.420 LGA N 235 N 235 0.630 0 0.005 0.822 2.218 86.364 76.591 2.218 LGA Q 236 Q 236 0.458 0 0.036 0.897 3.542 95.455 80.202 0.545 LGA Y 237 Y 237 0.577 0 0.041 0.363 2.165 90.909 71.970 2.165 LGA T 238 T 238 0.441 0 0.021 0.293 0.999 100.000 94.805 0.999 LGA I 239 I 239 0.265 0 0.000 0.084 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA K 240 K 240 0.377 0 0.067 0.593 3.901 100.000 76.364 3.901 LGA A 241 A 241 0.419 0 0.060 0.063 0.517 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.356 0 0.046 0.060 0.943 100.000 90.909 0.943 LGA L 243 L 243 0.228 0 0.038 0.127 0.616 95.455 97.727 0.212 LGA Q 244 Q 244 0.296 0 0.024 0.308 1.286 95.455 88.283 1.286 LGA N 245 N 245 0.411 0 0.000 0.108 0.765 100.000 93.182 0.765 LGA E 246 E 246 0.410 0 0.000 0.628 1.895 100.000 88.687 1.386 LGA V 247 V 247 0.224 0 0.040 1.122 2.478 100.000 82.338 2.478 LGA Y 248 Y 248 0.377 0 0.000 0.107 1.051 100.000 89.545 1.051 LGA I 249 I 249 0.331 0 0.071 0.096 0.484 100.000 100.000 0.450 LGA G 250 G 250 0.262 0 0.044 0.044 0.331 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.272 0 0.040 0.047 0.437 100.000 100.000 0.411 LGA V 252 V 252 0.325 0 0.054 0.120 0.668 100.000 97.403 0.668 LGA K 253 K 253 0.466 0 0.016 0.140 0.613 90.909 87.879 0.509 LGA Y 254 Y 254 0.659 0 0.049 0.353 2.584 81.818 69.394 2.584 LGA K 255 K 255 0.847 0 0.072 0.137 1.100 81.818 80.000 1.100 LGA V 256 V 256 0.809 0 0.069 0.081 0.941 81.818 81.818 0.916 LGA R 257 R 257 1.200 0 0.102 1.107 6.514 65.455 42.314 3.868 LGA E 258 E 258 1.151 0 0.121 1.142 5.382 61.818 40.808 5.382 LGA K 259 K 259 1.798 0 0.047 0.139 2.310 50.909 43.838 2.286 LGA T 260 T 260 1.897 0 0.006 0.171 2.288 44.545 45.455 1.941 LGA K 261 K 261 2.300 0 0.018 0.756 6.559 35.455 23.434 6.559 LGA D 262 D 262 2.405 0 0.076 0.152 2.452 38.182 39.773 2.112 LGA G 263 G 263 2.273 0 0.113 0.113 2.473 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.864 0 0.000 0.350 2.007 50.909 52.929 0.861 LGA R 265 R 265 1.648 0 0.094 0.925 2.611 58.182 54.215 2.611 LGA T 266 T 266 1.348 0 0.000 0.103 1.468 65.455 65.455 1.391 LGA I 267 I 267 1.013 0 0.034 0.082 1.196 69.545 69.545 1.196 LGA R 268 R 268 0.581 0 0.015 0.975 2.493 90.909 72.727 2.493 LGA P 269 P 269 0.288 0 0.000 0.000 0.398 100.000 100.000 0.369 LGA E 270 E 270 0.334 0 0.011 0.903 3.106 100.000 74.545 2.272 LGA K 271 K 271 0.439 0 0.046 0.723 4.818 100.000 62.424 4.818 LGA E 272 E 272 0.390 0 0.055 0.086 1.606 100.000 81.212 1.606 LGA Q 273 Q 273 0.371 0 0.026 0.077 0.732 100.000 93.939 0.658 LGA I 274 I 274 0.337 0 0.054 0.072 0.575 100.000 97.727 0.575 LGA V 275 V 275 0.100 0 0.016 0.017 0.296 100.000 100.000 0.296 LGA V 276 V 276 0.312 0 0.000 0.049 0.602 100.000 94.805 0.535 LGA Q 277 Q 277 0.276 0 0.048 0.628 3.049 100.000 75.960 3.049 LGA D 278 D 278 0.280 0 0.026 0.161 0.577 100.000 97.727 0.577 LGA A 279 A 279 0.380 0 0.021 0.045 0.430 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.156 0 0.038 0.253 0.768 100.000 92.727 0.768 LGA A 281 A 281 0.139 0 0.000 0.000 0.201 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.300 0 0.018 0.034 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA I 283 I 283 0.446 0 0.050 0.078 0.770 90.909 90.909 0.567 LGA I 284 I 284 0.475 0 0.004 0.090 0.534 95.455 97.727 0.377 LGA D 285 D 285 0.855 0 0.075 0.914 3.175 81.818 67.727 1.466 LGA K 286 K 286 0.735 0 0.024 0.290 1.276 81.818 80.000 1.276 LGA E 287 E 287 0.652 0 0.035 0.263 0.913 81.818 85.859 0.443 LGA Q 288 Q 288 0.492 0 0.000 0.289 1.910 95.455 80.808 1.008 LGA F 289 F 289 0.483 0 0.032 0.102 0.712 95.455 86.777 0.696 LGA Q 290 Q 290 0.616 0 0.000 1.125 3.524 81.818 70.303 3.524 LGA Q 291 Q 291 0.342 0 0.000 0.241 0.947 100.000 93.939 0.947 LGA S 292 S 292 0.199 0 0.055 0.060 0.378 100.000 100.000 0.180 LGA Q 293 Q 293 0.598 0 0.040 0.231 0.961 86.364 83.838 0.949 LGA V 294 V 294 0.693 0 0.008 0.044 0.800 81.818 81.818 0.574 LGA K 295 K 295 0.553 0 0.052 0.186 1.101 82.273 84.040 0.689 LGA I 296 I 296 0.995 0 0.020 0.074 1.587 70.000 73.864 0.621 LGA A 297 A 297 1.579 0 0.134 0.160 2.451 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.295 0 0.095 0.425 3.120 46.818 64.545 1.363 LGA K 299 K 299 4.040 0 0.350 0.997 14.059 22.273 9.899 14.059 LGA V 300 V 300 2.559 0 0.061 0.058 4.162 25.455 18.442 3.692 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.005 0.981 1.883 85.313 79.078 64.049 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.01 94.259 97.277 12.212 LGA_LOCAL RMSD: 1.005 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.005 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.005 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.953441 * X + -0.078818 * Y + -0.291097 * Z + 155.058319 Y_new = 0.160954 * X + 0.949269 * Y + 0.270153 * Z + 151.122574 Z_new = 0.255037 * X + -0.304428 * Y + 0.917758 * Z + 143.760315 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.167237 -0.257886 -0.320287 [DEG: 9.5820 -14.7758 -18.3511 ] ZXZ: -2.318894 0.408398 2.444249 [DEG: -132.8629 23.3995 140.0452 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS314_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS314_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.01 97.277 1.01 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS314_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 5781 N GLY 165 152.950 186.751 153.697 1.00 83.62 N ATOM 5782 CA GLY 165 152.231 187.496 154.733 1.00 83.87 C ATOM 5783 C GLY 165 150.712 187.309 154.726 1.00 85.66 C ATOM 5784 O GLY 165 149.993 188.072 155.373 1.00 83.38 O ATOM 5785 N LYS 166 150.198 186.305 154.011 1.00 85.57 N ATOM 5786 CA LYS 166 148.766 185.989 153.988 1.00 85.41 C ATOM 5787 C LYS 166 148.367 185.233 155.261 1.00 86.35 C ATOM 5788 O LYS 166 149.094 184.366 155.740 1.00 84.59 O ATOM 5789 CB LYS 166 148.386 185.204 152.717 1.00 83.78 C ATOM 5790 CG LYS 166 148.643 185.980 151.407 1.00 80.54 C ATOM 5791 CD LYS 166 148.161 185.208 150.168 1.00 77.40 C ATOM 5792 CE LYS 166 148.397 186.023 148.883 1.00 72.11 C ATOM 5793 NZ LYS 166 147.849 185.379 147.663 1.00 66.05 N ATOM 5794 N TRP 167 147.179 185.530 155.783 1.00 85.74 N ATOM 5795 CA TRP 167 146.618 184.820 156.932 1.00 86.23 C ATOM 5796 C TRP 167 145.880 183.563 156.474 1.00 85.38 C ATOM 5797 O TRP 167 144.850 183.644 155.810 1.00 82.67 O ATOM 5798 CB TRP 167 145.707 185.753 157.718 1.00 85.80 C ATOM 5799 CG TRP 167 145.244 185.169 159.011 1.00 86.49 C ATOM 5800 CD1 TRP 167 144.098 184.485 159.208 1.00 83.20 C ATOM 5801 CD2 TRP 167 145.944 185.182 160.296 1.00 84.85 C ATOM 5802 NE1 TRP 167 144.033 184.075 160.536 1.00 82.81 N ATOM 5803 CE2 TRP 167 145.143 184.481 161.231 1.00 84.06 C ATOM 5804 CE3 TRP 167 147.166 185.722 160.739 1.00 84.20 C ATOM 5805 CZ2 TRP 167 145.547 184.313 162.572 1.00 83.95 C ATOM 5806 CZ3 TRP 167 147.562 185.557 162.074 1.00 82.00 C ATOM 5807 CH2 TRP 167 146.758 184.856 162.977 1.00 81.43 C ATOM 5808 N ILE 168 146.402 182.404 156.838 1.00 83.52 N ATOM 5809 CA ILE 168 145.921 181.090 156.379 1.00 81.66 C ATOM 5810 C ILE 168 145.313 180.272 157.523 1.00 80.13 C ATOM 5811 O ILE 168 144.723 179.214 157.312 1.00 74.30 O ATOM 5812 CB ILE 168 147.063 180.314 155.687 1.00 78.85 C ATOM 5813 CG1 ILE 168 147.966 181.226 154.818 1.00 75.24 C ATOM 5814 CG2 ILE 168 146.492 179.197 154.794 1.00 72.75 C ATOM 5815 CD1 ILE 168 149.236 180.511 154.372 1.00 69.03 C ATOM 5816 N SER 169 145.458 180.750 158.748 1.00 79.63 N ATOM 5817 CA SER 169 144.879 180.129 159.934 1.00 78.16 C ATOM 5818 C SER 169 143.377 180.422 160.058 1.00 77.08 C ATOM 5819 O SER 169 142.779 181.020 159.171 1.00 71.40 O ATOM 5820 CB SER 169 145.672 180.555 161.166 1.00 74.75 C ATOM 5821 OG SER 169 146.878 179.834 161.226 1.00 70.32 O ATOM 5822 N GLY 170 142.763 179.960 161.138 1.00 74.19 N ATOM 5823 CA GLY 170 141.323 180.081 161.354 1.00 74.02 C ATOM 5824 C GLY 170 140.850 181.512 161.619 1.00 76.89 C ATOM 5825 O GLY 170 140.931 182.380 160.760 1.00 73.94 O ATOM 5826 N LEU 171 140.338 181.752 162.833 1.00 78.28 N ATOM 5827 CA LEU 171 139.852 183.071 163.231 1.00 78.09 C ATOM 5828 C LEU 171 140.986 184.101 163.202 1.00 79.50 C ATOM 5829 O LEU 171 142.078 183.839 163.709 1.00 77.77 O ATOM 5830 CB LEU 171 139.232 182.989 164.635 1.00 75.10 C ATOM 5831 CG LEU 171 137.894 182.225 164.674 1.00 71.08 C ATOM 5832 CD1 LEU 171 137.558 181.818 166.103 1.00 65.84 C ATOM 5833 CD2 LEU 171 136.743 183.085 164.138 1.00 64.26 C ATOM 5834 N ALA 172 140.681 185.263 162.645 1.00 82.84 N ATOM 5835 CA ALA 172 141.569 186.414 162.743 1.00 83.53 C ATOM 5836 C ALA 172 141.760 186.813 164.221 1.00 84.48 C ATOM 5837 O ALA 172 140.831 186.646 165.019 1.00 83.11 O ATOM 5838 CB ALA 172 140.984 187.556 161.910 1.00 81.57 C ATOM 5839 N PRO 173 142.935 187.319 164.603 1.00 85.78 N ATOM 5840 CA PRO 173 143.146 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