####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS314_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS314_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.02 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 59 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 59 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 75 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 61 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 6 84 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 62 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 61 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 36 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 59 85 115 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 50 110 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 74 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 42 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 25 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 75 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 55 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 24 109 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 45 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 3 5 75 117 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 24 66 121 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 112 122 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 82.96 90.37 94.81 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.60 0.75 0.82 0.88 0.95 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 GDT RMS_ALL_AT 1.04 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.712 0 0.026 0.026 0.896 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.842 0 0.056 0.212 1.954 81.818 72.929 1.954 LGA W 167 W 167 0.664 0 0.057 0.103 0.963 81.818 87.013 0.458 LGA I 168 I 168 0.995 0 0.050 0.844 3.414 70.000 58.182 3.414 LGA S 169 S 169 1.436 0 0.138 0.213 4.016 66.818 50.000 4.016 LGA G 170 G 170 0.909 0 0.226 0.226 1.181 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.863 0 0.018 1.325 4.185 90.909 68.864 1.117 LGA A 172 A 172 0.409 0 0.045 0.050 0.563 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.299 0 0.038 0.332 1.361 100.000 95.065 1.361 LGA Y 174 Y 174 0.419 0 0.041 0.174 0.937 95.455 86.364 0.937 LGA G 175 G 175 0.117 0 0.053 0.053 0.183 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.061 0 0.029 0.144 0.290 100.000 100.000 0.082 LGA Q 177 Q 177 0.399 0 0.056 0.259 0.910 100.000 93.939 0.799 LGA L 178 L 178 0.395 0 0.078 0.102 0.873 95.455 93.182 0.873 LGA N 179 N 179 0.970 0 0.180 0.606 4.340 70.909 45.455 4.340 LGA K 180 K 180 4.199 0 0.293 0.968 13.951 13.182 5.859 13.951 LGA K 181 K 181 1.091 0 0.352 0.997 7.633 77.727 39.596 7.633 LGA T 182 T 182 0.650 0 0.053 1.102 3.505 82.273 67.273 3.505 LGA S 183 S 183 1.097 0 0.135 0.122 1.436 69.545 68.182 1.296 LGA K 184 K 184 1.176 0 0.059 0.810 2.421 69.545 64.444 2.421 LGA L 185 L 185 0.603 0 0.054 0.065 0.643 81.818 81.818 0.624 LGA D 186 D 186 0.200 0 0.057 0.093 0.721 100.000 93.182 0.687 LGA P 187 P 187 0.447 0 0.000 0.362 1.026 86.818 87.273 0.504 LGA V 188 V 188 0.582 0 0.005 0.032 0.658 81.818 81.818 0.657 LGA E 189 E 189 0.655 0 0.013 0.323 1.804 81.818 76.566 1.804 LGA D 190 D 190 0.676 0 0.033 0.064 0.898 86.364 84.091 0.898 LGA E 191 E 191 0.426 0 0.033 0.073 0.716 95.455 93.939 0.716 LGA A 192 A 192 0.276 0 0.000 0.000 0.368 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.312 0 0.024 0.653 2.844 100.000 83.838 2.596 LGA V 194 V 194 0.299 0 0.035 0.053 0.350 100.000 100.000 0.350 LGA V 195 V 195 0.098 0 0.000 0.000 0.159 100.000 100.000 0.136 LGA Q 196 Q 196 0.241 0 0.012 0.269 1.395 100.000 90.303 1.132 LGA L 197 L 197 0.235 0 0.015 0.042 0.401 100.000 100.000 0.395 LGA I 198 I 198 0.239 0 0.086 0.097 0.418 100.000 100.000 0.302 LGA F 199 F 199 0.282 0 0.042 0.077 0.381 100.000 100.000 0.162 LGA N 200 N 200 0.277 0 0.042 0.782 2.030 100.000 85.682 2.030 LGA I 201 I 201 0.118 0 0.021 0.056 0.205 100.000 100.000 0.093 LGA F 202 F 202 0.197 0 0.000 0.040 0.487 100.000 100.000 0.487 LGA L 203 L 203 0.404 0 0.000 0.053 0.731 100.000 93.182 0.705 LGA N 204 N 204 0.285 0 0.017 0.092 1.100 100.000 91.136 0.816 LGA G 205 G 205 0.407 0 0.044 0.044 0.439 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.494 0 0.023 0.131 0.836 90.909 93.182 0.078 LGA N 207 N 207 1.056 0 0.062 0.263 1.855 69.545 65.682 1.309 LGA G 208 G 208 1.232 0 0.000 0.000 1.646 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.390 0 0.039 0.299 1.878 65.455 58.990 1.878 LGA D 210 D 210 1.359 0 0.101 0.568 1.465 69.545 71.591 1.059 LGA Y 211 Y 211 1.831 0 0.126 0.427 2.009 50.909 49.848 1.608 LGA S 212 S 212 2.409 0 0.690 0.750 6.086 34.545 23.939 6.086 LGA Y 213 Y 213 2.852 0 0.161 1.626 14.771 41.818 14.091 14.771 LGA A 215 A 215 0.872 0 0.206 0.221 1.833 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.312 0 0.025 0.173 0.454 100.000 100.000 0.419 LGA A 217 A 217 0.194 0 0.026 0.041 0.283 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.432 0 0.048 0.087 1.155 100.000 91.212 1.155 LGA H 219 H 219 0.219 0 0.006 0.034 0.359 100.000 100.000 0.359 LGA L 220 L 220 0.187 0 0.019 0.090 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA T 221 T 221 0.186 0 0.021 0.041 0.311 100.000 100.000 0.252 LGA N 222 N 222 0.264 0 0.028 0.038 0.452 100.000 100.000 0.299 LGA L 223 L 223 0.438 0 0.040 0.049 0.770 100.000 93.182 0.688 LGA Q 224 Q 224 0.470 0 0.028 0.796 4.234 90.909 64.444 4.234 LGA I 225 I 225 0.549 0 0.054 0.137 0.605 86.364 93.182 0.221 LGA P 226 P 226 0.677 0 0.065 0.071 0.808 81.818 81.818 0.790 LGA T 227 T 227 0.142 0 0.029 0.162 0.417 100.000 100.000 0.230 LGA P 228 P 228 0.695 0 0.087 0.087 0.857 86.364 84.416 0.857 LGA S 229 S 229 0.622 0 0.130 0.121 0.985 86.364 84.848 0.985 LGA G 230 G 230 0.472 0 0.079 0.079 0.931 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.656 0 0.101 0.681 3.161 82.273 74.949 3.161 LGA K 232 K 232 0.691 0 0.143 0.870 3.816 81.818 61.818 3.816 LGA R 233 R 233 0.474 0 0.022 1.298 7.406 95.455 51.570 7.406 LGA W 234 W 234 0.224 0 0.058 0.109 0.611 100.000 97.403 0.407 LGA N 235 N 235 0.623 0 0.024 0.818 2.220 86.364 76.591 2.220 LGA Q 236 Q 236 0.490 0 0.034 0.891 3.481 90.909 76.970 0.550 LGA Y 237 Y 237 0.551 0 0.029 1.687 9.905 90.909 40.303 9.905 LGA T 238 T 238 0.390 0 0.021 0.286 0.916 100.000 94.805 0.916 LGA I 239 I 239 0.243 0 0.000 0.083 0.357 100.000 100.000 0.357 LGA K 240 K 240 0.362 0 0.063 0.594 3.893 100.000 76.364 3.893 LGA A 241 A 241 0.387 0 0.056 0.060 0.487 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.363 0 0.047 0.062 0.922 100.000 90.909 0.922 LGA L 243 L 243 0.237 0 0.024 0.125 0.610 95.455 97.727 0.218 LGA Q 244 Q 244 0.290 0 0.012 0.305 1.312 95.455 88.283 1.312 LGA N 245 N 245 0.412 0 0.000 0.096 0.730 100.000 93.182 0.730 LGA E 246 E 246 0.420 0 0.000 0.631 1.954 100.000 88.687 1.354 LGA V 247 V 247 0.296 0 0.026 0.094 0.334 100.000 100.000 0.104 LGA Y 248 Y 248 0.362 0 0.000 0.106 1.044 100.000 89.545 1.044 LGA I 249 I 249 0.307 0 0.071 0.097 0.441 100.000 100.000 0.397 LGA G 250 G 250 0.259 0 0.049 0.049 0.320 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.266 0 0.043 0.047 0.440 100.000 100.000 0.386 LGA V 252 V 252 0.333 0 0.052 0.119 0.669 100.000 97.403 0.669 LGA K 253 K 253 0.477 0 0.011 0.138 0.615 90.909 89.899 0.551 LGA Y 254 Y 254 0.646 0 0.042 0.349 2.547 81.818 70.758 2.547 LGA K 255 K 255 0.785 0 0.075 0.140 1.220 81.818 80.000 1.220 LGA V 256 V 256 0.803 0 0.068 0.084 0.981 81.818 81.818 0.977 LGA R 257 R 257 1.287 0 0.099 1.107 6.739 65.455 41.488 4.007 LGA E 258 E 258 1.179 0 0.120 1.137 5.267 58.182 39.192 5.267 LGA K 259 K 259 1.930 0 0.045 0.141 2.541 50.909 41.414 2.541 LGA T 260 T 260 1.953 0 0.008 0.168 2.265 44.545 45.455 1.942 LGA K 261 K 261 2.380 0 0.015 0.764 6.620 35.455 23.434 6.620 LGA D 262 D 262 2.464 0 0.072 0.140 2.464 38.182 39.773 2.103 LGA G 263 G 263 2.493 0 0.111 0.111 2.730 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 2.111 0 0.000 0.363 2.354 44.545 47.273 0.970 LGA R 265 R 265 1.851 0 0.090 0.949 3.156 50.909 46.942 3.156 LGA T 266 T 266 1.459 0 0.000 0.108 1.597 61.818 63.377 1.452 LGA I 267 I 267 1.092 0 0.027 0.081 1.399 69.545 69.545 1.399 LGA R 268 R 268 0.513 0 0.000 0.973 2.437 86.364 72.562 2.437 LGA P 269 P 269 0.353 0 0.000 0.010 0.377 100.000 100.000 0.243 LGA E 270 E 270 0.527 0 0.017 0.903 3.189 90.909 70.505 2.315 LGA K 271 K 271 0.653 0 0.045 0.722 5.024 81.818 52.929 5.024 LGA E 272 E 272 0.411 0 0.053 0.077 1.545 100.000 82.828 1.545 LGA Q 273 Q 273 0.198 0 0.025 0.076 0.807 100.000 93.939 0.705 LGA I 274 I 274 0.221 0 0.054 0.074 0.517 100.000 97.727 0.517 LGA V 275 V 275 0.137 0 0.005 0.013 0.351 100.000 100.000 0.351 LGA V 276 V 276 0.244 0 0.000 0.048 0.560 100.000 97.403 0.463 LGA Q 277 Q 277 0.181 0 0.048 0.631 2.984 100.000 79.596 2.984 LGA D 278 D 278 0.214 0 0.019 0.163 0.539 100.000 97.727 0.539 LGA A 279 A 279 0.336 0 0.021 0.046 0.378 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.138 0 0.033 0.249 0.741 100.000 92.727 0.741 LGA A 281 A 281 0.132 0 0.000 0.000 0.196 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.270 0 0.025 0.036 0.452 100.000 100.000 0.452 LGA I 283 I 283 0.411 0 0.049 0.078 0.731 95.455 93.182 0.553 LGA I 284 I 284 0.431 0 0.000 0.089 0.482 100.000 100.000 0.340 LGA D 285 D 285 0.795 0 0.077 0.910 3.183 81.818 67.727 1.445 LGA K 286 K 286 0.671 0 0.021 0.286 1.287 81.818 80.000 1.287 LGA E 287 E 287 0.577 0 0.035 0.265 0.886 86.364 87.879 0.429 LGA Q 288 Q 288 0.446 0 0.000 0.294 1.944 95.455 84.646 1.000 LGA F 289 F 289 0.435 0 0.035 0.101 0.687 100.000 90.083 0.665 LGA Q 290 Q 290 0.533 0 0.018 1.127 3.593 90.909 74.343 3.593 LGA Q 291 Q 291 0.271 0 0.000 0.244 0.893 100.000 95.960 0.893 LGA S 292 S 292 0.158 0 0.055 0.060 0.297 100.000 100.000 0.165 LGA Q 293 Q 293 0.502 0 0.038 0.236 0.930 86.364 83.838 0.919 LGA V 294 V 294 0.545 0 0.025 0.047 0.692 81.818 87.013 0.401 LGA K 295 K 295 0.516 0 0.054 0.189 1.047 82.273 82.020 0.659 LGA I 296 I 296 0.901 0 0.022 0.073 1.473 73.636 75.682 0.557 LGA A 297 A 297 1.391 0 0.136 0.162 2.231 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.240 0 0.095 0.400 3.230 50.909 64.318 1.315 LGA K 299 K 299 4.119 0 0.350 0.995 13.894 19.545 8.687 13.894 LGA V 300 V 300 2.628 0 0.057 0.053 4.079 25.455 18.442 3.546 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.015 0.992 1.949 85.249 79.250 64.736 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.01 94.444 97.245 12.109 LGA_LOCAL RMSD: 1.015 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.245393 * X + -0.951500 * Y + -0.185555 * Z + 158.295639 Y_new = -0.920364 * X + 0.168548 * Y + 0.352876 * Z + 153.061813 Z_new = -0.304487 * X + 0.257372 * Y + -0.917086 * Z + 138.261444 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.831361 0.309399 2.867990 [DEG: -104.9293 17.7273 164.3237 ] ZXZ: -2.657490 2.731507 -0.869057 [DEG: -152.2629 156.5038 -49.7933 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS314_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS314_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.01 97.245 1.01 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS314_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.028 186.795 153.785 1.00 84.40 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.288 187.536 154.815 1.00 84.55 C ATOM 1347 C GLY 165 150.771 187.335 154.785 1.00 86.25 C ATOM 1348 O GLY 165 150.039 188.096 155.418 1.00 83.89 O ATOM 1349 N LYS 166 150.274 186.329 154.060 1.00 86.17 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.847 186.002 154.022 1.00 85.92 C ATOM 1351 C LYS 166 148.438 185.245 155.290 1.00 86.77 C ATOM 1352 O LYS 166 149.168 184.387 155.781 1.00 85.10 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.490 185.212 152.749 1.00 84.42 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.754 185.994 151.443 1.00 81.23 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.305 185.212 150.199 1.00 78.01 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.549 186.019 148.915 1.00 72.70 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.043 185.347 147.692 1.00 66.45 N ATOM 1358 N TRP 167 147.243 185.530 155.792 1.00 86.93 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.675 184.815 156.938 1.00 87.34 C ATOM 1360 C TRP 167 145.965 183.545 156.476 1.00 86.66 C ATOM 1361 O TRP 167 144.937 183.606 155.805 1.00 84.02 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.740 185.738 157.707 1.00 86.88 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.265 185.146 158.994 1.00 87.20 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.130 184.443 159.177 1.00 84.22 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.951 185.170 160.289 1.00 85.78 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.049 184.033 160.502 1.00 83.93 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.142 184.456 161.210 1.00 85.10 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.158 185.726 160.753 1.00 85.07 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.532 184.294 162.558 1.00 84.79 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.539 185.567 162.092 1.00 83.06 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.734 184.855 162.982 1.00 82.51 C ATOM 1372 N ILE 168 146.506 182.397 156.837 1.00 84.90 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.043 181.076 156.383 1.00 83.16 C ATOM 1374 C ILE 168 145.430 180.255 157.527 1.00 81.82 C ATOM 1375 O ILE 168 144.847 179.195 157.316 1.00 76.13 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.204 180.307 155.708 1.00 80.30 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.063 181.226 154.805 1.00 76.26 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.671 179.141 154.859 1.00 73.45 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.349 180.549 154.343 1.00 69.75 C ATOM 1380 N SER 169 145.566 180.733 158.748 1.00 82.04 N ATOM 1381 CA SER 169 144.986 180.108 159.934 1.00 80.59 C ATOM 1382 C SER 169 143.488 180.405 160.068 1.00 79.57 C ATOM 1383 O SER 169 142.884 181.009 159.188 1.00 73.82 O ATOM 1384 CB SER 169 145.785 180.518 161.166 1.00 77.04 C ATOM 1385 OG SER 169 146.981 179.785 161.217 1.00 72.20 O ATOM 1386 N GLY 170 142.878 179.941 161.160 1.00 76.99 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.437 180.058 161.388 1.00 76.64 C ATOM 1388 C GLY 170 140.943 181.488 161.622 1.00 79.05 C ATOM 1389 O GLY 170 141.058 182.350 160.763 1.00 75.95 O ATOM 1390 N LEU 171 140.381 181.724 162.808 1.00 80.09 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.866 183.045 163.184 1.00 79.95 C ATOM 1392 C LEU 171 140.988 184.083 163.175 1.00 81.30 C ATOM 1393 O LEU 171 142.072 183.829 163.704 1.00 79.48 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.205 182.967 164.571 1.00 77.11 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.872 182.195 164.582 1.00 72.71 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.501 181.801 166.006 1.00 67.28 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.730 183.036 163.999 1.00 65.89 C ATOM 1398 N ALA 172 140.688 185.245 162.612 1.00 84.34 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.567 186.399 162.718 1.00 84.71 C ATOM 1400 C ALA 172 141.750 186.793 164.199 1.00 85.66 C ATOM 1401 O ALA 172 140.822 186.619 164.998 1.00 84.26 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.979 187.542 161.885 1.00 82.75 C ATOM 1403 N PRO 173 142.922 187.300 164.587 1.00 87.35 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.131 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