####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS314_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS314_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.59 1.59 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.59 1.59 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 92 165 - 257 0.96 1.83 LCS_AVERAGE: 58.74 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 92 135 135 5 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 92 135 135 63 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 92 135 135 64 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 92 135 135 13 90 107 114 122 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 92 135 135 5 16 48 108 119 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 92 135 135 27 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 92 135 135 48 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 92 135 135 3 29 47 57 117 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 92 135 135 5 74 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 92 135 135 5 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 92 135 135 28 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 92 135 135 10 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 92 135 135 56 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 92 135 135 64 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 92 135 135 62 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 92 135 135 48 99 108 116 122 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 92 135 135 57 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 92 135 135 41 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 92 135 135 24 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 92 135 135 14 97 108 115 122 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 92 135 135 3 29 50 112 121 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 92 135 135 3 14 22 39 121 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 92 135 135 39 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 92 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 92 135 135 67 100 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131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 54 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 54 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 54 135 135 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 54 135 135 63 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 54 135 135 63 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 54 135 135 56 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 31 135 135 21 90 108 114 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 29 135 135 3 99 108 115 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 27 135 135 3 24 91 110 116 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 26 135 135 3 3 97 109 122 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 86.25 ( 58.74 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 100 108 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 74.07 80.00 85.93 91.85 97.04 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.63 1.02 1.37 1.48 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 GDT RMS_ALL_AT 2.10 2.05 2.00 1.69 1.60 1.60 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 1.59 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.328 0 0.000 0.000 1.501 61.818 61.818 - LGA K 166 K 166 1.455 0 0.038 0.111 2.150 65.455 57.576 2.150 LGA W 167 W 167 1.343 0 0.037 0.200 1.605 61.818 65.844 0.916 LGA I 168 I 168 2.254 0 0.134 0.760 4.744 33.636 25.000 4.744 LGA S 169 S 169 2.892 0 0.519 0.500 5.319 30.455 21.212 5.319 LGA G 170 G 170 1.555 0 0.205 0.205 1.555 54.545 54.545 - LGA L 171 L 171 1.409 0 0.000 1.369 5.584 61.818 46.136 2.246 LGA A 172 A 172 1.202 0 0.031 0.028 1.332 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.668 0 0.048 0.343 1.438 81.818 77.143 1.438 LGA Y 174 Y 174 0.419 0 0.038 0.176 1.248 100.000 88.182 1.248 LGA G 175 G 175 0.422 0 0.063 0.063 0.422 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.456 0 0.033 0.117 0.617 95.455 95.455 0.440 LGA Q 177 Q 177 0.929 0 0.054 0.247 1.086 81.818 80.000 0.925 LGA L 178 L 178 0.849 0 0.077 0.117 1.291 82.273 80.000 1.291 LGA N 179 N 179 0.652 0 0.194 0.626 4.178 70.000 45.000 4.178 LGA K 180 K 180 3.712 0 0.300 0.968 13.576 20.455 9.091 13.576 LGA K 181 K 181 1.386 0 0.333 0.991 8.196 82.273 39.798 8.196 LGA T 182 T 182 0.753 0 0.046 1.107 3.657 77.727 64.675 3.657 LGA S 183 S 183 1.504 0 0.131 0.115 1.920 58.636 56.061 1.894 LGA K 184 K 184 1.517 0 0.053 0.811 2.647 54.545 54.747 2.647 LGA L 185 L 185 0.941 0 0.064 0.079 1.030 77.727 79.773 0.991 LGA D 186 D 186 0.247 0 0.057 0.089 0.618 95.455 95.455 0.418 LGA P 187 P 187 0.461 0 0.033 0.068 1.221 86.818 84.675 0.782 LGA V 188 V 188 0.755 0 0.000 0.031 1.015 81.818 79.481 1.015 LGA E 189 E 189 0.973 0 0.000 0.306 2.296 73.636 66.263 2.296 LGA D 190 D 190 1.142 0 0.002 0.029 1.525 73.636 67.727 1.525 LGA E 191 E 191 0.783 0 0.040 0.101 1.360 86.364 80.202 1.360 LGA A 192 A 192 0.342 0 0.000 0.000 0.485 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.582 0 0.000 0.650 3.390 86.364 69.697 3.219 LGA V 194 V 194 0.608 0 0.025 0.044 0.828 90.909 87.013 0.804 LGA V 195 V 195 0.140 0 0.000 0.000 0.280 100.000 100.000 0.176 LGA Q 196 Q 196 0.288 0 0.032 0.270 1.345 100.000 88.485 1.264 LGA L 197 L 197 0.379 0 0.017 0.061 0.930 100.000 90.909 0.913 LGA I 198 I 198 0.378 0 0.082 0.093 0.694 100.000 93.182 0.656 LGA F 199 F 199 0.236 0 0.051 0.089 0.688 100.000 95.041 0.531 LGA N 200 N 200 0.332 0 0.040 1.079 4.078 100.000 70.455 4.078 LGA I 201 I 201 0.161 0 0.036 0.046 0.451 100.000 100.000 0.451 LGA F 202 F 202 0.252 0 0.000 0.035 0.946 100.000 90.083 0.946 LGA L 203 L 203 0.429 0 0.000 0.046 1.089 100.000 86.818 1.013 LGA N 204 N 204 0.328 0 0.023 0.100 1.254 100.000 86.818 1.019 LGA G 205 G 205 0.502 0 0.047 0.047 0.686 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.918 0 0.029 0.093 1.315 73.636 80.000 0.420 LGA N 207 N 207 1.724 0 0.075 0.295 2.935 54.545 45.000 2.451 LGA G 208 G 208 1.377 0 0.000 0.000 1.453 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.436 0 0.039 0.175 1.877 65.455 57.374 1.877 LGA D 210 D 210 1.222 0 0.112 0.763 1.826 69.545 63.864 1.810 LGA Y 211 Y 211 2.061 0 0.114 0.387 2.424 44.545 44.545 2.005 LGA S 212 S 212 2.574 0 0.696 0.769 6.474 28.636 20.000 6.474 LGA Y 213 Y 213 2.698 0 0.135 1.638 14.215 48.636 16.667 14.215 LGA A 215 A 215 1.409 0 0.180 0.195 2.043 65.455 60.000 - LGA I 216 I 216 0.846 0 0.031 0.175 0.965 81.818 86.364 0.202 LGA A 217 A 217 1.018 0 0.024 0.037 1.172 69.545 68.727 - LGA S 218 S 218 1.294 0 0.038 0.080 1.678 65.455 63.030 1.678 LGA H 219 H 219 1.175 0 0.031 0.040 1.250 65.455 65.455 1.196 LGA L 220 L 220 1.076 0 0.020 0.089 1.145 65.455 71.591 0.948 LGA T 221 T 221 1.147 0 0.007 0.042 1.177 65.455 65.455 1.123 LGA N 222 N 222 1.241 0 0.033 0.059 1.547 65.455 63.636 1.547 LGA L 223 L 223 1.220 0 0.045 0.052 1.412 65.455 65.455 1.412 LGA Q 224 Q 224 1.167 0 0.016 0.789 5.371 73.636 46.465 5.371 LGA I 225 I 225 0.898 0 0.054 0.134 1.035 77.727 79.773 0.799 LGA P 226 P 226 1.231 0 0.062 0.067 1.423 65.455 65.455 1.407 LGA T 227 T 227 1.159 0 0.031 0.185 1.311 65.455 67.792 1.286 LGA P 228 P 228 1.523 0 0.076 0.082 1.562 61.818 59.221 1.562 LGA S 229 S 229 1.566 0 0.096 0.118 1.599 50.909 58.485 0.946 LGA G 230 G 230 1.545 0 0.032 0.032 1.545 58.182 58.182 - LGA K 231 K 231 1.084 0 0.113 0.725 3.205 65.455 58.586 3.205 LGA K 232 K 232 1.134 0 0.135 0.886 2.665 65.455 56.566 2.665 LGA R 233 R 233 1.108 0 0.022 1.181 6.912 65.455 37.025 6.912 LGA W 234 W 234 1.358 0 0.042 0.083 1.477 65.455 67.792 0.955 LGA N 235 N 235 1.493 0 0.035 0.832 3.007 65.455 57.727 3.007 LGA Q 236 Q 236 0.886 0 0.043 0.902 3.788 82.273 67.071 1.056 LGA Y 237 Y 237 1.427 0 0.034 0.380 1.982 65.455 61.818 1.505 LGA T 238 T 238 1.421 0 0.025 0.307 2.117 65.455 59.481 2.117 LGA I 239 I 239 0.952 0 0.015 0.095 1.145 77.727 77.727 1.127 LGA K 240 K 240 1.143 0 0.065 0.657 4.957 65.455 48.889 4.957 LGA A 241 A 241 1.337 0 0.018 0.022 1.537 65.455 62.545 - LGA I 242 I 242 0.559 0 0.042 0.049 1.271 90.909 82.273 1.271 LGA L 243 L 243 0.482 0 0.041 0.125 0.923 90.909 86.364 0.585 LGA Q 244 Q 244 1.046 0 0.000 0.282 1.391 69.545 70.909 1.081 LGA N 245 N 245 1.077 0 0.000 0.088 1.192 69.545 69.545 1.192 LGA E 246 E 246 1.112 0 0.000 0.690 1.521 65.455 67.677 1.407 LGA V 247 V 247 0.897 0 0.000 0.075 1.001 77.727 79.481 0.849 LGA Y 248 Y 248 0.751 0 0.000 0.108 1.299 81.818 77.727 1.299 LGA I 249 I 249 0.896 0 0.065 0.100 1.322 81.818 73.636 1.322 LGA G 250 G 250 0.837 0 0.026 0.026 0.940 81.818 81.818 - LGA T 251 T 251 0.987 0 0.042 0.059 1.124 77.727 77.143 0.932 LGA V 252 V 252 1.114 0 0.077 0.159 1.493 73.636 70.130 1.493 LGA K 253 K 253 1.032 0 0.024 0.125 1.436 65.455 70.909 0.808 LGA Y 254 Y 254 0.995 0 0.029 0.315 2.248 81.818 67.576 2.248 LGA K 255 K 255 0.904 0 0.072 0.609 2.935 73.636 60.808 2.527 LGA V 256 V 256 1.226 0 0.078 0.093 1.448 65.455 67.792 1.321 LGA R 257 R 257 1.864 0 0.105 1.098 2.880 54.545 46.942 2.880 LGA E 258 E 258 2.939 0 0.162 1.140 7.517 20.909 12.525 7.517 LGA K 259 K 259 3.070 0 0.063 0.232 3.302 20.455 21.212 2.663 LGA T 260 T 260 3.827 0 0.020 0.107 4.326 10.909 8.571 4.127 LGA K 261 K 261 4.003 0 0.023 0.687 6.675 5.455 4.242 6.675 LGA D 262 D 262 4.557 0 0.083 0.762 6.659 3.636 2.045 6.659 LGA G 263 G 263 3.662 0 0.130 0.130 3.899 10.909 10.909 - LGA K 264 K 264 3.844 0 0.091 0.492 4.764 10.909 7.273 4.711 LGA R 265 R 265 3.147 0 0.164 1.008 3.465 20.455 35.041 2.252 LGA T 266 T 266 3.147 0 0.057 0.157 3.570 20.455 18.442 3.117 LGA I 267 I 267 2.443 0 0.014 0.063 3.239 32.727 30.227 3.239 LGA R 268 R 268 2.088 0 0.000 0.973 3.371 38.182 40.992 2.131 LGA P 269 P 269 2.347 0 0.000 0.020 2.695 41.364 36.883 2.695 LGA E 270 E 270 1.809 0 0.000 0.871 5.148 51.364 34.545 4.342 LGA K 271 K 271 1.845 0 0.045 0.663 2.271 50.909 52.727 1.144 LGA E 272 E 272 1.376 0 0.067 0.117 3.027 70.000 49.091 3.027 LGA Q 273 Q 273 0.961 0 0.021 0.033 1.573 77.727 69.293 1.311 LGA I 274 I 274 0.305 0 0.054 0.106 0.666 95.455 97.727 0.307 LGA V 275 V 275 0.496 0 0.056 0.069 0.700 90.909 87.013 0.655 LGA V 276 V 276 0.806 0 0.000 0.044 1.194 81.818 74.805 1.164 LGA Q 277 Q 277 0.723 0 0.043 0.604 2.552 81.818 67.475 2.552 LGA D 278 D 278 0.787 0 0.034 0.191 1.236 81.818 79.773 1.236 LGA A 279 A 279 1.012 0 0.028 0.045 1.064 77.727 75.273 - LGA H 280 H 280 0.684 0 0.043 0.274 1.187 81.818 76.909 1.047 LGA A 281 A 281 0.409 0 0.000 0.000 0.431 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.598 0 0.010 0.027 0.902 81.818 81.818 0.902 LGA I 283 I 283 0.423 0 0.053 0.090 0.668 95.455 95.455 0.569 LGA I 284 I 284 0.651 0 0.000 0.090 1.026 77.727 86.591 0.294 LGA D 285 D 285 1.402 0 0.073 0.895 3.035 65.455 52.500 2.042 LGA K 286 K 286 1.588 0 0.033 0.304 1.853 54.545 59.192 0.842 LGA E 287 E 287 1.648 0 0.023 0.164 2.240 58.182 52.727 1.755 LGA Q 288 Q 288 1.060 0 0.000 0.357 1.481 73.636 69.091 1.226 LGA F 289 F 289 1.050 0 0.043 0.105 1.358 65.455 65.455 1.351 LGA Q 290 Q 290 1.512 0 0.000 1.097 2.267 61.818 57.980 2.267 LGA Q 291 Q 291 1.114 0 0.000 0.232 1.394 73.636 69.091 1.271 LGA S 292 S 292 0.831 0 0.049 0.047 1.156 73.636 76.364 0.589 LGA Q 293 Q 293 1.462 0 0.027 0.236 1.793 58.182 54.141 1.691 LGA V 294 V 294 1.663 0 0.026 0.052 1.874 54.545 52.987 1.655 LGA K 295 K 295 1.141 0 0.053 0.145 1.645 61.818 74.949 0.495 LGA I 296 I 296 1.663 0 0.021 0.069 2.239 48.182 53.182 1.388 LGA A 297 A 297 2.433 0 0.099 0.123 3.227 30.455 29.818 - LGA N 298 N 298 1.944 0 0.022 0.539 2.708 41.818 51.818 1.928 LGA K 299 K 299 3.561 0 0.322 0.738 14.792 35.000 15.556 14.792 LGA V 300 V 300 2.952 0 0.075 0.081 5.869 35.455 20.519 5.869 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.592 1.561 2.263 67.229 62.584 51.795 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.59 90.000 94.756 7.978 LGA_LOCAL RMSD: 1.592 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.592 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.592 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.553873 * X + -0.399184 * Y + -0.730669 * Z + 152.971161 Y_new = 0.822594 * X + 0.126702 * Y + 0.554334 * Z + 153.616989 Z_new = -0.128704 * X + -0.908074 * Y + 0.398543 * Z + 142.405762 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.978198 0.129062 -1.157222 [DEG: 56.0466 7.3947 -66.3039 ] ZXZ: -2.219821 1.160869 -3.000798 [DEG: -127.1864 66.5129 -171.9330 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS314_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS314_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.59 94.756 1.59 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS314_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.456 186.725 154.323 1.00 65.02 N ATOM 1346 CA GLY 165 151.770 187.458 155.385 1.00 66.45 C ATOM 1347 C GLY 165 150.250 187.314 155.378 1.00 70.27 C ATOM 1348 O GLY 165 149.550 188.107 155.999 1.00 67.39 O ATOM 1349 N LYS 166 149.724 186.313 154.681 1.00 65.45 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.293 186.021 154.644 1.00 65.44 C ATOM 1351 C LYS 166 147.883 185.227 155.882 1.00 64.98 C ATOM 1352 O LYS 166 148.640 184.417 156.411 1.00 63.11 O ATOM 1353 CB LYS 166 147.933 185.297 153.348 1.00 64.67 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.150 186.179 152.091 1.00 63.23 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.864 185.385 150.821 1.00 62.39 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.044 186.237 149.566 1.00 56.69 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.914 185.423 148.335 1.00 52.39 N ATOM 1358 N TRP 167 146.666 185.460 156.341 1.00 70.40 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.139 184.806 157.538 1.00 70.14 C ATOM 1360 C TRP 167 145.556 183.432 157.213 1.00 67.37 C ATOM 1361 O TRP 167 144.693 183.305 156.350 1.00 63.36 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.110 185.715 158.199 1.00 70.27 C ATOM 1363 CG TRP 167 144.662 185.210 159.525 1.00 72.35 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.502 184.566 159.780 1.00 66.50 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.386 185.267 160.794 1.00 71.69 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.453 184.227 161.121 1.00 68.38 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.592 184.623 161.772 1.00 71.88 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 146.644 185.787 161.189 1.00 74.42 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.028 184.494 163.111 1.00 73.61 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.067 185.664 162.512 1.00 66.59 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.274 185.014 163.465 1.00 67.33 C ATOM 1372 N ILE 168 146.001 182.420 157.939 1.00 65.03 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.610 181.018 157.724 1.00 61.45 C ATOM 1374 C ILE 168 144.834 180.438 158.914 1.00 60.80 C ATOM 1375 O ILE 168 144.051 179.510 158.740 1.00 55.04 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.872 180.157 157.473 1.00 56.13 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.731 180.722 156.316 1.00 51.33 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.508 178.690 157.172 1.00 50.48 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.112 180.083 156.283 1.00 45.25 C ATOM 1380 N SER 169 145.063 180.976 160.104 1.00 59.83 N ATOM 1381 CA SER 169 144.679 180.344 161.370 1.00 59.16 C ATOM 1382 C SER 169 143.180 180.421 161.719 1.00 61.48 C ATOM 1383 O SER 169 142.829 180.564 162.888 1.00 56.04 O ATOM 1384 CB SER 169 145.559 180.872 162.509 1.00 52.42 C ATOM 1385 OG SER 169 146.921 180.737 162.197 1.00 47.12 O ATOM 1386 N GLY 170 142.301 180.302 160.715 1.00 59.36 N ATOM 1387 CA GLY 170 140.865 180.345 160.938 1.00 60.22 C ATOM 1388 C GLY 170 140.330 181.771 161.071 1.00 65.28 C ATOM 1389 O GLY 170 140.487 182.587 160.165 1.00 62.09 O ATOM 1390 N LEU 171 139.685 182.046 162.209 1.00 66.45 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.110 183.365 162.481 1.00 68.16 C ATOM 1392 C LEU 171 140.220 184.413 162.664 1.00 73.02 C ATOM 1393 O LEU 171 141.267 184.139 163.243 1.00 69.47 O ATOM 1394 CB LEU 171 138.214 183.284 163.726 1.00 60.93 C ATOM 1395 CG LEU 171 136.863 182.589 163.460 1.00 52.44 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 136.259 182.079 164.762 1.00 45.18 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 135.861 183.545 162.809 1.00 44.68 C ATOM 1398 N ALA 172 139.943 185.607 162.174 1.00 74.11 N ATOM 1399 CA ALA 172 140.797 186.756 162.428 1.00 77.34 C ATOM 1400 C ALA 172 140.887 187.018 163.945 1.00 79.26 C ATOM 1401 O ALA 172 139.881 186.882 164.640 1.00 77.79 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.237 187.966 161.671 1.00 75.49 C ATOM 1403 N PRO 173 142.059 187.376 164.465 1.00 80.07 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.186 187.763 165.863 1.00 81.82 C ATOM 1405 C PRO 173 141.409 189.055 166.127 1.00 83.51 C ATOM 1406 O PRO 173 141.157 189.845 165.218 1.00 81.88 O ATOM 1407 CB PRO 173 143.691 187.914 166.105 1.00 79.32 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.216 188.319 164.726 1.00 76.28 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.311 187.566 163.753 1.00 79.40 C ATOM 1410 N TYR 174 141.054 189.276 167.375 1.00 84.56 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.360 190.490 167.796 1.00 86.31 C ATOM 1412 C TYR 174 141.146 191.742 167.388 1.00 87.02 C ATOM 1413 O TYR 174 142.364 191.761 167.502 1.00 84.83 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.149 190.446 169.308 1.00 85.69 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.338 191.600 169.834 1.00 86.40 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 139.945 192.621 170.586 1.00 74.86 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 137.954 191.672 169.565 1.00 74.84 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.183 193.693 171.082 1.00 74.62 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.185 192.738 170.053 1.00 74.19 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.801 193.744 170.809 1.00 84.82 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.045 194.784 171.288 1.00 84.00 O ATOM 1422 N GLY 175 140.458 192.738 166.903 1.00 86.06 N ATOM 1423 CA GLY 175 141.045 193.949 166.337 1.00 86.23 C ATOM 1424 C GLY 175 141.302 193.885 164.836 1.00 87.98 C ATOM 1425 O GLY 175 141.581 194.911 164.220 1.00 84.32 O ATOM 1426 N TYR 176 141.198 192.705 164.237 1.00 86.99 N ATOM 1427 CA TYR 176 141.385 192.509 162.809 1.00 88.24 C ATOM 1428 C TYR 176 140.191 191.797 162.173 1.00 87.84 C ATOM 1429 O TYR 176 139.536 190.957 162.781 1.00 84.76 O ATOM 1430 CB TYR 176 142.668 191.717 162.551 1.00 87.88 C ATOM 1431 CG TYR 176 143.944 192.469 162.840 1.00 88.01 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.408 193.447 161.942 1.00 78.33 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 144.696 192.181 163.995 1.00 78.13 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.601 194.132 162.185 1.00 77.49 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 145.890 192.862 164.245 1.00 77.48 C ATOM 1436 CZ TYR 176 146.350 193.840 163.346 1.00 87.10 C ATOM 1437 OH TYR 176 147.516 194.503 163.585 1.00 86.14 O ATOM 1438 N GLN 177 139.958 192.109 160.906 1.00 83.44 N ATOM 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