####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS312_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS312_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 56 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 42 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 66 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 52 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 71 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 44 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 52 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 54 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 40 68 100 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 27 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 66 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 30 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 13 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 66 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 66 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 59 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 26 105 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 31 104 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 104 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 104 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 12 83 118 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 24 41 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 15 43 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 51 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 58 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 66 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 51 108 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 19 91 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 5 85 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 8 73 99 114 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 102 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 109 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 80.74 90.37 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.51 0.66 0.78 0.83 0.91 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.02 1.00 0.98 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.792 0 0.016 0.016 0.869 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.828 0 0.052 0.178 1.797 81.818 74.747 1.797 LGA W 167 W 167 0.613 0 0.038 0.109 0.823 81.818 85.714 0.577 LGA I 168 I 168 1.063 0 0.054 0.843 3.118 65.909 57.955 3.118 LGA S 169 S 169 1.569 0 0.164 0.646 5.663 55.000 39.697 5.663 LGA G 170 G 170 1.158 0 0.215 0.215 1.376 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.073 0 0.017 1.322 4.463 78.182 62.500 1.090 LGA A 172 A 172 0.539 0 0.046 0.056 0.710 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.412 0 0.020 0.074 0.805 100.000 92.208 0.805 LGA Y 174 Y 174 0.470 0 0.035 0.173 0.925 95.455 86.364 0.925 LGA G 175 G 175 0.263 0 0.056 0.056 0.278 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.225 0 0.032 0.153 0.371 100.000 100.000 0.160 LGA Q 177 Q 177 0.524 0 0.054 0.284 1.063 86.364 84.040 0.751 LGA L 178 L 178 0.503 0 0.079 0.099 0.888 90.909 86.364 0.888 LGA N 179 N 179 0.846 0 0.169 0.635 4.327 70.909 45.455 4.327 LGA K 180 K 180 3.887 0 0.297 0.972 13.658 20.455 9.091 13.658 LGA K 181 K 181 1.261 0 0.375 1.000 7.924 82.273 41.616 7.924 LGA T 182 T 182 0.551 0 0.059 1.111 3.438 77.727 65.714 3.438 LGA S 183 S 183 1.141 0 0.133 0.121 1.515 69.545 65.758 1.452 LGA K 184 K 184 1.117 0 0.061 0.834 2.569 69.545 63.232 2.569 LGA L 185 L 185 0.606 0 0.060 0.073 0.675 81.818 84.091 0.533 LGA D 186 D 186 0.159 0 0.058 0.093 0.510 100.000 97.727 0.479 LGA P 187 P 187 0.564 0 0.035 0.074 1.167 82.273 82.078 0.715 LGA V 188 V 188 0.751 0 0.010 0.026 0.848 81.818 81.818 0.848 LGA E 189 E 189 0.804 0 0.021 0.307 1.723 81.818 76.566 1.723 LGA D 190 D 190 0.762 0 0.031 0.054 1.042 86.364 82.045 1.042 LGA E 191 E 191 0.517 0 0.034 0.090 0.868 90.909 87.879 0.868 LGA A 192 A 192 0.364 0 0.000 0.000 0.464 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.368 0 0.025 0.653 2.866 100.000 81.818 2.604 LGA V 194 V 194 0.328 0 0.032 0.052 0.380 100.000 100.000 0.380 LGA V 195 V 195 0.114 0 0.000 0.000 0.204 100.000 100.000 0.127 LGA Q 196 Q 196 0.236 0 0.000 0.265 1.436 100.000 88.485 1.179 LGA L 197 L 197 0.239 0 0.023 0.044 0.451 100.000 100.000 0.419 LGA I 198 I 198 0.243 0 0.084 0.095 0.393 100.000 100.000 0.291 LGA F 199 F 199 0.268 0 0.046 0.082 0.372 100.000 100.000 0.153 LGA N 200 N 200 0.274 0 0.046 0.720 2.011 100.000 87.727 2.011 LGA I 201 I 201 0.118 0 0.029 0.051 0.187 100.000 100.000 0.094 LGA F 202 F 202 0.166 0 0.000 0.040 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA L 203 L 203 0.382 0 0.000 0.065 0.768 100.000 93.182 0.753 LGA N 204 N 204 0.273 0 0.026 0.104 1.224 100.000 88.864 0.836 LGA G 205 G 205 0.551 0 0.053 0.053 0.607 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.751 0 0.008 0.162 1.120 73.636 80.000 0.283 LGA N 207 N 207 1.475 0 0.058 0.275 2.090 58.182 52.955 1.698 LGA G 208 G 208 1.583 0 0.000 0.000 1.782 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.592 0 0.038 0.256 1.951 58.182 54.141 1.934 LGA D 210 D 210 1.470 0 0.086 0.715 1.608 65.455 63.864 1.449 LGA Y 211 Y 211 1.901 0 0.120 0.406 2.096 50.909 48.788 1.653 LGA S 212 S 212 2.309 0 0.690 0.762 5.949 34.545 24.848 5.949 LGA Y 213 Y 213 3.007 0 0.155 1.624 14.893 36.364 12.273 14.893 LGA A 215 A 215 1.009 0 0.207 0.223 2.012 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.402 0 0.030 0.177 0.507 100.000 97.727 0.440 LGA A 217 A 217 0.235 0 0.037 0.050 0.355 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.457 0 0.044 0.100 1.283 100.000 91.212 1.283 LGA H 219 H 219 0.181 0 0.027 0.037 0.419 100.000 100.000 0.419 LGA L 220 L 220 0.144 0 0.021 0.085 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA T 221 T 221 0.243 0 0.011 0.042 0.403 100.000 100.000 0.315 LGA N 222 N 222 0.283 0 0.022 0.041 0.502 95.455 97.727 0.276 LGA L 223 L 223 0.461 0 0.040 0.050 0.773 100.000 93.182 0.656 LGA Q 224 Q 224 0.542 0 0.034 0.818 4.208 86.364 63.434 4.208 LGA I 225 I 225 0.621 0 0.058 0.140 0.665 81.818 88.636 0.323 LGA P 226 P 226 0.718 0 0.066 0.072 0.848 81.818 81.818 0.817 LGA T 227 T 227 0.153 0 0.036 0.151 0.601 100.000 97.403 0.309 LGA P 228 P 228 0.614 0 0.081 0.081 0.847 86.364 84.416 0.847 LGA S 229 S 229 0.581 0 0.128 0.120 1.253 86.364 79.394 1.253 LGA G 230 G 230 0.416 0 0.073 0.073 1.113 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.910 0 0.112 0.685 3.503 73.636 64.848 3.503 LGA K 232 K 232 0.858 0 0.152 0.874 4.234 77.727 56.566 4.234 LGA R 233 R 233 0.544 0 0.035 1.387 8.240 90.909 48.595 8.240 LGA W 234 W 234 0.235 0 0.059 0.109 0.629 100.000 97.403 0.429 LGA N 235 N 235 0.685 0 0.027 0.834 2.292 81.818 74.318 2.292 LGA Q 236 Q 236 0.586 0 0.037 0.848 3.315 86.364 74.949 0.540 LGA Y 237 Y 237 0.512 0 0.037 0.377 1.891 90.909 78.182 1.891 LGA T 238 T 238 0.349 0 0.019 0.282 0.867 100.000 94.805 0.867 LGA I 239 I 239 0.269 0 0.016 0.087 0.357 100.000 100.000 0.336 LGA K 240 K 240 0.361 0 0.065 0.615 3.922 100.000 76.364 3.922 LGA A 241 A 241 0.394 0 0.062 0.065 0.537 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.369 0 0.048 0.067 0.902 95.455 88.636 0.902 LGA L 243 L 243 0.226 0 0.008 0.130 0.516 95.455 97.727 0.165 LGA Q 244 Q 244 0.275 0 0.022 0.305 1.371 95.455 88.283 1.371 LGA N 245 N 245 0.370 0 0.000 0.094 0.656 100.000 95.455 0.656 LGA E 246 E 246 0.410 0 0.000 0.612 1.913 100.000 88.687 1.379 LGA V 247 V 247 0.288 0 0.026 0.063 0.314 100.000 100.000 0.187 LGA Y 248 Y 248 0.382 0 0.018 0.101 1.093 100.000 86.515 1.093 LGA I 249 I 249 0.380 0 0.072 0.100 0.501 100.000 97.727 0.444 LGA G 250 G 250 0.306 0 0.045 0.045 0.379 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.250 0 0.043 0.044 0.417 100.000 100.000 0.397 LGA V 252 V 252 0.301 0 0.050 0.114 0.656 100.000 97.403 0.656 LGA K 253 K 253 0.408 0 0.015 0.158 0.567 95.455 95.960 0.496 LGA Y 254 Y 254 0.565 0 0.044 0.363 2.699 90.909 72.424 2.699 LGA K 255 K 255 0.898 0 0.060 0.130 0.921 81.818 81.818 0.788 LGA V 256 V 256 0.906 0 0.090 0.104 0.978 81.818 81.818 0.956 LGA R 257 R 257 1.181 0 0.087 1.093 6.176 65.455 42.975 4.127 LGA E 258 E 258 1.206 0 0.052 0.968 4.621 61.818 44.848 4.621 LGA K 259 K 259 1.707 0 0.015 0.149 2.585 50.909 42.626 2.585 LGA T 260 T 260 1.495 0 0.021 0.107 1.908 58.182 61.299 1.373 LGA K 261 K 261 2.164 0 0.026 1.054 8.841 41.364 25.657 8.841 LGA D 262 D 262 1.868 0 0.068 0.592 2.807 50.909 43.409 2.807 LGA G 263 G 263 1.971 0 0.103 0.103 2.245 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.451 0 0.000 0.455 1.552 61.818 65.657 0.587 LGA R 265 R 265 1.415 0 0.085 1.009 3.362 65.455 57.355 3.362 LGA T 266 T 266 1.105 0 0.000 0.107 1.228 65.455 67.792 1.083 LGA I 267 I 267 0.911 0 0.035 0.082 1.078 77.727 79.773 0.903 LGA R 268 R 268 0.671 0 0.012 0.973 2.718 81.818 69.917 2.718 LGA P 269 P 269 0.508 0 0.000 0.009 0.699 90.909 87.013 0.699 LGA E 270 E 270 0.300 0 0.000 0.854 3.207 100.000 78.586 2.353 LGA K 271 K 271 0.211 0 0.039 0.662 3.332 100.000 73.535 2.966 LGA E 272 E 272 0.356 0 0.042 0.059 1.350 100.000 84.444 1.350 LGA Q 273 Q 273 0.478 0 0.025 0.079 0.752 95.455 89.899 0.747 LGA I 274 I 274 0.382 0 0.059 0.073 0.525 100.000 97.727 0.525 LGA V 275 V 275 0.109 0 0.021 0.022 0.321 100.000 100.000 0.321 LGA V 276 V 276 0.306 0 0.000 0.036 0.583 100.000 94.805 0.521 LGA Q 277 Q 277 0.229 0 0.047 0.647 3.260 100.000 75.960 3.260 LGA D 278 D 278 0.191 0 0.036 0.178 0.550 100.000 97.727 0.550 LGA A 279 A 279 0.293 0 0.015 0.045 0.347 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.145 0 0.045 0.259 0.727 100.000 94.545 0.727 LGA A 281 A 281 0.270 0 0.000 0.000 0.362 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.362 0 0.000 0.024 0.558 95.455 94.805 0.558 LGA I 283 I 283 0.539 0 0.046 0.072 0.828 86.364 86.364 0.608 LGA I 284 I 284 0.495 0 0.007 0.062 0.518 95.455 97.727 0.336 LGA D 285 D 285 0.631 0 0.028 0.416 1.228 81.818 79.773 1.228 LGA K 286 K 286 0.580 0 0.000 0.278 1.327 81.818 80.000 1.327 LGA E 287 E 287 0.667 0 0.034 0.132 1.107 81.818 76.364 0.911 LGA Q 288 Q 288 0.521 0 0.000 0.190 1.490 90.909 80.404 1.041 LGA F 289 F 289 0.416 0 0.039 0.123 0.703 100.000 91.736 0.671 LGA Q 290 Q 290 0.622 0 0.000 0.815 2.339 81.818 69.899 1.790 LGA Q 291 Q 291 0.416 0 0.000 0.204 1.044 100.000 90.101 1.044 LGA S 292 S 292 0.214 0 0.061 0.060 0.404 100.000 100.000 0.192 LGA Q 293 Q 293 0.555 0 0.035 0.239 0.950 86.364 83.838 0.950 LGA V 294 V 294 0.810 0 0.025 0.059 0.905 81.818 81.818 0.835 LGA K 295 K 295 0.599 0 0.041 0.176 1.074 77.727 84.040 0.729 LGA I 296 I 296 0.944 0 0.024 0.070 1.480 73.636 75.682 0.536 LGA A 297 A 297 1.581 0 0.098 0.123 2.454 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.617 0 0.032 0.603 2.652 45.455 57.500 1.284 LGA K 299 K 299 3.447 0 0.391 1.048 14.567 40.455 17.980 14.567 LGA V 300 V 300 2.366 0 0.152 0.175 4.914 44.545 27.532 4.914 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.973 0.935 1.894 84.623 78.746 64.599 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.259 97.310 12.587 LGA_LOCAL RMSD: 0.973 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.973 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.973 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.539603 * X + 0.275459 * Y + 0.795583 * Z + 156.499405 Y_new = 0.322927 * X + 0.940404 * Y + -0.106576 * Z + 148.952560 Z_new = -0.777526 * X + 0.199406 * Y + -0.596397 * Z + 141.448990 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.602311 0.890723 2.818926 [DEG: 149.1015 51.0346 161.5126 ] ZXZ: 1.437629 2.209802 -1.319745 [DEG: 82.3701 126.6123 -75.6158 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS312_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS312_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.310 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS312_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 14653 N GLY 165 152.905 186.913 153.715 1.00 85.91 N ATOM 14654 CA GLY 165 152.201 187.669 154.759 1.00 86.17 C ATOM 14655 C GLY 165 150.677 187.506 154.751 1.00 87.78 C ATOM 14656 O GLY 165 149.971 188.292 155.381 1.00 85.59 O ATOM 14657 N LYS 166 150.146 186.501 154.037 1.00 86.96 N ATOM 14658 CA LYS 166 148.710 186.204 154.002 1.00 86.73 C ATOM 14659 C LYS 166 148.297 185.438 155.267 1.00 87.69 C ATOM 14660 O LYS 166 149.022 184.568 155.748 1.00 86.14 O ATOM 14661 CB LYS 166 148.331 185.454 152.705 1.00 85.24 C ATOM 14662 CG LYS 166 148.584 186.296 151.430 1.00 82.36 C ATOM 14663 CD LYS 166 148.194 185.591 150.120 1.00 79.32 C ATOM 14664 CE LYS 166 148.470 186.533 148.931 1.00 74.63 C ATOM 14665 NZ LYS 166 148.173 185.964 147.584 1.00 68.18 N ATOM 14666 N TRP 167 147.114 185.735 155.782 1.00 87.40 N ATOM 14667 CA TRP 167 146.547 185.029 156.937 1.00 87.94 C ATOM 14668 C TRP 167 145.807 183.770 156.485 1.00 87.38 C ATOM 14669 O TRP 167 144.836 183.847 155.735 1.00 84.93 O ATOM 14670 CB TRP 167 145.630 185.966 157.715 1.00 87.46 C ATOM 14671 CG TRP 167 145.162 185.386 159.012 1.00 87.83 C ATOM 14672 CD1 TRP 167 144.016 184.699 159.205 1.00 84.82 C ATOM 14673 CD2 TRP 167 145.860 185.400 160.297 1.00 86.26 C ATOM 14674 NE1 TRP 167 143.945 184.286 160.531 1.00 84.42 N ATOM 14675 CE2 TRP 167 145.057 184.694 161.230 1.00 85.66 C ATOM 14676 CE3 TRP 167 147.081 185.936 160.745 1.00 85.59 C ATOM 14677 CZ2 TRP 167 145.458 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