####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS311_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS311_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.07 1.07 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.07 1.07 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 128 170 - 298 0.99 1.07 LCS_AVERAGE: 94.61 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 125 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 125 135 135 59 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 125 135 135 59 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 125 135 135 13 86 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 125 135 135 3 17 43 97 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 128 135 135 26 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 128 135 135 3 3 3 96 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 128 135 135 49 103 121 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 128 135 135 51 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 128 135 135 36 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 128 135 135 36 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 128 135 135 31 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 128 135 135 70 106 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 128 135 135 22 97 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 128 135 135 24 100 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 128 135 135 17 104 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 128 135 135 18 104 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 128 135 135 3 92 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 128 135 135 3 16 40 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 128 135 135 3 5 22 28 122 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 128 135 135 46 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 128 135 135 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 128 135 135 57 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 128 135 135 54 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 128 135 135 20 92 121 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 128 135 135 29 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 118 135 135 4 6 75 120 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 115 135 135 3 3 3 115 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.20 ( 94.61 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 107 123 127 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 79.26 91.11 94.07 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.57 0.74 0.81 0.89 1.04 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 GDT RMS_ALL_AT 1.47 1.14 1.09 1.08 1.08 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.827 0 0.000 0.000 0.918 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.911 0 0.045 0.100 2.053 81.818 66.465 2.053 LGA W 167 W 167 0.726 0 0.046 0.192 1.234 77.727 78.442 0.846 LGA I 168 I 168 1.476 0 0.024 1.567 5.120 59.091 43.636 5.120 LGA S 169 S 169 2.617 0 0.593 0.533 5.249 41.818 28.788 5.249 LGA G 170 G 170 1.143 0 0.155 0.155 1.298 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.191 0 0.000 0.847 4.444 65.455 46.364 3.799 LGA A 172 A 172 1.202 0 0.038 0.045 1.328 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.692 0 0.026 0.080 1.100 81.818 77.143 1.012 LGA Y 174 Y 174 0.712 0 0.041 0.123 1.097 81.818 79.091 1.097 LGA G 175 G 175 0.755 0 0.062 0.062 0.755 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.764 0 0.044 0.107 0.878 81.818 87.879 0.260 LGA Q 177 Q 177 1.073 0 0.048 0.385 1.621 73.636 67.475 1.207 LGA L 178 L 178 0.898 0 0.086 0.114 1.139 77.727 79.773 0.952 LGA N 179 N 179 0.949 0 0.184 0.695 4.571 77.727 47.500 4.571 LGA K 180 K 180 3.318 0 0.304 0.968 13.152 29.545 13.131 13.152 LGA K 181 K 181 1.752 0 0.345 0.972 8.439 70.000 34.343 8.439 LGA T 182 T 182 0.529 0 0.066 1.110 3.190 86.364 70.649 3.190 LGA S 183 S 183 1.187 0 0.146 0.131 1.546 69.545 65.758 1.490 LGA K 184 K 184 1.077 0 0.051 0.881 3.122 69.545 63.838 3.122 LGA L 185 L 185 0.805 0 0.079 0.083 0.911 81.818 84.091 0.395 LGA D 186 D 186 0.555 0 0.064 0.106 0.995 81.818 90.909 0.275 LGA P 187 P 187 0.774 0 0.025 0.055 1.591 70.000 75.065 0.634 LGA V 188 V 188 1.162 0 0.000 0.043 1.321 65.455 65.455 1.321 LGA E 189 E 189 1.264 0 0.020 0.312 2.332 65.455 60.808 2.332 LGA D 190 D 190 1.372 0 0.020 0.046 1.914 65.455 58.182 1.914 LGA E 191 E 191 0.985 0 0.048 0.141 1.630 82.273 71.313 1.630 LGA A 192 A 192 0.524 0 0.000 0.000 0.683 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.749 0 0.041 0.635 3.468 81.818 64.040 3.246 LGA V 194 V 194 0.651 0 0.036 0.036 0.866 90.909 87.013 0.678 LGA V 195 V 195 0.199 0 0.000 0.000 0.342 100.000 100.000 0.154 LGA Q 196 Q 196 0.384 0 0.024 0.235 1.454 100.000 88.485 1.444 LGA L 197 L 197 0.430 0 0.029 0.041 0.692 100.000 93.182 0.667 LGA I 198 I 198 0.186 0 0.087 0.093 0.364 100.000 100.000 0.277 LGA F 199 F 199 0.331 0 0.058 0.081 0.471 100.000 100.000 0.180 LGA N 200 N 200 0.468 0 0.026 0.870 1.992 100.000 83.182 1.751 LGA I 201 I 201 0.264 0 0.042 0.061 0.430 100.000 100.000 0.208 LGA F 202 F 202 0.306 0 0.000 0.028 0.793 95.455 91.736 0.793 LGA L 203 L 203 0.632 0 0.000 0.104 1.271 86.364 80.000 1.069 LGA N 204 N 204 0.512 0 0.038 0.057 1.409 90.909 80.227 1.242 LGA G 205 G 205 0.118 0 0.051 0.051 0.497 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.570 0 0.032 1.343 2.816 86.364 69.773 2.326 LGA N 207 N 207 1.156 0 0.081 0.179 1.509 69.545 65.682 1.509 LGA G 208 G 208 1.233 0 0.063 0.063 1.718 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.112 0 0.054 0.144 1.950 73.636 62.626 1.950 LGA D 210 D 210 1.043 0 0.099 0.245 1.135 69.545 75.909 0.514 LGA Y 211 Y 211 1.553 0 0.087 0.442 1.962 58.182 60.606 1.421 LGA S 212 S 212 2.176 0 0.697 0.767 6.034 39.545 27.273 6.034 LGA Y 213 Y 213 2.904 0 0.159 1.631 14.673 42.273 14.242 14.673 LGA A 215 A 215 0.835 0 0.216 0.230 1.847 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.456 0 0.045 0.207 0.573 100.000 93.182 0.556 LGA A 217 A 217 0.379 0 0.031 0.042 0.467 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.301 0 0.048 0.118 1.039 100.000 91.212 1.039 LGA H 219 H 219 0.265 0 0.024 0.047 0.410 100.000 100.000 0.410 LGA L 220 L 220 0.341 0 0.017 0.078 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA T 221 T 221 0.178 0 0.029 0.036 0.283 100.000 100.000 0.212 LGA N 222 N 222 0.241 0 0.033 0.047 0.431 100.000 100.000 0.178 LGA L 223 L 223 0.530 0 0.049 0.086 1.008 95.455 86.591 0.977 LGA Q 224 Q 224 0.364 0 0.023 0.881 4.772 100.000 66.061 4.772 LGA I 225 I 225 0.186 0 0.060 0.105 0.325 100.000 100.000 0.194 LGA P 226 P 226 0.582 0 0.045 0.357 1.526 86.364 80.000 1.526 LGA T 227 T 227 0.693 0 0.041 0.184 0.708 81.818 81.818 0.642 LGA P 228 P 228 0.854 0 0.142 0.156 1.129 86.364 82.078 1.129 LGA S 229 S 229 0.483 0 0.094 0.101 1.166 90.909 85.152 1.166 LGA G 230 G 230 0.724 0 0.016 0.016 1.508 74.545 74.545 - LGA K 231 K 231 1.270 0 0.154 0.698 4.488 65.909 54.141 4.488 LGA K 232 K 232 1.431 0 0.230 0.862 6.488 65.909 39.798 6.488 LGA R 233 R 233 0.394 0 0.079 1.430 8.140 90.909 48.099 8.140 LGA W 234 W 234 0.642 0 0.060 0.103 0.796 81.818 81.818 0.646 LGA N 235 N 235 0.821 0 0.024 0.849 2.193 81.818 74.318 2.193 LGA Q 236 Q 236 0.520 0 0.046 0.891 3.574 86.364 74.141 0.952 LGA Y 237 Y 237 0.998 0 0.038 0.408 2.456 77.727 64.848 2.456 LGA T 238 T 238 0.844 0 0.029 0.244 1.069 81.818 79.481 1.069 LGA I 239 I 239 0.546 0 0.014 0.073 0.705 86.364 93.182 0.423 LGA K 240 K 240 0.811 0 0.052 0.598 4.598 81.818 58.990 4.598 LGA A 241 A 241 0.941 0 0.071 0.076 1.073 77.727 75.273 - LGA I 242 I 242 0.394 0 0.043 0.037 1.087 100.000 88.864 1.087 LGA L 243 L 243 0.270 0 0.030 0.133 0.519 95.455 97.727 0.248 LGA Q 244 Q 244 0.515 0 0.036 0.334 1.175 86.364 84.242 1.060 LGA N 245 N 245 0.590 0 0.000 0.074 0.734 81.818 81.818 0.734 LGA E 246 E 246 0.397 0 0.000 0.725 2.042 100.000 85.657 1.796 LGA V 247 V 247 0.237 0 0.031 0.094 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA Y 248 Y 248 0.312 0 0.000 0.136 0.908 100.000 93.939 0.908 LGA I 249 I 249 0.291 0 0.061 0.072 0.625 100.000 95.455 0.607 LGA G 250 G 250 0.161 0 0.023 0.023 0.284 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.528 0 0.048 0.061 0.682 86.364 84.416 0.575 LGA V 252 V 252 0.518 0 0.047 0.104 0.786 86.364 84.416 0.776 LGA K 253 K 253 0.405 0 0.021 0.194 0.658 90.909 91.919 0.297 LGA Y 254 Y 254 0.670 0 0.045 0.431 2.705 81.818 68.030 2.705 LGA K 255 K 255 0.437 0 0.092 0.621 3.030 82.273 64.848 2.482 LGA V 256 V 256 0.469 0 0.126 0.153 0.821 100.000 92.208 0.546 LGA R 257 R 257 0.566 0 0.074 1.178 5.854 81.818 59.339 4.141 LGA E 258 E 258 0.774 0 0.037 0.971 4.832 73.636 53.737 4.832 LGA K 259 K 259 1.467 0 0.003 0.708 2.000 58.182 57.576 1.201 LGA T 260 T 260 2.116 0 0.021 0.070 2.447 41.364 41.818 2.150 LGA K 261 K 261 3.215 0 0.031 0.892 9.755 20.455 10.909 9.755 LGA D 262 D 262 2.875 0 0.069 0.921 3.766 27.273 22.045 3.766 LGA G 263 G 263 1.969 0 0.089 0.089 2.159 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.224 0 0.000 0.492 2.605 61.818 61.414 2.605 LGA R 265 R 265 0.675 0 0.106 1.030 3.714 81.818 60.826 3.714 LGA T 266 T 266 0.654 0 0.047 0.184 1.153 81.818 79.481 0.528 LGA I 267 I 267 0.344 0 0.039 0.082 0.620 95.455 95.455 0.620 LGA R 268 R 268 0.423 0 0.000 0.927 2.459 100.000 82.314 2.063 LGA P 269 P 269 0.566 0 0.000 0.014 0.649 86.364 84.416 0.635 LGA E 270 E 270 0.666 0 0.015 0.840 3.075 81.818 65.253 2.535 LGA K 271 K 271 0.722 0 0.061 0.744 4.964 81.818 54.343 4.964 LGA E 272 E 272 0.495 0 0.095 0.133 1.217 86.364 78.384 1.217 LGA Q 273 Q 273 0.707 0 0.009 0.044 0.791 81.818 81.818 0.791 LGA I 274 I 274 0.609 0 0.043 0.077 0.974 86.364 84.091 0.974 LGA V 275 V 275 0.187 0 0.062 0.076 0.380 100.000 100.000 0.380 LGA V 276 V 276 0.512 0 0.000 0.024 0.626 95.455 89.610 0.626 LGA Q 277 Q 277 0.407 0 0.057 0.641 2.698 100.000 76.364 2.698 LGA D 278 D 278 0.248 0 0.036 0.163 0.824 100.000 97.727 0.824 LGA A 279 A 279 0.436 0 0.025 0.046 0.486 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.233 0 0.038 0.141 0.370 100.000 100.000 0.119 LGA A 281 A 281 0.229 0 0.000 0.000 0.349 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.225 0 0.014 0.021 0.550 95.455 97.403 0.470 LGA I 283 I 283 0.348 0 0.026 0.062 0.626 95.455 93.182 0.543 LGA I 284 I 284 0.469 0 0.000 0.084 0.607 90.909 95.455 0.372 LGA D 285 D 285 1.101 0 0.087 0.918 3.126 69.545 59.773 1.704 LGA K 286 K 286 1.114 0 0.039 0.260 1.291 65.455 67.273 1.029 LGA E 287 E 287 1.152 0 0.040 0.454 1.507 65.455 65.657 1.507 LGA Q 288 Q 288 0.880 0 0.000 0.290 1.882 77.727 72.929 1.363 LGA F 289 F 289 0.890 0 0.041 0.130 1.172 81.818 75.868 1.139 LGA Q 290 Q 290 1.139 0 0.000 1.196 2.883 65.455 57.980 2.883 LGA Q 291 Q 291 0.906 0 0.000 0.209 1.081 77.727 78.182 1.081 LGA S 292 S 292 0.809 0 0.043 0.677 2.912 81.818 72.727 2.912 LGA Q 293 Q 293 1.121 0 0.038 0.256 1.719 65.455 60.606 1.719 LGA V 294 V 294 1.200 0 0.016 0.044 1.402 65.455 65.455 1.190 LGA K 295 K 295 0.762 0 0.068 0.151 1.104 77.727 84.040 0.481 LGA I 296 I 296 1.006 0 0.019 0.078 1.421 69.545 69.545 1.038 LGA A 297 A 297 1.623 0 0.124 0.149 2.336 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.049 0 0.027 0.602 1.989 58.182 68.409 1.547 LGA K 299 K 299 2.744 0 0.226 0.692 13.983 53.182 23.838 13.983 LGA V 300 V 300 3.090 0 0.133 0.145 6.550 36.364 20.779 6.550 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.067 1.021 1.995 80.478 74.034 57.723 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.07 93.333 96.995 11.568 LGA_LOCAL RMSD: 1.067 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.067 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.067 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.088193 * X + 0.841693 * Y + 0.532705 * Z + 141.566971 Y_new = -0.990853 * X + 0.128966 * Y + -0.039729 * Z + 165.696106 Z_new = -0.102140 * X + -0.524329 * Y + 0.845368 * Z + 175.049286 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.482024 0.102319 -0.555167 [DEG: -84.9137 5.8624 -31.8087 ] ZXZ: 1.496355 0.563543 -2.949200 [DEG: 85.7348 32.2886 -168.9767 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS311_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS311_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.07 96.995 1.07 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS311_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.771 186.906 153.665 1.00 96.24 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.164 187.655 154.769 1.00 96.24 C ATOM 2722 C GLY 165 150.631 187.599 154.788 1.00 96.24 C ATOM 2723 O GLY 165 149.989 188.441 155.412 1.00 96.24 O ATOM 2724 N LYS 166 150.012 186.635 154.093 1.00 97.01 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.557 186.436 154.125 1.00 97.01 C ATOM 2728 C LYS 166 148.150 185.673 155.382 1.00 97.01 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.053 185.732 152.860 1.00 97.01 C ATOM 2732 O LYS 166 148.849 184.770 155.846 1.00 97.01 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.286 186.565 151.593 1.00 97.01 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.940 185.742 150.352 1.00 97.01 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.951 186.623 149.105 1.00 97.01 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.904 185.791 147.882 1.00 97.01 N ATOM 2746 N TRP 167 146.975 185.992 155.910 1.00 97.05 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.446 185.348 157.104 1.00 97.05 C ATOM 2750 C TRP 167 145.786 184.006 156.768 1.00 97.05 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.477 186.292 157.806 1.00 97.05 C ATOM 2754 O TRP 167 144.796 183.946 156.043 1.00 97.05 O ATOM 2755 CG TRP 167 144.959 185.754 159.100 1.00 97.05 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.745 185.194 159.311 1.00 97.05 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.654 185.698 160.378 1.00 97.05 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.787 185.094 161.337 1.00 97.05 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 146.933 186.100 160.819 1.00 97.05 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.636 184.810 160.634 1.00 97.05 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.446 185.327 163.084 1.00 97.05 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.168 184.906 162.672 1.00 97.05 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.323 185.921 162.159 1.00 97.05 C ATOM 2770 N ILE 168 146.323 182.918 157.328 1.00 92.62 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.837 181.544 157.093 1.00 92.62 C ATOM 2774 C ILE 168 145.462 180.787 158.377 1.00 92.62 C ATOM 2775 CB ILE 168 146.856 180.747 156.257 1.00 92.62 C ATOM 2777 O ILE 168 145.106 179.607 158.329 1.00 92.62 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.208 180.617 156.991 1.00 92.62 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.025 181.377 154.862 1.00 92.62 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.030 179.490 156.380 1.00 92.62 C ATOM 2789 N SER 169 145.544 181.446 159.535 1.00 85.56 N ATOM 2791 CA SER 169 145.456 180.814 160.861 1.00 85.56 C ATOM 2793 C SER 169 144.028 180.727 161.428 1.00 85.56 C ATOM 2794 CB SER 169 146.442 181.486 161.825 1.00 85.56 C ATOM 2797 O SER 169 143.852 180.542 162.630 1.00 85.56 O ATOM 2798 OG SER 169 147.768 181.240 161.380 1.00 85.56 O ATOM 2800 N GLY 170 143.002 180.812 160.573 1.00 90.18 N ATOM 2802 CA GLY 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