####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS311_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS311_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.05 1.05 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.05 1.05 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 131 165 - 296 1.00 1.06 LCS_AVERAGE: 96.87 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 131 135 135 59 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 131 135 135 59 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 131 135 135 13 93 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 131 135 135 5 16 42 119 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 131 135 135 4 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 131 135 135 3 3 3 63 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 131 135 135 42 93 122 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 131 135 135 53 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 131 135 135 34 106 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 131 135 135 34 106 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 131 135 135 30 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 131 135 135 59 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 131 135 135 26 105 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 131 135 135 31 105 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 131 135 135 33 104 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 131 135 135 21 105 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 131 135 135 30 92 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 131 135 135 3 24 35 124 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 131 135 135 3 6 41 92 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 131 135 135 37 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 131 135 135 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 131 135 135 56 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 131 135 135 59 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 131 135 135 62 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 131 135 135 54 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 128 135 135 18 92 122 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 128 135 135 33 106 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 3 37 72 119 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 3 118 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.96 ( 96.87 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 107 123 127 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 79.26 91.11 94.07 96.30 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.56 0.73 0.80 0.89 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 GDT RMS_ALL_AT 1.48 1.18 1.08 1.07 1.06 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.770 0 0.000 0.000 0.853 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.814 0 0.040 0.097 1.964 81.818 69.697 1.964 LGA W 167 W 167 0.621 0 0.036 0.258 1.291 81.818 80.909 0.741 LGA I 168 I 168 1.318 0 0.043 0.868 3.743 59.091 48.409 3.743 LGA S 169 S 169 2.419 0 0.028 0.352 5.592 47.727 32.727 5.592 LGA G 170 G 170 1.272 0 0.357 0.357 1.688 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 1.192 0 0.000 1.418 5.165 65.455 50.682 1.672 LGA A 172 A 172 1.172 0 0.040 0.050 1.317 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.664 0 0.028 0.095 1.146 81.818 77.143 1.098 LGA Y 174 Y 174 0.668 0 0.049 0.166 0.919 81.818 81.818 0.834 LGA G 175 G 175 0.761 0 0.076 0.076 0.761 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.800 0 0.041 0.124 0.911 81.818 87.879 0.412 LGA Q 177 Q 177 1.094 0 0.045 0.370 1.611 73.636 67.475 1.202 LGA L 178 L 178 0.884 0 0.087 0.122 1.149 77.727 79.773 0.921 LGA N 179 N 179 0.911 0 0.188 0.688 4.557 73.636 45.455 4.557 LGA K 180 K 180 3.396 0 0.303 0.967 13.214 29.545 13.131 13.214 LGA K 181 K 181 1.730 0 0.345 0.972 8.356 74.545 36.364 8.356 LGA T 182 T 182 0.546 0 0.064 1.109 3.211 86.364 70.649 3.211 LGA S 183 S 183 1.142 0 0.156 0.141 1.468 69.545 68.182 1.388 LGA K 184 K 184 1.107 0 0.053 0.882 3.202 65.455 62.020 3.202 LGA L 185 L 185 0.806 0 0.072 0.075 0.881 81.818 84.091 0.389 LGA D 186 D 186 0.536 0 0.067 0.114 0.984 81.818 90.909 0.354 LGA P 187 P 187 0.691 0 0.020 0.049 1.502 70.000 77.662 0.530 LGA V 188 V 188 1.083 0 0.000 0.038 1.260 69.545 67.792 1.260 LGA E 189 E 189 1.175 0 0.020 0.315 2.502 65.455 59.596 2.502 LGA D 190 D 190 1.338 0 0.017 0.038 1.908 69.545 60.227 1.908 LGA E 191 E 191 0.956 0 0.052 0.145 1.587 82.273 71.313 1.587 LGA A 192 A 192 0.458 0 0.000 0.000 0.630 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.663 0 0.037 0.651 3.471 81.818 65.859 3.316 LGA V 194 V 194 0.550 0 0.038 0.047 0.735 90.909 87.013 0.609 LGA V 195 V 195 0.108 0 0.000 0.000 0.285 100.000 100.000 0.099 LGA Q 196 Q 196 0.348 0 0.025 0.240 1.419 100.000 88.485 1.419 LGA L 197 L 197 0.376 0 0.018 0.036 0.576 100.000 95.455 0.576 LGA I 198 I 198 0.093 0 0.089 0.094 0.450 100.000 100.000 0.226 LGA F 199 F 199 0.353 0 0.046 0.071 0.523 95.455 98.347 0.224 LGA N 200 N 200 0.483 0 0.018 0.883 2.081 100.000 81.591 1.745 LGA I 201 I 201 0.354 0 0.034 0.060 0.519 95.455 97.727 0.195 LGA F 202 F 202 0.435 0 0.000 0.062 0.815 90.909 86.777 0.810 LGA L 203 L 203 0.748 0 0.000 0.074 1.444 81.818 75.682 1.261 LGA N 204 N 204 0.542 0 0.039 0.046 1.452 90.909 80.227 1.313 LGA G 205 G 205 0.138 0 0.060 0.060 0.495 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.439 0 0.017 1.027 2.623 90.909 75.909 1.642 LGA N 207 N 207 1.112 0 0.078 0.186 1.477 69.545 67.500 1.477 LGA G 208 G 208 1.094 0 0.024 0.024 1.338 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.148 0 0.045 0.176 2.102 73.636 59.798 2.102 LGA D 210 D 210 1.035 0 0.080 0.246 1.125 69.545 78.182 0.416 LGA Y 211 Y 211 1.528 0 0.103 0.410 1.921 58.182 60.606 1.424 LGA S 212 S 212 2.250 0 0.692 0.755 6.119 39.545 27.273 6.119 LGA Y 213 Y 213 2.827 0 0.173 1.640 14.621 42.273 14.242 14.621 LGA A 215 A 215 0.772 0 0.207 0.220 1.776 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.401 0 0.030 0.199 0.624 100.000 95.455 0.624 LGA A 217 A 217 0.286 0 0.024 0.038 0.368 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.247 0 0.053 0.073 0.821 100.000 93.939 0.821 LGA H 219 H 219 0.238 0 0.022 0.071 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA L 220 L 220 0.275 0 0.022 0.079 0.336 100.000 100.000 0.336 LGA T 221 T 221 0.125 0 0.024 0.029 0.306 100.000 100.000 0.108 LGA N 222 N 222 0.331 0 0.033 0.042 0.580 95.455 97.727 0.208 LGA L 223 L 223 0.594 0 0.047 0.083 1.063 86.364 82.045 0.975 LGA Q 224 Q 224 0.461 0 0.027 0.870 4.617 90.909 62.020 4.617 LGA I 225 I 225 0.255 0 0.053 0.108 0.293 100.000 100.000 0.089 LGA P 226 P 226 0.380 0 0.039 0.044 0.604 100.000 92.208 0.604 LGA T 227 T 227 0.561 0 0.030 0.207 0.672 86.364 84.416 0.570 LGA P 228 P 228 0.889 0 0.147 0.163 1.009 81.818 77.143 1.008 LGA S 229 S 229 0.774 0 0.107 0.106 0.846 86.364 84.848 0.756 LGA G 230 G 230 0.459 0 0.000 0.000 0.584 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.304 0 0.146 0.692 2.781 90.909 81.818 2.781 LGA K 232 K 232 0.297 0 0.238 0.865 3.475 90.909 73.333 3.475 LGA R 233 R 233 0.489 0 0.024 1.373 8.554 90.909 48.595 8.554 LGA W 234 W 234 0.505 0 0.071 0.110 0.676 90.909 87.013 0.504 LGA N 235 N 235 0.804 0 0.075 1.000 3.626 81.818 65.227 1.650 LGA Q 236 Q 236 0.432 0 0.040 0.946 3.501 90.909 74.343 1.106 LGA Y 237 Y 237 1.065 0 0.030 0.367 2.613 73.636 57.879 2.613 LGA T 238 T 238 0.872 0 0.032 0.195 1.011 81.818 79.481 1.011 LGA I 239 I 239 0.534 0 0.011 0.062 0.703 81.818 90.909 0.371 LGA K 240 K 240 0.875 0 0.066 0.598 4.592 81.818 58.990 4.592 LGA A 241 A 241 1.025 0 0.072 0.077 1.161 73.636 72.000 - LGA I 242 I 242 0.332 0 0.044 0.041 1.039 100.000 88.864 1.039 LGA L 243 L 243 0.303 0 0.037 0.136 0.624 95.455 97.727 0.359 LGA Q 244 Q 244 0.599 0 0.048 0.336 1.184 77.727 76.364 1.148 LGA N 245 N 245 0.625 0 0.000 0.070 0.733 81.818 81.818 0.733 LGA E 246 E 246 0.421 0 0.000 0.739 2.529 100.000 87.879 0.549 LGA V 247 V 247 0.293 0 0.053 0.131 0.507 95.455 97.403 0.489 LGA Y 248 Y 248 0.355 0 0.013 0.134 0.925 100.000 93.939 0.925 LGA I 249 I 249 0.327 0 0.046 0.060 0.684 100.000 95.455 0.632 LGA G 250 G 250 0.168 0 0.018 0.018 0.312 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.521 0 0.051 0.073 0.691 86.364 84.416 0.553 LGA V 252 V 252 0.490 0 0.044 0.104 0.737 90.909 89.610 0.682 LGA K 253 K 253 0.469 0 0.034 0.135 0.780 90.909 91.919 0.385 LGA Y 254 Y 254 0.827 0 0.047 0.373 2.744 81.818 60.758 2.744 LGA K 255 K 255 0.431 0 0.082 0.674 3.365 90.909 64.848 3.365 LGA V 256 V 256 0.357 0 0.130 0.160 0.619 100.000 97.403 0.328 LGA R 257 R 257 0.596 0 0.073 1.178 5.398 81.818 58.678 4.046 LGA E 258 E 258 0.886 0 0.047 0.927 4.844 70.000 50.909 4.844 LGA K 259 K 259 1.453 0 0.000 0.617 1.994 58.182 64.242 0.888 LGA T 260 T 260 2.126 0 0.019 0.063 2.443 41.364 41.818 2.162 LGA K 261 K 261 3.236 0 0.034 0.893 9.826 20.455 10.909 9.826 LGA D 262 D 262 2.890 0 0.076 0.911 3.643 30.000 23.409 3.643 LGA G 263 G 263 1.859 0 0.091 0.091 2.087 51.364 51.364 - LGA K 264 K 264 1.140 0 0.000 0.482 2.824 65.455 66.667 2.824 LGA R 265 R 265 0.803 0 0.099 0.981 2.951 77.727 64.628 2.951 LGA T 266 T 266 0.855 0 0.050 0.190 1.347 81.818 79.481 0.649 LGA I 267 I 267 0.570 0 0.037 0.076 0.948 81.818 81.818 0.948 LGA R 268 R 268 0.569 0 0.000 0.939 3.025 81.818 68.760 1.954 LGA P 269 P 269 0.759 0 0.000 0.009 0.847 81.818 81.818 0.832 LGA E 270 E 270 0.793 0 0.009 0.850 3.427 81.818 63.838 2.814 LGA K 271 K 271 0.889 0 0.064 0.734 4.835 81.818 55.758 4.835 LGA E 272 E 272 0.610 0 0.099 0.181 1.288 81.818 76.364 1.113 LGA Q 273 Q 273 0.742 0 0.011 0.046 0.750 81.818 81.818 0.714 LGA I 274 I 274 0.617 0 0.040 0.147 1.354 86.364 82.045 1.354 LGA V 275 V 275 0.164 0 0.053 0.063 0.346 100.000 100.000 0.306 LGA V 276 V 276 0.483 0 0.000 0.033 0.602 100.000 92.208 0.602 LGA Q 277 Q 277 0.405 0 0.058 0.632 2.615 100.000 77.576 2.615 LGA D 278 D 278 0.227 0 0.036 0.183 0.856 100.000 97.727 0.856 LGA A 279 A 279 0.434 0 0.028 0.046 0.477 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.289 0 0.038 0.168 0.462 100.000 100.000 0.158 LGA A 281 A 281 0.271 0 0.000 0.000 0.378 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.126 0 0.013 0.023 0.502 95.455 97.403 0.427 LGA I 283 I 283 0.303 0 0.023 0.072 0.575 95.455 93.182 0.565 LGA I 284 I 284 0.475 0 0.010 0.050 0.648 90.909 95.455 0.394 LGA D 285 D 285 1.156 0 0.089 0.946 3.307 69.545 57.955 1.762 LGA K 286 K 286 1.206 0 0.037 0.263 1.379 65.455 67.273 0.989 LGA E 287 E 287 1.309 0 0.033 0.432 1.688 65.455 63.838 1.458 LGA Q 288 Q 288 0.928 0 0.000 0.519 2.154 77.727 65.051 1.324 LGA F 289 F 289 0.947 0 0.041 0.117 1.194 73.636 68.430 1.172 LGA Q 290 Q 290 1.235 0 0.000 1.190 2.781 65.455 61.414 2.781 LGA Q 291 Q 291 1.020 0 0.000 0.199 1.194 73.636 70.909 1.194 LGA S 292 S 292 0.903 0 0.048 0.676 2.992 77.727 70.000 2.992 LGA Q 293 Q 293 1.217 0 0.032 0.279 1.776 65.455 60.606 1.776 LGA V 294 V 294 1.278 0 0.010 0.048 1.483 65.455 65.455 1.269 LGA K 295 K 295 0.777 0 0.059 0.158 1.052 77.727 82.020 0.524 LGA I 296 I 296 1.071 0 0.023 0.080 1.489 69.545 69.545 1.157 LGA A 297 A 297 1.715 0 0.127 0.152 2.375 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.943 0 0.035 0.568 2.016 59.091 71.136 1.588 LGA K 299 K 299 2.780 0 0.242 0.856 13.856 56.364 25.253 13.856 LGA V 300 V 300 2.742 0 0.158 0.176 5.819 41.818 24.156 5.819 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.053 1.006 1.971 80.714 74.562 59.924 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.05 93.333 97.040 11.707 LGA_LOCAL RMSD: 1.053 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.053 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.053 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.507774 * X + 0.846083 * Y + -0.162200 * Z + 141.186142 Y_new = -0.859833 * X + -0.509407 * Y + 0.034524 * Z + 176.716919 Z_new = -0.053415 * X + 0.156995 * Y + 0.986154 * Z + 174.349396 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.104238 0.053441 0.157875 [DEG: -120.5640 3.0619 9.0455 ] ZXZ: -1.780516 0.166603 -0.327950 [DEG: -102.0161 9.5456 -18.7902 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS311_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS311_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.05 97.040 1.05 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS311_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.846 186.951 153.643 1.00 95.73 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.226 187.692 154.746 1.00 95.73 C ATOM 2722 C GLY 165 150.694 187.635 154.746 1.00 95.73 C ATOM 2723 O GLY 165 150.042 188.451 155.392 1.00 95.73 O ATOM 2724 N LYS 166 150.086 186.694 154.013 1.00 96.50 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.634 186.490 154.038 1.00 96.50 C ATOM 2728 C LYS 166 148.233 185.741 155.302 1.00 96.50 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.142 185.770 152.778 1.00 96.50 C ATOM 2732 O LYS 166 148.944 184.859 155.788 1.00 96.50 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.337 186.623 151.520 1.00 96.50 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.003 185.805 150.272 1.00 96.50 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.002 186.705 149.040 1.00 96.50 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.993 185.892 147.804 1.00 96.50 N ATOM 2746 N TRP 167 147.053 186.056 155.814 1.00 96.10 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.495 185.401 156.984 1.00 96.10 C ATOM 2750 C TRP 167 145.851 184.065 156.604 1.00 96.10 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.514 186.340 157.670 1.00 96.10 C ATOM 2754 O TRP 167 144.980 183.988 155.742 1.00 96.10 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.009 185.836 158.982 1.00 96.10 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.771 185.352 159.225 1.00 96.10 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.734 185.732 160.243 1.00 96.10 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.853 185.194 161.226 1.00 96.10 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.049 186.034 160.655 1.00 96.10 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.668 185.006 160.556 1.00 96.10 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.566 185.279 162.930 1.00 96.10 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.250 184.964 162.550 1.00 96.10 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.459 185.814 161.984 1.00 96.10 C ATOM 2770 N ILE 168 146.297 182.995 157.259 1.00 89.61 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.902 181.600 156.956 1.00 89.61 C ATOM 2774 C ILE 168 145.321 180.897 158.177 1.00 89.61 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.109 180.773 156.486 1.00 89.61 C ATOM 2777 O ILE 168 144.812 179.777 158.100 1.00 89.61 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.135 181.650 155.773 1.00 89.61 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.671 179.592 155.598 1.00 89.61 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.261 180.803 155.276 1.00 89.61 C ATOM 2789 N SER 169 145.476 181.522 159.339 1.00 76.73 N ATOM 2791 CA SER 169 144.948 181.004 160.589 1.00 76.73 C ATOM 2793 C SER 169 143.458 181.322 160.655 1.00 76.73 C ATOM 2794 CB SER 169 145.718 181.600 161.763 1.00 76.73 C ATOM 2797 O SER 169 143.051 182.360 160.165 1.00 76.73 O ATOM 2798 OG SER 169 145.976 180.589 162.717 1.00 76.73 O ATOM 2800 N GLY 170 142.647 180.434 161.232 1.00 85.41 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 139.085 191.617 159.782 1.00 97.06 C ATOM 2903 C GLN 177 139.915 191.066 158.619 1.00 97.06 C ATOM 2904 CB GLN 177 137.882 192.443 159.312 1.00 97.06 C ATOM 2907 O GLN 177 140.897 191.668 158.189 1.00 97.06 O ATOM 2908 CG GLN 177 138.265 193.707 158.524 1.00 97.06 C ATOM 2911 CD GLN 177 137.054 194.496 158.046 1.00 97.06 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 137.252 195.489 157.210 1.00 97.06 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 135.912 194.224 158.379 1.00 97.06 O ATOM 2916 N LEU 178 139.522 189.905 158.089 1.00 97.57 N ATOM 2918 CA LEU 178 140.179 189.325 156.919 1.00 97.57 C ATOM 2920 C LEU 178 139.662 189.986 155.639 1.00 97.57 C ATOM 2921 CB LEU 178 139.970 187.800 156.903 1.00 97.57 C ATOM 2924 O LEU 178 138.505 189.792 155.251 1.00 97.57 O ATOM 2925 CG LEU 178 140.663 187.095 155.718 1.00 97.57 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 142.184 187.202 155.812 1.00 97.57 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 140.289 185.613 155.712 1.00 97.57 C ATOM 2935 N ASN 179 140.537 190.689 154.929 1.00 96.60 N ATOM 2937 CA ASN 179 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