####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS311_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS311_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.12 1.12 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.12 1.12 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 113 182 - 295 1.00 1.13 LCS_AVERAGE: 81.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 61 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 59 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 11 88 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 5 17 39 112 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 45 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 3 86 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 111 135 135 52 103 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 113 135 135 50 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 113 135 135 30 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 113 135 135 30 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 113 135 135 32 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 113 135 135 64 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 113 135 135 59 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 113 135 135 64 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 113 135 135 62 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 113 135 135 55 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 113 135 135 33 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 113 135 135 36 102 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 113 135 135 36 102 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 113 135 135 21 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 113 135 135 32 93 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 113 135 135 3 24 38 124 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 113 135 135 3 7 39 77 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 113 135 135 36 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT Q 244 Q 244 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 245 N 245 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 246 E 246 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 247 V 247 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 248 Y 248 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 249 I 249 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 250 G 250 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 251 T 251 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 252 V 252 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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262 D 262 113 135 135 7 24 62 90 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 263 G 263 113 135 135 16 54 110 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 264 K 264 113 135 135 28 88 122 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT R 265 R 265 113 135 135 28 95 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 266 T 266 113 135 135 28 95 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 267 I 267 113 135 135 43 102 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT R 268 R 268 113 135 135 44 104 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 269 P 269 113 135 135 37 102 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 270 E 270 113 135 135 37 104 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 271 K 271 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113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 113 135 135 47 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 113 135 135 61 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 113 135 135 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 113 135 135 61 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 113 135 135 64 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 113 135 135 62 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 112 135 135 54 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 108 135 135 27 93 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 108 135 135 36 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 61 135 135 4 39 71 117 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 38 135 135 3 3 3 3 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 93.79 ( 81.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 105 123 126 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 77.78 91.11 93.33 96.30 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.57 0.74 0.82 0.94 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 GDT RMS_ALL_AT 1.57 1.33 1.19 1.15 1.14 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 1.12 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.849 0 0.000 0.000 0.933 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.920 0 0.047 0.104 2.084 81.818 66.465 2.084 LGA W 167 W 167 0.749 0 0.039 0.243 1.276 81.818 80.909 0.760 LGA I 168 I 168 1.402 0 0.052 0.784 3.483 56.364 47.955 3.483 LGA S 169 S 169 2.522 0 0.270 0.316 4.963 41.818 29.091 4.963 LGA G 170 G 170 1.309 0 0.162 0.162 1.413 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.383 0 0.000 1.303 5.307 65.455 50.682 1.775 LGA A 172 A 172 1.316 0 0.037 0.044 1.450 69.545 68.727 - LGA P 173 P 173 0.763 0 0.025 0.080 1.209 81.818 77.143 1.131 LGA Y 174 Y 174 0.755 0 0.049 0.156 1.083 81.818 79.091 1.083 LGA G 175 G 175 0.825 0 0.078 0.078 0.825 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.855 0 0.044 0.109 0.981 81.818 87.879 0.370 LGA Q 177 Q 177 1.175 0 0.050 0.397 1.679 69.545 65.657 1.330 LGA L 178 L 178 0.989 0 0.086 0.119 1.259 77.727 77.727 0.985 LGA N 179 N 179 0.914 0 0.187 0.698 4.572 77.727 47.500 4.572 LGA K 180 K 180 3.292 0 0.289 0.957 13.169 29.545 13.131 13.169 LGA K 181 K 181 1.753 0 0.327 0.973 8.469 70.455 34.545 8.469 LGA T 182 T 182 0.499 0 0.058 1.113 3.186 90.909 73.247 3.186 LGA S 183 S 183 1.259 0 0.160 0.142 1.655 69.545 63.333 1.655 LGA K 184 K 184 1.156 0 0.051 0.885 3.158 65.455 62.020 3.158 LGA L 185 L 185 0.846 0 0.077 0.078 0.917 81.818 84.091 0.438 LGA D 186 D 186 0.585 0 0.068 0.109 1.036 77.727 86.591 0.395 LGA P 187 P 187 0.762 0 0.019 0.052 1.584 70.000 77.662 0.570 LGA V 188 V 188 1.184 0 0.000 0.038 1.359 65.455 65.455 1.359 LGA E 189 E 189 1.295 0 0.026 0.299 2.436 65.455 60.808 2.436 LGA D 190 D 190 1.461 0 0.020 0.038 2.092 65.455 56.591 2.092 LGA E 191 E 191 1.058 0 0.049 0.156 1.728 73.636 67.475 1.728 LGA A 192 A 192 0.541 0 0.000 0.000 0.721 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.738 0 0.033 0.639 3.489 81.818 64.040 3.285 LGA V 194 V 194 0.620 0 0.043 0.046 0.850 90.909 87.013 0.683 LGA V 195 V 195 0.157 0 0.000 0.000 0.366 100.000 100.000 0.142 LGA Q 196 Q 196 0.357 0 0.028 0.231 1.443 100.000 88.485 1.443 LGA L 197 L 197 0.388 0 0.019 0.035 0.623 100.000 95.455 0.616 LGA I 198 I 198 0.062 0 0.091 0.098 0.473 100.000 100.000 0.270 LGA F 199 F 199 0.345 0 0.055 0.077 0.566 95.455 98.347 0.260 LGA N 200 N 200 0.512 0 0.023 0.898 2.191 90.909 77.045 1.725 LGA I 201 I 201 0.385 0 0.035 0.050 0.573 95.455 97.727 0.223 LGA F 202 F 202 0.481 0 0.000 0.059 0.923 90.909 86.777 0.917 LGA L 203 L 203 0.789 0 0.000 0.104 1.441 81.818 75.682 1.166 LGA N 204 N 204 0.644 0 0.038 0.045 1.488 90.909 80.227 1.377 LGA G 205 G 205 0.219 0 0.050 0.050 0.486 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.389 0 0.000 0.027 0.617 90.909 93.182 0.341 LGA N 207 N 207 0.907 0 0.072 0.180 1.227 81.818 75.682 1.227 LGA G 208 G 208 0.939 0 0.011 0.011 1.100 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.977 0 0.051 0.211 1.974 81.818 66.263 1.974 LGA D 210 D 210 0.883 0 0.093 0.258 0.980 81.818 86.364 0.434 LGA Y 211 Y 211 1.434 0 0.107 0.415 1.851 65.455 63.030 1.296 LGA S 212 S 212 2.161 0 0.690 0.750 6.047 39.545 27.273 6.047 LGA Y 213 Y 213 2.867 0 0.180 1.639 14.599 42.273 14.242 14.599 LGA A 215 A 215 0.734 0 0.209 0.224 1.750 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.427 0 0.024 0.197 0.690 100.000 95.455 0.690 LGA A 217 A 217 0.347 0 0.027 0.040 0.403 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.260 0 0.060 0.083 0.811 100.000 93.939 0.811 LGA H 219 H 219 0.267 0 0.023 0.068 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA L 220 L 220 0.324 0 0.026 0.075 0.367 100.000 100.000 0.340 LGA T 221 T 221 0.191 0 0.023 0.028 0.248 100.000 100.000 0.173 LGA N 222 N 222 0.301 0 0.036 0.045 0.485 100.000 100.000 0.236 LGA L 223 L 223 0.547 0 0.051 0.093 0.991 90.909 86.364 0.962 LGA Q 224 Q 224 0.419 0 0.030 0.880 4.847 95.455 64.040 4.847 LGA I 225 I 225 0.216 0 0.051 0.107 0.295 100.000 100.000 0.130 LGA P 226 P 226 0.462 0 0.040 0.045 0.691 90.909 87.013 0.691 LGA T 227 T 227 0.646 0 0.027 0.211 0.795 81.818 81.818 0.699 LGA P 228 P 228 1.046 0 0.139 0.160 1.165 77.727 74.805 1.133 LGA S 229 S 229 0.925 0 0.106 0.107 0.954 81.818 81.818 0.747 LGA G 230 G 230 0.618 0 0.000 0.000 0.739 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.290 0 0.149 0.696 2.731 90.909 81.818 2.731 LGA K 232 K 232 0.357 0 0.235 0.859 3.477 90.909 73.333 3.477 LGA R 233 R 233 0.552 0 0.029 1.376 8.595 81.818 42.479 8.595 LGA W 234 W 234 0.610 0 0.074 0.118 0.704 81.818 83.117 0.525 LGA N 235 N 235 0.831 0 0.074 1.003 3.771 81.818 65.227 1.696 LGA Q 236 Q 236 0.434 0 0.038 0.938 3.611 86.364 72.323 1.125 LGA Y 237 Y 237 1.204 0 0.029 0.370 2.721 69.545 53.030 2.721 LGA T 238 T 238 0.991 0 0.035 0.196 1.102 81.818 79.481 1.102 LGA I 239 I 239 0.623 0 0.007 0.061 0.801 81.818 90.909 0.404 LGA K 240 K 240 0.977 0 0.065 0.598 4.741 73.636 52.525 4.741 LGA A 241 A 241 1.122 0 0.067 0.072 1.265 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.380 0 0.047 0.043 1.058 95.455 86.591 1.058 LGA L 243 L 243 0.348 0 0.038 0.137 0.644 95.455 97.727 0.405 LGA Q 244 Q 244 0.674 0 0.038 0.332 1.152 77.727 76.364 1.139 LGA N 245 N 245 0.690 0 0.000 0.069 0.774 81.818 81.818 0.774 LGA E 246 E 246 0.477 0 0.000 0.724 1.828 95.455 85.051 1.817 LGA V 247 V 247 0.321 0 0.024 0.103 0.515 100.000 97.403 0.515 LGA Y 248 Y 248 0.343 0 0.000 0.134 0.955 100.000 93.939 0.955 LGA I 249 I 249 0.355 0 0.052 0.065 0.707 100.000 93.182 0.688 LGA G 250 G 250 0.214 0 0.025 0.025 0.340 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.548 0 0.048 0.063 0.687 86.364 84.416 0.574 LGA V 252 V 252 0.537 0 0.041 0.103 0.803 86.364 84.416 0.803 LGA K 253 K 253 0.476 0 0.028 0.166 0.764 90.909 91.919 0.332 LGA Y 254 Y 254 0.777 0 0.046 0.408 2.791 81.818 63.333 2.791 LGA K 255 K 255 0.484 0 0.093 0.647 3.047 86.364 66.667 2.488 LGA V 256 V 256 0.406 0 0.133 0.157 0.768 100.000 94.805 0.419 LGA R 257 R 257 0.667 0 0.066 1.174 5.096 81.818 59.835 3.773 LGA E 258 E 258 1.119 0 0.048 0.943 5.165 62.273 44.040 5.165 LGA K 259 K 259 1.772 0 0.000 0.705 2.378 44.545 48.283 1.513 LGA T 260 T 260 2.537 0 0.018 0.060 2.921 30.000 31.948 2.492 LGA K 261 K 261 3.851 0 0.033 0.899 10.767 12.727 6.263 10.767 LGA D 262 D 262 3.353 0 0.076 0.935 4.001 22.727 17.045 4.001 LGA G 263 G 263 2.274 0 0.087 0.087 2.522 41.818 41.818 - LGA K 264 K 264 1.387 0 0.000 0.486 3.080 58.182 56.970 3.080 LGA R 265 R 265 0.970 0 0.097 0.997 3.049 73.636 63.306 3.049 LGA T 266 T 266 0.943 0 0.046 0.190 1.553 77.727 72.727 0.787 LGA I 267 I 267 0.599 0 0.035 0.073 1.019 81.818 79.773 1.019 LGA R 268 R 268 0.567 0 0.000 0.954 3.030 81.818 68.760 1.907 LGA P 269 P 269 0.756 0 0.000 0.006 0.840 81.818 81.818 0.817 LGA E 270 E 270 0.797 0 0.006 0.848 3.454 81.818 63.838 2.906 LGA K 271 K 271 0.900 0 0.062 0.739 4.737 81.818 55.354 4.737 LGA E 272 E 272 0.558 0 0.091 0.157 1.166 81.818 78.182 1.158 LGA Q 273 Q 273 0.744 0 0.015 0.048 0.764 81.818 81.818 0.736 LGA I 274 I 274 0.673 0 0.045 0.076 0.949 81.818 81.818 0.949 LGA V 275 V 275 0.230 0 0.050 0.064 0.364 100.000 100.000 0.364 LGA V 276 V 276 0.541 0 0.000 0.033 0.666 95.455 89.610 0.666 LGA Q 277 Q 277 0.436 0 0.055 0.632 2.702 100.000 77.576 2.702 LGA D 278 D 278 0.263 0 0.039 0.183 0.906 100.000 97.727 0.906 LGA A 279 A 279 0.478 0 0.027 0.046 0.532 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.271 0 0.038 0.147 0.474 100.000 100.000 0.100 LGA A 281 A 281 0.184 0 0.000 0.000 0.294 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.171 0 0.012 0.020 0.478 100.000 100.000 0.450 LGA I 283 I 283 0.332 0 0.030 0.065 0.636 95.455 93.182 0.590 LGA I 284 I 284 0.494 0 0.000 0.094 0.670 90.909 95.455 0.348 LGA D 285 D 285 1.214 0 0.092 0.917 3.140 69.545 56.136 1.868 LGA K 286 K 286 1.267 0 0.038 0.272 1.428 65.455 67.273 0.989 LGA E 287 E 287 1.332 0 0.039 0.441 1.604 65.455 62.222 1.584 LGA Q 288 Q 288 1.014 0 0.000 0.321 1.989 73.636 69.293 1.319 LGA F 289 F 289 1.019 0 0.040 0.118 1.234 65.455 65.455 1.214 LGA Q 290 Q 290 1.309 0 0.000 1.194 2.723 65.455 59.798 2.723 LGA Q 291 Q 291 1.110 0 0.000 0.188 1.264 65.455 65.455 1.264 LGA S 292 S 292 0.988 0 0.048 0.675 3.036 69.545 63.030 3.036 LGA Q 293 Q 293 1.299 0 0.037 0.278 1.822 65.455 60.606 1.822 LGA V 294 V 294 1.384 0 0.018 0.043 1.591 65.455 63.377 1.381 LGA K 295 K 295 0.904 0 0.059 0.149 1.126 73.636 78.182 0.595 LGA I 296 I 296 1.155 0 0.021 0.080 1.540 61.818 65.682 1.257 LGA A 297 A 297 1.773 0 0.129 0.153 2.388 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 0.854 0 0.056 0.570 1.948 65.909 72.273 1.884 LGA K 299 K 299 2.733 0 0.251 0.902 13.724 56.364 25.253 13.724 LGA V 300 V 300 2.614 0 0.170 0.184 5.348 41.818 24.935 5.348 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.122 1.078 2.005 79.411 73.534 59.267 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.12 92.778 96.871 11.045 LGA_LOCAL RMSD: 1.122 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.122 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.122 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.267676 * X + 0.818795 * Y + 0.507862 * Z + 141.277008 Y_new = -0.952621 * X + 0.303919 * Y + 0.012101 * Z + 175.014053 Z_new = -0.144441 * X + -0.487039 * Y + 0.861353 * Z + 176.979279 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.296871 0.144948 -0.514616 [DEG: -74.3052 8.3049 -29.4853 ] ZXZ: 1.594620 0.532868 -2.853287 [DEG: 91.3650 30.5311 -163.4813 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS311_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS311_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.12 96.871 1.12 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS311_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.751 186.908 153.682 1.00 97.19 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.141 187.667 154.778 1.00 97.19 C ATOM 2722 C GLY 165 150.608 187.626 154.784 1.00 97.19 C ATOM 2723 O GLY 165 149.966 188.460 155.416 1.00 97.19 O ATOM 2724 N LYS 166 149.989 186.679 154.068 1.00 97.83 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.535 186.488 154.099 1.00 97.83 C ATOM 2728 C LYS 166 148.127 185.749 155.367 1.00 97.83 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.034 185.759 152.849 1.00 97.83 C ATOM 2732 O LYS 166 148.820 184.848 155.848 1.00 97.83 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.212 186.602 151.583 1.00 97.83 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.893 185.766 150.341 1.00 97.83 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.852 186.679 149.117 1.00 97.83 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.876 185.886 147.868 1.00 97.83 N ATOM 2746 N TRP 167 146.954 186.085 155.883 1.00 97.38 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.387 185.430 157.049 1.00 97.38 C ATOM 2750 C TRP 167 145.766 184.082 156.671 1.00 97.38 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.373 186.353 157.710 1.00 97.38 C ATOM 2754 O TRP 167 144.862 183.999 155.845 1.00 97.38 O ATOM 2755 CG TRP 167 144.860 185.823 159.008 1.00 97.38 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.638 185.290 159.232 1.00 97.38 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.579 185.732 160.274 1.00 97.38 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.712 185.144 161.239 1.00 97.38 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 146.880 186.081 160.699 1.00 97.38 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.545 184.896 160.552 1.00 97.38 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.406 185.283 162.961 1.00 97.38 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.109 184.915 162.563 1.00 97.38 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.287 185.863 162.030 1.00 97.38 C ATOM 2770 N ILE 168 146.256 183.008 157.291 1.00 91.90 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.822 181.620 157.015 1.00 91.90 C ATOM 2774 C ILE 168 145.187 180.964 158.244 1.00 91.90 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.041 180.818 156.535 1.00 91.90 C ATOM 2777 O ILE 168 144.615 179.873 158.175 1.00 91.90 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.622 181.427 155.254 1.00 91.90 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.736 179.339 156.226 1.00 91.90 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.103 181.151 155.259 1.00 91.90 C ATOM 2789 N SER 169 145.303 181.613 159.399 1.00 79.81 N ATOM 2791 CA SER 169 144.960 181.034 160.692 1.00 79.81 C ATOM 2793 C SER 169 143.526 181.367 161.083 1.00 79.81 C ATOM 2794 CB SER 169 145.958 181.512 161.751 1.00 79.81 C ATOM 2797 O SER 169 143.295 182.329 161.795 1.00 79.81 O ATOM 2798 OG SER 169 147.187 180.824 161.599 1.00 79.81 O ATOM 2800 N GLY 170 142.562 180.534 160.686 1.00 88.16 N ATOM 2802 CA GLY 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