####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS304_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS304_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 67 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 68 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 74 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 34 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 57 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 36 108 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 24 48 105 124 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 55 106 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 62 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 30 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 67 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 73 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 67 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 37 107 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 17 107 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 107 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 107 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 88 118 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 6 22 65 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 16 39 116 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 53 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 75 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 54 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 23 105 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 107 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 6 65 96 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 114 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 109 120 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 80.74 88.89 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.63 0.80 0.83 0.88 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.00 1.01 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.583 0 0.028 0.028 0.719 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.672 0 0.057 0.168 1.442 81.818 78.182 1.442 LGA W 167 W 167 0.507 0 0.043 0.106 0.792 81.818 88.312 0.691 LGA I 168 I 168 1.007 0 0.061 0.834 3.389 65.909 56.136 3.389 LGA S 169 S 169 1.709 0 0.126 0.215 4.621 62.273 44.848 4.621 LGA G 170 G 170 0.835 0 0.241 0.241 1.325 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.884 0 0.007 1.319 4.049 90.909 70.909 0.952 LGA A 172 A 172 0.352 0 0.046 0.056 0.560 90.909 92.727 - LGA P 173 P 173 0.537 0 0.011 0.066 0.815 95.455 92.208 0.815 LGA Y 174 Y 174 0.511 0 0.054 0.172 0.779 90.909 84.848 0.779 LGA G 175 G 175 0.180 0 0.054 0.054 0.263 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.160 0 0.025 0.141 0.291 100.000 100.000 0.141 LGA Q 177 Q 177 0.425 0 0.055 0.250 0.912 100.000 93.939 0.792 LGA L 178 L 178 0.469 0 0.079 0.101 1.006 95.455 88.864 1.006 LGA N 179 N 179 0.966 0 0.178 0.605 4.293 66.364 43.182 4.293 LGA K 180 K 180 4.134 0 0.285 0.969 13.883 19.091 8.485 13.883 LGA K 181 K 181 1.184 0 0.385 0.994 7.745 82.273 41.616 7.745 LGA T 182 T 182 0.706 0 0.056 1.106 3.586 77.727 67.013 3.586 LGA S 183 S 183 1.043 0 0.131 0.118 1.410 69.545 68.182 1.314 LGA K 184 K 184 1.083 0 0.061 0.796 2.380 69.545 64.444 2.380 LGA L 185 L 185 0.625 0 0.059 0.073 0.658 81.818 81.818 0.614 LGA D 186 D 186 0.179 0 0.055 0.088 0.590 100.000 95.455 0.590 LGA P 187 P 187 0.459 0 0.000 0.071 0.971 90.909 89.610 0.625 LGA V 188 V 188 0.590 0 0.000 0.028 0.659 81.818 81.818 0.657 LGA E 189 E 189 0.635 0 0.030 0.321 1.433 81.818 80.000 1.433 LGA D 190 D 190 0.560 0 0.035 0.050 0.744 90.909 86.364 0.744 LGA E 191 E 191 0.398 0 0.042 0.076 0.713 95.455 93.939 0.713 LGA A 192 A 192 0.239 0 0.000 0.000 0.322 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.232 0 0.035 0.654 2.707 100.000 85.051 2.437 LGA V 194 V 194 0.229 0 0.023 0.043 0.282 100.000 100.000 0.282 LGA V 195 V 195 0.059 0 0.000 0.011 0.183 100.000 100.000 0.127 LGA Q 196 Q 196 0.141 0 0.013 0.273 1.397 100.000 90.303 1.131 LGA L 197 L 197 0.117 0 0.020 0.038 0.265 100.000 100.000 0.256 LGA I 198 I 198 0.224 0 0.088 0.095 0.382 100.000 100.000 0.267 LGA F 199 F 199 0.219 0 0.048 0.078 0.305 100.000 100.000 0.137 LGA N 200 N 200 0.231 0 0.054 1.136 3.905 100.000 75.000 3.905 LGA I 201 I 201 0.141 0 0.031 0.054 0.229 100.000 100.000 0.136 LGA F 202 F 202 0.198 0 0.000 0.046 0.478 100.000 100.000 0.478 LGA L 203 L 203 0.348 0 0.000 0.064 0.642 100.000 95.455 0.604 LGA N 204 N 204 0.312 0 0.019 0.085 0.995 95.455 90.909 0.622 LGA G 205 G 205 0.635 0 0.044 0.044 0.669 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.737 0 0.011 0.120 1.083 77.727 86.591 0.214 LGA N 207 N 207 1.424 0 0.061 0.257 1.954 58.182 56.364 1.534 LGA G 208 G 208 1.703 0 0.000 0.000 1.979 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.700 0 0.050 0.540 1.900 54.545 64.646 1.343 LGA D 210 D 210 1.570 0 0.089 0.468 1.695 58.182 60.000 1.270 LGA Y 211 Y 211 1.974 0 0.120 0.389 2.140 50.909 48.788 1.651 LGA S 212 S 212 2.231 0 0.689 0.759 5.736 34.545 24.848 5.736 LGA Y 213 Y 213 3.132 0 0.164 1.627 15.063 36.364 12.273 15.063 LGA A 215 A 215 1.010 0 0.231 0.248 2.090 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.388 0 0.028 0.177 0.481 100.000 100.000 0.449 LGA A 217 A 217 0.242 0 0.049 0.062 0.349 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.492 0 0.055 0.123 1.429 100.000 91.212 1.429 LGA H 219 H 219 0.146 0 0.012 0.025 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA L 220 L 220 0.248 0 0.000 0.086 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA T 221 T 221 0.392 0 0.030 0.048 0.587 95.455 97.403 0.439 LGA N 222 N 222 0.460 0 0.039 0.045 0.699 90.909 95.455 0.417 LGA L 223 L 223 0.598 0 0.036 0.054 0.917 81.818 81.818 0.719 LGA Q 224 Q 224 0.716 0 0.037 0.800 3.979 77.727 58.990 3.979 LGA I 225 I 225 0.774 0 0.055 0.140 0.822 81.818 84.091 0.398 LGA P 226 P 226 0.889 0 0.063 0.068 1.032 81.818 74.805 1.001 LGA T 227 T 227 0.246 0 0.032 0.154 0.639 95.455 94.805 0.377 LGA P 228 P 228 0.557 0 0.081 0.083 0.813 95.455 92.208 0.813 LGA S 229 S 229 0.481 0 0.130 0.127 1.231 95.455 88.182 1.231 LGA G 230 G 230 0.602 0 0.074 0.074 1.316 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 1.045 0 0.103 0.682 3.663 69.545 61.212 3.663 LGA K 232 K 232 1.038 0 0.143 0.865 4.269 73.636 52.929 4.269 LGA R 233 R 233 0.692 0 0.036 1.362 7.940 81.818 45.289 7.940 LGA W 234 W 234 0.246 0 0.056 0.107 0.577 100.000 97.403 0.348 LGA N 235 N 235 0.644 0 0.016 0.821 2.153 86.364 76.591 2.153 LGA Q 236 Q 236 0.585 0 0.031 0.857 3.413 86.364 76.970 0.486 LGA Y 237 Y 237 0.491 0 0.045 0.368 1.745 95.455 79.697 1.745 LGA T 238 T 238 0.317 0 0.026 0.283 0.846 100.000 94.805 0.846 LGA I 239 I 239 0.266 0 0.011 0.089 0.348 100.000 100.000 0.279 LGA K 240 K 240 0.310 0 0.064 0.593 3.870 100.000 77.778 3.870 LGA A 241 A 241 0.325 0 0.062 0.066 0.480 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.439 0 0.053 0.069 0.929 95.455 88.636 0.929 LGA L 243 L 243 0.294 0 0.024 0.135 0.562 95.455 97.727 0.127 LGA Q 244 Q 244 0.288 0 0.011 0.294 1.370 95.455 88.283 1.370 LGA N 245 N 245 0.421 0 0.000 0.097 0.779 100.000 93.182 0.779 LGA E 246 E 246 0.442 0 0.000 0.631 2.098 100.000 87.273 1.428 LGA V 247 V 247 0.338 0 0.030 0.064 0.360 100.000 100.000 0.188 LGA Y 248 Y 248 0.410 0 0.000 0.100 1.083 100.000 86.515 1.083 LGA I 249 I 249 0.369 0 0.068 0.097 0.453 100.000 100.000 0.399 LGA G 250 G 250 0.321 0 0.048 0.048 0.380 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.239 0 0.042 0.044 0.382 100.000 100.000 0.382 LGA V 252 V 252 0.268 0 0.052 0.123 0.598 100.000 97.403 0.598 LGA K 253 K 253 0.520 0 0.013 0.157 0.659 86.364 85.859 0.635 LGA Y 254 Y 254 0.625 0 0.041 0.360 2.578 86.364 72.273 2.578 LGA K 255 K 255 0.720 0 0.069 0.121 0.855 81.818 81.818 0.763 LGA V 256 V 256 0.778 0 0.077 0.092 0.914 81.818 81.818 0.897 LGA R 257 R 257 1.178 0 0.091 1.085 5.783 65.455 46.942 3.353 LGA E 258 E 258 1.238 0 0.057 0.939 4.386 61.818 45.253 4.386 LGA K 259 K 259 1.762 0 0.025 0.151 2.218 50.909 43.838 2.185 LGA T 260 T 260 1.660 0 0.018 0.128 1.920 50.909 50.909 1.630 LGA K 261 K 261 2.004 0 0.028 0.852 6.937 41.364 27.677 6.937 LGA D 262 D 262 1.966 0 0.070 0.619 3.250 50.909 39.773 3.250 LGA G 263 G 263 2.176 0 0.108 0.108 2.438 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.880 0 0.000 0.462 2.182 50.909 53.535 0.497 LGA R 265 R 265 1.713 0 0.097 1.007 3.509 50.909 47.438 3.509 LGA T 266 T 266 1.458 0 0.022 0.122 1.543 61.818 61.299 1.530 LGA I 267 I 267 1.111 0 0.025 0.083 1.317 65.455 67.500 1.317 LGA R 268 R 268 0.674 0 0.000 0.965 2.593 81.818 69.917 2.593 LGA P 269 P 269 0.514 0 0.000 0.014 0.539 90.909 89.610 0.510 LGA E 270 E 270 0.479 0 0.013 0.870 3.117 95.455 72.525 2.057 LGA K 271 K 271 0.291 0 0.054 0.731 5.696 100.000 61.616 5.696 LGA E 272 E 272 0.171 0 0.059 0.079 1.237 100.000 86.465 1.237 LGA Q 273 Q 273 0.324 0 0.035 0.083 0.830 100.000 93.939 0.654 LGA I 274 I 274 0.310 0 0.048 0.070 0.518 100.000 97.727 0.518 LGA V 275 V 275 0.127 0 0.021 0.016 0.231 100.000 100.000 0.231 LGA V 276 V 276 0.241 0 0.000 0.048 0.461 100.000 100.000 0.404 LGA Q 277 Q 277 0.239 0 0.049 0.645 3.286 100.000 75.960 3.286 LGA D 278 D 278 0.249 0 0.026 0.139 0.579 100.000 97.727 0.579 LGA A 279 A 279 0.246 0 0.026 0.048 0.292 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.095 0 0.040 0.248 0.721 100.000 94.545 0.721 LGA A 281 A 281 0.221 0 0.000 0.000 0.283 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.308 0 0.026 0.033 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA I 283 I 283 0.456 0 0.054 0.080 0.779 90.909 90.909 0.581 LGA I 284 I 284 0.464 0 0.000 0.097 0.486 100.000 100.000 0.384 LGA D 285 D 285 0.765 0 0.076 0.906 3.175 81.818 67.727 1.337 LGA K 286 K 286 0.605 0 0.039 0.265 1.424 81.818 78.182 1.424 LGA E 287 E 287 0.435 0 0.041 0.320 0.937 100.000 95.960 0.937 LGA Q 288 Q 288 0.350 0 0.000 0.196 1.406 100.000 90.101 0.964 LGA F 289 F 289 0.372 0 0.038 0.103 0.641 100.000 93.388 0.628 LGA Q 290 Q 290 0.452 0 0.000 1.154 3.717 100.000 74.949 3.717 LGA Q 291 Q 291 0.234 0 0.000 0.245 0.951 100.000 97.980 0.951 LGA S 292 S 292 0.167 0 0.057 0.057 0.275 100.000 100.000 0.162 LGA Q 293 Q 293 0.424 0 0.038 0.228 0.791 90.909 85.859 0.791 LGA V 294 V 294 0.572 0 0.013 0.044 0.757 86.364 89.610 0.495 LGA K 295 K 295 0.624 0 0.039 0.197 1.024 82.273 82.020 0.854 LGA I 296 I 296 0.857 0 0.021 0.072 1.329 73.636 82.273 0.420 LGA A 297 A 297 1.331 0 0.094 0.119 2.071 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.539 0 0.053 0.539 2.574 45.455 59.545 0.723 LGA K 299 K 299 3.557 0 0.421 0.885 14.266 38.636 17.172 14.266 LGA V 300 V 300 2.132 0 0.073 0.089 5.196 44.545 26.494 5.196 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.991 0.948 1.896 84.667 79.028 65.073 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.259 97.154 12.375 LGA_LOCAL RMSD: 0.991 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.991 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.991 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.489708 * X + 0.527580 * Y + -0.694151 * Z + 154.905304 Y_new = 0.362714 * X + -0.847259 * Y + -0.388061 * Z + 150.794388 Z_new = -0.792858 * X + -0.061742 * Y + -0.606270 * Z + 139.738800 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.637505 0.915485 -3.040104 [DEG: 36.5264 52.4534 -174.1851 ] ZXZ: -1.061036 2.222158 -1.648512 [DEG: -60.7929 127.3203 -94.4528 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS304_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS304_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.154 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS304_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.127 186.878 153.752 1.00 85.34 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.410 187.631 154.791 1.00 85.49 C ATOM 1347 C GLY 165 150.887 187.456 154.770 1.00 87.07 C ATOM 1348 O GLY 165 150.171 188.224 155.414 1.00 84.57 O ATOM 1349 N LYS 166 150.364 186.466 154.045 1.00 86.36 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.930 186.158 153.997 1.00 86.21 C ATOM 1351 C LYS 166 148.520 185.371 155.251 1.00 87.17 C ATOM 1352 O LYS 166 149.241 184.486 155.708 1.00 85.45 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.564 185.427 152.685 1.00 84.88 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.812 186.293 151.423 1.00 81.97 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.483 185.606 150.084 1.00 78.92 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.759 186.584 148.923 1.00 73.78 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.551 186.045 147.548 1.00 67.30 N ATOM 1358 N TRP 167 147.346 185.681 155.796 1.00 87.53 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.796 184.968 156.954 1.00 88.13 C ATOM 1360 C TRP 167 146.071 183.700 156.509 1.00 87.57 C ATOM 1361 O TRP 167 145.085 183.764 155.775 1.00 84.85 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.876 185.895 157.740 1.00 87.56 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.422 185.308 159.039 1.00 87.92 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.283 184.611 159.238 1.00 84.93 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.122 185.332 160.328 1.00 86.41 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.217 184.207 160.568 1.00 84.63 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.323 184.627 161.262 1.00 85.79 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.338 185.885 160.773 1.00 85.57 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.724 184.466 162.608 1.00 85.14 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.730 185.730 162.112 1.00 83.50 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.930 185.022 163.017 1.00 82.90 C ATOM 1372 N ILE 168 146.546 182.552 156.962 1.00 85.41 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.069 181.222 156.536 1.00 83.67 C ATOM 1374 C ILE 168 145.476 180.425 157.704 1.00 82.44 C ATOM 1375 O ILE 168 144.849 179.386 157.515 1.00 76.80 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.219 180.443 155.860 1.00 80.33 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.019 181.327 154.872 1.00 76.02 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.682 179.222 155.100 1.00 73.56 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.338 180.681 154.471 1.00 69.79 C ATOM 1380 N SER 169 145.668 180.910 158.919 1.00 82.72 N ATOM 1381 CA SER 169 145.122 180.319 160.137 1.00 81.35 C ATOM 1382 C SER 169 143.601 180.516 160.229 1.00 80.67 C ATOM 1383 O SER 169 142.984 181.086 159.334 1.00 74.77 O ATOM 1384 CB SER 169 145.852 180.897 161.347 1.00 77.81 C ATOM 1385 OG SER 169 147.236 180.681 161.239 1.00 72.83 O ATOM 1386 N GLY 170 142.992 180.019 161.298 1.00 76.97 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.545 180.089 161.494 1.00 76.51 C ATOM 1388 C GLY 170 141.017 181.510 161.717 1.00 79.08 C ATOM 1389 O GLY 170 141.065 182.353 160.831 1.00 75.95 O ATOM 1390 N LEU 171 140.506 181.776 162.924 1.00 81.19 N ATOM 1391 CA LEU 171 140.007 183.106 163.284 1.00 80.87 C ATOM 1392 C LEU 171 141.137 184.135 163.238 1.00 81.84 C ATOM 1393 O LEU 171 142.235 183.880 163.738 1.00 79.91 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.365 183.061 164.679 1.00 77.90 C ATOM 1395 CG LEU 171 138.029 182.301 164.726 1.00 73.72 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.655 181.980 166.167 1.00 68.11 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.890 183.120 164.107 1.00 67.01 C ATOM 1398 N ALA 172 140.834 185.301 162.672 1.00 84.44 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.724 186.449 162.751 1.00 84.80 C ATOM 1400 C ALA 172 141.941 186.859 164.224 1.00 85.89 C ATOM 1401 O ALA 172 141.039 186.664 165.047 1.00 84.21 O ATOM 1402 CB ALA 172 141.130 187.588 161.919 1.00 83.01 C ATOM 1403 N PRO 173 143.103 187.415 164.575 1.00 87.46 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.328 187.982 165.901 1.00 87.60 C ATOM 1405 C PRO 173 142.321 189.095 166.197 1.00 88.20 C ATOM 1406 O PRO 173 141.860 189.785 165.287 1.00 86.88 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.758 188.523 165.885 1.00 86.21 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.414 187.817 164.710 1.00 83.03 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.272 187.591 163.736 1.00 85.93 C ATOM 1410 N TYR 174 141.992 189.291 167.467 1.00 89.08 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.152 190.411 167.885 1.00 89.32 C ATOM 1412 C TYR 174 141.784 191.742 167.459 1.00 89.32 C ATOM 1413 O TYR 174 142.995 191.895 167.553 1.00 87.52 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.950 190.341 169.395 1.00 88.96 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.961 191.353 169.913 1.00 89.73 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.392 192.456 170.669 1.00 83.24 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.589 191.201 169.623 1.00 83.72 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.461 193.395 171.142 1.00 82.53 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.656 192.136 170.087 1.00 82.76 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.095 193.231 170.848 1.00 87.27 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.174 194.143 171.297 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