####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS304_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS304_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 73 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 73 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 59 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 61 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 71 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 34 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 72 102 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 40 108 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 72 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 30 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 30 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 71 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 71 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 71 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 72 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 14 96 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 99 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 8 91 115 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 82.22 90.37 94.81 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.62 0.72 0.82 0.86 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.99 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.647 0 0.024 0.024 0.764 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.737 0 0.062 0.163 1.434 81.818 76.364 1.434 LGA W 167 W 167 0.506 0 0.054 0.083 0.790 81.818 89.610 0.505 LGA I 168 I 168 0.937 0 0.038 1.551 4.667 74.545 54.318 4.667 LGA S 169 S 169 1.524 0 0.151 0.234 4.256 63.182 46.061 4.256 LGA G 170 G 170 0.826 0 0.214 0.214 1.327 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.883 0 0.000 1.304 4.141 90.909 68.864 1.017 LGA A 172 A 172 0.400 0 0.043 0.054 0.549 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.395 0 0.000 0.066 0.782 100.000 92.208 0.782 LGA Y 174 Y 174 0.387 0 0.038 0.174 0.822 95.455 87.879 0.822 LGA G 175 G 175 0.197 0 0.054 0.054 0.197 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.156 0 0.015 0.154 0.337 100.000 100.000 0.104 LGA Q 177 Q 177 0.403 0 0.057 0.258 1.037 100.000 94.141 0.629 LGA L 178 L 178 0.382 0 0.082 0.099 0.905 90.909 88.636 0.905 LGA N 179 N 179 0.995 0 0.171 0.634 4.481 66.364 42.273 4.481 LGA K 180 K 180 3.978 0 0.292 0.969 13.617 20.455 9.091 13.617 LGA K 181 K 181 1.247 0 0.376 0.995 7.865 82.273 41.616 7.865 LGA T 182 T 182 0.613 0 0.056 1.106 3.430 77.727 68.052 3.430 LGA S 183 S 183 1.025 0 0.133 0.120 1.406 69.545 68.182 1.335 LGA K 184 K 184 1.038 0 0.057 0.818 2.466 69.545 66.263 2.466 LGA L 185 L 185 0.538 0 0.053 0.068 0.587 86.364 86.364 0.533 LGA D 186 D 186 0.119 0 0.060 0.095 0.561 100.000 95.455 0.525 LGA P 187 P 187 0.503 0 0.014 0.365 1.172 82.273 84.675 0.574 LGA V 188 V 188 0.694 0 0.014 0.028 0.802 81.818 81.818 0.802 LGA E 189 E 189 0.750 0 0.000 0.325 1.688 81.818 78.384 1.688 LGA D 190 D 190 0.727 0 0.027 0.048 0.945 86.364 84.091 0.945 LGA E 191 E 191 0.518 0 0.039 0.072 0.877 90.909 87.879 0.877 LGA A 192 A 192 0.278 0 0.000 0.000 0.365 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.313 0 0.028 0.654 2.839 100.000 83.838 2.598 LGA V 194 V 194 0.330 0 0.034 0.048 0.434 100.000 100.000 0.434 LGA V 195 V 195 0.077 0 0.000 0.000 0.199 100.000 100.000 0.081 LGA Q 196 Q 196 0.158 0 0.028 0.266 1.358 100.000 90.303 1.161 LGA L 197 L 197 0.153 0 0.031 0.041 0.342 100.000 100.000 0.301 LGA I 198 I 198 0.264 0 0.087 0.096 0.492 100.000 100.000 0.378 LGA F 199 F 199 0.204 0 0.043 0.073 0.318 100.000 100.000 0.159 LGA N 200 N 200 0.259 0 0.051 1.117 3.849 100.000 75.000 3.849 LGA I 201 I 201 0.117 0 0.023 0.050 0.195 100.000 100.000 0.097 LGA F 202 F 202 0.172 0 0.000 0.039 0.603 100.000 95.041 0.603 LGA L 203 L 203 0.323 0 0.000 0.065 0.750 100.000 95.455 0.691 LGA N 204 N 204 0.217 0 0.022 0.089 1.021 100.000 91.136 0.732 LGA G 205 G 205 0.367 0 0.041 0.041 0.435 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.521 0 0.000 0.000 0.916 86.364 93.182 0.256 LGA N 207 N 207 1.196 0 0.056 0.254 1.759 69.545 65.682 1.347 LGA G 208 G 208 1.434 0 0.025 0.025 1.588 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.434 0 0.047 0.648 2.103 65.455 64.848 2.103 LGA D 210 D 210 1.212 0 0.084 0.773 1.802 69.545 63.864 1.802 LGA Y 211 Y 211 1.735 0 0.118 0.439 1.979 54.545 54.545 1.388 LGA S 212 S 212 2.229 0 0.687 0.758 5.923 34.545 24.848 5.923 LGA Y 213 Y 213 2.916 0 0.166 1.630 14.796 41.818 14.091 14.796 LGA A 215 A 215 1.003 0 0.215 0.231 2.005 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.343 0 0.035 0.174 0.439 100.000 100.000 0.426 LGA A 217 A 217 0.217 0 0.040 0.052 0.308 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.514 0 0.051 0.094 1.264 95.455 88.182 1.264 LGA H 219 H 219 0.312 0 0.025 0.034 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA L 220 L 220 0.305 0 0.029 0.089 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA T 221 T 221 0.272 0 0.000 0.037 0.389 100.000 100.000 0.310 LGA N 222 N 222 0.333 0 0.034 0.045 0.476 100.000 100.000 0.469 LGA L 223 L 223 0.505 0 0.038 0.049 0.838 95.455 88.636 0.751 LGA Q 224 Q 224 0.535 0 0.026 0.836 4.392 81.818 60.404 4.392 LGA I 225 I 225 0.610 0 0.050 0.135 0.658 81.818 88.636 0.190 LGA P 226 P 226 0.722 0 0.058 0.064 0.893 81.818 81.818 0.864 LGA T 227 T 227 0.200 0 0.033 0.143 0.442 100.000 100.000 0.211 LGA P 228 P 228 0.724 0 0.085 0.089 0.911 86.364 84.416 0.911 LGA S 229 S 229 0.582 0 0.132 0.125 0.949 86.364 84.848 0.949 LGA G 230 G 230 0.589 0 0.081 0.081 1.052 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.736 0 0.111 0.689 3.523 73.636 66.667 3.523 LGA K 232 K 232 0.695 0 0.159 0.865 4.018 77.727 58.384 4.018 LGA R 233 R 233 0.314 0 0.027 1.371 8.216 100.000 51.901 8.216 LGA W 234 W 234 0.267 0 0.054 0.110 0.620 100.000 97.403 0.388 LGA N 235 N 235 0.540 0 0.005 0.850 2.240 86.364 76.591 2.240 LGA Q 236 Q 236 0.354 0 0.037 0.840 3.512 95.455 80.202 0.531 LGA Y 237 Y 237 0.720 0 0.037 0.376 2.093 86.364 70.455 2.093 LGA T 238 T 238 0.557 0 0.023 0.287 1.083 90.909 84.675 1.083 LGA I 239 I 239 0.345 0 0.000 0.082 0.468 100.000 100.000 0.389 LGA K 240 K 240 0.534 0 0.059 0.579 4.103 86.364 64.444 4.103 LGA A 241 A 241 0.586 0 0.059 0.062 0.689 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.276 0 0.046 0.067 0.893 100.000 90.909 0.893 LGA L 243 L 243 0.131 0 0.019 0.126 0.546 95.455 97.727 0.224 LGA Q 244 Q 244 0.300 0 0.003 0.302 1.224 95.455 88.283 1.224 LGA N 245 N 245 0.397 0 0.000 0.089 0.681 100.000 93.182 0.681 LGA E 246 E 246 0.401 0 0.000 0.620 1.839 100.000 88.687 1.408 LGA V 247 V 247 0.245 0 0.021 0.059 0.296 100.000 100.000 0.151 LGA Y 248 Y 248 0.333 0 0.000 0.105 1.034 100.000 91.061 1.034 LGA I 249 I 249 0.300 0 0.073 0.101 0.459 100.000 100.000 0.442 LGA G 250 G 250 0.241 0 0.036 0.036 0.299 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.260 0 0.044 0.051 0.461 100.000 100.000 0.411 LGA V 252 V 252 0.273 0 0.050 0.117 0.587 95.455 94.805 0.587 LGA K 253 K 253 0.395 0 0.000 0.155 0.565 95.455 93.939 0.503 LGA Y 254 Y 254 0.638 0 0.046 0.341 2.376 86.364 74.394 2.376 LGA K 255 K 255 0.836 0 0.067 0.118 0.940 81.818 81.818 0.940 LGA V 256 V 256 0.797 0 0.075 0.090 0.903 81.818 81.818 0.903 LGA R 257 R 257 1.149 0 0.078 1.082 6.077 65.455 43.471 3.941 LGA E 258 E 258 1.199 0 0.046 0.946 4.635 61.818 44.848 4.635 LGA K 259 K 259 1.789 0 0.015 0.166 2.430 50.909 43.838 2.430 LGA T 260 T 260 1.781 0 0.020 0.199 2.134 44.545 45.455 1.804 LGA K 261 K 261 2.459 0 0.019 0.841 8.070 32.727 19.596 8.070 LGA D 262 D 262 2.354 0 0.080 0.153 2.354 38.182 42.955 1.862 LGA G 263 G 263 2.302 0 0.109 0.109 2.502 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.725 0 0.000 0.325 1.846 50.909 59.192 0.567 LGA R 265 R 265 1.593 0 0.089 1.018 3.571 58.182 54.215 3.571 LGA T 266 T 266 1.287 0 0.006 0.112 1.408 65.455 65.455 1.317 LGA I 267 I 267 0.944 0 0.036 0.085 1.125 73.636 73.636 1.125 LGA R 268 R 268 0.513 0 0.000 1.005 2.687 90.909 73.223 2.687 LGA P 269 P 269 0.257 0 0.000 0.011 0.328 100.000 100.000 0.284 LGA E 270 E 270 0.274 0 0.000 0.847 3.060 100.000 76.566 2.186 LGA K 271 K 271 0.232 0 0.047 0.732 5.260 100.000 64.040 5.260 LGA E 272 E 272 0.301 0 0.056 0.098 1.382 100.000 84.444 1.354 LGA Q 273 Q 273 0.434 0 0.035 0.086 0.714 90.909 89.899 0.676 LGA I 274 I 274 0.373 0 0.048 0.068 0.579 100.000 97.727 0.579 LGA V 275 V 275 0.107 0 0.013 0.015 0.299 100.000 100.000 0.299 LGA V 276 V 276 0.298 0 0.000 0.041 0.503 100.000 97.403 0.464 LGA Q 277 Q 277 0.257 0 0.046 0.643 3.165 100.000 75.960 3.165 LGA D 278 D 278 0.215 0 0.026 0.188 0.588 100.000 97.727 0.588 LGA A 279 A 279 0.289 0 0.012 0.045 0.350 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.143 0 0.041 0.264 0.722 100.000 92.727 0.722 LGA A 281 A 281 0.238 0 0.000 0.000 0.322 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.286 0 0.008 0.031 0.472 100.000 100.000 0.472 LGA I 283 I 283 0.438 0 0.048 0.077 0.748 90.909 90.909 0.527 LGA I 284 I 284 0.391 0 0.000 0.061 0.421 100.000 100.000 0.242 LGA D 285 D 285 0.537 0 0.023 0.178 0.928 86.364 86.364 0.928 LGA K 286 K 286 0.527 0 0.000 0.264 1.280 81.818 80.000 1.280 LGA E 287 E 287 0.644 0 0.020 0.265 0.836 81.818 83.838 0.709 LGA Q 288 Q 288 0.445 0 0.000 0.275 1.992 95.455 82.828 1.327 LGA F 289 F 289 0.401 0 0.036 0.102 0.655 100.000 93.388 0.641 LGA Q 290 Q 290 0.592 0 0.000 1.183 3.427 81.818 69.293 3.427 LGA Q 291 Q 291 0.359 0 0.000 0.220 0.953 100.000 93.939 0.953 LGA S 292 S 292 0.200 0 0.057 0.062 0.434 100.000 100.000 0.144 LGA Q 293 Q 293 0.612 0 0.040 0.218 0.912 86.364 83.838 0.899 LGA V 294 V 294 0.742 0 0.000 0.043 0.847 81.818 81.818 0.667 LGA K 295 K 295 0.598 0 0.044 0.190 1.078 77.727 82.020 0.658 LGA I 296 I 296 1.009 0 0.027 0.071 1.575 65.909 71.818 0.603 LGA A 297 A 297 1.635 0 0.110 0.136 2.489 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.563 0 0.039 0.500 2.788 45.455 61.818 0.854 LGA K 299 K 299 3.854 0 0.406 0.993 14.673 31.818 14.141 14.673 LGA V 300 V 300 2.156 0 0.064 0.081 4.691 48.182 29.610 4.691 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.980 0.941 1.898 84.976 79.274 64.507 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.259 97.277 12.500 LGA_LOCAL RMSD: 0.980 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.980 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.980 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.910400 * X + -0.374522 * Y + 0.175800 * Z + 153.220078 Y_new = -0.230958 * X + 0.812600 * Y + 0.535107 * Z + 152.811340 Z_new = -0.343264 * X + 0.446559 * Y + -0.826290 * Z + 139.631393 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.893145 0.350390 2.646120 [DEG: -165.7650 20.0759 151.6115 ] ZXZ: 2.824169 2.543285 -0.655354 [DEG: 161.8130 145.7195 -37.5490 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS304_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS304_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.277 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS304_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.081 186.783 153.669 1.00 85.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.375 187.550 154.705 1.00 85.67 C ATOM 1347 C GLY 165 150.852 187.388 154.695 1.00 87.16 C ATOM 1348 O GLY 165 150.145 188.161 155.340 1.00 84.65 O ATOM 1349 N LYS 166 150.320 186.400 153.976 1.00 86.49 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.884 186.111 153.929 1.00 86.32 C ATOM 1351 C LYS 166 148.462 185.340 155.187 1.00 87.19 C ATOM 1352 O LYS 166 149.162 184.436 155.644 1.00 85.51 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.513 185.372 152.624 1.00 84.96 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.793 186.212 151.353 1.00 82.03 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.453 185.505 150.030 1.00 78.94 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.769 186.441 148.846 1.00 73.87 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.545 185.870 147.487 1.00 67.40 N ATOM 1358 N TRP 167 147.292 185.674 155.734 1.00 87.51 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.722 184.967 156.883 1.00 88.02 C ATOM 1360 C TRP 167 145.968 183.721 156.426 1.00 87.56 C ATOM 1361 O TRP 167 144.943 183.818 155.753 1.00 84.81 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.822 185.902 157.681 1.00 87.49 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.325 185.299 158.952 1.00 87.82 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.186 184.596 159.109 1.00 84.84 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.987 185.302 160.258 1.00 86.30 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.086 184.167 160.428 1.00 84.50 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.169 184.576 161.158 1.00 85.67 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.188 185.852 160.742 1.00 85.46 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.538 184.393 162.511 1.00 85.01 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.551 185.675 162.088 1.00 83.41 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.733 184.948 162.957 1.00 82.80 C ATOM 1372 N ILE 168 146.459 182.561 156.803 1.00 85.13 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.923 181.259 156.383 1.00 83.47 C ATOM 1374 C ILE 168 145.503 180.364 157.559 1.00 82.34 C ATOM 1375 O ILE 168 145.184 179.188 157.377 1.00 76.83 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.927 180.539 155.468 1.00 80.18 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.287 180.353 156.169 1.00 75.96 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.088 181.297 154.143 1.00 73.51 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.188 179.371 155.438 1.00 69.76 C ATOM 1380 N SER 169 145.512 180.914 158.760 1.00 82.71 N ATOM 1381 CA SER 169 145.058 180.240 159.976 1.00 81.39 C ATOM 1382 C SER 169 143.548 180.427 160.177 1.00 80.46 C ATOM 1383 O SER 169 142.863 180.939 159.296 1.00 74.56 O ATOM 1384 CB SER 169 145.882 180.730 161.165 1.00 77.85 C ATOM 1385 OG SER 169 147.231 180.383 160.997 1.00 72.88 O ATOM 1386 N GLY 170 143.020 179.989 161.309 1.00 76.87 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.588 180.035 161.607 1.00 76.42 C ATOM 1388 C GLY 170 141.014 181.447 161.755 1.00 78.86 C ATOM 1389 O GLY 170 141.078 182.259 160.841 1.00 75.79 O ATOM 1390 N LEU 171 140.441 181.743 162.933 1.00 80.99 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.904 183.074 163.230 1.00 80.65 C ATOM 1392 C LEU 171 141.020 184.123 163.192 1.00 81.62 C ATOM 1393 O LEU 171 142.115 183.886 163.708 1.00 79.64 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.219 183.061 164.605 1.00 77.60 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.921 182.232 164.650 1.00 73.40 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.509 181.977 166.091 1.00 67.89 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.766 182.943 163.935 1.00 66.70 C ATOM 1398 N ALA 172 140.706 185.281 162.622 1.00 84.33 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.586 186.436 162.699 1.00 84.71 C ATOM 1400 C ALA 172 141.787 186.860 164.170 1.00 85.67 C ATOM 1401 O ALA 172 140.875 186.673 164.985 1.00 84.06 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.994 187.565 161.851 1.00 82.86 C ATOM 1403 N PRO 173 142.942 187.418 164.529 1.00 87.36 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.156 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