####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS304_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS304_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 64 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 59 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 77 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 55 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 74 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 68 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 55 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 48 103 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 58 109 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 77 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 33 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 43 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 33 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 12 89 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 29 48 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 8 16 25 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 51 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 76 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 66 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 45 103 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 33 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 8 92 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 114 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 112 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 82.96 90.37 94.81 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.51 0.61 0.72 0.84 0.87 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.01 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.699 0 0.000 0.000 0.850 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.815 0 0.064 0.198 1.661 81.818 74.747 1.661 LGA W 167 W 167 0.614 0 0.052 0.093 0.868 81.818 85.714 0.535 LGA I 168 I 168 1.029 0 0.049 1.536 4.561 65.909 50.000 4.561 LGA S 169 S 169 1.523 0 0.146 0.231 4.159 63.182 47.576 4.159 LGA G 170 G 170 0.911 0 0.228 0.228 1.361 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.931 0 0.000 1.319 4.153 90.909 68.864 1.005 LGA A 172 A 172 0.423 0 0.044 0.055 0.581 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.414 0 0.020 0.119 0.933 100.000 92.208 0.933 LGA Y 174 Y 174 0.457 0 0.038 0.184 0.913 95.455 86.364 0.913 LGA G 175 G 175 0.198 0 0.055 0.055 0.216 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.143 0 0.025 0.144 0.325 100.000 100.000 0.103 LGA Q 177 Q 177 0.451 0 0.059 0.266 0.994 100.000 95.960 0.745 LGA L 178 L 178 0.449 0 0.080 0.103 0.935 95.455 90.909 0.935 LGA N 179 N 179 0.964 0 0.177 0.624 4.413 66.364 43.182 4.413 LGA K 180 K 180 4.201 0 0.288 0.970 13.953 13.182 5.859 13.953 LGA K 181 K 181 1.079 0 0.390 1.001 7.659 82.273 41.616 7.659 LGA T 182 T 182 0.650 0 0.054 1.108 3.514 82.273 69.610 3.514 LGA S 183 S 183 1.089 0 0.135 0.123 1.444 69.545 68.182 1.321 LGA K 184 K 184 1.150 0 0.065 0.837 2.626 69.545 63.232 2.626 LGA L 185 L 185 0.588 0 0.055 0.073 0.602 81.818 81.818 0.542 LGA D 186 D 186 0.120 0 0.060 0.102 0.679 100.000 93.182 0.679 LGA P 187 P 187 0.448 0 0.000 0.360 1.104 86.818 87.273 0.552 LGA V 188 V 188 0.651 0 0.011 0.031 0.751 81.818 81.818 0.751 LGA E 189 E 189 0.722 0 0.022 0.328 1.637 81.818 78.384 1.637 LGA D 190 D 190 0.701 0 0.036 0.053 0.995 86.364 84.091 0.995 LGA E 191 E 191 0.476 0 0.035 0.063 0.738 95.455 91.919 0.738 LGA A 192 A 192 0.297 0 0.000 0.000 0.383 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.328 0 0.021 0.639 2.746 100.000 85.051 2.439 LGA V 194 V 194 0.332 0 0.030 0.045 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA V 195 V 195 0.083 0 0.000 0.000 0.183 100.000 100.000 0.105 LGA Q 196 Q 196 0.196 0 0.017 0.255 1.319 100.000 90.303 1.169 LGA L 197 L 197 0.215 0 0.020 0.045 0.438 100.000 100.000 0.422 LGA I 198 I 198 0.249 0 0.081 0.091 0.428 100.000 100.000 0.336 LGA F 199 F 199 0.242 0 0.037 0.072 0.337 100.000 100.000 0.143 LGA N 200 N 200 0.249 0 0.046 0.748 2.381 100.000 87.727 2.381 LGA I 201 I 201 0.130 0 0.027 0.052 0.210 100.000 100.000 0.130 LGA F 202 F 202 0.198 0 0.000 0.036 0.530 100.000 98.347 0.530 LGA L 203 L 203 0.353 0 0.000 0.060 0.757 100.000 93.182 0.703 LGA N 204 N 204 0.245 0 0.027 0.094 1.134 100.000 91.136 0.803 LGA G 205 G 205 0.444 0 0.050 0.050 0.508 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.610 0 0.015 0.147 1.019 77.727 86.591 0.045 LGA N 207 N 207 1.308 0 0.065 0.309 2.265 65.455 58.409 1.622 LGA G 208 G 208 1.398 0 0.000 0.000 1.635 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.500 0 0.042 0.223 1.929 61.818 55.758 1.914 LGA D 210 D 210 1.407 0 0.074 0.735 1.587 65.455 65.682 1.486 LGA Y 211 Y 211 1.853 0 0.131 0.427 2.092 50.909 48.788 1.561 LGA S 212 S 212 2.322 0 0.687 0.759 5.984 34.545 24.848 5.984 LGA Y 213 Y 213 2.938 0 0.163 1.632 14.882 41.818 14.091 14.882 LGA A 215 A 215 1.023 0 0.212 0.227 2.003 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.381 0 0.034 0.176 0.476 100.000 100.000 0.413 LGA A 217 A 217 0.225 0 0.033 0.046 0.322 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.472 0 0.046 0.102 1.279 100.000 91.212 1.279 LGA H 219 H 219 0.253 0 0.022 0.044 0.449 100.000 100.000 0.443 LGA L 220 L 220 0.181 0 0.023 0.089 0.406 100.000 100.000 0.406 LGA T 221 T 221 0.171 0 0.021 0.046 0.301 100.000 100.000 0.239 LGA N 222 N 222 0.216 0 0.028 0.038 0.397 100.000 100.000 0.321 LGA L 223 L 223 0.416 0 0.039 0.051 0.728 100.000 93.182 0.663 LGA Q 224 Q 224 0.466 0 0.010 0.834 4.408 90.909 64.444 4.408 LGA I 225 I 225 0.557 0 0.049 0.137 0.619 86.364 93.182 0.260 LGA P 226 P 226 0.697 0 0.068 0.071 0.835 81.818 81.818 0.817 LGA T 227 T 227 0.153 0 0.033 0.149 0.437 100.000 100.000 0.248 LGA P 228 P 228 0.710 0 0.084 0.088 0.871 81.818 81.818 0.871 LGA S 229 S 229 0.642 0 0.129 0.122 1.060 86.364 82.121 1.060 LGA G 230 G 230 0.438 0 0.070 0.070 0.948 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.701 0 0.105 0.681 3.332 82.273 74.949 3.332 LGA K 232 K 232 0.740 0 0.159 0.868 4.068 77.727 58.384 4.068 LGA R 233 R 233 0.455 0 0.032 1.370 8.146 95.455 50.248 8.146 LGA W 234 W 234 0.215 0 0.058 0.106 0.575 100.000 97.403 0.361 LGA N 235 N 235 0.659 0 0.020 0.847 2.391 86.364 78.636 2.391 LGA Q 236 Q 236 0.502 0 0.027 0.806 3.294 90.909 81.010 0.562 LGA Y 237 Y 237 0.463 0 0.038 0.364 1.659 95.455 81.061 1.659 LGA T 238 T 238 0.375 0 0.022 0.284 1.013 100.000 92.468 1.013 LGA I 239 I 239 0.281 0 0.000 0.078 0.363 100.000 100.000 0.350 LGA K 240 K 240 0.359 0 0.066 0.593 3.723 100.000 77.778 3.723 LGA A 241 A 241 0.384 0 0.061 0.064 0.510 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.323 0 0.051 0.068 0.889 100.000 90.909 0.889 LGA L 243 L 243 0.195 0 0.012 0.123 0.540 95.455 97.727 0.175 LGA Q 244 Q 244 0.315 0 0.025 0.311 1.341 95.455 88.283 1.341 LGA N 245 N 245 0.420 0 0.000 0.097 0.751 100.000 93.182 0.751 LGA E 246 E 246 0.442 0 0.000 0.568 1.766 100.000 88.687 1.252 LGA V 247 V 247 0.319 0 0.023 0.058 0.357 100.000 100.000 0.187 LGA Y 248 Y 248 0.377 0 0.000 0.105 1.072 100.000 88.030 1.072 LGA I 249 I 249 0.326 0 0.081 0.106 0.475 100.000 100.000 0.418 LGA G 250 G 250 0.248 0 0.051 0.051 0.322 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.248 0 0.049 0.052 0.431 100.000 100.000 0.394 LGA V 252 V 252 0.320 0 0.051 0.116 0.690 100.000 97.403 0.690 LGA K 253 K 253 0.423 0 0.000 0.147 0.579 95.455 91.919 0.512 LGA Y 254 Y 254 0.592 0 0.050 0.350 2.330 86.364 74.394 2.330 LGA K 255 K 255 0.765 0 0.068 0.118 0.945 81.818 81.818 0.945 LGA V 256 V 256 0.764 0 0.076 0.094 0.884 81.818 81.818 0.883 LGA R 257 R 257 1.163 0 0.088 1.077 5.978 65.455 44.298 3.660 LGA E 258 E 258 1.231 0 0.054 0.936 4.551 58.182 43.232 4.551 LGA K 259 K 259 1.851 0 0.015 0.158 2.595 50.909 41.414 2.595 LGA T 260 T 260 1.824 0 0.017 0.193 2.227 44.545 45.455 1.790 LGA K 261 K 261 2.556 0 0.020 0.846 7.995 30.000 18.384 7.995 LGA D 262 D 262 2.492 0 0.070 0.305 2.492 38.182 44.773 1.680 LGA G 263 G 263 2.497 0 0.115 0.115 2.731 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.938 0 0.000 0.292 2.059 47.727 51.515 0.886 LGA R 265 R 265 1.703 0 0.085 0.996 3.343 50.909 50.744 3.343 LGA T 266 T 266 1.392 0 0.010 0.106 1.509 61.818 63.377 1.427 LGA I 267 I 267 1.000 0 0.029 0.086 1.277 73.636 71.591 1.277 LGA R 268 R 268 0.521 0 0.008 0.970 2.430 90.909 72.727 2.430 LGA P 269 P 269 0.276 0 0.000 0.000 0.308 100.000 100.000 0.223 LGA E 270 E 270 0.344 0 0.003 0.851 3.081 100.000 74.545 2.160 LGA K 271 K 271 0.371 0 0.054 0.727 5.108 100.000 64.242 5.108 LGA E 272 E 272 0.259 0 0.046 0.077 1.432 100.000 84.444 1.432 LGA Q 273 Q 273 0.305 0 0.032 0.089 0.743 100.000 93.939 0.642 LGA I 274 I 274 0.282 0 0.052 0.069 0.477 100.000 100.000 0.477 LGA V 275 V 275 0.078 0 0.012 0.012 0.333 100.000 100.000 0.333 LGA V 276 V 276 0.314 0 0.000 0.048 0.562 100.000 94.805 0.527 LGA Q 277 Q 277 0.299 0 0.052 0.630 2.961 100.000 74.949 2.619 LGA D 278 D 278 0.285 0 0.021 0.203 0.591 100.000 97.727 0.497 LGA A 279 A 279 0.381 0 0.012 0.046 0.412 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.180 0 0.036 0.259 0.728 100.000 92.727 0.728 LGA A 281 A 281 0.184 0 0.000 0.000 0.273 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.302 0 0.000 0.018 0.498 100.000 100.000 0.498 LGA I 283 I 283 0.437 0 0.041 0.072 0.739 90.909 90.909 0.553 LGA I 284 I 284 0.416 0 0.007 0.070 0.440 100.000 100.000 0.274 LGA D 285 D 285 0.555 0 0.013 0.352 1.116 90.909 84.318 1.116 LGA K 286 K 286 0.530 0 0.016 0.264 1.255 81.818 80.000 1.255 LGA E 287 E 287 0.559 0 0.029 0.318 1.032 90.909 88.081 1.032 LGA Q 288 Q 288 0.403 0 0.000 0.276 1.903 100.000 84.848 1.074 LGA F 289 F 289 0.379 0 0.031 0.106 0.658 100.000 93.388 0.628 LGA Q 290 Q 290 0.542 0 0.000 1.178 3.539 95.455 72.929 3.539 LGA Q 291 Q 291 0.332 0 0.000 0.237 1.010 100.000 92.121 1.010 LGA S 292 S 292 0.254 0 0.067 0.684 2.231 100.000 89.697 2.231 LGA Q 293 Q 293 0.551 0 0.034 0.243 0.923 86.364 83.838 0.894 LGA V 294 V 294 0.688 0 0.019 0.051 0.765 81.818 81.818 0.654 LGA K 295 K 295 0.514 0 0.038 0.183 0.920 86.364 87.879 0.661 LGA I 296 I 296 0.873 0 0.022 0.068 1.348 73.636 75.682 0.531 LGA A 297 A 297 1.388 0 0.120 0.146 2.197 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.230 0 0.038 0.521 2.531 49.091 65.682 1.138 LGA K 299 K 299 3.543 0 0.308 1.042 14.169 34.545 15.354 14.169 LGA V 300 V 300 2.013 0 0.156 0.226 4.389 41.364 26.753 4.327 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.990 0.956 1.890 85.545 79.532 63.804 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.444 97.336 12.386 LGA_LOCAL RMSD: 0.990 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.990 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.990 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.723720 * X + -0.476394 * Y + 0.499278 * Z + 155.097229 Y_new = -0.655110 * X + 0.701713 * Y + -0.280053 * Z + 150.271454 Z_new = -0.216935 * X + -0.529761 * Y + -0.819934 * Z + 140.856461 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.405913 0.218673 -2.567962 [DEG: -137.8487 12.5291 -147.1334 ] ZXZ: 1.059612 2.532092 -2.752928 [DEG: 60.7113 145.0782 -157.7311 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS304_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS304_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.336 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS304_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.019 186.774 153.758 1.00 85.63 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.305 187.530 154.797 1.00 85.77 C ATOM 1347 C GLY 165 150.784 187.359 154.778 1.00 87.26 C ATOM 1348 O GLY 165 150.065 188.138 155.404 1.00 84.76 O ATOM 1349 N LYS 166 150.260 186.356 154.063 1.00 86.69 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.826 186.061 154.006 1.00 86.41 C ATOM 1351 C LYS 166 148.397 185.286 155.260 1.00 87.39 C ATOM 1352 O LYS 166 149.092 184.377 155.715 1.00 85.56 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.464 185.317 152.702 1.00 85.08 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.763 186.148 151.427 1.00 82.18 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.359 185.461 150.108 1.00 79.14 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.687 186.380 148.915 1.00 74.05 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.302 185.849 147.572 1.00 67.55 N ATOM 1358 N TRP 167 147.232 185.624 155.805 1.00 87.80 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.648 184.914 156.946 1.00 88.40 C ATOM 1360 C TRP 167 145.893 183.675 156.474 1.00 87.96 C ATOM 1361 O TRP 167 144.880 183.778 155.787 1.00 85.22 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.746 185.854 157.739 1.00 87.84 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.265 185.257 159.021 1.00 88.18 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.136 184.540 159.195 1.00 85.11 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.943 185.280 160.318 1.00 86.60 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.054 184.124 160.518 1.00 84.80 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.141 184.554 161.233 1.00 85.95 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.141 185.848 160.784 1.00 85.72 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.529 184.386 162.581 1.00 85.33 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.524 185.682 162.126 1.00 83.65 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.725 184.953 163.010 1.00 83.12 C ATOM 1372 N ILE 168 146.374 182.511 156.859 1.00 85.54 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.851 181.207 156.424 1.00 83.87 C ATOM 1374 C ILE 168 145.452 180.291 157.592 1.00 82.82 C ATOM 1375 O ILE 168 145.163 179.111 157.402 1.00 77.07 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.860 180.517 155.488 1.00 80.58 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.248 180.395 156.150 1.00 76.20 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.949 181.268 154.152 1.00 73.70 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.186 179.479 155.385 1.00 69.89 C ATOM 1380 N SER 169 145.451 180.832 158.795 1.00 83.10 N ATOM 1381 CA SER 169 144.989 180.161 160.009 1.00 81.89 C ATOM 1382 C SER 169 143.491 180.409 160.228 1.00 81.16 C ATOM 1383 O SER 169 142.827 180.985 159.375 1.00 75.21 O ATOM 1384 CB SER 169 145.845 180.605 161.191 1.00 78.35 C ATOM 1385 OG SER 169 147.191 180.268 160.977 1.00 73.28 O ATOM 1386 N GLY 170 142.940 179.952 161.351 1.00 77.57 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.502 180.026 161.631 1.00 77.20 C ATOM 1388 C GLY 170 140.947 181.445 161.783 1.00 79.76 C ATOM 1389 O GLY 170 140.981 182.246 160.861 1.00 76.62 O ATOM 1390 N LEU 171 140.423 181.760 162.978 1.00 81.89 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.903 183.094 163.282 1.00 81.55 C ATOM 1392 C LEU 171 141.027 184.129 163.225 1.00 82.53 C ATOM 1393 O LEU 171 142.132 183.878 163.711 1.00 80.48 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.238 183.092 164.668 1.00 78.62 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.915 182.309 164.721 1.00 74.44 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.529 182.022 166.166 1.00 68.63 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.771 183.093 164.063 1.00 67.60 C ATOM 1398 N ALA 172 140.714 185.296 162.664 1.00 84.90 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.594 186.448 162.745 1.00 85.44 C ATOM 1400 C ALA 172 141.806 186.859 164.218 1.00 86.47 C ATOM 1401 O ALA 172 140.902 186.669 165.039 1.00 84.73 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.993 187.584 161.913 1.00 83.50 C ATOM 1403 N PRO 173 142.976 187.401 164.573 1.00 87.76 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.198 187.959 165.902 1.00 87.91 C ATOM 1405 C PRO 173 142.221 189.107 166.180 1.00 88.50 C ATOM 1406 O PRO 173 141.786 189.802 165.261 1.00 87.10 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.646 188.451 165.928 1.00 86.47 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.265 187.972 164.626 1.00 83.28 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.110 187.626 163.709 1.00 86.19 C ATOM 1410 N TYR 174 141.900 189.330 167.451 1.00 89.16 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.071 190.460 167.860 1.00 89.40 C ATOM 1412 C TYR 174 141.710 191.786 167.434 1.00 89.51 C ATOM 1413 O TYR 174 142.918 191.939 167.556 1.00 87.66 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.868 190.403 169.369 1.00 89.09 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.905 191.442 169.889 1.00 89.84 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.361 192.521 170.662 1.00 83.31 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.531 191.339 169.580 1.00 83.78 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.457 193.484 171.139 1.00 82.63 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.623 192.300 170.048 1.00 82.81 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.090 193.369 170.829 1.00 87.29 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.200 194.306 171.286 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