####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS304_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS304_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 58 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 64 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 73 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 57 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 57 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 64 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 67 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 17 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 57 112 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 16 110 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 69 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 29 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 25 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 67 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 64 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 73 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 34 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 40 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 113 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 83.70 91.11 95.56 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.49 0.60 0.71 0.83 0.87 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.95 0.95 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.679 0 0.032 0.032 0.856 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.774 0 0.055 0.173 1.501 81.818 74.747 1.501 LGA W 167 W 167 0.608 0 0.043 0.109 0.884 81.818 85.714 0.692 LGA I 168 I 168 1.139 0 0.105 0.796 3.393 62.727 52.727 3.393 LGA S 169 S 169 1.722 0 0.000 0.760 5.497 61.818 45.758 5.497 LGA G 170 G 170 0.942 0 0.248 0.248 1.149 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.899 0 0.000 1.332 4.222 90.909 68.864 1.012 LGA A 172 A 172 0.442 0 0.045 0.051 0.601 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.420 0 0.012 0.063 0.764 100.000 94.805 0.764 LGA Y 174 Y 174 0.443 0 0.037 0.180 0.877 95.455 86.364 0.877 LGA G 175 G 175 0.189 0 0.055 0.055 0.200 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.156 0 0.031 0.147 0.335 100.000 100.000 0.113 LGA Q 177 Q 177 0.466 0 0.059 0.238 0.849 100.000 95.960 0.652 LGA L 178 L 178 0.441 0 0.074 0.090 0.970 95.455 90.909 0.970 LGA N 179 N 179 0.973 0 0.168 0.623 4.437 66.364 42.273 4.437 LGA K 180 K 180 3.977 0 0.296 0.971 13.661 20.455 9.091 13.661 LGA K 181 K 181 1.256 0 0.378 1.009 8.037 77.727 39.596 8.037 LGA T 182 T 182 0.718 0 0.055 1.106 3.521 77.727 67.013 3.521 LGA S 183 S 183 1.060 0 0.132 0.118 1.449 69.545 68.182 1.354 LGA K 184 K 184 1.097 0 0.056 0.804 2.481 69.545 64.444 2.481 LGA L 185 L 185 0.600 0 0.059 0.076 0.649 81.818 81.818 0.552 LGA D 186 D 186 0.132 0 0.058 0.092 0.546 100.000 95.455 0.518 LGA P 187 P 187 0.497 0 0.006 0.366 1.192 86.818 87.273 0.570 LGA V 188 V 188 0.696 0 0.006 0.026 0.802 81.818 81.818 0.802 LGA E 189 E 189 0.746 0 0.020 0.326 1.646 81.818 78.384 1.646 LGA D 190 D 190 0.688 0 0.031 0.056 0.824 86.364 84.091 0.822 LGA E 191 E 191 0.487 0 0.034 0.065 0.765 95.455 91.919 0.765 LGA A 192 A 192 0.303 0 0.000 0.000 0.390 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.338 0 0.034 0.658 2.921 100.000 83.838 2.696 LGA V 194 V 194 0.339 0 0.029 0.041 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA V 195 V 195 0.079 0 0.000 0.000 0.171 100.000 100.000 0.102 LGA Q 196 Q 196 0.192 0 0.025 0.269 1.383 100.000 90.303 1.206 LGA L 197 L 197 0.189 0 0.024 0.049 0.431 100.000 100.000 0.403 LGA I 198 I 198 0.268 0 0.086 0.092 0.466 100.000 100.000 0.351 LGA F 199 F 199 0.250 0 0.045 0.080 0.362 100.000 100.000 0.179 LGA N 200 N 200 0.285 0 0.057 1.114 3.814 100.000 75.000 3.814 LGA I 201 I 201 0.138 0 0.037 0.050 0.232 100.000 100.000 0.111 LGA F 202 F 202 0.207 0 0.000 0.044 0.591 100.000 95.041 0.591 LGA L 203 L 203 0.398 0 0.000 0.050 0.824 100.000 93.182 0.756 LGA N 204 N 204 0.243 0 0.028 0.091 1.147 100.000 91.136 0.817 LGA G 205 G 205 0.543 0 0.049 0.049 0.602 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.735 0 0.000 0.032 1.147 73.636 84.545 0.196 LGA N 207 N 207 1.476 0 0.057 0.276 2.192 58.182 52.955 1.676 LGA G 208 G 208 1.649 0 0.006 0.006 1.835 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.621 0 0.048 0.294 2.492 58.182 48.485 2.492 LGA D 210 D 210 1.408 0 0.061 0.239 1.433 65.455 65.455 1.215 LGA Y 211 Y 211 1.850 0 0.116 0.384 2.089 50.909 48.788 1.621 LGA S 212 S 212 2.195 0 0.691 0.772 5.870 36.364 26.061 5.870 LGA Y 213 Y 213 2.966 0 0.157 1.625 14.815 41.818 14.091 14.815 LGA A 215 A 215 0.990 0 0.218 0.234 2.017 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.357 0 0.039 0.175 0.452 100.000 100.000 0.418 LGA A 217 A 217 0.202 0 0.042 0.053 0.309 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.481 0 0.052 0.111 1.331 100.000 91.212 1.331 LGA H 219 H 219 0.249 0 0.028 0.036 0.465 100.000 100.000 0.465 LGA L 220 L 220 0.247 0 0.026 0.083 0.424 100.000 100.000 0.424 LGA T 221 T 221 0.248 0 0.021 0.044 0.402 100.000 100.000 0.300 LGA N 222 N 222 0.311 0 0.032 0.048 0.488 100.000 100.000 0.398 LGA L 223 L 223 0.476 0 0.041 0.049 0.788 100.000 90.909 0.680 LGA Q 224 Q 224 0.541 0 0.030 0.825 4.255 86.364 63.434 4.255 LGA I 225 I 225 0.619 0 0.048 0.140 0.666 81.818 88.636 0.221 LGA P 226 P 226 0.714 0 0.062 0.068 0.876 81.818 81.818 0.838 LGA T 227 T 227 0.145 0 0.034 0.154 0.437 100.000 100.000 0.223 LGA P 228 P 228 0.705 0 0.087 0.089 0.891 81.818 81.818 0.891 LGA S 229 S 229 0.618 0 0.132 0.123 1.112 86.364 82.121 1.112 LGA G 230 G 230 0.466 0 0.076 0.076 0.998 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.736 0 0.106 0.677 3.250 78.182 73.131 3.250 LGA K 232 K 232 0.776 0 0.151 0.873 4.182 77.727 56.566 4.182 LGA R 233 R 233 0.458 0 0.027 1.308 7.514 95.455 50.744 7.514 LGA W 234 W 234 0.195 0 0.057 0.110 0.619 100.000 97.403 0.418 LGA N 235 N 235 0.578 0 0.018 0.869 2.322 86.364 76.591 2.322 LGA Q 236 Q 236 0.452 0 0.037 0.867 3.487 90.909 76.970 0.542 LGA Y 237 Y 237 0.666 0 0.041 0.368 1.997 86.364 72.727 1.997 LGA T 238 T 238 0.507 0 0.025 0.293 1.036 95.455 87.273 1.036 LGA I 239 I 239 0.350 0 0.008 0.088 0.461 100.000 100.000 0.360 LGA K 240 K 240 0.518 0 0.064 0.572 4.031 86.364 64.444 4.031 LGA A 241 A 241 0.557 0 0.059 0.063 0.655 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.312 0 0.047 0.070 0.921 100.000 90.909 0.921 LGA L 243 L 243 0.165 0 0.012 0.130 0.540 95.455 97.727 0.213 LGA Q 244 Q 244 0.317 0 0.000 0.307 1.287 95.455 88.283 1.287 LGA N 245 N 245 0.393 0 0.000 0.098 0.709 100.000 93.182 0.709 LGA E 246 E 246 0.415 0 0.000 0.602 1.842 100.000 88.687 1.289 LGA V 247 V 247 0.297 0 0.024 0.061 0.332 100.000 100.000 0.160 LGA Y 248 Y 248 0.359 0 0.000 0.097 1.040 100.000 88.030 1.040 LGA I 249 I 249 0.318 0 0.072 0.096 0.461 100.000 100.000 0.392 LGA G 250 G 250 0.261 0 0.045 0.045 0.315 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.217 0 0.038 0.048 0.377 100.000 100.000 0.330 LGA V 252 V 252 0.327 0 0.051 0.123 0.706 100.000 97.403 0.706 LGA K 253 K 253 0.487 0 0.019 0.120 0.601 95.455 89.899 0.573 LGA Y 254 Y 254 0.554 0 0.044 0.353 2.405 90.909 75.909 2.405 LGA K 255 K 255 0.598 0 0.068 0.119 0.940 81.818 83.838 0.940 LGA V 256 V 256 0.705 0 0.081 0.096 0.898 81.818 81.818 0.898 LGA R 257 R 257 1.118 0 0.086 1.077 5.918 65.455 45.455 3.091 LGA E 258 E 258 1.074 0 0.052 0.941 4.496 61.818 45.253 4.496 LGA K 259 K 259 1.735 0 0.018 0.190 2.303 54.545 45.455 2.303 LGA T 260 T 260 1.816 0 0.020 0.113 2.283 44.545 47.273 1.800 LGA K 261 K 261 2.619 0 0.023 0.864 8.147 30.000 18.384 8.147 LGA D 262 D 262 2.559 0 0.071 0.587 3.580 32.727 27.045 3.580 LGA G 263 G 263 2.519 0 0.110 0.110 2.665 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.941 0 0.000 0.431 2.241 47.727 50.101 0.958 LGA R 265 R 265 1.646 0 0.086 0.991 3.585 58.182 52.893 3.585 LGA T 266 T 266 1.261 0 0.008 0.113 1.393 65.455 65.455 1.254 LGA I 267 I 267 0.941 0 0.030 0.084 1.310 77.727 73.636 1.310 LGA R 268 R 268 0.414 0 0.007 0.967 2.389 90.909 78.843 2.389 LGA P 269 P 269 0.431 0 0.000 0.007 0.448 100.000 100.000 0.305 LGA E 270 E 270 0.506 0 0.006 0.851 3.050 90.909 70.505 2.260 LGA K 271 K 271 0.503 0 0.044 0.728 5.378 95.455 57.576 5.378 LGA E 272 E 272 0.254 0 0.047 0.068 1.172 100.000 88.283 1.172 LGA Q 273 Q 273 0.160 0 0.025 0.077 0.821 100.000 93.939 0.655 LGA I 274 I 274 0.159 0 0.049 0.069 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA V 275 V 275 0.119 0 0.016 0.019 0.306 100.000 100.000 0.306 LGA V 276 V 276 0.228 0 0.000 0.039 0.516 100.000 97.403 0.450 LGA Q 277 Q 277 0.166 0 0.050 0.636 3.111 100.000 75.960 3.111 LGA D 278 D 278 0.169 0 0.024 0.168 0.568 100.000 97.727 0.568 LGA A 279 A 279 0.232 0 0.020 0.047 0.277 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.130 0 0.043 0.262 0.707 100.000 94.545 0.707 LGA A 281 A 281 0.238 0 0.000 0.000 0.320 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.281 0 0.000 0.024 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA I 283 I 283 0.406 0 0.051 0.075 0.698 95.455 93.182 0.555 LGA I 284 I 284 0.371 0 0.000 0.070 0.392 100.000 100.000 0.227 LGA D 285 D 285 0.522 0 0.031 0.506 1.538 95.455 84.773 1.538 LGA K 286 K 286 0.509 0 0.023 0.271 1.258 86.364 82.020 1.258 LGA E 287 E 287 0.581 0 0.026 0.219 0.828 86.364 87.879 0.335 LGA Q 288 Q 288 0.407 0 0.000 0.488 1.237 95.455 84.242 0.875 LGA F 289 F 289 0.244 0 0.035 0.125 0.664 100.000 95.041 0.616 LGA Q 290 Q 290 0.425 0 0.000 0.848 2.887 100.000 84.040 2.887 LGA Q 291 Q 291 0.325 0 0.000 0.215 0.984 100.000 95.960 0.984 LGA S 292 S 292 0.203 0 0.062 0.056 0.390 100.000 100.000 0.169 LGA Q 293 Q 293 0.461 0 0.036 0.232 0.820 90.909 89.899 0.806 LGA V 294 V 294 0.644 0 0.013 0.035 0.700 81.818 81.818 0.667 LGA K 295 K 295 0.489 0 0.036 0.178 0.791 90.909 93.939 0.710 LGA I 296 I 296 0.763 0 0.000 0.066 1.003 77.727 79.773 0.623 LGA A 297 A 297 0.971 0 0.083 0.105 1.389 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.678 0 0.036 0.526 1.568 81.818 77.955 0.878 LGA K 299 K 299 1.299 0 0.049 0.528 4.465 65.909 46.263 4.465 LGA V 300 V 300 1.308 0 0.063 0.069 1.713 58.182 61.299 1.372 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.931 0.912 1.747 85.886 79.888 65.011 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.815 97.596 13.096 LGA_LOCAL RMSD: 0.931 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.931 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.931 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.602374 * X + 0.797097 * Y + -0.042222 * Z + 153.793839 Y_new = -0.523673 * X + -0.434559 * Y + -0.732752 * Z + 152.438858 Z_new = -0.602422 * X + -0.419280 * Y + 0.679185 * Z + 139.660568 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.425972 0.646532 -0.553063 [DEG: -138.9980 37.0435 -31.6882 ] ZXZ: -0.057557 0.824145 -2.178827 [DEG: -3.2978 47.2200 -124.8376 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS304_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS304_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.596 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS304_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT None ATOM 1345 N GLY 165 153.034 186.802 153.869 1.00 85.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.312 187.565 154.897 1.00 85.65 C ATOM 1347 C GLY 165 150.791 187.399 154.865 1.00 87.15 C ATOM 1348 O GLY 165 150.076 188.156 155.519 1.00 84.62 O ATOM 1349 N LYS 166 150.274 186.418 154.120 1.00 86.57 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.842 186.115 154.068 1.00 86.42 C ATOM 1351 C LYS 166 148.419 185.350 155.329 1.00 87.27 C ATOM 1352 O LYS 166 149.141 184.482 155.818 1.00 85.46 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.485 185.358 152.768 1.00 85.01 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.764 186.181 151.487 1.00 82.16 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.412 185.462 150.174 1.00 79.12 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.727 186.367 148.971 1.00 74.06 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.455 185.782 147.625 1.00 67.55 N ATOM 1358 N TRP 167 147.232 185.654 155.848 1.00 87.83 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.670 184.963 157.014 1.00 88.44 C ATOM 1360 C TRP 167 145.945 183.688 156.586 1.00 87.86 C ATOM 1361 O TRP 167 144.967 183.740 155.842 1.00 85.17 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.750 185.903 157.780 1.00 87.78 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.295 185.338 159.080 1.00 88.10 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.158 184.643 159.294 1.00 85.08 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.998 185.377 160.362 1.00 86.54 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.105 184.250 160.623 1.00 84.76 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.212 184.676 161.306 1.00 85.91 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.217 185.936 160.794 1.00 85.67 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.628 184.520 162.647 1.00 85.28 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.626 185.786 162.127 1.00 83.62 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.839 185.079 163.040 1.00 83.08 C ATOM 1372 N ILE 168 146.408 182.550 157.068 1.00 85.60 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.942 181.219 156.642 1.00 83.96 C ATOM 1374 C ILE 168 145.315 180.424 157.796 1.00 82.72 C ATOM 1375 O ILE 168 144.559 179.478 157.581 1.00 77.04 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.117 180.434 156.018 1.00 80.65 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.886 181.283 154.976 1.00 76.32 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.626 179.139 155.348 1.00 73.84 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.215 180.650 154.598 1.00 70.10 C ATOM 1380 N SER 169 145.622 180.802 159.020 1.00 83.14 N ATOM 1381 CA SER 169 145.069 180.168 160.210 1.00 81.79 C ATOM 1382 C SER 169 143.688 180.713 160.555 1.00 80.97 C ATOM 1383 O SER 169 143.467 181.903 160.417 1.00 74.97 O ATOM 1384 CB SER 169 146.035 180.364 161.373 1.00 78.38 C ATOM 1385 OG SER 169 146.188 181.723 161.674 1.00 73.40 O ATOM 1386 N GLY 170 142.814 179.865 161.073 1.00 77.59 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.424 180.087 161.467 1.00 77.14 C ATOM 1388 C GLY 170 140.875 181.509 161.643 1.00 79.55 C ATOM 1389 O GLY 170 140.827 182.300 160.715 1.00 76.47 O ATOM 1390 N LEU 171 140.406 181.822 162.866 1.00 81.69 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.877 183.142 163.200 1.00 81.35 C ATOM 1392 C LEU 171 140.998 184.181 163.162 1.00 82.30 C ATOM 1393 O LEU 171 142.095 183.934 163.665 1.00 80.30 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.217 183.102 164.589 1.00 78.48 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.884 182.332 164.615 1.00 74.35 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.518 181.950 166.042 1.00 68.61 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.738 183.172 164.039 1.00 67.58 C ATOM 1398 N ALA 172 140.688 185.350 162.610 1.00 84.74 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.572 186.497 162.702 1.00 85.11 C ATOM 1400 C ALA 172 141.793 186.895 164.177 1.00 86.06 C ATOM 1401 O ALA 172 140.886 186.705 164.996 1.00 84.41 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.976 187.645 161.882 1.00 83.28 C ATOM 1403 N PRO 173 142.960 187.429 164.536 1.00 87.55 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.189 187.988 165.862 1.00 87.84 C ATOM 1405 C PRO 173 142.200 189.116 166.158 1.00 88.41 C ATOM 1406 O PRO 173 141.751 189.814 165.250 1.00 86.98 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.626 188.507 165.856 1.00 86.30 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.279 187.781 164.694 1.00 83.11 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.142 187.573 163.710 1.00 86.03 C ATOM 1410 N TYR 174 141.883 189.319 167.435 1.00 89.17 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.062 190.449 167.854 1.00 89.42 C ATOM 1412 C TYR 174 141.700 191.771 167.424 1.00 89.53 C ATOM 1413 O TYR 174 142.909 191.919 167.528 1.00 87.68 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.865 190.384 169.366 1.00 89.07 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.898 191.418 169.887 1.00 89.83 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.355 192.500 170.652 1.00 83.31 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.526 191.307 169.588 1.00 83.78 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.448 193.462 171.131 1.00 82.63 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.615 192.262 170.056 1.00 82.83 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.080 193.336 170.830 1.00 87.32 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.187 194.268 171.290 1.00 86.30 O ATOM 1422 N GLY 175 140.903 192.678 166.912 1.00 88.59 N ATOM 1423 CA GLY 175 141.375 193.922 166.302 1.00 88.50 C ATOM 1424 C GLY 175 141.580 193.851 164.792 1.00 89.96 C ATOM 1425 O GLY 175 141.703 194.890 164.151 1.00 87.29 O ATOM 1426 N TYR 176 141.591 192.652 164.213 1.00 90.57 N ATOM 1427 CA TYR 176 141.742 192.449 162.778 1.00 91.00 C ATOM 1428 C TYR 176 140.596 191.634 162.181 1.00 90.94 C ATOM 1429 O TYR 176 140.013 190.759 162.819 1.00 89.06 O ATOM 1430 CB TYR 176 143.077 191.770 162.480 1.00 90.89 C ATOM 1431 CG TYR 176 144.292 192.621 162.755 1.00 91.56 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.708 193.588 161.824 1.00 85.67 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 145.038 192.441 163.932 1.00 85.94 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.850 194.357 162.051 1.00 84.48 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 146.185 193.209 164.174 1.00 84.67 C ATOM 1436 CZ TYR 176 146.592 194.166 163.229 1.00 89.54 C ATOM 1437 OH TYR 176 147.715 194.912 163.456 1.00 88.51 O ATOM 1438 N GLN 177 140.319 191.882 160.907 1.00 89.62 N ATOM 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