####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS301_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS301_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.96 1.02 LCS_AVERAGE: 98.41 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 62 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 62 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 56 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 42 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 48 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 66 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 24 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 64 79 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 52 106 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 58 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 32 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 28 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 42 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 58 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 52 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 15 91 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 15 104 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 127 135 135 3 4 33 116 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 66 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.47 ( 98.41 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 107 125 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 79.26 92.59 94.81 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.55 0.70 0.77 0.85 0.97 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.40 1.11 1.06 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.700 0 0.000 0.000 0.774 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.752 0 0.045 0.091 1.708 81.818 71.313 1.708 LGA W 167 W 167 0.578 0 0.051 0.178 0.920 81.818 85.714 0.465 LGA I 168 I 168 0.756 0 0.131 0.776 4.274 74.545 57.045 4.274 LGA S 169 S 169 1.083 0 0.092 0.803 3.303 65.455 57.576 3.303 LGA G 170 G 170 1.277 0 0.000 0.000 1.287 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.384 0 0.017 1.403 5.377 65.455 50.682 1.714 LGA A 172 A 172 1.206 0 0.035 0.041 1.312 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.611 0 0.005 0.061 0.982 81.818 81.818 0.875 LGA Y 174 Y 174 0.596 0 0.014 0.151 1.071 81.818 79.091 1.071 LGA G 175 G 175 0.616 0 0.060 0.060 0.616 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.681 0 0.041 0.094 0.788 81.818 89.394 0.281 LGA Q 177 Q 177 0.977 0 0.042 0.383 1.601 81.818 76.566 1.104 LGA L 178 L 178 0.785 0 0.090 0.132 1.037 77.727 79.773 0.881 LGA N 179 N 179 0.890 0 0.190 0.668 4.511 73.636 45.455 4.511 LGA K 180 K 180 3.599 0 0.302 0.965 13.371 26.364 11.717 13.371 LGA K 181 K 181 1.541 0 0.345 0.972 8.049 78.636 38.182 8.049 LGA T 182 T 182 0.458 0 0.061 1.107 3.130 90.909 73.247 3.130 LGA S 183 S 183 1.066 0 0.155 0.140 1.406 69.545 68.182 1.330 LGA K 184 K 184 1.042 0 0.050 0.893 3.151 69.545 63.838 3.151 LGA L 185 L 185 0.726 0 0.081 0.084 0.877 81.818 88.636 0.285 LGA D 186 D 186 0.478 0 0.059 0.104 0.879 86.364 93.182 0.223 LGA P 187 P 187 0.649 0 0.000 0.369 1.546 70.000 77.662 0.919 LGA V 188 V 188 1.092 0 0.000 0.037 1.246 69.545 67.792 1.246 LGA E 189 E 189 1.168 0 0.022 0.306 2.212 65.455 62.424 2.212 LGA D 190 D 190 1.273 0 0.025 0.042 1.849 69.545 60.227 1.849 LGA E 191 E 191 0.884 0 0.052 0.133 1.450 82.273 76.566 1.450 LGA A 192 A 192 0.456 0 0.000 0.000 0.603 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.652 0 0.035 0.642 3.364 81.818 65.859 3.156 LGA V 194 V 194 0.537 0 0.034 0.039 0.713 90.909 87.013 0.562 LGA V 195 V 195 0.130 0 0.000 0.006 0.265 100.000 100.000 0.136 LGA Q 196 Q 196 0.360 0 0.028 0.232 1.393 100.000 88.485 1.371 LGA L 197 L 197 0.393 0 0.025 0.040 0.606 100.000 95.455 0.595 LGA I 198 I 198 0.141 0 0.090 0.098 0.417 100.000 100.000 0.231 LGA F 199 F 199 0.352 0 0.041 0.069 0.478 100.000 100.000 0.185 LGA N 200 N 200 0.456 0 0.026 0.859 2.054 100.000 83.864 1.662 LGA I 201 I 201 0.325 0 0.036 0.048 0.473 100.000 100.000 0.204 LGA F 202 F 202 0.384 0 0.000 0.086 0.737 90.909 90.083 0.691 LGA L 203 L 203 0.710 0 0.000 0.070 1.392 81.818 75.682 1.238 LGA N 204 N 204 0.501 0 0.040 0.050 1.349 90.909 80.227 1.234 LGA G 205 G 205 0.063 0 0.060 0.060 0.416 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.346 0 0.000 1.308 2.746 90.909 71.136 2.599 LGA N 207 N 207 0.922 0 0.070 0.179 1.216 81.818 73.636 1.216 LGA G 208 G 208 1.049 0 0.000 0.000 1.371 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.171 0 0.046 0.134 1.796 69.545 60.808 1.520 LGA D 210 D 210 1.101 0 0.078 0.234 1.152 69.545 75.909 0.497 LGA Y 211 Y 211 1.547 0 0.108 0.407 1.832 58.182 60.606 1.323 LGA S 212 S 212 2.277 0 0.692 0.743 6.009 36.364 25.152 6.009 LGA Y 213 Y 213 2.816 0 0.192 1.646 14.655 42.273 14.242 14.655 LGA A 215 A 215 0.863 0 0.196 0.210 1.870 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.438 0 0.020 0.194 0.590 100.000 93.182 0.590 LGA A 217 A 217 0.306 0 0.023 0.037 0.379 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.298 0 0.057 0.133 1.016 100.000 91.212 1.016 LGA H 219 H 219 0.265 0 0.025 0.055 0.337 100.000 100.000 0.337 LGA L 220 L 220 0.286 0 0.026 0.081 0.360 100.000 100.000 0.360 LGA T 221 T 221 0.148 0 0.028 0.029 0.198 100.000 100.000 0.163 LGA N 222 N 222 0.220 0 0.035 0.048 0.396 100.000 100.000 0.198 LGA L 223 L 223 0.490 0 0.049 0.084 0.913 100.000 90.909 0.909 LGA Q 224 Q 224 0.349 0 0.025 0.854 4.591 100.000 68.081 4.591 LGA I 225 I 225 0.247 0 0.056 0.105 0.327 100.000 100.000 0.156 LGA P 226 P 226 0.399 0 0.043 0.047 0.636 100.000 92.208 0.636 LGA T 227 T 227 0.509 0 0.029 0.224 0.585 90.909 87.013 0.556 LGA P 228 P 228 0.792 0 0.105 0.120 0.994 86.364 84.416 0.994 LGA S 229 S 229 0.506 0 0.105 0.111 0.908 86.364 84.848 0.908 LGA G 230 G 230 0.471 0 0.043 0.043 0.978 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.761 0 0.149 0.709 3.586 78.182 68.687 3.586 LGA K 232 K 232 0.770 0 0.238 0.849 4.819 73.636 52.525 4.819 LGA R 233 R 233 0.344 0 0.053 1.404 8.325 95.455 50.248 8.325 LGA W 234 W 234 0.512 0 0.081 0.120 0.612 95.455 89.610 0.458 LGA N 235 N 235 0.907 0 0.077 1.021 3.567 81.818 63.182 1.558 LGA Q 236 Q 236 0.515 0 0.041 0.961 3.408 86.364 73.131 1.220 LGA Y 237 Y 237 1.016 0 0.027 0.369 2.641 73.636 60.303 2.641 LGA T 238 T 238 0.813 0 0.030 0.228 1.074 81.818 79.481 1.074 LGA I 239 I 239 0.478 0 0.007 0.075 0.629 90.909 95.455 0.318 LGA K 240 K 240 0.800 0 0.064 0.612 4.667 81.818 60.808 4.667 LGA A 241 A 241 0.926 0 0.046 0.051 1.062 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.320 0 0.040 0.036 0.998 100.000 90.909 0.998 LGA L 243 L 243 0.261 0 0.041 0.136 0.538 95.455 97.727 0.308 LGA Q 244 Q 244 0.514 0 0.045 0.341 1.297 86.364 84.242 1.132 LGA N 245 N 245 0.588 0 0.000 0.073 0.683 86.364 84.091 0.683 LGA E 246 E 246 0.439 0 0.000 0.699 1.849 100.000 87.071 1.698 LGA V 247 V 247 0.280 0 0.034 0.106 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA Y 248 Y 248 0.293 0 0.000 0.133 0.981 100.000 93.939 0.981 LGA I 249 I 249 0.326 0 0.020 0.044 0.669 100.000 93.182 0.669 LGA G 250 G 250 0.165 0 0.018 0.018 0.255 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.454 0 0.048 0.077 0.538 95.455 94.805 0.417 LGA V 252 V 252 0.478 0 0.039 0.105 0.808 95.455 89.610 0.808 LGA K 253 K 253 0.460 0 0.026 0.219 0.765 90.909 91.919 0.342 LGA Y 254 Y 254 0.770 0 0.039 0.367 2.650 81.818 66.667 2.650 LGA K 255 K 255 0.493 0 0.071 0.645 3.195 90.909 67.475 2.721 LGA V 256 V 256 0.443 0 0.122 0.147 0.779 100.000 92.208 0.515 LGA R 257 R 257 0.689 0 0.082 1.091 4.585 81.818 58.347 3.526 LGA E 258 E 258 0.969 0 0.046 0.951 5.072 70.000 49.293 5.072 LGA K 259 K 259 1.514 0 0.014 0.140 2.592 54.545 45.657 2.592 LGA T 260 T 260 2.002 0 0.017 0.065 2.393 41.364 45.455 1.889 LGA K 261 K 261 3.233 0 0.051 0.906 10.239 20.455 10.505 10.239 LGA D 262 D 262 2.608 0 0.054 0.902 3.452 32.727 27.727 3.356 LGA G 263 G 263 1.881 0 0.073 0.073 2.023 51.364 51.364 - LGA K 264 K 264 0.921 0 0.000 0.474 2.298 69.545 77.576 2.298 LGA R 265 R 265 0.788 0 0.102 1.004 2.944 81.818 75.537 2.944 LGA T 266 T 266 0.745 0 0.051 0.196 1.091 77.727 77.143 0.615 LGA I 267 I 267 0.511 0 0.044 0.079 0.838 86.364 84.091 0.838 LGA R 268 R 268 0.555 0 0.000 0.923 2.663 81.818 68.264 1.845 LGA P 269 P 269 0.735 0 0.000 0.019 0.874 81.818 81.818 0.874 LGA E 270 E 270 0.651 0 0.000 0.854 3.564 81.818 63.030 2.918 LGA K 271 K 271 0.831 0 0.052 0.673 2.492 81.818 71.717 1.928 LGA E 272 E 272 0.552 0 0.094 0.150 1.259 81.818 76.364 1.225 LGA Q 273 Q 273 0.636 0 0.016 0.051 0.640 81.818 81.818 0.622 LGA I 274 I 274 0.534 0 0.044 0.085 0.843 86.364 84.091 0.843 LGA V 275 V 275 0.108 0 0.053 0.070 0.394 100.000 100.000 0.335 LGA V 276 V 276 0.427 0 0.000 0.034 0.528 100.000 97.403 0.528 LGA Q 277 Q 277 0.360 0 0.051 0.638 2.778 100.000 79.596 2.778 LGA D 278 D 278 0.209 0 0.036 0.187 0.890 100.000 97.727 0.890 LGA A 279 A 279 0.383 0 0.026 0.045 0.434 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.221 0 0.038 0.141 0.426 100.000 100.000 0.145 LGA A 281 A 281 0.189 0 0.000 0.000 0.296 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.202 0 0.003 0.018 0.503 95.455 97.403 0.484 LGA I 283 I 283 0.369 0 0.021 0.065 0.653 95.455 93.182 0.565 LGA I 284 I 284 0.516 0 0.014 0.071 0.675 86.364 93.182 0.430 LGA D 285 D 285 1.209 0 0.093 0.929 3.116 69.545 57.955 1.727 LGA K 286 K 286 1.220 0 0.039 0.261 1.403 65.455 65.455 1.075 LGA E 287 E 287 1.267 0 0.037 0.448 1.578 65.455 63.838 1.468 LGA Q 288 Q 288 0.888 0 0.000 0.557 2.236 77.727 65.051 1.229 LGA F 289 F 289 0.907 0 0.059 0.123 1.151 77.727 72.893 1.137 LGA Q 290 Q 290 1.182 0 0.000 1.199 2.828 65.455 59.798 2.828 LGA Q 291 Q 291 0.940 0 0.000 0.205 1.112 77.727 78.182 1.112 LGA S 292 S 292 0.824 0 0.046 0.693 2.946 81.818 72.727 2.946 LGA Q 293 Q 293 1.145 0 0.034 0.255 1.660 65.455 62.222 1.660 LGA V 294 V 294 1.189 0 0.009 0.043 1.399 69.545 67.792 1.153 LGA K 295 K 295 0.703 0 0.052 0.165 1.018 77.727 82.020 0.554 LGA I 296 I 296 1.038 0 0.027 0.065 1.506 65.909 67.727 1.001 LGA A 297 A 297 1.726 0 0.117 0.141 2.439 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.143 0 0.081 0.512 2.474 55.000 66.818 1.656 LGA K 299 K 299 3.262 0 0.280 0.983 13.834 36.364 16.364 13.834 LGA V 300 V 300 2.291 0 0.167 0.196 4.540 44.545 28.052 4.373 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.016 0.980 1.936 81.586 75.597 60.428 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.519 97.206 12.095 LGA_LOCAL RMSD: 1.016 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.016 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.016 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.214541 * X + -0.607651 * Y + -0.764678 * Z + 143.963089 Y_new = 0.001755 * X + 0.782667 * Y + -0.622438 * Z + 175.582275 Z_new = 0.976713 * X + -0.134881 * Y + -0.166848 * Z + 175.249573 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 3.133414 -1.354567 -2.461749 [DEG: 179.5314 -77.6109 -141.0478 ] ZXZ: -0.887584 1.738428 1.708025 [DEG: -50.8548 99.6046 97.8626 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS301_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS301_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.206 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS301_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.932 186.886 153.625 1.00 96.47 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.305 187.634 154.721 1.00 96.47 C ATOM 2722 C GLY 165 150.772 187.568 154.731 1.00 96.47 C ATOM 2723 O GLY 165 150.120 188.390 155.370 1.00 96.47 O ATOM 2724 N LYS 166 150.163 186.619 154.011 1.00 97.42 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.708 186.422 154.018 1.00 97.42 C ATOM 2728 C LYS 166 148.281 185.638 155.256 1.00 97.42 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.231 185.732 152.735 1.00 97.42 C ATOM 2732 O LYS 166 148.971 184.727 155.718 1.00 97.42 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.454 186.588 151.482 1.00 97.42 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.174 185.761 150.223 1.00 97.42 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.201 186.665 148.991 1.00 97.42 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.247 185.861 147.749 1.00 97.42 N ATOM 2746 N TRP 167 147.091 185.941 155.757 1.00 96.94 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.482 185.232 156.872 1.00 96.94 C ATOM 2750 C TRP 167 145.795 183.951 156.387 1.00 96.94 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.509 186.164 157.584 1.00 96.94 C ATOM 2754 O TRP 167 144.825 183.989 155.633 1.00 96.94 O ATOM 2755 CG TRP 167 144.955 185.581 158.842 1.00 96.94 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.737 185.011 158.999 1.00 96.94 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.620 185.476 160.133 1.00 96.94 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.733 184.833 161.045 1.00 96.94 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 146.890 185.862 160.617 1.00 96.94 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.599 184.573 160.304 1.00 96.94 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.354 184.994 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PRO 173 142.550 188.217 165.631 1.00 97.38 C ATOM 2839 C PRO 173 141.681 189.442 165.937 1.00 97.38 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.043 188.532 165.759 1.00 97.38 C ATOM 2843 O PRO 173 141.438 190.256 165.055 1.00 97.38 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.664 187.708 164.632 1.00 97.38 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.614 187.782 163.536 1.00 97.38 C ATOM 2850 N TYR 174 141.255 189.591 167.190 1.00 98.16 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.482 190.758 167.638 1.00 98.16 C ATOM 2854 C TYR 174 141.205 192.064 167.313 1.00 98.16 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.306 190.650 169.146 1.00 98.16 C ATOM 2858 O TYR 174 142.408 192.134 167.563 1.00 98.16 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.415 191.719 169.738 1.00 98.16 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 139.970 192.752 170.517 1.00 98.16 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.028 191.686 169.495 1.00 98.16 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.133 193.742 171.061 1.00 98.16 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.189 192.665 170.055 1.00 98.16 C ATOM 2868 OH TYR 174 136.938 194.647 171.380 1.00 98.16 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.741 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