####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS301_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS301_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.16 1.16 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.16 1.16 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.97 1.19 LCS_AVERAGE: 63.93 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 59 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 59 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 38 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 47 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 33 103 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 51 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 44 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 41 85 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 50 101 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 52 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 32 103 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 32 103 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 32 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 39 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 33 98 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 22 96 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 5 102 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 7 102 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 7 92 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 6 29 46 124 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 19 28 94 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 51 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 66 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290 Q 290 60 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 60 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 60 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 60 135 135 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 60 135 135 65 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 60 135 135 60 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 60 135 135 51 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 60 135 135 22 93 122 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 60 135 135 35 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 36 135 135 3 3 47 114 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 36 135 135 3 3 3 73 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.98 ( 63.93 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 66 104 123 126 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.89 77.04 91.11 93.33 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.57 0.74 0.80 0.94 1.10 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 GDT RMS_ALL_AT 1.65 1.33 1.23 1.21 1.18 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 1.16 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.841 0 0.003 0.003 0.934 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.945 0 0.040 0.102 2.068 81.818 66.465 2.068 LGA W 167 W 167 0.790 0 0.053 0.192 1.074 81.818 80.779 0.650 LGA I 168 I 168 0.908 0 0.156 0.707 4.539 70.000 51.136 4.539 LGA S 169 S 169 1.271 0 0.052 0.786 2.988 65.455 59.091 2.988 LGA G 170 G 170 1.429 0 0.000 0.000 1.429 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.473 0 0.028 1.270 5.139 61.818 47.045 1.742 LGA A 172 A 172 1.263 0 0.037 0.044 1.388 69.545 68.727 - LGA P 173 P 173 0.683 0 0.018 0.073 1.067 81.818 79.481 0.987 LGA Y 174 Y 174 0.723 0 0.048 0.141 1.188 81.818 76.364 1.188 LGA G 175 G 175 0.753 0 0.065 0.065 0.753 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.783 0 0.040 0.137 0.893 81.818 87.879 0.450 LGA Q 177 Q 177 1.106 0 0.050 0.403 1.624 69.545 65.657 1.284 LGA L 178 L 178 0.934 0 0.087 0.122 1.189 77.727 79.773 0.993 LGA N 179 N 179 0.853 0 0.186 0.683 4.474 73.636 46.818 4.474 LGA K 180 K 180 3.395 0 0.307 0.969 13.292 29.545 13.131 13.292 LGA K 181 K 181 1.709 0 0.343 0.971 8.347 74.545 36.364 8.347 LGA T 182 T 182 0.508 0 0.069 1.111 3.208 86.364 70.649 3.208 LGA S 183 S 183 1.216 0 0.150 0.134 1.554 69.545 65.758 1.496 LGA K 184 K 184 1.142 0 0.049 0.886 3.114 65.455 62.020 3.114 LGA L 185 L 185 0.787 0 0.066 0.074 0.817 81.818 84.091 0.411 LGA D 186 D 186 0.488 0 0.069 0.115 0.970 86.364 93.182 0.299 LGA P 187 P 187 0.744 0 0.020 0.050 1.573 70.000 75.065 0.658 LGA V 188 V 188 1.189 0 0.000 0.038 1.358 65.455 65.455 1.358 LGA E 189 E 189 1.302 0 0.023 0.304 2.449 65.455 60.808 2.449 LGA D 190 D 190 1.445 0 0.020 0.039 2.016 65.455 56.591 2.016 LGA E 191 E 191 1.015 0 0.047 0.159 1.715 78.182 69.495 1.715 LGA A 192 A 192 0.562 0 0.000 0.000 0.717 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.812 0 0.036 0.639 3.551 81.818 61.414 3.345 LGA V 194 V 194 0.701 0 0.039 0.038 0.944 90.909 87.013 0.737 LGA V 195 V 195 0.204 0 0.000 0.004 0.355 100.000 100.000 0.137 LGA Q 196 Q 196 0.437 0 0.023 0.234 1.560 100.000 81.212 1.560 LGA L 197 L 197 0.482 0 0.025 0.038 0.749 100.000 90.909 0.722 LGA I 198 I 198 0.179 0 0.091 0.096 0.423 100.000 100.000 0.334 LGA F 199 F 199 0.371 0 0.053 0.072 0.556 95.455 98.347 0.209 LGA N 200 N 200 0.551 0 0.022 0.866 2.004 90.909 77.045 1.809 LGA I 201 I 201 0.361 0 0.036 0.052 0.512 95.455 97.727 0.242 LGA F 202 F 202 0.405 0 0.000 0.023 0.924 90.909 86.777 0.924 LGA L 203 L 203 0.757 0 0.000 0.102 1.430 81.818 75.682 1.211 LGA N 204 N 204 0.647 0 0.045 0.060 1.543 90.909 78.409 1.385 LGA G 205 G 205 0.208 0 0.045 0.045 0.551 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.551 0 0.000 1.329 2.758 86.364 69.773 2.327 LGA N 207 N 207 1.050 0 0.067 0.175 1.395 69.545 67.500 1.395 LGA G 208 G 208 1.162 0 0.024 0.024 1.498 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.101 0 0.057 0.154 2.070 77.727 61.616 2.039 LGA D 210 D 210 1.001 0 0.091 0.246 1.085 69.545 78.182 0.392 LGA Y 211 Y 211 1.514 0 0.078 0.445 1.875 58.182 60.606 1.335 LGA S 212 S 212 2.226 0 0.695 0.762 6.110 39.545 27.273 6.110 LGA Y 213 Y 213 2.833 0 0.178 1.641 14.603 42.273 14.242 14.603 LGA A 215 A 215 0.784 0 0.189 0.203 1.725 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.410 0 0.012 0.192 0.568 100.000 93.182 0.568 LGA A 217 A 217 0.358 0 0.031 0.043 0.384 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.395 0 0.081 0.111 1.117 100.000 91.212 1.117 LGA H 219 H 219 0.341 0 0.024 0.050 0.380 100.000 100.000 0.370 LGA L 220 L 220 0.406 0 0.026 0.072 0.484 100.000 100.000 0.479 LGA T 221 T 221 0.249 0 0.020 0.022 0.305 100.000 100.000 0.236 LGA N 222 N 222 0.268 0 0.032 0.061 0.399 100.000 100.000 0.279 LGA L 223 L 223 0.537 0 0.046 0.087 0.974 86.364 84.091 0.974 LGA Q 224 Q 224 0.383 0 0.022 0.860 4.842 95.455 64.040 4.842 LGA I 225 I 225 0.279 0 0.056 0.105 0.390 100.000 100.000 0.274 LGA P 226 P 226 0.632 0 0.047 0.052 0.892 81.818 81.818 0.892 LGA T 227 T 227 0.791 0 0.030 0.205 0.896 81.818 81.818 0.840 LGA P 228 P 228 1.096 0 0.151 0.170 1.197 73.636 72.468 1.197 LGA S 229 S 229 0.941 0 0.098 0.102 1.022 77.727 79.091 0.714 LGA G 230 G 230 0.681 0 0.000 0.000 0.764 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.356 0 0.140 0.694 2.966 90.909 81.818 2.966 LGA K 232 K 232 0.395 0 0.244 0.851 3.920 90.909 68.081 3.920 LGA R 233 R 233 0.498 0 0.040 1.390 8.469 90.909 48.595 8.469 LGA W 234 W 234 0.707 0 0.066 0.124 0.754 81.818 81.818 0.586 LGA N 235 N 235 0.826 0 0.022 0.822 2.111 81.818 74.318 2.111 LGA Q 236 Q 236 0.459 0 0.040 0.934 3.669 90.909 74.343 1.068 LGA Y 237 Y 237 1.169 0 0.040 0.432 2.649 69.545 55.455 2.649 LGA T 238 T 238 0.982 0 0.033 0.247 1.228 81.818 79.481 1.228 LGA I 239 I 239 0.617 0 0.012 0.075 0.801 81.818 90.909 0.463 LGA K 240 K 240 0.939 0 0.058 0.602 4.855 81.818 56.162 4.855 LGA A 241 A 241 1.072 0 0.068 0.074 1.224 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.391 0 0.048 0.044 1.122 95.455 86.591 1.122 LGA L 243 L 243 0.252 0 0.058 0.140 0.653 95.455 97.727 0.298 LGA Q 244 Q 244 0.585 0 0.032 0.348 1.093 86.364 80.202 1.042 LGA N 245 N 245 0.680 0 0.000 0.068 0.796 81.818 81.818 0.796 LGA E 246 E 246 0.505 0 0.000 0.711 1.873 90.909 81.010 1.745 LGA V 247 V 247 0.313 0 0.052 0.122 0.508 95.455 97.403 0.468 LGA Y 248 Y 248 0.425 0 0.014 0.150 0.927 100.000 93.939 0.927 LGA I 249 I 249 0.401 0 0.050 0.063 0.754 100.000 90.909 0.731 LGA G 250 G 250 0.227 0 0.019 0.019 0.350 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.585 0 0.049 0.064 0.745 86.364 84.416 0.622 LGA V 252 V 252 0.605 0 0.035 0.108 0.971 81.818 81.818 0.971 LGA K 253 K 253 0.508 0 0.026 0.228 0.814 86.364 89.899 0.300 LGA Y 254 Y 254 0.816 0 0.041 0.367 2.843 81.818 63.333 2.843 LGA K 255 K 255 0.588 0 0.099 0.602 3.107 77.727 61.616 2.599 LGA V 256 V 256 0.592 0 0.134 0.162 1.039 86.364 82.078 0.713 LGA R 257 R 257 0.798 0 0.067 1.178 5.675 77.727 56.033 3.818 LGA E 258 E 258 1.231 0 0.034 0.940 5.189 62.273 44.040 5.189 LGA K 259 K 259 2.077 0 0.013 0.710 2.740 38.636 40.000 2.023 LGA T 260 T 260 2.824 0 0.017 0.065 3.331 25.455 27.792 2.722 LGA K 261 K 261 4.339 0 0.029 0.895 11.454 5.909 2.828 11.454 LGA D 262 D 262 3.744 0 0.069 0.916 4.431 14.545 11.364 4.431 LGA G 263 G 263 2.772 0 0.090 0.090 2.979 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.535 0 0.000 0.476 2.757 50.909 56.566 2.757 LGA R 265 R 265 0.968 0 0.105 1.026 3.514 77.727 65.289 3.514 LGA T 266 T 266 0.771 0 0.040 0.191 1.376 81.818 79.481 0.721 LGA I 267 I 267 0.420 0 0.037 0.078 0.489 100.000 100.000 0.470 LGA R 268 R 268 0.493 0 0.000 0.983 2.721 90.909 71.736 2.048 LGA P 269 P 269 0.648 0 0.000 0.003 0.719 81.818 81.818 0.700 LGA E 270 E 270 0.758 0 0.031 1.027 4.251 81.818 52.121 4.251 LGA K 271 K 271 0.824 0 0.063 0.741 4.610 81.818 57.576 4.610 LGA E 272 E 272 0.471 0 0.095 0.144 1.438 86.364 78.384 1.438 LGA Q 273 Q 273 0.758 0 0.024 0.058 0.945 81.818 81.818 0.945 LGA I 274 I 274 0.706 0 0.055 0.085 0.967 81.818 81.818 0.967 LGA V 275 V 275 0.273 0 0.053 0.072 0.460 100.000 100.000 0.460 LGA V 276 V 276 0.587 0 0.000 0.034 0.701 86.364 84.416 0.701 LGA Q 277 Q 277 0.492 0 0.058 0.640 2.673 95.455 72.323 2.673 LGA D 278 D 278 0.329 0 0.040 0.148 0.885 100.000 97.727 0.885 LGA A 279 A 279 0.565 0 0.028 0.046 0.626 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.286 0 0.037 0.158 0.486 100.000 100.000 0.114 LGA A 281 A 281 0.276 0 0.000 0.000 0.434 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.201 0 0.014 0.020 0.593 95.455 94.805 0.552 LGA I 283 I 283 0.380 0 0.028 0.072 0.676 95.455 93.182 0.618 LGA I 284 I 284 0.536 0 0.000 0.088 0.709 86.364 93.182 0.407 LGA D 285 D 285 1.251 0 0.094 0.926 3.120 69.545 56.136 1.803 LGA K 286 K 286 1.291 0 0.040 0.267 1.473 65.455 65.455 1.011 LGA E 287 E 287 1.351 0 0.038 0.448 1.641 65.455 62.222 1.599 LGA Q 288 Q 288 1.026 0 0.000 0.275 1.848 73.636 69.293 1.435 LGA F 289 F 289 1.057 0 0.073 0.131 1.257 65.455 65.455 1.224 LGA Q 290 Q 290 1.326 0 0.000 1.197 2.696 65.455 61.414 2.696 LGA Q 291 Q 291 1.082 0 0.000 0.202 1.237 69.545 67.273 1.237 LGA S 292 S 292 0.967 0 0.044 0.656 2.912 69.545 64.545 2.912 LGA Q 293 Q 293 1.293 0 0.034 0.210 1.685 65.455 60.606 1.685 LGA V 294 V 294 1.391 0 0.020 0.043 1.619 65.455 63.377 1.391 LGA K 295 K 295 0.869 0 0.067 0.159 1.164 73.636 78.182 0.532 LGA I 296 I 296 1.155 0 0.022 0.083 1.576 61.818 65.682 1.200 LGA A 297 A 297 1.813 0 0.116 0.140 2.443 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 0.975 0 0.052 0.561 1.970 62.273 70.455 1.891 LGA K 299 K 299 3.025 0 0.268 0.873 14.037 46.364 20.808 14.037 LGA V 300 V 300 2.510 0 0.184 0.206 4.975 41.818 25.195 4.900 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.159 1.119 2.041 78.646 72.674 58.105 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.16 92.593 96.767 10.723 LGA_LOCAL RMSD: 1.159 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.159 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.159 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.481412 * X + 0.871817 * Y + -0.090434 * Z + 137.374786 Y_new = -0.870162 * X + -0.487763 * Y + -0.070035 * Z + 174.413300 Z_new = -0.105168 * X + 0.044977 * Y + 0.993437 * Z + 175.540115 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.076126 0.105363 0.045243 [DEG: -118.9533 6.0369 2.5922 ] ZXZ: -0.911844 0.114633 -1.166669 [DEG: -52.2448 6.5680 -66.8452 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS301_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS301_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.16 96.767 1.16 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS301_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.751 186.880 153.677 1.00 96.88 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.149 187.592 154.808 1.00 96.88 C ATOM 2722 C GLY 165 150.618 187.523 154.843 1.00 96.88 C ATOM 2723 O GLY 165 149.974 188.354 155.478 1.00 96.88 O ATOM 2724 N LYS 166 150.001 186.563 154.141 1.00 97.55 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.543 186.371 154.161 1.00 97.55 C ATOM 2728 C LYS 166 148.118 185.582 155.395 1.00 97.55 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.051 185.692 152.877 1.00 97.55 C ATOM 2732 O LYS 166 148.826 184.695 155.876 1.00 97.55 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.274 186.567 151.637 1.00 97.55 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.958 185.769 150.370 1.00 97.55 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.955 186.696 149.157 1.00 97.55 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.897 185.915 147.903 1.00 97.55 N ATOM 2746 N TRP 167 146.909 185.851 155.872 1.00 97.39 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.322 185.131 156.995 1.00 97.39 C ATOM 2750 C TRP 167 145.713 183.801 156.528 1.00 97.39 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.294 186.028 157.673 1.00 97.39 C ATOM 2754 O TRP 167 144.741 183.777 155.776 1.00 97.39 O ATOM 2755 CG TRP 167 144.772 185.471 158.956 1.00 97.39 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.575 184.870 159.142 1.00 97.39 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.446 185.439 160.247 1.00 97.39 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.585 184.800 161.186 1.00 97.39 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 146.701 185.891 160.713 1.00 97.39 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.456 184.477 160.461 1.00 97.39 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.204 185.085 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PRO 173 142.537 188.320 165.700 1.00 97.63 C ATOM 2839 C PRO 173 141.648 189.538 165.973 1.00 97.63 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.025 188.670 165.807 1.00 97.63 C ATOM 2843 O PRO 173 141.377 190.313 165.064 1.00 97.63 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.658 187.923 164.634 1.00 97.63 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.565 187.903 163.579 1.00 97.63 C ATOM 2850 N TYR 174 141.225 189.715 167.224 1.00 98.35 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.449 190.887 167.645 1.00 98.35 C ATOM 2854 C TYR 174 141.158 192.186 167.263 1.00 98.35 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.300 190.828 169.159 1.00 98.35 C ATOM 2858 O TYR 174 142.375 192.248 167.387 1.00 98.35 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.368 191.873 169.732 1.00 98.35 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 139.890 192.949 170.469 1.00 98.35 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 137.981 191.781 169.509 1.00 98.35 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.028 193.933 170.984 1.00 98.35 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.112 192.738 170.061 1.00 98.35 C ATOM 2868 OH TYR 174 136.797 194.775 171.278 1.00 98.35 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.633 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