####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS301_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS301_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.96 1.02 LCS_AVERAGE: 98.41 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 62 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 52 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 52 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 43 106 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 37 106 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 37 106 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 52 106 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 62 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 62 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 50 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 33 81 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 62 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 56 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 37 106 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 37 106 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 48 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 61 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 62 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 59 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 61 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 61 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 62 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 52 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 14 91 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 28 106 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 128 135 135 3 6 9 115 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 27 72 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.47 ( 98.41 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 63 107 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 46.67 79.26 91.11 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.54 0.71 0.82 0.90 0.97 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.33 1.11 1.05 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.814 0 0.000 0.000 0.885 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.901 0 0.048 0.103 1.972 81.818 67.879 1.972 LGA W 167 W 167 0.719 0 0.054 0.176 1.073 81.818 83.247 0.635 LGA I 168 I 168 0.945 0 0.140 0.723 4.083 70.000 53.182 4.083 LGA S 169 S 169 1.213 0 0.081 0.797 3.450 65.455 57.576 3.450 LGA G 170 G 170 1.345 0 0.000 0.000 1.345 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.294 0 0.032 1.275 4.975 69.545 54.318 1.594 LGA A 172 A 172 1.099 0 0.037 0.042 1.215 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.598 0 0.000 0.058 0.880 81.818 81.818 0.763 LGA Y 174 Y 174 0.620 0 0.024 0.115 1.091 81.818 79.091 1.091 LGA G 175 G 175 0.637 0 0.058 0.058 0.637 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.657 0 0.038 0.108 0.750 81.818 89.394 0.259 LGA Q 177 Q 177 0.930 0 0.049 0.387 1.479 81.818 78.182 1.128 LGA L 178 L 178 0.794 0 0.090 0.127 1.016 77.727 79.773 0.932 LGA N 179 N 179 0.792 0 0.189 0.685 4.440 73.636 46.818 4.440 LGA K 180 K 180 3.622 0 0.296 0.963 13.371 23.636 10.505 13.371 LGA K 181 K 181 1.442 0 0.343 0.969 8.012 82.273 39.798 8.012 LGA T 182 T 182 0.456 0 0.065 1.108 3.234 82.273 68.312 3.234 LGA S 183 S 183 1.258 0 0.151 0.135 1.667 69.545 63.333 1.648 LGA K 184 K 184 1.116 0 0.056 0.894 3.083 69.545 63.838 3.083 LGA L 185 L 185 0.749 0 0.071 0.075 0.811 81.818 86.364 0.359 LGA D 186 D 186 0.438 0 0.064 0.114 0.857 86.364 93.182 0.380 LGA P 187 P 187 0.682 0 0.010 0.051 1.424 73.636 79.740 0.576 LGA V 188 V 188 1.067 0 0.012 0.039 1.198 69.545 67.792 1.198 LGA E 189 E 189 1.184 0 0.016 0.301 2.293 65.455 60.808 2.293 LGA D 190 D 190 1.321 0 0.023 0.044 1.902 69.545 60.227 1.902 LGA E 191 E 191 0.921 0 0.051 0.143 1.478 82.273 76.566 1.478 LGA A 192 A 192 0.500 0 0.000 0.000 0.647 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.717 0 0.038 0.649 3.453 81.818 64.040 3.218 LGA V 194 V 194 0.615 0 0.040 0.041 0.793 90.909 87.013 0.617 LGA V 195 V 195 0.214 0 0.000 0.000 0.329 100.000 100.000 0.191 LGA Q 196 Q 196 0.391 0 0.023 0.247 1.617 100.000 86.869 1.401 LGA L 197 L 197 0.415 0 0.029 0.043 0.637 100.000 93.182 0.605 LGA I 198 I 198 0.208 0 0.090 0.097 0.369 100.000 100.000 0.256 LGA F 199 F 199 0.346 0 0.050 0.070 0.458 100.000 100.000 0.174 LGA N 200 N 200 0.449 0 0.027 0.752 1.741 100.000 87.727 1.538 LGA I 201 I 201 0.285 0 0.044 0.057 0.441 100.000 100.000 0.203 LGA F 202 F 202 0.282 0 0.000 0.064 0.593 95.455 95.041 0.560 LGA L 203 L 203 0.598 0 0.000 0.096 1.211 86.364 80.000 1.065 LGA N 204 N 204 0.455 0 0.054 0.051 1.346 100.000 84.773 1.190 LGA G 205 G 205 0.103 0 0.054 0.054 0.442 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.465 0 0.017 1.340 2.725 90.909 70.682 2.591 LGA N 207 N 207 1.058 0 0.067 0.180 1.272 69.545 67.500 1.272 LGA G 208 G 208 1.222 0 0.062 0.062 1.586 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.205 0 0.059 0.195 2.107 69.545 57.980 2.107 LGA D 210 D 210 1.067 0 0.089 0.290 1.155 69.545 78.182 0.266 LGA Y 211 Y 211 1.553 0 0.125 0.408 1.903 58.182 60.606 1.359 LGA S 212 S 212 2.229 0 0.690 0.748 6.042 39.545 27.273 6.042 LGA Y 213 Y 213 2.881 0 0.189 1.655 14.753 42.273 14.242 14.753 LGA A 215 A 215 0.785 0 0.232 0.246 1.792 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.453 0 0.036 0.200 0.584 100.000 93.182 0.584 LGA A 217 A 217 0.353 0 0.041 0.051 0.443 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.290 0 0.064 0.132 1.039 100.000 91.212 1.039 LGA H 219 H 219 0.257 0 0.027 0.067 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA L 220 L 220 0.270 0 0.023 0.075 0.432 100.000 100.000 0.432 LGA T 221 T 221 0.198 0 0.026 0.033 0.383 100.000 100.000 0.259 LGA N 222 N 222 0.260 0 0.033 0.041 0.451 100.000 100.000 0.145 LGA L 223 L 223 0.490 0 0.046 0.084 0.929 100.000 90.909 0.900 LGA Q 224 Q 224 0.358 0 0.017 0.843 4.595 100.000 66.061 4.595 LGA I 225 I 225 0.119 0 0.058 0.108 0.321 100.000 100.000 0.213 LGA P 226 P 226 0.626 0 0.029 0.346 1.405 90.909 84.675 1.405 LGA T 227 T 227 0.702 0 0.042 0.171 0.771 81.818 81.818 0.636 LGA P 228 P 228 0.672 0 0.133 0.149 1.001 86.364 82.078 1.001 LGA S 229 S 229 0.393 0 0.083 0.097 1.252 95.455 88.182 1.252 LGA G 230 G 230 0.821 0 0.038 0.038 1.768 74.545 74.545 - LGA K 231 K 231 1.459 0 0.141 0.694 4.573 58.182 48.889 4.573 LGA K 232 K 232 1.656 0 0.233 0.857 6.945 54.545 31.717 6.945 LGA R 233 R 233 0.501 0 0.088 1.423 8.050 81.818 44.793 8.050 LGA W 234 W 234 0.653 0 0.059 0.107 0.842 81.818 81.818 0.708 LGA N 235 N 235 0.828 0 0.020 0.872 2.121 81.818 74.318 2.121 LGA Q 236 Q 236 0.622 0 0.039 0.874 3.501 81.818 72.121 0.945 LGA Y 237 Y 237 1.067 0 0.040 0.402 2.705 73.636 56.818 2.705 LGA T 238 T 238 0.834 0 0.030 0.235 0.951 81.818 81.818 0.951 LGA I 239 I 239 0.493 0 0.000 0.069 0.670 90.909 95.455 0.332 LGA K 240 K 240 0.794 0 0.061 0.591 4.594 81.818 58.990 4.594 LGA A 241 A 241 0.908 0 0.052 0.058 1.063 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.434 0 0.042 0.040 1.124 100.000 88.864 1.124 LGA L 243 L 243 0.277 0 0.034 0.141 0.553 95.455 97.727 0.265 LGA Q 244 Q 244 0.444 0 0.047 0.353 1.388 90.909 86.263 1.170 LGA N 245 N 245 0.513 0 0.000 0.069 0.615 90.909 86.364 0.615 LGA E 246 E 246 0.339 0 0.000 0.699 1.920 100.000 87.071 1.728 LGA V 247 V 247 0.148 0 0.032 0.102 0.344 100.000 100.000 0.344 LGA Y 248 Y 248 0.263 0 0.003 0.145 0.977 100.000 93.939 0.977 LGA I 249 I 249 0.274 0 0.026 0.048 0.584 100.000 95.455 0.579 LGA G 250 G 250 0.120 0 0.022 0.022 0.217 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.412 0 0.050 0.079 0.503 95.455 94.805 0.396 LGA V 252 V 252 0.455 0 0.046 0.112 0.847 95.455 89.610 0.847 LGA K 253 K 253 0.433 0 0.032 0.194 0.751 90.909 91.919 0.482 LGA Y 254 Y 254 0.721 0 0.037 0.391 2.875 81.818 63.333 2.875 LGA K 255 K 255 0.406 0 0.087 0.646 3.314 90.909 67.879 2.934 LGA V 256 V 256 0.463 0 0.133 0.158 0.840 100.000 92.208 0.617 LGA R 257 R 257 0.721 0 0.079 1.128 5.341 81.818 57.521 3.649 LGA E 258 E 258 0.890 0 0.038 0.960 4.934 73.636 51.111 4.934 LGA K 259 K 259 1.571 0 0.000 0.722 2.328 54.545 48.283 2.052 LGA T 260 T 260 1.900 0 0.016 0.061 2.314 44.545 49.351 1.680 LGA K 261 K 261 3.036 0 0.034 0.889 9.995 22.727 12.727 9.995 LGA D 262 D 262 2.282 0 0.070 0.897 3.385 44.545 35.000 3.153 LGA G 263 G 263 1.803 0 0.077 0.077 1.857 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 0.918 0 0.000 0.476 1.809 69.545 78.990 1.809 LGA R 265 R 265 0.743 0 0.104 1.019 3.325 81.818 68.760 3.325 LGA T 266 T 266 0.676 0 0.049 0.196 0.913 81.818 81.818 0.622 LGA I 267 I 267 0.373 0 0.045 0.081 0.618 95.455 95.455 0.618 LGA R 268 R 268 0.450 0 0.000 0.937 2.694 100.000 77.851 1.868 LGA P 269 P 269 0.556 0 0.000 0.015 0.712 90.909 87.013 0.712 LGA E 270 E 270 0.538 0 0.018 0.853 3.333 81.818 63.838 2.646 LGA K 271 K 271 0.639 0 0.046 0.707 2.941 81.818 64.444 2.737 LGA E 272 E 272 0.409 0 0.104 0.158 1.171 90.909 84.242 1.119 LGA Q 273 Q 273 0.587 0 0.019 0.044 0.688 81.818 81.818 0.688 LGA I 274 I 274 0.516 0 0.051 0.122 1.059 86.364 84.318 1.059 LGA V 275 V 275 0.134 0 0.040 0.050 0.291 100.000 100.000 0.291 LGA V 276 V 276 0.467 0 0.000 0.033 0.631 100.000 92.208 0.631 LGA Q 277 Q 277 0.366 0 0.056 0.644 2.909 100.000 76.364 2.909 LGA D 278 D 278 0.228 0 0.039 0.148 0.742 100.000 97.727 0.742 LGA A 279 A 279 0.451 0 0.026 0.046 0.508 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.299 0 0.037 0.152 0.448 100.000 100.000 0.163 LGA A 281 A 281 0.272 0 0.000 0.000 0.396 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.245 0 0.004 0.018 0.579 95.455 97.403 0.492 LGA I 283 I 283 0.460 0 0.033 0.069 0.729 90.909 88.636 0.680 LGA I 284 I 284 0.532 0 0.004 0.098 0.624 86.364 93.182 0.456 LGA D 285 D 285 1.133 0 0.100 0.903 3.040 69.545 59.773 1.752 LGA K 286 K 286 1.126 0 0.040 0.268 1.342 65.455 65.455 1.058 LGA E 287 E 287 1.123 0 0.042 0.439 1.436 65.455 67.273 1.436 LGA Q 288 Q 288 0.850 0 0.000 0.298 1.880 81.818 74.747 1.406 LGA F 289 F 289 0.847 0 0.039 0.138 1.180 81.818 75.868 1.142 LGA Q 290 Q 290 1.105 0 0.000 1.187 3.017 65.455 58.586 3.017 LGA Q 291 Q 291 0.877 0 0.000 0.179 1.066 81.818 80.000 1.066 LGA S 292 S 292 0.743 0 0.056 0.680 2.817 81.818 72.727 2.817 LGA Q 293 Q 293 1.052 0 0.040 0.252 1.596 69.545 65.657 1.596 LGA V 294 V 294 1.164 0 0.019 0.055 1.339 69.545 67.792 1.163 LGA K 295 K 295 0.657 0 0.054 0.159 1.004 77.727 88.081 0.448 LGA I 296 I 296 0.979 0 0.022 0.085 1.469 73.636 75.682 0.962 LGA A 297 A 297 1.701 0 0.127 0.152 2.480 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.140 0 0.058 0.492 2.384 55.000 66.818 1.721 LGA K 299 K 299 3.277 0 0.286 0.985 13.877 36.364 16.364 13.877 LGA V 300 V 300 2.169 0 0.153 0.169 4.440 44.545 28.571 4.089 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.015 0.982 1.951 81.579 75.371 59.465 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.704 97.196 12.104 LGA_LOCAL RMSD: 1.015 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.503036 * X + -0.465064 * Y + 0.728471 * Z + 145.399124 Y_new = -0.495341 * X + 0.535567 * Y + 0.683963 * Z + 176.685104 Z_new = -0.708231 * X + -0.704900 * Y + 0.039044 * Z + 170.709335 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.777691 0.786990 -1.515463 [DEG: -44.5584 45.0912 -86.8296 ] ZXZ: 2.324693 1.531742 -2.353837 [DEG: 133.1951 87.7624 -134.8649 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS301_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS301_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.196 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS301_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.798 186.903 153.691 1.00 97.52 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.175 187.613 154.813 1.00 97.52 C ATOM 2722 C GLY 165 150.644 187.522 154.830 1.00 97.52 C ATOM 2723 O GLY 165 149.983 188.342 155.462 1.00 97.52 O ATOM 2724 N LYS 166 150.047 186.559 154.118 1.00 98.07 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.595 186.338 154.143 1.00 98.07 C ATOM 2728 C LYS 166 148.193 185.576 155.401 1.00 98.07 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.115 185.606 152.885 1.00 98.07 C ATOM 2732 O LYS 166 148.897 184.681 155.870 1.00 98.07 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.302 186.443 151.616 1.00 98.07 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.997 185.598 150.377 1.00 98.07 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.968 186.502 149.145 1.00 98.07 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.988 185.699 147.904 1.00 98.07 N ATOM 2746 N TRP 167 147.006 185.877 155.909 1.00 97.62 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.427 185.187 157.051 1.00 97.62 C ATOM 2750 C TRP 167 145.741 183.889 156.609 1.00 97.62 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.470 186.127 157.771 1.00 97.62 C ATOM 2754 O TRP 167 144.741 183.903 155.894 1.00 97.62 O ATOM 2755 CG TRP 167 144.972 185.573 159.063 1.00 97.62 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.772 184.987 159.284 1.00 97.62 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.690 185.517 160.329 1.00 97.62 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.851 184.884 161.292 1.00 97.62 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 146.969 185.941 160.752 1.00 97.62 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.695 184.584 160.604 1.00 97.62 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.535 185.127 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PRO 173 142.682 188.299 165.759 1.00 97.78 C ATOM 2839 C PRO 173 141.792 189.512 166.047 1.00 97.78 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.170 188.640 165.878 1.00 97.78 C ATOM 2843 O PRO 173 141.551 190.317 165.156 1.00 97.78 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.797 187.799 164.767 1.00 97.78 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.746 187.848 163.669 1.00 97.78 C ATOM 2850 N TYR 174 141.341 189.661 167.291 1.00 98.26 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.547 190.821 167.716 1.00 98.26 C ATOM 2854 C TYR 174 141.266 192.131 167.398 1.00 98.26 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.335 190.717 169.221 1.00 98.26 C ATOM 2858 O TYR 174 142.465 192.212 167.662 1.00 98.26 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.417 191.778 169.785 1.00 98.26 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 139.953 192.874 170.484 1.00 98.26 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.025 191.675 169.595 1.00 98.26 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 139.094 193.858 171.003 1.00 98.26 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.163 192.645 170.136 1.00 98.26 C ATOM 2868 OH TYR 174 136.876 194.682 171.370 1.00 98.26 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.698 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