####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS301_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS301_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.05 1.05 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.05 1.05 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 131 165 - 296 0.99 1.05 LCS_AVERAGE: 96.87 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 131 135 135 62 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 131 135 135 62 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 131 135 135 12 107 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 131 135 135 5 26 72 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 131 135 135 62 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 131 135 135 62 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 131 135 135 28 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 131 135 135 3 3 3 83 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 131 135 135 51 109 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 131 135 135 58 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 131 135 135 27 109 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 131 135 135 27 109 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 131 135 135 39 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 131 135 135 58 109 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 131 135 135 30 109 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 131 135 135 39 109 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 131 135 135 39 107 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 131 135 135 18 109 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 131 135 135 30 97 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 131 135 135 3 23 36 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 131 135 135 3 8 34 65 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 131 135 135 48 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 131 135 135 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 131 135 135 62 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 131 135 135 64 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 131 135 135 56 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 128 135 135 17 95 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 128 135 135 39 109 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 3 34 68 123 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 33 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.96 ( 96.87 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 110 124 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 81.48 91.85 94.07 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.58 0.69 0.78 0.89 1.02 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 GDT RMS_ALL_AT 1.46 1.13 1.09 1.06 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 1.05 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.762 0 0.000 0.000 0.850 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.808 0 0.040 0.096 1.943 81.818 69.697 1.943 LGA W 167 W 167 0.608 0 0.038 0.223 1.117 81.818 83.247 0.739 LGA I 168 I 168 1.171 0 0.021 0.983 3.734 59.091 50.000 3.734 LGA S 169 S 169 2.177 0 0.133 0.486 5.770 48.182 33.030 5.770 LGA G 170 G 170 1.212 0 0.228 0.228 1.567 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 1.252 0 0.000 1.361 5.160 69.545 52.727 1.629 LGA A 172 A 172 1.127 0 0.043 0.056 1.262 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.643 0 0.023 0.094 1.131 81.818 77.143 1.106 LGA Y 174 Y 174 0.652 0 0.053 0.158 0.924 81.818 81.818 0.853 LGA G 175 G 175 0.730 0 0.078 0.078 0.730 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.786 0 0.041 0.135 0.879 81.818 87.879 0.425 LGA Q 177 Q 177 1.053 0 0.047 0.372 1.608 73.636 69.293 1.159 LGA L 178 L 178 0.841 0 0.087 0.123 1.119 77.727 79.773 0.914 LGA N 179 N 179 0.861 0 0.187 0.703 4.581 73.636 45.455 4.581 LGA K 180 K 180 3.521 0 0.306 0.969 13.328 26.364 11.717 13.328 LGA K 181 K 181 1.560 0 0.346 0.971 8.179 78.636 38.182 8.179 LGA T 182 T 182 0.421 0 0.062 1.109 3.141 90.909 73.247 3.141 LGA S 183 S 183 1.190 0 0.156 0.141 1.547 69.545 65.758 1.464 LGA K 184 K 184 1.115 0 0.053 0.891 3.114 65.455 62.020 3.114 LGA L 185 L 185 0.762 0 0.071 0.074 0.806 81.818 86.364 0.342 LGA D 186 D 186 0.506 0 0.067 0.111 0.931 81.818 90.909 0.436 LGA P 187 P 187 0.670 0 0.019 0.056 1.434 73.636 82.338 0.486 LGA V 188 V 188 1.045 0 0.000 0.044 1.191 69.545 67.792 1.180 LGA E 189 E 189 1.149 0 0.000 0.299 2.571 65.455 57.980 2.571 LGA D 190 D 190 1.341 0 0.011 0.034 1.894 65.455 58.182 1.894 LGA E 191 E 191 0.967 0 0.052 0.154 1.615 82.273 71.313 1.615 LGA A 192 A 192 0.509 0 0.000 0.000 0.669 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.687 0 0.033 0.654 3.435 81.818 65.859 3.259 LGA V 194 V 194 0.585 0 0.038 0.047 0.762 90.909 87.013 0.633 LGA V 195 V 195 0.158 0 0.000 0.005 0.330 100.000 100.000 0.153 LGA Q 196 Q 196 0.357 0 0.022 0.239 1.477 100.000 88.485 1.472 LGA L 197 L 197 0.389 0 0.013 0.032 0.597 100.000 95.455 0.594 LGA I 198 I 198 0.107 0 0.092 0.098 0.444 100.000 100.000 0.241 LGA F 199 F 199 0.329 0 0.051 0.063 0.514 95.455 98.347 0.196 LGA N 200 N 200 0.487 0 0.026 0.883 2.123 100.000 81.591 1.724 LGA I 201 I 201 0.366 0 0.033 0.044 0.527 95.455 97.727 0.220 LGA F 202 F 202 0.415 0 0.000 0.094 0.806 90.909 88.430 0.727 LGA L 203 L 203 0.720 0 0.000 0.101 1.327 81.818 77.727 1.095 LGA N 204 N 204 0.617 0 0.034 0.047 1.461 90.909 80.227 1.332 LGA G 205 G 205 0.177 0 0.051 0.051 0.446 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.358 0 0.000 0.204 0.609 90.909 90.909 0.533 LGA N 207 N 207 0.921 0 0.068 0.155 1.225 81.818 75.682 1.225 LGA G 208 G 208 0.965 0 0.011 0.011 1.140 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.028 0 0.047 0.132 2.086 77.727 63.030 2.086 LGA D 210 D 210 0.929 0 0.071 0.248 0.997 81.818 88.636 0.348 LGA Y 211 Y 211 1.403 0 0.112 0.430 1.791 65.455 63.030 1.219 LGA S 212 S 212 2.127 0 0.692 0.749 5.947 39.545 27.273 5.947 LGA Y 213 Y 213 2.922 0 0.188 1.637 14.718 38.636 13.030 14.718 LGA A 215 A 215 0.725 0 0.188 0.203 1.757 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.415 0 0.018 0.189 0.705 100.000 95.455 0.705 LGA A 217 A 217 0.268 0 0.030 0.043 0.361 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.313 0 0.081 0.122 1.183 100.000 91.212 1.183 LGA H 219 H 219 0.195 0 0.022 0.047 0.286 100.000 100.000 0.286 LGA L 220 L 220 0.246 0 0.022 0.089 0.383 100.000 100.000 0.383 LGA T 221 T 221 0.065 0 0.022 0.027 0.203 100.000 100.000 0.119 LGA N 222 N 222 0.237 0 0.031 0.056 0.463 100.000 100.000 0.182 LGA L 223 L 223 0.489 0 0.046 0.085 0.965 100.000 90.909 0.881 LGA Q 224 Q 224 0.368 0 0.021 0.855 4.596 100.000 68.081 4.596 LGA I 225 I 225 0.271 0 0.054 0.109 0.359 100.000 100.000 0.164 LGA P 226 P 226 0.441 0 0.040 0.042 0.728 95.455 89.610 0.728 LGA T 227 T 227 0.618 0 0.026 0.211 0.722 81.818 81.818 0.654 LGA P 228 P 228 0.932 0 0.142 0.163 1.061 81.818 77.143 1.058 LGA S 229 S 229 0.745 0 0.100 0.105 0.817 90.909 87.879 0.743 LGA G 230 G 230 0.472 0 0.000 0.000 0.563 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.393 0 0.143 0.691 2.935 90.909 81.818 2.935 LGA K 232 K 232 0.368 0 0.234 0.854 3.752 90.909 70.101 3.752 LGA R 233 R 233 0.470 0 0.028 1.377 8.418 90.909 48.595 8.418 LGA W 234 W 234 0.568 0 0.073 0.122 0.639 81.818 83.117 0.502 LGA N 235 N 235 0.796 0 0.068 1.019 3.827 81.818 65.227 1.623 LGA Q 236 Q 236 0.502 0 0.040 0.963 3.531 81.818 70.303 1.304 LGA Y 237 Y 237 1.157 0 0.027 0.373 2.808 69.545 54.242 2.808 LGA T 238 T 238 0.922 0 0.034 0.189 0.975 81.818 81.818 0.975 LGA I 239 I 239 0.588 0 0.013 0.065 0.755 81.818 90.909 0.338 LGA K 240 K 240 0.932 0 0.063 0.608 4.793 81.818 57.980 4.793 LGA A 241 A 241 1.050 0 0.068 0.073 1.187 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.384 0 0.048 0.045 1.053 95.455 86.591 1.053 LGA L 243 L 243 0.310 0 0.057 0.148 0.639 95.455 97.727 0.349 LGA Q 244 Q 244 0.581 0 0.035 0.337 1.194 81.818 78.182 1.150 LGA N 245 N 245 0.640 0 0.000 0.067 0.743 81.818 81.818 0.743 LGA E 246 E 246 0.420 0 0.000 0.714 1.920 100.000 87.071 1.797 LGA V 247 V 247 0.243 0 0.052 0.136 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA Y 248 Y 248 0.342 0 0.006 0.146 0.920 100.000 93.939 0.920 LGA I 249 I 249 0.303 0 0.044 0.062 0.632 100.000 95.455 0.614 LGA G 250 G 250 0.158 0 0.027 0.027 0.309 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.488 0 0.051 0.069 0.638 90.909 87.013 0.529 LGA V 252 V 252 0.484 0 0.040 0.108 0.743 95.455 92.208 0.743 LGA K 253 K 253 0.522 0 0.030 0.224 0.836 86.364 89.899 0.392 LGA Y 254 Y 254 0.858 0 0.043 0.370 2.780 81.818 61.970 2.780 LGA K 255 K 255 0.425 0 0.080 0.702 3.455 86.364 62.828 3.455 LGA V 256 V 256 0.500 0 0.134 0.157 0.945 90.909 87.013 0.686 LGA R 257 R 257 0.669 0 0.075 1.186 5.847 81.818 56.529 3.976 LGA E 258 E 258 0.943 0 0.044 0.942 4.875 70.000 49.495 4.875 LGA K 259 K 259 1.638 0 0.000 0.677 2.275 51.364 52.929 1.379 LGA T 260 T 260 2.252 0 0.016 0.062 2.658 35.909 38.701 2.129 LGA K 261 K 261 3.550 0 0.035 0.896 10.503 14.545 7.273 10.503 LGA D 262 D 262 2.957 0 0.073 0.916 3.733 25.000 20.909 3.729 LGA G 263 G 263 2.113 0 0.088 0.088 2.278 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.077 0 0.000 0.484 2.446 65.455 69.697 2.446 LGA R 265 R 265 0.679 0 0.096 0.989 3.359 81.818 66.281 3.359 LGA T 266 T 266 0.560 0 0.050 0.190 1.053 86.364 84.675 0.486 LGA I 267 I 267 0.243 0 0.035 0.079 0.362 100.000 100.000 0.338 LGA R 268 R 268 0.377 0 0.000 0.924 3.060 100.000 78.678 1.697 LGA P 269 P 269 0.492 0 0.000 0.009 0.550 100.000 94.805 0.532 LGA E 270 E 270 0.625 0 0.014 0.852 2.916 81.818 66.263 2.520 LGA K 271 K 271 0.617 0 0.062 0.739 4.775 90.909 58.384 4.775 LGA E 272 E 272 0.279 0 0.104 0.174 1.335 95.455 84.444 1.335 LGA Q 273 Q 273 0.596 0 0.013 0.048 0.848 86.364 83.838 0.848 LGA I 274 I 274 0.625 0 0.044 0.061 0.892 81.818 81.818 0.892 LGA V 275 V 275 0.184 0 0.046 0.060 0.299 100.000 100.000 0.285 LGA V 276 V 276 0.488 0 0.000 0.030 0.600 100.000 92.208 0.600 LGA Q 277 Q 277 0.407 0 0.056 0.636 2.667 100.000 77.576 2.667 LGA D 278 D 278 0.238 0 0.039 0.173 0.833 100.000 97.727 0.833 LGA A 279 A 279 0.439 0 0.023 0.043 0.475 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.290 0 0.036 0.160 0.459 100.000 100.000 0.157 LGA A 281 A 281 0.262 0 0.000 0.000 0.370 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.147 0 0.005 0.018 0.497 100.000 100.000 0.449 LGA I 283 I 283 0.357 0 0.031 0.072 0.662 95.455 93.182 0.604 LGA I 284 I 284 0.491 0 0.000 0.091 0.640 90.909 95.455 0.360 LGA D 285 D 285 1.147 0 0.089 0.931 3.243 69.545 57.955 1.774 LGA K 286 K 286 1.185 0 0.044 0.261 1.348 65.455 65.455 1.007 LGA E 287 E 287 1.254 0 0.036 0.426 1.656 65.455 63.838 1.373 LGA Q 288 Q 288 0.953 0 0.000 0.272 1.725 77.727 72.929 1.290 LGA F 289 F 289 0.966 0 0.069 0.123 1.161 73.636 71.405 1.104 LGA Q 290 Q 290 1.209 0 0.000 1.160 2.791 65.455 61.414 2.791 LGA Q 291 Q 291 1.001 0 0.000 0.191 1.173 73.636 70.909 1.173 LGA S 292 S 292 0.904 0 0.050 0.659 2.892 77.727 70.000 2.892 LGA Q 293 Q 293 1.179 0 0.035 0.205 1.551 65.455 63.838 1.551 LGA V 294 V 294 1.263 0 0.010 0.043 1.466 65.455 65.455 1.257 LGA K 295 K 295 0.796 0 0.068 0.157 1.090 77.727 84.040 0.488 LGA I 296 I 296 1.049 0 0.027 0.079 1.453 69.545 69.545 1.104 LGA A 297 A 297 1.676 0 0.125 0.150 2.338 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.898 0 0.087 0.562 2.164 59.091 68.864 1.848 LGA K 299 K 299 2.943 0 0.268 0.879 13.609 48.636 21.818 13.609 LGA V 300 V 300 2.289 0 0.173 0.200 4.441 44.545 28.571 4.395 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.045 1.004 1.968 81.394 75.255 60.290 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.05 93.889 97.274 11.786 LGA_LOCAL RMSD: 1.045 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.045 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.045 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.851115 * X + 0.306646 * Y + -0.426112 * Z + 143.979523 Y_new = -0.473027 * X + -0.800001 * Y + 0.369113 * Z + 178.533875 Z_new = -0.227703 * X + 0.515720 * Y + 0.825944 * Z + 173.966202 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.634328 0.229718 0.558168 [DEG: -150.9359 13.1619 31.9807 ] ZXZ: -2.284640 0.598921 -0.415783 [DEG: -130.9002 34.3156 -23.8226 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS301_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS301_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.05 97.274 1.05 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS301_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.858 186.941 153.613 1.00 97.31 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.239 187.676 154.720 1.00 97.31 C ATOM 2722 C GLY 165 150.706 187.621 154.723 1.00 97.31 C ATOM 2723 O GLY 165 150.057 188.440 155.367 1.00 97.31 O ATOM 2724 N LYS 166 150.094 186.680 153.994 1.00 97.84 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.641 186.475 154.033 1.00 97.84 C ATOM 2728 C LYS 166 148.249 185.746 155.312 1.00 97.84 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.144 185.724 152.792 1.00 97.84 C ATOM 2732 O LYS 166 148.969 184.877 155.807 1.00 97.84 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.307 186.552 151.513 1.00 97.84 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.000 185.692 150.284 1.00 97.84 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.946 186.571 149.035 1.00 97.84 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.011 185.745 147.810 1.00 97.84 N ATOM 2746 N TRP 167 147.065 186.054 155.823 1.00 97.51 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.498 185.369 156.972 1.00 97.51 C ATOM 2750 C TRP 167 145.860 184.043 156.552 1.00 97.51 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.504 186.278 157.682 1.00 97.51 C ATOM 2754 O TRP 167 144.976 183.992 155.701 1.00 97.51 O ATOM 2755 CG TRP 167 144.997 185.718 158.972 1.00 97.51 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.784 185.158 159.183 1.00 97.51 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.700 185.643 160.246 1.00 97.51 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.820 185.072 161.213 1.00 97.51 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 146.993 186.008 160.679 1.00 97.51 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.669 184.781 160.507 1.00 97.51 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.492 185.271 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PRO 173 142.572 188.282 165.665 1.00 97.72 C ATOM 2839 C PRO 173 141.644 189.470 165.946 1.00 97.72 C ATOM 2840 CB PRO 173 144.047 188.685 165.771 1.00 97.72 C ATOM 2843 O PRO 173 141.314 190.219 165.035 1.00 97.72 O ATOM 2844 CG PRO 173 144.702 188.050 164.547 1.00 97.72 C ATOM 2847 CD PRO 173 143.583 187.981 163.520 1.00 97.72 C ATOM 2850 N TYR 174 141.263 189.657 167.209 1.00 98.47 N ATOM 2852 CA TYR 174 140.483 190.821 167.642 1.00 98.47 C ATOM 2854 C TYR 174 141.166 192.126 167.232 1.00 98.47 C ATOM 2855 CB TYR 174 140.366 190.766 169.160 1.00 98.47 C ATOM 2858 O TYR 174 142.388 192.199 167.311 1.00 98.47 O ATOM 2859 CG TYR 174 139.391 191.764 169.746 1.00 98.47 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 139.864 192.823 170.541 1.00 98.47 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 138.011 191.635 169.493 1.00 98.47 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 138.954 193.741 171.094 1.00 98.47 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 137.098 192.538 170.066 1.00 98.47 C ATOM 2868 OH TYR 174 136.703 194.474 171.434 1.00 98.47 O ATOM 2870 CZ TYR 174 137.570 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