####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS298_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS298_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 57 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 49 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 65 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 63 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 62 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 66 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 38 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 92 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 19 99 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 62 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 108 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 37 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 60 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 67 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 65 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 63 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 62 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 25 99 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 25 91 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 17 96 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 96 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 17 82 123 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 31 53 125 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 13 37 53 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 45 109 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 64 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 63 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 60 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 24 95 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 56 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 53 103 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 114 126 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 84.44 93.33 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.56 0.70 0.76 0.85 0.88 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.09 0.97 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.935 0 0.037 0.037 1.033 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.919 0 0.082 0.280 1.966 77.727 69.495 1.966 LGA W 167 W 167 0.557 0 0.155 0.164 1.249 77.727 85.844 0.665 LGA I 168 I 168 0.486 0 0.122 0.128 2.054 86.818 69.091 2.054 LGA S 169 S 169 0.486 0 0.135 0.701 2.135 90.909 83.636 2.135 LGA G 170 G 170 0.680 0 0.000 0.000 0.837 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.747 0 0.084 1.252 4.563 77.727 62.273 1.214 LGA A 172 A 172 0.807 0 0.060 0.084 0.983 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.453 0 0.019 0.147 1.289 95.455 84.935 1.289 LGA Y 174 Y 174 0.378 0 0.040 0.137 1.006 100.000 88.030 1.006 LGA G 175 G 175 0.384 0 0.055 0.055 0.414 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.548 0 0.060 0.159 0.598 86.364 92.424 0.356 LGA Q 177 Q 177 0.852 0 0.062 0.148 1.105 86.364 82.020 0.723 LGA L 178 L 178 0.661 0 0.102 0.137 0.937 86.364 84.091 0.880 LGA N 179 N 179 0.932 0 0.175 0.717 4.725 70.000 43.636 4.725 LGA K 180 K 180 3.375 0 0.253 0.940 12.715 29.545 13.131 12.715 LGA K 181 K 181 1.668 0 0.367 0.982 8.525 74.545 36.364 8.525 LGA T 182 T 182 0.551 0 0.054 1.117 3.330 86.364 72.987 3.330 LGA S 183 S 183 1.142 0 0.134 0.123 1.623 69.545 63.333 1.594 LGA K 184 K 184 0.941 0 0.063 0.890 3.354 73.636 65.657 3.354 LGA L 185 L 185 0.605 0 0.067 0.085 0.647 81.818 90.909 0.437 LGA D 186 D 186 0.247 0 0.057 0.215 0.839 95.455 95.455 0.319 LGA P 187 P 187 0.517 0 0.000 0.000 1.022 82.273 84.675 0.595 LGA V 188 V 188 0.849 0 0.000 0.046 0.954 81.818 81.818 0.907 LGA E 189 E 189 0.926 0 0.000 0.191 1.557 81.818 74.747 1.557 LGA D 190 D 190 0.958 0 0.044 0.077 1.756 81.818 68.182 1.756 LGA E 191 E 191 0.573 0 0.048 0.140 0.709 90.909 87.879 0.585 LGA A 192 A 192 0.382 0 0.022 0.019 0.442 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.494 0 0.034 0.559 2.448 100.000 83.636 1.822 LGA V 194 V 194 0.397 0 0.052 0.053 0.587 100.000 97.403 0.446 LGA V 195 V 195 0.145 0 0.000 0.019 0.208 100.000 100.000 0.136 LGA Q 196 Q 196 0.277 0 0.028 0.216 1.380 100.000 90.303 1.086 LGA L 197 L 197 0.215 0 0.028 0.092 0.476 100.000 100.000 0.415 LGA I 198 I 198 0.149 0 0.107 0.113 0.358 100.000 100.000 0.256 LGA F 199 F 199 0.284 0 0.056 0.071 0.422 100.000 100.000 0.237 LGA N 200 N 200 0.313 0 0.032 0.584 1.225 100.000 91.364 1.225 LGA I 201 I 201 0.203 0 0.053 0.058 0.413 100.000 100.000 0.382 LGA F 202 F 202 0.166 0 0.053 0.085 0.472 100.000 100.000 0.472 LGA L 203 L 203 0.412 0 0.043 0.118 0.924 95.455 90.909 0.756 LGA N 204 N 204 0.227 0 0.058 0.070 1.062 95.455 88.864 0.823 LGA G 205 G 205 0.381 0 0.090 0.090 0.676 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.490 0 0.025 0.475 1.721 90.909 87.045 0.439 LGA N 207 N 207 1.311 0 0.089 0.405 2.034 61.818 58.409 1.534 LGA G 208 G 208 1.686 0 0.000 0.000 2.036 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.526 0 0.051 0.279 2.897 61.818 47.677 2.897 LGA D 210 D 210 1.422 0 0.060 0.826 2.109 65.455 60.227 2.109 LGA Y 211 Y 211 1.804 0 0.133 0.518 2.139 54.545 50.000 1.548 LGA S 212 S 212 2.394 0 0.684 0.732 6.136 34.545 23.939 6.136 LGA Y 213 Y 213 2.945 0 0.219 1.626 14.679 38.636 13.030 14.679 LGA A 215 A 215 1.062 0 0.208 0.222 2.007 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.465 0 0.022 0.200 0.538 95.455 95.455 0.437 LGA A 217 A 217 0.218 0 0.039 0.053 0.327 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.517 0 0.061 0.081 1.183 95.455 88.182 1.183 LGA H 219 H 219 0.410 0 0.017 0.119 0.689 100.000 92.727 0.689 LGA L 220 L 220 0.281 0 0.021 0.100 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA T 221 T 221 0.112 0 0.037 0.043 0.394 100.000 100.000 0.111 LGA N 222 N 222 0.280 0 0.038 0.067 0.533 95.455 97.727 0.122 LGA L 223 L 223 0.562 0 0.055 0.081 0.943 90.909 86.364 0.943 LGA Q 224 Q 224 0.565 0 0.071 0.752 4.082 77.727 56.566 3.881 LGA I 225 I 225 0.463 0 0.064 0.091 0.463 100.000 100.000 0.195 LGA P 226 P 226 0.531 0 0.041 0.047 0.717 90.909 87.013 0.666 LGA T 227 T 227 0.197 0 0.025 0.253 0.727 100.000 97.403 0.378 LGA P 228 P 228 0.584 0 0.270 0.289 0.890 86.364 84.416 0.890 LGA S 229 S 229 0.572 0 0.140 0.130 0.915 81.818 81.818 0.708 LGA G 230 G 230 0.699 0 0.000 0.000 0.869 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.640 0 0.161 0.698 2.682 82.273 75.960 2.682 LGA K 232 K 232 0.392 0 0.163 0.838 2.786 95.455 77.576 2.786 LGA R 233 R 233 0.323 0 0.029 1.308 7.616 100.000 51.901 7.616 LGA W 234 W 234 0.210 0 0.109 0.166 0.406 100.000 100.000 0.219 LGA N 235 N 235 0.824 0 0.000 0.757 2.227 81.818 76.364 2.227 LGA Q 236 Q 236 0.656 0 0.038 0.772 3.242 86.364 76.970 0.760 LGA Y 237 Y 237 0.511 0 0.047 0.421 1.929 90.909 76.970 1.929 LGA T 238 T 238 0.380 0 0.010 0.280 0.967 100.000 94.805 0.967 LGA I 239 I 239 0.252 0 0.014 0.101 0.339 100.000 100.000 0.285 LGA K 240 K 240 0.408 0 0.080 0.504 3.263 95.455 74.545 3.263 LGA A 241 A 241 0.576 0 0.104 0.111 0.934 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.261 0 0.052 0.064 0.927 100.000 90.909 0.927 LGA L 243 L 243 0.199 0 0.009 0.140 0.482 100.000 100.000 0.142 LGA Q 244 Q 244 0.355 0 0.119 0.471 1.911 86.818 79.394 1.704 LGA N 245 N 245 0.402 0 0.000 0.146 0.726 100.000 95.455 0.726 LGA E 246 E 246 0.296 0 0.000 0.379 1.114 100.000 92.121 1.114 LGA V 247 V 247 0.139 0 0.080 0.175 0.454 100.000 100.000 0.303 LGA Y 248 Y 248 0.379 0 0.059 0.138 0.820 100.000 93.939 0.820 LGA I 249 I 249 0.427 0 0.021 0.042 0.568 95.455 93.182 0.568 LGA G 250 G 250 0.145 0 0.050 0.050 0.521 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.400 0 0.051 0.096 0.482 100.000 100.000 0.382 LGA V 252 V 252 0.379 0 0.081 0.113 0.775 95.455 97.403 0.470 LGA K 253 K 253 0.372 0 0.074 0.153 1.001 95.455 88.081 1.001 LGA Y 254 Y 254 0.605 0 0.058 0.365 2.840 90.909 68.788 2.840 LGA K 255 K 255 0.728 0 0.250 0.588 2.023 74.091 71.919 0.156 LGA V 256 V 256 0.708 0 0.071 0.104 0.713 81.818 81.818 0.656 LGA R 257 R 257 0.628 0 0.074 1.212 5.757 81.818 57.686 4.326 LGA E 258 E 258 0.737 0 0.030 1.038 5.068 73.636 50.909 5.068 LGA K 259 K 259 1.109 0 0.014 0.106 1.426 65.455 65.455 1.426 LGA T 260 T 260 1.371 0 0.021 0.072 1.646 65.455 61.299 1.529 LGA K 261 K 261 1.367 0 0.083 0.853 5.752 65.455 44.444 5.752 LGA D 262 D 262 1.762 0 0.038 0.658 3.639 50.909 38.864 3.639 LGA G 263 G 263 1.408 0 0.129 0.129 1.483 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.350 0 0.041 0.504 2.205 61.818 59.192 2.205 LGA R 265 R 265 1.008 0 0.083 0.979 3.120 73.636 59.504 3.120 LGA T 266 T 266 1.166 0 0.050 0.191 1.523 69.545 65.714 1.136 LGA I 267 I 267 0.896 0 0.077 0.124 1.243 77.727 77.727 1.189 LGA R 268 R 268 0.892 0 0.000 0.962 2.245 81.818 65.620 2.185 LGA P 269 P 269 1.123 0 0.000 0.029 1.240 73.636 70.130 1.236 LGA E 270 E 270 0.942 0 0.020 0.945 3.790 77.727 62.424 2.410 LGA K 271 K 271 0.939 0 0.080 0.752 3.253 77.727 62.222 3.129 LGA E 272 E 272 0.904 0 0.120 0.189 1.871 81.818 67.879 1.625 LGA Q 273 Q 273 0.898 0 0.065 0.151 1.195 77.727 80.000 0.982 LGA I 274 I 274 0.627 0 0.075 0.120 0.991 81.818 81.818 0.991 LGA V 275 V 275 0.318 0 0.044 0.047 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA V 276 V 276 0.339 0 0.000 0.024 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA Q 277 Q 277 0.267 0 0.056 0.844 4.162 95.455 72.525 4.162 LGA D 278 D 278 0.192 0 0.042 0.098 0.619 100.000 97.727 0.619 LGA A 279 A 279 0.341 0 0.032 0.047 0.399 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.164 0 0.043 0.199 0.520 100.000 98.182 0.399 LGA A 281 A 281 0.343 0 0.000 0.000 0.524 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.215 0 0.030 0.043 0.528 100.000 97.403 0.528 LGA I 283 I 283 0.403 0 0.023 0.068 0.565 95.455 95.455 0.429 LGA I 284 I 284 0.436 0 0.015 0.125 0.540 90.909 95.455 0.272 LGA D 285 D 285 1.024 0 0.113 1.005 3.570 73.636 59.091 1.613 LGA K 286 K 286 0.977 0 0.048 0.305 1.114 73.636 72.727 1.066 LGA E 287 E 287 1.017 0 0.047 0.528 1.807 77.727 69.293 1.807 LGA Q 288 Q 288 0.749 0 0.000 0.434 1.912 81.818 78.384 0.576 LGA F 289 F 289 0.719 0 0.040 0.130 0.945 81.818 81.818 0.923 LGA Q 290 Q 290 0.980 0 0.025 1.120 3.049 81.818 67.475 3.049 LGA Q 291 Q 291 0.750 0 0.000 0.270 1.070 81.818 80.000 1.070 LGA S 292 S 292 0.576 0 0.067 0.681 2.503 81.818 72.727 2.503 LGA Q 293 Q 293 0.922 0 0.039 0.198 1.174 73.636 69.091 1.174 LGA V 294 V 294 1.089 0 0.016 0.059 1.217 69.545 67.792 1.062 LGA K 295 K 295 0.707 0 0.110 0.204 1.394 77.727 90.101 0.483 LGA I 296 I 296 0.996 0 0.039 0.063 1.469 73.636 75.682 0.595 LGA A 297 A 297 1.633 0 0.148 0.174 2.462 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.904 0 0.037 0.190 1.833 62.273 68.409 1.622 LGA K 299 K 299 3.243 0 0.348 1.051 13.913 40.000 17.980 13.913 LGA V 300 V 300 2.285 0 0.108 0.118 4.318 44.545 28.571 4.297 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.930 0.901 1.838 84.266 78.173 63.209 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.185 97.872 13.112 LGA_LOCAL RMSD: 0.930 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.930 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.930 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.705627 * X + -0.365838 * Y + -0.606838 * Z + 155.899628 Y_new = 0.478818 * X + 0.877475 * Y + 0.027772 * Z + 153.257324 Z_new = 0.522325 * X + -0.310161 * Y + 0.794340 * Z + 141.086044 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.596198 -0.549576 -0.372259 [DEG: 34.1596 -31.4884 -21.3289 ] ZXZ: -1.616529 0.652876 2.106651 [DEG: -92.6203 37.4070 120.7022 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS298_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS298_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.872 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS298_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.828 187.079 153.657 1.00 86.94 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.063 187.732 154.725 1.00 86.94 C ATOM 2722 C GLY 165 150.541 187.545 154.646 1.00 86.94 C ATOM 2723 O GLY 165 149.817 188.228 155.364 1.00 86.94 O ATOM 2724 N LYS 166 150.020 186.640 153.801 1.00 88.25 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.580 186.326 153.760 1.00 88.25 C ATOM 2728 C LYS 166 148.191 185.438 154.956 1.00 88.25 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.148 185.705 152.413 1.00 88.25 C ATOM 2732 O LYS 166 148.876 184.463 155.279 1.00 88.25 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.559 186.493 151.147 1.00 88.25 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.819 186.009 149.875 1.00 88.25 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.579 186.337 148.576 1.00 88.25 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.022 185.626 147.391 1.00 88.25 N ATOM 2746 N TRP 167 147.059 185.726 155.595 1.00 90.06 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.552 185.013 156.769 1.00 90.06 C ATOM 2750 C TRP 167 145.859 183.695 156.376 1.00 90.06 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.651 185.950 157.575 1.00 90.06 C ATOM 2754 O TRP 167 144.668 183.631 156.080 1.00 90.06 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.198 185.404 158.895 1.00 90.06 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.007 184.810 159.143 1.00 90.06 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.912 185.415 160.169 1.00 90.06 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.082 184.808 161.157 1.00 90.06 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.169 185.897 160.595 1.00 90.06 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.935 184.464 160.479 1.00 90.06 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.731 185.174 162.890 1.00 90.06 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.472 184.685 162.498 1.00 90.06 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.575 185.779 161.940 1.00 90.06 C ATOM 2770 N ILE 168 146.638 182.610 156.356 1.00 82.12 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.240 181.297 155.811 1.00 82.12 C ATOM 2774 C ILE 168 145.126 180.571 156.586 1.00 82.12 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.494 180.383 155.790 1.00 82.12 C ATOM 2777 O ILE 168 144.434 179.722 156.013 1.00 82.12 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.638 180.917 154.911 1.00 82.12 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.202 178.933 155.356 1.00 82.12 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.300 181.064 153.427 1.00 82.12 C ATOM 2789 N SER 169 145.066 180.724 157.912 1.00 75.56 N ATOM 2791 CA SER 169 144.480 179.688 158.775 1.00 75.56 C ATOM 2793 C SER 169 144.034 180.199 160.139 1.00 75.56 C ATOM 2794 CB SER 169 145.531 178.594 158.999 1.00 75.56 C ATOM 2797 O SER 169 144.857 180.646 160.929 1.00 75.56 O ATOM 2798 OG SER 169 145.065 177.555 159.837 1.00 75.56 O ATOM 2800 N GLY 170 142.768 179.944 160.465 1.00 77.56 N ATOM 2802 CA GLY 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