####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS294_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS294_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 62 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 44 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 52 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 76 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 62 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 52 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 48 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 27 42 54 108 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 71 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 75 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 75 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 48 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 32 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 90 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 20 48 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 38 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 70 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 68 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 50 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 8 97 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 84.44 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.63 0.71 0.74 0.83 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.91 0.90 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.718 0 0.023 0.023 0.835 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.758 0 0.056 0.190 1.666 81.818 74.747 1.666 LGA W 167 W 167 0.570 0 0.039 0.116 0.765 81.818 87.013 0.626 LGA I 168 I 168 1.001 0 0.090 0.814 3.271 65.909 57.955 3.271 LGA S 169 S 169 1.480 0 0.046 0.108 3.647 65.909 50.303 3.647 LGA G 170 G 170 1.047 0 0.236 0.236 1.195 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.909 0 0.000 1.344 4.526 86.364 66.136 1.061 LGA A 172 A 172 0.478 0 0.044 0.051 0.612 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.409 0 0.014 0.069 0.875 100.000 92.208 0.875 LGA Y 174 Y 174 0.438 0 0.043 0.180 0.887 95.455 86.364 0.887 LGA G 175 G 175 0.235 0 0.057 0.057 0.276 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.227 0 0.027 0.144 0.349 100.000 100.000 0.134 LGA Q 177 Q 177 0.509 0 0.057 0.271 0.994 90.909 89.899 0.687 LGA L 178 L 178 0.466 0 0.074 0.094 0.898 90.909 90.909 0.898 LGA N 179 N 179 0.970 0 0.177 0.630 4.460 70.000 44.091 4.460 LGA K 180 K 180 3.875 0 0.288 0.969 13.626 20.455 9.091 13.626 LGA K 181 K 181 1.319 0 0.368 0.998 7.935 82.273 41.616 7.935 LGA T 182 T 182 0.579 0 0.057 1.107 3.396 77.727 68.052 3.396 LGA S 183 S 183 0.999 0 0.127 0.115 1.353 73.636 70.909 1.263 LGA K 184 K 184 1.006 0 0.062 0.828 2.546 69.545 66.667 2.546 LGA L 185 L 185 0.510 0 0.060 0.074 0.575 90.909 95.455 0.449 LGA D 186 D 186 0.106 0 0.057 0.098 0.506 100.000 97.727 0.417 LGA P 187 P 187 0.531 0 0.000 0.353 1.223 82.273 84.675 0.624 LGA V 188 V 188 0.749 0 0.014 0.035 0.824 81.818 81.818 0.824 LGA E 189 E 189 0.756 0 0.016 0.321 1.673 81.818 78.384 1.673 LGA D 190 D 190 0.695 0 0.033 0.059 0.948 86.364 84.091 0.948 LGA E 191 E 191 0.490 0 0.035 0.064 0.850 95.455 87.879 0.850 LGA A 192 A 192 0.334 0 0.000 0.000 0.435 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.321 0 0.013 0.650 2.797 100.000 83.838 2.520 LGA V 194 V 194 0.286 0 0.028 0.042 0.334 100.000 100.000 0.321 LGA V 195 V 195 0.081 0 0.000 0.000 0.189 100.000 100.000 0.122 LGA Q 196 Q 196 0.227 0 0.022 0.274 1.494 100.000 88.485 1.210 LGA L 197 L 197 0.222 0 0.024 0.061 0.343 100.000 100.000 0.341 LGA I 198 I 198 0.187 0 0.088 0.097 0.350 100.000 100.000 0.257 LGA F 199 F 199 0.260 0 0.038 0.078 0.345 100.000 100.000 0.081 LGA N 200 N 200 0.299 0 0.039 0.887 2.991 100.000 84.318 2.991 LGA I 201 I 201 0.142 0 0.034 0.047 0.225 100.000 100.000 0.042 LGA F 202 F 202 0.155 0 0.000 0.042 0.392 100.000 100.000 0.392 LGA L 203 L 203 0.421 0 0.015 0.054 0.862 95.455 88.636 0.799 LGA N 204 N 204 0.243 0 0.027 0.096 1.150 100.000 91.136 0.892 LGA G 205 G 205 0.340 0 0.045 0.045 0.376 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.457 0 0.000 0.137 0.766 90.909 93.182 0.157 LGA N 207 N 207 1.057 0 0.058 0.265 1.652 69.545 65.682 1.235 LGA G 208 G 208 1.263 0 0.000 0.000 1.592 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.343 0 0.054 0.196 1.657 65.455 58.990 1.607 LGA D 210 D 210 1.287 0 0.064 0.643 1.380 69.545 69.545 1.314 LGA Y 211 Y 211 1.664 0 0.132 0.413 1.903 54.545 56.970 1.414 LGA S 212 S 212 2.170 0 0.690 0.752 5.814 39.545 28.182 5.814 LGA Y 213 Y 213 2.987 0 0.163 1.633 14.980 38.636 13.030 14.980 LGA A 215 A 215 0.900 0 0.215 0.230 1.988 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.336 0 0.029 0.181 0.551 100.000 95.455 0.551 LGA A 217 A 217 0.212 0 0.038 0.050 0.326 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.445 0 0.056 0.091 1.214 100.000 91.212 1.214 LGA H 219 H 219 0.128 0 0.027 0.042 0.297 100.000 100.000 0.297 LGA L 220 L 220 0.230 0 0.023 0.086 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA T 221 T 221 0.358 0 0.019 0.037 0.532 95.455 97.403 0.401 LGA N 222 N 222 0.438 0 0.022 0.030 0.634 90.909 95.455 0.408 LGA L 223 L 223 0.528 0 0.044 0.054 0.824 95.455 88.636 0.627 LGA Q 224 Q 224 0.626 0 0.025 0.828 4.155 81.818 62.222 4.155 LGA I 225 I 225 0.681 0 0.057 0.140 0.711 81.818 86.364 0.332 LGA P 226 P 226 0.741 0 0.069 0.073 0.915 81.818 81.818 0.877 LGA T 227 T 227 0.164 0 0.029 0.157 0.572 100.000 97.403 0.297 LGA P 228 P 228 0.715 0 0.082 0.085 0.906 81.818 81.818 0.906 LGA S 229 S 229 0.643 0 0.131 0.125 1.198 86.364 79.394 1.198 LGA G 230 G 230 0.418 0 0.073 0.073 1.054 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.814 0 0.109 0.687 3.392 78.182 67.677 3.392 LGA K 232 K 232 0.853 0 0.162 0.860 4.122 77.727 56.566 4.122 LGA R 233 R 233 0.584 0 0.038 1.367 7.931 86.364 46.942 7.931 LGA W 234 W 234 0.253 0 0.060 0.110 0.595 100.000 97.403 0.395 LGA N 235 N 235 0.658 0 0.024 0.869 2.142 81.818 74.318 2.142 LGA Q 236 Q 236 0.620 0 0.036 0.889 3.542 81.818 72.121 0.700 LGA Y 237 Y 237 0.695 0 0.034 0.378 2.183 86.364 70.455 2.183 LGA T 238 T 238 0.458 0 0.025 0.287 0.822 100.000 94.805 0.822 LGA I 239 I 239 0.308 0 0.000 0.085 0.425 100.000 100.000 0.285 LGA K 240 K 240 0.473 0 0.063 0.585 3.955 95.455 72.323 3.955 LGA A 241 A 241 0.514 0 0.059 0.063 0.646 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.414 0 0.046 0.061 0.903 95.455 88.636 0.903 LGA L 243 L 243 0.276 0 0.012 0.126 0.507 95.455 97.727 0.183 LGA Q 244 Q 244 0.264 0 0.000 0.309 1.402 95.455 88.283 1.402 LGA N 245 N 245 0.365 0 0.000 0.094 0.650 100.000 93.182 0.650 LGA E 246 E 246 0.347 0 0.000 0.622 1.938 100.000 87.071 1.522 LGA V 247 V 247 0.214 0 0.020 0.065 0.247 100.000 100.000 0.135 LGA Y 248 Y 248 0.329 0 0.000 0.101 1.023 100.000 88.030 1.023 LGA I 249 I 249 0.290 0 0.069 0.096 0.432 100.000 100.000 0.372 LGA G 250 G 250 0.229 0 0.042 0.042 0.297 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.165 0 0.042 0.054 0.352 100.000 100.000 0.352 LGA V 252 V 252 0.244 0 0.047 0.115 0.670 100.000 97.403 0.670 LGA K 253 K 253 0.347 0 0.000 0.139 0.503 100.000 95.960 0.503 LGA Y 254 Y 254 0.533 0 0.043 0.351 2.529 90.909 73.788 2.529 LGA K 255 K 255 0.695 0 0.063 0.126 0.792 81.818 83.838 0.792 LGA V 256 V 256 0.748 0 0.085 0.097 0.886 81.818 81.818 0.886 LGA R 257 R 257 1.056 0 0.085 1.116 6.457 65.455 42.975 4.143 LGA E 258 E 258 0.925 0 0.040 0.960 4.214 73.636 54.747 4.214 LGA K 259 K 259 1.423 0 0.013 0.213 1.983 65.455 57.374 1.891 LGA T 260 T 260 1.220 0 0.019 0.116 1.682 58.182 61.299 1.068 LGA K 261 K 261 2.037 0 0.016 0.884 8.136 41.364 25.657 8.136 LGA D 262 D 262 1.725 0 0.070 0.546 2.561 50.909 43.409 2.561 LGA G 263 G 263 1.821 0 0.116 0.116 2.174 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.318 0 0.000 0.463 1.641 65.455 63.838 1.145 LGA R 265 R 265 1.386 0 0.087 1.015 3.511 65.455 54.050 3.511 LGA T 266 T 266 1.012 0 0.000 0.114 1.123 69.545 74.805 0.932 LGA I 267 I 267 0.839 0 0.030 0.084 0.968 81.818 81.818 0.929 LGA R 268 R 268 0.454 0 0.003 0.971 2.568 95.455 79.504 2.568 LGA P 269 P 269 0.393 0 0.000 0.000 0.393 100.000 100.000 0.357 LGA E 270 E 270 0.484 0 0.000 0.885 3.189 100.000 74.545 2.431 LGA K 271 K 271 0.399 0 0.044 0.653 3.924 100.000 67.879 3.564 LGA E 272 E 272 0.127 0 0.055 0.095 0.930 100.000 93.939 0.930 LGA Q 273 Q 273 0.237 0 0.023 0.074 0.836 100.000 93.939 0.782 LGA I 274 I 274 0.225 0 0.052 0.071 0.405 100.000 100.000 0.405 LGA V 275 V 275 0.077 0 0.014 0.018 0.342 100.000 100.000 0.342 LGA V 276 V 276 0.270 0 0.000 0.046 0.512 100.000 97.403 0.472 LGA Q 277 Q 277 0.256 0 0.049 0.632 3.064 100.000 75.960 3.064 LGA D 278 D 278 0.252 0 0.024 0.150 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA A 279 A 279 0.309 0 0.019 0.048 0.354 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.212 0 0.037 0.253 0.661 100.000 92.727 0.661 LGA A 281 A 281 0.283 0 0.000 0.000 0.368 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.331 0 0.026 0.031 0.508 95.455 94.805 0.508 LGA I 283 I 283 0.490 0 0.046 0.078 0.783 90.909 88.636 0.546 LGA I 284 I 284 0.448 0 0.009 0.062 0.472 100.000 100.000 0.331 LGA D 285 D 285 0.586 0 0.021 0.219 1.068 81.818 82.045 1.068 LGA K 286 K 286 0.546 0 0.011 0.272 1.348 81.818 80.000 1.348 LGA E 287 E 287 0.663 0 0.034 0.197 1.090 81.818 82.020 0.399 LGA Q 288 Q 288 0.508 0 0.000 0.489 1.324 90.909 80.404 1.003 LGA F 289 F 289 0.279 0 0.037 0.128 0.631 100.000 95.041 0.598 LGA Q 290 Q 290 0.411 0 0.007 0.335 2.013 100.000 85.253 0.686 LGA Q 291 Q 291 0.318 0 0.000 0.217 0.980 100.000 93.939 0.980 LGA S 292 S 292 0.142 0 0.069 0.687 2.300 100.000 89.697 2.300 LGA Q 293 Q 293 0.441 0 0.040 0.246 0.900 90.909 89.899 0.900 LGA V 294 V 294 0.611 0 0.000 0.046 0.703 81.818 81.818 0.606 LGA K 295 K 295 0.468 0 0.049 0.171 0.908 90.909 93.939 0.565 LGA I 296 I 296 0.734 0 0.025 0.067 1.215 77.727 82.045 0.529 LGA A 297 A 297 1.261 0 0.129 0.155 2.119 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.155 0 0.051 0.509 2.561 53.182 67.727 1.076 LGA K 299 K 299 3.326 0 0.283 0.976 14.015 39.545 17.576 14.015 LGA V 300 V 300 1.711 0 0.164 0.207 3.981 54.545 36.883 3.981 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.893 0.855 1.837 86.209 80.414 65.546 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.370 97.875 13.593 LGA_LOCAL RMSD: 0.893 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.893 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.893 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.532338 * X + -0.572940 * Y + 0.623183 * Z + 154.881775 Y_new = 0.329950 * X + 0.818369 * Y + 0.470538 * Z + 151.184006 Z_new = -0.779583 * X + -0.044866 * Y + 0.624690 * Z + 143.133041 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.554861 0.894000 -0.071698 [DEG: 31.7912 51.2224 -4.1080 ] ZXZ: 2.217525 0.896062 -1.628284 [DEG: 127.0548 51.3406 -93.2938 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS294_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS294_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.875 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS294_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.999 186.908 153.790 1.00 85.33 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.268 187.659 154.817 1.00 85.45 C ATOM 1347 C GLY 165 150.748 187.483 154.780 1.00 87.07 C ATOM 1348 O GLY 165 150.025 188.255 155.410 1.00 84.54 O ATOM 1349 N LYS 166 150.238 186.486 154.057 1.00 86.38 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.807 186.178 154.000 1.00 86.11 C ATOM 1351 C LYS 166 148.382 185.406 155.254 1.00 86.96 C ATOM 1352 O LYS 166 149.101 184.536 155.743 1.00 84.93 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.453 185.430 152.699 1.00 84.36 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.743 186.255 151.422 1.00 81.66 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.343 185.552 150.114 1.00 78.36 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.654 186.458 148.908 1.00 73.19 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.299 185.892 147.576 1.00 66.63 N ATOM 1358 N TRP 167 147.190 185.703 155.761 1.00 88.50 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.613 184.992 156.908 1.00 89.30 C ATOM 1360 C TRP 167 145.886 183.732 156.444 1.00 88.85 C ATOM 1361 O TRP 167 144.931 183.801 155.679 1.00 85.93 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.689 185.921 157.683 1.00 88.56 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.243 185.344 158.986 1.00 89.24 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.113 184.633 159.192 1.00 85.85 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.947 185.380 160.267 1.00 87.65 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.168 184.667 161.208 1.00 86.98 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.156 185.952 160.702 1.00 86.81 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.064 184.229 160.524 1.00 85.59 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.586 184.510 162.548 1.00 86.38 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.566 185.801 162.032 1.00 84.52 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.790 185.082 162.940 1.00 83.98 C ATOM 1372 N ILE 168 146.333 182.581 156.922 1.00 84.04 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.885 181.262 156.449 1.00 82.26 C ATOM 1374 C ILE 168 145.239 180.431 157.567 1.00 80.92 C ATOM 1375 O ILE 168 144.537 179.453 157.309 1.00 74.96 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.078 180.509 155.819 1.00 79.22 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.863 181.398 154.822 1.00 75.49 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.611 179.243 155.083 1.00 72.70 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.242 180.822 154.519 1.00 69.15 C ATOM 1380 N SER 169 145.462 180.813 158.810 1.00 81.90 N ATOM 1381 CA SER 169 144.878 180.146 159.969 1.00 80.25 C ATOM 1382 C SER 169 143.495 180.700 160.295 1.00 79.17 C ATOM 1383 O SER 169 143.162 181.796 159.888 1.00 73.19 O ATOM 1384 CB SER 169 145.820 180.266 161.161 1.00 76.99 C ATOM 1385 OG SER 169 147.006 179.554 160.904 1.00 72.56 O ATOM 1386 N GLY 170 142.709 179.923 161.034 1.00 76.35 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.317 180.138 161.431 1.00 75.70 C ATOM 1388 C GLY 170 140.779 181.567 161.556 1.00 78.58 C ATOM 1389 O GLY 170 140.759 182.333 160.608 1.00 75.42 O ATOM 1390 N LEU 171 140.290 181.908 162.764 1.00 79.25 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.777 183.247 163.045 1.00 78.79 C ATOM 1392 C LEU 171 140.919 184.264 163.024 1.00 80.13 C ATOM 1393 O LEU 171 142.001 183.997 163.551 1.00 77.84 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.050 183.247 164.399 1.00 75.65 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.702 182.511 164.372 1.00 71.48 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.279 182.115 165.781 1.00 66.07 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.595 183.387 163.771 1.00 64.75 C ATOM 1398 N ALA 172 140.634 185.432 162.451 1.00 83.70 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.532 186.570 162.560 1.00 84.34 C ATOM 1400 C ALA 172 141.741 186.956 164.041 1.00 85.58 C ATOM 1401 O ALA 172 140.823 186.773 164.848 1.00 83.63 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.953 187.731 161.745 1.00 82.34 C ATOM 1403 N PRO 173 142.909 187.479 164.416 1.00 86.48 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.137 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