####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS294_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS294_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 61 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 45 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 74 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 53 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 76 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 53 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 53 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 47 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 27 43 54 108 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 112 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 72 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 75 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 74 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 47 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 32 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 90 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 20 48 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 15 38 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 70 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 50 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 8 97 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 113 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 83.70 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.49 0.63 0.72 0.74 0.83 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.92 0.90 0.90 0.90 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.720 0 0.027 0.027 0.838 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.756 0 0.057 0.191 1.671 81.818 74.747 1.671 LGA W 167 W 167 0.570 0 0.037 0.116 0.765 81.818 87.013 0.628 LGA I 168 I 168 0.998 0 0.088 0.815 3.275 70.000 60.000 3.275 LGA S 169 S 169 1.474 0 0.042 0.105 3.629 65.909 50.303 3.629 LGA G 170 G 170 1.041 0 0.228 0.228 1.195 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.907 0 0.000 1.344 4.527 86.364 66.136 1.061 LGA A 172 A 172 0.478 0 0.042 0.051 0.612 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.410 0 0.015 0.070 0.876 100.000 92.208 0.876 LGA Y 174 Y 174 0.438 0 0.045 0.179 0.887 95.455 86.364 0.887 LGA G 175 G 175 0.237 0 0.061 0.061 0.275 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.228 0 0.029 0.144 0.350 100.000 100.000 0.136 LGA Q 177 Q 177 0.509 0 0.056 0.271 0.994 90.909 89.899 0.686 LGA L 178 L 178 0.466 0 0.075 0.095 0.897 90.909 90.909 0.897 LGA N 179 N 179 0.971 0 0.177 0.630 4.459 70.000 44.091 4.459 LGA K 180 K 180 3.874 0 0.289 0.969 13.627 20.455 9.091 13.627 LGA K 181 K 181 1.319 0 0.367 0.998 7.934 82.273 41.616 7.934 LGA T 182 T 182 0.578 0 0.057 1.106 3.396 77.727 68.052 3.396 LGA S 183 S 183 0.998 0 0.127 0.115 1.352 73.636 70.909 1.261 LGA K 184 K 184 1.006 0 0.063 0.828 2.545 69.545 66.667 2.545 LGA L 185 L 185 0.508 0 0.058 0.073 0.575 90.909 95.455 0.449 LGA D 186 D 186 0.106 0 0.058 0.099 0.505 100.000 97.727 0.418 LGA P 187 P 187 0.530 0 0.000 0.351 1.225 82.273 84.675 0.620 LGA V 188 V 188 0.750 0 0.000 0.028 0.825 81.818 81.818 0.825 LGA E 189 E 189 0.756 0 0.024 0.321 1.676 81.818 78.384 1.676 LGA D 190 D 190 0.697 0 0.036 0.060 0.948 86.364 84.091 0.948 LGA E 191 E 191 0.490 0 0.034 0.062 0.851 95.455 87.879 0.851 LGA A 192 A 192 0.333 0 0.000 0.000 0.436 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.322 0 0.025 0.651 2.798 100.000 83.838 2.522 LGA V 194 V 194 0.286 0 0.025 0.041 0.334 100.000 100.000 0.321 LGA V 195 V 195 0.083 0 0.000 0.000 0.189 100.000 100.000 0.124 LGA Q 196 Q 196 0.227 0 0.008 0.273 1.494 100.000 88.485 1.211 LGA L 197 L 197 0.223 0 0.000 0.056 0.344 100.000 100.000 0.341 LGA I 198 I 198 0.188 0 0.091 0.100 0.349 100.000 100.000 0.256 LGA F 199 F 199 0.261 0 0.043 0.079 0.346 100.000 100.000 0.081 LGA N 200 N 200 0.300 0 0.039 0.888 2.996 100.000 84.318 2.996 LGA I 201 I 201 0.143 0 0.026 0.046 0.226 100.000 100.000 0.041 LGA F 202 F 202 0.156 0 0.000 0.041 0.390 100.000 100.000 0.390 LGA L 203 L 203 0.422 0 0.000 0.053 0.862 95.455 88.636 0.798 LGA N 204 N 204 0.243 0 0.033 0.096 1.150 100.000 91.136 0.892 LGA G 205 G 205 0.342 0 0.048 0.048 0.377 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.458 0 0.000 0.137 0.768 90.909 93.182 0.155 LGA N 207 N 207 1.059 0 0.050 0.266 1.657 69.545 65.682 1.236 LGA G 208 G 208 1.266 0 0.000 0.000 1.594 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.348 0 0.055 0.194 1.660 65.455 58.990 1.609 LGA D 210 D 210 1.291 0 0.061 0.649 1.384 69.545 69.545 1.330 LGA Y 211 Y 211 1.666 0 0.134 0.413 1.901 54.545 56.970 1.414 LGA S 212 S 212 2.169 0 0.690 0.752 5.812 39.545 28.182 5.812 LGA Y 213 Y 213 2.987 0 0.163 1.633 14.982 38.636 13.030 14.982 LGA A 215 A 215 0.901 0 0.214 0.230 1.989 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.336 0 0.031 0.180 0.551 100.000 95.455 0.551 LGA A 217 A 217 0.214 0 0.036 0.052 0.327 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.445 0 0.053 0.090 1.215 100.000 91.212 1.215 LGA H 219 H 219 0.127 0 0.024 0.041 0.297 100.000 100.000 0.297 LGA L 220 L 220 0.231 0 0.018 0.084 0.409 100.000 100.000 0.409 LGA T 221 T 221 0.359 0 0.000 0.035 0.533 95.455 97.403 0.403 LGA N 222 N 222 0.439 0 0.038 0.036 0.636 90.909 95.455 0.411 LGA L 223 L 223 0.529 0 0.039 0.054 0.827 95.455 88.636 0.628 LGA Q 224 Q 224 0.626 0 0.028 0.828 4.150 81.818 62.222 4.150 LGA I 225 I 225 0.682 0 0.055 0.138 0.712 81.818 86.364 0.331 LGA P 226 P 226 0.741 0 0.063 0.070 0.916 81.818 81.818 0.877 LGA T 227 T 227 0.163 0 0.031 0.157 0.572 100.000 97.403 0.298 LGA P 228 P 228 0.713 0 0.083 0.085 0.908 81.818 81.818 0.908 LGA S 229 S 229 0.643 0 0.131 0.125 1.199 86.364 79.394 1.199 LGA G 230 G 230 0.419 0 0.075 0.075 1.057 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.816 0 0.107 0.687 3.396 78.182 67.677 3.396 LGA K 232 K 232 0.856 0 0.160 0.860 4.127 77.727 56.566 4.127 LGA R 233 R 233 0.584 0 0.031 1.367 7.931 86.364 46.942 7.931 LGA W 234 W 234 0.252 0 0.058 0.110 0.595 100.000 97.403 0.396 LGA N 235 N 235 0.659 0 0.014 0.868 2.143 81.818 74.318 2.143 LGA Q 236 Q 236 0.622 0 0.034 0.889 3.542 81.818 72.121 0.700 LGA Y 237 Y 237 0.694 0 0.041 0.379 2.184 86.364 70.455 2.184 LGA T 238 T 238 0.457 0 0.018 0.286 0.821 100.000 94.805 0.821 LGA I 239 I 239 0.307 0 0.012 0.086 0.424 100.000 100.000 0.287 LGA K 240 K 240 0.474 0 0.063 0.585 3.956 95.455 72.323 3.956 LGA A 241 A 241 0.512 0 0.062 0.065 0.644 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.414 0 0.049 0.061 0.904 95.455 88.636 0.904 LGA L 243 L 243 0.276 0 0.017 0.127 0.507 95.455 97.727 0.184 LGA Q 244 Q 244 0.263 0 0.008 0.309 1.401 95.455 88.283 1.401 LGA N 245 N 245 0.364 0 0.000 0.093 0.650 100.000 93.182 0.650 LGA E 246 E 246 0.347 0 0.000 0.622 1.938 100.000 87.071 1.524 LGA V 247 V 247 0.214 0 0.018 0.065 0.247 100.000 100.000 0.134 LGA Y 248 Y 248 0.328 0 0.000 0.100 1.024 100.000 88.030 1.024 LGA I 249 I 249 0.290 0 0.067 0.096 0.432 100.000 100.000 0.371 LGA G 250 G 250 0.229 0 0.039 0.039 0.298 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.164 0 0.044 0.053 0.351 100.000 100.000 0.351 LGA V 252 V 252 0.245 0 0.047 0.116 0.670 100.000 97.403 0.670 LGA K 253 K 253 0.347 0 0.013 0.139 0.503 100.000 95.960 0.501 LGA Y 254 Y 254 0.532 0 0.041 0.351 2.532 90.909 73.788 2.532 LGA K 255 K 255 0.697 0 0.061 0.127 0.793 81.818 83.838 0.793 LGA V 256 V 256 0.750 0 0.086 0.096 0.889 81.818 81.818 0.889 LGA R 257 R 257 1.059 0 0.088 1.116 6.460 65.455 42.975 4.143 LGA E 258 E 258 0.930 0 0.037 0.961 4.215 73.636 54.747 4.215 LGA K 259 K 259 1.425 0 0.008 0.213 1.985 65.455 57.374 1.890 LGA T 260 T 260 1.222 0 0.017 0.117 1.685 58.182 61.299 1.070 LGA K 261 K 261 2.039 0 0.020 0.884 8.140 41.364 25.657 8.140 LGA D 262 D 262 1.727 0 0.069 0.546 2.562 50.909 43.409 2.562 LGA G 263 G 263 1.822 0 0.116 0.116 2.175 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.319 0 0.000 0.463 1.638 65.455 63.838 1.138 LGA R 265 R 265 1.389 0 0.085 1.015 3.512 65.455 54.050 3.512 LGA T 266 T 266 1.013 0 0.000 0.113 1.124 69.545 74.805 0.933 LGA I 267 I 267 0.841 0 0.031 0.084 0.972 81.818 81.818 0.929 LGA R 268 R 268 0.456 0 0.000 0.971 2.570 95.455 79.504 2.570 LGA P 269 P 269 0.394 0 0.000 0.013 0.394 100.000 100.000 0.360 LGA E 270 E 270 0.482 0 0.000 0.885 3.191 100.000 74.545 2.432 LGA K 271 K 271 0.395 0 0.042 0.653 3.918 100.000 67.879 3.560 LGA E 272 E 272 0.123 0 0.052 0.094 0.929 100.000 93.939 0.929 LGA Q 273 Q 273 0.239 0 0.012 0.072 0.837 100.000 93.939 0.782 LGA I 274 I 274 0.226 0 0.052 0.070 0.407 100.000 100.000 0.407 LGA V 275 V 275 0.077 0 0.017 0.015 0.343 100.000 100.000 0.343 LGA V 276 V 276 0.271 0 0.000 0.041 0.513 100.000 97.403 0.474 LGA Q 277 Q 277 0.258 0 0.048 0.632 3.068 100.000 75.960 3.068 LGA D 278 D 278 0.254 0 0.028 0.151 0.450 100.000 100.000 0.450 LGA A 279 A 279 0.310 0 0.015 0.044 0.355 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.213 0 0.035 0.252 0.660 100.000 92.727 0.660 LGA A 281 A 281 0.283 0 0.000 0.000 0.370 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.331 0 0.017 0.028 0.510 95.455 94.805 0.510 LGA I 283 I 283 0.491 0 0.048 0.078 0.786 90.909 88.636 0.548 LGA I 284 I 284 0.449 0 0.000 0.062 0.473 100.000 100.000 0.331 LGA D 285 D 285 0.587 0 0.027 0.222 1.072 81.818 82.045 1.072 LGA K 286 K 286 0.548 0 0.014 0.272 1.351 81.818 80.000 1.351 LGA E 287 E 287 0.665 0 0.030 0.196 1.090 81.818 82.020 0.400 LGA Q 288 Q 288 0.511 0 0.000 0.489 1.324 90.909 80.404 1.002 LGA F 289 F 289 0.281 0 0.033 0.127 0.632 100.000 95.041 0.600 LGA Q 290 Q 290 0.413 0 0.000 0.335 2.013 100.000 83.232 0.688 LGA Q 291 Q 291 0.320 0 0.000 0.219 0.983 100.000 93.939 0.983 LGA S 292 S 292 0.143 0 0.067 0.688 2.302 100.000 89.697 2.302 LGA Q 293 Q 293 0.441 0 0.032 0.245 0.901 90.909 89.899 0.901 LGA V 294 V 294 0.612 0 0.024 0.048 0.703 81.818 81.818 0.608 LGA K 295 K 295 0.468 0 0.046 0.172 0.907 90.909 93.939 0.568 LGA I 296 I 296 0.733 0 0.024 0.067 1.216 77.727 82.045 0.529 LGA A 297 A 297 1.262 0 0.127 0.154 2.119 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.154 0 0.051 0.514 2.561 53.182 67.727 1.096 LGA K 299 K 299 3.326 0 0.286 0.975 14.016 39.545 17.576 14.016 LGA V 300 V 300 1.718 0 0.161 0.224 3.947 54.545 36.883 3.947 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.894 0.856 1.837 86.239 80.414 65.546 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.185 97.817 13.587 LGA_LOCAL RMSD: 0.894 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.894 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.894 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.532105 * X + -0.572840 * Y + 0.623473 * Z + 154.879333 Y_new = 0.330086 * X + 0.818462 * Y + 0.470280 * Z + 151.183731 Z_new = -0.779684 * X + -0.044438 * Y + 0.624594 * Z + 143.115524 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.555242 0.894161 -0.071028 [DEG: 31.8130 51.2317 -4.0696 ] ZXZ: 2.217037 0.896185 -1.627730 [DEG: 127.0269 51.3476 -93.2620 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS294_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS294_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.817 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS294_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.997 186.907 153.787 1.00 85.43 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.266 187.658 154.816 1.00 85.55 C ATOM 1347 C GLY 165 150.747 187.482 154.778 1.00 87.15 C ATOM 1348 O GLY 165 150.023 188.253 155.410 1.00 84.61 O ATOM 1349 N LYS 166 150.238 186.485 154.054 1.00 86.37 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.809 186.179 153.998 1.00 86.11 C ATOM 1351 C LYS 166 148.382 185.404 155.253 1.00 87.07 C ATOM 1352 O LYS 166 149.102 184.536 155.741 1.00 84.96 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.452 185.427 152.696 1.00 84.40 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.743 186.253 151.420 1.00 81.71 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.342 185.548 150.112 1.00 78.37 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.650 186.451 148.905 1.00 73.20 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.293 185.886 147.575 1.00 66.66 N ATOM 1358 N TRP 167 147.190 185.704 155.761 1.00 88.50 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.613 184.992 156.907 1.00 89.30 C ATOM 1360 C TRP 167 145.885 183.730 156.442 1.00 88.86 C ATOM 1361 O TRP 167 144.930 183.800 155.680 1.00 85.98 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.690 185.921 157.682 1.00 88.60 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.243 185.343 158.985 1.00 89.27 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.114 184.631 159.190 1.00 85.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.947 185.380 160.266 1.00 87.68 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.168 184.667 161.206 1.00 87.02 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.156 185.953 160.701 1.00 86.83 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.064 184.229 160.523 1.00 85.61 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.587 184.512 162.547 1.00 86.38 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.567 185.802 162.031 1.00 84.55 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.790 185.084 162.940 1.00 83.98 C ATOM 1372 N ILE 168 146.335 182.582 156.920 1.00 84.04 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.886 181.263 156.446 1.00 82.16 C ATOM 1374 C ILE 168 145.239 180.431 157.565 1.00 80.82 C ATOM 1375 O ILE 168 144.538 179.453 157.306 1.00 74.87 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.080 180.509 155.816 1.00 79.15 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.867 181.398 154.820 1.00 75.44 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.613 179.243 155.079 1.00 72.62 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.248 180.823 154.520 1.00 69.09 C ATOM 1380 N SER 169 145.460 180.811 158.807 1.00 81.90 N ATOM 1381 CA SER 169 144.878 180.141 159.964 1.00 80.19 C ATOM 1382 C SER 169 143.499 180.702 160.299 1.00 79.07 C ATOM 1383 O SER 169 143.181 181.811 159.921 1.00 73.07 O ATOM 1384 CB SER 169 145.823 180.253 161.153 1.00 76.94 C ATOM 1385 OG SER 169 147.008 179.539 160.889 1.00 72.52 O ATOM 1386 N GLY 170 142.704 179.913 161.012 1.00 76.29 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.326 180.136 161.450 1.00 75.60 C ATOM 1388 C GLY 170 140.781 181.562 161.560 1.00 78.55 C ATOM 1389 O GLY 170 140.756 182.320 160.605 1.00 75.41 O ATOM 1390 N LEU 171 140.293 181.909 162.766 1.00 79.29 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.778 183.246 163.044 1.00 78.65 C ATOM 1392 C LEU 171 140.921 184.265 163.022 1.00 80.13 C ATOM 1393 O LEU 171 142.002 183.997 163.549 1.00 77.79 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.050 183.250 164.395 1.00 75.63 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.702 182.511 164.370 1.00 71.46 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.278 182.118 165.777 1.00 66.06 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.595 183.383 163.764 1.00 64.74 C ATOM 1398 N ALA 172 140.635 185.432 162.449 1.00 83.70 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.532 186.571 162.559 1.00 84.34 C ATOM 1400 C ALA 172 141.741 186.955 164.040 1.00 85.56 C ATOM 1401 O ALA 172 140.824 186.774 164.847 1.00 83.66 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.953 187.730 161.745 1.00 82.34 C ATOM 1403 N PRO 173 142.909 187.481 164.416 1.00 86.45 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.136 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