####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS294_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS294_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 70 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 80 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 82 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 64 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 41 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 46 63 102 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 111 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 82 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 47 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 22 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 82 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 82 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 64 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 55 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 14 104 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 6 32 46 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 8 16 41 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 62 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 22 109 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 38 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 11 113 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 85.93 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.49 0.58 0.69 0.72 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.652 0 0.014 0.014 0.731 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.679 0 0.061 0.175 1.419 81.818 78.182 1.419 LGA W 167 W 167 0.441 0 0.049 0.094 0.654 90.909 93.506 0.475 LGA I 168 I 168 0.821 0 0.017 1.095 3.629 78.182 61.364 3.629 LGA S 169 S 169 1.383 0 0.162 0.246 4.126 66.818 48.485 4.126 LGA G 170 G 170 1.007 0 0.203 0.203 1.140 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.899 0 0.000 1.345 4.574 86.364 66.136 1.136 LGA A 172 A 172 0.467 0 0.035 0.045 0.585 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.262 0 0.033 0.331 1.504 100.000 90.390 1.504 LGA Y 174 Y 174 0.396 0 0.042 0.183 0.832 100.000 89.394 0.817 LGA G 175 G 175 0.252 0 0.057 0.057 0.252 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.231 0 0.033 0.146 0.362 100.000 100.000 0.118 LGA Q 177 Q 177 0.445 0 0.057 0.250 1.044 100.000 90.101 0.619 LGA L 178 L 178 0.359 0 0.077 0.102 0.704 90.909 93.182 0.697 LGA N 179 N 179 1.059 0 0.178 0.618 4.565 66.818 39.773 4.565 LGA K 180 K 180 3.906 0 0.293 0.972 13.656 20.455 9.091 13.656 LGA K 181 K 181 1.410 0 0.364 1.002 8.043 77.727 39.596 8.043 LGA T 182 T 182 0.564 0 0.057 1.108 3.294 81.818 70.390 3.294 LGA S 183 S 183 0.898 0 0.131 0.119 1.231 82.273 76.667 1.123 LGA K 184 K 184 0.941 0 0.061 0.834 2.586 73.636 68.485 2.586 LGA L 185 L 185 0.395 0 0.053 0.068 0.451 100.000 100.000 0.390 LGA D 186 D 186 0.061 0 0.057 0.097 0.507 100.000 97.727 0.459 LGA P 187 P 187 0.451 0 0.000 0.056 1.004 86.818 87.273 0.617 LGA V 188 V 188 0.668 0 0.012 0.033 0.768 81.818 81.818 0.768 LGA E 189 E 189 0.706 0 0.006 0.318 1.586 81.818 78.384 1.586 LGA D 190 D 190 0.653 0 0.031 0.056 0.877 86.364 84.091 0.877 LGA E 191 E 191 0.486 0 0.036 0.065 0.841 95.455 87.879 0.841 LGA A 192 A 192 0.279 0 0.000 0.000 0.367 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.269 0 0.028 0.658 2.770 100.000 83.838 2.516 LGA V 194 V 194 0.268 0 0.034 0.050 0.345 100.000 100.000 0.345 LGA V 195 V 195 0.037 0 0.000 0.000 0.153 100.000 100.000 0.055 LGA Q 196 Q 196 0.147 0 0.023 0.269 1.360 100.000 90.303 1.107 LGA L 197 L 197 0.159 0 0.000 0.045 0.389 100.000 100.000 0.353 LGA I 198 I 198 0.205 0 0.083 0.095 0.427 100.000 100.000 0.307 LGA F 199 F 199 0.225 0 0.045 0.085 0.369 100.000 100.000 0.128 LGA N 200 N 200 0.232 0 0.031 0.770 1.844 100.000 89.545 1.844 LGA I 201 I 201 0.105 0 0.036 0.056 0.183 100.000 100.000 0.086 LGA F 202 F 202 0.172 0 0.000 0.046 0.592 100.000 95.041 0.592 LGA L 203 L 203 0.368 0 0.000 0.063 0.740 100.000 93.182 0.684 LGA N 204 N 204 0.243 0 0.022 0.081 1.083 100.000 91.136 0.825 LGA G 205 G 205 0.355 0 0.048 0.048 0.405 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.439 0 0.000 0.494 1.686 90.909 84.773 0.553 LGA N 207 N 207 1.004 0 0.057 0.286 2.021 69.545 64.091 1.331 LGA G 208 G 208 1.097 0 0.000 0.000 1.324 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.187 0 0.046 0.278 1.302 65.455 65.455 1.144 LGA D 210 D 210 1.119 0 0.086 0.811 2.013 69.545 62.273 2.013 LGA Y 211 Y 211 1.653 0 0.124 0.417 1.862 54.545 56.970 1.309 LGA S 212 S 212 2.102 0 0.689 0.756 5.756 39.545 28.182 5.756 LGA Y 213 Y 213 3.006 0 0.162 1.617 14.864 36.364 12.273 14.864 LGA A 215 A 215 0.879 0 0.212 0.229 1.948 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.309 0 0.026 0.175 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA A 217 A 217 0.143 0 0.027 0.044 0.269 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.418 0 0.052 0.091 1.174 100.000 91.212 1.174 LGA H 219 H 219 0.179 0 0.000 0.035 0.320 100.000 100.000 0.320 LGA L 220 L 220 0.223 0 0.026 0.093 0.400 100.000 100.000 0.400 LGA T 221 T 221 0.237 0 0.022 0.037 0.391 100.000 100.000 0.263 LGA N 222 N 222 0.333 0 0.031 0.038 0.512 95.455 97.727 0.355 LGA L 223 L 223 0.488 0 0.045 0.052 0.820 100.000 90.909 0.694 LGA Q 224 Q 224 0.542 0 0.035 0.824 4.382 81.818 60.404 4.382 LGA I 225 I 225 0.607 0 0.058 0.141 0.662 81.818 88.636 0.221 LGA P 226 P 226 0.748 0 0.062 0.069 0.915 81.818 81.818 0.905 LGA T 227 T 227 0.215 0 0.035 0.152 0.472 100.000 100.000 0.275 LGA P 228 P 228 0.767 0 0.086 0.088 0.947 81.818 81.818 0.947 LGA S 229 S 229 0.640 0 0.128 0.121 0.988 86.364 84.848 0.988 LGA G 230 G 230 0.497 0 0.079 0.079 0.998 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.657 0 0.107 0.684 3.157 82.273 74.949 3.157 LGA K 232 K 232 0.699 0 0.146 0.868 3.849 77.727 60.000 3.849 LGA R 233 R 233 0.454 0 0.040 1.351 7.906 95.455 50.248 7.906 LGA W 234 W 234 0.137 0 0.059 0.113 0.568 100.000 97.403 0.349 LGA N 235 N 235 0.514 0 0.006 0.853 2.072 86.364 76.591 2.072 LGA Q 236 Q 236 0.427 0 0.040 0.858 3.650 95.455 78.182 0.531 LGA Y 237 Y 237 0.661 0 0.041 0.344 2.145 86.364 70.455 2.145 LGA T 238 T 238 0.440 0 0.000 0.289 0.863 100.000 94.805 0.863 LGA I 239 I 239 0.300 0 0.000 0.085 0.411 100.000 100.000 0.284 LGA K 240 K 240 0.461 0 0.063 0.593 3.993 100.000 74.343 3.993 LGA A 241 A 241 0.488 0 0.065 0.066 0.618 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.321 0 0.047 0.059 0.853 100.000 90.909 0.853 LGA L 243 L 243 0.193 0 0.017 0.130 0.511 95.455 97.727 0.225 LGA Q 244 Q 244 0.252 0 0.019 0.295 1.280 95.455 88.283 1.280 LGA N 245 N 245 0.348 0 0.000 0.098 0.653 100.000 95.455 0.653 LGA E 246 E 246 0.317 0 0.000 0.603 1.817 100.000 88.687 1.444 LGA V 247 V 247 0.168 0 0.016 0.057 0.204 100.000 100.000 0.146 LGA Y 248 Y 248 0.257 0 0.000 0.098 1.003 100.000 91.061 1.003 LGA I 249 I 249 0.247 0 0.076 0.099 0.435 100.000 100.000 0.380 LGA G 250 G 250 0.195 0 0.036 0.036 0.254 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.147 0 0.039 0.046 0.322 100.000 100.000 0.300 LGA V 252 V 252 0.203 0 0.049 0.114 0.593 95.455 94.805 0.593 LGA K 253 K 253 0.331 0 0.009 0.152 0.549 100.000 97.980 0.470 LGA Y 254 Y 254 0.586 0 0.038 0.346 2.553 90.909 73.788 2.553 LGA K 255 K 255 0.718 0 0.059 0.131 0.852 81.818 83.838 0.852 LGA V 256 V 256 0.736 0 0.088 0.101 0.877 81.818 81.818 0.877 LGA R 257 R 257 1.033 0 0.089 1.088 6.394 65.455 42.645 4.248 LGA E 258 E 258 0.910 0 0.045 0.959 4.376 73.636 54.747 4.376 LGA K 259 K 259 1.389 0 0.000 0.149 2.237 65.455 54.545 2.237 LGA T 260 T 260 1.260 0 0.020 0.143 1.660 58.182 61.299 1.180 LGA K 261 K 261 2.049 0 0.017 0.935 8.225 41.364 25.657 8.225 LGA D 262 D 262 1.806 0 0.076 0.119 1.823 50.909 56.364 1.311 LGA G 263 G 263 1.702 0 0.108 0.108 1.923 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.122 0 0.000 0.325 1.201 65.455 74.747 0.448 LGA R 265 R 265 1.215 0 0.083 1.000 3.503 65.455 56.694 3.503 LGA T 266 T 266 0.853 0 0.008 0.110 0.968 81.818 84.416 0.756 LGA I 267 I 267 0.739 0 0.038 0.090 0.912 81.818 81.818 0.764 LGA R 268 R 268 0.419 0 0.000 0.968 2.565 95.455 79.504 2.565 LGA P 269 P 269 0.318 0 0.000 0.007 0.355 100.000 100.000 0.355 LGA E 270 E 270 0.323 0 0.006 0.892 3.227 100.000 75.354 2.533 LGA K 271 K 271 0.227 0 0.042 0.653 3.683 100.000 68.687 3.300 LGA E 272 E 272 0.081 0 0.046 0.102 0.991 100.000 91.919 0.979 LGA Q 273 Q 273 0.272 0 0.016 0.073 0.773 100.000 93.939 0.707 LGA I 274 I 274 0.277 0 0.057 0.073 0.482 100.000 100.000 0.482 LGA V 275 V 275 0.060 0 0.011 0.016 0.353 100.000 100.000 0.353 LGA V 276 V 276 0.244 0 0.000 0.038 0.468 100.000 100.000 0.404 LGA Q 277 Q 277 0.220 0 0.049 0.635 3.168 100.000 75.960 3.168 LGA D 278 D 278 0.190 0 0.029 0.183 0.489 100.000 100.000 0.489 LGA A 279 A 279 0.256 0 0.027 0.049 0.323 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.231 0 0.037 0.246 0.637 100.000 92.727 0.603 LGA A 281 A 281 0.284 0 0.000 0.000 0.370 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.265 0 0.000 0.028 0.432 100.000 100.000 0.432 LGA I 283 I 283 0.401 0 0.051 0.068 0.692 95.455 95.455 0.469 LGA I 284 I 284 0.347 0 0.011 0.062 0.373 100.000 100.000 0.224 LGA D 285 D 285 0.507 0 0.022 0.344 1.193 95.455 88.864 1.193 LGA K 286 K 286 0.499 0 0.013 0.271 1.276 95.455 86.061 1.276 LGA E 287 E 287 0.551 0 0.031 0.258 0.762 90.909 89.899 0.588 LGA Q 288 Q 288 0.395 0 0.000 0.240 1.716 100.000 84.848 1.202 LGA F 289 F 289 0.376 0 0.038 0.105 0.651 100.000 93.388 0.622 LGA Q 290 Q 290 0.536 0 0.013 1.174 3.502 95.455 72.929 3.502 LGA Q 291 Q 291 0.356 0 0.000 0.231 1.008 100.000 92.121 1.008 LGA S 292 S 292 0.221 0 0.054 0.052 0.402 100.000 100.000 0.167 LGA Q 293 Q 293 0.548 0 0.038 0.218 0.850 86.364 83.838 0.850 LGA V 294 V 294 0.673 0 0.006 0.043 0.731 81.818 81.818 0.633 LGA K 295 K 295 0.493 0 0.038 0.195 0.913 90.909 93.939 0.644 LGA I 296 I 296 0.861 0 0.016 0.063 1.316 73.636 75.682 0.611 LGA A 297 A 297 1.331 0 0.114 0.139 2.039 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.047 0 0.033 0.556 2.178 59.091 70.682 1.235 LGA K 299 K 299 3.319 0 0.423 0.931 14.210 43.182 19.192 14.210 LGA V 300 V 300 2.521 0 0.085 0.092 5.758 38.636 22.338 5.758 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.879 0.834 1.840 87.620 81.515 66.142 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.741 97.992 13.785 LGA_LOCAL RMSD: 0.879 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.879 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.879 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.536994 * X + -0.557194 * Y + 0.633381 * Z + 154.185104 Y_new = 0.323323 * X + 0.829426 * Y + 0.455537 * Z + 151.433640 Z_new = -0.779166 * X + -0.039834 * Y + 0.625551 * Z + 142.635239 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.541961 0.893334 -0.063592 [DEG: 31.0521 51.1843 -3.6435 ] ZXZ: 2.194302 0.894959 -1.621875 [DEG: 125.7243 51.2774 -92.9266 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS294_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS294_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.992 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS294_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.101 186.908 153.654 1.00 85.80 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.366 187.670 154.674 1.00 85.85 C ATOM 1347 C GLY 165 150.845 187.499 154.630 1.00 87.35 C ATOM 1348 O GLY 165 150.118 188.284 155.238 1.00 84.82 O ATOM 1349 N LYS 166 150.337 186.487 153.918 1.00 86.67 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.906 186.189 153.844 1.00 86.42 C ATOM 1351 C LYS 166 148.460 185.418 155.094 1.00 87.27 C ATOM 1352 O LYS 166 149.157 184.523 155.570 1.00 85.19 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.562 185.443 152.536 1.00 84.81 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.859 186.280 151.268 1.00 82.15 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.520 185.570 149.946 1.00 78.88 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.848 186.496 148.758 1.00 73.73 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.583 185.928 147.407 1.00 67.07 N ATOM 1358 N TRP 167 147.275 185.737 155.611 1.00 88.63 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.684 185.030 156.753 1.00 89.44 C ATOM 1360 C TRP 167 145.937 183.786 156.285 1.00 88.96 C ATOM 1361 O TRP 167 144.940 183.883 155.574 1.00 86.05 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.773 185.970 157.530 1.00 88.71 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.268 185.376 158.806 1.00 89.37 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.112 184.695 158.960 1.00 86.01 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.929 185.370 160.111 1.00 87.81 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.093 184.666 161.012 1.00 87.16 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.137 185.900 160.599 1.00 86.99 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.003 184.272 160.281 1.00 85.75 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.452 184.483 162.363 1.00 86.55 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GLY 170 141.355 180.183 161.283 1.00 75.74 C ATOM 1388 C GLY 170 140.844 181.615 161.474 1.00 78.55 C ATOM 1389 O GLY 170 141.023 182.470 160.615 1.00 75.47 O ATOM 1390 N LEU 171 140.201 181.869 162.624 1.00 79.49 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.711 183.206 162.966 1.00 78.85 C ATOM 1392 C LEU 171 140.860 184.221 162.973 1.00 80.20 C ATOM 1393 O LEU 171 141.929 183.949 163.524 1.00 77.93 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.019 183.163 164.340 1.00 75.81 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.638 182.485 164.312 1.00 71.60 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.220 182.065 165.715 1.00 66.23 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.569 183.430 163.752 1.00 64.85 C ATOM 1398 N ALA 172 140.599 185.383 162.391 1.00 83.94 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.501 186.517 162.508 1.00 84.41 C ATOM 1400 C ALA 172 141.674 186.906 163.991 1.00 85.66 C ATOM 1401 O ALA 172 140.730 186.748 164.774 1.00 83.78 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.947 187.672 161.669 1.00 82.40 C ATOM 1403 N PRO 173 142.848 187.394 164.404 1.00 86.55 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.047 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