####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS293_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS293_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 58 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 62 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 62 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 32 103 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 18 56 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 43 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 4 95 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 49 90 120 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 35 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 94 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 36 103 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 53 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 62 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 53 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 53 96 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 39 103 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 45 121 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 63 104 122 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 46.67 77.04 90.37 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.57 0.74 0.87 0.93 0.96 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.28 1.08 1.02 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.846 0 0.044 0.044 0.955 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.756 0 0.020 0.177 2.499 86.364 70.303 2.499 LGA W 167 W 167 0.493 0 0.072 0.135 1.095 82.273 80.909 0.942 LGA I 168 I 168 1.039 0 0.079 1.588 4.675 70.455 53.409 4.675 LGA S 169 S 169 2.216 0 0.488 0.485 4.914 55.000 38.788 4.914 LGA G 170 G 170 0.725 0 0.129 0.129 1.052 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.730 0 0.000 1.300 4.913 81.818 62.500 1.715 LGA A 172 A 172 0.822 0 0.032 0.026 0.914 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.380 0 0.035 0.078 0.944 95.455 89.610 0.944 LGA Y 174 Y 174 0.267 0 0.000 0.166 0.868 100.000 90.909 0.868 LGA G 175 G 175 0.343 0 0.064 0.064 0.411 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.551 0 0.019 0.136 0.742 86.364 89.394 0.597 LGA Q 177 Q 177 0.883 0 0.056 0.527 1.801 81.818 76.566 1.173 LGA L 178 L 178 0.864 0 0.035 0.078 1.159 81.818 79.773 1.159 LGA N 179 N 179 1.068 0 0.162 0.737 4.628 73.636 44.091 4.628 LGA K 180 K 180 3.204 0 0.306 0.973 12.886 29.545 13.131 12.886 LGA K 181 K 181 1.807 0 0.348 0.969 8.589 65.909 31.111 8.589 LGA T 182 T 182 0.728 0 0.042 1.134 3.426 77.727 65.714 3.426 LGA S 183 S 183 1.292 0 0.189 0.168 1.629 69.545 63.333 1.629 LGA K 184 K 184 0.997 0 0.054 0.776 2.253 73.636 69.697 2.253 LGA L 185 L 185 0.648 0 0.041 0.046 0.767 81.818 86.364 0.398 LGA D 186 D 186 0.472 0 0.078 0.089 0.840 86.364 93.182 0.320 LGA P 187 P 187 0.617 0 0.000 0.080 1.521 74.545 77.662 0.734 LGA V 188 V 188 1.032 0 0.039 0.034 1.216 73.636 70.130 1.216 LGA E 189 E 189 1.006 0 0.054 0.521 2.473 73.636 71.515 2.473 LGA D 190 D 190 0.919 0 0.025 0.100 1.183 81.818 73.636 1.183 LGA E 191 E 191 0.738 0 0.055 0.115 1.305 86.364 80.202 1.305 LGA A 192 A 192 0.373 0 0.026 0.036 0.517 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.386 0 0.051 0.668 3.149 100.000 75.758 3.149 LGA V 194 V 194 0.411 0 0.032 0.052 0.457 100.000 100.000 0.449 LGA V 195 V 195 0.159 0 0.000 0.035 0.366 100.000 100.000 0.236 LGA Q 196 Q 196 0.285 0 0.039 0.269 1.470 100.000 88.485 1.470 LGA L 197 L 197 0.201 0 0.032 0.056 0.376 100.000 100.000 0.372 LGA I 198 I 198 0.277 0 0.073 0.113 0.446 100.000 100.000 0.275 LGA F 199 F 199 0.263 0 0.043 0.079 0.404 100.000 100.000 0.170 LGA N 200 N 200 0.382 0 0.056 0.784 2.445 100.000 90.000 2.445 LGA I 201 I 201 0.195 0 0.029 0.079 0.315 100.000 100.000 0.306 LGA F 202 F 202 0.344 0 0.000 0.094 0.751 95.455 90.083 0.751 LGA L 203 L 203 0.541 0 0.022 0.121 1.197 90.909 84.318 0.892 LGA N 204 N 204 0.320 0 0.049 0.071 0.836 95.455 90.909 0.822 LGA G 205 G 205 0.560 0 0.039 0.039 0.560 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.713 0 0.032 0.989 3.032 73.636 64.318 1.513 LGA N 207 N 207 1.442 0 0.076 0.221 1.689 58.182 60.000 1.474 LGA G 208 G 208 1.713 0 0.000 0.000 2.042 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.689 0 0.065 0.130 2.099 54.545 49.697 2.066 LGA D 210 D 210 1.486 0 0.063 0.431 1.494 65.455 65.455 1.111 LGA Y 211 Y 211 1.923 0 0.076 0.414 2.245 50.909 48.788 1.692 LGA S 212 S 212 2.105 0 0.701 0.782 5.679 34.545 24.848 5.679 LGA Y 213 Y 213 3.019 0 0.127 1.635 14.876 36.364 12.273 14.876 LGA A 215 A 215 1.000 0 0.168 0.176 2.054 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.328 0 0.025 0.175 0.546 100.000 97.727 0.351 LGA A 217 A 217 0.279 0 0.000 0.040 0.356 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.450 0 0.044 0.074 1.149 100.000 91.212 1.149 LGA H 219 H 219 0.270 0 0.044 0.071 0.541 100.000 96.364 0.541 LGA L 220 L 220 0.374 0 0.024 0.126 0.515 100.000 97.727 0.515 LGA T 221 T 221 0.134 0 0.000 0.032 0.304 100.000 100.000 0.183 LGA N 222 N 222 0.277 0 0.038 0.090 0.510 95.455 97.727 0.326 LGA L 223 L 223 0.600 0 0.033 0.068 1.128 81.818 79.773 0.982 LGA Q 224 Q 224 0.504 0 0.081 0.830 4.250 95.455 67.475 4.250 LGA I 225 I 225 0.529 0 0.062 0.114 0.529 90.909 95.455 0.298 LGA P 226 P 226 0.601 0 0.077 0.086 0.908 90.909 87.013 0.908 LGA T 227 T 227 0.124 0 0.051 0.168 0.511 100.000 97.403 0.198 LGA P 228 P 228 0.887 0 0.058 0.073 0.961 81.818 81.818 0.878 LGA S 229 S 229 0.853 0 0.062 0.086 0.991 81.818 81.818 0.965 LGA G 230 G 230 0.627 0 0.016 0.016 0.627 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.398 0 0.089 0.707 3.011 86.818 76.970 3.011 LGA K 232 K 232 0.502 0 0.131 0.895 3.698 90.909 67.071 3.698 LGA R 233 R 233 0.408 0 0.051 1.391 8.200 95.455 50.248 8.200 LGA W 234 W 234 0.245 0 0.057 0.075 0.391 100.000 100.000 0.145 LGA N 235 N 235 0.712 0 0.110 0.933 3.017 86.364 68.182 1.860 LGA Q 236 Q 236 0.478 0 0.052 0.834 3.328 95.455 78.990 0.813 LGA Y 237 Y 237 0.916 0 0.030 0.381 2.621 77.727 62.727 2.621 LGA T 238 T 238 0.599 0 0.000 0.244 0.815 81.818 81.818 0.815 LGA I 239 I 239 0.498 0 0.029 0.081 0.545 90.909 95.455 0.201 LGA K 240 K 240 0.868 0 0.060 0.668 5.162 81.818 57.778 5.162 LGA A 241 A 241 0.868 0 0.040 0.045 1.059 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.308 0 0.012 0.069 0.899 100.000 93.182 0.899 LGA L 243 L 243 0.317 0 0.044 0.135 0.508 95.455 97.727 0.396 LGA Q 244 Q 244 0.451 0 0.000 0.264 1.157 90.909 88.081 1.157 LGA N 245 N 245 0.691 0 0.051 0.091 0.779 81.818 81.818 0.709 LGA E 246 E 246 0.615 0 0.030 0.764 2.054 81.818 73.535 1.764 LGA V 247 V 247 0.379 0 0.021 0.104 0.466 100.000 100.000 0.291 LGA Y 248 Y 248 0.430 0 0.039 0.163 1.172 95.455 91.061 1.172 LGA I 249 I 249 0.542 0 0.070 0.116 0.968 90.909 86.364 0.968 LGA G 250 G 250 0.518 0 0.043 0.043 0.650 90.909 90.909 - LGA T 251 T 251 0.629 0 0.082 0.101 0.841 81.818 81.818 0.758 LGA V 252 V 252 0.548 0 0.027 0.112 0.821 81.818 87.013 0.542 LGA K 253 K 253 0.654 0 0.010 0.217 0.893 81.818 87.879 0.098 LGA Y 254 Y 254 0.842 0 0.067 0.324 2.752 77.727 63.030 2.752 LGA K 255 K 255 0.727 0 0.057 0.960 6.422 77.727 49.899 6.422 LGA V 256 V 256 0.979 0 0.076 0.088 1.112 81.818 77.143 1.112 LGA R 257 R 257 0.737 0 0.030 1.091 4.465 81.818 58.182 4.129 LGA E 258 E 258 0.888 0 0.112 0.883 4.584 70.000 50.909 4.584 LGA K 259 K 259 0.625 0 0.000 0.167 1.123 81.818 78.182 1.123 LGA T 260 T 260 0.982 0 0.024 0.084 1.432 73.636 70.130 1.432 LGA K 261 K 261 1.149 0 0.033 0.738 5.382 65.455 47.677 5.382 LGA D 262 D 262 1.773 0 0.070 0.932 3.090 47.727 40.682 3.090 LGA G 263 G 263 1.069 0 0.073 0.073 1.252 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.265 0 0.000 0.527 2.736 61.818 61.414 2.736 LGA R 265 R 265 1.079 0 0.071 1.005 2.958 65.455 59.835 2.463 LGA T 266 T 266 1.386 0 0.051 0.123 1.707 61.818 63.377 1.250 LGA I 267 I 267 1.307 0 0.008 0.084 1.955 61.818 56.364 1.955 LGA R 268 R 268 1.207 0 0.022 1.023 2.944 65.455 58.182 2.944 LGA P 269 P 269 1.668 0 0.012 0.047 1.903 54.545 52.987 1.903 LGA E 270 E 270 1.544 0 0.007 0.865 4.365 54.545 39.394 3.571 LGA K 271 K 271 1.561 0 0.077 0.753 4.995 54.545 37.576 4.995 LGA E 272 E 272 1.285 0 0.183 0.138 2.593 65.455 51.919 2.593 LGA Q 273 Q 273 1.270 0 0.038 0.076 1.537 65.455 63.838 1.387 LGA I 274 I 274 0.893 0 0.069 0.069 1.055 77.727 75.682 1.055 LGA V 275 V 275 0.548 0 0.032 0.066 0.739 90.909 87.013 0.618 LGA V 276 V 276 0.519 0 0.000 0.028 0.602 90.909 87.013 0.541 LGA Q 277 Q 277 0.456 0 0.046 0.682 3.449 95.455 71.919 3.449 LGA D 278 D 278 0.314 0 0.096 0.184 0.802 100.000 97.727 0.802 LGA A 279 A 279 0.472 0 0.035 0.066 0.543 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.272 0 0.037 0.176 0.499 100.000 100.000 0.363 LGA A 281 A 281 0.352 0 0.000 0.000 0.550 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.442 0 0.000 0.051 0.865 90.909 87.013 0.865 LGA I 283 I 283 0.427 0 0.046 0.092 0.747 95.455 93.182 0.747 LGA I 284 I 284 0.476 0 0.000 0.031 0.626 90.909 95.455 0.363 LGA D 285 D 285 0.862 0 0.050 1.107 4.297 81.818 60.909 1.644 LGA K 286 K 286 0.917 0 0.021 0.233 1.342 81.818 76.364 1.342 LGA E 287 E 287 1.026 0 0.026 0.328 1.231 73.636 70.909 1.231 LGA Q 288 Q 288 0.673 0 0.000 0.220 1.123 81.818 78.182 1.075 LGA F 289 F 289 0.702 0 0.042 0.139 1.038 81.818 80.331 0.963 LGA Q 290 Q 290 1.071 0 0.050 1.170 2.876 73.636 65.051 2.876 LGA Q 291 Q 291 0.872 0 0.010 0.177 1.284 81.818 76.364 1.284 LGA S 292 S 292 0.703 0 0.073 0.691 2.704 81.818 72.727 2.704 LGA Q 293 Q 293 0.964 0 0.027 0.227 1.339 73.636 72.727 1.304 LGA V 294 V 294 1.184 0 0.029 0.065 1.272 65.455 65.455 1.272 LGA K 295 K 295 0.708 0 0.050 0.145 0.951 81.818 81.818 0.914 LGA I 296 I 296 0.972 0 0.029 0.099 1.333 73.636 75.682 0.896 LGA A 297 A 297 1.427 0 0.075 0.087 1.963 58.182 59.636 - LGA N 298 N 298 0.903 0 0.088 0.571 2.184 59.091 73.409 1.717 LGA K 299 K 299 3.264 0 0.430 0.853 13.899 43.182 19.192 13.899 LGA V 300 V 300 1.908 0 0.113 0.127 4.430 54.545 34.286 4.430 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.999 0.960 1.924 81.121 74.832 58.365 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 93.519 97.118 12.288 LGA_LOCAL RMSD: 0.999 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.999 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.999 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.129905 * X + 0.451479 * Y + -0.882775 * Z + 155.239639 Y_new = -0.987138 * X + -0.142558 * Y + 0.072354 * Z + 150.295929 Z_new = -0.093180 * X + 0.880820 * Y + 0.464191 * Z + 139.327240 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.701642 0.093315 1.085783 [DEG: -97.4969 5.3466 62.2108 ] ZXZ: -1.652575 1.088075 -0.105396 [DEG: -94.6856 62.3421 -6.0387 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS293_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS293_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.118 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS293_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.773 186.912 153.535 1.00 91.99 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.190 187.720 154.595 1.00 91.99 C ATOM 1347 C GLY 165 150.681 187.585 154.687 1.00 91.99 C ATOM 1348 O GLY 165 150.028 188.341 155.407 1.00 91.99 O ATOM 1349 N LYS 166 150.147 186.655 153.938 1.00 91.87 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.712 186.395 154.028 1.00 91.87 C ATOM 1351 C LYS 166 148.369 185.640 155.308 1.00 91.87 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.232 185.605 152.809 1.00 91.87 C ATOM 1353 O LYS 166 149.195 184.890 155.833 1.00 91.87 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.398 186.342 151.489 1.00 91.87 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.849 185.531 150.322 1.00 91.87 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.995 186.276 149.002 1.00 91.87 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.472 185.478 147.854 1.00 91.87 N ATOM 1358 N TRP 167 147.144 185.972 155.829 1.00 92.76 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.703 185.274 157.032 1.00 92.76 C ATOM 1360 C TRP 167 145.954 183.994 156.676 1.00 92.76 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.812 186.181 157.884 1.00 92.76 C ATOM 1362 O TRP 167 144.829 184.044 156.176 1.00 92.76 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.412 185.581 159.199 1.00 92.76 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.245 184.928 159.486 1.00 92.76 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.179 185.583 160.407 1.00 92.76 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.415 184.912 161.388 1.00 92.76 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.438 186.086 160.755 1.00 92.76 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.241 184.523 160.801 1.00 92.76 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 147.107 185.235 163.010 1.00 92.76 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.870 184.732 162.696 1.00 92.76 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.891 185.907 162.058 1.00 92.76 C ATOM 1372 N ILE 168 146.583 182.810 157.039 1.00 88.72 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.999 181.524 156.676 1.00 88.72 C ATOM 1374 C ILE 168 145.768 180.689 157.933 1.00 88.72 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.897 180.757 155.680 1.00 88.72 C ATOM 1376 O ILE 168 145.529 179.481 157.847 1.00 88.72 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.331 180.662 156.216 1.00 88.72 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.870 181.426 154.302 1.00 88.72 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.129 179.499 155.646 1.00 88.72 C ATOM 1380 N SER 169 145.908 181.267 159.099 1.00 81.23 N ATOM 1381 CA SER 169 145.872 180.547 160.368 1.00 81.23 C ATOM 1382 C SER 169 144.483 180.602 160.996 1.00 81.23 C ATOM 1383 CB SER 169 146.903 181.123 161.340 1.00 81.23 C ATOM 1384 O SER 169 144.352 180.753 162.212 1.00 81.23 O ATOM 1385 OG SER 169 148.211 181.015 160.808 1.00 81.23 O ATOM 1386 N GLY 170 143.431 180.555 160.347 1.00 81.69 N ATOM 1387 CA GLY 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