####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS293_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS293_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 125 170 - 295 1.00 1.10 LCS_AVERAGE: 91.71 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 121 135 135 42 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 121 135 135 56 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 121 135 135 65 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 121 135 135 23 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 121 135 135 3 11 59 120 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 125 135 135 38 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 125 135 135 3 3 3 106 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 125 135 135 4 85 117 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 125 135 135 63 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 125 135 135 16 86 120 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 125 135 135 31 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 125 135 135 63 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 125 135 135 56 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 125 135 135 68 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 125 135 135 57 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 125 135 135 57 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 125 135 135 33 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 125 135 135 26 95 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 125 135 135 7 95 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 125 135 135 23 98 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 125 135 135 9 88 113 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 125 135 135 3 33 59 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 125 135 135 3 6 14 57 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 125 135 135 27 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 125 135 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135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 125 135 135 68 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 125 135 135 66 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 125 135 135 66 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 125 135 135 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 117 135 135 44 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 117 135 135 18 89 110 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 117 135 135 32 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 69 135 135 3 19 35 107 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 65 135 135 3 3 82 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 97.24 ( 91.71 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 99 121 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 73.33 89.63 94.81 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.52 0.82 0.91 0.99 1.05 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 GDT RMS_ALL_AT 1.37 1.26 1.10 1.10 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.037 0 0.027 0.027 1.152 73.636 73.636 - LGA K 166 K 166 0.993 0 0.025 0.169 2.693 81.818 63.838 2.693 LGA W 167 W 167 0.723 0 0.070 0.154 1.286 77.727 78.442 0.921 LGA I 168 I 168 1.286 0 0.053 1.555 4.693 59.091 45.909 4.693 LGA S 169 S 169 2.317 0 0.507 0.495 4.958 44.545 31.818 4.958 LGA G 170 G 170 0.857 0 0.135 0.135 1.096 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.847 0 0.000 1.363 5.126 81.818 60.909 1.865 LGA A 172 A 172 0.903 0 0.035 0.027 1.015 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.422 0 0.040 0.075 0.855 95.455 92.208 0.855 LGA Y 174 Y 174 0.306 0 0.000 0.142 0.906 100.000 90.909 0.906 LGA G 175 G 175 0.485 0 0.078 0.078 0.493 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.596 0 0.022 0.139 0.823 81.818 86.364 0.533 LGA Q 177 Q 177 0.917 0 0.059 0.560 1.893 81.818 76.566 1.277 LGA L 178 L 178 0.904 0 0.036 0.099 1.202 77.727 77.727 1.202 LGA N 179 N 179 0.903 0 0.165 0.659 4.438 73.636 45.000 4.438 LGA K 180 K 180 3.290 0 0.298 0.972 13.132 29.545 13.131 13.132 LGA K 181 K 181 1.759 0 0.345 0.978 8.633 74.545 36.364 8.633 LGA T 182 T 182 0.535 0 0.047 1.130 3.323 77.727 65.714 3.323 LGA S 183 S 183 1.463 0 0.166 0.149 1.771 65.909 60.909 1.771 LGA K 184 K 184 1.150 0 0.062 0.769 2.097 69.545 64.444 2.097 LGA L 185 L 185 0.610 0 0.029 0.043 0.637 81.818 88.636 0.324 LGA D 186 D 186 0.338 0 0.073 0.084 0.757 95.455 97.727 0.224 LGA P 187 P 187 0.558 0 0.000 0.108 1.490 78.182 82.338 0.638 LGA V 188 V 188 1.049 0 0.039 0.039 1.311 69.545 67.792 1.311 LGA E 189 E 189 1.072 0 0.062 0.488 2.471 69.545 67.879 2.471 LGA D 190 D 190 1.070 0 0.000 0.072 1.315 73.636 69.545 1.315 LGA E 191 E 191 0.878 0 0.053 0.116 1.480 82.273 76.566 1.480 LGA A 192 A 192 0.459 0 0.016 0.026 0.617 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.514 0 0.049 0.667 3.310 86.364 69.697 3.310 LGA V 194 V 194 0.587 0 0.036 0.053 0.669 90.909 87.013 0.636 LGA V 195 V 195 0.220 0 0.000 0.030 0.432 100.000 100.000 0.228 LGA Q 196 Q 196 0.294 0 0.037 0.271 1.603 100.000 86.869 1.603 LGA L 197 L 197 0.315 0 0.016 0.031 0.546 100.000 95.455 0.546 LGA I 198 I 198 0.375 0 0.075 0.115 0.579 100.000 95.455 0.447 LGA F 199 F 199 0.252 0 0.036 0.048 0.354 100.000 100.000 0.180 LGA N 200 N 200 0.376 0 0.040 0.671 1.796 100.000 89.318 1.796 LGA I 201 I 201 0.187 0 0.032 0.065 0.273 100.000 100.000 0.273 LGA F 202 F 202 0.311 0 0.000 0.093 0.836 100.000 91.736 0.836 LGA L 203 L 203 0.496 0 0.026 0.115 1.215 100.000 88.864 0.994 LGA N 204 N 204 0.193 0 0.037 0.063 0.931 100.000 93.182 0.888 LGA G 205 G 205 0.358 0 0.035 0.035 0.407 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.375 0 0.000 0.816 2.567 90.909 77.727 1.055 LGA N 207 N 207 1.045 0 0.077 0.213 1.202 69.545 71.591 1.029 LGA G 208 G 208 1.285 0 0.030 0.030 1.629 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.345 0 0.079 0.137 2.100 65.455 56.162 2.100 LGA D 210 D 210 1.212 0 0.076 0.215 1.276 65.455 71.818 0.421 LGA Y 211 Y 211 1.786 0 0.059 0.443 2.019 50.909 52.273 1.449 LGA S 212 S 212 2.246 0 0.701 0.785 5.952 34.545 24.848 5.952 LGA Y 213 Y 213 2.831 0 0.116 1.627 14.545 45.455 15.303 14.545 LGA A 215 A 215 1.013 0 0.173 0.181 1.966 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.425 0 0.012 0.170 0.625 100.000 97.727 0.269 LGA A 217 A 217 0.504 0 0.018 0.044 0.590 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.639 0 0.041 0.076 1.154 86.364 82.121 1.154 LGA H 219 H 219 0.522 0 0.047 0.058 0.657 86.364 83.636 0.657 LGA L 220 L 220 0.466 0 0.029 0.138 0.527 100.000 97.727 0.527 LGA T 221 T 221 0.298 0 0.000 0.030 0.365 100.000 100.000 0.252 LGA N 222 N 222 0.347 0 0.037 0.097 0.643 100.000 93.182 0.643 LGA L 223 L 223 0.641 0 0.036 0.064 1.109 81.818 77.727 1.109 LGA Q 224 Q 224 0.377 0 0.085 0.837 4.760 95.455 64.040 4.760 LGA I 225 I 225 0.295 0 0.063 0.120 0.487 100.000 100.000 0.424 LGA P 226 P 226 0.623 0 0.075 0.086 1.005 81.818 79.481 1.005 LGA T 227 T 227 0.368 0 0.054 0.172 0.664 90.909 94.805 0.393 LGA P 228 P 228 1.002 0 0.047 0.066 1.024 77.727 77.143 0.978 LGA S 229 S 229 0.935 0 0.048 0.127 0.935 81.818 81.818 0.849 LGA G 230 G 230 0.724 0 0.009 0.009 0.748 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.225 0 0.080 0.705 2.633 90.909 87.879 2.633 LGA K 232 K 232 0.143 0 0.120 0.897 3.082 95.455 76.566 3.082 LGA R 233 R 233 0.157 0 0.064 1.369 8.140 95.455 51.901 8.140 LGA W 234 W 234 0.399 0 0.069 0.091 0.709 95.455 96.104 0.390 LGA N 235 N 235 0.981 0 0.134 0.911 2.852 77.727 63.409 2.112 LGA Q 236 Q 236 0.374 0 0.050 0.815 3.584 95.455 78.182 0.543 LGA Y 237 Y 237 0.966 0 0.028 0.333 2.654 81.818 61.818 2.654 LGA T 238 T 238 0.725 0 0.015 0.239 1.135 81.818 79.481 1.135 LGA I 239 I 239 0.507 0 0.028 0.094 0.568 86.364 93.182 0.406 LGA K 240 K 240 0.825 0 0.061 0.663 4.951 81.818 59.798 4.951 LGA A 241 A 241 0.862 0 0.034 0.041 1.073 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.296 0 0.021 0.065 1.069 100.000 88.864 1.069 LGA L 243 L 243 0.225 0 0.043 0.135 0.483 100.000 100.000 0.373 LGA Q 244 Q 244 0.443 0 0.000 0.243 0.884 90.909 91.919 0.884 LGA N 245 N 245 0.717 0 0.040 0.076 0.751 81.818 81.818 0.687 LGA E 246 E 246 0.660 0 0.025 0.764 1.871 81.818 74.949 1.713 LGA V 247 V 247 0.369 0 0.014 0.070 0.458 100.000 100.000 0.323 LGA Y 248 Y 248 0.435 0 0.041 0.171 1.297 95.455 89.545 1.297 LGA I 249 I 249 0.521 0 0.078 0.111 0.999 90.909 86.364 0.999 LGA G 250 G 250 0.414 0 0.031 0.031 0.537 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.572 0 0.091 0.116 0.749 81.818 81.818 0.685 LGA V 252 V 252 0.504 0 0.024 0.101 0.708 81.818 84.416 0.556 LGA K 253 K 253 0.548 0 0.000 0.239 0.784 86.364 89.899 0.391 LGA Y 254 Y 254 0.697 0 0.038 0.332 2.506 81.818 69.394 2.506 LGA K 255 K 255 0.922 0 0.038 0.158 1.332 73.636 72.727 1.001 LGA V 256 V 256 1.181 0 0.058 0.087 1.281 65.455 65.455 1.281 LGA R 257 R 257 1.088 0 0.030 1.106 4.470 73.636 52.727 3.980 LGA E 258 E 258 1.422 0 0.104 1.079 5.889 55.000 35.960 5.889 LGA K 259 K 259 1.400 0 0.000 0.251 1.552 61.818 62.222 1.304 LGA T 260 T 260 1.669 0 0.010 0.215 2.349 50.909 47.273 2.102 LGA K 261 K 261 1.732 0 0.038 0.750 5.526 44.545 33.535 5.526 LGA D 262 D 262 2.458 0 0.051 0.981 4.241 35.455 25.455 4.241 LGA G 263 G 263 1.805 0 0.072 0.072 1.922 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.911 0 0.033 0.530 2.961 44.545 45.455 2.961 LGA R 265 R 265 1.574 0 0.057 1.025 2.733 50.909 54.380 2.733 LGA T 266 T 266 1.731 0 0.050 0.145 1.972 50.909 50.909 1.604 LGA I 267 I 267 1.443 0 0.022 0.092 1.933 61.818 58.182 1.933 LGA R 268 R 268 1.216 0 0.023 1.010 2.838 65.455 58.182 2.447 LGA P 269 P 269 1.530 0 0.023 0.055 1.791 61.818 59.221 1.791 LGA E 270 E 270 1.448 0 0.003 0.873 4.322 61.818 42.626 3.648 LGA K 271 K 271 1.462 0 0.054 0.746 4.653 65.455 45.455 4.653 LGA E 272 E 272 1.186 0 0.088 0.084 2.554 69.545 55.354 2.554 LGA Q 273 Q 273 1.164 0 0.037 0.057 1.366 65.455 65.455 1.229 LGA I 274 I 274 0.752 0 0.082 0.079 0.887 81.818 81.818 0.825 LGA V 275 V 275 0.435 0 0.030 0.062 0.606 100.000 94.805 0.526 LGA V 276 V 276 0.473 0 0.000 0.030 0.622 100.000 92.208 0.586 LGA Q 277 Q 277 0.537 0 0.032 0.663 3.600 90.909 66.869 3.600 LGA D 278 D 278 0.471 0 0.112 0.174 0.808 90.909 86.364 0.808 LGA A 279 A 279 0.550 0 0.027 0.059 0.637 90.909 89.091 - LGA H 280 H 280 0.245 0 0.041 0.203 0.533 100.000 98.182 0.277 LGA A 281 A 281 0.168 0 0.000 0.000 0.366 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.353 0 0.021 0.052 0.812 95.455 92.208 0.812 LGA I 283 I 283 0.394 0 0.051 0.106 0.785 90.909 90.909 0.637 LGA I 284 I 284 0.525 0 0.014 0.057 0.665 86.364 93.182 0.380 LGA D 285 D 285 0.930 0 0.043 0.111 1.385 81.818 73.636 1.168 LGA K 286 K 286 1.035 0 0.019 0.241 1.372 69.545 69.091 1.232 LGA E 287 E 287 1.227 0 0.033 0.270 1.506 65.455 63.838 1.114 LGA Q 288 Q 288 0.876 0 0.000 0.246 1.508 77.727 72.929 1.508 LGA F 289 F 289 0.824 0 0.041 0.131 1.086 81.818 77.355 1.040 LGA Q 290 Q 290 1.275 0 0.049 0.626 1.749 65.455 64.040 1.080 LGA Q 291 Q 291 1.064 0 0.000 0.178 1.358 73.636 69.091 1.358 LGA S 292 S 292 0.792 0 0.070 0.682 2.796 77.727 70.000 2.796 LGA Q 293 Q 293 1.193 0 0.032 0.245 1.534 65.455 63.838 1.479 LGA V 294 V 294 1.433 0 0.030 0.062 1.576 65.455 61.299 1.539 LGA K 295 K 295 0.885 0 0.036 0.149 1.125 69.545 76.364 0.891 LGA I 296 I 296 1.280 0 0.029 0.097 1.767 58.182 62.045 1.103 LGA A 297 A 297 1.995 0 0.070 0.083 2.582 41.818 41.091 - LGA N 298 N 298 1.358 0 0.116 0.542 2.409 51.364 59.091 2.263 LGA K 299 K 299 3.330 0 0.438 0.854 14.044 40.000 17.778 14.044 LGA V 300 V 300 2.425 0 0.120 0.135 4.443 38.182 24.935 4.429 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.089 1.058 1.943 78.731 72.983 57.983 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.09 92.037 96.566 11.352 LGA_LOCAL RMSD: 1.089 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.089 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.089 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.468817 * X + 0.825562 * Y + -0.314099 * Z + 154.180420 Y_new = -0.863081 * X + 0.352507 * Y + -0.361705 * Z + 152.239273 Z_new = -0.187888 * X + 0.440667 * Y + 0.877788 * Z + 142.707214 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.073196 0.189011 0.465262 [DEG: -61.4896 10.8296 26.6575 ] ZXZ: -0.715071 0.499572 -0.403032 [DEG: -40.9705 28.6234 -23.0921 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS293_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS293_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.09 96.566 1.09 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS293_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.571 186.909 153.512 1.00 91.03 N ATOM 1346 CA GLY 165 151.997 187.730 154.568 1.00 91.03 C ATOM 1347 C GLY 165 150.491 187.586 154.682 1.00 91.03 C ATOM 1348 O GLY 165 149.836 188.386 155.354 1.00 91.03 O ATOM 1349 N LYS 166 149.919 186.601 153.993 1.00 91.04 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.484 186.348 154.090 1.00 91.04 C ATOM 1351 C LYS 166 148.138 185.639 155.395 1.00 91.04 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.003 185.519 152.898 1.00 91.04 C ATOM 1353 O LYS 166 148.981 184.953 155.978 1.00 91.04 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.176 186.209 151.554 1.00 91.04 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.661 185.343 150.410 1.00 91.04 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.840 186.030 149.063 1.00 91.04 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.328 185.189 147.941 1.00 91.04 N ATOM 1358 N TRP 167 146.918 185.892 155.893 1.00 93.04 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.461 185.233 157.113 1.00 93.04 C ATOM 1360 C TRP 167 145.710 183.946 156.788 1.00 93.04 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.564 186.170 157.926 1.00 93.04 C ATOM 1362 O TRP 167 144.595 183.986 156.262 1.00 93.04 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.164 185.622 159.263 1.00 93.04 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.981 185.018 159.586 1.00 93.04 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.948 185.633 160.460 1.00 93.04 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.176 185.017 161.470 1.00 93.04 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.230 186.102 160.777 1.00 93.04 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.982 184.652 160.911 1.00 93.04 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.903 185.327 163.059 1.00 93.04 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.646 184.859 162.777 1.00 93.04 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.695 185.945 162.077 1.00 93.04 C ATOM 1372 N ILE 168 146.324 182.849 157.169 1.00 87.30 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.737 181.558 156.829 1.00 87.30 C ATOM 1374 C ILE 168 145.482 180.754 158.101 1.00 87.30 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.644 180.760 155.864 1.00 87.30 C ATOM 1376 O ILE 168 145.151 179.569 158.039 1.00 87.30 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.112 180.876 156.295 1.00 87.30 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.457 181.242 154.423 1.00 87.30 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.956 179.657 155.947 1.00 87.30 C ATOM 1380 N SER 169 145.653 181.293 159.310 1.00 80.22 N ATOM 1381 CA SER 169 145.605 180.585 160.584 1.00 80.22 C ATOM 1382 C SER 169 144.211 180.651 161.202 1.00 80.22 C ATOM 1383 CB SER 169 146.631 181.163 161.559 1.00 80.22 C ATOM 1384 O SER 169 144.072 180.735 162.424 1.00 80.22 O ATOM 1385 OG SER 169 147.944 181.038 161.041 1.00 80.22 O ATOM 1386 N GLY 170 143.163 180.615 160.501 1.00 81.71 N ATOM 1387 CA GLY 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1629 ND2 ASN 200 146.650 204.979 177.159 1.00 93.81 N ATOM 1630 OD1 ASN 200 148.549 204.111 177.990 1.00 93.81 O ATOM 1631 N ILE 201 146.601 200.632 179.272 1.00 93.22 N ATOM 1632 CA ILE 201 146.305 200.375 180.678 1.00 93.22 C ATOM 1633 C ILE 201 147.381 199.470 181.274 1.00 93.22 C ATOM 1634 CB ILE 201 144.909 199.736 180.854 1.00 93.22 C ATOM 1635 O ILE 201 147.847 199.704 182.392 1.00 93.22 O ATOM 1636 CG1 ILE 201 143.816 200.706 180.393 1.00 93.22 C ATOM 1637 CG2 ILE 201 144.689 199.313 182.309 1.00 93.22 C ATOM 1638 CD1 ILE 201 142.418 200.102 180.381 1.00 93.22 C ATOM 1639 N PHE 202 147.822 198.485 180.500 1.00 93.00 N ATOM 1640 CA PHE 202 148.820 197.542 180.990 1.00 93.00 C ATOM 1641 C PHE 202 150.153 198.239 181.229 1.00 93.00 C ATOM 1642 CB PHE 202 149.001 196.387 180.000 1.00 93.00 C ATOM 1643 O PHE 202 150.794 198.028 182.261 1.00 93.00 O ATOM 1644 CG PHE 202 149.986 195.345 180.457 1.00 93.00 C ATOM 1645 CD1 PHE 202 151.208 195.193 179.813 1.00 93.00 C ATOM 1646 CD2 PHE 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