####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS293_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS293_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 51 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 57 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 60 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 30 107 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 19 39 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 70 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 4 112 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 26 103 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 59 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 28 98 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 107 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 57 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 70 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 59 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 56 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 28 105 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 21 104 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 10 104 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 22 104 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 10 87 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 6 34 82 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 15 79 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 41 110 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 70 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 45 98 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 57 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 94 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 111 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 82.22 93.33 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.56 0.71 0.81 0.85 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.16 1.00 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.939 0 0.042 0.042 1.037 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.825 0 0.022 0.178 2.580 81.818 65.253 2.580 LGA W 167 W 167 0.530 0 0.074 0.138 1.179 77.727 75.974 1.082 LGA I 168 I 168 1.062 0 0.074 1.577 4.634 70.455 53.409 4.634 LGA S 169 S 169 2.254 0 0.490 0.486 4.957 55.000 38.788 4.957 LGA G 170 G 170 0.779 0 0.130 0.130 1.043 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.821 0 0.000 1.297 5.008 81.818 62.273 1.747 LGA A 172 A 172 0.921 0 0.035 0.027 0.999 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.449 0 0.037 0.084 1.010 95.455 87.273 1.010 LGA Y 174 Y 174 0.323 0 0.000 0.174 0.873 100.000 90.909 0.873 LGA G 175 G 175 0.382 0 0.070 0.070 0.434 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.569 0 0.021 0.137 0.760 86.364 89.394 0.532 LGA Q 177 Q 177 0.905 0 0.055 0.535 1.963 81.818 76.566 1.144 LGA L 178 L 178 0.820 0 0.032 0.070 1.084 81.818 79.773 1.084 LGA N 179 N 179 1.013 0 0.163 0.739 4.676 69.545 42.045 4.676 LGA K 180 K 180 3.331 0 0.307 0.972 13.045 29.545 13.131 13.045 LGA K 181 K 181 1.679 0 0.346 0.971 8.446 74.545 36.364 8.446 LGA T 182 T 182 0.531 0 0.042 1.130 3.242 77.727 65.714 3.242 LGA S 183 S 183 1.294 0 0.190 0.168 1.637 69.545 63.333 1.637 LGA K 184 K 184 1.012 0 0.055 0.777 2.078 69.545 67.879 2.078 LGA L 185 L 185 0.563 0 0.042 0.046 0.640 81.818 90.909 0.304 LGA D 186 D 186 0.357 0 0.076 0.087 0.814 90.909 95.455 0.152 LGA P 187 P 187 0.600 0 0.000 0.081 1.498 78.182 79.740 0.679 LGA V 188 V 188 0.994 0 0.045 0.037 1.217 81.818 74.805 1.217 LGA E 189 E 189 0.971 0 0.056 0.538 2.640 81.818 73.939 2.640 LGA D 190 D 190 0.894 0 0.000 0.092 1.122 81.818 75.682 1.122 LGA E 191 E 191 0.695 0 0.059 0.118 1.343 90.909 82.222 1.343 LGA A 192 A 192 0.288 0 0.026 0.032 0.433 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.322 0 0.053 0.675 3.113 100.000 77.778 3.113 LGA V 194 V 194 0.377 0 0.037 0.056 0.461 100.000 100.000 0.418 LGA V 195 V 195 0.099 0 0.000 0.035 0.340 100.000 100.000 0.172 LGA Q 196 Q 196 0.271 0 0.047 0.270 1.396 100.000 88.485 1.396 LGA L 197 L 197 0.235 0 0.026 0.050 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA I 198 I 198 0.164 0 0.074 0.112 0.349 100.000 100.000 0.183 LGA F 199 F 199 0.283 0 0.041 0.079 0.411 100.000 100.000 0.134 LGA N 200 N 200 0.393 0 0.056 0.809 2.635 100.000 88.636 2.635 LGA I 201 I 201 0.129 0 0.030 0.080 0.222 100.000 100.000 0.159 LGA F 202 F 202 0.301 0 0.000 0.088 0.767 100.000 93.388 0.767 LGA L 203 L 203 0.584 0 0.031 0.123 1.312 90.909 82.273 1.065 LGA N 204 N 204 0.248 0 0.042 0.070 0.957 100.000 93.182 0.957 LGA G 205 G 205 0.277 0 0.038 0.038 0.290 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.491 0 0.039 1.030 2.969 90.909 77.727 1.452 LGA N 207 N 207 1.088 0 0.081 0.215 1.234 69.545 67.500 1.230 LGA G 208 G 208 1.238 0 0.000 0.000 1.526 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.266 0 0.068 0.129 1.763 65.455 58.990 1.763 LGA D 210 D 210 1.185 0 0.067 0.632 1.689 69.545 63.864 1.596 LGA Y 211 Y 211 1.664 0 0.078 0.414 2.050 54.545 54.848 1.443 LGA S 212 S 212 2.010 0 0.701 0.784 5.608 39.545 28.182 5.608 LGA Y 213 Y 213 3.049 0 0.124 1.631 14.902 36.364 12.273 14.902 LGA A 215 A 215 0.933 0 0.166 0.174 2.057 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.339 0 0.024 0.173 0.478 100.000 100.000 0.461 LGA A 217 A 217 0.208 0 0.017 0.045 0.321 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.402 0 0.045 0.078 1.146 100.000 91.212 1.146 LGA H 219 H 219 0.136 0 0.048 0.072 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA L 220 L 220 0.250 0 0.023 0.133 0.402 100.000 100.000 0.402 LGA T 221 T 221 0.217 0 0.016 0.034 0.386 100.000 100.000 0.253 LGA N 222 N 222 0.310 0 0.039 0.091 0.502 95.455 97.727 0.211 LGA L 223 L 223 0.563 0 0.034 0.059 1.032 86.364 82.045 0.834 LGA Q 224 Q 224 0.539 0 0.084 0.831 4.210 90.909 65.455 4.210 LGA I 225 I 225 0.540 0 0.069 0.116 0.540 90.909 95.455 0.341 LGA P 226 P 226 0.651 0 0.077 0.084 0.943 90.909 87.013 0.943 LGA T 227 T 227 0.135 0 0.048 0.163 0.552 100.000 97.403 0.248 LGA P 228 P 228 0.827 0 0.057 0.074 0.914 81.818 81.818 0.845 LGA S 229 S 229 0.773 0 0.058 0.096 1.053 90.909 82.424 1.053 LGA G 230 G 230 0.458 0 0.006 0.006 0.571 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.504 0 0.084 0.706 3.064 82.273 74.949 3.064 LGA K 232 K 232 0.616 0 0.133 0.893 3.815 81.818 63.030 3.815 LGA R 233 R 233 0.474 0 0.053 1.392 8.180 90.909 48.595 8.180 LGA W 234 W 234 0.200 0 0.060 0.079 0.356 100.000 100.000 0.116 LGA N 235 N 235 0.644 0 0.108 0.927 2.989 86.364 69.318 1.806 LGA Q 236 Q 236 0.487 0 0.051 0.839 3.416 95.455 78.990 0.699 LGA Y 237 Y 237 0.888 0 0.028 0.373 2.656 81.818 63.030 2.656 LGA T 238 T 238 0.568 0 0.003 0.241 0.795 81.818 84.416 0.795 LGA I 239 I 239 0.460 0 0.027 0.082 0.505 90.909 95.455 0.190 LGA K 240 K 240 0.797 0 0.059 0.671 5.067 81.818 59.596 5.067 LGA A 241 A 241 0.832 0 0.041 0.047 1.023 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.328 0 0.000 0.063 0.922 100.000 93.182 0.922 LGA L 243 L 243 0.250 0 0.038 0.133 0.459 100.000 100.000 0.335 LGA Q 244 Q 244 0.360 0 0.009 0.262 1.088 90.909 88.081 1.088 LGA N 245 N 245 0.585 0 0.053 0.091 0.675 86.364 84.091 0.616 LGA E 246 E 246 0.504 0 0.026 0.777 2.735 90.909 81.818 0.451 LGA V 247 V 247 0.262 0 0.004 0.104 0.342 100.000 100.000 0.321 LGA Y 248 Y 248 0.329 0 0.044 0.162 1.225 100.000 91.061 1.225 LGA I 249 I 249 0.394 0 0.065 0.114 0.812 100.000 90.909 0.812 LGA G 250 G 250 0.367 0 0.041 0.041 0.494 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.489 0 0.082 0.102 0.679 95.455 89.610 0.583 LGA V 252 V 252 0.415 0 0.024 0.108 0.731 95.455 97.403 0.483 LGA K 253 K 253 0.447 0 0.000 0.207 0.678 90.909 93.939 0.261 LGA Y 254 Y 254 0.646 0 0.064 0.323 2.586 81.818 69.394 2.586 LGA K 255 K 255 0.473 0 0.053 0.933 6.318 90.909 55.960 6.318 LGA V 256 V 256 0.579 0 0.079 0.100 0.754 90.909 87.013 0.754 LGA R 257 R 257 0.292 0 0.035 1.101 5.007 90.909 60.661 4.509 LGA E 258 E 258 0.601 0 0.115 1.088 5.164 78.636 51.515 5.164 LGA K 259 K 259 0.514 0 0.000 0.167 1.328 86.364 80.202 1.328 LGA T 260 T 260 1.022 0 0.021 0.096 1.538 69.545 65.714 1.538 LGA K 261 K 261 1.329 0 0.031 0.732 5.436 58.182 44.444 5.436 LGA D 262 D 262 1.972 0 0.071 0.929 2.582 47.727 41.818 2.582 LGA G 263 G 263 1.167 0 0.072 0.072 1.318 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.201 0 0.010 0.519 3.017 65.455 60.202 3.017 LGA R 265 R 265 0.890 0 0.072 1.017 3.144 69.545 57.025 2.709 LGA T 266 T 266 1.006 0 0.050 0.126 1.253 69.545 70.130 0.768 LGA I 267 I 267 0.893 0 0.008 0.072 1.519 77.727 69.773 1.519 LGA R 268 R 268 0.767 0 0.024 1.027 2.775 81.818 69.917 2.775 LGA P 269 P 269 1.148 0 0.019 0.049 1.368 69.545 67.792 1.368 LGA E 270 E 270 1.107 0 0.015 0.859 4.060 65.455 49.293 3.477 LGA K 271 K 271 1.184 0 0.074 0.834 4.303 65.455 48.889 4.303 LGA E 272 E 272 0.877 0 0.187 0.144 2.244 77.727 64.646 2.244 LGA Q 273 Q 273 0.990 0 0.036 0.076 1.114 73.636 70.909 1.023 LGA I 274 I 274 0.750 0 0.070 0.069 0.893 81.818 81.818 0.893 LGA V 275 V 275 0.387 0 0.031 0.065 0.543 100.000 97.403 0.438 LGA V 276 V 276 0.468 0 0.000 0.025 0.571 100.000 94.805 0.533 LGA Q 277 Q 277 0.433 0 0.046 0.679 3.434 100.000 73.939 3.434 LGA D 278 D 278 0.304 0 0.095 0.189 0.783 100.000 95.455 0.783 LGA A 279 A 279 0.448 0 0.027 0.062 0.535 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.217 0 0.046 0.179 0.438 100.000 100.000 0.234 LGA A 281 A 281 0.305 0 0.000 0.000 0.539 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.400 0 0.019 0.053 0.828 90.909 87.013 0.828 LGA I 283 I 283 0.433 0 0.050 0.095 0.774 90.909 90.909 0.670 LGA I 284 I 284 0.478 0 0.000 0.023 0.597 90.909 95.455 0.412 LGA D 285 D 285 0.860 0 0.046 1.152 4.314 81.818 60.909 1.574 LGA K 286 K 286 0.947 0 0.032 0.236 1.388 81.818 74.545 1.388 LGA E 287 E 287 1.044 0 0.033 0.330 1.257 73.636 70.909 1.130 LGA Q 288 Q 288 0.739 0 0.000 0.233 1.333 81.818 76.364 1.228 LGA F 289 F 289 0.725 0 0.033 0.132 1.018 81.818 80.331 0.956 LGA Q 290 Q 290 1.073 0 0.049 1.171 2.888 73.636 65.051 2.888 LGA Q 291 Q 291 0.906 0 0.000 0.174 1.274 81.818 76.364 1.274 LGA S 292 S 292 0.727 0 0.072 0.686 2.755 81.818 72.727 2.755 LGA Q 293 Q 293 1.002 0 0.035 0.228 1.384 69.545 70.909 1.384 LGA V 294 V 294 1.238 0 0.031 0.062 1.347 65.455 65.455 1.347 LGA K 295 K 295 0.770 0 0.046 0.147 0.991 81.818 81.818 0.991 LGA I 296 I 296 1.006 0 0.028 0.097 1.354 69.545 69.545 1.001 LGA A 297 A 297 1.521 0 0.075 0.087 2.006 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.821 0 0.087 0.574 2.174 65.909 72.955 2.174 LGA K 299 K 299 2.627 0 0.434 0.853 13.598 56.364 25.253 13.598 LGA V 300 V 300 2.400 0 0.119 0.132 5.055 47.727 28.312 5.055 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.929 0.885 1.891 83.680 76.658 58.961 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.815 97.794 13.121 LGA_LOCAL RMSD: 0.929 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.929 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.929 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.052790 * X + 0.588317 * Y + -0.806905 * Z + 154.420746 Y_new = -0.973708 * X + -0.209633 * Y + -0.089141 * Z + 151.800293 Z_new = -0.221597 * X + 0.780985 * Y + 0.583916 * Z + 143.272537 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.624959 0.223452 0.928791 [DEG: -93.1033 12.8029 53.2158 ] ZXZ: -1.460770 0.947253 -0.276474 [DEG: -83.6960 54.2736 -15.8408 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS293_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS293_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.794 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS293_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.713 186.936 153.468 1.00 91.46 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.129 187.766 154.508 1.00 91.46 C ATOM 1347 C GLY 165 150.621 187.628 154.607 1.00 91.46 C ATOM 1348 O GLY 165 149.967 188.400 155.311 1.00 91.46 O ATOM 1349 N LYS 166 150.062 186.687 153.870 1.00 91.65 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.629 186.429 153.963 1.00 91.65 C ATOM 1351 C LYS 166 148.284 185.699 155.258 1.00 91.65 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.151 185.614 152.759 1.00 91.65 C ATOM 1353 O LYS 166 149.110 184.959 155.797 1.00 91.65 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.322 186.324 151.424 1.00 91.65 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.778 185.487 150.273 1.00 91.65 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.928 186.206 148.939 1.00 91.65 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.400 185.388 147.806 1.00 91.65 N ATOM 1358 N TRP 167 147.072 186.009 155.800 1.00 92.54 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.629 185.336 157.016 1.00 92.54 C ATOM 1360 C TRP 167 145.879 184.049 156.684 1.00 92.54 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.735 186.261 157.848 1.00 92.54 C ATOM 1362 O TRP 167 144.751 184.090 156.190 1.00 92.54 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.348 185.696 159.181 1.00 92.54 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.184 185.052 159.496 1.00 92.54 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.125 185.731 160.382 1.00 92.54 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.371 185.087 161.387 1.00 92.54 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.389 186.243 160.705 1.00 92.54 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.191 184.682 160.821 1.00 92.54 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 147.077 185.453 162.985 1.00 92.54 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.838 184.942 162.695 1.00 92.54 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.853 186.098 162.008 1.00 92.54 C ATOM 1372 N ILE 168 146.516 182.863 157.029 1.00 88.15 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.939 181.568 156.683 1.00 88.15 C ATOM 1374 C ILE 168 145.700 180.753 157.951 1.00 88.15 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.847 180.788 155.707 1.00 88.15 C ATOM 1376 O ILE 168 145.456 179.546 157.885 1.00 88.15 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.285 180.741 156.237 1.00 88.15 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.798 181.411 154.308 1.00 88.15 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.111 179.587 155.686 1.00 88.15 C ATOM 1380 N SER 169 145.836 181.322 159.137 1.00 80.59 N ATOM 1381 CA SER 169 145.796 180.619 160.415 1.00 80.59 C ATOM 1382 C SER 169 144.406 180.682 161.038 1.00 80.59 C ATOM 1383 CB SER 169 146.824 181.207 161.383 1.00 80.59 C ATOM 1384 O SER 169 144.271 180.845 162.253 1.00 80.59 O ATOM 1385 OG SER 169 148.136 181.082 160.861 1.00 80.59 O ATOM 1386 N GLY 170 143.358 180.574 160.346 1.00 81.11 N ATOM 1387 CA GLY 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