####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS293_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS293_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.01 LCS_AVERAGE: 99.24 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 50 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 60 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 63 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 21 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 5 19 52 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 35 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 58 117 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 24 83 123 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 55 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 32 95 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 32 100 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 60 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 66 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 66 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 56 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 56 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 66 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 66 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 55 101 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 44 90 116 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 56 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 3 89 118 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 130 135 135 3 3 103 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.75 ( 99.24 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 102 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 75.56 91.85 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.56 0.79 0.87 0.94 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 GDT RMS_ALL_AT 1.33 1.11 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.980 0 0.048 0.048 1.105 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.902 0 0.025 0.188 2.813 81.818 63.838 2.813 LGA W 167 W 167 0.581 0 0.053 0.135 1.142 77.727 78.442 1.054 LGA I 168 I 168 1.143 0 0.027 1.232 4.123 59.091 49.545 4.123 LGA S 169 S 169 2.127 0 0.502 0.498 4.832 51.818 36.667 4.832 LGA G 170 G 170 0.966 0 0.136 0.136 1.029 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.921 0 0.007 1.423 5.247 81.818 59.318 2.060 LGA A 172 A 172 0.939 0 0.033 0.026 1.033 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.428 0 0.031 0.140 1.175 95.455 87.273 1.175 LGA Y 174 Y 174 0.299 0 0.000 0.149 0.995 100.000 89.394 0.995 LGA G 175 G 175 0.398 0 0.060 0.060 0.440 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.571 0 0.019 0.148 0.768 86.364 89.394 0.588 LGA Q 177 Q 177 0.878 0 0.058 0.721 2.819 81.818 72.121 0.986 LGA L 178 L 178 0.857 0 0.032 0.269 1.526 77.727 75.909 1.526 LGA N 179 N 179 0.917 0 0.165 0.676 4.461 73.636 45.909 4.461 LGA K 180 K 180 3.266 0 0.315 0.970 13.444 29.545 13.131 13.444 LGA K 181 K 181 1.827 0 0.333 1.041 9.095 65.909 31.919 9.095 LGA T 182 T 182 0.563 0 0.044 1.115 3.277 81.818 68.052 3.277 LGA S 183 S 183 1.324 0 0.172 0.160 1.644 69.545 63.333 1.644 LGA K 184 K 184 1.077 0 0.059 0.802 2.356 69.545 67.879 2.356 LGA L 185 L 185 0.606 0 0.035 0.118 0.852 81.818 88.636 0.311 LGA D 186 D 186 0.363 0 0.070 0.087 0.806 90.909 95.455 0.205 LGA P 187 P 187 0.599 0 0.000 0.181 1.541 74.545 80.260 0.524 LGA V 188 V 188 1.045 0 0.033 0.038 1.269 69.545 67.792 1.269 LGA E 189 E 189 1.034 0 0.049 0.689 3.374 73.636 65.859 3.374 LGA D 190 D 190 0.999 0 0.018 0.095 1.234 81.818 73.636 1.234 LGA E 191 E 191 0.784 0 0.057 0.106 1.236 86.364 82.020 1.236 LGA A 192 A 192 0.401 0 0.023 0.035 0.540 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.437 0 0.059 0.709 3.661 100.000 73.131 3.661 LGA V 194 V 194 0.526 0 0.030 0.050 0.601 95.455 89.610 0.562 LGA V 195 V 195 0.184 0 0.000 0.040 0.405 100.000 100.000 0.216 LGA Q 196 Q 196 0.295 0 0.046 0.318 1.682 100.000 85.253 1.682 LGA L 197 L 197 0.284 0 0.016 0.219 0.837 100.000 93.182 0.837 LGA I 198 I 198 0.340 0 0.078 0.130 0.576 100.000 95.455 0.342 LGA F 199 F 199 0.295 0 0.042 0.085 0.426 100.000 100.000 0.161 LGA N 200 N 200 0.369 0 0.053 0.816 2.679 100.000 88.636 2.679 LGA I 201 I 201 0.154 0 0.034 0.093 0.281 100.000 100.000 0.281 LGA F 202 F 202 0.349 0 0.000 0.101 0.960 95.455 88.430 0.960 LGA L 203 L 203 0.552 0 0.038 0.087 1.094 90.909 82.273 1.032 LGA N 204 N 204 0.170 0 0.043 0.112 1.066 100.000 91.136 0.940 LGA G 205 G 205 0.424 0 0.037 0.037 0.465 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.459 0 0.000 0.525 1.809 90.909 84.773 0.553 LGA N 207 N 207 1.064 0 0.069 0.290 1.505 69.545 67.727 1.038 LGA G 208 G 208 1.351 0 0.000 0.000 1.620 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.364 0 0.076 0.166 1.948 65.455 58.990 1.948 LGA D 210 D 210 1.223 0 0.075 0.338 1.236 65.455 71.591 0.751 LGA Y 211 Y 211 1.765 0 0.055 0.426 2.145 50.909 48.788 1.558 LGA S 212 S 212 2.281 0 0.701 0.753 5.848 34.545 24.848 5.848 LGA Y 213 Y 213 2.858 0 0.125 1.622 14.615 45.455 15.303 14.615 LGA A 215 A 215 1.024 0 0.166 0.174 1.996 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.388 0 0.000 0.170 0.578 100.000 97.727 0.285 LGA A 217 A 217 0.435 0 0.028 0.052 0.508 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.580 0 0.038 0.046 1.054 90.909 85.152 1.054 LGA H 219 H 219 0.431 0 0.047 0.062 0.632 100.000 89.091 0.632 LGA L 220 L 220 0.384 0 0.018 0.196 0.579 100.000 95.455 0.541 LGA T 221 T 221 0.113 0 0.022 0.049 0.194 100.000 100.000 0.147 LGA N 222 N 222 0.234 0 0.042 0.167 0.760 100.000 93.182 0.760 LGA L 223 L 223 0.578 0 0.028 0.175 1.100 81.818 79.773 0.836 LGA Q 224 Q 224 0.435 0 0.085 0.775 4.259 100.000 68.485 4.259 LGA I 225 I 225 0.432 0 0.057 0.125 0.499 100.000 100.000 0.458 LGA P 226 P 226 0.526 0 0.063 0.131 1.158 90.909 84.675 1.158 LGA T 227 T 227 0.247 0 0.056 0.173 0.473 100.000 100.000 0.282 LGA P 228 P 228 0.817 0 0.054 0.099 0.866 81.818 81.818 0.663 LGA S 229 S 229 0.771 0 0.055 0.301 1.593 86.364 79.697 1.593 LGA G 230 G 230 0.441 0 0.000 0.000 0.483 100.000 100.000 - LGA K 231 K 231 0.339 0 0.081 0.700 2.864 90.909 81.818 2.864 LGA K 232 K 232 0.408 0 0.155 0.839 3.113 95.455 75.152 3.113 LGA R 233 R 233 0.276 0 0.055 1.318 7.447 95.455 54.711 7.447 LGA W 234 W 234 0.303 0 0.062 0.080 0.538 100.000 98.701 0.226 LGA N 235 N 235 0.856 0 0.122 0.900 2.443 81.818 68.409 1.921 LGA Q 236 Q 236 0.402 0 0.047 0.873 3.874 95.455 76.566 0.953 LGA Y 237 Y 237 0.950 0 0.021 0.364 2.860 77.727 60.455 2.860 LGA T 238 T 238 0.703 0 0.028 0.384 1.331 81.818 79.481 1.331 LGA I 239 I 239 0.515 0 0.035 0.133 0.563 86.364 93.182 0.426 LGA K 240 K 240 0.854 0 0.058 0.648 5.021 81.818 57.778 5.021 LGA A 241 A 241 0.877 0 0.050 0.056 1.078 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.244 0 0.032 0.087 0.944 100.000 95.455 0.944 LGA L 243 L 243 0.303 0 0.037 0.089 0.521 95.455 97.727 0.437 LGA Q 244 Q 244 0.491 0 0.000 0.290 1.150 90.909 90.101 1.150 LGA N 245 N 245 0.654 0 0.048 0.082 0.684 81.818 81.818 0.628 LGA E 246 E 246 0.647 0 0.023 0.751 1.766 81.818 74.949 1.766 LGA V 247 V 247 0.347 0 0.000 0.397 0.964 100.000 94.805 0.964 LGA Y 248 Y 248 0.412 0 0.036 0.152 1.261 95.455 89.545 1.261 LGA I 249 I 249 0.516 0 0.068 0.090 1.010 90.909 84.318 1.010 LGA G 250 G 250 0.519 0 0.043 0.043 0.626 86.364 86.364 - LGA T 251 T 251 0.651 0 0.089 0.116 0.778 81.818 81.818 0.742 LGA V 252 V 252 0.567 0 0.022 0.131 0.751 81.818 84.416 0.697 LGA K 253 K 253 0.481 0 0.009 0.294 0.690 90.909 87.879 0.583 LGA Y 254 Y 254 0.658 0 0.061 0.318 2.608 81.818 69.394 2.608 LGA K 255 K 255 0.563 0 0.070 0.651 4.222 81.818 55.152 4.222 LGA V 256 V 256 0.854 0 0.089 0.210 1.302 81.818 77.143 1.302 LGA R 257 R 257 0.747 0 0.029 1.082 4.390 81.818 58.678 3.999 LGA E 258 E 258 1.091 0 0.113 1.090 5.523 62.727 42.626 5.523 LGA K 259 K 259 0.939 0 0.000 0.317 1.563 73.636 69.495 1.563 LGA T 260 T 260 1.314 0 0.015 0.212 2.053 65.455 55.584 2.005 LGA K 261 K 261 1.170 0 0.036 0.777 4.751 58.182 48.485 4.751 LGA D 262 D 262 2.085 0 0.049 0.976 3.572 41.364 35.000 3.572 LGA G 263 G 263 1.485 0 0.096 0.096 1.590 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.615 0 0.034 0.535 3.045 50.909 52.121 3.045 LGA R 265 R 265 1.332 0 0.069 0.997 3.211 58.182 53.388 2.483 LGA T 266 T 266 1.495 0 0.056 0.206 1.797 58.182 57.143 1.221 LGA I 267 I 267 1.231 0 0.005 0.125 1.823 65.455 60.000 1.823 LGA R 268 R 268 1.053 0 0.000 1.055 2.652 65.455 58.678 2.650 LGA P 269 P 269 1.427 0 0.000 0.128 1.927 65.455 61.299 1.927 LGA E 270 E 270 1.256 0 0.012 0.950 4.122 65.455 47.677 3.377 LGA K 271 K 271 1.285 0 0.056 0.790 2.398 65.455 64.848 1.745 LGA E 272 E 272 1.078 0 0.129 0.103 2.655 73.636 57.172 2.655 LGA Q 273 Q 273 1.123 0 0.044 0.098 1.242 65.455 65.455 1.193 LGA I 274 I 274 0.751 0 0.070 0.076 0.918 81.818 81.818 0.918 LGA V 275 V 275 0.385 0 0.035 0.068 0.586 100.000 94.805 0.521 LGA V 276 V 276 0.503 0 0.000 0.040 0.654 95.455 89.610 0.606 LGA Q 277 Q 277 0.513 0 0.050 0.625 3.017 86.364 67.879 3.017 LGA D 278 D 278 0.431 0 0.095 0.164 0.660 95.455 88.636 0.656 LGA A 279 A 279 0.522 0 0.029 0.063 0.614 90.909 89.091 - LGA H 280 H 280 0.247 0 0.044 0.152 0.474 100.000 100.000 0.296 LGA A 281 A 281 0.274 0 0.000 0.000 0.485 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.397 0 0.014 0.083 1.053 90.909 84.675 1.053 LGA I 283 I 283 0.457 0 0.051 0.121 0.814 90.909 90.909 0.723 LGA I 284 I 284 0.521 0 0.009 0.055 0.655 86.364 90.909 0.650 LGA D 285 D 285 0.982 0 0.047 0.426 2.392 81.818 65.000 2.164 LGA K 286 K 286 1.072 0 0.024 0.347 2.394 65.455 57.778 2.081 LGA E 287 E 287 1.224 0 0.046 0.279 1.730 65.455 58.990 1.514 LGA Q 288 Q 288 0.863 0 0.000 0.220 1.167 77.727 78.182 1.167 LGA F 289 F 289 0.849 0 0.044 0.138 1.125 81.818 77.355 1.058 LGA Q 290 Q 290 1.265 0 0.050 1.063 2.598 65.455 63.232 2.598 LGA Q 291 Q 291 1.113 0 0.017 0.205 1.646 69.545 64.040 1.612 LGA S 292 S 292 0.832 0 0.074 0.694 2.853 77.727 70.000 2.853 LGA Q 293 Q 293 1.188 0 0.030 0.276 1.799 65.455 60.606 1.653 LGA V 294 V 294 1.468 0 0.042 0.083 1.605 65.455 61.299 1.605 LGA K 295 K 295 0.904 0 0.049 0.120 1.071 73.636 80.202 0.557 LGA I 296 I 296 1.197 0 0.018 0.110 1.599 61.818 63.864 1.099 LGA A 297 A 297 1.800 0 0.079 0.094 2.333 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 0.835 0 0.063 0.546 2.284 65.909 68.636 2.284 LGA K 299 K 299 2.910 0 0.431 0.818 13.887 52.727 23.636 13.887 LGA V 300 V 300 1.978 0 0.112 0.138 4.328 58.182 36.364 4.305 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.005 0.968 1.909 80.731 73.977 55.309 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.01 92.963 97.105 12.212 LGA_LOCAL RMSD: 1.005 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.005 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.005 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.978727 * X + 0.071951 * Y + 0.192137 * Z + 154.132767 Y_new = -0.124788 * X + 0.534586 * Y + -0.835850 * Z + 152.506195 Z_new = -0.162854 * X + -0.842045 * Y + -0.514235 * Z + 142.516159 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -3.014776 0.163583 -2.119045 [DEG: -172.7339 9.3726 -121.4123 ] ZXZ: 0.225945 2.110912 -2.950549 [DEG: 12.9457 120.9464 -169.0540 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS293_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS293_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.01 97.105 1.01 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS293_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.625 186.910 153.501 1.00 89.40 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.062 187.737 154.557 1.00 89.40 C ATOM 1347 C GLY 165 150.556 187.606 154.679 1.00 89.40 C ATOM 1348 O GLY 165 149.920 188.363 155.415 1.00 89.40 O ATOM 1349 N LYS 166 149.993 186.662 153.946 1.00 90.12 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.557 186.421 154.044 1.00 90.12 C ATOM 1351 C LYS 166 148.209 185.697 155.342 1.00 90.12 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.065 185.610 152.845 1.00 90.12 C ATOM 1353 O LYS 166 149.050 185.001 155.915 1.00 90.12 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.189 186.337 151.513 1.00 90.12 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.617 185.510 150.369 1.00 90.12 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.690 186.259 149.046 1.00 90.12 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.163 185.439 147.915 1.00 90.12 N ATOM 1358 N TRP 167 147.016 185.935 155.807 1.00 90.97 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.566 185.262 157.020 1.00 90.97 C ATOM 1360 C TRP 167 145.846 183.960 156.685 1.00 90.97 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.644 186.176 157.833 1.00 90.97 C ATOM 1362 O TRP 167 144.773 183.977 156.076 1.00 90.97 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.262 185.619 159.173 1.00 90.97 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.115 184.946 159.488 1.00 90.97 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.028 185.694 160.378 1.00 90.97 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.284 185.043 161.387 1.00 90.97 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.274 186.247 160.704 1.00 90.97 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.122 184.597 160.818 1.00 90.97 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.967 185.480 162.992 1.00 90.97 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.746 184.931 162.701 1.00 90.97 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.731 186.134 162.012 1.00 90.97 C ATOM 1372 N ILE 168 146.442 182.867 157.139 1.00 85.36 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.899 181.568 156.755 1.00 85.36 C ATOM 1374 C ILE 168 145.465 180.801 158.002 1.00 85.36 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.926 180.742 155.948 1.00 85.36 C ATOM 1376 O ILE 168 144.936 179.691 157.903 1.00 85.36 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.267 181.482 155.874 1.00 85.36 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.392 180.437 154.546 1.00 85.36 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.450 180.587 155.529 1.00 85.36 C ATOM 1380 N SER 169 145.631 181.267 159.167 1.00 70.37 N ATOM 1381 CA SER 169 145.499 180.537 160.423 1.00 70.37 C ATOM 1382 C SER 169 144.091 180.669 160.995 1.00 70.37 C ATOM 1383 CB SER 169 146.522 181.037 161.444 1.00 70.37 C ATOM 1384 O SER 169 143.916 180.758 162.212 1.00 70.37 O ATOM 1385 OG SER 169 147.822 181.067 160.880 1.00 70.37 O ATOM 1386 N GLY 170 143.074 180.561 160.209 1.00 75.84 N ATOM 1387 CA GLY 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