####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS287_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS287_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 60 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 29 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 36 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 83 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 28 89 122 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 66 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 40 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 36 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 70 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 66 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 49 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 49 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 64 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 49 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 29 97 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 6 96 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 17 121 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 72 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 53.33 85.19 92.59 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.55 0.67 0.77 0.81 0.89 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.14 0.99 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.698 0 0.000 0.000 0.783 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.649 0 0.049 0.117 1.644 81.818 74.747 1.644 LGA W 167 W 167 0.445 0 0.051 0.176 0.621 90.909 92.208 0.424 LGA I 168 I 168 0.623 0 0.022 1.551 4.922 82.273 60.000 4.922 LGA S 169 S 169 1.458 0 0.261 0.315 3.525 73.636 55.455 3.525 LGA G 170 G 170 0.814 0 0.113 0.113 0.983 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.957 0 0.000 1.277 5.149 77.727 58.864 1.869 LGA A 172 A 172 0.987 0 0.031 0.032 1.087 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.501 0 0.018 0.065 0.952 90.909 87.013 0.940 LGA Y 174 Y 174 0.388 0 0.023 0.153 0.723 95.455 92.424 0.678 LGA G 175 G 175 0.491 0 0.075 0.075 0.491 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.545 0 0.037 0.133 0.634 90.909 92.424 0.296 LGA Q 177 Q 177 0.837 0 0.052 0.243 1.209 81.818 80.000 0.857 LGA L 178 L 178 0.672 0 0.085 0.121 0.939 81.818 81.818 0.719 LGA N 179 N 179 0.933 0 0.172 0.653 4.496 73.636 46.818 4.496 LGA K 180 K 180 3.481 0 0.307 0.969 13.351 29.545 13.131 13.351 LGA K 181 K 181 1.829 0 0.351 0.973 8.344 65.909 32.525 8.344 LGA T 182 T 182 0.557 0 0.063 1.103 3.144 86.364 70.649 3.144 LGA S 183 S 183 0.979 0 0.147 0.132 1.250 77.727 73.636 1.209 LGA K 184 K 184 0.948 0 0.056 0.856 2.864 73.636 68.485 2.864 LGA L 185 L 185 0.542 0 0.078 0.082 0.724 81.818 90.909 0.274 LGA D 186 D 186 0.284 0 0.058 0.104 0.692 95.455 97.727 0.194 LGA P 187 P 187 0.500 0 0.000 0.371 1.347 86.818 87.273 0.862 LGA V 188 V 188 0.926 0 0.021 0.031 1.049 81.818 77.143 1.049 LGA E 189 E 189 1.016 0 0.000 0.712 2.815 73.636 55.152 2.815 LGA D 190 D 190 0.989 0 0.025 0.043 1.429 81.818 73.636 1.429 LGA E 191 E 191 0.735 0 0.048 0.119 1.249 86.364 82.020 1.249 LGA A 192 A 192 0.370 0 0.000 0.000 0.478 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.452 0 0.036 0.614 2.846 100.000 78.990 2.499 LGA V 194 V 194 0.397 0 0.033 0.043 0.536 100.000 97.403 0.475 LGA V 195 V 195 0.085 0 0.000 0.000 0.254 100.000 100.000 0.082 LGA Q 196 Q 196 0.229 0 0.027 0.273 1.488 100.000 88.485 1.262 LGA L 197 L 197 0.222 0 0.025 0.041 0.469 100.000 100.000 0.406 LGA I 198 I 198 0.193 0 0.088 0.091 0.326 100.000 100.000 0.251 LGA F 199 F 199 0.265 0 0.045 0.087 0.413 100.000 100.000 0.127 LGA N 200 N 200 0.278 0 0.030 0.692 1.474 100.000 91.364 1.474 LGA I 201 I 201 0.154 0 0.034 0.054 0.277 100.000 100.000 0.147 LGA F 202 F 202 0.185 0 0.000 0.062 0.564 100.000 96.694 0.564 LGA L 203 L 203 0.351 0 0.000 0.101 0.947 100.000 93.182 0.793 LGA N 204 N 204 0.221 0 0.032 0.078 0.949 100.000 93.182 0.737 LGA G 205 G 205 0.185 0 0.045 0.045 0.219 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.231 0 0.000 0.015 0.569 95.455 97.727 0.438 LGA N 207 N 207 0.750 0 0.066 0.225 1.184 81.818 79.773 0.831 LGA G 208 G 208 1.073 0 0.042 0.042 1.452 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.203 0 0.041 0.137 2.402 69.545 57.980 2.402 LGA D 210 D 210 1.104 0 0.116 0.335 1.132 69.545 78.182 0.367 LGA Y 211 Y 211 1.669 0 0.103 0.403 1.809 54.545 54.545 1.372 LGA S 212 S 212 2.241 0 0.690 0.761 6.022 36.364 26.061 6.022 LGA Y 213 Y 213 2.859 0 0.166 1.646 14.802 41.818 14.091 14.802 LGA A 215 A 215 0.792 0 0.197 0.213 1.758 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.310 0 0.029 0.180 0.445 100.000 100.000 0.399 LGA A 217 A 217 0.190 0 0.030 0.043 0.282 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.340 0 0.050 0.075 0.978 100.000 93.939 0.978 LGA H 219 H 219 0.263 0 0.018 0.039 0.438 100.000 100.000 0.438 LGA L 220 L 220 0.298 0 0.017 0.093 0.418 100.000 100.000 0.418 LGA T 221 T 221 0.149 0 0.007 0.031 0.311 100.000 100.000 0.099 LGA N 222 N 222 0.314 0 0.031 0.036 0.537 95.455 97.727 0.322 LGA L 223 L 223 0.581 0 0.046 0.064 0.999 90.909 86.364 0.921 LGA Q 224 Q 224 0.544 0 0.031 0.837 4.471 81.818 60.404 4.471 LGA I 225 I 225 0.496 0 0.052 0.133 0.506 95.455 97.727 0.126 LGA P 226 P 226 0.557 0 0.055 0.063 0.742 86.364 84.416 0.742 LGA T 227 T 227 0.354 0 0.032 0.200 0.484 100.000 100.000 0.466 LGA P 228 P 228 0.750 0 0.107 0.111 0.848 86.364 84.416 0.848 LGA S 229 S 229 0.707 0 0.115 0.113 0.707 81.818 81.818 0.659 LGA G 230 G 230 0.625 0 0.029 0.029 0.692 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.488 0 0.131 0.691 2.623 86.818 86.061 2.623 LGA K 232 K 232 0.410 0 0.149 0.890 3.615 95.455 71.111 3.615 LGA R 233 R 233 0.309 0 0.031 1.391 8.374 100.000 51.901 8.374 LGA W 234 W 234 0.243 0 0.055 0.114 0.499 100.000 100.000 0.324 LGA N 235 N 235 0.556 0 0.019 0.742 1.915 86.364 78.182 1.915 LGA Q 236 Q 236 0.455 0 0.037 0.943 3.468 90.909 75.152 1.018 LGA Y 237 Y 237 0.809 0 0.035 0.410 2.265 86.364 70.455 2.265 LGA T 238 T 238 0.610 0 0.033 0.268 0.892 81.818 81.818 0.892 LGA I 239 I 239 0.432 0 0.012 0.079 0.553 95.455 97.727 0.289 LGA K 240 K 240 0.675 0 0.060 0.616 4.666 81.818 60.808 4.666 LGA A 241 A 241 0.704 0 0.048 0.052 0.818 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.310 0 0.048 0.056 0.882 100.000 90.909 0.882 LGA L 243 L 243 0.225 0 0.043 0.133 0.617 95.455 97.727 0.179 LGA Q 244 Q 244 0.403 0 0.040 0.303 1.200 90.909 88.081 1.200 LGA N 245 N 245 0.505 0 0.000 0.121 0.826 90.909 86.364 0.826 LGA E 246 E 246 0.381 0 0.000 0.633 1.791 100.000 87.071 1.535 LGA V 247 V 247 0.262 0 0.017 0.081 0.318 100.000 100.000 0.250 LGA Y 248 Y 248 0.361 0 0.000 0.139 0.904 100.000 93.939 0.904 LGA I 249 I 249 0.327 0 0.066 0.081 0.617 100.000 95.455 0.600 LGA G 250 G 250 0.247 0 0.029 0.029 0.411 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.452 0 0.047 0.065 0.627 95.455 92.208 0.523 LGA V 252 V 252 0.430 0 0.046 0.104 0.798 95.455 94.805 0.589 LGA K 253 K 253 0.525 0 0.022 0.168 0.742 86.364 91.919 0.332 LGA Y 254 Y 254 0.903 0 0.041 0.342 3.040 81.818 60.000 3.040 LGA K 255 K 255 0.726 0 0.070 0.143 1.521 77.727 72.929 1.319 LGA V 256 V 256 0.732 0 0.117 0.133 0.782 86.364 84.416 0.675 LGA R 257 R 257 0.768 0 0.079 1.307 6.182 77.727 55.041 4.476 LGA E 258 E 258 0.890 0 0.051 0.948 4.687 73.636 52.525 4.687 LGA K 259 K 259 1.064 0 0.030 0.109 1.682 69.545 65.657 1.682 LGA T 260 T 260 1.394 0 0.005 0.115 1.641 58.182 57.143 1.598 LGA K 261 K 261 2.116 0 0.033 0.890 7.833 41.364 25.657 7.833 LGA D 262 D 262 2.299 0 0.084 0.905 3.658 38.182 30.909 3.658 LGA G 263 G 263 1.471 0 0.115 0.115 1.595 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.007 0 0.000 0.488 2.429 65.455 69.697 2.429 LGA R 265 R 265 0.712 0 0.097 1.023 3.263 81.818 64.793 3.263 LGA T 266 T 266 0.822 0 0.046 0.155 1.056 77.727 77.143 0.754 LGA I 267 I 267 0.691 0 0.040 0.089 1.069 81.818 79.773 1.069 LGA R 268 R 268 0.754 0 0.000 0.956 2.691 81.818 68.430 2.450 LGA P 269 P 269 1.055 0 0.000 0.001 1.164 73.636 72.468 1.136 LGA E 270 E 270 1.097 0 0.003 0.828 3.962 65.455 49.899 3.191 LGA K 271 K 271 1.247 0 0.042 0.685 1.991 65.455 65.859 1.729 LGA E 272 E 272 0.952 0 0.077 0.174 1.595 77.727 71.111 1.173 LGA Q 273 Q 273 0.865 0 0.010 0.078 0.944 81.818 81.818 0.824 LGA I 274 I 274 0.705 0 0.053 0.083 1.268 81.818 79.773 1.268 LGA V 275 V 275 0.201 0 0.041 0.058 0.417 100.000 100.000 0.408 LGA V 276 V 276 0.327 0 0.000 0.034 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA Q 277 Q 277 0.268 0 0.049 0.635 2.820 100.000 79.596 2.820 LGA D 278 D 278 0.159 0 0.044 0.221 0.871 100.000 97.727 0.871 LGA A 279 A 279 0.317 0 0.020 0.044 0.352 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.205 0 0.039 0.144 0.373 100.000 100.000 0.239 LGA A 281 A 281 0.192 0 0.000 0.000 0.286 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.206 0 0.014 0.023 0.482 100.000 100.000 0.482 LGA I 283 I 283 0.320 0 0.009 0.089 0.580 95.455 95.455 0.489 LGA I 284 I 284 0.438 0 0.017 0.050 0.638 90.909 95.455 0.293 LGA D 285 D 285 0.870 0 0.030 0.986 2.964 81.818 67.045 2.964 LGA K 286 K 286 0.937 0 0.011 0.289 1.065 81.818 76.364 1.023 LGA E 287 E 287 0.918 0 0.029 0.717 2.958 81.818 64.242 2.958 LGA Q 288 Q 288 0.661 0 0.000 0.279 1.970 81.818 74.747 1.367 LGA F 289 F 289 0.729 0 0.032 0.114 1.162 81.818 75.868 1.156 LGA Q 290 Q 290 0.935 0 0.000 1.196 3.207 81.818 67.475 3.207 LGA Q 291 Q 291 0.652 0 0.000 0.205 1.020 81.818 80.000 1.020 LGA S 292 S 292 0.570 0 0.063 0.694 2.684 81.818 72.727 2.684 LGA Q 293 Q 293 0.948 0 0.034 0.256 1.473 73.636 69.091 1.402 LGA V 294 V 294 0.992 0 0.011 0.052 1.066 81.818 79.481 0.896 LGA K 295 K 295 0.650 0 0.055 0.150 1.074 77.727 84.040 0.556 LGA I 296 I 296 0.997 0 0.023 0.071 1.473 73.636 75.682 0.870 LGA A 297 A 297 1.622 0 0.124 0.150 2.413 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.357 0 0.071 0.518 2.695 49.091 65.682 1.010 LGA K 299 K 299 3.280 0 0.311 0.993 13.683 40.000 17.980 13.683 LGA V 300 V 300 2.408 0 0.113 0.123 4.515 41.364 25.714 4.510 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.938 0.898 1.875 84.279 78.512 62.903 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.370 97.827 13.002 LGA_LOCAL RMSD: 0.938 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.938 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.938 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.277582 * X + -0.813342 * Y + 0.511295 * Z + 153.257660 Y_new = -0.569276 * X + -0.289453 * Y + -0.769507 * Z + 179.206421 Z_new = 0.773869 * X + -0.504669 * Y + -0.382670 * Z + 168.254150 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.024479 -0.884927 -2.219562 [DEG: -115.9941 -50.7026 -127.1715 ] ZXZ: 0.586463 1.963480 2.148673 [DEG: 33.6018 112.4991 123.1099 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS287_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS287_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.827 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS287_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.003 187.089 153.516 1.00 92.04 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.345 187.777 154.622 1.00 91.49 C ATOM 1347 C GLY 165 150.816 187.678 154.603 1.00 92.99 C ATOM 1348 O GLY 165 150.137 188.499 155.215 1.00 90.91 O ATOM 1349 N LYS 166 150.255 186.698 153.879 1.00 92.68 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.813 186.458 153.844 1.00 92.90 C ATOM 1351 C LYS 166 148.371 185.670 155.071 1.00 93.48 C ATOM 1352 O LYS 166 149.066 184.771 155.543 1.00 91.97 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.405 185.747 152.549 1.00 92.93 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.620 186.641 151.313 1.00 92.37 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.252 185.894 150.030 1.00 89.54 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.418 186.832 148.826 1.00 86.03 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.352 186.091 147.546 1.00 77.08 N ATOM 1358 N TRP 167 147.167 185.969 155.549 1.00 93.90 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.569 185.231 156.658 1.00 93.92 C ATOM 1360 C TRP 167 145.962 183.918 156.171 1.00 93.66 C ATOM 1361 O TRP 167 145.000 183.908 155.409 1.00 90.54 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.547 186.107 157.364 1.00 93.23 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.042 185.505 158.634 1.00 93.26 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.868 184.849 158.807 1.00 90.73 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.720 185.448 159.924 1.00 92.64 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.770 184.412 160.104 1.00 90.93 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.888 184.742 160.846 1.00 92.18 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 146.965 185.920 160.408 1.00 91.97 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.268 184.517 162.174 1.00 91.26 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.351 185.693 161.735 1.00 90.12 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.514 184.995 162.616 1.00 89.52 C ATOM 1372 N ILE 168 146.521 182.801 156.635 1.00 92.10 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.126 181.447 156.214 1.00 89.89 C ATOM 1374 C ILE 168 145.571 180.582 157.353 1.00 87.73 C ATOM 1375 O ILE 168 145.250 179.403 157.150 1.00 77.00 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.303 180.745 155.503 1.00 87.00 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.526 180.654 156.427 1.00 76.78 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.653 181.462 154.183 1.00 74.22 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.567 179.679 155.899 1.00 69.11 C ATOM 1380 N SER 169 145.506 181.128 158.558 1.00 84.90 N ATOM 1381 CA SER 169 145.273 180.384 159.791 1.00 80.98 C ATOM 1382 C SER 169 143.992 180.821 160.501 1.00 80.35 C ATOM 1383 O SER 169 144.031 181.701 161.353 1.00 71.09 O ATOM 1384 CB SER 169 146.487 180.514 160.723 1.00 75.26 C ATOM 1385 OG SER 169 147.627 179.941 160.112 1.00 66.23 O ATOM 1386 N GLY 170 142.887 180.152 160.202 1.00 85.46 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.651 180.282 160.984 1.00 86.70 C ATOM 1388 C GLY 170 141.003 181.673 160.946 1.00 90.39 C ATOM 1389 O GLY 170 141.076 182.381 159.947 1.00 88.21 O ATOM 1390 N LEU 171 140.329 182.031 162.045 1.00 90.07 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.668 183.324 162.211 1.00 91.95 C ATOM 1392 C LEU 171 140.711 184.444 162.367 1.00 93.81 C ATOM 1393 O LEU 171 141.789 184.218 162.919 1.00 92.40 O ATOM 1394 CB LEU 171 138.723 183.280 163.427 1.00 90.27 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.523 182.322 163.262 1.00 82.69 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 136.796 182.167 164.600 1.00 75.24 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.517 182.819 162.225 1.00 75.31 C ATOM 1398 N ALA 172 140.371 185.642 161.894 1.00 92.92 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.182 186.827 162.120 1.00 93.92 C ATOM 1400 C ALA 172 141.310 187.119 163.628 1.00 94.68 C ATOM 1401 O ALA 172 140.348 186.904 164.370 1.00 92.58 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.576 188.009 161.355 1.00 93.12 C ATOM 1403 N PRO 173 142.477 187.578 164.112 1.00 94.48 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.651 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