####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS287_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS287_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.98 1.00 LCS_AVERAGE: 99.24 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 13 105 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 3 13 23 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 68 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 44 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 34 88 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 30 99 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 65 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 42 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 27 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 59 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 69 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 69 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 65 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 62 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 49 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 36 100 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 10 99 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 25 101 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 10 80 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 3 23 48 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 8 34 59 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 49 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 44 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 44 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 54 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 44 105 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 10 67 118 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 10 80 120 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 5 8 62 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 130 135 135 3 22 48 115 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.75 ( 99.24 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 112 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 82.96 91.11 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.54 0.67 0.78 0.87 0.96 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.16 1.07 1.03 1.01 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.674 0 0.000 0.000 0.773 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.654 0 0.044 0.122 1.809 81.818 74.747 1.809 LGA W 167 W 167 0.415 0 0.050 0.190 0.762 90.909 89.610 0.626 LGA I 168 I 168 1.053 0 0.034 1.551 4.755 70.455 52.273 4.755 LGA S 169 S 169 2.366 0 0.600 0.534 5.167 51.818 36.364 5.167 LGA G 170 G 170 0.866 0 0.163 0.163 1.101 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.709 0 0.000 1.273 4.768 81.818 64.773 1.624 LGA A 172 A 172 0.855 0 0.032 0.032 0.989 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.393 0 0.024 0.067 0.821 95.455 89.610 0.816 LGA Y 174 Y 174 0.315 0 0.029 0.118 0.604 100.000 95.455 0.604 LGA G 175 G 175 0.416 0 0.071 0.071 0.416 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.462 0 0.038 0.137 0.558 95.455 96.970 0.297 LGA Q 177 Q 177 0.790 0 0.049 0.303 1.238 86.364 82.020 0.916 LGA L 178 L 178 0.652 0 0.084 0.115 0.886 86.364 84.091 0.821 LGA N 179 N 179 0.867 0 0.169 0.652 4.420 70.000 45.000 4.420 LGA K 180 K 180 3.570 0 0.308 0.969 13.355 27.727 12.323 13.355 LGA K 181 K 181 1.665 0 0.354 0.974 8.175 74.545 36.364 8.175 LGA T 182 T 182 0.531 0 0.065 1.106 3.216 86.364 70.649 3.216 LGA S 183 S 183 1.029 0 0.145 0.130 1.355 73.636 70.909 1.317 LGA K 184 K 184 0.963 0 0.049 0.858 2.897 73.636 68.485 2.897 LGA L 185 L 185 0.599 0 0.079 0.081 0.798 81.818 90.909 0.336 LGA D 186 D 186 0.253 0 0.056 0.097 0.637 95.455 97.727 0.171 LGA P 187 P 187 0.500 0 0.000 0.370 1.334 86.818 87.273 0.779 LGA V 188 V 188 0.873 0 0.013 0.029 0.981 81.818 81.818 0.981 LGA E 189 E 189 0.949 0 0.000 0.702 2.702 81.818 60.000 2.702 LGA D 190 D 190 0.886 0 0.016 0.038 1.280 81.818 73.636 1.280 LGA E 191 E 191 0.632 0 0.047 0.113 1.070 90.909 84.040 1.070 LGA A 192 A 192 0.333 0 0.000 0.000 0.421 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.426 0 0.034 0.605 2.716 100.000 81.010 2.316 LGA V 194 V 194 0.367 0 0.034 0.042 0.478 100.000 100.000 0.426 LGA V 195 V 195 0.082 0 0.000 0.000 0.201 100.000 100.000 0.073 LGA Q 196 Q 196 0.221 0 0.025 0.273 1.465 100.000 88.485 1.238 LGA L 197 L 197 0.199 0 0.020 0.043 0.451 100.000 100.000 0.388 LGA I 198 I 198 0.224 0 0.088 0.092 0.349 100.000 100.000 0.258 LGA F 199 F 199 0.259 0 0.046 0.092 0.408 100.000 100.000 0.153 LGA N 200 N 200 0.242 0 0.019 0.569 1.183 100.000 91.364 1.183 LGA I 201 I 201 0.169 0 0.035 0.052 0.260 100.000 100.000 0.175 LGA F 202 F 202 0.182 0 0.000 0.062 0.531 100.000 98.347 0.531 LGA L 203 L 203 0.270 0 0.000 0.100 0.854 100.000 95.455 0.721 LGA N 204 N 204 0.219 0 0.030 0.081 0.917 100.000 93.182 0.605 LGA G 205 G 205 0.334 0 0.044 0.044 0.366 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.393 0 0.000 0.034 0.739 90.909 95.455 0.358 LGA N 207 N 207 0.945 0 0.062 0.220 1.303 73.636 75.682 0.965 LGA G 208 G 208 1.263 0 0.004 0.004 1.524 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.354 0 0.038 0.160 2.595 65.455 51.919 2.595 LGA D 210 D 210 1.197 0 0.115 0.303 1.230 69.545 75.909 0.139 LGA Y 211 Y 211 1.786 0 0.108 0.400 1.902 54.545 53.333 1.480 LGA S 212 S 212 2.363 0 0.686 0.755 6.153 34.545 23.939 6.153 LGA Y 213 Y 213 2.849 0 0.183 1.648 14.795 41.818 14.091 14.795 LGA A 215 A 215 0.844 0 0.210 0.225 1.748 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.345 0 0.027 0.184 0.490 100.000 100.000 0.333 LGA A 217 A 217 0.214 0 0.037 0.050 0.299 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.364 0 0.059 0.073 0.985 100.000 93.939 0.985 LGA H 219 H 219 0.305 0 0.023 0.036 0.490 100.000 100.000 0.490 LGA L 220 L 220 0.279 0 0.020 0.091 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA T 221 T 221 0.141 0 0.021 0.035 0.318 100.000 100.000 0.131 LGA N 222 N 222 0.323 0 0.037 0.042 0.570 95.455 97.727 0.251 LGA L 223 L 223 0.568 0 0.047 0.064 0.993 90.909 86.364 0.892 LGA Q 224 Q 224 0.544 0 0.033 0.839 4.357 81.818 60.404 4.357 LGA I 225 I 225 0.506 0 0.053 0.133 0.506 90.909 95.455 0.125 LGA P 226 P 226 0.471 0 0.049 0.058 0.648 95.455 89.610 0.603 LGA T 227 T 227 0.178 0 0.032 0.188 0.468 100.000 100.000 0.233 LGA P 228 P 228 0.547 0 0.113 0.117 0.726 95.455 89.610 0.726 LGA S 229 S 229 0.453 0 0.123 0.627 2.909 95.455 81.818 2.909 LGA G 230 G 230 0.406 0 0.036 0.036 0.727 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.608 0 0.134 0.686 2.898 82.273 75.960 2.898 LGA K 232 K 232 0.445 0 0.131 0.894 3.612 95.455 71.111 3.612 LGA R 233 R 233 0.338 0 0.024 0.957 4.391 100.000 63.636 4.391 LGA W 234 W 234 0.237 0 0.056 0.118 0.555 100.000 97.403 0.378 LGA N 235 N 235 0.642 0 0.023 0.828 2.241 81.818 74.318 2.241 LGA Q 236 Q 236 0.513 0 0.037 0.943 3.364 86.364 73.131 1.006 LGA Y 237 Y 237 0.685 0 0.037 0.415 2.126 86.364 70.455 2.126 LGA T 238 T 238 0.515 0 0.033 0.276 0.947 95.455 92.208 0.947 LGA I 239 I 239 0.359 0 0.008 0.077 0.472 100.000 100.000 0.279 LGA K 240 K 240 0.583 0 0.060 0.608 4.476 86.364 64.444 4.476 LGA A 241 A 241 0.623 0 0.053 0.057 0.720 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.275 0 0.051 0.059 0.887 100.000 90.909 0.887 LGA L 243 L 243 0.216 0 0.041 0.135 0.617 95.455 97.727 0.125 LGA Q 244 Q 244 0.398 0 0.043 0.298 1.228 90.909 88.081 1.228 LGA N 245 N 245 0.517 0 0.010 0.123 0.850 86.364 84.091 0.850 LGA E 246 E 246 0.430 0 0.000 0.628 1.781 100.000 87.071 1.510 LGA V 247 V 247 0.300 0 0.021 0.086 0.358 100.000 100.000 0.236 LGA Y 248 Y 248 0.415 0 0.000 0.141 0.971 100.000 93.939 0.971 LGA I 249 I 249 0.382 0 0.068 0.085 0.691 100.000 95.455 0.650 LGA G 250 G 250 0.299 0 0.035 0.035 0.449 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.470 0 0.047 0.067 0.655 95.455 89.610 0.561 LGA V 252 V 252 0.437 0 0.051 0.102 0.808 95.455 94.805 0.601 LGA K 253 K 253 0.528 0 0.022 0.179 0.734 86.364 89.899 0.272 LGA Y 254 Y 254 0.862 0 0.040 0.347 3.039 81.818 60.000 3.039 LGA K 255 K 255 0.855 0 0.073 0.146 1.375 77.727 74.545 1.075 LGA V 256 V 256 0.881 0 0.120 0.136 0.900 81.818 81.818 0.830 LGA R 257 R 257 1.007 0 0.080 1.092 4.797 65.455 52.397 3.709 LGA E 258 E 258 1.097 0 0.048 0.952 4.763 65.455 47.071 4.763 LGA K 259 K 259 1.313 0 0.027 0.113 1.780 65.455 58.990 1.780 LGA T 260 T 260 1.426 0 0.012 0.120 1.694 58.182 59.221 1.472 LGA K 261 K 261 2.101 0 0.033 0.899 7.943 41.364 25.657 7.943 LGA D 262 D 262 2.096 0 0.081 0.917 3.746 41.364 32.500 3.746 LGA G 263 G 263 1.531 0 0.108 0.108 1.598 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.100 0 0.000 0.493 1.756 65.455 71.111 1.756 LGA R 265 R 265 0.960 0 0.108 1.027 3.415 77.727 64.463 3.415 LGA T 266 T 266 1.048 0 0.040 0.158 1.245 65.455 65.455 1.066 LGA I 267 I 267 0.884 0 0.038 0.088 1.231 73.636 75.682 1.179 LGA R 268 R 268 0.981 0 0.000 0.960 2.719 73.636 62.479 2.719 LGA P 269 P 269 1.279 0 0.000 0.004 1.431 65.455 65.455 1.431 LGA E 270 E 270 1.197 0 0.015 0.849 3.938 65.455 49.899 3.012 LGA K 271 K 271 1.349 0 0.041 0.684 1.908 65.455 64.242 1.681 LGA E 272 E 272 1.113 0 0.073 0.180 1.871 65.455 62.222 1.419 LGA Q 273 Q 273 0.939 0 0.003 0.068 1.079 77.727 78.182 0.918 LGA I 274 I 274 0.745 0 0.057 0.083 1.254 81.818 79.773 1.254 LGA V 275 V 275 0.257 0 0.039 0.054 0.497 100.000 100.000 0.464 LGA V 276 V 276 0.349 0 0.000 0.035 0.415 100.000 100.000 0.415 LGA Q 277 Q 277 0.278 0 0.047 0.632 2.845 100.000 76.970 2.845 LGA D 278 D 278 0.178 0 0.041 0.219 0.902 100.000 97.727 0.902 LGA A 279 A 279 0.322 0 0.019 0.044 0.354 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.165 0 0.042 0.143 0.338 100.000 100.000 0.309 LGA A 281 A 281 0.176 0 0.000 0.000 0.274 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.253 0 0.000 0.022 0.541 95.455 94.805 0.541 LGA I 283 I 283 0.337 0 0.000 0.088 0.592 95.455 93.182 0.551 LGA I 284 I 284 0.460 0 0.017 0.051 0.669 90.909 95.455 0.312 LGA D 285 D 285 0.922 0 0.033 0.986 2.895 81.818 67.045 2.895 LGA K 286 K 286 0.983 0 0.021 0.287 1.122 81.818 76.364 1.003 LGA E 287 E 287 0.941 0 0.026 0.718 3.039 77.727 61.414 3.039 LGA Q 288 Q 288 0.653 0 0.000 0.300 2.206 86.364 73.737 1.471 LGA F 289 F 289 0.713 0 0.033 0.120 1.172 81.818 75.868 1.166 LGA Q 290 Q 290 0.928 0 0.000 1.193 3.198 81.818 67.475 3.198 LGA Q 291 Q 291 0.590 0 0.000 0.219 0.958 81.818 81.818 0.958 LGA S 292 S 292 0.492 0 0.065 0.695 2.623 86.364 78.788 2.623 LGA Q 293 Q 293 0.948 0 0.034 0.254 1.436 73.636 69.091 1.347 LGA V 294 V 294 1.011 0 0.010 0.057 1.075 73.636 74.805 0.897 LGA K 295 K 295 0.721 0 0.067 0.147 1.285 77.727 80.000 0.643 LGA I 296 I 296 1.085 0 0.023 0.084 1.669 65.909 71.818 0.810 LGA A 297 A 297 1.847 0 0.145 0.171 2.816 45.455 46.545 - LGA N 298 N 298 1.719 0 0.132 0.581 3.420 36.818 55.455 1.133 LGA K 299 K 299 3.864 0 0.311 1.030 13.901 23.636 10.505 13.901 LGA V 300 V 300 2.787 0 0.131 0.145 4.147 25.000 18.182 3.649 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.003 0.974 1.868 83.293 77.774 62.093 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.630 97.489 12.239 LGA_LOCAL RMSD: 1.003 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.003 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.003 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.018882 * X + 0.905126 * Y + 0.424723 * Z + 149.213531 Y_new = 0.883479 * X + 0.183776 * Y + -0.430920 * Z + 176.574570 Z_new = -0.468091 * X + 0.383370 * Y + -0.796190 * Z + 174.864029 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.549428 0.487129 2.692849 [DEG: 88.7757 27.9104 154.2889 ] ZXZ: 0.778156 2.491768 -0.884572 [DEG: 44.5851 142.7678 -50.6822 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS287_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS287_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.489 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS287_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.989 187.062 153.548 1.00 92.24 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.351 187.757 154.668 1.00 91.69 C ATOM 1347 C GLY 165 150.822 187.668 154.668 1.00 93.19 C ATOM 1348 O GLY 165 150.156 188.489 155.291 1.00 91.11 O ATOM 1349 N LYS 166 150.246 186.695 153.945 1.00 92.78 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.797 186.458 153.937 1.00 93.00 C ATOM 1351 C LYS 166 148.378 185.664 155.170 1.00 93.58 C ATOM 1352 O LYS 166 149.097 184.779 155.642 1.00 92.09 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.362 185.762 152.642 1.00 93.05 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.578 186.664 151.415 1.00 92.56 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.148 185.946 150.132 1.00 89.70 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.337 186.882 148.927 1.00 86.31 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.192 186.167 147.645 1.00 77.42 N ATOM 1358 N TRP 167 147.175 185.943 155.657 1.00 94.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.634 185.251 156.819 1.00 94.02 C ATOM 1360 C TRP 167 146.029 183.903 156.434 1.00 93.66 C ATOM 1361 O TRP 167 145.052 183.829 155.692 1.00 90.57 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.614 186.142 157.516 1.00 93.44 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.148 185.572 158.825 1.00 93.56 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.977 184.931 159.051 1.00 91.11 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.869 185.542 160.090 1.00 92.98 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.921 184.526 160.362 1.00 91.34 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.060 184.868 161.052 1.00 92.56 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.129 186.016 160.519 1.00 92.42 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.488 184.667 162.375 1.00 91.71 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.557 185.825 161.844 1.00 90.57 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.751 185.152 162.769 1.00 89.97 C ATOM 1372 N ILE 168 146.604 182.824 156.982 1.00 92.30 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.174 181.440 156.725 1.00 90.39 C ATOM 1374 C ILE 168 145.904 180.638 158.007 1.00 88.53 C ATOM 1375 O ILE 168 145.653 179.430 157.956 1.00 78.64 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.193 180.717 155.816 1.00 87.43 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.586 180.688 156.470 1.00 76.93 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.241 181.375 154.421 1.00 74.42 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.534 179.751 155.727 1.00 69.26 C ATOM 1380 N SER 169 145.962 181.300 159.152 1.00 86.80 N ATOM 1381 CA SER 169 145.914 180.660 160.474 1.00 82.78 C ATOM 1382 C SER 169 144.503 180.532 161.069 1.00 81.65 C ATOM 1383 O SER 169 144.361 180.308 162.267 1.00 71.75 O ATOM 1384 CB SER 169 146.889 181.372 161.429 1.00 77.69 C ATOM 1385 OG SER 169 148.203 181.301 160.913 1.00 68.47 O ATOM 1386 N GLY 170 143.460 180.626 160.247 1.00 85.56 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.057 180.499 160.676 1.00 86.80 C ATOM 1388 C GLY 170 141.365 181.848 160.862 1.00 90.39 C ATOM 1389 O GLY 170 141.470 182.715 159.996 1.00 88.05 O ATOM 1390 N LEU 171 140.620 182.002 161.968 1.00 90.57 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.911 183.246 162.279 1.00 92.25 C ATOM 1392 C LEU 171 140.903 184.405 162.465 1.00 94.11 C ATOM 1393 O LEU 171 141.993 184.207 163.005 1.00 92.71 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.044 183.067 163.539 1.00 90.56 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.871 182.081 163.372 1.00 82.71 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.213 181.819 164.733 1.00 75.26 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.795 182.609 162.417 1.00 75.26 C ATOM 1398 N ALA 172 140.512 185.603 162.010 1.00 93.02 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.292 186.805 162.236 1.00 94.02 C ATOM 1400 C ALA 172 141.414 187.090 163.748 1.00 94.78 C ATOM 1401 O ALA 172 140.453 186.858 164.489 1.00 92.76 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.647 187.973 161.481 1.00 93.23 C ATOM 1403 N PRO 173 142.567 187.563 164.218 1.00 94.78 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.739 188.009 165.594 1.00 94.71 C ATOM 1405 C PRO 173 141.813 189.185 165.914 1.00 95.50 C ATOM 1406 O PRO 173 141.475 189.961 165.034 1.00 94.36 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.209 188.407 165.727 1.00 93.45 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.880 187.658 164.577 1.00 91.34 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.817 187.668 163.492 1.00 93.62 C ATOM 1410 N TYR 174 141.455 189.347 167.176 1.00 93.56 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.655 190.486 167.638 1.00 94.52 C ATOM 1412 C TYR 174 141.329 191.816 167.270 1.00 95.83 C ATOM 1413 O TYR 174 142.536 191.941 167.425 1.00 94.75 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.490 190.388 169.158 1.00 94.29 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.522 191.404 169.723 1.00 95.12 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.006 192.523 170.440 1.00 89.65 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.143 191.240 169.530 1.00 90.12 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.095 193.461 170.983 1.00 88.92 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.234 192.169 170.065 1.00 89.01 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.704 193.275 170.805 1.00 93.77 C ATOM 1421 OH TYR 174 136.820 194.160 171.326 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