####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS287_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS287_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 131 165 - 296 1.00 1.07 LCS_AVERAGE: 96.55 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 131 135 135 5 100 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 131 135 135 3 6 24 110 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 131 135 135 63 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 131 135 135 41 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 131 135 135 3 3 3 29 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 131 135 135 23 100 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 131 135 135 67 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 131 135 135 26 101 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 131 135 135 26 101 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 131 135 135 55 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 131 135 135 66 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 131 135 135 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 131 135 135 50 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 131 135 135 50 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 131 135 135 65 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 131 135 135 50 102 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 128 135 135 32 97 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 128 135 135 6 101 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 118 135 135 3 5 67 110 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 62 135 135 3 3 3 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.85 ( 96.55 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 103 122 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 76.30 90.37 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.54 0.75 0.83 0.96 1.02 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 GDT RMS_ALL_AT 1.36 1.19 1.09 1.08 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.754 0 0.007 0.007 0.872 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.713 0 0.037 0.118 1.900 81.818 71.313 1.900 LGA W 167 W 167 0.465 0 0.038 0.201 0.797 86.364 87.013 0.714 LGA I 168 I 168 1.203 0 0.071 0.743 3.216 59.091 50.909 3.216 LGA S 169 S 169 2.448 0 0.593 0.532 5.244 48.182 33.939 5.244 LGA G 170 G 170 0.993 0 0.172 0.172 1.085 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.855 0 0.000 1.284 4.955 81.818 61.136 1.783 LGA A 172 A 172 0.989 0 0.031 0.030 1.120 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.499 0 0.022 0.069 0.915 90.909 87.013 0.858 LGA Y 174 Y 174 0.432 0 0.028 0.137 0.756 95.455 92.424 0.750 LGA G 175 G 175 0.539 0 0.072 0.072 0.539 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.596 0 0.039 0.141 0.700 81.818 89.394 0.334 LGA Q 177 Q 177 0.926 0 0.046 0.261 1.257 81.818 80.000 0.977 LGA L 178 L 178 0.744 0 0.083 0.110 1.009 77.727 79.773 0.884 LGA N 179 N 179 0.774 0 0.170 0.654 4.337 74.545 47.273 4.337 LGA K 180 K 180 3.626 0 0.307 0.969 13.502 23.636 10.505 13.502 LGA K 181 K 181 1.571 0 0.350 0.972 8.068 78.636 38.182 8.068 LGA T 182 T 182 0.348 0 0.067 1.104 3.085 90.909 75.584 3.085 LGA S 183 S 183 1.156 0 0.144 0.128 1.483 69.545 68.182 1.461 LGA K 184 K 184 1.057 0 0.047 0.855 2.765 69.545 66.667 2.765 LGA L 185 L 185 0.612 0 0.080 0.084 0.775 81.818 90.909 0.303 LGA D 186 D 186 0.312 0 0.059 0.093 0.742 95.455 97.727 0.236 LGA P 187 P 187 0.512 0 0.000 0.368 1.407 82.273 84.675 0.821 LGA V 188 V 188 1.005 0 0.010 0.028 1.170 73.636 70.130 1.170 LGA E 189 E 189 1.094 0 0.000 0.708 2.819 65.455 49.697 2.819 LGA D 190 D 190 1.067 0 0.015 0.037 1.500 73.636 69.545 1.500 LGA E 191 E 191 0.807 0 0.046 0.115 1.322 86.364 80.202 1.322 LGA A 192 A 192 0.419 0 0.000 0.000 0.540 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.529 0 0.038 0.614 2.975 90.909 73.737 2.656 LGA V 194 V 194 0.487 0 0.033 0.042 0.665 100.000 92.208 0.587 LGA V 195 V 195 0.124 0 0.000 0.000 0.284 100.000 100.000 0.106 LGA Q 196 Q 196 0.249 0 0.020 0.277 1.527 100.000 86.869 1.373 LGA L 197 L 197 0.262 0 0.020 0.044 0.603 100.000 95.455 0.521 LGA I 198 I 198 0.208 0 0.088 0.093 0.389 100.000 100.000 0.334 LGA F 199 F 199 0.259 0 0.047 0.090 0.479 100.000 100.000 0.195 LGA N 200 N 200 0.311 0 0.021 0.524 1.298 100.000 93.409 1.298 LGA I 201 I 201 0.142 0 0.038 0.055 0.290 100.000 100.000 0.180 LGA F 202 F 202 0.200 0 0.000 0.063 0.684 100.000 93.388 0.684 LGA L 203 L 203 0.405 0 0.000 0.100 1.096 100.000 88.864 0.927 LGA N 204 N 204 0.279 0 0.032 0.080 1.047 100.000 88.864 0.865 LGA G 205 G 205 0.148 0 0.050 0.050 0.237 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.326 0 0.000 0.043 0.682 90.909 95.455 0.302 LGA N 207 N 207 0.898 0 0.059 0.226 1.387 77.727 73.636 1.078 LGA G 208 G 208 1.053 0 0.031 0.031 1.313 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.191 0 0.047 0.188 2.498 69.545 57.980 2.498 LGA D 210 D 210 1.039 0 0.117 0.337 1.056 69.545 78.182 0.491 LGA Y 211 Y 211 1.671 0 0.113 0.378 1.835 58.182 55.758 1.421 LGA S 212 S 212 2.252 0 0.686 0.767 6.162 36.364 25.152 6.162 LGA Y 213 Y 213 2.780 0 0.183 1.654 14.653 45.455 15.303 14.653 LGA A 215 A 215 0.800 0 0.210 0.226 1.705 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.366 0 0.025 0.183 0.467 100.000 100.000 0.382 LGA A 217 A 217 0.328 0 0.035 0.049 0.346 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.432 0 0.051 0.066 0.914 100.000 93.939 0.914 LGA H 219 H 219 0.431 0 0.012 0.033 0.516 100.000 98.182 0.516 LGA L 220 L 220 0.443 0 0.014 0.096 0.473 100.000 100.000 0.473 LGA T 221 T 221 0.335 0 0.019 0.039 0.387 100.000 100.000 0.268 LGA N 222 N 222 0.420 0 0.033 0.035 0.547 95.455 95.455 0.473 LGA L 223 L 223 0.654 0 0.045 0.063 1.000 81.818 81.818 0.998 LGA Q 224 Q 224 0.591 0 0.031 0.831 4.772 86.364 57.576 4.772 LGA I 225 I 225 0.488 0 0.052 0.134 0.549 86.364 90.909 0.215 LGA P 226 P 226 0.708 0 0.052 0.060 0.926 81.818 81.818 0.926 LGA T 227 T 227 0.594 0 0.032 0.207 0.806 81.818 84.416 0.806 LGA P 228 P 228 0.956 0 0.106 0.110 1.000 81.818 81.818 1.000 LGA S 229 S 229 1.007 0 0.127 0.622 2.491 77.727 71.818 2.491 LGA G 230 G 230 0.960 0 0.042 0.042 0.960 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.508 0 0.134 0.688 2.183 77.727 83.232 2.183 LGA K 232 K 232 0.414 0 0.160 0.888 3.408 90.909 69.899 3.408 LGA R 233 R 233 0.195 0 0.029 1.392 8.610 100.000 51.240 8.610 LGA W 234 W 234 0.391 0 0.055 0.116 0.531 100.000 97.403 0.277 LGA N 235 N 235 0.539 0 0.017 0.844 2.080 86.364 78.864 2.080 LGA Q 236 Q 236 0.288 0 0.036 0.916 3.700 95.455 78.182 0.866 LGA Y 237 Y 237 1.053 0 0.039 0.408 2.347 73.636 63.485 2.347 LGA T 238 T 238 0.840 0 0.036 0.275 1.145 81.818 79.481 1.145 LGA I 239 I 239 0.593 0 0.015 0.080 0.729 86.364 90.909 0.432 LGA K 240 K 240 0.904 0 0.062 0.614 4.890 81.818 57.980 4.890 LGA A 241 A 241 0.942 0 0.053 0.057 1.061 81.818 78.545 - LGA I 242 I 242 0.271 0 0.052 0.060 0.885 100.000 93.182 0.885 LGA L 243 L 243 0.305 0 0.042 0.133 0.681 95.455 97.727 0.296 LGA Q 244 Q 244 0.615 0 0.043 0.303 1.171 77.727 78.182 1.171 LGA N 245 N 245 0.605 0 0.001 0.138 0.863 81.818 81.818 0.863 LGA E 246 E 246 0.492 0 0.000 0.634 1.629 100.000 83.030 1.523 LGA V 247 V 247 0.293 0 0.010 0.490 1.274 100.000 90.130 1.129 LGA Y 248 Y 248 0.417 0 0.000 0.152 0.944 100.000 93.939 0.944 LGA I 249 I 249 0.388 0 0.068 0.087 0.743 100.000 90.909 0.724 LGA G 250 G 250 0.276 0 0.035 0.035 0.443 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.449 0 0.045 0.065 0.601 95.455 92.208 0.515 LGA V 252 V 252 0.431 0 0.054 0.115 0.846 95.455 94.805 0.589 LGA K 253 K 253 0.587 0 0.026 0.158 0.794 86.364 89.899 0.322 LGA Y 254 Y 254 0.989 0 0.052 0.316 3.109 81.818 60.000 3.109 LGA K 255 K 255 0.803 0 0.071 0.155 2.303 77.727 66.667 2.303 LGA V 256 V 256 0.911 0 0.129 0.144 0.950 81.818 81.818 0.950 LGA R 257 R 257 0.927 0 0.083 1.125 4.820 77.727 51.736 4.383 LGA E 258 E 258 1.106 0 0.045 0.961 5.081 61.818 43.838 5.081 LGA K 259 K 259 1.296 0 0.021 0.119 1.837 61.818 58.990 1.837 LGA T 260 T 260 1.799 0 0.007 0.105 2.031 44.545 47.273 1.982 LGA K 261 K 261 2.641 0 0.033 0.894 8.607 30.000 17.576 8.607 LGA D 262 D 262 2.740 0 0.084 0.919 3.687 30.000 25.455 3.687 LGA G 263 G 263 1.693 0 0.114 0.114 1.904 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.284 0 0.000 0.492 3.042 61.818 58.586 3.042 LGA R 265 R 265 1.075 0 0.102 1.021 2.583 65.455 62.479 2.583 LGA T 266 T 266 1.259 0 0.044 0.166 1.519 65.455 63.377 1.032 LGA I 267 I 267 1.162 0 0.038 0.090 1.690 65.455 63.636 1.690 LGA R 268 R 268 1.130 0 0.000 0.953 2.920 65.455 58.182 2.314 LGA P 269 P 269 1.556 0 0.000 0.010 1.681 61.818 59.221 1.639 LGA E 270 E 270 1.580 0 0.004 0.845 4.470 54.545 39.394 3.711 LGA K 271 K 271 1.706 0 0.044 0.684 1.930 50.909 61.010 1.177 LGA E 272 E 272 1.266 0 0.082 0.124 1.804 69.545 60.808 1.798 LGA Q 273 Q 273 1.117 0 0.014 0.070 1.303 65.455 65.455 1.056 LGA I 274 I 274 0.864 0 0.059 0.087 1.425 77.727 75.682 1.425 LGA V 275 V 275 0.266 0 0.043 0.058 0.441 100.000 100.000 0.366 LGA V 276 V 276 0.351 0 0.000 0.035 0.422 100.000 100.000 0.422 LGA Q 277 Q 277 0.263 0 0.047 0.638 2.922 100.000 78.384 2.922 LGA D 278 D 278 0.161 0 0.043 0.221 0.845 100.000 97.727 0.845 LGA A 279 A 279 0.330 0 0.017 0.044 0.360 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.220 0 0.035 0.149 0.387 100.000 100.000 0.245 LGA A 281 A 281 0.184 0 0.000 0.000 0.290 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.241 0 0.014 0.024 0.549 95.455 94.805 0.547 LGA I 283 I 283 0.353 0 0.000 0.090 0.615 95.455 93.182 0.516 LGA I 284 I 284 0.492 0 0.008 0.047 0.713 90.909 95.455 0.308 LGA D 285 D 285 1.015 0 0.031 0.982 2.740 77.727 65.000 2.740 LGA K 286 K 286 1.117 0 0.023 0.292 1.207 65.455 69.091 1.005 LGA E 287 E 287 1.185 0 0.029 0.703 2.854 65.455 55.152 2.854 LGA Q 288 Q 288 0.847 0 0.000 0.339 2.272 77.727 69.697 1.302 LGA F 289 F 289 0.868 0 0.033 0.114 1.174 81.818 74.380 1.160 LGA Q 290 Q 290 1.168 0 0.000 0.806 2.615 65.455 56.566 2.615 LGA Q 291 Q 291 0.929 0 0.000 0.215 1.285 77.727 74.545 1.285 LGA S 292 S 292 0.738 0 0.064 0.695 2.803 81.818 72.727 2.803 LGA Q 293 Q 293 1.138 0 0.033 0.265 1.602 69.545 64.040 1.561 LGA V 294 V 294 1.287 0 0.012 0.054 1.443 65.455 65.455 1.302 LGA K 295 K 295 0.840 0 0.060 0.134 1.213 77.727 84.040 0.451 LGA I 296 I 296 1.128 0 0.024 0.081 1.601 65.909 67.727 1.032 LGA A 297 A 297 1.820 0 0.133 0.160 2.652 45.000 46.182 - LGA N 298 N 298 1.355 0 0.069 0.561 2.393 55.000 64.545 1.624 LGA K 299 K 299 2.963 0 0.275 0.997 13.786 45.455 20.404 13.786 LGA V 300 V 300 2.531 0 0.170 0.212 4.968 41.818 25.195 4.968 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.061 1.021 1.946 80.556 75.016 59.801 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.06 92.593 96.803 11.629 LGA_LOCAL RMSD: 1.061 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.061 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.061 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.975273 * X + 0.218223 * Y + -0.034949 * Z + 155.556946 Y_new = 0.158984 * X + 0.802605 * Y + 0.574934 * Z + 176.761749 Z_new = 0.153514 * X + 0.555162 * Y + -0.817453 * Z + 173.158890 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.979999 -0.154124 2.545007 [DEG: 170.7414 -8.8306 145.8182 ] ZXZ: -3.080879 2.527771 0.269780 [DEG: -176.5213 144.8306 15.4573 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS287_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS287_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.06 96.803 1.06 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS287_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.919 187.102 153.484 1.00 91.94 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.289 187.790 154.613 1.00 91.29 C ATOM 1347 C GLY 165 150.764 187.699 154.628 1.00 92.89 C ATOM 1348 O GLY 165 150.100 188.535 155.246 1.00 90.78 O ATOM 1349 N LYS 166 150.180 186.708 153.935 1.00 92.38 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.737 186.461 153.946 1.00 92.70 C ATOM 1351 C LYS 166 148.332 185.670 155.186 1.00 93.28 C ATOM 1352 O LYS 166 149.080 184.813 155.672 1.00 91.78 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.288 185.762 152.659 1.00 92.72 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.479 186.662 151.426 1.00 92.17 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.042 185.946 150.145 1.00 89.33 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.213 186.893 148.945 1.00 85.81 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.100 186.180 147.657 1.00 76.86 N ATOM 1358 N TRP 167 147.121 185.910 155.673 1.00 93.90 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.599 185.223 156.851 1.00 93.92 C ATOM 1360 C TRP 167 146.043 183.842 156.499 1.00 93.56 C ATOM 1361 O TRP 167 145.117 183.715 155.702 1.00 90.43 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.550 186.093 157.529 1.00 93.26 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.106 185.547 158.850 1.00 93.36 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.949 184.884 159.090 1.00 90.92 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.835 185.559 160.114 1.00 92.82 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.905 184.507 160.412 1.00 91.16 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.043 184.888 161.096 1.00 92.37 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.078 186.071 160.525 1.00 92.22 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.473 184.732 162.418 1.00 91.49 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.519 185.921 161.855 1.00 90.38 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.725 185.252 162.795 1.00 89.77 C ATOM 1372 N ILE 168 146.598 182.795 157.137 1.00 92.20 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.250 181.385 156.882 1.00 90.19 C ATOM 1374 C ILE 168 145.778 180.674 158.158 1.00 88.23 C ATOM 1375 O ILE 168 145.222 179.575 158.105 1.00 78.18 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.471 180.669 156.248 1.00 87.28 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.880 181.358 154.927 1.00 76.77 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.215 179.177 155.955 1.00 74.27 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.292 181.000 154.530 1.00 69.08 C ATOM 1380 N SER 169 145.970 181.294 159.312 1.00 86.70 N ATOM 1381 CA SER 169 145.805 180.670 160.620 1.00 82.38 C ATOM 1382 C SER 169 144.348 180.588 161.132 1.00 81.15 C ATOM 1383 O SER 169 144.134 180.415 162.325 1.00 71.16 O ATOM 1384 CB SER 169 146.741 181.341 161.633 1.00 77.30 C ATOM 1385 OG SER 169 148.078 181.254 161.180 1.00 67.99 O ATOM 1386 N GLY 170 143.355 180.650 160.239 1.00 85.06 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.936 180.543 160.592 1.00 86.30 C ATOM 1388 C GLY 170 141.254 181.900 160.785 1.00 90.09 C ATOM 1389 O GLY 170 141.379 182.774 159.935 1.00 87.76 O ATOM 1390 N LEU 171 140.496 182.047 161.886 1.00 89.97 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.785 183.290 162.202 1.00 91.85 C ATOM 1392 C LEU 171 140.774 184.451 162.406 1.00 93.71 C ATOM 1393 O LEU 171 141.863 184.246 162.956 1.00 92.39 O ATOM 1394 CB LEU 171 138.907 183.102 163.451 1.00 90.11 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.723 182.135 163.257 1.00 82.30 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.073 181.827 164.612 1.00 74.99 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.647 182.704 162.333 1.00 74.92 C ATOM 1398 N ALA 172 140.385 185.651 161.957 1.00 92.82 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.166 186.855 162.197 1.00 93.82 C ATOM 1400 C ALA 172 141.270 187.136 163.708 1.00 94.58 C ATOM 1401 O ALA 172 140.297 186.907 164.438 1.00 92.52 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.527 188.024 161.435 1.00 93.06 C ATOM 1403 N PRO 173 142.425 187.601 164.204 1.00 94.48 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.577 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