####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS287_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS287_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 63 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 68 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 11 113 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 13 40 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 44 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 38 82 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 25 107 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 37 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 37 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 57 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 60 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 60 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 50 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 51 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 63 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 49 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 23 99 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 22 106 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 13 123 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 72 116 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 53.33 85.93 93.33 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.56 0.65 0.74 0.79 0.83 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.10 0.96 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.731 0 0.000 0.000 0.821 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.698 0 0.047 0.117 1.788 81.818 73.131 1.788 LGA W 167 W 167 0.485 0 0.048 0.194 0.830 90.909 88.312 0.614 LGA I 168 I 168 1.091 0 0.022 1.554 4.953 70.455 54.091 4.953 LGA S 169 S 169 2.303 0 0.585 0.527 5.123 51.818 36.364 5.123 LGA G 170 G 170 1.112 0 0.175 0.175 1.112 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.906 0 0.000 1.270 4.965 77.727 60.455 1.694 LGA A 172 A 172 0.964 0 0.033 0.034 1.073 81.818 78.545 - LGA P 173 P 173 0.480 0 0.023 0.066 0.910 95.455 89.610 0.890 LGA Y 174 Y 174 0.409 0 0.035 0.135 0.720 95.455 92.424 0.718 LGA G 175 G 175 0.505 0 0.076 0.076 0.505 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.572 0 0.036 0.139 0.684 81.818 89.394 0.290 LGA Q 177 Q 177 0.897 0 0.052 0.246 1.233 81.818 80.000 0.898 LGA L 178 L 178 0.728 0 0.083 0.115 0.975 81.818 81.818 0.855 LGA N 179 N 179 0.893 0 0.169 0.671 4.503 70.000 44.545 4.503 LGA K 180 K 180 3.502 0 0.305 0.967 13.290 27.727 12.323 13.290 LGA K 181 K 181 1.686 0 0.352 0.972 8.233 74.545 36.364 8.233 LGA T 182 T 182 0.494 0 0.065 1.107 3.167 90.909 73.247 3.167 LGA S 183 S 183 1.060 0 0.145 0.130 1.398 69.545 68.182 1.365 LGA K 184 K 184 0.979 0 0.050 0.869 2.930 73.636 68.485 2.930 LGA L 185 L 185 0.610 0 0.078 0.080 0.782 81.818 90.909 0.275 LGA D 186 D 186 0.316 0 0.065 0.111 0.768 95.455 97.727 0.170 LGA P 187 P 187 0.594 0 0.019 0.049 1.366 82.273 84.675 0.579 LGA V 188 V 188 0.929 0 0.010 0.030 1.044 81.818 79.481 1.044 LGA E 189 E 189 1.010 0 0.018 0.304 2.041 69.545 67.879 2.041 LGA D 190 D 190 1.010 0 0.023 0.038 1.367 77.727 71.591 1.367 LGA E 191 E 191 0.744 0 0.050 0.127 1.255 86.364 82.020 1.255 LGA A 192 A 192 0.398 0 0.000 0.000 0.507 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.485 0 0.032 0.643 2.991 100.000 77.778 2.749 LGA V 194 V 194 0.412 0 0.033 0.044 0.532 100.000 97.403 0.464 LGA V 195 V 195 0.100 0 0.000 0.000 0.266 100.000 100.000 0.112 LGA Q 196 Q 196 0.235 0 0.026 0.270 1.461 100.000 88.485 1.335 LGA L 197 L 197 0.230 0 0.023 0.039 0.438 100.000 100.000 0.387 LGA I 198 I 198 0.162 0 0.089 0.092 0.277 100.000 100.000 0.199 LGA F 199 F 199 0.267 0 0.044 0.090 0.401 100.000 100.000 0.103 LGA N 200 N 200 0.292 0 0.023 0.444 0.997 100.000 95.455 0.997 LGA I 201 I 201 0.164 0 0.036 0.054 0.289 100.000 100.000 0.119 LGA F 202 F 202 0.172 0 0.000 0.063 0.498 100.000 100.000 0.498 LGA L 203 L 203 0.385 0 0.000 0.113 1.038 100.000 88.864 0.923 LGA N 204 N 204 0.213 0 0.034 0.065 0.919 100.000 93.182 0.763 LGA G 205 G 205 0.144 0 0.045 0.045 0.146 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.186 0 0.000 0.029 0.445 100.000 100.000 0.416 LGA N 207 N 207 0.662 0 0.060 0.210 0.956 86.364 84.091 0.731 LGA G 208 G 208 0.990 0 0.023 0.023 1.324 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.074 0 0.040 0.148 2.136 77.727 63.030 2.136 LGA D 210 D 210 0.989 0 0.111 0.302 1.009 81.818 84.318 0.286 LGA Y 211 Y 211 1.527 0 0.108 0.390 1.690 58.182 60.606 1.252 LGA S 212 S 212 2.091 0 0.686 0.756 5.877 39.545 28.182 5.877 LGA Y 213 Y 213 2.973 0 0.174 1.643 14.890 38.636 13.030 14.890 LGA A 215 A 215 0.692 0 0.206 0.222 1.747 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.337 0 0.025 0.181 0.483 100.000 100.000 0.483 LGA A 217 A 217 0.201 0 0.035 0.048 0.327 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.228 0 0.053 0.071 0.880 100.000 93.939 0.880 LGA H 219 H 219 0.136 0 0.024 0.039 0.382 100.000 100.000 0.382 LGA L 220 L 220 0.205 0 0.023 0.088 0.337 100.000 100.000 0.337 LGA T 221 T 221 0.197 0 0.018 0.033 0.412 100.000 100.000 0.232 LGA N 222 N 222 0.405 0 0.031 0.032 0.666 90.909 95.455 0.309 LGA L 223 L 223 0.605 0 0.049 0.067 1.049 86.364 82.045 0.882 LGA Q 224 Q 224 0.586 0 0.031 0.830 4.296 81.818 60.404 4.296 LGA I 225 I 225 0.492 0 0.050 0.129 0.492 100.000 100.000 0.146 LGA P 226 P 226 0.476 0 0.051 0.058 0.655 95.455 89.610 0.629 LGA T 227 T 227 0.343 0 0.035 0.197 0.473 100.000 100.000 0.455 LGA P 228 P 228 0.717 0 0.111 0.117 0.821 86.364 84.416 0.821 LGA S 229 S 229 0.695 0 0.116 0.119 0.827 90.909 87.879 0.827 LGA G 230 G 230 0.479 0 0.023 0.023 0.546 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.472 0 0.131 0.684 2.437 86.818 83.232 2.437 LGA K 232 K 232 0.392 0 0.122 0.902 3.452 95.455 73.939 3.452 LGA R 233 R 233 0.499 0 0.022 0.957 4.685 95.455 59.669 4.513 LGA W 234 W 234 0.206 0 0.057 0.119 0.460 100.000 100.000 0.320 LGA N 235 N 235 0.532 0 0.020 0.781 1.804 86.364 80.455 1.804 LGA Q 236 Q 236 0.537 0 0.035 0.928 3.517 81.818 70.303 1.051 LGA Y 237 Y 237 0.889 0 0.041 0.413 2.422 77.727 64.848 2.422 LGA T 238 T 238 0.643 0 0.031 0.269 0.802 81.818 81.818 0.785 LGA I 239 I 239 0.472 0 0.013 0.076 0.593 95.455 97.727 0.243 LGA K 240 K 240 0.694 0 0.060 0.604 4.641 81.818 60.808 4.641 LGA A 241 A 241 0.723 0 0.056 0.060 0.825 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.363 0 0.051 0.059 0.886 100.000 90.909 0.886 LGA L 243 L 243 0.254 0 0.039 0.131 0.580 95.455 97.727 0.190 LGA Q 244 Q 244 0.371 0 0.046 0.311 1.229 90.909 86.263 1.229 LGA N 245 N 245 0.482 0 0.000 0.129 0.839 100.000 90.909 0.839 LGA E 246 E 246 0.338 0 0.000 0.632 1.857 100.000 87.071 1.569 LGA V 247 V 247 0.207 0 0.022 0.082 0.276 100.000 100.000 0.203 LGA Y 248 Y 248 0.348 0 0.000 0.151 0.892 100.000 93.939 0.892 LGA I 249 I 249 0.276 0 0.068 0.084 0.554 100.000 95.455 0.521 LGA G 250 G 250 0.219 0 0.035 0.035 0.391 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.407 0 0.048 0.065 0.579 95.455 94.805 0.480 LGA V 252 V 252 0.390 0 0.047 0.103 0.753 95.455 94.805 0.575 LGA K 253 K 253 0.492 0 0.019 0.181 0.697 90.909 93.939 0.427 LGA Y 254 Y 254 0.799 0 0.039 0.371 2.836 81.818 60.758 2.836 LGA K 255 K 255 0.568 0 0.097 0.748 3.891 77.727 55.960 3.891 LGA V 256 V 256 0.562 0 0.125 0.142 0.668 86.364 84.416 0.518 LGA R 257 R 257 0.661 0 0.080 1.166 5.531 77.727 56.198 4.179 LGA E 258 E 258 0.744 0 0.044 0.946 4.349 77.727 56.566 4.349 LGA K 259 K 259 0.937 0 0.024 0.115 1.606 77.727 69.293 1.606 LGA T 260 T 260 1.258 0 0.009 0.097 1.540 58.182 61.299 1.417 LGA K 261 K 261 2.103 0 0.035 0.897 8.040 41.364 25.657 8.040 LGA D 262 D 262 2.177 0 0.083 0.907 3.421 41.364 33.409 3.421 LGA G 263 G 263 1.330 0 0.110 0.110 1.451 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 0.763 0 0.000 0.495 2.347 81.818 76.970 2.347 LGA R 265 R 265 0.522 0 0.098 1.011 3.267 86.364 67.934 3.267 LGA T 266 T 266 0.622 0 0.039 0.161 0.853 81.818 81.818 0.603 LGA I 267 I 267 0.542 0 0.036 0.087 1.001 86.364 82.045 1.001 LGA R 268 R 268 0.691 0 0.000 0.949 2.583 81.818 69.917 2.583 LGA P 269 P 269 1.061 0 0.000 0.004 1.217 77.727 74.805 1.204 LGA E 270 E 270 1.065 0 0.000 0.857 3.986 65.455 49.899 3.139 LGA K 271 K 271 1.273 0 0.043 0.681 1.989 65.455 65.859 1.759 LGA E 272 E 272 1.007 0 0.073 0.117 1.317 73.636 70.909 1.115 LGA Q 273 Q 273 0.839 0 0.023 0.082 0.941 81.818 81.818 0.808 LGA I 274 I 274 0.678 0 0.051 0.086 1.253 81.818 79.773 1.253 LGA V 275 V 275 0.174 0 0.037 0.054 0.395 100.000 100.000 0.366 LGA V 276 V 276 0.301 0 0.000 0.026 0.392 100.000 100.000 0.392 LGA Q 277 Q 277 0.233 0 0.047 0.637 2.878 100.000 79.596 2.878 LGA D 278 D 278 0.126 0 0.036 0.245 0.883 100.000 97.727 0.883 LGA A 279 A 279 0.295 0 0.020 0.045 0.325 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.193 0 0.036 0.144 0.352 100.000 100.000 0.246 LGA A 281 A 281 0.212 0 0.000 0.000 0.313 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.197 0 0.013 0.021 0.498 100.000 100.000 0.486 LGA I 283 I 283 0.295 0 0.016 0.074 0.583 95.455 95.455 0.485 LGA I 284 I 284 0.402 0 0.000 0.042 0.527 90.909 95.455 0.273 LGA D 285 D 285 0.762 0 0.040 0.105 1.343 81.818 75.682 1.023 LGA K 286 K 286 0.828 0 0.020 0.272 1.056 81.818 80.000 1.056 LGA E 287 E 287 0.931 0 0.031 0.420 1.224 81.818 78.182 1.224 LGA Q 288 Q 288 0.623 0 0.000 0.532 1.891 86.364 73.333 1.225 LGA F 289 F 289 0.607 0 0.036 0.120 1.065 81.818 78.843 1.055 LGA Q 290 Q 290 0.847 0 0.000 1.195 3.204 81.818 67.677 3.204 LGA Q 291 Q 291 0.570 0 0.000 0.226 0.968 90.909 85.859 0.968 LGA S 292 S 292 0.474 0 0.069 0.696 2.617 86.364 78.788 2.617 LGA Q 293 Q 293 0.849 0 0.034 0.270 1.393 77.727 74.545 1.315 LGA V 294 V 294 0.880 0 0.015 0.054 0.965 81.818 81.818 0.789 LGA K 295 K 295 0.527 0 0.061 0.152 1.000 81.818 91.919 0.475 LGA I 296 I 296 0.895 0 0.020 0.079 1.395 73.636 75.682 0.806 LGA A 297 A 297 1.531 0 0.138 0.165 2.358 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.226 0 0.069 0.574 2.661 49.091 65.682 1.185 LGA K 299 K 299 3.399 0 0.295 0.946 13.895 40.000 17.778 13.895 LGA V 300 V 300 2.338 0 0.134 0.148 4.705 41.364 26.234 4.434 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.929 0.884 1.842 84.646 79.164 63.942 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.556 97.895 13.122 LGA_LOCAL RMSD: 0.929 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.929 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.929 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.203648 * X + -0.814936 * Y + 0.542592 * Z + 152.309067 Y_new = 0.942545 * X + -0.013280 * Y + 0.333814 * Z + 177.068634 Z_new = -0.264832 * X + 0.579398 * Y + 0.770819 * Z + 174.900955 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.783587 0.268029 0.644567 [DEG: 102.1920 15.3569 36.9309 ] ZXZ: 2.122333 0.690671 -0.428726 [DEG: 121.6007 39.5725 -24.5642 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS287_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS287_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.895 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS287_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.939 187.106 153.568 1.00 92.24 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.296 187.810 154.673 1.00 91.79 C ATOM 1347 C GLY 165 150.771 187.716 154.673 1.00 93.29 C ATOM 1348 O GLY 165 150.095 188.550 155.275 1.00 91.24 O ATOM 1349 N LYS 166 150.197 186.721 153.979 1.00 92.98 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.750 186.472 153.978 1.00 93.20 C ATOM 1351 C LYS 166 148.332 185.710 155.230 1.00 93.78 C ATOM 1352 O LYS 166 149.048 184.838 155.722 1.00 92.28 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.320 185.726 152.711 1.00 93.23 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.502 186.588 151.449 1.00 92.71 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.123 185.797 150.195 1.00 89.89 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.227 186.716 148.969 1.00 86.45 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.174 185.946 147.708 1.00 77.56 N ATOM 1358 N TRP 167 147.134 185.988 155.713 1.00 94.30 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.578 185.299 156.872 1.00 94.32 C ATOM 1360 C TRP 167 145.972 183.952 156.477 1.00 94.06 C ATOM 1361 O TRP 167 145.009 183.880 155.719 1.00 91.04 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.558 186.189 157.563 1.00 93.68 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.087 185.618 158.863 1.00 93.75 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.919 184.975 159.087 1.00 91.31 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.812 185.571 160.135 1.00 93.13 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.856 184.561 160.394 1.00 91.52 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.997 184.895 161.088 1.00 92.69 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.075 186.035 160.564 1.00 92.55 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.425 184.682 162.405 1.00 91.79 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.500 185.834 161.885 1.00 90.71 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.684 185.157 162.804 1.00 90.11 C ATOM 1372 N ILE 168 146.522 182.870 157.040 1.00 92.50 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.103 181.485 156.760 1.00 90.59 C ATOM 1374 C ILE 168 145.743 180.695 158.028 1.00 88.83 C ATOM 1375 O ILE 168 145.438 179.498 157.957 1.00 79.04 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.178 180.751 155.937 1.00 87.64 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.517 180.710 156.698 1.00 77.19 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.340 181.404 154.551 1.00 74.66 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.497 179.740 156.056 1.00 69.48 C ATOM 1380 N SER 169 145.775 181.340 159.179 1.00 87.00 N ATOM 1381 CA SER 169 145.657 180.696 160.495 1.00 82.88 C ATOM 1382 C SER 169 144.220 180.602 161.028 1.00 81.85 C ATOM 1383 O SER 169 144.020 180.437 162.225 1.00 71.81 O ATOM 1384 CB SER 169 146.607 181.368 161.497 1.00 77.76 C ATOM 1385 OG SER 169 147.941 181.290 161.030 1.00 68.23 O ATOM 1386 N GLY 170 143.220 180.665 160.148 1.00 85.76 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.802 180.573 160.527 1.00 86.90 C ATOM 1388 C GLY 170 141.154 181.941 160.749 1.00 90.49 C ATOM 1389 O GLY 170 141.269 182.816 159.896 1.00 88.24 O ATOM 1390 N LEU 171 140.438 182.102 161.876 1.00 90.57 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.767 183.361 162.211 1.00 92.25 C ATOM 1392 C LEU 171 140.791 184.494 162.397 1.00 94.01 C ATOM 1393 O LEU 171 141.875 184.261 162.935 1.00 92.69 O ATOM 1394 CB LEU 171 138.910 183.191 163.476 1.00 90.56 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.705 182.239 163.312 1.00 82.80 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.045 181.993 164.676 1.00 75.38 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.642 182.797 162.364 1.00 75.34 C ATOM 1398 N ALA 172 140.427 185.702 161.953 1.00 93.12 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.237 186.889 162.185 1.00 94.12 C ATOM 1400 C ALA 172 141.354 187.163 163.697 1.00 94.88 C ATOM 1401 O ALA 172 140.392 186.937 164.439 1.00 92.90 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.625 188.071 161.430 1.00 93.36 C ATOM 1403 N PRO 173 142.514 187.626 164.182 1.00 94.68 N ATOM 1404 CA PRO 173 142.680 188.071 165.555 1.00 94.61 C ATOM 1405 C PRO 173 141.752 189.249 165.868 1.00 95.50 C ATOM 1406 O PRO 173 141.420 190.026 164.986 1.00 94.32 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.149 188.470 165.688 1.00 93.42 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.821 187.724 164.542 1.00 91.30 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.761 187.732 163.454 1.00 93.54 C ATOM 1410 N TYR 174 141.387 189.408 167.125 1.00 93.36 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.589 190.549 167.581 1.00 94.42 C ATOM 1412 C TYR 174 141.272 191.874 167.217 1.00 95.73 C ATOM 1413 O TYR 174 142.473 191.989 167.365 1.00 94.58 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.407 190.446 169.095 1.00 94.14 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.451 191.469 169.658 1.00 94.94 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 139.930 192.568 170.406 1.00 89.23 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.072 191.335 169.430 1.00 89.74 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.029 193.512 170.944 1.00 88.53 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.167 192.278 169.956 1.00 88.62 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.640 193.366 170.721 1.00 93.55 C ATOM 1421 OH TYR 174 136.763 194.257 171.234 1.00 92.27 O ATOM 1422 N GLY 175 140.514 192.853 166.743 1.00 93.17 N ATOM 1423 CA GLY 175 141.072 194.098 166.204 1.00 93.60 C ATOM 1424 C GLY 175 141.332 194.076 164.706 1.00 95.26 C ATOM 1425 O GLY 175 141.620 195.112 164.120 1.00 93.41 O ATOM 1426 N TYR 176 141.240 192.902 164.074 1.00 95.35 N ATOM 1427 CA TYR 176 141.433 192.734 162.636 1.00 95.54 C ATOM 1428 C TYR 176 140.273 191.984 161.983 1.00 95.51 C ATOM 1429 O TYR 176 139.662 191.098 162.569 1.00 94.20 O ATOM 1430 CB TYR 176 142.740 192.000 162.350 1.00 95.54 C ATOM 1431 CG TYR 176 143.999 192.764 162.699 1.00 96.13 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.472 193.760 161.832 1.00 93.16 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 144.708 192.456 163.871 1.00 93.01 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.660 194.451 162.130 1.00 92.68 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 145.894 193.144 164.174 1.00 92.93 C ATOM 1436 CZ TYR 176 146.377 194.141 163.302 1.00 95.32 C ATOM 1437 OH TYR 176 147.528 194.797 163.587 1.00 94.42 O ATOM 1438 N GLN 177 140.067 192.270 160.697 1.00 95.61 N ATOM 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