####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS286_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS286_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 68 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 53 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 11 55 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 29 87 112 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 46 107 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 74 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 98 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 8 27 72 100 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 9 105 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 59 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 31 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 67 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 75 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 33 106 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 42 106 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 21 106 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 97 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 90 122 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 35 97 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 25 45 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 68 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 73 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 64 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 58 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 21 106 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 93 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 25 104 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 7 107 115 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 91 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 109 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 80.74 91.11 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.48 0.65 0.76 0.81 0.85 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.453 0 0.034 0.034 0.793 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.721 0 0.041 0.224 1.742 81.818 74.747 1.742 LGA W 167 W 167 0.501 0 0.063 0.256 0.921 81.818 85.714 0.506 LGA I 168 I 168 1.090 0 0.155 0.219 2.589 65.909 49.318 2.525 LGA S 169 S 169 1.467 0 0.149 0.218 4.098 62.727 45.758 4.098 LGA G 170 G 170 1.904 0 0.277 0.277 1.904 54.545 54.545 - LGA L 171 L 171 1.144 0 0.020 1.235 4.715 73.636 58.182 1.101 LGA A 172 A 172 0.637 0 0.080 0.084 0.881 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.327 0 0.061 0.103 0.547 100.000 97.403 0.547 LGA Y 174 Y 174 0.345 0 0.031 0.163 0.826 95.455 87.879 0.826 LGA G 175 G 175 0.103 0 0.043 0.043 0.231 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.141 0 0.000 0.120 0.699 100.000 92.424 0.699 LGA Q 177 Q 177 0.327 0 0.083 0.104 0.490 100.000 100.000 0.460 LGA L 178 L 178 0.420 0 0.053 0.104 0.673 90.909 93.182 0.673 LGA N 179 N 179 1.290 0 0.184 0.759 5.185 62.273 37.273 5.185 LGA K 180 K 180 3.938 0 0.229 0.933 13.491 20.455 9.091 13.491 LGA K 181 K 181 1.339 0 0.249 0.956 7.389 73.636 37.778 7.389 LGA T 182 T 182 0.766 0 0.045 1.125 3.250 77.727 68.052 3.250 LGA S 183 S 183 0.923 0 0.217 0.190 1.376 77.727 73.636 1.376 LGA K 184 K 184 1.112 0 0.042 0.731 1.902 73.636 65.859 1.902 LGA L 185 L 185 0.564 0 0.050 0.078 0.824 81.818 81.818 0.710 LGA D 186 D 186 0.363 0 0.067 0.098 0.669 100.000 97.727 0.415 LGA P 187 P 187 0.457 0 0.000 0.365 0.758 90.909 89.610 0.717 LGA V 188 V 188 0.554 0 0.000 0.046 0.800 81.818 81.818 0.625 LGA E 189 E 189 0.402 0 0.000 0.432 1.603 95.455 90.505 1.603 LGA D 190 D 190 0.342 0 0.060 0.125 0.360 100.000 100.000 0.288 LGA E 191 E 191 0.119 0 0.078 0.119 0.299 100.000 100.000 0.241 LGA A 192 A 192 0.191 0 0.000 0.000 0.287 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.153 0 0.038 0.709 3.081 100.000 80.808 3.081 LGA V 194 V 194 0.087 0 0.038 0.057 0.258 100.000 100.000 0.258 LGA V 195 V 195 0.244 0 0.000 0.058 0.292 100.000 100.000 0.177 LGA Q 196 Q 196 0.274 0 0.035 0.248 0.952 100.000 93.939 0.824 LGA L 197 L 197 0.319 0 0.025 0.091 0.400 100.000 100.000 0.250 LGA I 198 I 198 0.179 0 0.101 0.112 0.431 100.000 100.000 0.382 LGA F 199 F 199 0.270 0 0.045 0.142 0.578 100.000 96.694 0.369 LGA N 200 N 200 0.141 0 0.077 0.929 1.942 100.000 87.727 1.942 LGA I 201 I 201 0.093 0 0.058 0.043 0.411 100.000 100.000 0.411 LGA F 202 F 202 0.194 0 0.000 0.051 0.473 100.000 100.000 0.469 LGA L 203 L 203 0.177 0 0.066 0.153 0.554 95.455 97.727 0.452 LGA N 204 N 204 0.313 0 0.043 0.196 1.051 90.909 86.591 0.920 LGA G 205 G 205 0.768 0 0.040 0.040 0.786 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.674 0 0.058 0.122 1.151 77.727 86.591 0.449 LGA N 207 N 207 1.337 0 0.053 0.136 1.784 61.818 58.182 1.607 LGA G 208 G 208 1.301 0 0.000 0.000 1.403 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.374 0 0.084 0.231 1.758 65.455 58.990 1.655 LGA D 210 D 210 1.350 0 0.145 0.932 2.591 69.545 55.682 2.259 LGA Y 211 Y 211 1.761 0 0.130 0.279 1.809 50.909 53.333 1.440 LGA S 212 S 212 2.167 0 0.717 0.796 5.897 39.545 28.182 5.897 LGA Y 213 Y 213 3.102 0 0.112 1.634 14.926 36.364 12.273 14.926 LGA A 215 A 215 1.023 0 0.153 0.157 2.065 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.523 0 0.016 0.160 0.694 90.909 86.364 0.642 LGA A 217 A 217 0.433 0 0.029 0.048 0.518 90.909 92.727 - LGA S 218 S 218 0.771 0 0.052 0.096 1.703 86.364 76.970 1.703 LGA H 219 H 219 0.386 0 0.040 0.066 0.499 100.000 100.000 0.418 LGA L 220 L 220 0.312 0 0.028 0.080 0.391 100.000 100.000 0.391 LGA T 221 T 221 0.358 0 0.000 0.039 0.517 100.000 97.403 0.517 LGA N 222 N 222 0.377 0 0.031 0.122 0.670 95.455 93.182 0.670 LGA L 223 L 223 0.544 0 0.040 0.085 0.810 90.909 86.364 0.686 LGA Q 224 Q 224 0.407 0 0.085 0.812 4.078 100.000 69.495 4.078 LGA I 225 I 225 0.663 0 0.043 0.079 0.734 81.818 81.818 0.512 LGA P 226 P 226 0.571 0 0.065 0.064 0.785 90.909 87.013 0.714 LGA T 227 T 227 0.191 0 0.067 0.174 0.592 100.000 97.403 0.088 LGA P 228 P 228 0.449 0 0.043 0.054 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA S 229 S 229 0.459 0 0.042 0.049 0.633 100.000 93.939 0.633 LGA G 230 G 230 0.611 0 0.087 0.087 0.933 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.665 0 0.089 0.712 3.346 77.727 71.111 3.346 LGA K 232 K 232 0.484 0 0.268 0.904 3.702 90.909 71.111 3.702 LGA R 233 R 233 0.318 0 0.091 1.442 8.632 100.000 50.248 8.632 LGA W 234 W 234 0.424 0 0.028 0.098 0.810 95.455 93.506 0.619 LGA N 235 N 235 0.487 0 0.040 0.706 2.066 90.909 78.864 2.066 LGA Q 236 Q 236 0.405 0 0.054 0.939 3.500 100.000 81.010 0.936 LGA Y 237 Y 237 0.560 0 0.028 1.689 9.708 90.909 40.303 9.708 LGA T 238 T 238 0.654 0 0.047 0.247 1.606 90.909 82.597 1.606 LGA I 239 I 239 0.206 0 0.051 0.088 0.579 100.000 97.727 0.579 LGA K 240 K 240 0.353 0 0.063 0.636 4.583 100.000 72.121 4.583 LGA A 241 A 241 0.470 0 0.040 0.046 0.638 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.464 0 0.019 0.052 1.029 100.000 88.864 1.029 LGA L 243 L 243 0.282 0 0.026 0.136 0.475 100.000 100.000 0.440 LGA Q 244 Q 244 0.326 0 0.082 0.327 1.715 95.455 79.192 1.528 LGA N 245 N 245 0.315 0 0.000 0.116 1.104 100.000 91.136 0.507 LGA E 246 E 246 0.222 0 0.000 0.612 2.157 100.000 83.838 1.935 LGA V 247 V 247 0.254 0 0.041 0.094 0.337 100.000 100.000 0.190 LGA Y 248 Y 248 0.318 0 0.019 0.131 1.294 100.000 86.667 1.294 LGA I 249 I 249 0.171 0 0.073 0.095 0.656 95.455 97.727 0.111 LGA G 250 G 250 0.157 0 0.035 0.035 0.157 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.499 0 0.072 0.098 0.831 90.909 87.013 0.586 LGA V 252 V 252 0.481 0 0.043 0.137 1.001 86.818 87.273 0.927 LGA K 253 K 253 0.426 0 0.058 0.252 0.683 100.000 95.960 0.462 LGA Y 254 Y 254 0.547 0 0.035 0.340 2.191 86.364 74.697 2.191 LGA K 255 K 255 1.016 0 0.041 0.092 1.088 77.727 76.364 1.088 LGA V 256 V 256 0.980 0 0.055 0.066 1.069 81.818 74.805 1.011 LGA R 257 R 257 0.930 0 0.043 1.073 5.117 77.727 53.554 3.769 LGA E 258 E 258 1.067 0 0.115 0.928 4.857 65.909 47.273 4.857 LGA K 259 K 259 1.734 0 0.000 0.087 3.148 54.545 40.808 3.148 LGA T 260 T 260 1.468 0 0.016 0.049 1.835 54.545 59.221 1.461 LGA K 261 K 261 1.986 0 0.038 0.945 7.550 44.545 28.485 7.550 LGA D 262 D 262 1.937 0 0.086 0.375 2.122 50.909 55.000 2.122 LGA G 263 G 263 1.787 0 0.054 0.054 1.841 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.604 0 0.023 0.383 2.528 58.182 51.717 1.390 LGA R 265 R 265 1.368 0 0.052 1.068 3.521 65.455 56.694 3.521 LGA T 266 T 266 0.941 0 0.016 0.068 1.186 73.636 77.143 0.818 LGA I 267 I 267 0.793 0 0.013 0.107 1.028 81.818 79.773 1.028 LGA R 268 R 268 0.555 0 0.020 0.976 2.782 90.909 71.736 2.271 LGA P 269 P 269 0.243 0 0.035 0.035 0.390 100.000 100.000 0.387 LGA E 270 E 270 0.188 0 0.010 0.877 3.606 100.000 75.152 2.990 LGA K 271 K 271 0.266 0 0.069 0.650 3.403 100.000 72.525 3.044 LGA E 272 E 272 0.402 0 0.117 0.100 1.605 95.455 80.808 1.605 LGA Q 273 Q 273 0.603 0 0.042 0.093 0.807 81.818 81.818 0.807 LGA I 274 I 274 0.363 0 0.068 0.072 0.490 100.000 100.000 0.352 LGA V 275 V 275 0.254 0 0.051 0.111 0.576 100.000 97.403 0.452 LGA V 276 V 276 0.354 0 0.000 0.051 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA Q 277 Q 277 0.284 0 0.054 0.711 3.495 100.000 77.980 3.495 LGA D 278 D 278 0.412 0 0.079 0.091 0.765 95.455 88.636 0.708 LGA A 279 A 279 0.201 0 0.050 0.058 0.254 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.231 0 0.048 0.209 0.677 100.000 96.364 0.601 LGA A 281 A 281 0.415 0 0.000 0.000 0.568 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.235 0 0.027 0.036 0.310 100.000 100.000 0.296 LGA I 283 I 283 0.295 0 0.089 0.120 0.741 95.455 93.182 0.741 LGA I 284 I 284 0.290 0 0.000 0.076 0.356 100.000 100.000 0.212 LGA D 285 D 285 0.444 0 0.065 0.917 2.827 95.455 72.500 2.827 LGA K 286 K 286 0.524 0 0.026 0.292 1.496 86.364 84.040 1.496 LGA E 287 E 287 0.706 0 0.052 0.357 1.107 81.818 80.000 1.107 LGA Q 288 Q 288 0.525 0 0.000 0.326 2.240 90.909 70.909 2.240 LGA F 289 F 289 0.446 0 0.035 0.116 0.769 100.000 88.430 0.726 LGA Q 290 Q 290 0.659 0 0.047 1.189 3.219 81.818 66.061 3.219 LGA Q 291 Q 291 0.334 0 0.036 0.156 0.495 100.000 100.000 0.495 LGA S 292 S 292 0.317 0 0.052 0.078 0.463 100.000 100.000 0.381 LGA Q 293 Q 293 0.732 0 0.027 0.228 0.956 81.818 81.818 0.884 LGA V 294 V 294 0.791 0 0.029 0.071 1.127 81.818 79.481 0.964 LGA K 295 K 295 0.510 0 0.047 0.140 1.071 82.273 82.020 0.607 LGA I 296 I 296 1.233 0 0.028 0.078 1.791 65.909 65.909 1.064 LGA A 297 A 297 1.630 0 0.085 0.099 2.301 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.474 0 0.114 0.516 3.200 44.091 63.182 1.133 LGA K 299 K 299 3.981 0 0.443 1.256 14.740 29.091 12.929 14.740 LGA V 300 V 300 2.377 0 0.222 1.130 5.064 32.727 21.818 3.626 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.972 0.942 1.953 85.549 78.742 62.949 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 94.259 97.320 12.588 LGA_LOCAL RMSD: 0.972 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.972 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.128239 * X + -0.620170 * Y + -0.773915 * Z + 154.582535 Y_new = 0.068282 * X + -0.784027 * Y + 0.616959 * Z + 149.248215 Z_new = -0.989390 * X + 0.026273 * Y + 0.142889 * Z + 143.821213 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.652312 1.424996 0.181840 [DEG: 151.9663 81.6462 10.4187 ] ZXZ: -2.243823 1.427416 -1.544248 [DEG: -128.5616 81.7849 -88.4789 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS286_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS286_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.320 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS286_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.272 186.814 153.767 1.00 86.07 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.557 187.561 154.783 1.00 86.07 C ATOM 2719 C GLY 165 151.071 187.258 154.786 1.00 86.07 C ATOM 2720 O GLY 165 150.300 187.964 155.440 1.00 86.07 O ATOM 2724 N LYS 166 150.637 186.229 154.046 1.00 86.92 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.225 185.912 154.012 1.00 86.92 C ATOM 2726 C LYS 166 148.784 185.204 155.271 1.00 86.92 C ATOM 2727 O LYS 166 149.541 184.458 155.901 1.00 86.92 O ATOM 2728 CB LYS 166 148.868 185.106 152.764 1.00 86.92 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.005 185.927 151.467 1.00 86.92 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.623 185.147 150.198 1.00 86.92 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.657 186.075 148.973 1.00 86.92 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.250 185.390 147.703 1.00 86.92 N ATOM 2746 N TRP 167 147.545 185.470 155.643 1.00 88.12 N ATOM 2747 CA TRP 167 146.929 184.835 156.781 1.00 88.12 C ATOM 2748 C TRP 167 146.393 183.497 156.310 1.00 88.12 C ATOM 2749 O TRP 167 145.644 183.421 155.334 1.00 88.12 O ATOM 2750 CB TRP 167 145.822 185.729 157.323 1.00 88.12 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.133 185.219 158.542 1.00 88.12 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 143.879 184.706 158.616 1.00 88.12 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 145.657 185.172 159.877 1.00 88.12 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 143.584 184.357 159.884 1.00 88.12 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 144.658 184.622 160.680 1.00 88.12 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 146.877 185.546 160.447 1.00 88.12 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 144.836 184.424 162.027 1.00 88.12 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 147.061 185.349 161.799 1.00 88.12 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 146.070 184.798 162.571 1.00 88.12 C ATOM 2770 N ILE 168 146.836 182.443 156.969 1.00 83.07 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.476 181.080 156.603 1.00 83.07 C ATOM 2772 C ILE 168 145.396 180.509 157.503 1.00 83.07 C ATOM 2773 O ILE 168 144.596 179.672 157.077 1.00 83.07 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.707 180.172 156.603 1.00 83.07 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.816 180.754 155.680 1.00 83.07 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.334 178.761 156.171 1.00 83.07 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 148.462 181.031 154.232 1.00 83.07 C ATOM 2789 N SER 169 145.460 180.889 158.766 1.00 80.39 N ATOM 2790 CA SER 169 144.612 180.376 159.818 1.00 80.39 C ATOM 2791 C SER 169 143.219 180.933 159.682 1.00 80.39 C ATOM 2792 O SER 169 142.926 181.611 158.701 1.00 80.39 O ATOM 2793 CB SER 169 145.201 180.678 161.158 1.00 80.39 C ATOM 2794 OG SER 169 146.406 180.014 161.287 1.00 80.39 O ATOM 2800 N GLY 170 142.325 180.536 160.578 1.00 75.62 N ATOM 2801 CA GLY 170 140.932 180.921 160.436 1.00 75.62 C ATOM 2802 C GLY 170 140.583 182.258 161.076 1.00 75.62 C ATOM 2803 O GLY 170 140.920 183.328 160.559 1.00 75.62 O ATOM 2807 N LEU 171 139.936 182.234 162.229 1.00 79.45 N ATOM 2808 CA LEU 171 139.523 183.496 162.810 1.00 79.45 C ATOM 2809 C LEU 171 140.704 184.419 163.013 1.00 79.45 C ATOM 2810 O LEU 171 141.746 184.010 163.528 1.00 79.45 O ATOM 2811 CB LEU 171 138.878 183.276 164.187 1.00 79.45 C ATOM 2812 CG LEU 171 137.540 182.513 164.236 1.00 79.45 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 137.169 182.266 165.695 1.00 79.45 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 136.439 183.316 163.528 1.00 79.45 C ATOM 2826 N ALA 172 140.512 185.668 162.601 1.00 84.21 N ATOM 2827 CA ALA 172 141.506 186.708 162.741 1.00 84.21 C ATOM 2828 C ALA 172 141.648 186.999 164.231 1.00 84.21 C ATOM 2829 O ALA 172 140.691 186.765 164.969 1.00 84.21 O ATOM 2830 CB ALA 172 141.088 187.955 161.980 1.00 84.21 C ATOM 2836 N PRO 173 142.804 187.477 164.717 1.00 86.81 N ATOM 2837 CA PRO 173 143.015 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