####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS286_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS286_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 68 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 74 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 67 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 12 34 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 32 101 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 34 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 36 107 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 33 51 92 118 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 28 103 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 54 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 59 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 34 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 59 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 57 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 57 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 73 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 73 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 66 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 46 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 45 109 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 69 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 19 43 85 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 3 3 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 81.48 91.11 96.30 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.49 0.63 0.75 0.78 0.85 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.96 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.426 0 0.048 0.048 0.875 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.775 0 0.037 0.224 1.559 81.818 76.566 1.559 LGA W 167 W 167 0.613 0 0.060 0.169 0.839 81.818 90.909 0.424 LGA I 168 I 168 0.893 0 0.050 0.156 1.732 77.727 67.955 1.446 LGA S 169 S 169 1.331 0 0.134 0.208 4.192 66.818 48.485 4.192 LGA G 170 G 170 1.313 0 0.222 0.222 1.313 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.873 0 0.029 1.262 4.723 82.273 64.545 1.300 LGA A 172 A 172 0.569 0 0.063 0.063 0.727 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.444 0 0.051 0.333 0.936 90.909 92.208 0.936 LGA Y 174 Y 174 0.492 0 0.009 0.143 0.863 95.455 86.364 0.844 LGA G 175 G 175 0.244 0 0.031 0.031 0.293 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.269 0 0.031 0.160 0.630 100.000 96.970 0.430 LGA Q 177 Q 177 0.379 0 0.066 0.259 0.856 100.000 95.960 0.856 LGA L 178 L 178 0.430 0 0.062 0.124 0.665 95.455 93.182 0.665 LGA N 179 N 179 1.279 0 0.187 0.744 5.108 59.091 35.682 5.108 LGA K 180 K 180 4.137 0 0.240 0.937 13.622 14.091 6.263 13.622 LGA K 181 K 181 1.294 0 0.235 0.951 7.191 73.636 38.788 7.191 LGA T 182 T 182 0.918 0 0.037 1.125 3.456 77.727 68.052 3.456 LGA S 183 S 183 0.943 0 0.223 0.197 1.262 77.727 73.636 1.240 LGA K 184 K 184 1.267 0 0.045 0.781 2.605 65.455 59.596 2.605 LGA L 185 L 185 0.805 0 0.084 0.123 1.317 77.727 79.773 0.959 LGA D 186 D 186 0.467 0 0.047 0.091 0.717 95.455 90.909 0.585 LGA P 187 P 187 0.658 0 0.000 0.061 1.017 77.727 79.481 0.952 LGA V 188 V 188 0.656 0 0.011 0.048 0.960 81.818 81.818 0.662 LGA E 189 E 189 0.331 0 0.000 0.393 1.002 100.000 90.101 1.002 LGA D 190 D 190 0.195 0 0.062 0.124 0.321 100.000 100.000 0.271 LGA E 191 E 191 0.086 0 0.073 0.116 0.307 100.000 100.000 0.085 LGA A 192 A 192 0.180 0 0.017 0.018 0.267 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.160 0 0.021 0.695 2.597 100.000 83.838 2.597 LGA V 194 V 194 0.155 0 0.037 0.058 0.287 100.000 100.000 0.287 LGA V 195 V 195 0.244 0 0.000 0.059 0.288 100.000 100.000 0.161 LGA Q 196 Q 196 0.279 0 0.038 0.241 0.925 100.000 93.939 0.810 LGA L 197 L 197 0.357 0 0.022 0.089 0.418 100.000 100.000 0.339 LGA I 198 I 198 0.200 0 0.094 0.108 0.443 100.000 100.000 0.443 LGA F 199 F 199 0.208 0 0.048 0.148 0.455 100.000 100.000 0.237 LGA N 200 N 200 0.131 0 0.069 0.915 1.908 100.000 87.727 1.805 LGA I 201 I 201 0.059 0 0.056 0.042 0.477 100.000 100.000 0.477 LGA F 202 F 202 0.175 0 0.000 0.065 0.392 100.000 100.000 0.347 LGA L 203 L 203 0.150 0 0.065 0.156 0.564 100.000 97.727 0.456 LGA N 204 N 204 0.228 0 0.044 0.184 1.054 95.455 88.864 0.885 LGA G 205 G 205 0.737 0 0.036 0.036 0.770 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.733 0 0.069 0.118 1.286 73.636 84.545 0.271 LGA N 207 N 207 1.536 0 0.057 0.148 2.216 58.182 51.364 2.011 LGA G 208 G 208 1.267 0 0.009 0.009 1.299 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.423 0 0.058 0.227 1.768 65.455 58.990 1.568 LGA D 210 D 210 1.376 0 0.143 0.859 1.745 69.545 65.909 1.292 LGA Y 211 Y 211 1.539 0 0.092 0.337 1.611 54.545 59.394 1.131 LGA S 212 S 212 2.313 0 0.718 0.792 6.144 39.545 27.273 6.144 LGA Y 213 Y 213 2.835 0 0.171 1.629 14.761 42.273 14.242 14.761 LGA A 215 A 215 1.021 0 0.164 0.170 2.059 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.491 0 0.006 0.153 0.674 95.455 90.909 0.596 LGA A 217 A 217 0.430 0 0.037 0.057 0.494 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.713 0 0.050 0.093 1.589 90.909 80.000 1.589 LGA H 219 H 219 0.403 0 0.043 0.068 0.576 100.000 90.909 0.562 LGA L 220 L 220 0.287 0 0.020 0.078 0.340 100.000 100.000 0.340 LGA T 221 T 221 0.246 0 0.022 0.039 0.394 100.000 100.000 0.394 LGA N 222 N 222 0.263 0 0.037 0.122 0.622 100.000 95.455 0.622 LGA L 223 L 223 0.562 0 0.046 0.083 0.816 95.455 88.636 0.772 LGA Q 224 Q 224 0.437 0 0.082 0.801 3.904 100.000 70.101 3.904 LGA I 225 I 225 0.695 0 0.064 0.081 0.707 81.818 84.091 0.486 LGA P 226 P 226 0.614 0 0.082 0.077 0.755 90.909 87.013 0.674 LGA T 227 T 227 0.172 0 0.074 0.156 0.519 100.000 97.403 0.225 LGA P 228 P 228 0.390 0 0.056 0.063 0.412 100.000 100.000 0.412 LGA S 229 S 229 0.452 0 0.039 0.059 0.837 100.000 93.939 0.837 LGA G 230 G 230 0.576 0 0.095 0.095 1.039 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.747 0 0.087 0.708 3.487 73.636 69.293 3.487 LGA K 232 K 232 0.603 0 0.258 0.915 4.535 73.636 56.162 4.535 LGA R 233 R 233 0.221 0 0.089 1.442 8.622 100.000 51.901 8.622 LGA W 234 W 234 0.324 0 0.033 0.109 0.620 100.000 96.104 0.530 LGA N 235 N 235 0.521 0 0.034 0.759 2.333 86.364 78.636 2.333 LGA Q 236 Q 236 0.477 0 0.070 0.922 2.702 95.455 84.040 1.346 LGA Y 237 Y 237 0.486 0 0.053 0.438 2.590 95.455 75.303 2.590 LGA T 238 T 238 0.382 0 0.052 0.215 0.568 100.000 97.403 0.407 LGA I 239 I 239 0.264 0 0.038 0.080 0.529 100.000 97.727 0.529 LGA K 240 K 240 0.353 0 0.071 0.624 3.983 100.000 75.758 3.983 LGA A 241 A 241 0.504 0 0.034 0.044 0.730 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.602 0 0.024 0.050 1.097 86.364 82.045 1.097 LGA L 243 L 243 0.320 0 0.015 0.131 0.468 100.000 100.000 0.364 LGA Q 244 Q 244 0.344 0 0.087 0.334 1.933 100.000 81.212 1.748 LGA N 245 N 245 0.188 0 0.000 0.105 0.771 100.000 97.727 0.394 LGA E 246 E 246 0.202 0 0.000 0.686 2.442 100.000 82.424 2.215 LGA V 247 V 247 0.251 0 0.033 0.084 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA Y 248 Y 248 0.171 0 0.000 0.120 1.295 100.000 86.667 1.295 LGA I 249 I 249 0.251 0 0.073 0.092 0.792 95.455 97.727 0.200 LGA G 250 G 250 0.215 0 0.031 0.031 0.215 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.382 0 0.073 0.102 0.642 95.455 94.805 0.433 LGA V 252 V 252 0.332 0 0.042 0.146 0.891 95.455 92.208 0.850 LGA K 253 K 253 0.389 0 0.072 0.255 0.737 100.000 91.919 0.502 LGA Y 254 Y 254 0.504 0 0.034 0.387 2.813 90.909 70.152 2.813 LGA K 255 K 255 0.907 0 0.057 0.118 1.221 81.818 80.000 1.221 LGA V 256 V 256 0.851 0 0.069 0.074 1.039 81.818 79.481 0.969 LGA R 257 R 257 0.884 0 0.047 1.039 4.507 77.727 56.860 3.510 LGA E 258 E 258 1.081 0 0.111 0.898 4.772 65.909 47.273 4.772 LGA K 259 K 259 1.851 0 0.000 0.116 2.706 50.909 40.202 2.706 LGA T 260 T 260 1.745 0 0.040 0.101 2.125 50.909 49.091 1.760 LGA K 261 K 261 1.952 0 0.027 0.907 7.806 44.545 28.485 7.806 LGA D 262 D 262 1.866 0 0.067 0.491 1.964 50.909 54.545 1.831 LGA G 263 G 263 2.024 0 0.095 0.095 2.236 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.838 0 0.035 0.471 2.331 50.909 51.515 0.683 LGA R 265 R 265 1.582 0 0.030 0.995 3.142 58.182 54.711 3.142 LGA T 266 T 266 1.231 0 0.029 0.082 1.360 65.455 65.455 1.164 LGA I 267 I 267 0.873 0 0.011 0.112 1.557 77.727 73.864 1.557 LGA R 268 R 268 0.329 0 0.007 0.976 2.631 95.455 76.529 2.178 LGA P 269 P 269 0.467 0 0.045 0.042 0.507 95.455 94.805 0.375 LGA E 270 E 270 0.574 0 0.016 0.866 3.067 86.364 68.485 2.462 LGA K 271 K 271 0.858 0 0.078 0.709 4.844 81.818 52.525 4.844 LGA E 272 E 272 0.653 0 0.128 0.129 2.329 86.364 68.889 2.329 LGA Q 273 Q 273 0.348 0 0.047 0.118 0.909 100.000 93.939 0.763 LGA I 274 I 274 0.176 0 0.065 0.082 0.295 100.000 100.000 0.213 LGA V 275 V 275 0.118 0 0.053 0.116 0.413 100.000 100.000 0.234 LGA V 276 V 276 0.300 0 0.000 0.047 0.423 100.000 100.000 0.409 LGA Q 277 Q 277 0.313 0 0.049 0.735 3.816 100.000 75.758 3.816 LGA D 278 D 278 0.549 0 0.083 0.107 0.921 86.364 84.091 0.819 LGA A 279 A 279 0.118 0 0.056 0.063 0.278 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.392 0 0.051 0.199 0.661 100.000 96.364 0.542 LGA A 281 A 281 0.633 0 0.004 0.000 0.834 86.364 85.455 - LGA P 282 P 282 0.383 0 0.038 0.044 0.464 100.000 100.000 0.448 LGA I 283 I 283 0.295 0 0.078 0.112 0.602 95.455 95.455 0.587 LGA I 284 I 284 0.144 0 0.000 0.071 0.178 100.000 100.000 0.098 LGA D 285 D 285 0.349 0 0.078 0.251 1.296 95.455 88.864 1.296 LGA K 286 K 286 0.337 0 0.021 0.279 1.629 100.000 90.505 1.629 LGA E 287 E 287 0.390 0 0.048 0.355 1.341 100.000 92.121 1.341 LGA Q 288 Q 288 0.378 0 0.000 0.365 2.486 100.000 78.788 2.486 LGA F 289 F 289 0.247 0 0.034 0.146 0.580 100.000 95.041 0.516 LGA Q 290 Q 290 0.455 0 0.047 1.202 3.467 100.000 71.111 3.467 LGA Q 291 Q 291 0.285 0 0.041 0.144 0.516 100.000 97.980 0.516 LGA S 292 S 292 0.349 0 0.116 0.694 2.234 95.455 83.636 2.234 LGA Q 293 Q 293 0.515 0 0.046 0.260 0.876 86.364 85.859 0.876 LGA V 294 V 294 0.681 0 0.030 0.070 0.959 81.818 81.818 0.834 LGA K 295 K 295 0.302 0 0.037 0.255 0.777 90.909 91.919 0.777 LGA I 296 I 296 1.077 0 0.021 0.087 1.800 69.545 67.727 1.330 LGA A 297 A 297 1.243 0 0.078 0.090 1.679 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.781 0 0.097 0.511 2.281 63.182 68.636 1.504 LGA K 299 K 299 3.287 0 0.440 0.743 13.614 43.182 19.394 13.614 LGA V 300 V 300 3.024 0 0.145 0.141 5.983 25.455 14.545 5.983 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.961 0.924 1.871 85.909 79.405 63.285 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 94.444 97.329 12.727 LGA_LOCAL RMSD: 0.961 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.961 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.961 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.387175 * X + -0.398920 * Y + 0.831239 * Z + 159.383209 Y_new = 0.336049 * X + -0.900595 * Y + -0.275679 * Z + 157.142944 Z_new = 0.858584 * X + 0.172601 * Y + 0.482745 * Z + 146.415131 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.426769 -1.032501 0.343377 [DEG: 139.0436 -59.1579 19.6740 ] ZXZ: 1.250563 1.067010 1.372411 [DEG: 71.6520 61.1352 78.6333 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS286_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS286_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.329 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS286_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.351 186.689 153.909 1.00 86.05 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.624 187.448 154.909 1.00 86.05 C ATOM 2719 C GLY 165 151.135 187.162 154.895 1.00 86.05 C ATOM 2720 O GLY 165 150.367 187.855 155.567 1.00 86.05 O ATOM 2724 N LYS 166 150.700 186.155 154.132 1.00 87.42 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.286 185.850 154.081 1.00 87.42 C ATOM 2726 C LYS 166 148.824 185.113 155.328 1.00 87.42 C ATOM 2727 O LYS 166 149.570 184.349 155.950 1.00 87.42 O ATOM 2728 CB LYS 166 148.952 185.078 152.805 1.00 87.42 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.117 185.939 151.528 1.00 87.42 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.777 185.186 150.228 1.00 87.42 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.819 186.143 149.013 1.00 87.42 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.420 185.474 147.732 1.00 87.42 N ATOM 2746 N TRP 167 147.581 185.373 155.694 1.00 89.82 N ATOM 2747 CA TRP 167 146.939 184.723 156.809 1.00 89.82 C ATOM 2748 C TRP 167 146.271 183.460 156.296 1.00 89.82 C ATOM 2749 O TRP 167 145.286 183.507 155.560 1.00 89.82 O ATOM 2750 CB TRP 167 145.918 185.673 157.421 1.00 89.82 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.234 185.156 158.626 1.00 89.82 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 143.998 184.596 158.695 1.00 89.82 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 145.751 185.142 159.959 1.00 89.82 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 143.708 184.252 159.967 1.00 89.82 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 144.767 184.574 160.765 1.00 89.82 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 146.959 185.559 160.529 1.00 89.82 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 144.945 184.405 162.116 1.00 89.82 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 147.145 185.388 161.885 1.00 89.82 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 146.166 184.825 162.658 1.00 89.82 C ATOM 2770 N ILE 168 146.832 182.328 156.697 1.00 85.16 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.402 181.010 156.245 1.00 85.16 C ATOM 2772 C ILE 168 145.613 180.279 157.331 1.00 85.16 C ATOM 2773 O ILE 168 145.020 179.213 157.114 1.00 85.16 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.652 180.248 155.773 1.00 85.16 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.342 181.047 154.588 1.00 85.16 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.360 178.849 155.379 1.00 85.16 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 147.479 181.330 153.351 1.00 85.16 C ATOM 2789 N SER 169 145.635 180.876 158.495 1.00 82.25 N ATOM 2790 CA SER 169 144.979 180.395 159.685 1.00 82.25 C ATOM 2791 C SER 169 143.506 180.768 159.649 1.00 82.25 C ATOM 2792 O SER 169 143.037 181.357 158.675 1.00 82.25 O ATOM 2793 CB SER 169 145.679 180.933 160.896 1.00 82.25 C ATOM 2794 OG SER 169 146.981 180.449 160.939 1.00 82.25 O ATOM 2800 N GLY 170 142.762 180.350 160.669 1.00 78.32 N ATOM 2801 CA GLY 170 141.317 180.556 160.713 1.00 78.32 C ATOM 2802 C GLY 170 140.911 181.935 161.240 1.00 78.32 C ATOM 2803 O GLY 170 141.240 182.967 160.651 1.00 78.32 O ATOM 2807 N LEU 171 140.200 181.988 162.356 1.00 82.49 N ATOM 2808 CA LEU 171 139.716 183.284 162.812 1.00 82.49 C ATOM 2809 C LEU 171 140.844 184.264 163.086 1.00 82.49 C ATOM 2810 O LEU 171 141.858 183.918 163.689 1.00 82.49 O ATOM 2811 CB LEU 171 138.907 183.130 164.106 1.00 82.49 C ATOM 2812 CG LEU 171 137.555 182.381 164.024 1.00 82.49 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 137.022 182.185 165.439 1.00 82.49 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 136.550 183.189 163.183 1.00 82.49 C ATOM 2826 N ALA 172 140.640 185.500 162.645 1.00 86.01 N ATOM 2827 CA ALA 172 141.582 186.576 162.864 1.00 86.01 C ATOM 2828 C ALA 172 141.637 186.860 164.364 1.00 86.01 C ATOM 2829 O ALA 172 140.636 186.638 165.048 1.00 86.01 O ATOM 2830 CB ALA 172 141.143 187.816 162.097 1.00 86.01 C ATOM 2836 N PRO 173 142.776 187.319 164.906 1.00 88.31 N ATOM 2837 CA PRO 173 142.954 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