####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS269_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS269_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 58 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 54 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 54 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 46 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 9 47 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 59 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 59 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 59 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 51 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 48 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 53 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 21 47 107 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 59 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 54 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 16 97 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 110 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 54 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 38 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 59 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 59 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 70 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 67 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 51 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 100 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 58 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 65 123 127 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 63 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 73 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.07 82.96 91.11 95.56 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.51 0.65 0.77 0.93 0.96 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.11 1.08 1.04 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.737 0 0.000 0.000 0.816 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.801 0 0.026 0.177 2.160 81.818 69.899 2.160 LGA W 167 W 167 0.664 0 0.073 0.221 1.471 77.727 74.805 1.329 LGA I 168 I 168 0.957 0 0.159 1.609 4.245 74.545 54.318 4.245 LGA S 169 S 169 2.161 0 0.504 0.504 4.905 55.000 38.788 4.905 LGA G 170 G 170 1.215 0 0.145 0.145 1.215 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.189 0 0.032 1.229 5.113 65.455 52.045 1.663 LGA A 172 A 172 1.147 0 0.055 0.056 1.271 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.589 0 0.054 0.082 1.104 81.818 77.143 1.104 LGA Y 174 Y 174 0.511 0 0.041 0.166 0.961 86.364 83.333 0.937 LGA G 175 G 175 0.461 0 0.050 0.050 0.514 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.616 0 0.007 0.162 0.745 81.818 89.394 0.471 LGA Q 177 Q 177 1.005 0 0.104 0.510 1.941 77.727 74.747 1.166 LGA L 178 L 178 0.911 0 0.034 0.059 1.239 77.727 77.727 1.239 LGA N 179 N 179 0.844 0 0.180 0.825 4.779 70.000 45.682 4.779 LGA K 180 K 180 3.413 0 0.247 0.936 13.299 29.545 13.131 13.299 LGA K 181 K 181 1.497 0 0.242 0.955 7.930 78.182 37.980 7.930 LGA T 182 T 182 0.575 0 0.053 1.127 3.431 82.273 70.649 3.431 LGA S 183 S 183 1.317 0 0.112 0.103 1.782 69.545 63.333 1.782 LGA K 184 K 184 1.081 0 0.042 0.795 2.656 69.545 64.848 2.656 LGA L 185 L 185 0.705 0 0.041 0.080 0.739 81.818 81.818 0.634 LGA D 186 D 186 0.366 0 0.111 0.217 0.930 86.364 86.364 0.930 LGA P 187 P 187 0.835 0 0.010 0.073 1.681 70.000 70.390 1.038 LGA V 188 V 188 1.205 0 0.000 0.048 1.301 65.455 65.455 1.193 LGA E 189 E 189 1.018 0 0.000 0.423 1.799 73.636 74.949 1.799 LGA D 190 D 190 0.715 0 0.070 0.130 0.985 81.818 81.818 0.985 LGA E 191 E 191 0.557 0 0.083 0.128 0.849 90.909 85.859 0.849 LGA A 192 A 192 0.249 0 0.018 0.025 0.399 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.298 0 0.077 0.710 3.300 100.000 77.778 3.300 LGA V 194 V 194 0.278 0 0.036 0.041 0.389 100.000 100.000 0.344 LGA V 195 V 195 0.128 0 0.012 0.046 0.264 100.000 100.000 0.091 LGA Q 196 Q 196 0.289 0 0.036 0.248 1.178 100.000 90.303 1.077 LGA L 197 L 197 0.333 0 0.036 0.078 0.406 100.000 100.000 0.270 LGA I 198 I 198 0.191 0 0.087 0.107 0.406 100.000 100.000 0.280 LGA F 199 F 199 0.261 0 0.049 0.149 0.540 100.000 98.347 0.206 LGA N 200 N 200 0.216 0 0.059 0.918 1.969 100.000 87.727 1.825 LGA I 201 I 201 0.198 0 0.053 0.056 0.519 100.000 97.727 0.519 LGA F 202 F 202 0.141 0 0.000 0.048 0.360 100.000 100.000 0.360 LGA L 203 L 203 0.310 0 0.063 0.167 0.880 100.000 90.909 0.697 LGA N 204 N 204 0.298 0 0.038 0.168 1.246 100.000 86.818 1.055 LGA G 205 G 205 0.453 0 0.063 0.063 0.453 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.505 0 0.057 1.383 3.204 86.364 66.818 2.185 LGA N 207 N 207 1.452 0 0.054 0.184 1.698 61.818 60.000 1.667 LGA G 208 G 208 1.421 0 0.000 0.000 1.546 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.251 0 0.068 0.169 1.818 69.545 60.808 1.706 LGA D 210 D 210 1.191 0 0.166 0.876 1.869 73.636 67.727 1.400 LGA Y 211 Y 211 1.593 0 0.069 0.504 1.908 54.545 56.970 1.314 LGA S 212 S 212 2.075 0 0.711 0.780 5.821 39.545 28.182 5.821 LGA Y 213 Y 213 3.063 0 0.159 1.641 14.829 36.364 12.273 14.829 LGA A 215 A 215 0.866 0 0.161 0.166 1.952 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.519 0 0.020 0.141 0.723 90.909 88.636 0.539 LGA A 217 A 217 0.454 0 0.037 0.055 0.535 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.366 0 0.041 0.055 0.909 100.000 93.939 0.909 LGA H 219 H 219 0.253 0 0.034 0.046 0.483 100.000 100.000 0.483 LGA L 220 L 220 0.266 0 0.027 0.091 0.292 100.000 100.000 0.272 LGA T 221 T 221 0.117 0 0.013 0.037 0.296 100.000 100.000 0.263 LGA N 222 N 222 0.275 0 0.039 0.129 0.558 95.455 97.727 0.300 LGA L 223 L 223 0.631 0 0.038 0.084 0.913 81.818 81.818 0.831 LGA Q 224 Q 224 0.363 0 0.078 0.828 4.367 100.000 68.485 4.367 LGA I 225 I 225 0.456 0 0.059 0.080 0.542 100.000 97.727 0.355 LGA P 226 P 226 0.306 0 0.073 0.070 0.535 100.000 97.403 0.471 LGA T 227 T 227 0.341 0 0.063 0.176 0.656 100.000 94.805 0.468 LGA P 228 P 228 0.714 0 0.132 0.148 0.777 81.818 84.416 0.704 LGA S 229 S 229 0.694 0 0.057 0.647 3.120 90.909 77.273 3.120 LGA G 230 G 230 0.131 0 0.071 0.071 0.668 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.445 0 0.093 0.698 3.106 90.909 78.788 3.106 LGA K 232 K 232 0.392 0 0.170 0.907 3.403 95.455 75.354 3.403 LGA R 233 R 233 0.451 0 0.053 0.970 4.628 95.455 62.810 4.372 LGA W 234 W 234 0.234 0 0.034 0.085 0.553 100.000 97.403 0.435 LGA N 235 N 235 0.480 0 0.019 0.769 2.073 90.909 78.864 2.073 LGA Q 236 Q 236 0.456 0 0.058 0.929 2.887 100.000 82.020 1.337 LGA Y 237 Y 237 0.633 0 0.066 0.440 2.256 86.364 71.818 2.256 LGA T 238 T 238 0.548 0 0.037 0.185 0.698 90.909 89.610 0.698 LGA I 239 I 239 0.364 0 0.044 0.081 0.429 100.000 100.000 0.429 LGA K 240 K 240 0.497 0 0.055 0.646 4.578 100.000 70.101 4.578 LGA A 241 A 241 0.619 0 0.039 0.051 0.862 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.543 0 0.015 0.054 1.170 95.455 84.545 1.170 LGA L 243 L 243 0.201 0 0.035 0.139 0.568 95.455 97.727 0.202 LGA Q 244 Q 244 0.177 0 0.085 0.341 1.443 95.455 88.283 1.265 LGA N 245 N 245 0.235 0 0.000 0.102 0.796 100.000 97.727 0.261 LGA E 246 E 246 0.154 0 0.000 0.704 2.267 100.000 85.657 1.639 LGA V 247 V 247 0.173 0 0.044 0.115 0.331 100.000 100.000 0.197 LGA Y 248 Y 248 0.296 0 0.023 0.129 0.923 100.000 93.939 0.923 LGA I 249 I 249 0.164 0 0.070 0.088 0.537 95.455 97.727 0.222 LGA G 250 G 250 0.211 0 0.036 0.036 0.211 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.407 0 0.075 0.111 0.650 95.455 92.208 0.540 LGA V 252 V 252 0.415 0 0.055 0.139 0.872 95.455 92.208 0.819 LGA K 253 K 253 0.322 0 0.077 0.214 0.908 95.455 93.939 0.414 LGA Y 254 Y 254 0.610 0 0.037 0.278 2.861 86.364 67.273 2.861 LGA K 255 K 255 1.009 0 0.051 0.122 1.022 69.545 76.364 0.774 LGA V 256 V 256 1.120 0 0.111 0.119 1.282 69.545 67.792 1.232 LGA R 257 R 257 1.065 0 0.032 1.079 5.065 65.455 50.744 3.630 LGA E 258 E 258 1.088 0 0.097 0.892 4.738 65.909 50.909 4.738 LGA K 259 K 259 1.547 0 0.000 0.096 2.734 54.545 44.444 2.734 LGA T 260 T 260 1.657 0 0.019 0.082 2.278 48.182 49.351 1.720 LGA K 261 K 261 2.995 0 0.018 0.877 9.394 25.455 14.545 9.394 LGA D 262 D 262 2.827 0 0.050 0.965 4.075 27.273 20.682 4.075 LGA G 263 G 263 2.194 0 0.086 0.086 2.254 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.372 0 0.000 0.510 2.208 58.182 59.192 2.208 LGA R 265 R 265 1.146 0 0.041 1.027 4.164 78.182 60.826 4.164 LGA T 266 T 266 0.593 0 0.035 0.091 1.008 77.727 84.675 0.572 LGA I 267 I 267 0.684 0 0.016 0.102 0.763 81.818 81.818 0.651 LGA R 268 R 268 0.656 0 0.000 0.969 2.545 81.818 68.430 2.545 LGA P 269 P 269 0.642 0 0.046 0.044 0.788 81.818 81.818 0.788 LGA E 270 E 270 0.770 0 0.030 0.864 2.885 81.818 67.475 2.386 LGA K 271 K 271 0.837 0 0.065 0.665 2.926 81.818 66.061 2.619 LGA E 272 E 272 0.646 0 0.111 0.142 1.030 77.727 82.020 0.628 LGA Q 273 Q 273 0.998 0 0.054 0.060 1.223 81.818 72.727 1.223 LGA I 274 I 274 0.846 0 0.065 0.075 1.149 77.727 77.727 1.031 LGA V 275 V 275 0.609 0 0.051 0.109 0.884 90.909 87.013 0.665 LGA V 276 V 276 0.462 0 0.000 0.066 0.641 95.455 89.610 0.635 LGA Q 277 Q 277 0.320 0 0.051 0.651 3.444 100.000 73.939 3.444 LGA D 278 D 278 0.275 0 0.081 0.075 0.557 95.455 90.909 0.557 LGA A 279 A 279 0.193 0 0.059 0.065 0.329 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.293 0 0.047 0.206 0.695 100.000 96.364 0.613 LGA A 281 A 281 0.567 0 0.035 0.034 0.794 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.229 0 0.018 0.031 0.332 100.000 100.000 0.269 LGA I 283 I 283 0.394 0 0.077 0.113 0.721 95.455 90.909 0.694 LGA I 284 I 284 0.338 0 0.000 0.078 0.391 100.000 100.000 0.187 LGA D 285 D 285 0.552 0 0.062 0.916 2.802 86.364 67.955 2.802 LGA K 286 K 286 0.587 0 0.006 0.256 1.227 81.818 80.000 1.227 LGA E 287 E 287 0.782 0 0.052 0.626 2.647 81.818 65.657 2.647 LGA Q 288 Q 288 0.639 0 0.000 0.305 1.895 81.818 73.131 1.701 LGA F 289 F 289 0.565 0 0.038 0.103 0.738 81.818 81.818 0.700 LGA Q 290 Q 290 0.813 0 0.036 1.201 3.237 81.818 64.444 3.237 LGA Q 291 Q 291 0.684 0 0.049 0.143 0.869 86.364 83.838 0.869 LGA S 292 S 292 0.679 0 0.110 0.718 2.717 81.818 72.727 2.717 LGA Q 293 Q 293 0.837 0 0.050 0.261 1.232 77.727 76.364 1.232 LGA V 294 V 294 0.999 0 0.031 0.069 1.221 81.818 74.805 1.174 LGA K 295 K 295 0.437 0 0.048 0.245 0.919 86.364 89.899 0.919 LGA I 296 I 296 0.978 0 0.028 0.075 1.552 73.636 69.773 1.074 LGA A 297 A 297 1.494 0 0.095 0.107 2.071 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 0.691 0 0.118 0.476 2.204 63.182 67.273 2.075 LGA K 299 K 299 3.236 0 0.439 0.989 13.564 39.545 17.778 13.564 LGA V 300 V 300 2.120 0 0.123 0.105 4.026 41.364 28.571 3.848 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.998 0.963 1.886 82.926 76.547 59.053 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.630 97.537 12.295 LGA_LOCAL RMSD: 0.998 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.998 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.998 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.968530 * X + -0.245040 * Y + 0.043652 * Z + 150.423233 Y_new = -0.235204 * X + -0.843685 * Y + 0.482571 * Z + 176.998520 Z_new = -0.081421 * X + -0.477651 * Y + -0.874769 * Z + 171.018127 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.238235 0.081511 -2.641802 [DEG: -13.6498 4.6702 -151.3641 ] ZXZ: 3.051382 2.635754 -2.972754 [DEG: 174.8313 151.0176 -170.3263 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS269_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS269_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.537 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS269_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.916 187.052 153.786 1.00 96.31 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.251 187.766 154.870 1.00 96.31 C ATOM 2719 C GLY 165 150.738 187.579 154.942 1.00 96.31 C ATOM 2720 O GLY 165 150.049 188.382 155.577 1.00 96.31 O ATOM 2724 N LYS 166 150.197 186.558 154.271 1.00 95.56 N ATOM 2725 CA LYS 166 148.758 186.339 154.291 1.00 95.56 C ATOM 2726 C LYS 166 148.333 185.627 155.560 1.00 95.56 C ATOM 2727 O LYS 166 149.086 184.836 156.139 1.00 95.56 O ATOM 2728 CB LYS 166 148.318 185.559 153.059 1.00 95.56 C ATOM 2729 CG LYS 166 148.507 186.349 151.763 1.00 95.56 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.097 185.572 150.509 1.00 95.56 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.224 186.463 149.271 1.00 95.56 C ATOM 2732 NZ LYS 166 147.810 185.773 148.015 1.00 95.56 N ATOM 2746 N TRP 167 147.117 185.902 156.000 1.00 96.19 N ATOM 2747 CA TRP 167 146.603 185.243 157.168 1.00 96.19 C ATOM 2748 C TRP 167 145.856 184.006 156.712 1.00 96.19 C ATOM 2749 O TRP 167 144.765 184.070 156.145 1.00 96.19 O ATOM 2750 CB TRP 167 145.693 186.194 157.928 1.00 96.19 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.276 185.718 159.278 1.00 96.19 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 144.094 185.157 159.689 1.00 96.19 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 146.105 185.796 160.441 1.00 96.19 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 144.155 184.894 161.035 1.00 96.19 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 145.376 185.272 161.502 1.00 96.19 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 147.396 186.268 160.664 1.00 96.19 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 145.899 185.202 162.771 1.00 96.19 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 147.921 186.204 161.935 1.00 96.19 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 147.195 185.684 162.964 1.00 96.19 C ATOM 2770 N ILE 168 146.460 182.867 156.982 1.00 94.31 N ATOM 2771 CA ILE 168 145.961 181.569 156.575 1.00 94.31 C ATOM 2772 C ILE 168 145.831 180.717 157.826 1.00 94.31 C ATOM 2773 O ILE 168 145.949 179.492 157.795 1.00 94.31 O ATOM 2774 CB ILE 168 146.893 180.918 155.538 1.00 94.31 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.301 180.786 156.119 1.00 94.31 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 146.919 181.784 154.249 1.00 94.31 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 149.184 179.907 155.332 1.00 94.31 C ATOM 2789 N SER 169 145.620 181.412 158.935 1.00 89.44 N ATOM 2790 CA SER 169 145.563 180.844 160.267 1.00 89.44 C ATOM 2791 C SER 169 144.195 180.973 160.932 1.00 89.44 C ATOM 2792 O SER 169 144.108 181.210 162.138 1.00 89.44 O ATOM 2793 CB SER 169 146.601 181.521 161.144 1.00 89.44 C ATOM 2794 OG SER 169 147.899 181.313 160.653 1.00 89.44 O ATOM 2800 N GLY 170 143.126 180.796 160.157 1.00 92.88 N ATOM 2801 CA 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