####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS269_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS269_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.97 1.03 LCS_AVERAGE: 98.40 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 66 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 60 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 60 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 50 109 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 3 9 48 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 20 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 66 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 57 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 36 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 58 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 52 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 21 67 97 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 7 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 61 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 20 101 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 20 101 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 35 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 57 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 57 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 67 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 66 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 48 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 20 95 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 52 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 126 135 135 3 3 64 116 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 3 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.47 ( 98.40 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 73 110 123 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.07 81.48 91.11 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.34 0.51 0.67 0.75 0.91 0.99 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 GDT RMS_ALL_AT 1.11 1.11 1.07 1.05 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.732 0 0.000 0.000 0.812 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.796 0 0.026 0.195 2.263 81.818 68.283 2.263 LGA W 167 W 167 0.638 0 0.064 0.232 1.462 77.727 73.636 1.389 LGA I 168 I 168 0.984 0 0.114 1.595 4.181 74.545 54.318 4.181 LGA S 169 S 169 2.113 0 0.641 0.557 5.154 55.000 38.485 5.154 LGA G 170 G 170 1.320 0 0.182 0.182 1.320 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.088 0 0.018 1.231 4.915 65.455 56.136 1.462 LGA A 172 A 172 1.132 0 0.058 0.060 1.275 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.576 0 0.058 0.089 1.104 81.818 77.143 1.104 LGA Y 174 Y 174 0.495 0 0.046 0.167 1.002 95.455 85.000 0.992 LGA G 175 G 175 0.450 0 0.044 0.044 0.502 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.669 0 0.003 0.170 0.780 81.818 87.879 0.507 LGA Q 177 Q 177 1.032 0 0.097 0.566 1.816 77.727 72.929 1.421 LGA L 178 L 178 0.961 0 0.042 0.053 1.197 77.727 77.727 1.158 LGA N 179 N 179 0.810 0 0.181 0.785 4.733 74.545 45.909 4.733 LGA K 180 K 180 3.463 0 0.247 0.935 13.339 28.182 12.525 13.339 LGA K 181 K 181 1.423 0 0.265 0.960 7.904 82.273 41.616 7.904 LGA T 182 T 182 0.442 0 0.037 1.112 3.067 86.818 73.247 3.067 LGA S 183 S 183 1.342 0 0.224 0.199 1.912 73.636 66.061 1.912 LGA K 184 K 184 1.295 0 0.040 0.812 2.489 61.818 59.192 2.489 LGA L 185 L 185 0.802 0 0.064 0.101 0.888 81.818 81.818 0.684 LGA D 186 D 186 0.361 0 0.121 0.201 0.978 86.364 88.636 0.669 LGA P 187 P 187 0.626 0 0.000 0.291 1.680 74.545 75.325 0.548 LGA V 188 V 188 1.163 0 0.000 0.045 1.236 65.455 65.455 1.184 LGA E 189 E 189 1.040 0 0.000 0.438 1.907 73.636 71.313 1.907 LGA D 190 D 190 0.748 0 0.064 0.122 0.982 86.364 84.091 0.982 LGA E 191 E 191 0.553 0 0.080 0.143 0.953 90.909 85.859 0.953 LGA A 192 A 192 0.276 0 0.018 0.020 0.417 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.329 0 0.039 0.699 3.425 100.000 75.758 3.425 LGA V 194 V 194 0.306 0 0.032 0.047 0.413 100.000 100.000 0.358 LGA V 195 V 195 0.127 0 0.022 0.057 0.250 100.000 100.000 0.121 LGA Q 196 Q 196 0.297 0 0.038 0.252 1.236 100.000 90.303 1.149 LGA L 197 L 197 0.313 0 0.032 0.081 0.388 100.000 100.000 0.231 LGA I 198 I 198 0.206 0 0.088 0.110 0.411 100.000 100.000 0.290 LGA F 199 F 199 0.276 0 0.052 0.139 0.563 100.000 96.694 0.256 LGA N 200 N 200 0.211 0 0.062 0.853 1.813 100.000 87.727 1.813 LGA I 201 I 201 0.170 0 0.055 0.054 0.483 100.000 100.000 0.483 LGA F 202 F 202 0.154 0 0.000 0.045 0.374 100.000 100.000 0.374 LGA L 203 L 203 0.295 0 0.067 0.158 0.840 100.000 90.909 0.636 LGA N 204 N 204 0.257 0 0.044 0.184 1.225 100.000 86.818 1.107 LGA G 205 G 205 0.412 0 0.072 0.072 0.436 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.499 0 0.041 1.272 3.249 90.909 72.955 1.868 LGA N 207 N 207 1.480 0 0.052 0.176 1.702 61.818 60.000 1.646 LGA G 208 G 208 1.374 0 0.000 0.000 1.484 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.307 0 0.046 0.147 1.976 69.545 60.808 1.885 LGA D 210 D 210 1.235 0 0.163 0.871 1.906 69.545 65.909 1.225 LGA Y 211 Y 211 1.687 0 0.068 0.518 2.047 50.909 53.636 1.476 LGA S 212 S 212 2.307 0 0.710 0.790 6.186 34.545 23.939 6.186 LGA Y 213 Y 213 2.900 0 0.141 1.648 14.730 42.273 14.242 14.730 LGA A 215 A 215 0.916 0 0.160 0.166 1.917 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.503 0 0.020 0.148 0.749 90.909 90.909 0.495 LGA A 217 A 217 0.475 0 0.037 0.054 0.521 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.417 0 0.044 0.055 0.866 95.455 90.909 0.866 LGA H 219 H 219 0.360 0 0.033 0.061 0.502 100.000 98.182 0.475 LGA L 220 L 220 0.380 0 0.025 0.084 0.403 100.000 100.000 0.375 LGA T 221 T 221 0.172 0 0.000 0.034 0.255 100.000 100.000 0.237 LGA N 222 N 222 0.231 0 0.041 0.129 0.477 100.000 100.000 0.409 LGA L 223 L 223 0.610 0 0.039 0.079 0.863 81.818 81.818 0.812 LGA Q 224 Q 224 0.298 0 0.079 0.846 4.662 100.000 68.081 4.662 LGA I 225 I 225 0.376 0 0.059 0.080 0.509 100.000 97.727 0.355 LGA P 226 P 226 0.223 0 0.069 0.066 0.529 100.000 94.805 0.504 LGA T 227 T 227 0.386 0 0.046 0.194 0.621 100.000 92.208 0.507 LGA P 228 P 228 0.714 0 0.077 0.084 0.714 81.818 81.818 0.673 LGA S 229 S 229 0.730 0 0.071 0.082 1.043 90.909 85.152 1.043 LGA G 230 G 230 0.217 0 0.075 0.075 0.528 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.243 0 0.089 0.699 2.879 95.455 85.859 2.879 LGA K 232 K 232 0.230 0 0.163 0.909 3.249 100.000 78.586 3.249 LGA R 233 R 233 0.377 0 0.048 0.968 4.716 95.455 62.810 4.398 LGA W 234 W 234 0.267 0 0.036 0.090 0.637 100.000 97.403 0.491 LGA N 235 N 235 0.533 0 0.088 0.822 2.390 82.273 76.591 2.390 LGA Q 236 Q 236 0.363 0 0.065 0.930 2.940 100.000 84.040 1.200 LGA Y 237 Y 237 0.660 0 0.055 0.405 2.084 86.364 74.242 2.084 LGA T 238 T 238 0.615 0 0.027 0.173 0.890 81.818 81.818 0.890 LGA I 239 I 239 0.386 0 0.046 0.082 0.597 100.000 97.727 0.597 LGA K 240 K 240 0.533 0 0.056 0.651 4.683 90.909 66.061 4.683 LGA A 241 A 241 0.651 0 0.043 0.053 0.896 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.515 0 0.018 0.054 1.172 95.455 86.591 1.172 LGA L 243 L 243 0.206 0 0.034 0.150 0.597 95.455 97.727 0.287 LGA Q 244 Q 244 0.256 0 0.080 0.320 1.220 95.455 88.283 1.118 LGA N 245 N 245 0.265 0 0.000 0.100 0.778 100.000 97.727 0.227 LGA E 246 E 246 0.180 0 0.000 0.724 2.126 100.000 85.657 1.902 LGA V 247 V 247 0.210 0 0.046 0.116 0.386 100.000 100.000 0.244 LGA Y 248 Y 248 0.319 0 0.027 0.124 0.959 100.000 93.939 0.959 LGA I 249 I 249 0.192 0 0.072 0.089 0.526 95.455 97.727 0.251 LGA G 250 G 250 0.175 0 0.037 0.037 0.176 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.492 0 0.076 0.115 0.771 90.909 87.013 0.600 LGA V 252 V 252 0.448 0 0.041 0.139 0.976 90.909 89.610 0.821 LGA K 253 K 253 0.555 0 0.043 0.270 0.855 86.364 89.899 0.258 LGA Y 254 Y 254 0.778 0 0.040 0.321 2.860 81.818 67.121 2.860 LGA K 255 K 255 1.159 0 0.051 0.149 1.169 65.455 69.091 0.887 LGA V 256 V 256 1.242 0 0.117 0.124 1.322 69.545 67.792 1.308 LGA R 257 R 257 1.295 0 0.019 1.061 4.791 61.818 47.273 3.273 LGA E 258 E 258 1.333 0 0.095 0.891 4.852 55.000 42.424 4.852 LGA K 259 K 259 1.756 0 0.000 0.099 2.936 50.909 40.202 2.936 LGA T 260 T 260 1.767 0 0.017 0.079 2.417 44.545 47.273 1.725 LGA K 261 K 261 3.133 0 0.018 0.885 9.630 18.636 10.909 9.630 LGA D 262 D 262 2.930 0 0.050 0.965 4.153 27.273 20.682 4.153 LGA G 263 G 263 2.332 0 0.077 0.077 2.378 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.427 0 0.000 0.511 2.139 58.182 59.192 2.139 LGA R 265 R 265 1.274 0 0.042 1.025 4.158 73.636 57.851 4.158 LGA T 266 T 266 0.768 0 0.033 0.087 1.165 77.727 82.078 0.733 LGA I 267 I 267 0.800 0 0.019 0.106 0.866 81.818 81.818 0.866 LGA R 268 R 268 0.646 0 0.000 0.969 2.568 81.818 68.430 2.428 LGA P 269 P 269 0.535 0 0.033 0.037 0.649 81.818 81.818 0.649 LGA E 270 E 270 0.640 0 0.028 0.834 3.023 81.818 66.465 2.465 LGA K 271 K 271 0.511 0 0.063 0.641 2.890 81.818 66.061 2.584 LGA E 272 E 272 0.579 0 0.124 0.158 0.973 81.818 81.818 0.824 LGA Q 273 Q 273 0.960 0 0.030 0.070 1.189 81.818 76.364 1.189 LGA I 274 I 274 0.770 0 0.046 0.055 0.909 81.818 81.818 0.909 LGA V 275 V 275 0.552 0 0.044 0.105 0.801 90.909 87.013 0.641 LGA V 276 V 276 0.478 0 0.000 0.061 0.656 95.455 89.610 0.656 LGA Q 277 Q 277 0.357 0 0.050 0.658 3.494 100.000 73.939 3.494 LGA D 278 D 278 0.248 0 0.081 0.086 0.531 100.000 95.455 0.518 LGA A 279 A 279 0.249 0 0.054 0.060 0.375 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.263 0 0.044 0.202 0.638 100.000 96.364 0.543 LGA A 281 A 281 0.457 0 0.004 0.000 0.655 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.233 0 0.013 0.030 0.356 100.000 100.000 0.230 LGA I 283 I 283 0.432 0 0.079 0.113 0.718 95.455 88.636 0.717 LGA I 284 I 284 0.390 0 0.011 0.081 0.431 100.000 100.000 0.199 LGA D 285 D 285 0.623 0 0.076 0.197 1.476 81.818 77.727 0.962 LGA K 286 K 286 0.628 0 0.020 0.237 1.153 81.818 80.000 1.153 LGA E 287 E 287 0.786 0 0.052 0.461 1.641 81.818 76.566 1.641 LGA Q 288 Q 288 0.632 0 0.000 0.335 2.213 86.364 72.121 2.213 LGA F 289 F 289 0.584 0 0.037 0.112 0.778 81.818 81.818 0.727 LGA Q 290 Q 290 0.849 0 0.041 1.205 3.144 81.818 66.061 3.144 LGA Q 291 Q 291 0.685 0 0.047 0.160 0.922 86.364 83.838 0.922 LGA S 292 S 292 0.675 0 0.109 0.716 2.713 81.818 72.727 2.713 LGA Q 293 Q 293 0.868 0 0.048 0.260 1.248 77.727 74.545 1.248 LGA V 294 V 294 1.011 0 0.035 0.077 1.233 77.727 72.468 1.175 LGA K 295 K 295 0.444 0 0.042 0.251 0.941 86.364 89.899 0.941 LGA I 296 I 296 1.057 0 0.028 0.069 1.625 69.545 67.727 1.111 LGA A 297 A 297 1.530 0 0.092 0.105 2.103 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.778 0 0.104 0.457 2.226 63.182 70.909 1.912 LGA K 299 K 299 3.341 0 0.448 0.978 13.651 40.000 17.778 13.651 LGA V 300 V 300 2.281 0 0.116 0.098 4.507 38.636 24.675 4.322 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.028 0.990 1.895 82.623 76.484 60.535 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.03 93.889 97.268 11.965 LGA_LOCAL RMSD: 1.028 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.028 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.028 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.613275 * X + -0.000491 * Y + -0.789869 * Z + 151.607574 Y_new = 0.545544 * X + -0.722901 * Y + 0.424024 * Z + 177.441391 Z_new = -0.571205 * X + -0.690952 * Y + -0.443069 * Z + 169.817337 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.727017 0.607973 -2.140992 [DEG: 41.6550 34.8343 -122.6698 ] ZXZ: -2.063470 2.029816 -2.450786 [DEG: -118.2281 116.2999 -140.4197 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS269_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS269_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.03 97.268 1.03 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS269_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.916 186.958 153.785 1.00 96.12 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.251 187.688 154.855 1.00 96.12 C ATOM 2719 C GLY 165 150.736 187.519 154.906 1.00 96.12 C ATOM 2720 O GLY 165 150.046 188.337 155.518 1.00 96.12 O ATOM 2724 N LYS 166 150.197 186.498 154.232 1.00 95.69 N ATOM 2725 CA LYS 166 148.756 186.292 154.230 1.00 95.69 C ATOM 2726 C LYS 166 148.299 185.606 155.499 1.00 95.69 C ATOM 2727 O LYS 166 149.034 184.823 156.110 1.00 95.69 O ATOM 2728 CB LYS 166 148.314 185.504 153.001 1.00 95.69 C ATOM 2729 CG LYS 166 148.488 186.278 151.694 1.00 95.69 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.047 185.480 150.459 1.00 95.69 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.121 186.355 149.204 1.00 95.69 C ATOM 2732 NZ LYS 166 147.704 185.635 147.963 1.00 95.69 N ATOM 2746 N TRP 167 147.077 185.899 155.900 1.00 96.06 N ATOM 2747 CA TRP 167 146.539 185.264 157.076 1.00 96.06 C ATOM 2748 C TRP 167 145.785 184.026 156.637 1.00 96.06 C ATOM 2749 O TRP 167 144.722 184.106 156.024 1.00 96.06 O ATOM 2750 CB TRP 167 145.622 186.232 157.811 1.00 96.06 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.217 185.781 159.167 1.00 96.06 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 144.036 185.234 159.599 1.00 96.06 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 146.061 185.870 160.321 1.00 96.06 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 144.113 184.992 160.948 1.00 96.06 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 145.344 185.368 161.396 1.00 96.06 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 147.358 186.336 160.523 1.00 96.06 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 145.879 185.312 162.660 1.00 96.06 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 147.895 186.288 161.791 1.00 96.06 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 147.177 185.789 162.833 1.00 96.06 C ATOM 2770 N ILE 168 146.374 182.878 156.931 1.00 94.44 N ATOM 2771 CA ILE 168 145.854 181.575 156.543 1.00 94.44 C ATOM 2772 C ILE 168 145.705 180.702 157.781 1.00 94.44 C ATOM 2773 O ILE 168 145.664 179.474 157.706 1.00 94.44 O ATOM 2774 CB ILE 168 146.769 180.906 155.502 1.00 94.44 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.181 180.749 156.081 1.00 94.44 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 146.796 181.749 154.206 1.00 94.44 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 149.049 179.863 155.285 1.00 94.44 C ATOM 2789 N SER 169 145.655 181.369 158.921 1.00 92.38 N ATOM 2790 CA SER 169 145.603 180.763 160.244 1.00 92.38 C ATOM 2791 C SER 169 144.194 180.596 160.811 1.00 92.38 C ATOM 2792 O SER 169 144.024 180.182 161.959 1.00 92.38 O ATOM 2793 CB SER 169 146.441 181.589 161.197 1.00 92.38 C ATOM 2794 OG SER 169 147.787 181.597 160.794 1.00 92.38 O ATOM 2800 N GLY 170 143.181 180.930 160.021 1.00 93.88 N ATOM 2801 CA 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