####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS269_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS269_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 65 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 60 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 63 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 40 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 10 40 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 58 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 59 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 60 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 58 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 7 24 44 106 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 31 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 104 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 7 103 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 22 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 66 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 60 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 60 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 49 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 20 105 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 12 109 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 33 117 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 64 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 110 123 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 81.48 91.11 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.48 0.64 0.76 0.86 0.94 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.08 1.07 1.02 1.01 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.673 0 0.000 0.000 0.739 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.698 0 0.023 0.190 2.082 81.818 73.333 2.082 LGA W 167 W 167 0.587 0 0.059 0.212 1.265 81.818 77.143 1.160 LGA I 168 I 168 1.028 0 0.047 1.572 4.340 67.273 50.682 4.340 LGA S 169 S 169 2.194 0 0.410 0.446 4.937 55.000 38.788 4.937 LGA G 170 G 170 0.994 0 0.200 0.200 1.098 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.981 0 0.031 1.239 4.939 69.545 56.364 1.569 LGA A 172 A 172 1.058 0 0.033 0.027 1.173 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.460 0 0.028 0.055 0.862 95.455 89.610 0.862 LGA Y 174 Y 174 0.430 0 0.031 0.166 0.913 100.000 87.879 0.897 LGA G 175 G 175 0.356 0 0.052 0.052 0.416 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.575 0 0.017 0.214 0.787 86.364 89.394 0.576 LGA Q 177 Q 177 1.000 0 0.092 0.509 1.924 77.727 74.747 1.214 LGA L 178 L 178 0.904 0 0.031 0.064 1.166 77.727 77.727 1.072 LGA N 179 N 179 0.768 0 0.181 0.787 4.636 74.545 47.955 4.636 LGA K 180 K 180 3.469 0 0.249 0.938 13.386 29.545 13.131 13.386 LGA K 181 K 181 1.512 0 0.258 0.962 7.894 70.455 35.354 7.894 LGA T 182 T 182 0.484 0 0.033 1.113 3.129 82.273 70.649 3.129 LGA S 183 S 183 1.276 0 0.227 0.201 1.754 73.636 66.061 1.754 LGA K 184 K 184 1.316 0 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0 0.059 0.920 2.030 100.000 86.136 1.790 LGA I 201 I 201 0.234 0 0.052 0.053 0.585 100.000 97.727 0.585 LGA F 202 F 202 0.165 0 0.000 0.045 0.330 100.000 100.000 0.330 LGA L 203 L 203 0.324 0 0.065 0.172 0.920 100.000 90.909 0.709 LGA N 204 N 204 0.305 0 0.036 0.168 1.254 100.000 86.818 1.083 LGA G 205 G 205 0.465 0 0.062 0.062 0.465 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.413 0 0.056 1.381 3.229 90.909 69.091 2.193 LGA N 207 N 207 1.335 0 0.054 0.184 1.586 65.909 63.864 1.525 LGA G 208 G 208 1.353 0 0.000 0.000 1.497 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.214 0 0.070 0.178 1.783 69.545 60.808 1.723 LGA D 210 D 210 1.199 0 0.166 0.875 1.865 73.636 67.727 1.413 LGA Y 211 Y 211 1.610 0 0.069 0.510 1.897 54.545 56.970 1.293 LGA S 212 S 212 2.107 0 0.706 0.777 5.879 39.545 28.182 5.879 LGA Y 213 Y 213 3.014 0 0.160 1.642 14.791 36.364 12.273 14.791 LGA A 215 A 215 0.866 0 0.159 0.164 1.938 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.491 0 0.020 0.141 0.709 95.455 93.182 0.477 LGA A 217 A 217 0.430 0 0.037 0.055 0.503 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.379 0 0.045 0.058 0.927 100.000 93.939 0.927 LGA H 219 H 219 0.282 0 0.034 0.046 0.476 100.000 100.000 0.476 LGA L 220 L 220 0.321 0 0.026 0.097 0.342 100.000 100.000 0.342 LGA T 221 T 221 0.062 0 0.010 0.036 0.205 100.000 100.000 0.193 LGA N 222 N 222 0.282 0 0.035 0.128 0.575 95.455 97.727 0.373 LGA L 223 L 223 0.665 0 0.039 0.084 0.970 81.818 81.818 0.875 LGA Q 224 Q 224 0.347 0 0.077 0.825 4.435 100.000 68.485 4.435 LGA I 225 I 225 0.469 0 0.058 0.080 0.597 100.000 97.727 0.430 LGA P 226 P 226 0.312 0 0.067 0.066 0.595 100.000 94.805 0.549 LGA T 227 T 227 0.309 0 0.063 0.177 0.595 100.000 97.403 0.458 LGA P 228 P 228 0.720 0 0.131 0.147 0.776 81.818 84.416 0.711 LGA S 229 S 229 0.694 0 0.057 0.647 3.018 90.909 77.273 3.018 LGA G 230 G 230 0.203 0 0.070 0.070 0.565 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.328 0 0.093 0.698 2.952 90.909 81.818 2.952 LGA K 232 K 232 0.288 0 0.171 0.906 3.248 100.000 78.586 3.248 LGA R 233 R 233 0.373 0 0.055 0.971 4.633 95.455 62.810 4.406 LGA W 234 W 234 0.198 0 0.036 0.083 0.572 100.000 97.403 0.447 LGA N 235 N 235 0.455 0 0.018 0.762 2.119 90.909 80.909 2.119 LGA Q 236 Q 236 0.407 0 0.056 0.924 2.939 100.000 84.040 1.231 LGA Y 237 Y 237 0.609 0 0.068 0.442 2.187 86.364 71.818 2.187 LGA T 238 T 238 0.550 0 0.037 0.183 0.778 90.909 89.610 0.778 LGA I 239 I 239 0.368 0 0.043 0.080 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA K 240 K 240 0.513 0 0.056 0.647 4.555 90.909 66.061 4.555 LGA A 241 A 241 0.658 0 0.046 0.057 0.885 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.500 0 0.016 0.053 1.161 100.000 88.864 1.161 LGA L 243 L 243 0.129 0 0.013 0.123 0.275 100.000 100.000 0.206 LGA Q 244 Q 244 0.131 0 0.078 0.333 1.406 95.455 88.283 1.210 LGA N 245 N 245 0.202 0 0.000 0.098 0.524 100.000 97.727 0.082 LGA E 246 E 246 0.203 0 0.000 0.701 2.043 100.000 85.657 1.574 LGA V 247 V 247 0.243 0 0.000 0.877 1.914 100.000 85.974 1.914 LGA Y 248 Y 248 0.310 0 0.000 0.133 1.168 100.000 89.545 1.168 LGA I 249 I 249 0.157 0 0.071 0.090 0.527 95.455 97.727 0.231 LGA G 250 G 250 0.220 0 0.036 0.036 0.220 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.431 0 0.076 0.118 0.718 95.455 92.208 0.560 LGA V 252 V 252 0.400 0 0.039 0.130 0.895 90.909 92.208 0.773 LGA K 253 K 253 0.485 0 0.031 0.181 0.797 90.909 91.919 0.343 LGA Y 254 Y 254 0.680 0 0.044 0.324 2.689 81.818 69.394 2.689 LGA K 255 K 255 1.112 0 0.053 0.155 1.132 65.455 70.909 0.880 LGA V 256 V 256 1.226 0 0.116 0.123 1.287 69.545 67.792 1.274 LGA R 257 R 257 1.218 0 0.031 1.070 5.073 65.455 47.769 3.601 LGA E 258 E 258 1.226 0 0.095 0.894 4.779 58.182 43.838 4.779 LGA K 259 K 259 1.604 0 0.000 0.098 2.596 54.545 45.657 2.596 LGA T 260 T 260 1.576 0 0.018 0.082 2.153 51.364 53.247 1.562 LGA K 261 K 261 2.748 0 0.019 0.878 8.998 27.727 15.556 8.998 LGA D 262 D 262 2.584 0 0.049 0.965 4.009 35.455 26.818 3.983 LGA G 263 G 263 2.074 0 0.078 0.078 2.107 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.364 0 0.000 0.510 2.028 58.182 59.192 2.028 LGA R 265 R 265 1.203 0 0.043 1.026 4.120 73.636 59.174 4.120 LGA T 266 T 266 0.775 0 0.039 0.093 1.158 77.727 79.481 0.767 LGA I 267 I 267 0.810 0 0.016 0.107 0.848 81.818 81.818 0.848 LGA R 268 R 268 0.677 0 0.000 0.968 2.638 81.818 68.430 2.452 LGA P 269 P 269 0.550 0 0.033 0.037 0.708 86.364 84.416 0.708 LGA E 270 E 270 0.548 0 0.025 0.864 3.263 81.818 65.253 2.542 LGA K 271 K 271 0.477 0 0.068 0.635 2.806 95.455 75.152 2.342 LGA E 272 E 272 0.530 0 0.121 0.168 0.940 86.364 83.838 0.797 LGA Q 273 Q 273 0.866 0 0.032 0.068 1.087 81.818 78.182 1.087 LGA I 274 I 274 0.664 0 0.047 0.055 0.747 81.818 81.818 0.747 LGA V 275 V 275 0.444 0 0.047 0.102 0.689 100.000 94.805 0.511 LGA V 276 V 276 0.385 0 0.000 0.057 0.581 100.000 94.805 0.581 LGA Q 277 Q 277 0.312 0 0.048 0.655 3.457 100.000 75.152 3.457 LGA D 278 D 278 0.301 0 0.080 0.073 0.588 95.455 90.909 0.588 LGA A 279 A 279 0.241 0 0.058 0.063 0.343 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.335 0 0.050 0.210 0.722 100.000 96.364 0.610 LGA A 281 A 281 0.579 0 0.031 0.028 0.789 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.245 0 0.024 0.035 0.348 100.000 100.000 0.285 LGA I 283 I 283 0.422 0 0.075 0.110 0.777 95.455 88.636 0.777 LGA I 284 I 284 0.341 0 0.011 0.076 0.391 100.000 100.000 0.183 LGA D 285 D 285 0.559 0 0.069 0.913 2.744 86.364 69.773 2.744 LGA K 286 K 286 0.578 0 0.025 0.247 1.228 81.818 80.000 1.228 LGA E 287 E 287 0.715 0 0.049 0.630 2.646 81.818 65.657 2.646 LGA Q 288 Q 288 0.603 0 0.000 0.299 1.818 86.364 75.152 1.656 LGA F 289 F 289 0.530 0 0.038 0.110 0.718 81.818 81.818 0.661 LGA Q 290 Q 290 0.821 0 0.034 0.937 3.333 81.818 62.828 3.333 LGA Q 291 Q 291 0.688 0 0.044 0.143 0.857 86.364 83.838 0.857 LGA S 292 S 292 0.634 0 0.109 0.721 2.724 81.818 72.727 2.724 LGA Q 293 Q 293 0.815 0 0.052 0.202 1.124 81.818 80.000 1.124 LGA V 294 V 294 0.836 0 0.025 0.042 1.052 81.818 79.481 0.825 LGA K 295 K 295 0.324 0 0.045 0.258 0.907 95.455 93.939 0.907 LGA I 296 I 296 0.956 0 0.034 0.071 1.555 73.636 69.773 1.087 LGA A 297 A 297 1.487 0 0.096 0.109 2.092 58.636 57.091 - LGA N 298 N 298 0.948 0 0.092 0.609 2.730 60.455 69.545 1.859 LGA K 299 K 299 3.519 0 0.425 0.969 13.665 34.545 15.354 13.665 LGA V 300 V 300 2.127 0 0.126 0.112 3.971 35.909 26.234 3.712 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.986 0.954 1.878 83.673 77.138 58.946 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.259 97.372 12.427 LGA_LOCAL RMSD: 0.986 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.986 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.986 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.953192 * X + -0.274785 * Y + 0.126170 * Z + 150.336273 Y_new = -0.302108 * X + -0.848237 * Y + 0.434999 * Z + 177.258682 Z_new = -0.012509 * X + -0.452755 * Y + -0.891547 * Z + 171.384949 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.306928 0.012509 -2.671701 [DEG: -17.5857 0.7167 -153.0772 ] ZXZ: 2.859291 2.671547 -3.113972 [DEG: 163.8253 153.0683 -178.4174 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS269_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS269_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.372 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS269_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.984 187.010 153.847 1.00 96.19 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.313 187.754 154.902 1.00 96.19 C ATOM 2719 C GLY 165 150.797 187.604 154.928 1.00 96.19 C ATOM 2720 O GLY 165 150.109 188.425 155.538 1.00 96.19 O ATOM 2724 N LYS 166 150.256 186.597 154.238 1.00 95.44 N ATOM 2725 CA LYS 166 148.815 186.414 154.214 1.00 95.44 C ATOM 2726 C LYS 166 148.342 185.728 155.475 1.00 95.44 C ATOM 2727 O LYS 166 149.062 184.930 156.086 1.00 95.44 O ATOM 2728 CB LYS 166 148.381 185.636 152.975 1.00 95.44 C ATOM 2729 CG LYS 166 148.594 186.415 151.674 1.00 95.44 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.163 185.633 150.428 1.00 95.44 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.292 186.512 149.179 1.00 95.44 C ATOM 2732 NZ LYS 166 147.880 185.808 147.928 1.00 95.44 N ATOM 2746 N TRP 167 147.126 186.043 155.880 1.00 96.00 N ATOM 2747 CA TRP 167 146.586 185.398 157.044 1.00 96.00 C ATOM 2748 C TRP 167 145.815 184.182 156.608 1.00 96.00 C ATOM 2749 O TRP 167 144.764 184.283 155.977 1.00 96.00 O ATOM 2750 CB TRP 167 145.674 186.332 157.818 1.00 96.00 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.272 185.770 159.137 1.00 96.00 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 144.096 185.168 159.523 1.00 96.00 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 146.114 185.772 160.293 1.00 96.00 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 144.184 184.813 160.844 1.00 96.00 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 145.406 185.167 161.318 1.00 96.00 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 147.403 186.241 160.536 1.00 96.00 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 145.944 185.008 162.570 1.00 96.00 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