####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS267_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS267_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 52 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 37 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 60 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 44 104 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 32 104 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 12 73 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 63 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 30 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 30 73 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 25 96 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 58 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 36 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 60 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 63 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 30 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 25 98 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 98 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 98 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 19 70 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 9 79 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 13 21 116 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 47 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 37 104 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 35 104 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 35 104 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 53 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 35 104 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 30 92 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 42 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 14 83 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 4 26 94 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 64 105 128 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 47.41 77.78 94.81 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.60 0.75 0.79 0.85 0.88 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.16 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.017 0 0.024 0.024 1.059 69.545 69.545 - LGA K 166 K 166 1.032 0 0.077 0.149 1.944 69.545 62.424 1.944 LGA W 167 W 167 0.605 0 0.035 0.144 1.127 81.818 84.675 0.929 LGA I 168 I 168 1.213 0 0.030 1.082 3.362 65.909 52.727 3.362 LGA S 169 S 169 1.013 0 0.110 0.156 1.243 65.455 70.909 0.695 LGA G 170 G 170 1.349 0 0.041 0.041 1.349 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.895 0 0.125 1.299 4.768 77.727 60.227 1.465 LGA A 172 A 172 1.014 0 0.056 0.082 1.181 78.182 75.636 - LGA P 173 P 173 0.585 0 0.022 0.135 1.386 86.364 79.740 1.386 LGA Y 174 Y 174 0.527 0 0.048 0.157 0.837 86.364 86.364 0.695 LGA G 175 G 175 0.530 0 0.070 0.070 0.533 90.909 90.909 - LGA Y 176 Y 176 0.654 0 0.062 0.133 0.727 86.364 92.424 0.163 LGA Q 177 Q 177 0.944 0 0.062 0.167 1.330 86.364 82.020 0.829 LGA L 178 L 178 0.702 0 0.097 0.127 1.022 77.727 79.773 0.920 LGA N 179 N 179 0.960 0 0.172 0.737 4.818 70.000 42.273 4.818 LGA K 180 K 180 3.388 0 0.259 0.935 12.848 29.545 13.131 12.848 LGA K 181 K 181 1.629 0 0.386 1.025 8.955 78.636 38.182 8.955 LGA T 182 T 182 0.466 0 0.063 1.113 3.210 90.909 75.584 3.210 LGA S 183 S 183 1.116 0 0.127 0.115 1.539 69.545 63.333 1.537 LGA K 184 K 184 0.945 0 0.066 0.887 3.232 73.636 65.657 3.232 LGA L 185 L 185 0.569 0 0.070 0.085 0.624 86.364 93.182 0.364 LGA D 186 D 186 0.339 0 0.055 0.179 0.741 90.909 93.182 0.347 LGA P 187 P 187 0.559 0 0.000 0.000 1.092 82.273 84.675 0.557 LGA V 188 V 188 0.944 0 0.010 0.048 1.101 81.818 77.143 1.002 LGA E 189 E 189 0.989 0 0.020 0.246 2.181 73.636 66.263 2.181 LGA D 190 D 190 1.018 0 0.000 0.080 1.500 77.727 69.773 1.500 LGA E 191 E 191 0.656 0 0.059 0.142 0.793 90.909 85.859 0.660 LGA A 192 A 192 0.400 0 0.000 0.000 0.490 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.522 0 0.029 0.619 3.016 90.909 72.727 2.678 LGA V 194 V 194 0.419 0 0.046 0.050 0.591 100.000 92.208 0.505 LGA V 195 V 195 0.130 0 0.000 0.029 0.214 100.000 100.000 0.096 LGA Q 196 Q 196 0.246 0 0.025 0.209 1.331 100.000 90.303 1.148 LGA L 197 L 197 0.236 0 0.027 0.076 0.458 100.000 100.000 0.375 LGA I 198 I 198 0.100 0 0.110 0.119 0.451 100.000 100.000 0.293 LGA F 199 F 199 0.264 0 0.042 0.077 0.416 100.000 100.000 0.123 LGA N 200 N 200 0.317 0 0.025 0.523 1.397 100.000 93.409 1.397 LGA I 201 I 201 0.202 0 0.041 0.048 0.392 100.000 100.000 0.274 LGA F 202 F 202 0.256 0 0.047 0.090 0.718 100.000 91.736 0.691 LGA L 203 L 203 0.472 0 0.000 0.089 0.937 95.455 88.636 0.757 LGA N 204 N 204 0.300 0 0.068 0.082 1.135 100.000 89.091 1.023 LGA G 205 G 205 0.227 0 0.081 0.081 0.638 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.259 0 0.000 0.487 1.914 95.455 89.318 0.340 LGA N 207 N 207 0.875 0 0.065 0.374 1.512 77.727 73.864 1.051 LGA G 208 G 208 1.208 0 0.000 0.000 1.429 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.281 0 0.060 0.162 1.855 65.455 58.990 1.855 LGA D 210 D 210 1.268 0 0.119 0.787 1.508 73.636 69.773 1.508 LGA Y 211 Y 211 1.666 0 0.192 0.611 2.095 58.182 53.636 1.437 LGA S 212 S 212 2.244 0 0.665 0.781 6.311 36.364 25.152 6.311 LGA Y 213 Y 213 3.011 0 0.224 1.614 14.581 36.364 12.273 14.581 LGA A 215 A 215 0.843 0 0.219 0.234 1.857 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.381 0 0.029 0.200 0.468 100.000 100.000 0.412 LGA A 217 A 217 0.149 0 0.047 0.061 0.290 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.323 0 0.055 0.055 0.864 100.000 93.939 0.864 LGA H 219 H 219 0.292 0 0.017 0.065 0.431 100.000 100.000 0.431 LGA L 220 L 220 0.297 0 0.027 0.100 0.363 100.000 100.000 0.363 LGA T 221 T 221 0.197 0 0.040 0.051 0.501 95.455 97.403 0.167 LGA N 222 N 222 0.389 0 0.040 0.093 0.656 90.909 95.455 0.257 LGA L 223 L 223 0.595 0 0.044 0.051 0.901 86.364 84.091 0.802 LGA Q 224 Q 224 0.624 0 0.072 0.735 3.802 77.727 58.990 3.493 LGA I 225 I 225 0.448 0 0.062 0.094 0.455 100.000 100.000 0.202 LGA P 226 P 226 0.464 0 0.035 0.038 0.733 95.455 89.610 0.733 LGA T 227 T 227 0.332 0 0.029 0.266 0.788 100.000 97.403 0.453 LGA P 228 P 228 0.808 0 0.271 0.289 1.042 81.818 77.143 1.036 LGA S 229 S 229 0.892 0 0.158 0.145 1.036 81.818 76.364 1.011 LGA G 230 G 230 0.680 0 0.000 0.000 0.702 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.432 0 0.174 0.686 2.207 86.818 81.212 2.207 LGA K 232 K 232 0.230 0 0.179 0.830 2.713 95.455 77.576 2.713 LGA R 233 R 233 0.410 0 0.030 1.247 6.987 100.000 54.711 6.987 LGA W 234 W 234 0.202 0 0.107 0.153 0.548 95.455 98.701 0.253 LGA N 235 N 235 0.872 0 0.071 1.073 3.292 81.818 67.727 1.104 LGA Q 236 Q 236 0.684 0 0.041 0.680 3.135 81.818 72.929 0.991 LGA Y 237 Y 237 0.787 0 0.036 0.352 2.081 82.273 69.091 2.081 LGA T 238 T 238 0.611 0 0.012 0.228 0.771 81.818 81.818 0.771 LGA I 239 I 239 0.459 0 0.005 0.082 0.551 95.455 97.727 0.310 LGA K 240 K 240 0.643 0 0.085 0.435 2.822 81.818 67.475 2.822 LGA A 241 A 241 0.795 0 0.105 0.113 1.103 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.422 0 0.052 0.063 1.001 100.000 88.864 1.001 LGA L 243 L 243 0.192 0 0.018 0.143 0.405 100.000 100.000 0.194 LGA Q 244 Q 244 0.311 0 0.095 0.459 1.766 90.909 84.646 1.486 LGA N 245 N 245 0.448 0 0.000 0.149 0.747 100.000 93.182 0.747 LGA E 246 E 246 0.357 0 0.000 0.376 1.241 100.000 90.303 1.241 LGA V 247 V 247 0.151 0 0.043 0.153 0.421 100.000 100.000 0.392 LGA Y 248 Y 248 0.306 0 0.029 0.134 0.691 100.000 96.970 0.691 LGA I 249 I 249 0.429 0 0.000 0.043 0.596 100.000 93.182 0.596 LGA G 250 G 250 0.170 0 0.030 0.030 0.501 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.466 0 0.053 0.088 0.579 95.455 97.403 0.476 LGA V 252 V 252 0.464 0 0.066 0.103 0.837 95.455 97.403 0.492 LGA K 253 K 253 0.503 0 0.048 0.154 1.196 86.364 84.040 1.196 LGA Y 254 Y 254 0.708 0 0.083 0.358 2.546 81.818 69.394 2.546 LGA K 255 K 255 0.332 0 0.058 0.721 4.422 95.455 60.000 4.422 LGA V 256 V 256 0.428 0 0.093 0.116 0.521 95.455 97.403 0.455 LGA R 257 R 257 0.658 0 0.088 1.255 4.955 81.818 56.364 4.105 LGA E 258 E 258 1.079 0 0.044 1.301 5.648 69.545 43.232 5.648 LGA K 259 K 259 0.920 0 0.036 0.115 1.022 77.727 80.000 0.937 LGA T 260 T 260 1.060 0 0.023 0.109 1.667 73.636 68.052 1.496 LGA K 261 K 261 0.937 0 0.053 0.935 5.295 73.636 53.131 5.295 LGA D 262 D 262 1.365 0 0.069 0.831 2.855 61.818 50.455 2.855 LGA G 263 G 263 0.845 0 0.150 0.150 1.201 77.727 77.727 - LGA K 264 K 264 0.946 0 0.016 0.503 2.205 73.636 73.333 2.205 LGA R 265 R 265 0.947 0 0.148 0.950 2.700 69.545 62.479 2.119 LGA T 266 T 266 1.231 0 0.046 0.191 1.567 65.455 63.377 1.029 LGA I 267 I 267 1.088 0 0.065 0.107 1.677 65.455 63.636 1.677 LGA R 268 R 268 1.007 0 0.000 0.963 3.486 69.545 61.653 1.901 LGA P 269 P 269 1.251 0 0.000 0.020 1.308 65.455 65.455 1.296 LGA E 270 E 270 1.180 0 0.027 0.938 3.891 65.455 52.121 2.780 LGA K 271 K 271 1.196 0 0.052 0.786 3.525 65.455 54.141 3.525 LGA E 272 E 272 1.011 0 0.189 0.541 3.383 69.545 52.929 1.992 LGA Q 273 Q 273 0.951 0 0.051 0.110 1.130 77.727 80.000 0.945 LGA I 274 I 274 0.677 0 0.039 0.162 1.383 81.818 79.773 1.383 LGA V 275 V 275 0.355 0 0.024 0.033 0.385 100.000 100.000 0.359 LGA V 276 V 276 0.445 0 0.000 0.027 0.523 100.000 97.403 0.523 LGA Q 277 Q 277 0.340 0 0.054 0.795 3.913 95.455 74.343 3.913 LGA D 278 D 278 0.294 0 0.034 0.201 0.960 100.000 97.727 0.960 LGA A 279 A 279 0.392 0 0.030 0.046 0.416 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.182 0 0.040 0.150 0.578 100.000 96.364 0.350 LGA A 281 A 281 0.189 0 0.000 0.000 0.321 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.284 0 0.025 0.036 0.525 100.000 97.403 0.525 LGA I 283 I 283 0.365 0 0.012 0.058 0.538 95.455 95.455 0.362 LGA I 284 I 284 0.395 0 0.000 0.089 0.537 90.909 95.455 0.180 LGA D 285 D 285 0.930 0 0.073 0.385 2.470 77.727 64.545 1.586 LGA K 286 K 286 1.034 0 0.014 0.327 1.115 65.455 70.909 0.933 LGA E 287 E 287 1.245 0 0.034 0.519 2.078 65.455 57.576 2.078 LGA Q 288 Q 288 0.864 0 0.000 0.227 1.572 77.727 72.929 1.299 LGA F 289 F 289 0.862 0 0.069 0.154 1.113 77.727 75.868 1.081 LGA Q 290 Q 290 1.186 0 0.000 1.071 2.524 65.455 65.253 2.524 LGA Q 291 Q 291 0.915 0 0.000 0.273 1.303 77.727 78.182 1.303 LGA S 292 S 292 0.795 0 0.073 0.664 2.416 81.818 74.545 2.416 LGA Q 293 Q 293 1.090 0 0.034 0.221 1.319 69.545 67.273 1.221 LGA V 294 V 294 1.318 0 0.009 0.040 1.513 65.455 63.377 1.376 LGA K 295 K 295 0.907 0 0.055 0.115 1.194 73.636 84.242 0.442 LGA I 296 I 296 1.152 0 0.063 0.096 1.445 65.455 69.545 0.972 LGA A 297 A 297 1.625 0 0.140 0.163 2.325 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.919 0 0.038 0.689 1.632 69.545 74.318 1.632 LGA K 299 K 299 2.388 0 0.031 0.528 6.721 33.636 19.192 6.721 LGA V 300 V 300 2.475 0 0.142 0.158 2.915 35.455 36.883 2.737 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.928 0.916 1.739 82.892 77.394 63.178 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 93.704 97.508 13.136 LGA_LOCAL RMSD: 0.928 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.928 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.928 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.535772 * X + 0.241726 * Y + -0.809022 * Z + 156.141983 Y_new = 0.844289 * X + 0.166033 * Y + -0.509519 * Z + 149.278473 Z_new = 0.011160 * X + -0.956034 * Y + -0.293042 * Z + 146.182587 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.136258 -0.011161 -1.868222 [DEG: 122.3986 -0.6394 -107.0413 ] ZXZ: -1.008756 1.868203 3.129920 [DEG: -57.7974 107.0402 179.3312 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS267_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS267_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.508 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS267_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.740 186.914 153.497 1.00 83.29 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.022 187.627 154.558 1.00 83.29 C ATOM 1347 C GLY 165 150.492 187.477 154.513 1.00 83.29 C ATOM 1348 O GLY 165 149.792 188.226 155.190 1.00 83.29 O ATOM 1349 N LYS 166 149.943 186.532 153.734 1.00 84.21 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.499 186.231 153.726 1.00 84.21 C ATOM 1351 C LYS 166 148.122 185.455 155.002 1.00 84.21 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.088 185.467 152.445 1.00 84.21 C ATOM 1353 O LYS 166 148.812 184.510 155.392 1.00 84.21 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.349 186.209 151.112 1.00 84.21 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.986 185.374 149.858 1.00 84.21 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.234 186.171 148.559 1.00 84.21 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.099 185.366 147.305 1.00 84.21 N ATOM 1358 N TRP 167 147.000 185.799 155.633 1.00 85.94 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.458 185.123 156.817 1.00 85.94 C ATOM 1360 C TRP 167 145.528 183.968 156.411 1.00 85.94 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.755 186.147 157.711 1.00 85.94 C ATOM 1362 O TRP 167 144.559 184.156 155.680 1.00 85.94 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.310 185.622 159.043 1.00 85.94 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.090 185.119 159.344 1.00 85.94 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.072 185.590 160.288 1.00 85.94 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.242 185.052 161.315 1.00 85.94 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.372 185.991 160.659 1.00 85.94 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.048 184.781 160.684 1.00 85.94 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.977 185.330 162.978 1.00 85.94 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.675 184.920 162.642 1.00 85.94 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.821 185.864 161.988 1.00 85.94 C ATOM 1372 N ILE 168 145.828 182.741 156.862 1.00 74.97 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.311 181.511 156.214 1.00 74.97 C ATOM 1374 C ILE 168 144.678 180.483 157.156 1.00 74.97 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.412 180.763 155.415 1.00 74.97 C ATOM 1376 O ILE 168 144.189 179.443 156.695 1.00 74.97 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.723 181.531 155.167 1.00 74.97 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 145.815 180.275 154.079 1.00 74.97 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.849 180.567 154.826 1.00 74.97 C ATOM 1380 N SER 169 144.809 180.618 158.476 1.00 66.56 N ATOM 1381 CA SER 169 144.380 179.572 159.417 1.00 66.56 C ATOM 1382 C SER 169 144.114 180.127 160.809 1.00 66.56 C ATOM 1383 CB SER 169 145.426 178.448 159.494 1.00 66.56 C ATOM 1384 O SER 169 145.004 180.691 161.432 1.00 66.56 O ATOM 1385 OG SER 169 145.397 177.717 158.272 1.00 66.56 O ATOM 1386 N GLY 170 142.893 179.891 161.289 1.00 68.91 N ATOM 1387 CA GLY 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