####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS267_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS267_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.08 1.08 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 1.00 1.08 LCS_AVERAGE: 97.66 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 63 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 56 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 61 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 55 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 54 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 12 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 63 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 41 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 27 37 63 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 17 88 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 54 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 33 99 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 32 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 61 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 64 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 54 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 54 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 58 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 53 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 54 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 41 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 17 84 112 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 9 96 118 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 85 135 135 3 3 4 73 97 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 25 135 135 0 3 36 114 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.22 ( 97.66 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 102 120 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 75.56 88.89 96.30 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.56 0.78 0.91 0.93 0.99 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 GDT RMS_ALL_AT 1.31 1.17 1.11 1.09 1.09 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 1.08 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.914 0 0.032 0.032 0.983 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.957 0 0.049 0.153 2.065 81.818 68.081 2.065 LGA W 167 W 167 0.641 0 0.093 0.106 1.211 77.727 84.545 0.747 LGA I 168 I 168 0.745 0 0.069 0.365 1.543 74.545 66.364 1.210 LGA S 169 S 169 0.752 0 0.117 0.653 2.526 77.727 70.000 2.526 LGA G 170 G 170 1.050 0 0.021 0.021 1.050 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.763 0 0.084 1.250 4.449 81.818 66.364 1.217 LGA A 172 A 172 0.937 0 0.047 0.063 1.134 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.528 0 0.041 0.134 1.272 86.364 79.740 1.272 LGA Y 174 Y 174 0.555 0 0.075 0.231 0.988 81.818 81.818 0.840 LGA G 175 G 175 0.585 0 0.083 0.083 0.585 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.673 0 0.067 0.159 0.748 81.818 89.394 0.348 LGA Q 177 Q 177 0.970 0 0.048 0.270 1.585 77.727 76.566 0.849 LGA L 178 L 178 0.710 0 0.097 0.123 0.998 86.364 84.091 0.998 LGA N 179 N 179 0.929 0 0.168 0.730 4.705 70.000 43.636 4.705 LGA K 180 K 180 3.358 0 0.272 0.944 12.787 29.545 13.131 12.787 LGA K 181 K 181 1.657 0 0.387 0.994 8.645 74.545 36.364 8.645 LGA T 182 T 182 0.561 0 0.058 1.120 3.340 86.364 70.649 3.340 LGA S 183 S 183 1.153 0 0.126 0.115 1.561 69.545 63.333 1.506 LGA K 184 K 184 0.990 0 0.067 0.878 3.222 73.636 65.657 3.222 LGA L 185 L 185 0.632 0 0.057 0.079 0.632 81.818 86.364 0.450 LGA D 186 D 186 0.341 0 0.061 0.167 0.753 90.909 93.182 0.335 LGA P 187 P 187 0.675 0 0.000 0.015 1.326 73.636 77.143 0.740 LGA V 188 V 188 1.022 0 0.000 0.051 1.171 77.727 72.468 1.073 LGA E 189 E 189 1.044 0 0.000 0.275 2.155 69.545 64.242 2.155 LGA D 190 D 190 1.043 0 0.000 0.036 1.433 73.636 69.545 1.433 LGA E 191 E 191 0.717 0 0.058 0.135 0.857 90.909 85.859 0.828 LGA A 192 A 192 0.403 0 0.000 0.000 0.509 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.537 0 0.016 0.635 3.114 90.909 72.727 2.806 LGA V 194 V 194 0.463 0 0.044 0.053 0.637 100.000 92.208 0.581 LGA V 195 V 195 0.167 0 0.000 0.000 0.240 100.000 100.000 0.163 LGA Q 196 Q 196 0.270 0 0.029 0.218 1.370 100.000 88.485 1.236 LGA L 197 L 197 0.240 0 0.022 0.064 0.495 100.000 100.000 0.410 LGA I 198 I 198 0.227 0 0.103 0.109 0.428 100.000 100.000 0.428 LGA F 199 F 199 0.249 0 0.058 0.078 0.430 100.000 100.000 0.110 LGA N 200 N 200 0.296 0 0.025 0.638 1.549 100.000 89.545 1.549 LGA I 201 I 201 0.222 0 0.046 0.054 0.406 100.000 100.000 0.349 LGA F 202 F 202 0.272 0 0.011 0.041 0.767 100.000 91.736 0.767 LGA L 203 L 203 0.440 0 0.000 0.101 1.004 100.000 88.864 0.749 LGA N 204 N 204 0.194 0 0.054 0.086 1.189 95.455 88.864 0.983 LGA G 205 G 205 0.402 0 0.085 0.085 0.548 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.490 0 0.014 0.435 1.646 86.364 84.773 0.353 LGA N 207 N 207 1.212 0 0.086 0.343 1.821 69.545 65.682 1.303 LGA G 208 G 208 1.573 0 0.000 0.000 1.765 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.629 0 0.049 0.260 2.650 54.545 45.657 2.650 LGA D 210 D 210 1.557 0 0.101 0.834 2.046 62.273 60.682 2.046 LGA Y 211 Y 211 1.851 0 0.083 0.507 2.240 50.909 48.788 1.658 LGA S 212 S 212 2.325 0 0.692 0.751 6.093 34.545 23.939 6.093 LGA Y 213 Y 213 2.895 0 0.197 1.475 14.465 41.818 14.091 14.465 LGA A 215 A 215 1.015 0 0.236 0.250 1.967 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.447 0 0.038 0.198 0.537 95.455 95.455 0.365 LGA A 217 A 217 0.249 0 0.052 0.065 0.340 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.433 0 0.065 0.137 1.206 100.000 91.212 1.206 LGA H 219 H 219 0.432 0 0.028 0.067 0.556 100.000 94.545 0.556 LGA L 220 L 220 0.407 0 0.022 0.098 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA T 221 T 221 0.220 0 0.036 0.040 0.485 100.000 100.000 0.102 LGA N 222 N 222 0.431 0 0.040 0.066 0.657 90.909 95.455 0.321 LGA L 223 L 223 0.653 0 0.050 0.080 1.050 86.364 82.045 0.963 LGA Q 224 Q 224 0.592 0 0.059 0.786 4.202 81.818 60.404 4.202 LGA I 225 I 225 0.528 0 0.066 0.103 0.528 86.364 93.182 0.284 LGA P 226 P 226 0.587 0 0.043 0.047 0.885 86.364 84.416 0.872 LGA T 227 T 227 0.236 0 0.034 0.236 0.692 95.455 94.805 0.343 LGA P 228 P 228 0.914 0 0.210 0.226 1.141 81.818 77.143 1.132 LGA S 229 S 229 0.852 0 0.130 0.124 0.926 81.818 81.818 0.878 LGA G 230 G 230 0.621 0 0.000 0.000 0.642 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.470 0 0.165 0.708 2.794 86.818 80.000 2.794 LGA K 232 K 232 0.430 0 0.162 0.854 3.542 90.909 69.091 3.542 LGA R 233 R 233 0.260 0 0.028 1.376 8.095 100.000 53.554 8.095 LGA W 234 W 234 0.221 0 0.099 0.132 0.585 100.000 97.403 0.429 LGA N 235 N 235 0.957 0 0.081 1.070 3.406 81.818 67.727 1.263 LGA Q 236 Q 236 0.630 0 0.036 0.850 3.503 86.364 74.141 0.721 LGA Y 237 Y 237 0.756 0 0.026 0.322 2.236 86.364 67.727 2.236 LGA T 238 T 238 0.610 0 0.021 0.197 0.767 81.818 81.818 0.767 LGA I 239 I 239 0.409 0 0.023 0.081 0.513 95.455 97.727 0.403 LGA K 240 K 240 0.582 0 0.065 0.547 3.783 81.818 64.242 3.783 LGA A 241 A 241 0.753 0 0.104 0.110 1.040 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.427 0 0.058 0.058 1.131 100.000 88.864 1.131 LGA L 243 L 243 0.125 0 0.018 0.147 0.311 100.000 100.000 0.135 LGA Q 244 Q 244 0.266 0 0.068 0.383 1.384 95.455 88.283 1.243 LGA N 245 N 245 0.420 0 0.000 0.106 0.704 100.000 93.182 0.704 LGA E 246 E 246 0.367 0 0.000 0.463 1.364 100.000 90.303 1.364 LGA V 247 V 247 0.149 0 0.064 0.156 0.395 100.000 100.000 0.345 LGA Y 248 Y 248 0.336 0 0.038 0.101 0.946 100.000 93.939 0.946 LGA I 249 I 249 0.466 0 0.000 0.032 0.675 100.000 90.909 0.675 LGA G 250 G 250 0.302 0 0.031 0.031 0.506 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.559 0 0.054 0.090 0.689 86.364 84.416 0.614 LGA V 252 V 252 0.562 0 0.059 0.092 0.864 81.818 84.416 0.580 LGA K 253 K 253 0.562 0 0.056 0.156 0.909 86.364 85.859 0.844 LGA Y 254 Y 254 0.710 0 0.067 0.397 2.889 81.818 67.273 2.889 LGA K 255 K 255 0.700 0 0.146 0.671 5.323 74.091 47.273 5.323 LGA V 256 V 256 0.997 0 0.107 0.111 1.096 77.727 77.143 1.096 LGA R 257 R 257 1.156 0 0.080 1.030 4.004 69.545 51.240 4.004 LGA E 258 E 258 1.405 0 0.066 1.190 5.866 58.182 36.970 5.866 LGA K 259 K 259 1.293 0 0.011 0.095 1.318 65.455 65.455 1.218 LGA T 260 T 260 1.458 0 0.026 0.080 2.005 65.455 57.403 1.783 LGA K 261 K 261 1.149 0 0.068 0.869 5.481 65.455 47.677 5.481 LGA D 262 D 262 1.464 0 0.058 0.882 3.572 58.182 42.500 3.572 LGA G 263 G 263 1.220 0 0.129 0.129 1.586 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.528 0 0.020 0.539 2.497 54.545 54.343 2.497 LGA R 265 R 265 1.484 0 0.124 1.002 2.840 54.545 51.901 2.577 LGA T 266 T 266 1.812 0 0.056 0.154 2.063 50.909 49.091 1.662 LGA I 267 I 267 1.650 0 0.070 0.112 2.277 50.909 49.318 2.277 LGA R 268 R 268 1.545 0 0.000 0.970 3.564 50.909 45.289 2.440 LGA P 269 P 269 1.972 0 0.000 0.029 2.099 50.909 47.273 2.092 LGA E 270 E 270 1.866 0 0.027 0.880 4.500 50.909 38.182 3.456 LGA K 271 K 271 1.963 0 0.100 0.689 4.595 47.727 33.535 4.595 LGA E 272 E 272 1.504 0 0.176 0.427 3.558 58.182 43.030 2.507 LGA Q 273 Q 273 1.332 0 0.041 0.105 1.534 61.818 63.838 1.348 LGA I 274 I 274 0.935 0 0.059 0.120 1.247 77.727 75.682 1.247 LGA V 275 V 275 0.607 0 0.024 0.030 0.741 90.909 87.013 0.673 LGA V 276 V 276 0.558 0 0.000 0.042 0.627 86.364 84.416 0.611 LGA Q 277 Q 277 0.461 0 0.059 0.759 3.898 95.455 72.323 3.898 LGA D 278 D 278 0.339 0 0.043 0.203 1.141 100.000 93.409 1.141 LGA A 279 A 279 0.423 0 0.023 0.043 0.474 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.129 0 0.041 0.175 0.533 100.000 98.182 0.362 LGA A 281 A 281 0.376 0 0.000 0.000 0.588 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.281 0 0.005 0.029 0.679 100.000 94.805 0.679 LGA I 283 I 283 0.435 0 0.000 0.069 0.633 95.455 93.182 0.504 LGA I 284 I 284 0.458 0 0.000 0.094 0.571 90.909 95.455 0.276 LGA D 285 D 285 0.960 0 0.090 0.565 2.795 77.727 63.182 1.677 LGA K 286 K 286 1.030 0 0.032 0.316 1.209 65.455 70.909 0.881 LGA E 287 E 287 1.113 0 0.053 0.471 1.824 65.455 63.838 1.824 LGA Q 288 Q 288 0.768 0 0.000 0.274 1.570 81.818 74.747 1.327 LGA F 289 F 289 0.755 0 0.032 0.138 1.040 81.818 78.843 1.017 LGA Q 290 Q 290 1.114 0 0.000 1.200 2.907 69.545 63.232 2.907 LGA Q 291 Q 291 0.826 0 0.000 0.278 1.229 81.818 80.000 1.229 LGA S 292 S 292 0.663 0 0.068 0.672 2.496 81.818 74.545 2.496 LGA Q 293 Q 293 1.082 0 0.040 0.227 1.363 69.545 67.273 1.230 LGA V 294 V 294 1.250 0 0.013 0.051 1.419 65.455 65.455 1.218 LGA K 295 K 295 0.812 0 0.068 0.151 1.347 73.636 78.182 0.544 LGA I 296 I 296 1.219 0 0.049 0.087 1.746 62.273 67.955 0.909 LGA A 297 A 297 1.981 0 0.129 0.153 2.865 41.818 41.091 - LGA N 298 N 298 1.551 0 0.068 0.656 2.879 41.818 55.909 1.710 LGA K 299 K 299 4.065 0 0.306 0.976 14.818 19.545 8.687 14.818 LGA V 300 V 300 2.871 0 0.125 0.140 4.752 22.727 14.805 4.195 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.081 1.055 1.953 79.640 73.848 59.374 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.08 92.963 96.696 11.428 LGA_LOCAL RMSD: 1.081 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.081 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.081 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.849805 * X + 0.463501 * Y + -0.250994 * Z + 155.480362 Y_new = -0.245796 * X + -0.072769 * Y + -0.966586 * Z + 153.055893 Z_new = -0.466278 * X + 0.883103 * Y + 0.052087 * Z + 143.450531 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.281554 0.485079 1.511883 [DEG: -16.1319 27.7930 86.6245 ] ZXZ: -0.254059 1.518686 -0.485795 [DEG: -14.5565 87.0143 -27.8340 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS267_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS267_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.08 96.696 1.08 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS267_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.776 186.844 153.611 1.00 87.88 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.097 187.563 154.694 1.00 87.88 C ATOM 1347 C GLY 165 150.566 187.447 154.675 1.00 87.88 C ATOM 1348 O GLY 165 149.892 188.180 155.391 1.00 87.88 O ATOM 1349 N LYS 166 149.986 186.544 153.869 1.00 86.38 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.537 186.281 153.873 1.00 86.38 C ATOM 1351 C LYS 166 148.158 185.478 155.133 1.00 86.38 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.096 185.603 152.554 1.00 86.38 C ATOM 1353 O LYS 166 148.897 184.589 155.566 1.00 86.38 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.344 186.433 151.279 1.00 86.38 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.979 185.676 149.980 1.00 86.38 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.273 186.567 148.761 1.00 86.38 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.916 185.955 147.451 1.00 86.38 N ATOM 1358 N TRP 167 146.988 185.738 155.714 1.00 89.01 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.480 185.059 156.911 1.00 89.01 C ATOM 1360 C TRP 167 145.691 183.792 156.543 1.00 89.01 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.659 186.044 157.743 1.00 89.01 C ATOM 1362 O TRP 167 144.559 183.842 156.067 1.00 89.01 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.176 185.490 159.048 1.00 89.01 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.985 184.883 159.271 1.00 89.01 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.870 185.492 160.332 1.00 89.01 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.034 184.861 161.299 1.00 89.01 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.117 185.978 160.777 1.00 89.01 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.897 184.515 160.601 1.00 89.01 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.663 185.215 163.054 1.00 89.01 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.413 184.720 162.642 1.00 89.01 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.511 185.842 162.123 1.00 89.01 C ATOM 1372 N ILE 168 146.314 182.621 156.727 1.00 79.33 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.869 181.359 156.088 1.00 79.33 C ATOM 1374 C ILE 168 145.018 180.461 156.991 1.00 79.33 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.096 180.550 155.592 1.00 79.33 C ATOM 1376 O ILE 168 144.394 179.503 156.522 1.00 79.33 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.199 181.408 154.953 1.00 79.33 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.698 179.458 154.581 1.00 79.33 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.691 182.294 153.821 1.00 79.33 C ATOM 1380 N SER 169 145.087 180.656 158.308 1.00 71.93 N ATOM 1381 CA SER 169 144.649 179.642 159.267 1.00 71.93 C ATOM 1382 C SER 169 144.185 180.254 160.578 1.00 71.93 C ATOM 1383 CB SER 169 145.806 178.674 159.531 1.00 71.93 C ATOM 1384 O SER 169 144.960 180.911 161.263 1.00 71.93 O ATOM 1385 OG SER 169 145.396 177.613 160.374 1.00 71.93 O ATOM 1386 N GLY 170 142.962 179.907 160.974 1.00 73.71 N ATOM 1387 CA GLY 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