####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS267_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS267_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 131 165 - 296 1.00 1.06 LCS_AVERAGE: 96.51 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 131 135 135 53 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 131 135 135 40 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 131 135 135 65 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 131 135 135 12 92 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 131 135 135 3 14 39 116 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 131 135 135 50 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 131 135 135 3 3 7 107 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 131 135 135 19 81 116 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 131 135 135 57 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 131 135 135 40 104 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 131 135 135 40 104 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 131 135 135 52 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 131 135 135 65 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 131 135 135 59 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 131 135 135 56 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 131 135 135 24 92 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 131 135 135 24 91 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 131 135 135 7 92 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 131 135 135 24 92 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 131 135 135 16 81 116 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 131 135 135 5 28 75 122 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 131 135 135 3 12 20 57 122 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 131 135 135 37 100 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 131 135 135 67 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 131 135 135 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 131 135 135 59 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 131 135 135 60 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 128 135 135 26 89 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 128 135 135 37 100 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 86 135 135 3 4 54 83 123 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 86 135 135 3 3 56 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.84 ( 96.51 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 105 117 129 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 77.78 86.67 95.56 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.56 0.70 0.88 0.94 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 GDT RMS_ALL_AT 1.29 1.12 1.10 1.07 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.938 0 0.030 0.030 1.038 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.990 0 0.076 0.271 3.146 81.818 59.798 3.146 LGA W 167 W 167 0.677 0 0.048 0.126 1.305 77.727 76.104 1.033 LGA I 168 I 168 1.502 0 0.059 1.452 3.988 55.455 43.636 3.988 LGA S 169 S 169 2.438 0 0.659 0.563 5.224 41.818 29.697 5.224 LGA G 170 G 170 0.731 0 0.157 0.157 1.098 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.891 0 0.049 1.364 5.104 77.727 58.864 1.608 LGA A 172 A 172 0.784 0 0.066 0.093 0.970 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.367 0 0.023 0.158 1.233 100.000 87.532 1.233 LGA Y 174 Y 174 0.339 0 0.054 0.162 0.959 100.000 89.394 0.959 LGA G 175 G 175 0.377 0 0.061 0.061 0.417 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.555 0 0.069 0.139 0.606 86.364 92.424 0.229 LGA Q 177 Q 177 0.804 0 0.069 0.302 1.979 81.818 76.566 0.764 LGA L 178 L 178 0.632 0 0.086 0.124 1.100 86.364 82.045 1.100 LGA N 179 N 179 0.956 0 0.169 0.742 4.748 70.000 43.636 4.748 LGA K 180 K 180 3.230 0 0.253 0.933 12.750 29.545 13.131 12.750 LGA K 181 K 181 1.756 0 0.365 1.018 9.095 70.000 33.737 9.095 LGA T 182 T 182 0.742 0 0.064 1.116 3.554 77.727 67.013 3.554 LGA S 183 S 183 1.160 0 0.127 0.113 1.670 69.545 63.333 1.670 LGA K 184 K 184 1.019 0 0.080 0.886 3.414 69.545 63.838 3.414 LGA L 185 L 185 0.728 0 0.061 0.074 0.767 81.818 81.818 0.539 LGA D 186 D 186 0.325 0 0.064 0.198 0.785 95.455 93.182 0.679 LGA P 187 P 187 0.564 0 0.000 0.035 1.194 82.273 84.675 0.598 LGA V 188 V 188 0.787 0 0.000 0.068 0.908 81.818 81.818 0.805 LGA E 189 E 189 0.864 0 0.000 0.259 2.000 81.818 72.929 2.000 LGA D 190 D 190 0.906 0 0.000 0.058 1.326 81.818 73.636 1.326 LGA E 191 E 191 0.549 0 0.056 0.140 0.683 90.909 87.879 0.539 LGA A 192 A 192 0.368 0 0.000 0.000 0.428 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.496 0 0.023 0.620 2.968 100.000 77.778 2.615 LGA V 194 V 194 0.420 0 0.047 0.049 0.588 100.000 97.403 0.494 LGA V 195 V 195 0.136 0 0.000 0.044 0.206 100.000 100.000 0.158 LGA Q 196 Q 196 0.256 0 0.020 0.243 1.508 100.000 86.869 1.289 LGA L 197 L 197 0.228 0 0.024 0.105 0.593 100.000 95.455 0.579 LGA I 198 I 198 0.200 0 0.096 0.106 0.309 100.000 100.000 0.309 LGA F 199 F 199 0.294 0 0.048 0.095 0.418 100.000 100.000 0.225 LGA N 200 N 200 0.294 0 0.026 0.614 1.935 100.000 89.318 1.935 LGA I 201 I 201 0.216 0 0.048 0.055 0.566 100.000 97.727 0.566 LGA F 202 F 202 0.222 0 0.062 0.063 0.856 100.000 91.736 0.856 LGA L 203 L 203 0.381 0 0.000 0.085 0.897 100.000 93.182 0.745 LGA N 204 N 204 0.251 0 0.054 0.069 1.386 95.455 84.545 1.032 LGA G 205 G 205 0.534 0 0.082 0.082 0.640 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.708 0 0.000 0.465 1.644 73.636 76.136 0.650 LGA N 207 N 207 1.563 0 0.084 0.407 2.537 54.545 49.773 1.838 LGA G 208 G 208 1.794 0 0.000 0.000 2.044 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.669 0 0.052 0.241 2.513 54.545 45.657 2.513 LGA D 210 D 210 1.576 0 0.061 0.822 2.090 58.182 54.773 2.090 LGA Y 211 Y 211 1.936 0 0.098 0.483 2.326 54.545 50.000 1.726 LGA S 212 S 212 2.375 0 0.687 0.770 6.209 31.364 21.818 6.209 LGA Y 213 Y 213 3.014 0 0.223 1.415 14.570 36.364 12.273 14.570 LGA A 215 A 215 1.232 0 0.204 0.220 2.121 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.585 0 0.004 0.187 0.672 90.909 93.182 0.408 LGA A 217 A 217 0.383 0 0.041 0.056 0.437 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.692 0 0.066 0.090 1.329 86.364 79.394 1.329 LGA H 219 H 219 0.590 0 0.033 0.067 0.771 86.364 83.636 0.757 LGA L 220 L 220 0.405 0 0.031 0.115 0.533 100.000 97.727 0.496 LGA T 221 T 221 0.199 0 0.032 0.043 0.321 100.000 100.000 0.167 LGA N 222 N 222 0.380 0 0.034 0.074 0.705 95.455 95.455 0.246 LGA L 223 L 223 0.609 0 0.039 0.045 0.956 81.818 81.818 0.881 LGA Q 224 Q 224 0.531 0 0.066 0.728 3.961 77.727 58.182 3.587 LGA I 225 I 225 0.399 0 0.059 0.089 0.420 100.000 100.000 0.217 LGA P 226 P 226 0.515 0 0.039 0.044 0.727 90.909 87.013 0.709 LGA T 227 T 227 0.165 0 0.032 0.253 0.694 100.000 97.403 0.357 LGA P 228 P 228 0.596 0 0.255 0.270 0.881 86.364 84.416 0.881 LGA S 229 S 229 0.622 0 0.145 0.134 0.861 81.818 81.818 0.816 LGA G 230 G 230 0.597 0 0.000 0.000 0.712 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.526 0 0.169 0.703 2.668 82.273 80.000 2.668 LGA K 232 K 232 0.225 0 0.181 0.792 2.410 95.455 78.788 2.410 LGA R 233 R 233 0.159 0 0.004 1.237 6.961 100.000 56.364 6.961 LGA W 234 W 234 0.326 0 0.111 0.153 0.483 100.000 100.000 0.248 LGA N 235 N 235 1.271 0 0.079 1.084 3.007 73.636 61.818 1.317 LGA Q 236 Q 236 0.699 0 0.042 0.643 2.836 86.364 77.980 0.990 LGA Y 237 Y 237 0.633 0 0.034 0.349 2.040 86.364 74.242 2.040 LGA T 238 T 238 0.675 0 0.000 0.225 1.176 81.818 79.481 1.176 LGA I 239 I 239 0.425 0 0.018 0.074 0.514 95.455 97.727 0.447 LGA K 240 K 240 0.600 0 0.074 0.448 2.855 81.818 69.495 2.855 LGA A 241 A 241 0.853 0 0.122 0.130 1.302 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.242 0 0.056 0.067 0.928 100.000 93.182 0.928 LGA L 243 L 243 0.152 0 0.009 0.112 0.426 100.000 100.000 0.214 LGA Q 244 Q 244 0.482 0 0.098 0.444 1.484 86.818 84.444 1.381 LGA N 245 N 245 0.478 0 0.000 0.141 0.735 100.000 95.455 0.735 LGA E 246 E 246 0.483 0 0.000 0.566 1.756 100.000 84.646 1.756 LGA V 247 V 247 0.257 0 0.053 0.167 0.399 100.000 100.000 0.374 LGA Y 248 Y 248 0.416 0 0.037 0.107 0.839 100.000 93.939 0.839 LGA I 249 I 249 0.556 0 0.005 0.039 0.771 90.909 86.364 0.771 LGA G 250 G 250 0.282 0 0.038 0.038 0.602 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.546 0 0.048 0.099 0.621 86.364 89.610 0.480 LGA V 252 V 252 0.501 0 0.104 0.142 0.918 86.364 89.610 0.581 LGA K 253 K 253 0.478 0 0.058 0.111 1.054 90.909 82.222 1.054 LGA Y 254 Y 254 0.527 0 0.065 0.412 2.440 90.909 76.212 2.440 LGA K 255 K 255 1.021 0 0.114 0.295 1.333 69.545 69.091 1.167 LGA V 256 V 256 1.005 0 0.099 0.123 1.054 69.545 70.130 0.983 LGA R 257 R 257 1.196 0 0.099 1.138 4.706 65.455 49.421 3.683 LGA E 258 E 258 1.571 0 0.095 1.216 5.887 54.545 35.354 5.887 LGA K 259 K 259 1.610 0 0.049 0.291 2.249 50.909 52.727 2.249 LGA T 260 T 260 1.893 0 0.016 0.113 2.186 50.909 49.091 1.836 LGA K 261 K 261 1.945 0 0.074 0.840 5.886 50.909 34.343 5.886 LGA D 262 D 262 2.345 0 0.031 0.664 4.317 38.182 25.909 4.317 LGA G 263 G 263 1.897 0 0.156 0.156 2.108 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.787 0 0.053 0.504 2.357 47.727 46.667 2.357 LGA R 265 R 265 1.468 0 0.157 0.937 2.650 61.818 61.488 2.650 LGA T 266 T 266 1.619 0 0.065 0.206 1.947 54.545 52.987 1.613 LGA I 267 I 267 1.102 0 0.083 0.131 1.488 65.455 65.455 1.248 LGA R 268 R 268 1.007 0 0.000 0.987 3.894 77.727 57.521 2.153 LGA P 269 P 269 0.942 0 0.015 0.025 1.110 81.818 74.805 1.110 LGA E 270 E 270 0.852 0 0.027 0.896 2.883 81.818 69.091 2.014 LGA K 271 K 271 0.827 0 0.063 0.747 3.452 77.727 60.606 3.211 LGA E 272 E 272 0.842 0 0.107 0.332 2.358 77.727 64.646 1.518 LGA Q 273 Q 273 1.062 0 0.131 0.220 1.729 65.909 69.293 1.253 LGA I 274 I 274 0.626 0 0.064 0.088 0.807 81.818 81.818 0.807 LGA V 275 V 275 0.409 0 0.027 0.062 0.522 100.000 97.403 0.522 LGA V 276 V 276 0.400 0 0.000 0.045 0.513 100.000 97.403 0.513 LGA Q 277 Q 277 0.428 0 0.054 0.611 2.537 95.455 77.576 2.107 LGA D 278 D 278 0.290 0 0.027 0.134 0.987 100.000 93.182 0.987 LGA A 279 A 279 0.415 0 0.029 0.046 0.464 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.193 0 0.038 0.149 0.461 100.000 100.000 0.336 LGA A 281 A 281 0.303 0 0.000 0.000 0.429 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.402 0 0.016 0.031 0.683 100.000 92.208 0.683 LGA I 283 I 283 0.419 0 0.025 0.070 0.585 95.455 95.455 0.471 LGA I 284 I 284 0.496 0 0.015 0.087 0.653 90.909 95.455 0.295 LGA D 285 D 285 0.998 0 0.081 0.441 2.570 73.636 61.136 1.564 LGA K 286 K 286 1.119 0 0.011 0.263 1.399 65.455 69.091 0.715 LGA E 287 E 287 1.171 0 0.028 0.092 1.402 65.455 65.455 1.402 LGA Q 288 Q 288 0.794 0 0.000 0.254 1.596 81.818 76.566 0.957 LGA F 289 F 289 0.832 0 0.061 0.115 1.007 81.818 80.331 0.988 LGA Q 290 Q 290 1.113 0 0.000 1.059 2.636 69.545 67.071 2.636 LGA Q 291 Q 291 0.774 0 0.000 0.292 1.334 81.818 80.000 1.334 LGA S 292 S 292 0.613 0 0.065 0.685 2.457 81.818 74.545 2.457 LGA Q 293 Q 293 1.029 0 0.042 0.220 1.260 69.545 67.273 1.257 LGA V 294 V 294 1.068 0 0.020 0.043 1.327 69.545 70.130 0.936 LGA K 295 K 295 0.653 0 0.188 0.298 1.753 74.091 82.424 0.515 LGA I 296 I 296 0.970 0 0.059 0.104 1.498 73.636 73.636 0.907 LGA A 297 A 297 1.728 0 0.147 0.175 2.531 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.033 0 0.043 0.719 2.592 53.182 62.045 2.128 LGA K 299 K 299 3.715 0 0.240 0.660 14.785 35.000 15.556 14.785 LGA V 300 V 300 1.788 0 0.086 0.081 4.371 58.636 37.662 4.009 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.061 1.028 1.921 80.545 74.784 60.474 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.06 93.333 96.793 11.629 LGA_LOCAL RMSD: 1.061 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.061 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.061 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.554225 * X + -0.053495 * Y + -0.830646 * Z + 157.423096 Y_new = 0.192246 * X + 0.962725 * Y + -0.190271 * Z + 154.676636 Z_new = 0.809862 * X + -0.265141 * Y + -0.523282 * Z + 143.749634 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.807706 -0.943917 -2.672608 [DEG: 160.8697 -54.0825 -153.1292 ] ZXZ: -1.345617 2.121494 1.887189 [DEG: -77.0982 121.5526 108.1280 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS267_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS267_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.06 96.793 1.06 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS267_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.775 186.904 153.752 1.00 89.67 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.049 187.604 154.815 1.00 89.67 C ATOM 1347 C GLY 165 150.519 187.469 154.753 1.00 89.67 C ATOM 1348 O GLY 165 149.826 188.213 155.441 1.00 89.67 O ATOM 1349 N LYS 166 149.960 186.543 153.954 1.00 89.37 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.518 186.228 153.990 1.00 89.37 C ATOM 1351 C LYS 166 148.178 185.497 155.301 1.00 89.37 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.078 185.368 152.785 1.00 89.37 C ATOM 1353 O LYS 166 148.887 184.574 155.710 1.00 89.37 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.145 185.994 151.372 1.00 89.37 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.657 184.966 150.318 1.00 89.37 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.533 185.491 148.872 1.00 89.37 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.108 184.427 147.899 1.00 89.37 N ATOM 1358 N TRP 167 147.051 185.833 155.929 1.00 90.96 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.564 185.162 157.135 1.00 90.96 C ATOM 1360 C TRP 167 145.728 183.919 156.797 1.00 90.96 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.805 186.139 158.032 1.00 90.96 C ATOM 1362 O TRP 167 144.684 183.981 156.156 1.00 90.96 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.393 185.564 159.354 1.00 90.96 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.193 185.013 159.650 1.00 90.96 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.169 185.507 160.591 1.00 90.96 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.358 184.933 161.612 1.00 90.96 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.471 185.908 160.958 1.00 90.96 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.170 184.638 160.981 1.00 90.96 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 147.104 185.199 163.267 1.00 90.96 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.803 184.781 162.934 1.00 90.96 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.935 185.756 162.278 1.00 90.96 C ATOM 1372 N ILE 168 146.196 182.762 157.267 1.00 85.39 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.627 181.424 156.989 1.00 85.39 C ATOM 1374 C ILE 168 145.491 180.558 158.255 1.00 85.39 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.439 180.699 155.884 1.00 85.39 C ATOM 1376 O ILE 168 145.234 179.351 158.177 1.00 85.39 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.941 181.047 155.952 1.00 85.39 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 145.850 181.014 154.501 1.00 85.39 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.805 179.992 155.285 1.00 85.39 C ATOM 1380 N SER 169 145.654 181.169 159.430 1.00 72.81 N ATOM 1381 CA SER 169 145.669 180.495 160.737 1.00 72.81 C ATOM 1382 C SER 169 144.276 180.224 161.325 1.00 72.81 C ATOM 1383 CB SER 169 146.551 181.282 161.712 1.00 72.81 C ATOM 1384 O SER 169 144.176 179.668 162.418 1.00 72.81 O ATOM 1385 OG SER 169 147.884 181.286 161.230 1.00 72.81 O ATOM 1386 N GLY 170 143.201 180.557 160.601 1.00 76.49 N ATOM 1387 CA GLY 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