####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS267_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS267_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 68 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 40 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 58 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 29 106 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 7 57 118 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 68 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 42 107 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 7 114 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 38 102 120 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 54 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 106 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 35 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 48 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 70 108 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 68 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 55 103 124 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 58 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 48 100 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 120 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 109 126 131 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 80.74 93.33 97.04 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.58 0.75 0.83 0.86 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 1.19 0.99 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.897 0 0.022 0.022 0.930 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.896 0 0.090 0.169 2.089 81.818 68.283 2.089 LGA W 167 W 167 0.536 0 0.103 0.142 1.281 77.727 77.273 1.030 LGA I 168 I 168 1.099 0 0.064 1.595 4.587 70.455 53.409 4.587 LGA S 169 S 169 2.433 0 0.675 0.577 5.282 44.545 31.515 5.282 LGA G 170 G 170 0.708 0 0.143 0.143 1.354 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.903 0 0.054 1.261 4.911 77.727 60.455 1.523 LGA A 172 A 172 0.913 0 0.052 0.073 1.047 86.364 82.182 - LGA P 173 P 173 0.464 0 0.019 0.112 1.035 95.455 84.935 1.035 LGA Y 174 Y 174 0.462 0 0.046 0.149 1.085 100.000 86.515 1.085 LGA G 175 G 175 0.455 0 0.054 0.054 0.486 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.596 0 0.076 0.135 0.670 86.364 92.424 0.133 LGA Q 177 Q 177 0.949 0 0.055 0.158 1.325 81.818 80.000 0.818 LGA L 178 L 178 0.736 0 0.092 0.120 0.987 81.818 81.818 0.987 LGA N 179 N 179 1.075 0 0.172 0.759 4.865 73.636 44.091 4.865 LGA K 180 K 180 3.060 0 0.237 0.933 12.347 33.182 14.747 12.347 LGA K 181 K 181 1.847 0 0.385 0.982 8.920 70.000 32.929 8.920 LGA T 182 T 182 0.670 0 0.066 1.118 3.382 86.364 72.987 3.382 LGA S 183 S 183 1.098 0 0.128 0.116 1.572 69.545 63.333 1.572 LGA K 184 K 184 0.892 0 0.075 0.890 3.381 73.636 65.657 3.381 LGA L 185 L 185 0.668 0 0.061 0.080 0.723 81.818 88.636 0.446 LGA D 186 D 186 0.412 0 0.063 0.208 0.770 90.909 93.182 0.484 LGA P 187 P 187 0.652 0 0.000 0.000 1.242 77.727 79.481 0.659 LGA V 188 V 188 0.943 0 0.000 0.055 1.092 81.818 79.481 0.992 LGA E 189 E 189 0.982 0 0.000 0.203 1.667 81.818 72.929 1.667 LGA D 190 D 190 0.955 0 0.041 0.061 1.711 81.818 68.182 1.711 LGA E 191 E 191 0.604 0 0.055 0.148 0.810 90.909 87.879 0.810 LGA A 192 A 192 0.380 0 0.007 0.000 0.457 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.483 0 0.027 0.579 2.573 100.000 82.424 1.962 LGA V 194 V 194 0.371 0 0.054 0.053 0.614 100.000 97.403 0.458 LGA V 195 V 195 0.095 0 0.000 0.015 0.186 100.000 100.000 0.104 LGA Q 196 Q 196 0.248 0 0.020 0.212 1.383 100.000 90.303 1.049 LGA L 197 L 197 0.221 0 0.029 0.098 0.403 100.000 100.000 0.327 LGA I 198 I 198 0.041 0 0.105 0.116 0.501 95.455 97.727 0.205 LGA F 199 F 199 0.272 0 0.050 0.082 0.478 100.000 100.000 0.249 LGA N 200 N 200 0.320 0 0.025 0.633 1.529 100.000 89.545 1.529 LGA I 201 I 201 0.159 0 0.047 0.098 0.562 95.455 95.455 0.562 LGA F 202 F 202 0.295 0 0.067 0.099 0.685 95.455 91.736 0.658 LGA L 203 L 203 0.544 0 0.030 0.109 1.146 86.364 82.045 0.892 LGA N 204 N 204 0.233 0 0.069 0.067 1.278 95.455 84.545 1.130 LGA G 205 G 205 0.349 0 0.076 0.076 0.759 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.602 0 0.000 1.164 2.987 86.364 69.545 2.000 LGA N 207 N 207 1.385 0 0.076 0.374 1.932 61.818 56.364 1.800 LGA G 208 G 208 1.566 0 0.084 0.084 2.168 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.344 0 0.060 0.220 2.120 65.455 56.162 2.120 LGA D 210 D 210 1.232 0 0.023 0.800 2.634 65.455 55.455 2.634 LGA Y 211 Y 211 1.645 0 0.167 0.471 2.088 58.182 53.636 1.530 LGA S 212 S 212 2.145 0 0.687 0.709 5.787 39.545 28.182 5.787 LGA Y 213 Y 213 2.953 0 0.226 1.640 14.702 38.636 13.030 14.702 LGA A 215 A 215 0.937 0 0.227 0.243 1.980 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.485 0 0.035 0.219 0.589 95.455 93.182 0.589 LGA A 217 A 217 0.198 0 0.049 0.061 0.364 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.372 0 0.069 0.137 1.202 100.000 91.212 1.202 LGA H 219 H 219 0.327 0 0.024 0.102 0.611 100.000 94.545 0.611 LGA L 220 L 220 0.291 0 0.015 0.078 0.418 100.000 100.000 0.298 LGA T 221 T 221 0.165 0 0.034 0.042 0.462 100.000 100.000 0.147 LGA N 222 N 222 0.329 0 0.036 0.048 0.581 95.455 97.727 0.164 LGA L 223 L 223 0.582 0 0.047 0.086 0.948 86.364 84.091 0.931 LGA Q 224 Q 224 0.614 0 0.075 0.752 3.990 77.727 58.182 3.795 LGA I 225 I 225 0.482 0 0.058 0.092 0.482 100.000 100.000 0.249 LGA P 226 P 226 0.562 0 0.048 0.050 0.754 90.909 87.013 0.724 LGA T 227 T 227 0.224 0 0.039 0.247 0.782 100.000 97.403 0.362 LGA P 228 P 228 0.702 0 0.256 0.275 0.995 86.364 84.416 0.995 LGA S 229 S 229 0.680 0 0.138 0.128 0.798 86.364 84.848 0.798 LGA G 230 G 230 0.601 0 0.000 0.000 0.710 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.604 0 0.163 0.709 2.782 82.273 75.960 2.782 LGA K 232 K 232 0.397 0 0.158 0.836 2.969 95.455 76.364 2.969 LGA R 233 R 233 0.349 0 0.023 1.343 7.916 100.000 51.901 7.916 LGA W 234 W 234 0.148 0 0.113 0.155 0.536 95.455 98.701 0.194 LGA N 235 N 235 0.866 0 0.064 1.043 3.472 81.818 67.727 1.330 LGA Q 236 Q 236 0.681 0 0.034 0.937 3.492 81.818 71.111 1.408 LGA Y 237 Y 237 0.869 0 0.054 0.386 2.340 82.273 66.364 2.340 LGA T 238 T 238 0.639 0 0.016 0.258 0.948 81.818 81.818 0.948 LGA I 239 I 239 0.469 0 0.000 0.078 0.580 95.455 97.727 0.336 LGA K 240 K 240 0.747 0 0.083 0.479 3.402 81.818 65.051 3.402 LGA A 241 A 241 0.930 0 0.101 0.110 1.246 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.295 0 0.059 0.070 0.888 100.000 93.182 0.888 LGA L 243 L 243 0.260 0 0.006 0.133 0.547 95.455 97.727 0.280 LGA Q 244 Q 244 0.543 0 0.120 0.482 1.749 82.273 79.192 1.521 LGA N 245 N 245 0.503 0 0.000 0.150 0.767 86.364 86.364 0.767 LGA E 246 E 246 0.368 0 0.000 0.410 1.253 100.000 88.283 1.253 LGA V 247 V 247 0.116 0 0.046 0.147 0.358 100.000 100.000 0.358 LGA Y 248 Y 248 0.322 0 0.028 0.113 0.766 100.000 93.939 0.766 LGA I 249 I 249 0.454 0 0.000 0.037 0.660 95.455 88.636 0.660 LGA G 250 G 250 0.163 0 0.044 0.044 0.462 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.392 0 0.051 0.093 0.499 100.000 100.000 0.398 LGA V 252 V 252 0.359 0 0.072 0.109 0.820 95.455 97.403 0.447 LGA K 253 K 253 0.405 0 0.043 0.142 1.196 95.455 88.081 1.196 LGA Y 254 Y 254 0.600 0 0.048 0.397 2.431 81.818 70.303 2.431 LGA K 255 K 255 0.392 0 0.111 0.942 6.193 90.909 55.960 6.193 LGA V 256 V 256 0.471 0 0.087 0.124 0.511 100.000 97.403 0.511 LGA R 257 R 257 0.388 0 0.060 1.176 5.136 90.909 55.372 5.006 LGA E 258 E 258 0.543 0 0.106 1.275 5.453 82.273 51.717 5.453 LGA K 259 K 259 0.546 0 0.032 0.123 1.740 90.909 78.788 1.740 LGA T 260 T 260 0.896 0 0.022 0.119 1.299 77.727 72.468 1.299 LGA K 261 K 261 1.189 0 0.096 0.848 5.429 65.909 47.879 5.429 LGA D 262 D 262 2.027 0 0.067 0.563 3.004 38.636 35.909 3.004 LGA G 263 G 263 1.451 0 0.152 0.152 1.514 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.439 0 0.053 0.422 2.303 61.818 60.808 2.303 LGA R 265 R 265 0.949 0 0.154 0.996 3.664 65.909 52.727 2.969 LGA T 266 T 266 1.066 0 0.048 0.166 1.536 77.727 72.727 0.768 LGA I 267 I 267 0.963 0 0.077 0.121 1.604 77.727 69.773 1.604 LGA R 268 R 268 0.941 0 0.003 0.978 2.920 73.636 65.455 2.078 LGA P 269 P 269 1.423 0 0.000 0.019 1.548 65.455 63.377 1.468 LGA E 270 E 270 1.404 0 0.040 0.848 3.561 65.455 53.333 2.403 LGA K 271 K 271 1.478 0 0.132 0.727 3.894 61.818 46.869 3.894 LGA E 272 E 272 1.095 0 0.180 0.156 2.371 65.455 54.747 2.371 LGA Q 273 Q 273 1.147 0 0.084 0.147 1.584 61.818 63.838 1.126 LGA I 274 I 274 0.766 0 0.045 0.094 1.134 81.818 79.773 1.134 LGA V 275 V 275 0.438 0 0.031 0.034 0.508 100.000 97.403 0.447 LGA V 276 V 276 0.352 0 0.000 0.045 0.417 100.000 100.000 0.417 LGA Q 277 Q 277 0.267 0 0.058 0.704 3.345 100.000 77.172 3.345 LGA D 278 D 278 0.141 0 0.029 0.193 0.918 100.000 97.727 0.918 LGA A 279 A 279 0.273 0 0.025 0.044 0.305 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.166 0 0.040 0.142 0.415 100.000 100.000 0.287 LGA A 281 A 281 0.349 0 0.000 0.000 0.510 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.356 0 0.022 0.039 0.590 100.000 94.805 0.590 LGA I 283 I 283 0.433 0 0.018 0.056 0.568 95.455 95.455 0.445 LGA I 284 I 284 0.449 0 0.000 0.118 0.570 90.909 95.455 0.252 LGA D 285 D 285 0.965 0 0.098 1.015 3.750 77.727 61.136 1.730 LGA K 286 K 286 0.977 0 0.063 0.305 1.117 73.636 74.545 0.962 LGA E 287 E 287 1.076 0 0.049 0.557 2.266 65.455 60.808 2.266 LGA Q 288 Q 288 0.844 0 0.000 0.446 1.717 81.818 78.384 0.532 LGA F 289 F 289 0.788 0 0.046 0.122 0.957 81.818 81.818 0.920 LGA Q 290 Q 290 1.067 0 0.009 0.421 1.568 69.545 65.657 1.297 LGA Q 291 Q 291 0.869 0 0.000 0.291 1.295 81.818 80.000 1.295 LGA S 292 S 292 0.736 0 0.062 0.678 2.596 81.818 72.727 2.596 LGA Q 293 Q 293 1.022 0 0.033 0.202 1.316 69.545 67.273 1.316 LGA V 294 V 294 1.112 0 0.035 0.049 1.326 69.545 67.792 1.074 LGA K 295 K 295 0.803 0 0.145 0.236 1.459 77.727 86.061 0.600 LGA I 296 I 296 0.951 0 0.053 0.079 1.389 73.636 75.682 0.774 LGA A 297 A 297 1.532 0 0.149 0.175 2.055 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 0.489 0 0.034 0.533 1.817 74.545 74.318 1.817 LGA K 299 K 299 2.370 0 0.185 0.803 14.008 63.636 28.485 14.008 LGA V 300 V 300 2.883 0 0.140 0.200 6.227 38.636 22.597 6.227 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.957 0.927 1.896 83.195 76.408 60.321 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 94.444 97.628 12.772 LGA_LOCAL RMSD: 0.957 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.957 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.957 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.969821 * X + -0.040162 * Y + -0.240487 * Z + 156.907349 Y_new = 0.206038 * X + 0.662380 * Y + 0.720278 * Z + 154.513565 Z_new = 0.130367 * X + -0.748090 * Y + 0.650665 * Z + 143.737640 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.209337 -0.130739 -0.854937 [DEG: 11.9941 -7.4908 -48.9843 ] ZXZ: -2.819349 0.862336 2.969059 [DEG: -161.5368 49.4082 170.1146 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS267_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS267_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.628 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS267_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.801 187.052 153.577 1.00 91.43 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.116 187.751 154.669 1.00 91.43 C ATOM 1347 C GLY 165 150.584 187.618 154.657 1.00 91.43 C ATOM 1348 O GLY 165 149.902 188.376 155.342 1.00 91.43 O ATOM 1349 N LYS 166 150.013 186.681 153.886 1.00 91.45 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.565 186.404 153.880 1.00 91.45 C ATOM 1351 C LYS 166 148.181 185.605 155.135 1.00 91.45 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.138 185.675 152.588 1.00 91.45 C ATOM 1353 O LYS 166 148.822 184.606 155.476 1.00 91.45 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.367 186.467 151.284 1.00 91.45 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.985 185.652 150.026 1.00 91.45 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.115 186.499 148.746 1.00 91.45 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.877 185.726 147.492 1.00 91.45 N ATOM 1358 N TRP 167 147.102 185.994 155.812 1.00 92.72 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.646 185.343 157.041 1.00 92.72 C ATOM 1360 C TRP 167 145.865 184.057 156.747 1.00 92.72 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.847 186.311 157.911 1.00 92.72 C ATOM 1362 O TRP 167 144.703 184.067 156.348 1.00 92.72 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.431 185.726 159.228 1.00 92.72 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.231 185.167 159.510 1.00 92.72 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.206 185.644 160.463 1.00 92.72 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.396 185.039 161.469 1.00 92.72 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.505 186.041 160.839 1.00 92.72 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.208 184.765 160.832 1.00 92.72 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 147.144 185.264 163.128 1.00 92.72 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.844 184.849 162.783 1.00 92.72 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.971 185.856 162.157 1.00 92.72 C ATOM 1372 N ILE 168 146.517 182.919 156.989 1.00 88.09 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.972 181.572 156.741 1.00 88.09 C ATOM 1374 C ILE 168 145.770 180.736 158.020 1.00 88.09 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.852 180.835 155.716 1.00 88.09 C ATOM 1376 O ILE 168 145.539 179.523 157.950 1.00 88.09 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.301 180.691 156.233 1.00 88.09 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.814 181.537 154.347 1.00 88.09 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.983 179.490 155.592 1.00 88.09 C ATOM 1380 N SER 169 145.902 181.369 159.190 1.00 79.60 N ATOM 1381 CA SER 169 145.981 180.703 160.500 1.00 79.60 C ATOM 1382 C SER 169 144.623 180.412 161.156 1.00 79.60 C ATOM 1383 CB SER 169 146.904 181.501 161.430 1.00 79.60 C ATOM 1384 O SER 169 144.588 179.781 162.212 1.00 79.60 O ATOM 1385 OG SER 169 148.233 181.423 160.942 1.00 79.60 O ATOM 1386 N GLY 170 143.508 180.801 160.530 1.00 81.20 N ATOM 1387 CA GLY 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