####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS264_6-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_6-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.99 0.99 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 58 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 58 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 67 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 51 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 10 73 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 61 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 51 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 73 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 73 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 57 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 26 40 55 103 119 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 32 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 10 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 68 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 71 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 67 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 33 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 31 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 11 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 11 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 12 86 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 26 55 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 10 16 39 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 54 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 70 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 45 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 62 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 44 110 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 13 83 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 10 87 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 7 65 96 111 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 104 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 112 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 82.96 90.37 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.51 0.64 0.75 0.83 0.91 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 GDT RMS_ALL_AT 1.05 1.01 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 0.99 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.818 0 0.031 0.031 0.926 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.875 0 0.061 0.181 1.849 81.818 72.929 1.849 LGA W 167 W 167 0.605 0 0.047 0.103 0.859 81.818 85.714 0.575 LGA I 168 I 168 1.013 0 0.055 0.870 3.394 65.909 54.318 3.394 LGA S 169 S 169 1.471 0 0.136 0.496 4.708 66.818 49.394 4.708 LGA G 170 G 170 1.114 0 0.246 0.246 1.252 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.997 0 0.030 1.321 4.145 86.364 66.591 1.039 LGA A 172 A 172 0.474 0 0.044 0.054 0.642 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.446 0 0.013 0.115 1.006 100.000 89.870 1.006 LGA Y 174 Y 174 0.487 0 0.039 0.177 0.901 95.455 86.364 0.901 LGA G 175 G 175 0.225 0 0.055 0.055 0.265 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.192 0 0.036 0.148 0.346 100.000 100.000 0.153 LGA Q 177 Q 177 0.522 0 0.053 0.252 0.877 90.909 89.899 0.775 LGA L 178 L 178 0.530 0 0.084 0.111 0.958 90.909 86.364 0.958 LGA N 179 N 179 0.841 0 0.194 0.602 4.239 70.909 45.455 4.239 LGA K 180 K 180 4.397 0 0.285 0.970 14.200 13.182 5.859 14.200 LGA K 181 K 181 0.824 0 0.365 1.243 9.116 90.909 45.859 9.116 LGA T 182 T 182 0.511 0 0.051 1.105 3.342 82.273 68.312 3.342 LGA S 183 S 183 1.225 0 0.127 0.116 1.587 69.545 63.333 1.517 LGA K 184 K 184 1.153 0 0.058 0.820 2.219 69.545 64.444 2.219 LGA L 185 L 185 0.537 0 0.062 0.072 0.561 86.364 88.636 0.503 LGA D 186 D 186 0.086 0 0.055 0.091 0.608 100.000 95.455 0.608 LGA P 187 P 187 0.498 0 0.000 0.366 1.159 86.818 87.273 0.602 LGA V 188 V 188 0.707 0 0.000 0.029 0.807 81.818 81.818 0.807 LGA E 189 E 189 0.746 0 0.002 0.319 1.643 81.818 78.384 1.643 LGA D 190 D 190 0.705 0 0.031 0.054 0.896 86.364 84.091 0.896 LGA E 191 E 191 0.489 0 0.038 0.068 0.738 95.455 91.919 0.738 LGA A 192 A 192 0.334 0 0.000 0.000 0.427 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.348 0 0.021 0.648 2.806 100.000 83.838 2.525 LGA V 194 V 194 0.343 0 0.036 0.053 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA V 195 V 195 0.107 0 0.000 0.000 0.185 100.000 100.000 0.132 LGA Q 196 Q 196 0.242 0 0.022 0.266 1.431 100.000 88.485 1.165 LGA L 197 L 197 0.266 0 0.028 0.043 0.448 100.000 100.000 0.428 LGA I 198 I 198 0.254 0 0.083 0.094 0.423 100.000 100.000 0.347 LGA F 199 F 199 0.260 0 0.043 0.078 0.371 100.000 100.000 0.133 LGA N 200 N 200 0.303 0 0.044 0.784 2.708 100.000 84.318 2.708 LGA I 201 I 201 0.124 0 0.027 0.052 0.203 100.000 100.000 0.123 LGA F 202 F 202 0.157 0 0.000 0.035 0.538 100.000 98.347 0.538 LGA L 203 L 203 0.382 0 0.022 0.069 0.827 100.000 93.182 0.801 LGA N 204 N 204 0.289 0 0.036 0.105 1.276 100.000 88.864 0.928 LGA G 205 G 205 0.437 0 0.055 0.055 0.522 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.660 0 0.038 0.334 1.113 77.727 82.273 0.326 LGA N 207 N 207 1.448 0 0.063 0.279 2.363 61.818 54.773 1.898 LGA G 208 G 208 1.336 0 0.000 0.000 1.481 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.430 0 0.046 0.204 1.889 65.455 57.374 1.647 LGA D 210 D 210 1.298 0 0.078 0.794 1.949 65.455 61.818 1.790 LGA Y 211 Y 211 1.814 0 0.126 0.403 2.114 54.545 50.000 1.603 LGA S 212 S 212 2.321 0 0.689 0.756 6.028 34.545 23.939 6.028 LGA Y 213 Y 213 2.897 0 0.162 1.629 14.786 41.818 14.091 14.786 LGA A 215 A 215 1.012 0 0.210 0.226 1.993 86.818 79.636 - LGA I 216 I 216 0.379 0 0.025 0.179 0.477 100.000 100.000 0.438 LGA A 217 A 217 0.239 0 0.040 0.051 0.330 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.491 0 0.049 0.096 1.272 100.000 91.212 1.272 LGA H 219 H 219 0.260 0 0.022 0.033 0.450 100.000 100.000 0.450 LGA L 220 L 220 0.204 0 0.025 0.089 0.431 100.000 100.000 0.431 LGA T 221 T 221 0.208 0 0.000 0.037 0.346 100.000 100.000 0.282 LGA N 222 N 222 0.251 0 0.035 0.039 0.446 100.000 100.000 0.333 LGA L 223 L 223 0.457 0 0.039 0.051 0.781 100.000 93.182 0.697 LGA Q 224 Q 224 0.533 0 0.028 0.797 4.125 86.364 63.434 4.125 LGA I 225 I 225 0.612 0 0.054 0.138 0.669 81.818 88.636 0.292 LGA P 226 P 226 0.746 0 0.062 0.067 0.885 81.818 81.818 0.862 LGA T 227 T 227 0.155 0 0.033 0.156 0.474 100.000 100.000 0.251 LGA P 228 P 228 0.659 0 0.084 0.085 0.886 90.909 87.013 0.886 LGA S 229 S 229 0.534 0 0.124 0.120 1.063 86.364 82.121 1.063 LGA G 230 G 230 0.518 0 0.053 0.053 1.051 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.821 0 0.117 0.682 3.325 73.636 69.293 3.325 LGA K 232 K 232 0.676 0 0.121 0.867 3.655 77.727 61.212 3.655 LGA R 233 R 233 0.393 0 0.019 0.957 4.446 95.455 60.331 4.446 LGA W 234 W 234 0.213 0 0.056 0.115 0.632 100.000 97.403 0.407 LGA N 235 N 235 0.596 0 0.012 0.835 2.226 86.364 76.591 2.226 LGA Q 236 Q 236 0.459 0 0.033 0.852 3.490 90.909 78.990 0.553 LGA Y 237 Y 237 0.632 0 0.044 0.391 2.165 86.364 70.455 2.165 LGA T 238 T 238 0.475 0 0.022 0.292 1.006 100.000 92.468 1.006 LGA I 239 I 239 0.306 0 0.012 0.082 0.422 100.000 100.000 0.365 LGA K 240 K 240 0.454 0 0.066 0.590 3.993 100.000 74.343 3.993 LGA A 241 A 241 0.497 0 0.057 0.061 0.596 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.356 0 0.048 0.067 0.929 100.000 90.909 0.929 LGA L 243 L 243 0.209 0 0.031 0.139 0.564 95.455 97.727 0.200 LGA Q 244 Q 244 0.280 0 0.017 0.304 1.326 95.455 88.283 1.326 LGA N 245 N 245 0.372 0 0.000 0.092 0.646 100.000 95.455 0.646 LGA E 246 E 246 0.400 0 0.000 0.603 1.837 100.000 88.687 1.429 LGA V 247 V 247 0.250 0 0.024 0.061 0.283 100.000 100.000 0.136 LGA Y 248 Y 248 0.356 0 0.000 0.102 1.092 100.000 88.030 1.092 LGA I 249 I 249 0.345 0 0.070 0.092 0.511 100.000 97.727 0.469 LGA G 250 G 250 0.265 0 0.047 0.047 0.336 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.183 0 0.044 0.044 0.361 100.000 100.000 0.361 LGA V 252 V 252 0.192 0 0.050 0.126 0.632 95.455 94.805 0.632 LGA K 253 K 253 0.477 0 0.021 0.136 0.634 90.909 87.879 0.629 LGA Y 254 Y 254 0.696 0 0.046 0.354 2.542 81.818 68.030 2.542 LGA K 255 K 255 0.831 0 0.063 0.117 1.047 81.818 80.000 1.047 LGA V 256 V 256 0.701 0 0.082 0.097 0.799 81.818 81.818 0.799 LGA R 257 R 257 1.055 0 0.087 1.098 6.549 65.455 41.488 4.499 LGA E 258 E 258 1.063 0 0.043 0.957 4.608 69.545 48.283 4.608 LGA K 259 K 259 1.660 0 0.000 0.215 2.270 54.545 46.869 2.224 LGA T 260 T 260 1.562 0 0.019 0.091 2.034 47.727 55.325 1.453 LGA K 261 K 261 2.308 0 0.015 0.980 8.614 38.636 23.434 8.614 LGA D 262 D 262 2.035 0 0.076 0.562 2.927 44.545 38.864 2.927 LGA G 263 G 263 2.139 0 0.108 0.108 2.407 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.592 0 0.000 0.456 1.730 54.545 61.212 0.395 LGA R 265 R 265 1.485 0 0.072 1.021 3.573 61.818 55.537 3.573 LGA T 266 T 266 1.073 0 0.000 0.105 1.217 69.545 72.468 1.028 LGA I 267 I 267 0.818 0 0.033 0.084 0.930 81.818 81.818 0.895 LGA R 268 R 268 0.444 0 0.000 0.971 2.354 95.455 75.868 2.354 LGA P 269 P 269 0.214 0 0.000 0.000 0.251 100.000 100.000 0.236 LGA E 270 E 270 0.270 0 0.013 0.875 3.242 100.000 76.566 2.468 LGA K 271 K 271 0.360 0 0.056 0.727 5.161 100.000 64.242 5.161 LGA E 272 E 272 0.302 0 0.051 0.092 1.367 100.000 86.465 1.367 LGA Q 273 Q 273 0.415 0 0.032 0.090 0.769 95.455 91.919 0.654 LGA I 274 I 274 0.417 0 0.051 0.073 0.576 95.455 95.455 0.576 LGA V 275 V 275 0.159 0 0.014 0.020 0.258 100.000 100.000 0.223 LGA V 276 V 276 0.375 0 0.000 0.040 0.579 100.000 94.805 0.566 LGA Q 277 Q 277 0.362 0 0.042 0.649 3.395 100.000 73.939 3.395 LGA D 278 D 278 0.284 0 0.023 0.150 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA A 279 A 279 0.350 0 0.016 0.046 0.407 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.206 0 0.035 0.232 0.647 100.000 94.545 0.647 LGA A 281 A 281 0.253 0 0.000 0.000 0.329 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.340 0 0.006 0.027 0.517 100.000 97.403 0.517 LGA I 283 I 283 0.531 0 0.048 0.081 0.844 86.364 86.364 0.597 LGA I 284 I 284 0.511 0 0.000 0.069 0.552 90.909 95.455 0.359 LGA D 285 D 285 0.746 0 0.028 0.558 1.708 81.818 75.909 1.708 LGA K 286 K 286 0.738 0 0.003 0.287 1.302 81.818 80.000 1.302 LGA E 287 E 287 0.771 0 0.029 0.253 0.913 81.818 81.818 0.658 LGA Q 288 Q 288 0.578 0 0.000 0.213 1.579 86.364 76.768 1.302 LGA F 289 F 289 0.576 0 0.034 0.111 0.830 81.818 81.818 0.810 LGA Q 290 Q 290 0.737 0 0.000 1.099 3.435 81.818 71.111 3.435 LGA Q 291 Q 291 0.515 0 0.000 0.221 1.013 90.909 84.040 1.013 LGA S 292 S 292 0.311 0 0.056 0.064 0.481 100.000 100.000 0.261 LGA Q 293 Q 293 0.689 0 0.041 0.237 1.063 77.727 76.364 1.063 LGA V 294 V 294 0.931 0 0.012 0.054 1.055 81.818 79.481 0.953 LGA K 295 K 295 0.614 0 0.045 0.202 1.104 77.727 86.061 0.741 LGA I 296 I 296 1.018 0 0.023 0.074 1.613 65.909 71.818 0.633 LGA A 297 A 297 1.754 0 0.116 0.142 2.688 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.627 0 0.045 0.530 2.796 45.455 59.545 1.283 LGA K 299 K 299 3.603 0 0.341 1.108 14.270 31.818 14.141 14.270 LGA V 300 V 300 2.411 0 0.167 0.191 4.772 44.545 27.532 4.730 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.988 0.954 1.897 84.818 78.928 63.499 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.99 94.630 97.433 12.409 LGA_LOCAL RMSD: 0.988 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.988 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.988 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.022440 * X + -0.423463 * Y + 0.905636 * Z + 154.810562 Y_new = 0.093964 * X + -0.900961 * Y + -0.423605 * Z + 150.890945 Z_new = 0.995323 * X + 0.094602 * Y + 0.019573 * Z + 144.634323 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.336372 -1.474039 1.366782 [DEG: 76.5685 -84.4562 78.3108 ] ZXZ: 1.133286 1.551223 1.476034 [DEG: 64.9325 88.8785 84.5705 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS264_6-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_6-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.99 97.433 0.99 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS264_6-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 6 PARENT N/A ATOM 5781 N GLY 165 152.906 186.850 153.635 1.00 85.32 N ATOM 5782 CA GLY 165 152.195 187.597 154.682 1.00 85.56 C ATOM 5783 C GLY 165 150.677 187.403 154.682 1.00 87.17 C ATOM 5784 O GLY 165 149.960 188.159 155.337 1.00 84.63 O ATOM 5785 N LYS 166 150.157 186.410 153.960 1.00 86.36 N ATOM 5786 CA LYS 166 148.726 186.089 153.932 1.00 86.31 C ATOM 5787 C LYS 166 148.328 185.329 155.205 1.00 87.29 C ATOM 5788 O LYS 166 149.052 184.449 155.670 1.00 85.42 O ATOM 5789 CB LYS 166 148.358 185.313 152.649 1.00 84.84 C ATOM 5790 CG LYS 166 148.597 186.122 151.352 1.00 81.83 C ATOM 5791 CD LYS 166 148.206 185.373 150.069 1.00 78.89 C ATOM 5792 CE LYS 166 148.454 186.261 148.836 1.00 73.92 C ATOM 5793 NZ LYS 166 148.119 185.635 147.526 1.00 67.48 N ATOM 5794 N TRP 167 147.160 185.649 155.748 1.00 87.14 N ATOM 5795 CA TRP 167 146.602 184.940 156.901 1.00 87.73 C ATOM 5796 C TRP 167 145.849 183.692 156.446 1.00 87.26 C ATOM 5797 O TRP 167 144.846 183.782 155.743 1.00 84.57 O ATOM 5798 CB TRP 167 145.704 185.875 157.703 1.00 87.16 C ATOM 5799 CG TRP 167 145.255 185.288 159.000 1.00 87.55 C ATOM 5800 CD1 TRP 167 144.121 184.587 159.204 1.00 84.54 C ATOM 5801 CD2 TRP 167 145.962 185.313 160.279 1.00 86.10 C ATOM 5802 NE1 TRP 167 144.066 184.181 160.534 1.00 84.24 N ATOM 5803 CE2 TRP 167 145.173 184.603 161.219 1.00 85.42 C ATOM 5804 CE3 TRP 167 147.179 185.871 160.714 1.00 85.41 C ATOM 5805 CZ2 TRP 167 145.589 184.444 162.560 1.00 85.14 C ATOM 5806 CZ3 TRP 167 147.585 185.715 162.046 1.00 83.53 C ATOM 5807 CH2 TRP 167 146.796 185.003 162.957 1.00 82.94 C ATOM 5808 N ILE 168 146.325 182.530 156.861 1.00 84.62 N ATOM 5809 CA ILE 168 145.835 181.220 156.396 1.00 82.95 C ATOM 5810 C ILE 168 145.197 180.410 157.526 1.00 81.93 C ATOM 5811 O ILE 168 144.568 179.380 157.299 1.00 76.22 O ATOM 5812 CB ILE 168 146.989 180.427 155.749 1.00 79.73 C ATOM 5813 CG1 ILE 168 147.913 181.319 154.882 1.00 75.85 C ATOM 5814 CG2 ILE 168 146.434 179.296 154.864 1.00 72.97 C ATOM 5815 CD1 ILE 168 149.217 180.608 154.552 1.00 69.24 C ATOM 5816 N SER 169 145.361 180.861 158.750 1.00 81.03 N ATOM 5817 CA SER 169 144.795 180.218 159.929 1.00 79.38 C ATOM 5818 C SER 169 143.301 180.524 160.082 1.00 78.26 C ATOM 5819 O SER 169 142.700 181.163 159.226 1.00 72.42 O ATOM 5820 CB SER 169 145.628 180.614 161.147 1.00 75.99 C ATOM 5821 OG SER 169 145.450 179.676 162.165 1.00 71.28 O ATOM 5822 N GLY 170 142.687 180.039 161.163 1.00 76.67 N ATOM 5823 CA GLY 170 141.250 180.168 161.395 1.00 75.52 C ATOM 5824 C GLY 170 140.773 181.598 161.658 1.00 78.49 C ATOM 5825 O GLY 170 140.815 182.459 160.791 1.00 74.78 O ATOM 5826 N LEU 171 140.309 181.852 162.886 1.00 79.79 N ATOM 5827 CA LEU 171 139.830 183.172 163.282 1.00 79.46 C ATOM 5828 C LEU 171 140.964 184.200 163.216 1.00 80.80 C ATOM 5829 O LEU 171 142.070 183.939 163.693 1.00 78.80 O ATOM 5830 CB LEU 171 139.238 183.104 164.704 1.00 76.31 C ATOM 5831 CG LEU 171 137.917 182.316 164.784 1.00 71.96 C ATOM 5832 CD1 LEU 171 137.623 181.918 166.225 1.00 66.55 C ATOM 5833 CD2 LEU 171 136.737 183.148 164.267 1.00 65.31 C ATOM 5834 N ALA 172 140.652 185.366 162.658 1.00 83.24 N ATOM 5835 CA ALA 172 141.550 186.508 162.724 1.00 83.93 C ATOM 5836 C ALA 172 141.789 186.917 164.193 1.00 84.99 C ATOM 5837 O ALA 172 140.896 186.737 165.028 1.00 83.19 O ATOM 5838 CB ALA 172 140.952 187.649 161.899 1.00 81.90 C ATOM 5839 N PRO 173 142.964 187.456 164.536 1.00 86.05 N ATOM 5840 CA PRO 173 143.209 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