####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS264_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.02 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 63 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 43 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 67 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 55 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 12 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 63 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 63 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 43 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 3 4 106 125 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 5 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 67 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 28 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 13 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 73 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 68 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 75 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 28 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 28 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 9 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 9 109 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 12 85 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 3 24 61 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 10 17 27 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 56 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 70 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 55 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 66 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 49 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 9 66 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 12 71 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 7 9 100 114 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 81 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 110 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 81.48 89.63 94.07 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.62 0.72 0.86 0.90 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.08 1.05 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.820 0 0.012 0.012 0.924 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.890 0 0.062 0.162 1.653 81.818 72.929 1.653 LGA W 167 W 167 0.629 0 0.040 0.116 0.824 81.818 85.714 0.645 LGA I 168 I 168 1.076 0 0.097 0.802 3.278 65.909 52.727 3.278 LGA S 169 S 169 1.351 0 0.022 0.113 3.133 69.545 55.758 3.133 LGA G 170 G 170 1.091 0 0.142 0.142 1.404 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.965 0 0.000 1.324 4.433 82.273 64.545 1.044 LGA A 172 A 172 0.521 0 0.039 0.046 0.671 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.269 0 0.038 0.334 1.491 100.000 92.468 1.491 LGA Y 174 Y 174 0.440 0 0.039 0.179 0.981 90.909 84.848 0.981 LGA G 175 G 175 0.248 0 0.063 0.063 0.248 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.241 0 0.031 0.153 0.392 100.000 100.000 0.103 LGA Q 177 Q 177 0.534 0 0.050 0.266 1.012 86.364 82.020 0.794 LGA L 178 L 178 0.466 0 0.079 0.097 0.904 90.909 90.909 0.904 LGA N 179 N 179 0.897 0 0.173 0.625 4.434 70.909 44.545 4.434 LGA K 180 K 180 4.015 0 0.290 0.971 13.825 19.091 8.485 13.825 LGA K 181 K 181 1.166 0 0.374 1.019 8.009 86.818 43.636 8.009 LGA T 182 T 182 0.521 0 0.052 1.110 3.336 82.273 70.649 3.336 LGA S 183 S 183 1.157 0 0.134 0.121 1.532 69.545 65.758 1.440 LGA K 184 K 184 1.135 0 0.060 0.831 2.407 69.545 64.444 2.407 LGA L 185 L 185 0.498 0 0.057 0.070 0.539 90.909 95.455 0.429 LGA D 186 D 186 0.025 0 0.058 0.092 0.556 100.000 95.455 0.556 LGA P 187 P 187 0.478 0 0.000 0.362 1.192 86.818 87.273 0.640 LGA V 188 V 188 0.759 0 0.000 0.028 0.874 81.818 81.818 0.874 LGA E 189 E 189 0.819 0 0.000 0.315 1.736 81.818 76.566 1.736 LGA D 190 D 190 0.803 0 0.034 0.057 1.085 81.818 75.682 1.085 LGA E 191 E 191 0.557 0 0.044 0.081 0.940 90.909 85.859 0.940 LGA A 192 A 192 0.381 0 0.000 0.000 0.477 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.410 0 0.025 0.651 2.921 100.000 79.798 2.666 LGA V 194 V 194 0.377 0 0.032 0.050 0.442 100.000 100.000 0.430 LGA V 195 V 195 0.129 0 0.000 0.000 0.222 100.000 100.000 0.140 LGA Q 196 Q 196 0.280 0 0.027 0.280 1.568 100.000 86.869 1.317 LGA L 197 L 197 0.300 0 0.000 0.036 0.492 100.000 100.000 0.457 LGA I 198 I 198 0.256 0 0.087 0.096 0.399 100.000 100.000 0.332 LGA F 199 F 199 0.297 0 0.044 0.083 0.384 100.000 100.000 0.122 LGA N 200 N 200 0.390 0 0.044 1.127 3.922 100.000 76.591 3.922 LGA I 201 I 201 0.177 0 0.026 0.055 0.257 100.000 100.000 0.122 LGA F 202 F 202 0.185 0 0.000 0.032 0.502 100.000 98.347 0.502 LGA L 203 L 203 0.432 0 0.000 0.064 0.889 100.000 90.909 0.848 LGA N 204 N 204 0.357 0 0.034 0.095 1.270 100.000 88.864 0.999 LGA G 205 G 205 0.362 0 0.045 0.045 0.469 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.585 0 0.000 0.052 0.967 81.818 90.909 0.048 LGA N 207 N 207 1.288 0 0.058 0.263 1.819 65.455 63.636 1.495 LGA G 208 G 208 1.443 0 0.000 0.000 1.628 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.498 0 0.046 0.661 1.901 65.455 66.263 1.901 LGA D 210 D 210 1.315 0 0.083 0.485 1.372 65.455 69.545 1.004 LGA Y 211 Y 211 1.791 0 0.124 0.399 2.022 54.545 51.061 1.521 LGA S 212 S 212 2.242 0 0.690 0.758 5.864 34.545 24.848 5.864 LGA Y 213 Y 213 2.953 0 0.157 1.623 14.833 41.818 14.091 14.833 LGA A 215 A 215 0.993 0 0.205 0.221 2.004 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.354 0 0.025 0.177 0.475 100.000 100.000 0.475 LGA A 217 A 217 0.212 0 0.039 0.049 0.307 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.491 0 0.052 0.099 1.268 100.000 91.212 1.268 LGA H 219 H 219 0.250 0 0.026 0.036 0.346 100.000 100.000 0.346 LGA L 220 L 220 0.236 0 0.014 0.085 0.427 100.000 100.000 0.427 LGA T 221 T 221 0.224 0 0.000 0.039 0.362 100.000 100.000 0.273 LGA N 222 N 222 0.292 0 0.037 0.051 0.460 100.000 100.000 0.384 LGA L 223 L 223 0.464 0 0.035 0.052 0.791 100.000 90.909 0.700 LGA Q 224 Q 224 0.522 0 0.030 0.794 4.208 86.364 63.434 4.208 LGA I 225 I 225 0.576 0 0.051 0.142 0.627 81.818 88.636 0.209 LGA P 226 P 226 0.695 0 0.060 0.069 0.856 81.818 81.818 0.826 LGA T 227 T 227 0.197 0 0.034 0.152 0.434 100.000 100.000 0.241 LGA P 228 P 228 0.777 0 0.085 0.085 0.937 81.818 81.818 0.937 LGA S 229 S 229 0.709 0 0.128 0.121 0.998 86.364 84.848 0.998 LGA G 230 G 230 0.459 0 0.078 0.078 0.885 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.598 0 0.106 0.682 3.158 82.273 74.949 3.158 LGA K 232 K 232 0.611 0 0.151 0.865 3.854 86.364 65.051 3.854 LGA R 233 R 233 0.312 0 0.031 1.381 8.331 100.000 51.570 8.331 LGA W 234 W 234 0.219 0 0.055 0.109 0.607 100.000 97.403 0.380 LGA N 235 N 235 0.574 0 0.020 0.835 2.219 86.364 76.591 2.219 LGA Q 236 Q 236 0.393 0 0.037 0.867 3.561 95.455 80.202 0.520 LGA Y 237 Y 237 0.696 0 0.040 0.393 2.077 86.364 70.455 2.077 LGA T 238 T 238 0.515 0 0.028 0.290 1.048 95.455 87.273 1.048 LGA I 239 I 239 0.317 0 0.013 0.089 0.434 100.000 100.000 0.389 LGA K 240 K 240 0.509 0 0.064 0.577 4.014 86.364 67.677 4.014 LGA A 241 A 241 0.557 0 0.062 0.064 0.660 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.288 0 0.047 0.065 0.901 100.000 90.909 0.901 LGA L 243 L 243 0.212 0 0.021 0.127 0.583 95.455 97.727 0.236 LGA Q 244 Q 244 0.351 0 0.027 0.313 1.347 95.455 88.283 1.347 LGA N 245 N 245 0.398 0 0.000 0.087 0.652 100.000 95.455 0.652 LGA E 246 E 246 0.406 0 0.001 0.611 1.808 100.000 88.687 1.422 LGA V 247 V 247 0.228 0 0.025 0.064 0.274 100.000 100.000 0.143 LGA Y 248 Y 248 0.338 0 0.016 0.098 1.044 100.000 89.545 1.044 LGA I 249 I 249 0.322 0 0.077 0.104 0.505 100.000 97.727 0.478 LGA G 250 G 250 0.218 0 0.041 0.041 0.299 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.236 0 0.040 0.047 0.429 100.000 100.000 0.393 LGA V 252 V 252 0.265 0 0.054 0.126 0.647 95.455 94.805 0.647 LGA K 253 K 253 0.338 0 0.010 0.130 0.493 100.000 100.000 0.419 LGA Y 254 Y 254 0.602 0 0.043 0.368 2.611 90.909 73.788 2.611 LGA K 255 K 255 0.813 0 0.056 0.130 0.902 81.818 81.818 0.902 LGA V 256 V 256 0.810 0 0.081 0.093 0.950 81.818 81.818 0.950 LGA R 257 R 257 1.109 0 0.095 1.093 5.996 65.455 44.298 3.746 LGA E 258 E 258 1.168 0 0.059 0.944 4.689 61.818 44.848 4.689 LGA K 259 K 259 1.798 0 0.000 0.122 3.182 50.909 39.192 3.182 LGA T 260 T 260 1.790 0 0.026 0.172 2.267 44.545 47.273 1.735 LGA K 261 K 261 2.691 0 0.019 0.924 8.761 27.727 17.374 8.761 LGA D 262 D 262 2.479 0 0.073 0.318 2.479 38.182 44.773 1.637 LGA G 263 G 263 2.380 0 0.110 0.110 2.554 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.643 0 0.000 0.304 1.801 50.909 62.828 0.414 LGA R 265 R 265 1.516 0 0.094 1.012 3.536 58.182 54.215 3.536 LGA T 266 T 266 1.111 0 0.000 0.110 1.274 65.455 67.792 1.069 LGA I 267 I 267 0.836 0 0.027 0.083 0.947 81.818 81.818 0.947 LGA R 268 R 268 0.509 0 0.000 0.965 2.552 90.909 71.736 2.274 LGA P 269 P 269 0.259 0 0.000 0.010 0.359 100.000 100.000 0.359 LGA E 270 E 270 0.305 0 0.000 0.884 3.257 100.000 76.566 2.432 LGA K 271 K 271 0.374 0 0.043 0.664 3.874 100.000 67.879 3.534 LGA E 272 E 272 0.306 0 0.053 0.098 1.520 100.000 82.828 1.520 LGA Q 273 Q 273 0.372 0 0.026 0.076 0.764 100.000 93.939 0.711 LGA I 274 I 274 0.382 0 0.049 0.072 0.573 100.000 97.727 0.573 LGA V 275 V 275 0.159 0 0.000 0.013 0.350 100.000 100.000 0.350 LGA V 276 V 276 0.383 0 0.000 0.038 0.573 100.000 94.805 0.540 LGA Q 277 Q 277 0.327 0 0.049 0.651 3.225 100.000 77.172 3.225 LGA D 278 D 278 0.270 0 0.032 0.169 0.580 100.000 97.727 0.580 LGA A 279 A 279 0.373 0 0.009 0.045 0.445 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.230 0 0.040 0.253 0.657 100.000 92.727 0.628 LGA A 281 A 281 0.264 0 0.000 0.000 0.355 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.314 0 0.022 0.031 0.507 100.000 97.403 0.507 LGA I 283 I 283 0.492 0 0.045 0.069 0.798 90.909 88.636 0.565 LGA I 284 I 284 0.473 0 0.000 0.060 0.509 95.455 97.727 0.327 LGA D 285 D 285 0.654 0 0.034 0.164 1.022 81.818 79.773 1.022 LGA K 286 K 286 0.643 0 0.021 0.268 1.256 81.818 80.000 1.256 LGA E 287 E 287 0.796 0 0.027 0.312 1.038 81.818 80.000 0.883 LGA Q 288 Q 288 0.594 0 0.000 0.193 1.413 86.364 78.384 1.079 LGA F 289 F 289 0.526 0 0.034 0.112 0.721 86.364 83.471 0.697 LGA Q 290 Q 290 0.736 0 0.006 1.175 3.380 81.818 69.293 3.380 LGA Q 291 Q 291 0.544 0 0.000 0.232 1.130 90.909 84.040 1.130 LGA S 292 S 292 0.330 0 0.066 0.687 2.414 95.455 86.667 2.414 LGA Q 293 Q 293 0.728 0 0.038 0.251 1.037 77.727 76.364 1.014 LGA V 294 V 294 0.947 0 0.005 0.063 1.073 81.818 79.481 0.974 LGA K 295 K 295 0.594 0 0.043 0.238 1.100 77.727 82.222 1.010 LGA I 296 I 296 1.046 0 0.031 0.077 1.682 65.909 71.818 0.677 LGA A 297 A 297 1.829 0 0.099 0.124 2.704 45.455 46.545 - LGA N 298 N 298 1.689 0 0.042 0.576 2.922 41.818 55.682 1.318 LGA K 299 K 299 3.897 0 0.345 1.137 14.412 25.909 11.515 14.412 LGA V 300 V 300 2.518 0 0.147 0.163 4.688 30.000 19.740 4.335 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.015 0.986 1.911 84.562 78.807 63.484 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.889 97.112 12.106 LGA_LOCAL RMSD: 1.015 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.237838 * X + 0.430134 * Y + -0.870872 * Z + 155.659622 Y_new = 0.548956 * X + -0.799196 * Y + -0.244811 * Z + 151.490311 Z_new = -0.801299 * X + -0.419845 * Y + -0.426204 * Z + 143.680832 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.161954 0.929463 -2.363711 [DEG: 66.5751 53.2543 -135.4306 ] ZXZ: -1.296758 2.011089 -2.053424 [DEG: -74.2988 115.2269 -117.6525 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS264_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.112 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS264_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 14653 N GLY 165 152.923 186.835 153.608 1.00 85.20 N ATOM 14654 CA GLY 165 152.203 187.577 154.653 1.00 85.25 C ATOM 14655 C GLY 165 150.684 187.382 154.642 1.00 86.86 C ATOM 14656 O GLY 165 149.960 188.162 155.264 1.00 84.60 O ATOM 14657 N LYS 166 150.171 186.367 153.951 1.00 85.89 N ATOM 14658 CA LYS 166 148.740 186.046 153.911 1.00 85.81 C ATOM 14659 C LYS 166 148.331 185.288 155.181 1.00 86.98 C ATOM 14660 O LYS 166 149.048 184.409 155.657 1.00 85.37 O ATOM 14661 CB LYS 166 148.383 185.270 152.623 1.00 84.30 C ATOM 14662 CG LYS 166 148.623 186.093 151.333 1.00 81.48 C ATOM 14663 CD LYS 166 148.281 185.343 150.035 1.00 78.41 C ATOM 14664 CE LYS 166 148.542 186.252 148.822 1.00 73.48 C ATOM 14665 NZ LYS 166 148.323 185.618 147.492 1.00 67.26 N ATOM 14666 N TRP 167 147.153 185.605 155.714 1.00 86.83 N ATOM 14667 CA TRP 167 146.581 184.904 156.867 1.00 87.44 C ATOM 14668 C TRP 167 145.800 183.670 156.408 1.00 86.96 C ATOM 14669 O TRP 167 144.831 183.782 155.659 1.00 84.59 O ATOM 14670 CB TRP 167 145.700 185.855 157.670 1.00 87.11 C ATOM 14671 CG TRP 167 145.261 185.290 158.979 1.00 87.63 C ATOM 14672 CD1 TRP 167 144.127 184.593 159.208 1.00 84.63 C ATOM 14673 CD2 TRP 167 145.978 185.339 160.255 1.00 86.07 C ATOM 14674 NE1 TRP 167 144.081 184.211 160.546 1.00 84.18 N ATOM 14675 CE2 TRP 167 145.199 184.648 161.216 1.00 85.47 C ATOM 14676 CE3 TRP 167 147.198 185.903 160.674 1.00 85.53 C ATOM 14677 CZ2 TRP 167 145.621 184.515 162.557 1.00 85.31 C ATOM 14678 CZ3 TRP 167 147.611 185.771 162.004 1.00 83.45 C ATOM 14679 CH2 TRP 167 146.834 185.081 162.936 1.00 82.83 C ATOM 14680 N ILE 168 146.214 182.500 156.861 1.00 84.40 N ATOM 14681 CA ILE 168 145.717 181.202 156.367 1.00 82.95 C ATOM 14682 C ILE 168 145.000 180.393 157.459 1.00 81.91 C ATOM 14683 O ILE 168 144.241 179.468 157.168 1.00 76.99 O ATOM 14684 CB ILE 168 146.893 180.397 155.767 1.00 80.16 C ATOM 14685 CG1 ILE 168 147.760 181.258 154.813 1.00 76.63 C ATOM 14686 CG2 ILE 168 146.376 179.167 154.997 1.00 74.24 C ATOM 14687 CD1 ILE 168 149.073 180.574 154.455 1.00 70.22 C ATOM 14688 N SER 169 145.233 180.735 158.724 1.00 81.10 N ATOM 14689 CA SER 169 144.685 179.999 159.857 1.00 79.25 C ATOM 14690 C SER 169 143.408 180.628 160.402 1.00 77.99 C ATOM 14691 O SER 169 143.303 181.841 160.474 1.00 72.23 O ATOM 14692 CB SER 169 145.723 179.923 160.975 1.00 76.16 C ATOM 14693 OG SER 169 146.840 179.175 160.561 1.00 71.83 O ATOM 14694 N GLY 170 142.485 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