####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS264_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.09 1.09 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 131 165 - 296 0.99 1.10 LCS_AVERAGE: 96.09 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 131 135 135 68 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 131 135 135 37 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 131 135 135 70 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 131 135 135 54 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 131 135 135 11 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 131 135 135 68 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 131 135 135 68 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 131 135 135 37 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 131 135 135 3 3 3 4 106 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 131 135 135 5 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 131 135 135 71 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 131 135 135 31 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 131 135 135 31 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 131 135 135 72 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 131 135 135 71 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 131 135 135 72 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 131 135 135 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 131 135 135 72 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 131 135 135 59 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 131 135 135 64 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 131 135 135 49 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 117 135 135 11 67 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 117 135 135 4 72 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 84 135 135 4 6 9 95 110 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 34 135 135 0 3 81 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.70 ( 96.09 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 108 119 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 80.00 88.15 93.33 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.50 0.62 0.77 0.93 0.98 1.03 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 GDT RMS_ALL_AT 1.14 1.12 1.11 1.10 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 1.09 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.793 0 0.017 0.017 0.915 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.888 0 0.065 0.163 1.621 81.818 72.929 1.621 LGA W 167 W 167 0.654 0 0.033 0.115 0.832 81.818 85.714 0.617 LGA I 168 I 168 1.051 0 0.101 0.784 3.279 65.909 54.318 3.279 LGA S 169 S 169 1.257 0 0.040 0.128 2.800 69.545 57.273 2.800 LGA G 170 G 170 1.029 0 0.123 0.123 1.331 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.934 0 0.000 1.325 4.357 86.364 66.591 1.044 LGA A 172 A 172 0.502 0 0.034 0.040 0.662 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.259 0 0.036 0.332 1.432 100.000 92.468 1.432 LGA Y 174 Y 174 0.433 0 0.043 0.184 0.984 95.455 86.364 0.984 LGA G 175 G 175 0.237 0 0.061 0.061 0.237 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.205 0 0.029 0.151 0.375 100.000 100.000 0.104 LGA Q 177 Q 177 0.519 0 0.053 0.261 0.940 86.364 83.838 0.809 LGA L 178 L 178 0.472 0 0.079 0.098 0.936 95.455 90.909 0.936 LGA N 179 N 179 0.899 0 0.170 0.625 4.405 70.909 45.455 4.405 LGA K 180 K 180 3.999 0 0.290 0.972 13.795 20.455 9.091 13.795 LGA K 181 K 181 1.198 0 0.373 1.017 8.032 86.818 43.636 8.032 LGA T 182 T 182 0.579 0 0.054 1.109 3.415 82.273 70.649 3.415 LGA S 183 S 183 1.138 0 0.137 0.123 1.512 69.545 65.758 1.411 LGA K 184 K 184 1.154 0 0.060 0.827 2.466 69.545 64.444 2.466 LGA L 185 L 185 0.558 0 0.057 0.071 0.592 86.364 88.636 0.499 LGA D 186 D 186 0.079 0 0.059 0.092 0.547 100.000 97.727 0.547 LGA P 187 P 187 0.487 0 0.000 0.363 1.197 86.818 87.273 0.589 LGA V 188 V 188 0.751 0 0.011 0.028 0.863 81.818 81.818 0.863 LGA E 189 E 189 0.819 0 0.011 0.314 1.737 81.818 76.566 1.737 LGA D 190 D 190 0.804 0 0.030 0.057 1.102 81.818 75.682 1.102 LGA E 191 E 191 0.556 0 0.038 0.077 0.915 90.909 85.859 0.915 LGA A 192 A 192 0.374 0 0.000 0.000 0.466 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.418 0 0.033 0.650 2.925 100.000 77.778 2.662 LGA V 194 V 194 0.411 0 0.036 0.048 0.480 100.000 100.000 0.480 LGA V 195 V 195 0.148 0 0.000 0.000 0.226 100.000 100.000 0.148 LGA Q 196 Q 196 0.263 0 0.016 0.281 1.554 100.000 86.869 1.302 LGA L 197 L 197 0.293 0 0.010 0.032 0.527 100.000 97.727 0.478 LGA I 198 I 198 0.316 0 0.088 0.096 0.474 100.000 100.000 0.399 LGA F 199 F 199 0.299 0 0.048 0.084 0.388 100.000 100.000 0.173 LGA N 200 N 200 0.372 0 0.048 1.129 3.916 100.000 76.591 3.916 LGA I 201 I 201 0.188 0 0.039 0.059 0.259 100.000 100.000 0.178 LGA F 202 F 202 0.216 0 0.000 0.034 0.522 100.000 98.347 0.522 LGA L 203 L 203 0.405 0 0.000 0.064 0.845 100.000 90.909 0.794 LGA N 204 N 204 0.349 0 0.031 0.093 1.241 100.000 88.864 0.929 LGA G 205 G 205 0.479 0 0.044 0.044 0.575 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.705 0 0.000 0.054 1.118 77.727 88.864 0.106 LGA N 207 N 207 1.435 0 0.055 0.265 2.004 58.182 52.955 1.620 LGA G 208 G 208 1.603 0 0.000 0.000 1.794 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.654 0 0.043 0.659 1.949 58.182 64.646 1.840 LGA D 210 D 210 1.445 0 0.087 0.489 1.506 65.455 69.773 0.950 LGA Y 211 Y 211 1.920 0 0.122 0.399 2.119 50.909 48.788 1.636 LGA S 212 S 212 2.341 0 0.690 0.759 5.944 34.545 24.848 5.944 LGA Y 213 Y 213 2.916 0 0.159 1.624 14.771 41.818 14.091 14.771 LGA A 215 A 215 1.078 0 0.205 0.221 2.037 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.397 0 0.027 0.175 0.505 100.000 97.727 0.389 LGA A 217 A 217 0.284 0 0.030 0.044 0.360 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.561 0 0.049 0.091 1.302 90.909 85.152 1.302 LGA H 219 H 219 0.358 0 0.023 0.032 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA L 220 L 220 0.293 0 0.025 0.086 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA T 221 T 221 0.215 0 0.025 0.038 0.311 100.000 100.000 0.261 LGA N 222 N 222 0.275 0 0.037 0.050 0.436 100.000 100.000 0.436 LGA L 223 L 223 0.490 0 0.042 0.055 0.814 100.000 90.909 0.774 LGA Q 224 Q 224 0.511 0 0.019 0.794 4.291 81.818 60.404 4.291 LGA I 225 I 225 0.544 0 0.051 0.140 0.617 86.364 93.182 0.139 LGA P 226 P 226 0.714 0 0.066 0.072 0.875 81.818 81.818 0.859 LGA T 227 T 227 0.238 0 0.034 0.153 0.444 100.000 100.000 0.241 LGA P 228 P 228 0.798 0 0.084 0.085 0.955 81.818 81.818 0.955 LGA S 229 S 229 0.705 0 0.131 0.124 0.931 86.364 84.848 0.931 LGA G 230 G 230 0.528 0 0.076 0.076 0.889 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.572 0 0.105 0.680 3.108 82.273 74.949 3.108 LGA K 232 K 232 0.566 0 0.149 0.863 3.797 86.364 65.051 3.797 LGA R 233 R 233 0.226 0 0.037 1.375 8.362 100.000 51.901 8.362 LGA W 234 W 234 0.326 0 0.057 0.107 0.660 100.000 97.403 0.400 LGA N 235 N 235 0.692 0 0.014 0.839 2.448 81.818 76.364 2.448 LGA Q 236 Q 236 0.412 0 0.037 0.855 3.434 95.455 81.010 0.516 LGA Y 237 Y 237 0.652 0 0.035 0.385 1.873 86.364 74.091 1.873 LGA T 238 T 238 0.518 0 0.021 0.289 1.144 95.455 87.273 1.144 LGA I 239 I 239 0.316 0 0.015 0.084 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA K 240 K 240 0.477 0 0.065 0.569 3.857 95.455 72.323 3.857 LGA A 241 A 241 0.531 0 0.067 0.068 0.628 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.272 0 0.047 0.066 0.924 100.000 90.909 0.924 LGA L 243 L 243 0.192 0 0.021 0.128 0.602 95.455 97.727 0.220 LGA Q 244 Q 244 0.375 0 0.022 0.315 1.340 90.909 86.263 1.340 LGA N 245 N 245 0.444 0 0.000 0.089 0.707 100.000 93.182 0.707 LGA E 246 E 246 0.471 0 0.000 0.605 1.790 100.000 88.687 1.347 LGA V 247 V 247 0.294 0 0.023 0.062 0.347 100.000 100.000 0.165 LGA Y 248 Y 248 0.371 0 0.000 0.098 1.086 100.000 88.030 1.086 LGA I 249 I 249 0.354 0 0.074 0.103 0.537 100.000 95.455 0.504 LGA G 250 G 250 0.263 0 0.042 0.042 0.332 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.300 0 0.043 0.048 0.499 100.000 100.000 0.448 LGA V 252 V 252 0.324 0 0.050 0.124 0.667 95.455 94.805 0.667 LGA K 253 K 253 0.375 0 0.006 0.139 0.554 95.455 95.960 0.353 LGA Y 254 Y 254 0.642 0 0.046 0.373 2.666 86.364 70.909 2.666 LGA K 255 K 255 0.940 0 0.058 0.131 1.008 81.818 80.000 1.008 LGA V 256 V 256 0.961 0 0.083 0.093 1.081 77.727 74.805 1.081 LGA R 257 R 257 1.303 0 0.096 1.094 5.892 65.455 45.455 3.499 LGA E 258 E 258 1.467 0 0.059 0.944 4.891 58.182 40.808 4.891 LGA K 259 K 259 2.179 0 0.000 0.126 3.576 41.364 29.697 3.576 LGA T 260 T 260 2.164 0 0.019 0.172 2.691 35.455 36.623 2.047 LGA K 261 K 261 3.066 0 0.018 0.912 8.946 20.455 12.323 8.946 LGA D 262 D 262 2.895 0 0.073 0.316 2.895 27.273 37.955 1.966 LGA G 263 G 263 2.882 0 0.111 0.111 3.035 25.000 25.000 - LGA K 264 K 264 2.106 0 0.000 0.305 2.286 38.182 48.687 0.891 LGA R 265 R 265 1.877 0 0.097 1.008 3.690 47.727 48.264 3.690 LGA T 266 T 266 1.428 0 0.000 0.109 1.619 61.818 63.377 1.385 LGA I 267 I 267 1.065 0 0.031 0.085 1.221 65.455 67.500 1.221 LGA R 268 R 268 0.710 0 0.008 0.966 2.653 81.818 68.430 2.375 LGA P 269 P 269 0.388 0 0.000 0.010 0.555 100.000 94.805 0.555 LGA E 270 E 270 0.253 0 0.000 0.876 3.250 100.000 76.566 2.335 LGA K 271 K 271 0.238 0 0.045 0.664 3.730 100.000 68.687 3.370 LGA E 272 E 272 0.375 0 0.051 0.105 1.625 100.000 79.394 1.625 LGA Q 273 Q 273 0.449 0 0.021 0.074 0.791 100.000 91.919 0.715 LGA I 274 I 274 0.422 0 0.048 0.072 0.643 100.000 95.455 0.643 LGA V 275 V 275 0.181 0 0.014 0.015 0.375 100.000 100.000 0.375 LGA V 276 V 276 0.375 0 0.000 0.039 0.564 100.000 94.805 0.525 LGA Q 277 Q 277 0.308 0 0.048 0.650 3.196 100.000 77.172 3.196 LGA D 278 D 278 0.228 0 0.028 0.167 0.612 100.000 97.727 0.612 LGA A 279 A 279 0.349 0 0.016 0.045 0.419 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.183 0 0.041 0.255 0.670 100.000 92.727 0.670 LGA A 281 A 281 0.229 0 0.000 0.000 0.323 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.306 0 0.000 0.021 0.516 100.000 97.403 0.516 LGA I 283 I 283 0.465 0 0.050 0.071 0.769 90.909 90.909 0.575 LGA I 284 I 284 0.453 0 0.000 0.056 0.494 100.000 100.000 0.295 LGA D 285 D 285 0.632 0 0.020 0.160 0.998 81.818 81.818 0.998 LGA K 286 K 286 0.632 0 0.020 0.269 1.212 81.818 80.000 1.212 LGA E 287 E 287 0.753 0 0.036 0.309 0.966 81.818 81.818 0.893 LGA Q 288 Q 288 0.538 0 0.000 0.185 1.361 90.909 80.404 1.054 LGA F 289 F 289 0.491 0 0.031 0.114 0.760 90.909 85.124 0.738 LGA Q 290 Q 290 0.707 0 0.000 1.175 3.375 81.818 69.293 3.375 LGA Q 291 Q 291 0.478 0 0.000 0.236 1.079 95.455 88.081 1.079 LGA S 292 S 292 0.306 0 0.065 0.686 2.356 95.455 86.667 2.356 LGA Q 293 Q 293 0.735 0 0.032 0.254 1.054 77.727 78.182 0.989 LGA V 294 V 294 0.915 0 0.017 0.062 1.001 81.818 79.481 0.881 LGA K 295 K 295 0.658 0 0.039 0.226 1.183 77.727 78.182 1.029 LGA I 296 I 296 1.124 0 0.023 0.075 1.770 65.909 71.818 0.693 LGA A 297 A 297 1.877 0 0.099 0.126 2.763 41.818 43.636 - LGA N 298 N 298 1.804 0 0.041 0.586 3.133 36.818 53.182 1.182 LGA K 299 K 299 4.068 0 0.338 1.134 14.486 24.545 10.909 14.486 LGA V 300 V 300 2.522 0 0.146 0.162 4.544 25.000 16.883 4.184 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.090 1.065 1.944 83.286 77.568 63.086 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.09 93.333 96.741 11.349 LGA_LOCAL RMSD: 1.090 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.090 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.090 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.478903 * X + 0.803303 * Y + 0.354058 * Z + 154.209518 Y_new = -0.316930 * X + -0.534324 * Y + 0.783616 * Z + 150.061905 Z_new = 0.818662 * X + 0.263064 * Y + 0.510480 * Z + 142.888214 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.556978 -0.959078 0.475834 [DEG: -146.5041 -54.9511 27.2633 ] ZXZ: 2.717221 1.035054 1.259884 [DEG: 155.6853 59.3042 72.1860 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS264_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.09 96.741 1.09 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS264_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 10217 N GLY 165 152.940 186.812 153.652 1.00 85.04 N ATOM 10218 CA GLY 165 152.222 187.552 154.700 1.00 85.18 C ATOM 10219 C GLY 165 150.703 187.363 154.692 1.00 86.79 C ATOM 10220 O GLY 165 149.983 188.138 155.320 1.00 84.45 O ATOM 10221 N LYS 166 150.190 186.343 153.989 1.00 85.88 N ATOM 10222 CA LYS 166 148.759 186.024 153.949 1.00 85.60 C ATOM 10223 C LYS 166 148.351 185.258 155.217 1.00 86.68 C ATOM 10224 O LYS 166 149.065 184.373 155.684 1.00 84.95 O ATOM 10225 CB LYS 166 148.401 185.260 152.655 1.00 84.24 C ATOM 10226 CG LYS 166 148.649 186.092 151.372 1.00 81.56 C ATOM 10227 CD LYS 166 148.303 185.358 150.069 1.00 78.58 C ATOM 10228 CE LYS 166 148.573 186.277 148.863 1.00 73.84 C ATOM 10229 NZ LYS 166 148.348 185.656 147.526 1.00 67.56 N ATOM 10230 N TRP 167 147.175 185.577 155.751 1.00 86.62 N ATOM 10231 CA TRP 167 146.600 184.865 156.899 1.00 87.13 C ATOM 10232 C TRP 167 145.826 183.636 156.422 1.00 86.59 C ATOM 10233 O TRP 167 144.859 183.757 155.677 1.00 84.02 O ATOM 10234 CB TRP 167 145.716 185.806 157.702 1.00 86.63 C ATOM 10235 CG TRP 167 145.277 185.229 159.010 1.00 87.21 C ATOM 10236 CD1 TRP 167 144.151 184.511 159.229 1.00 83.86 C ATOM 10237 CD2 TRP 167 145.984 185.285 160.289 1.00 85.54 C ATOM 10238 NE1 TRP 167 144.107 184.120 160.564 1.00 83.50 N ATOM 10239 CE2 TRP 167 145.213 184.576 161.243 1.00 84.82 C ATOM 10240 CE3 TRP 167 147.192 185.869 160.716 1.00 84.72 C ATOM 10241 CZ2 TRP 167 145.627 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