####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS264_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.98 1.00 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 63 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 41 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 70 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 54 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 11 109 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 66 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 66 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 38 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 3 73 111 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 5 109 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 70 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 28 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 12 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 70 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 72 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 74 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 54 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 70 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 54 110 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 12 70 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 12 90 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 5 9 98 115 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 81 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 111 122 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 82.22 90.37 94.81 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.63 0.77 0.85 0.88 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.05 1.03 1.02 1.01 1.01 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.771 0 0.010 0.010 0.882 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.853 0 0.062 0.163 1.580 81.818 72.929 1.580 LGA W 167 W 167 0.593 0 0.038 0.111 0.793 81.818 87.013 0.671 LGA I 168 I 168 1.033 0 0.096 0.791 3.293 65.909 54.318 3.293 LGA S 169 S 169 1.354 0 0.000 0.112 3.258 69.545 55.758 3.258 LGA G 170 G 170 1.026 0 0.147 0.147 1.297 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.923 0 0.000 1.322 4.382 86.364 66.591 1.012 LGA A 172 A 172 0.506 0 0.042 0.047 0.657 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.290 0 0.031 0.332 1.520 100.000 90.390 1.520 LGA Y 174 Y 174 0.448 0 0.043 0.183 0.958 90.909 84.848 0.958 LGA G 175 G 175 0.269 0 0.062 0.062 0.269 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.238 0 0.019 0.149 0.407 100.000 100.000 0.150 LGA Q 177 Q 177 0.501 0 0.055 0.265 1.053 90.909 84.040 0.780 LGA L 178 L 178 0.422 0 0.078 0.097 0.876 90.909 90.909 0.876 LGA N 179 N 179 0.943 0 0.172 0.623 4.480 70.909 44.545 4.480 LGA K 180 K 180 4.087 0 0.291 0.972 13.854 18.182 8.081 13.854 LGA K 181 K 181 1.126 0 0.372 1.019 7.939 82.273 41.616 7.939 LGA T 182 T 182 0.552 0 0.054 1.109 3.309 82.273 70.649 3.309 LGA S 183 S 183 1.124 0 0.137 0.124 1.501 69.545 65.758 1.406 LGA K 184 K 184 1.127 0 0.057 0.830 2.397 69.545 64.444 2.397 LGA L 185 L 185 0.477 0 0.054 0.069 0.524 95.455 97.727 0.414 LGA D 186 D 186 0.038 0 0.061 0.094 0.572 100.000 95.455 0.572 LGA P 187 P 187 0.456 0 0.000 0.360 1.163 86.818 87.273 0.657 LGA V 188 V 188 0.746 0 0.000 0.016 0.862 81.818 81.818 0.862 LGA E 189 E 189 0.807 0 0.012 0.313 1.695 81.818 76.566 1.695 LGA D 190 D 190 0.785 0 0.029 0.056 1.060 81.818 79.773 1.060 LGA E 191 E 191 0.558 0 0.037 0.077 0.939 90.909 85.859 0.939 LGA A 192 A 192 0.364 0 0.000 0.000 0.447 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.391 0 0.030 0.650 2.879 100.000 81.818 2.612 LGA V 194 V 194 0.373 0 0.022 0.042 0.433 100.000 100.000 0.433 LGA V 195 V 195 0.127 0 0.000 0.000 0.229 100.000 100.000 0.141 LGA Q 196 Q 196 0.244 0 0.026 0.279 1.530 100.000 86.869 1.277 LGA L 197 L 197 0.272 0 0.009 0.036 0.468 100.000 100.000 0.431 LGA I 198 I 198 0.264 0 0.086 0.096 0.410 100.000 100.000 0.343 LGA F 199 F 199 0.278 0 0.047 0.081 0.355 100.000 100.000 0.090 LGA N 200 N 200 0.369 0 0.045 1.125 3.907 100.000 76.591 3.907 LGA I 201 I 201 0.169 0 0.037 0.058 0.246 100.000 100.000 0.110 LGA F 202 F 202 0.178 0 0.000 0.032 0.472 100.000 100.000 0.472 LGA L 203 L 203 0.409 0 0.000 0.065 0.841 100.000 90.909 0.812 LGA N 204 N 204 0.354 0 0.018 0.091 1.243 100.000 88.864 0.958 LGA G 205 G 205 0.367 0 0.046 0.046 0.464 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.568 0 0.000 0.057 0.952 81.818 90.909 0.064 LGA N 207 N 207 1.267 0 0.053 0.263 1.806 65.455 63.636 1.467 LGA G 208 G 208 1.424 0 0.000 0.000 1.629 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.493 0 0.049 0.660 1.980 65.455 66.263 1.980 LGA D 210 D 210 1.317 0 0.079 0.482 1.387 65.455 71.591 0.934 LGA Y 211 Y 211 1.763 0 0.120 0.401 1.987 54.545 54.545 1.477 LGA S 212 S 212 2.234 0 0.693 0.759 5.830 36.364 26.061 5.830 LGA Y 213 Y 213 2.965 0 0.157 1.622 14.870 41.818 14.091 14.870 LGA A 215 A 215 0.994 0 0.205 0.221 2.021 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.347 0 0.028 0.176 0.479 100.000 100.000 0.479 LGA A 217 A 217 0.220 0 0.029 0.044 0.309 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.512 0 0.047 0.095 1.291 95.455 88.182 1.291 LGA H 219 H 219 0.250 0 0.028 0.038 0.348 100.000 100.000 0.348 LGA L 220 L 220 0.252 0 0.012 0.083 0.429 100.000 100.000 0.429 LGA T 221 T 221 0.257 0 0.024 0.042 0.396 100.000 100.000 0.307 LGA N 222 N 222 0.332 0 0.029 0.047 0.501 95.455 97.727 0.415 LGA L 223 L 223 0.490 0 0.043 0.055 0.816 100.000 90.909 0.706 LGA Q 224 Q 224 0.558 0 0.025 0.793 4.160 81.818 61.414 4.160 LGA I 225 I 225 0.601 0 0.048 0.140 0.652 81.818 88.636 0.217 LGA P 226 P 226 0.719 0 0.066 0.072 0.893 81.818 81.818 0.866 LGA T 227 T 227 0.204 0 0.039 0.149 0.447 100.000 100.000 0.234 LGA P 228 P 228 0.783 0 0.080 0.082 0.944 81.818 81.818 0.944 LGA S 229 S 229 0.706 0 0.129 0.123 0.977 86.364 84.848 0.977 LGA G 230 G 230 0.487 0 0.075 0.075 0.911 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.622 0 0.104 0.679 3.153 82.273 74.949 3.153 LGA K 232 K 232 0.648 0 0.150 0.866 3.901 81.818 61.818 3.901 LGA R 233 R 233 0.329 0 0.034 1.380 8.317 100.000 51.570 8.317 LGA W 234 W 234 0.230 0 0.059 0.109 0.619 100.000 97.403 0.370 LGA N 235 N 235 0.608 0 0.024 0.837 2.279 86.364 76.591 2.279 LGA Q 236 Q 236 0.426 0 0.033 0.867 3.522 95.455 80.202 0.500 LGA Y 237 Y 237 0.659 0 0.033 0.389 2.029 86.364 73.030 2.029 LGA T 238 T 238 0.492 0 0.018 0.286 1.049 100.000 89.870 1.049 LGA I 239 I 239 0.292 0 0.000 0.083 0.409 100.000 100.000 0.398 LGA K 240 K 240 0.483 0 0.064 0.576 3.981 95.455 72.323 3.981 LGA A 241 A 241 0.541 0 0.063 0.065 0.647 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.307 0 0.045 0.063 0.921 100.000 90.909 0.921 LGA L 243 L 243 0.203 0 0.031 0.130 0.555 95.455 97.727 0.208 LGA Q 244 Q 244 0.311 0 0.009 0.314 1.351 95.455 88.283 1.351 LGA N 245 N 245 0.361 0 0.000 0.090 0.616 100.000 95.455 0.616 LGA E 246 E 246 0.360 0 0.000 0.607 1.821 100.000 88.687 1.438 LGA V 247 V 247 0.209 0 0.022 0.065 0.243 100.000 100.000 0.172 LGA Y 248 Y 248 0.311 0 0.000 0.096 1.059 100.000 88.030 1.059 LGA I 249 I 249 0.284 0 0.075 0.101 0.445 100.000 100.000 0.416 LGA G 250 G 250 0.196 0 0.042 0.042 0.271 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.200 0 0.045 0.051 0.389 100.000 100.000 0.345 LGA V 252 V 252 0.245 0 0.052 0.125 0.631 95.455 94.805 0.631 LGA K 253 K 253 0.340 0 0.014 0.129 0.475 100.000 100.000 0.438 LGA Y 254 Y 254 0.613 0 0.044 0.372 2.628 90.909 73.788 2.628 LGA K 255 K 255 0.795 0 0.057 0.128 0.955 81.818 81.818 0.955 LGA V 256 V 256 0.796 0 0.082 0.094 0.956 81.818 81.818 0.956 LGA R 257 R 257 1.125 0 0.094 1.092 6.069 65.455 44.298 3.778 LGA E 258 E 258 1.174 0 0.057 0.942 4.607 61.818 44.848 4.607 LGA K 259 K 259 1.828 0 0.007 0.123 3.254 50.909 39.192 3.254 LGA T 260 T 260 1.747 0 0.019 0.169 2.262 44.545 47.273 1.646 LGA K 261 K 261 2.656 0 0.014 0.931 8.833 27.727 17.374 8.833 LGA D 262 D 262 2.399 0 0.075 0.318 2.399 38.182 46.591 1.487 LGA G 263 G 263 2.399 0 0.111 0.111 2.615 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.698 0 0.000 0.310 1.834 50.909 61.212 0.329 LGA R 265 R 265 1.577 0 0.094 1.009 3.581 58.182 54.215 3.581 LGA T 266 T 266 1.134 0 0.011 0.108 1.304 65.455 67.792 1.066 LGA I 267 I 267 0.857 0 0.028 0.084 1.014 81.818 79.773 1.014 LGA R 268 R 268 0.466 0 0.000 0.965 2.523 95.455 76.529 2.272 LGA P 269 P 269 0.243 0 0.000 0.000 0.291 100.000 100.000 0.274 LGA E 270 E 270 0.367 0 0.000 0.886 3.276 100.000 74.545 2.429 LGA K 271 K 271 0.438 0 0.043 0.665 4.085 100.000 65.859 3.770 LGA E 272 E 272 0.297 0 0.052 0.105 1.471 100.000 84.444 1.471 LGA Q 273 Q 273 0.301 0 0.023 0.074 0.780 100.000 93.939 0.689 LGA I 274 I 274 0.319 0 0.050 0.072 0.534 100.000 97.727 0.534 LGA V 275 V 275 0.102 0 0.023 0.021 0.337 100.000 100.000 0.337 LGA V 276 V 276 0.337 0 0.000 0.038 0.529 100.000 94.805 0.501 LGA Q 277 Q 277 0.303 0 0.049 0.651 3.196 100.000 77.172 3.196 LGA D 278 D 278 0.267 0 0.032 0.167 0.513 100.000 97.727 0.513 LGA A 279 A 279 0.362 0 0.012 0.046 0.427 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.253 0 0.030 0.251 0.638 100.000 92.727 0.598 LGA A 281 A 281 0.275 0 0.000 0.000 0.349 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.303 0 0.017 0.032 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA I 283 I 283 0.476 0 0.047 0.069 0.784 90.909 90.909 0.528 LGA I 284 I 284 0.436 0 0.000 0.055 0.467 100.000 100.000 0.317 LGA D 285 D 285 0.599 0 0.024 0.172 0.962 81.818 81.818 0.962 LGA K 286 K 286 0.579 0 0.018 0.268 1.323 81.818 80.000 1.323 LGA E 287 E 287 0.715 0 0.029 0.310 0.938 81.818 81.818 0.852 LGA Q 288 Q 288 0.535 0 0.000 0.189 1.396 90.909 80.404 1.064 LGA F 289 F 289 0.470 0 0.026 0.109 0.678 95.455 86.777 0.653 LGA Q 290 Q 290 0.658 0 0.000 1.175 3.444 81.818 69.293 3.444 LGA Q 291 Q 291 0.485 0 0.000 0.234 1.097 95.455 86.061 1.097 LGA S 292 S 292 0.294 0 0.068 0.687 2.380 100.000 89.697 2.380 LGA Q 293 Q 293 0.669 0 0.034 0.250 0.971 81.818 81.818 0.965 LGA V 294 V 294 0.884 0 0.020 0.064 0.991 81.818 81.818 0.909 LGA K 295 K 295 0.566 0 0.043 0.240 1.044 77.727 84.040 0.995 LGA I 296 I 296 0.999 0 0.022 0.076 1.604 70.000 73.864 0.647 LGA A 297 A 297 1.740 0 0.095 0.121 2.591 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.597 0 0.040 0.573 2.769 45.455 61.818 1.296 LGA K 299 K 299 3.742 0 0.349 1.133 14.318 31.818 14.141 14.318 LGA V 300 V 300 2.458 0 0.152 0.170 4.806 32.727 20.779 4.614 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.002 0.970 1.906 85.010 79.290 64.461 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 94.259 97.277 12.251 LGA_LOCAL RMSD: 1.002 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.002 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.002 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.430793 * X + -0.819585 * Y + -0.377753 * Z + 155.299515 Y_new = 0.083355 * X + 0.452933 * Y + -0.887639 * Z + 152.028488 Z_new = 0.898593 * X + 0.350902 * Y + 0.263437 * Z + 144.156158 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.191130 -1.116552 0.926819 [DEG: 10.9509 -63.9737 53.1028 ] ZXZ: -0.402354 1.304213 1.198505 [DEG: -23.0532 74.7259 68.6693 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS264_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.277 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS264_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 5781 N GLY 165 152.982 186.833 153.615 1.00 85.54 N ATOM 5782 CA GLY 165 152.256 187.581 154.651 1.00 85.65 C ATOM 5783 C GLY 165 150.737 187.380 154.634 1.00 87.27 C ATOM 5784 O GLY 165 150.008 188.160 155.248 1.00 84.68 O ATOM 5785 N LYS 166 150.232 186.358 153.942 1.00 86.38 N ATOM 5786 CA LYS 166 148.804 186.029 153.899 1.00 86.42 C ATOM 5787 C LYS 166 148.394 185.277 155.173 1.00 87.35 C ATOM 5788 O LYS 166 149.116 184.406 155.656 1.00 85.47 O ATOM 5789 CB LYS 166 148.455 185.244 152.616 1.00 84.88 C ATOM 5790 CG LYS 166 148.699 186.058 151.322 1.00 81.87 C ATOM 5791 CD LYS 166 148.373 185.295 150.026 1.00 78.96 C ATOM 5792 CE LYS 166 148.625 186.198 148.806 1.00 74.00 C ATOM 5793 NZ LYS 166 148.407 185.554 147.480 1.00 67.58 N ATOM 5794 N TRP 167 147.211 185.593 155.704 1.00 87.23 N ATOM 5795 CA TRP 167 146.639 184.896 156.857 1.00 87.91 C ATOM 5796 C TRP 167 145.870 183.656 156.398 1.00 87.45 C ATOM 5797 O TRP 167 144.899 183.761 155.650 1.00 84.80 O ATOM 5798 CB TRP 167 145.747 185.845 157.648 1.00 87.30 C ATOM 5799 CG TRP 167 145.303 185.280 158.960 1.00 87.66 C ATOM 5800 CD1 TRP 167 144.181 184.562 159.176 1.00 84.68 C ATOM 5801 CD2 TRP 167 146.004 185.346 160.241 1.00 86.22 C ATOM 5802 NE1 TRP 167 144.130 184.182 160.513 1.00 84.35 N ATOM 5803 CE2 TRP 167 145.225 184.644 161.192 1.00 85.53 C ATOM 5804 CE3 TRP 167 147.209 185.937 160.667 1.00 85.52 C ATOM 5805 CZ2 TRP 167 145.641 184.521 162.540 1.00 85.25 C ATOM 5806 CZ3 TRP 167 147.614 185.819 162.004 1.00 83.68 C ATOM 5807 CH2 TRP 167 146.839 185.115 162.927 1.00 83.08 C ATOM 5808 N ILE 168 146.297 182.483 156.851 1.00 84.63 N ATOM 5809 CA ILE 168 145.804 181.181 156.365 1.00 83.19 C ATOM 5810 C ILE 168 145.093 180.379 157.464 1.00 82.23 C ATOM 5811 O ILE 168 144.338 179.449 157.184 1.00 76.69 O ATOM 5812 CB ILE 168 146.978 180.377 155.760 1.00 79.85 C ATOM 5813 CG1 ILE 168 147.817 181.231 154.774 1.00 75.95 C ATOM 5814 CG2 ILE 168 146.470 179.125 155.025 1.00 73.06 C ATOM 5815 CD1 ILE 168 149.132 180.560 154.394 1.00 69.31 C ATOM 5816 N SER 169 145.325 180.729 158.729 1.00 80.90 N ATOM 5817 CA SER 169 144.781 180.012 159.871 1.00 79.25 C ATOM 5818 C SER 169 143.478 180.627 160.372 1.00 78.09 C ATOM 5819 O SER 169 143.330 181.838 160.355 1.00 72.19 O ATOM 5820 CB SER 169 145.802 179.989 161.003 1.00 76.10 C ATOM 5821 OG SER 169 146.952 179.275 160.616 1.00 71.36 O ATOM 5822 N GLY 170 142.575 179.769 160.864 1.00 76.98 N ATOM 5823 CA GLY 170 141.425 180.040 161.732 1.00 75.82 C ATOM 5824 C GLY 170 140.775 181.427 161.703 1.00 78.76 C ATOM 5825 O GLY 170 140.654 182.074 160.670 1.00 75.08 O ATOM 5826 N LEU 171 140.325 181.853 162.897 1.00 79.75 N ATOM 5827 CA LEU 171 139.782 183.188 163.120 1.00 79.49 C ATOM 5828 C LEU 171 140.908 184.222 163.063 1.00 80.74 C ATOM 5829 O LEU 171 142.007 183.975 163.560 1.00 78.60 O ATOM 5830 CB LEU 171 139.065 183.230 164.482 1.00 76.23 C ATOM 5831 CG LEU 171 137.767 182.400 164.525 1.00 71.82 C ATOM 5832 CD1 LEU 171 137.377 182.097 165.968 1.00 66.46 C ATOM 5833 CD2 LEU 171 136.603 183.140 163.861 1.00 65.22 C ATOM 5834 N ALA 172 140.600 185.383 162.503 1.00 83.22 N ATOM 5835 CA ALA 172 141.479 186.539 162.603 1.00 83.84 C ATOM 5836 C ALA 172 141.676 186.928 164.085 1.00 84.95 C ATOM 5837 O ALA 172 140.751 186.755 164.886 1.00 83.14 O ATOM 5838 CB ALA 172 140.881 187.685 161.782 1.00 81.84 C ATOM 5839 N PRO 173 142.851 187.429 164.479 1.00 86.19 N ATOM 5840 CA PRO 173 143.067 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