####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS264_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 59 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 70 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 52 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 9 69 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 52 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 47 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 6 106 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 32 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 29 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 27 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 74 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 52 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 65 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 52 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 11 88 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 83 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 10 92 108 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 31 103 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 109 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 80.74 89.63 94.81 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.66 0.76 0.85 0.88 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.04 1.02 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.737 0 0.011 0.011 0.772 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.722 0 0.048 0.182 1.751 81.818 74.747 1.751 LGA W 167 W 167 0.518 0 0.036 0.120 0.755 81.818 87.013 0.619 LGA I 168 I 168 0.970 0 0.077 0.800 3.181 70.000 60.000 3.181 LGA S 169 S 169 1.590 0 0.153 0.630 5.631 59.091 42.424 5.631 LGA G 170 G 170 0.992 0 0.239 0.239 1.313 69.545 69.545 - LGA L 171 L 171 0.945 0 0.019 1.321 4.312 86.364 66.591 1.020 LGA A 172 A 172 0.498 0 0.044 0.049 0.648 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.325 0 0.028 0.338 1.545 100.000 90.390 1.545 LGA Y 174 Y 174 0.462 0 0.040 0.171 0.854 95.455 86.364 0.854 LGA G 175 G 175 0.264 0 0.061 0.061 0.276 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.247 0 0.033 0.148 0.390 100.000 100.000 0.164 LGA Q 177 Q 177 0.544 0 0.052 0.233 0.805 86.364 85.859 0.779 LGA L 178 L 178 0.507 0 0.076 0.095 0.886 90.909 86.364 0.886 LGA N 179 N 179 0.845 0 0.176 0.618 4.308 74.545 47.273 4.308 LGA K 180 K 180 3.941 0 0.295 0.971 13.763 20.455 9.091 13.763 LGA K 181 K 181 1.220 0 0.369 0.996 7.758 86.818 43.636 7.758 LGA T 182 T 182 0.459 0 0.054 1.109 3.331 86.818 70.909 3.331 LGA S 183 S 183 1.091 0 0.136 0.121 1.446 69.545 68.182 1.422 LGA K 184 K 184 1.055 0 0.059 0.828 2.424 69.545 67.879 2.424 LGA L 185 L 185 0.529 0 0.061 0.072 0.573 86.364 93.182 0.429 LGA D 186 D 186 0.076 0 0.062 0.096 0.493 100.000 100.000 0.446 LGA P 187 P 187 0.508 0 0.000 0.342 1.230 82.273 84.675 0.603 LGA V 188 V 188 0.771 0 0.000 0.021 0.865 81.818 81.818 0.865 LGA E 189 E 189 0.828 0 0.015 0.325 1.737 81.818 76.566 1.737 LGA D 190 D 190 0.787 0 0.024 0.047 1.038 81.818 79.773 1.038 LGA E 191 E 191 0.548 0 0.034 0.068 0.773 90.909 85.859 0.773 LGA A 192 A 192 0.386 0 0.000 0.000 0.474 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.403 0 0.021 0.652 2.897 100.000 81.818 2.634 LGA V 194 V 194 0.385 0 0.037 0.047 0.444 100.000 100.000 0.441 LGA V 195 V 195 0.141 0 0.000 0.009 0.226 100.000 100.000 0.155 LGA Q 196 Q 196 0.249 0 0.033 0.267 1.445 100.000 88.485 1.191 LGA L 197 L 197 0.266 0 0.015 0.042 0.488 100.000 100.000 0.453 LGA I 198 I 198 0.281 0 0.083 0.094 0.421 100.000 100.000 0.347 LGA F 199 F 199 0.274 0 0.047 0.078 0.354 100.000 100.000 0.132 LGA N 200 N 200 0.328 0 0.056 1.046 3.644 100.000 76.591 3.644 LGA I 201 I 201 0.120 0 0.024 0.052 0.195 100.000 100.000 0.095 LGA F 202 F 202 0.169 0 0.000 0.048 0.475 100.000 100.000 0.475 LGA L 203 L 203 0.377 0 0.000 0.081 0.856 100.000 93.182 0.799 LGA N 204 N 204 0.246 0 0.032 0.104 1.160 100.000 88.864 0.824 LGA G 205 G 205 0.491 0 0.047 0.047 0.565 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.735 0 0.000 0.092 1.156 73.636 84.545 0.156 LGA N 207 N 207 1.555 0 0.063 0.286 2.172 54.545 51.136 1.819 LGA G 208 G 208 1.672 0 0.000 0.000 1.872 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.684 0 0.042 0.633 1.940 58.182 66.263 1.312 LGA D 210 D 210 1.475 0 0.076 0.795 2.035 65.455 60.227 2.035 LGA Y 211 Y 211 1.849 0 0.125 0.431 2.081 50.909 48.788 1.595 LGA S 212 S 212 2.332 0 0.690 0.761 5.964 34.545 24.848 5.964 LGA Y 213 Y 213 2.940 0 0.152 1.623 14.845 41.818 14.091 14.845 LGA A 215 A 215 1.022 0 0.208 0.224 2.020 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.362 0 0.030 0.180 0.483 100.000 100.000 0.446 LGA A 217 A 217 0.242 0 0.034 0.048 0.333 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.519 0 0.046 0.108 1.354 95.455 88.182 1.354 LGA H 219 H 219 0.237 0 0.022 0.042 0.399 100.000 100.000 0.395 LGA L 220 L 220 0.248 0 0.015 0.086 0.442 100.000 100.000 0.442 LGA T 221 T 221 0.310 0 0.016 0.036 0.472 100.000 100.000 0.373 LGA N 222 N 222 0.358 0 0.036 0.051 0.558 95.455 97.727 0.434 LGA L 223 L 223 0.530 0 0.035 0.051 0.869 90.909 86.364 0.740 LGA Q 224 Q 224 0.634 0 0.027 0.785 3.947 81.818 62.828 3.947 LGA I 225 I 225 0.701 0 0.051 0.141 0.745 81.818 86.364 0.286 LGA P 226 P 226 0.791 0 0.064 0.070 0.964 81.818 81.818 0.924 LGA T 227 T 227 0.121 0 0.032 0.149 0.548 100.000 97.403 0.264 LGA P 228 P 228 0.665 0 0.082 0.084 0.878 90.909 87.013 0.878 LGA S 229 S 229 0.590 0 0.129 0.121 1.231 86.364 79.394 1.231 LGA G 230 G 230 0.512 0 0.076 0.076 1.132 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.888 0 0.110 0.687 3.458 73.636 65.657 3.458 LGA K 232 K 232 0.866 0 0.141 0.845 3.847 77.727 58.182 3.847 LGA R 233 R 233 0.558 0 0.029 1.359 8.003 90.909 48.595 8.003 LGA W 234 W 234 0.248 0 0.060 0.106 0.667 100.000 97.403 0.449 LGA N 235 N 235 0.689 0 0.023 0.877 2.469 81.818 74.318 2.469 LGA Q 236 Q 236 0.581 0 0.038 0.824 3.406 86.364 76.970 0.419 LGA Y 237 Y 237 0.596 0 0.035 0.370 2.135 86.364 70.455 2.135 LGA T 238 T 238 0.410 0 0.027 0.295 1.022 100.000 92.468 1.022 LGA I 239 I 239 0.240 0 0.008 0.085 0.377 100.000 100.000 0.377 LGA K 240 K 240 0.417 0 0.065 0.596 3.917 100.000 74.343 3.917 LGA A 241 A 241 0.488 0 0.058 0.060 0.613 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.337 0 0.050 0.065 0.918 100.000 90.909 0.918 LGA L 243 L 243 0.220 0 0.018 0.132 0.535 95.455 97.727 0.172 LGA Q 244 Q 244 0.285 0 0.015 0.315 1.343 95.455 88.283 1.343 LGA N 245 N 245 0.366 0 0.000 0.102 0.650 100.000 95.455 0.650 LGA E 246 E 246 0.371 0 0.000 0.625 1.855 100.000 88.687 1.485 LGA V 247 V 247 0.209 0 0.019 0.057 0.244 100.000 100.000 0.157 LGA Y 248 Y 248 0.335 0 0.000 0.098 1.065 100.000 88.030 1.065 LGA I 249 I 249 0.315 0 0.071 0.098 0.447 100.000 100.000 0.416 LGA G 250 G 250 0.258 0 0.041 0.041 0.318 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.216 0 0.044 0.047 0.383 100.000 100.000 0.367 LGA V 252 V 252 0.248 0 0.047 0.119 0.625 95.455 94.805 0.625 LGA K 253 K 253 0.421 0 0.000 0.142 0.576 95.455 95.960 0.391 LGA Y 254 Y 254 0.671 0 0.045 0.375 2.693 81.818 68.182 2.693 LGA K 255 K 255 0.911 0 0.049 0.126 0.964 81.818 81.818 0.897 LGA V 256 V 256 0.912 0 0.097 0.110 0.980 81.818 81.818 0.971 LGA R 257 R 257 1.227 0 0.082 1.086 5.990 65.455 44.298 3.868 LGA E 258 E 258 1.302 0 0.046 0.973 4.682 58.182 43.232 4.682 LGA K 259 K 259 1.870 0 0.008 0.138 2.916 50.909 40.202 2.916 LGA T 260 T 260 1.596 0 0.020 0.147 2.026 47.727 53.247 1.402 LGA K 261 K 261 2.251 0 0.026 1.044 8.962 41.364 24.646 8.962 LGA D 262 D 262 1.934 0 0.078 0.081 1.956 50.909 50.909 1.671 LGA G 263 G 263 2.141 0 0.101 0.101 2.408 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.601 0 0.000 0.390 1.689 50.909 61.212 0.361 LGA R 265 R 265 1.568 0 0.094 1.024 3.717 58.182 54.215 3.717 LGA T 266 T 266 1.190 0 0.000 0.102 1.341 65.455 67.792 1.135 LGA I 267 I 267 0.949 0 0.031 0.085 1.119 73.636 75.682 1.049 LGA R 268 R 268 0.649 0 0.000 0.967 2.524 81.818 69.917 2.524 LGA P 269 P 269 0.465 0 0.000 0.010 0.636 95.455 89.610 0.636 LGA E 270 E 270 0.269 0 0.011 0.863 3.173 100.000 76.566 2.179 LGA K 271 K 271 0.194 0 0.061 0.732 4.954 100.000 64.444 4.954 LGA E 272 E 272 0.349 0 0.050 0.107 1.664 100.000 79.394 1.664 LGA Q 273 Q 273 0.384 0 0.005 0.067 0.726 100.000 93.939 0.579 LGA I 274 I 274 0.360 0 0.052 0.071 0.557 100.000 97.727 0.557 LGA V 275 V 275 0.058 0 0.019 0.016 0.262 100.000 100.000 0.262 LGA V 276 V 276 0.243 0 0.000 0.048 0.479 100.000 100.000 0.425 LGA Q 277 Q 277 0.239 0 0.043 0.642 3.223 100.000 77.172 3.223 LGA D 278 D 278 0.229 0 0.036 0.183 0.557 100.000 97.727 0.557 LGA A 279 A 279 0.286 0 0.010 0.044 0.334 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.218 0 0.039 0.265 0.654 100.000 92.727 0.654 LGA A 281 A 281 0.319 0 0.000 0.000 0.413 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.335 0 0.000 0.024 0.528 95.455 94.805 0.510 LGA I 283 I 283 0.493 0 0.038 0.076 0.790 90.909 88.636 0.544 LGA I 284 I 284 0.453 0 0.000 0.064 0.485 100.000 100.000 0.318 LGA D 285 D 285 0.606 0 0.034 0.227 1.024 81.818 79.773 1.024 LGA K 286 K 286 0.581 0 0.000 0.266 1.326 81.818 80.000 1.326 LGA E 287 E 287 0.698 0 0.026 0.258 0.943 81.818 81.818 0.615 LGA Q 288 Q 288 0.524 0 0.000 0.250 1.772 90.909 78.788 1.114 LGA F 289 F 289 0.453 0 0.031 0.124 0.714 95.455 86.777 0.678 LGA Q 290 Q 290 0.630 0 0.000 1.159 3.438 81.818 69.293 3.438 LGA Q 291 Q 291 0.438 0 0.000 0.201 1.004 95.455 88.081 1.004 LGA S 292 S 292 0.222 0 0.071 0.690 2.413 100.000 89.697 2.413 LGA Q 293 Q 293 0.613 0 0.036 0.239 0.967 86.364 83.838 0.967 LGA V 294 V 294 0.838 0 0.000 0.060 0.935 81.818 81.818 0.855 LGA K 295 K 295 0.590 0 0.045 0.180 1.092 77.727 84.040 0.780 LGA I 296 I 296 0.954 0 0.022 0.076 1.538 70.000 73.864 0.608 LGA A 297 A 297 1.662 0 0.101 0.125 2.586 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.739 0 0.035 0.572 2.921 41.818 55.682 1.342 LGA K 299 K 299 3.721 0 0.390 1.211 14.729 31.818 14.141 14.729 LGA V 300 V 300 2.410 0 0.165 0.222 4.310 32.727 21.818 4.310 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.998 0.968 1.911 84.246 78.523 63.560 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 93.889 97.105 12.298 LGA_LOCAL RMSD: 0.998 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.998 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.998 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.230426 * X + 0.174546 * Y + 0.957307 * Z + 153.734314 Y_new = 0.114302 * X + -0.972116 * Y + 0.204759 * Z + 150.565872 Z_new = 0.966353 * X + 0.156604 * Y + 0.204050 * Z + 145.975281 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.681113 -1.310654 0.654594 [DEG: 153.6165 -75.0949 37.5055 ] ZXZ: 1.781512 1.365303 1.410136 [DEG: 102.0731 78.2261 80.7949 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS264_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS264_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.105 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS264_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 10217 N GLY 165 152.981 187.013 153.656 1.00 86.74 N ATOM 10218 CA GLY 165 152.273 187.758 154.705 1.00 86.65 C ATOM 10219 C GLY 165 150.751 187.591 154.694 1.00 88.07 C ATOM 10220 O GLY 165 150.041 188.381 155.317 1.00 85.73 O ATOM 10221 N LYS 166 150.222 186.581 153.997 1.00 87.66 N ATOM 10222 CA LYS 166 148.790 186.277 153.969 1.00 87.30 C ATOM 10223 C LYS 166 148.384 185.513 155.240 1.00 88.29 C ATOM 10224 O LYS 166 149.125 184.671 155.738 1.00 86.58 O ATOM 10225 CB LYS 166 148.408 185.513 152.680 1.00 85.83 C ATOM 10226 CG LYS 166 148.666 186.335 151.394 1.00 82.81 C ATOM 10227 CD LYS 166 148.264 185.615 150.096 1.00 79.82 C ATOM 10228 CE LYS 166 148.559 186.521 148.887 1.00 75.08 C ATOM 10229 NZ LYS 166 148.220 185.937 147.557 1.00 68.50 N ATOM 10230 N TRP 167 147.183 185.784 155.741 1.00 88.12 N ATOM 10231 CA TRP 167 146.620 185.075 156.897 1.00 88.63 C ATOM 10232 C TRP 167 145.922 183.790 156.449 1.00 88.06 C ATOM 10233 O TRP 167 144.971 183.827 155.671 1.00 85.50 O ATOM 10234 CB TRP 167 145.669 185.997 157.652 1.00 88.06 C ATOM 10235 CG TRP 167 145.194 185.419 158.942 1.00 88.26 C ATOM 10236 CD1 TRP 167 144.048 184.732 159.131 1.00 85.19 C ATOM 10237 CD2 TRP 167 145.880 185.443 160.236 1.00 86.72 C ATOM 10238 NE1 TRP 167 143.961 184.334 160.462 1.00 84.81 N ATOM 10239 CE2 TRP 167 145.065 184.747 161.167 1.00 86.03 C ATOM 10240 CE3 TRP 167 147.093 185.983 160.695 1.00 85.86 C ATOM 10241 CZ2 TRP 167 145.450 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